抗战时期，国民党军队组建了以陈一鸣少校为首的伞兵突击队。突击队的成员来自集中营和各个监狱的囚犯，任务就是暗杀日本驻华特务头目中村一郎。陈一鸣找到了自己的老部下冷锋，两人又招募了上海滩着名的老千小K，燕子门的掌门人燕子六，建筑系硕士、CP的谍报员书生，日本陆军航空队战俘藤原刚和中村一郎以前的恋人、上海滩的歌女蝴蝶，几人通过了严酷的训练。

突击队成员们化装成日本劳军演出队来到医院，劫走了史密斯，并且把医院炸成火海。正当队员们准备返程之际，陈一鸣却表示，这次行动还有一项任务，那就是暗杀中村。书生负责来做蝴蝶的思想工作，他告诉蝴蝶，只要引诱中村在冷锋的枪口下五秒钟，就成功了。蝴蝶在狙击现场却放走了中村。中村对好友岩本表示，自己这么多年寻找的，其实是一个爱情的幻想，一旦套出儿子的下落，就会亲手杀了蝴蝶。

中村一郎的父亲中村雄接替了儿子的职位，他发誓要为儿子报仇。日本731部队准备南下，前往华东前线参战。岩本弄到了详细的作战计划，CP把这份计划交给了委员长。委员长大发雷霆，国民党军队又派出了突击队去劫杀731部队华东派遣队。然而，国民党军队中却有人出卖了突击队，向日军提供了突击队的行动计划，以期诬陷CP。突击队决定实施自杀式攻击，炸掉731部队的专列，却没想到他们的一举一动早已被日军监控。

樱花三人组被狙杀，中村雄气急败坏，他又出动了秘密特训的673特攻队，伞降渗透到重庆，暗杀国民党的委员长和CP的周先生。突击队员们搜索到53顶降落伞，军队内开始盘查日谍。黄云晴指示岩本，尽快弄到673特攻队的情报。673特攻队分成两拨，赤井等人伪装成远征军，驻进了佛光寺后山的岭客村，准备劫杀去佛光寺给阵亡将士进香的委员长。渡边和山田隐藏在宪兵教导团，准备暗杀周先生，山田在野战医院暴露。

中村一郎准备以史密斯为诱饵，给突击队设一个局中局，让他们自投罗网。突击队员们化妆成民间劳军演出队来到了医院。藤原刚和蝴蝶开始表演，牵制住日军伤兵。书生安置炸弹，冷锋在对面楼顶负责狙击。众人救出了史密斯，并且把医院炸成了火海，岩本被埋在废墟里。正当突击队员们兴奋地期待特赦之时，陈一鸣却表示，还有一项任务没有完成。众人愤愤不解，只有书生心知肚明，这一项任务就是暗杀中村一郎。

书生负责来做蝴蝶的思想工作，他告诉蝴蝶，只要把中村一郎引到冷锋的枪口下五秒，一切就会结束。蝴蝶答应了，却在狙击现场一把推开中村，冷锋的子弹打在了路面上。狙杀失败，陈一鸣告诉突击队员们，要做好长期潜伏的准备，众人发了生死与共的血誓，蝴蝶愧疚地流泪。日军开始了新一轮的搜捕，中村开始怀疑意大利教堂，并且下令搜查。布谷鸟发来了情报，黄云晴通知了军统南京站。

李部长同意了黄天明的请示。中村开始杀害孩子们，逼问萨尔神父陈一鸣的下落，萨尔神父终于顶不住了。中村率领着忍着特工队杀到突击队的藏身处，双方血战，忍者被全歼。陈一鸣以蝴蝶和中村的孩子为筹码，向中村谈判。正当双方焦灼时，高老板带着蒙面枪手们赶到，把突击队救了出来，并且给他们找了新的安全点。蝴蝶痛苦地回忆起和中村的往事，终于明白她无处逃避，必须承担起中国人的责任。

