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广阔无垠，茫茫千里的内蒙古戈壁，飞沙扬砾中韩西林用精湛的中医针法救治着当地牧民。另一边，丁学坤的儿子丁远志，已经是瑞典当地颇有名气的青年医生，在完成一台手术后，接到了来自燕京第九医院的电话。与此同时，快递员给远在内蒙的韩西林带来了来自燕京第九医院的包裹，里面竟是师父丁学坤的医疗日记和遗训，这时，韩西林也接到了来自九院的电话。王恒之通知丁远之和韩西林，丁学坤在给实习医生上完课后突然自杀。得到消息后，远在异乡异国的韩西林和丁远志回到了九院。
深夜的病房里，谭母在给谭淼淼用中药擦拭身体，看着躺在病床上的女儿，谭母想到了自己一直对谭淼淼的过度控制，导致母女二人的关系破裂。次日，谭母决定终止促醒，提前手术。林雅婕稳住了谭母，召开紧急内科会议。王恒之把丁学坤的旧书拿了过来。韩西林发现旧书打包得很随便，怀疑有人动了手脚，但没有声张。会议室内，韩西林坚决不同意终止促醒，被戴繁荣和马主任极力反对，正当众人僵持不下之时，丁远志竟然同意让韩西林继续促醒。不知是谁透露了消息，媒体也开始兴风作浪，怒斥九院治疗不善。而谭母也因过度疲劳和焦虑晕倒了。
司徒院长按照之前的承诺，将丁学坤生前的抑郁症治疗记录交给了韩西林。走廊内，韩西林与丁远志偶遇，二人各怀心事。夜晚，韩西林翻看着丁学坤生前的抑郁症治疗记录，但并未从中发现任何可疑之处。另一边，王恒志欲前往司徒院长办公室，提议将韩西林留在九院，重新建立中西医结合小组，并重新改良化瘤丹，但却遭到了林雅婕劝阻，并提议让韩西林尽快离开九院。韩西林带领众医生查房，为患者们进行身体检查。韩西林尤其注意患者的微小病征表现，多次为诊治提供了新的突破口。开会时，大家讨论着小患者高远山的病情，韩西林和丁远志怀疑其脑内已经出现病变，是极罕见的神经系统遗传病，需要腰穿检查后进行下一步诊断。
陆之舟为了满足儿子的愿望，找潘小艾帮忙，潘小艾想到了韩西林。韩西林偷偷给高远山做眼内针，暂时恢复高远山一半的视力。但这场违规的私下治疗还是被丁远志发现。丁远志十分愤怒，要求患者出院，并让潘小艾退出精准小组。韩西林挺身而出，表示这次治疗与潘小艾无关，丁远志提起两年前女护士的死，两人再次发生了争执，被林雅婕和王恒之及时制止。王恒之决定对韩西林和潘小艾进行严肃处理，此时高远山的生父来到医院，同意进行基因检测。众人开会讨论高远山的基因检测报告结果。在治疗方案上，韩西林和丁远志再次发生了争执，但对于高远山的治疗方案还是一筹莫展。
韩西林组织大家回想张嘉明失踪之前的线索。通过一番整理，发现了诸多疑点。韩西林得知，张嘉明是潘小艾第一个也是最重视的一名患者，甚至为了鼓励张嘉明，还拉着苗豆豆一起做了为关爱渐冻症的冰桶挑战，潘小艾在业余时间都会寻找有关渐冻症患者的最新治疗信息并发给吴亚楠。此时，郝大卫再次回到九院，引起了韩西林的注意。韩西林将郝大卫拉到无人处，询问丁学坤临死之前给郝大卫的书的具体信息。郝大卫面对韩西林的质问，十分紧张，他并不知道韩西林的来意，只简单陈述了一下当日的情况，没有获得有价值线索的韩西林只得悻悻离开。
王恒之极力安抚张父，情绪激动的张母犯了哮喘。没带药的张母，在韩西林的一番针灸治疗下，渐渐恢复了平静。韩西林询问潘小艾，张嘉明到底在哪里，并向潘小艾说明了患者在外的危险性，事已至此，潘小艾只好跟韩西林坦白，承认了这一切都是自己帮助张嘉明和吴亚楠策划的，为的是满足张嘉明的心愿——和吴亚楠结婚。原来张嘉明自从查出患病以后，怕耽误吴亚楠。而吴亚楠一直以来的不离不弃，更让张嘉明陷入了无限的自责中。为了让吴亚楠离开自己，张嘉明无数次把吴亚楠逼走，但最后吴亚楠还是回到他身边。在潘小艾的不断鼓励和劝导下，张嘉明下定决心向吴亚楠求婚。可就在求婚当天，张嘉明病情突然恶化，和吴亚楠结婚这件事也成了他未完成的心愿。
深夜，丁远志拿着快递单气势汹汹地找韩西林对峙，不远处，“黑影人”躲在角落里偷听着，韩西林谎称丁学坤给自己快递的不是医疗日记，而是一些病人的病历。次日，急诊来了一个非常奇怪的病人，名叫张蔷薇。韩西林和丁远志开始为张蔷薇进行检查，张蔷薇皮肤苍白，眼眶深陷发黑，脸颊削瘦得过分。丁远志和韩西林决定让她住院，但张蔷薇的态度却有些抗拒。刚下班的郝大卫，在门口遇到了自己学生时代的“女神”路瑶。路瑶因为面部整形不当造成面瘫，她现在急着要拍婚纱照。于是恳求郝大卫给她想办法快速治疗面瘫，这让郝大卫十分无奈。
回到办公室，韩西林在实验室门上加了一道锁，后将门缓缓藏在移动书架中。此时，又有人来敲门，林雅婕一脸严肃的出现在门口。林雅婕希望韩西林离开九院，并劝韩西林放弃追查丁学坤的事情。韩西林拒绝。林雅婕表示自己不希望他和丁远志深陷危险中，因为他们是丁学坤最重视的两个人，这番话，让韩西林陷入深思。得知张蔷薇突然瘫痪的韩西林，急匆匆走进第九医院。众人来到会议室研讨张蔷薇的病情，护士送来了张蔷薇最新的化验结果，面对新的化验单，众人陷入了沉默。林雅婕得知张蔷薇查不出病因，建议张蔷薇转院，韩西林希望林雅婕再给他们一点时间。韩西林和丁远志暂时放下了矛盾，两人投入到了对张蔷薇的病例分析中。韩西林和丁远志各自研究着张蔷薇的病例，二人查阅资料、做着分析研究，几乎同时发现了突破口，张蔷薇得的是卟啉病。
韩西林与林雅婕来到了东郊医院，认识了其师父丁学坤生前的同事，东郊医院的秦主任。韩西林