黄天明表示，陈一鸣军事素质过硬，政治头脑欠缺，但是他忠诚国家，热爱中华，是一个可用之才。黄云晴提出正面接触陈一鸣。黑夜中的中山陵，陈一鸣见到了阔别四年的黄云晴。突击队决定重新拟定暗杀行动的计划，制造爆破的假象，让中村以为蝴蝶炸死了他们。行动开始了，队员们在一面画着中国地图的青天白日国旗上写下自己的名字，藤原刚把名字写在了武汉，因为他是在武汉被俘的，书生把名字写在了延安。

中村对好友岩本说，这么多年他一直在寻找蝴蝶，其实寻找的不是她这个人，而是一个爱情的幻想。他向父亲中村雄汇报了蝴蝶和孩子的情况，中村雄指示，孩子下落已经派人调查，为防止军统阴谋，要杀了蝴蝶。陈一鸣等人伪装成电业工人来到蝴蝶的公馆修电路，给蝴蝶带进去了无声手枪，让她见机除掉中村一郎。中村一郎让岩本给他准备了毒酒，准备毒死蝴蝶。烛光晚宴上，蝴蝶将毒酒一饮而尽，却把枪口对准了中村。

岩本来到了太平间，对着儿时的玩伴，袒露了自己的身份。原来他是日本共产党员，因为不能看着日本毁灭自己，才会选择这条道路。中村雄接管了日本驻中国谍报主管。戴老板听说眼镜蛇敢死队成功返回，对眼镜蛇敢死队刮目相看，决定留下他们继续卖命。军统给突击队员们发了特赦令，却准备将愿意回去的人处决。藤原刚和蝴蝶离开了。藤原刚见到了母亲，却眼睁睁地看着母亲被中村雄派来的人杀死。

书生鼓励蝴蝶，要活下去，并且战斗。藤原刚与蝴蝶归队，眼镜蛇敢死队的成员们又聚齐了。意大利方面催促日本释放萨尔神父。中村雄释放了萨尔神父，却把孩子们全部杀害，面对着教堂大厅悬挂的孩子尸体，萨尔神父崩溃了，投江自杀。日本关东军731部队，组织了华东派遣队，搭乘军列南下参战。委员长命令戴笠组织敢死队干掉731派遣队。陈一鸣给队员们放了一天假。冷锋来到野战医院去见护士长林冉和桂花。

陈一鸣向队员们宣布了将要执行的任务，并表示，即使灭了731，也会死于细菌武器，所以这次是必死无疑。李部长指示，社会部华东局所有单位，动员一切关系，全力搜集日本生化战部队的情报。中村雄将保护云字号细菌战的反间谍任务交给了岩本。岩本将云字号计划的详细内容汇报给了黄云晴。周先生亲自来到委员长官邸，将这份重要情报交给了委员长。委员长大怒，大骂戴笠无能。

戴笠派人来找岩本，把眼镜蛇敢死队的行动计划告诉了日军，让中村雄去杀掉他们，只是为了证明共党的情报是假的。黄云晴指示岩本，这个情报隐瞒不住中村雄，只能如实汇报，到时再想办法摧毁军统和日军的阴谋。眼镜蛇敢死队空降到临远县城，县医院李院长和女儿阿莲接应了他们，并把他们隐藏在医院的解剖室。岩本来到临远，叮嘱先遣分队队长加藤要密切监视眼镜蛇敢死队，但不能轻举妄动。

突击队成员们商定了行动方案，他们一致认为唯一可采取的方式只有自杀式爆炸攻击。陈一鸣等人的一切行动都在日军的监控之下。突击队成员伪装成记者，到西大营采访侦察。岩本负责接待了他们，并且给书生传递了暗号，岩本的异常，引起队员们的警觉。李院长得知阿莲和小K的事情后，强迫小K娶阿莲。小K反复强调，他晚上就要死了。但李院长仍旧坚持着让他们在太平间拜了天地。队员们做战好战前准备，出发了。

岩本拷打陈一鸣，将军统出卖他们的消息告诉了他，陈一鸣悲愤莫名。书生告诉大家，一定要熬刑，会有人救他们出去的。队员们经过商量，提出要一台轰炸机轰炸车站。岩本转告给了黄云晴，黄云晴想到了东大营机场的关系。黄云晴派出了一小队负责潜入日军机场，自己则带队第二小队，去劫刑场。突击队成员就要被枪毙了。黄云晴等潜藏在附近山坡上，随着一声枪响，战斗开始，现场大乱。

突击队顺利返航了，戴笠却惊恐不已，让前线防空部队打掉突击队乘坐的日本飞机，突击队成员跳伞生还。委员长得知后大怒，宣布一定要找到突击队成员。昏迷的岩本被送到医院急救，老中村疑云重重。军统派人将春桃、小木墩、林冉、桂花都抓起来，准备以此要挟眼镜蛇敢死队。委员长亲自接见了眼镜蛇敢死队成员，给他们授勋，并委任陈一鸣为民国第一个空降兵团长。军统以突击队家属的生命安全威胁陈一鸣，要求陈一鸣继续给他们卖命。

中村雄派人伪装成共产党来试探岩本，被岩本识破，没有中计。中村雄决定出动自己精心培养的行动特务小组樱花三人组。樱花三人组由三个美丽的女子组成，北泽晶、久保亚子与铃木亚奈美。她们由南洋调回了南京。岩本发现，北泽晶竟是自己少年时失散的恋人。黄云晴告诉岩本，上级已经屡次下达命令，让他撤回。岩本再次婉拒，他表示，自己帮助中国战败日本，除了因为自己是一名共产主义战士，内心深处，更想为日本赎罪。

突击队伞降到南京，慈心师太掩护他们隐藏在静心庵里。慈心告诉陈一鸣，樱花三人组每周都会来静心庵拜佛。但陈一鸣怕殃及静心庵，拒绝了在静心庵动手。突击队员们决定化装成各种身份去接近樱花三人组。小K发挥了他的特长，扮作日本富商公子伊藤秀男，挥金如土，声色犬马，英雄救美接近久保亚子，燕子六和藤原刚分别扮作他的保镖和司机。陈一鸣又要求冷锋扮演成中央大学国文系的学生，去接近化装成中国学生欧阳若兰的铃木亚奈美。

蝴蝶被迫扮成带发修行的女尼，接近来静心庵拜佛的北泽晶。中村雄让北泽晶去跟踪岩本，获取他的信任，发现他的漏洞，挖出他幕后的组织。北泽晶心情复杂，没有举报岩本。陈一鸣宣布，明天动手，干掉樱花三人组。小K和冷锋分别去引诱久保亚子和铃木，只有蝴蝶说她没有把握引诱北泽晶。

樱花三人组被狙杀，中村雄又调出了自己培训的673特攻队，伞降渗透到重庆，去暗杀委员长和周先生。赤井带着自己的特攻队员化妆成伤兵和溃兵，混进了国民党队伍。眼镜蛇敢死队很快发现了五十二顶降落伞。重庆城内开始有一股日本伞兵特攻队活动，眼镜蛇敢死队正正在全力搜捕，陈一鸣等分析，该股日本伞兵的目的很可能是暗杀委员长。

赤井带队将673特攻队隐藏到宪兵司令部教导团。赤井命令渡边、山田带第二突击队，留在宪兵教导团，干掉二号目标周先生。赤井自己带第一突击队，伪装成远征军，到了佛光寺后山的岭客村，受到白村长等人的热烈欢迎。女教师白淑珍让赤井给孩子们讲抗日事迹。渡边和山田等人在街上巡逻时遇到了林冉和桂花，林冉对渡边和山田产生怀疑。岩本偷偷潜入中村雄的办公室，偷拍到了673特攻队的详细资料。

李部长指示，可以与军统上海站会面，把这份情报转给他们，但要防止上次的教训。戴笠拿到情报后，却决定借刀杀人，只对付准备暗杀委员长的日本特攻队。赤井详细地侦查了岭客村周围的地形，决定趁委员长前去佛光寺进香时实行暗杀。山田决定去杀掉林冉和桂花灭口。林冉却提前告诉了冷锋有人冒充宪兵。山田被冷锋击毙。

渡边隐藏的宪兵教导团被发现了，双方展开了激战，渡边被俘。陈一鸣拿出了673特攻队的资料给渡边看，渡边没有想到，他们的真实身份都是中国抗日烈士的遗孤。一个伞兵无意中暴露了日本人的身份，村民们大惊。陈一鸣电台呼叫重庆所有的军警单位援助，赤井以百姓为人质，陈一鸣进去和赤井谈判。他袒露了赤井的身份真相，赤井小队泪流满面，跪在沧溟大师的面前忏悔。

小队被宪兵们歼灭了，赤井却不见踪影。赤井独自来到委员长的官邸，含泪质问他为什么把东三省丢给日本人。陈一鸣等人赶到，狙杀了赤井，才发现赤井的手枪根本没上子弹。陈一鸣在一次暗杀汉奸行动当中，不慎被日寇抓获，关押在中村特务机关地下看守所。冷锋等人请求潜回南京，誓死救出陈一鸣。戴笠却认为这样正好除掉陈一鸣，不但不去营救，还将冷锋等人关押起来。

岩本把中村机关大厦的建筑设计图给了黄云晴，黄云晴亲自带着十几名游击队员从下水道进入看守所，抢走了陈一鸣。而岩本却在掩护他们的过程中暴露被捕。军统得知陈一鸣被救了出来，害怕陈一鸣报复，于是没有杀掉突击队员们和家眷。陈一鸣被送到华东新四军根据地，在那里，他见到了一片新天地。黄天明对陈一鸣说，国民党是一个苹果，从核开始烂了，不能对它再存有幻想。

陈一鸣回去后，被直接关押，以通共罪名严刑拷打，并判处死刑。中共周先生找到张治中将军，请他救陈一鸣。岩本经过了严刑拷打，被关进南京的日军军事监狱。军事监狱都是爱国志士，岩本生不如死。黄云晴派高老板等去监狱当犯人，保护岩本。委员长接见了陈一鸣，并委任他为新组建的伞兵团团长。

军统派来田伯涛做伞兵团的政战处主任，众人对他非常不屑。伞兵第一团兵强马壮，抗战八年却没有打过一仗，陈一鸣主动到何总司令处请战。何总司令却告诉他们，日本人投降之日，就是恶战刚开之时，伞兵团要准备对付第二个敌人共产党日本投降了。南京街头人山人海，陈一鸣带兵接管了日本驻华方面军大本营本部。

军统给了中村雄日本战俘遣散委员会委员的头衔，让他为军统卖命。陈一鸣释放了日军监狱里的所有囚犯。岩本被释放出狱，却被国民党宪兵带走。黄云晴担心宪兵会把岩本交给中村雄，她找到陈一鸣，请求他救岩本。陈一鸣等人来到南京警备司令部，没想到却晚到了一步，中村雄拿着一份死刑判决书劫走了岩本。

陈一鸣宣布了暗杀中村雄的计划，并表示要选择一个合适的时机，带领全团起义。小组成员们心照不宣地准备着。小K事先给田伯涛下了巴豆，田伯涛住院，支开了他的眼线。黄云晴向陈一鸣提供了详细的情报，并表示有国防部作战厅长为他们掩护。中村雄死在了陈一鸣的匕首之下国共内战爆发，陈一鸣的伞兵团成了战场的救火队，到处驰援。国军兵败如山倒，战局一片混乱。

徐蚌会战打响，黄云晴指示陈一鸣，中央希望伞兵团完整地起义，为组建人民解放军的伞兵部队做准备，并提醒他，保密局的田伯涛虽然在伞兵团活动，但是他实在不足为虑，陈一鸣真正要担心的，是代号黄鼠狼的保密局特务，黄鼠狼就潜伏在伞兵团内部。蝴蝶遭到了神秘人物的威胁，说她的儿子被控制在他们手里，让她好好的为保密局工作，否则就会杀了小木墩。

轮船启航了，陈一鸣对突击队员们宣布，他们的目的地，不是台湾，是连云港。蝴蝶告诉了船上的军统特务，陈一鸣准备起义。军统特务要求蝴蝶引爆炸药，炸掉轮船。蝴蝶安装雷管时，被桂花发现。厮打中，桂花的后脑撞在墙壁上，鲜血汩汩流出，熄灭了引线突击队和宪兵们展开了生死较量。田伯涛发现了蝴蝶的行动，追着她出来，举枪射击。误会了田伯涛，对着他扣动扳机。田伯涛牺牲了。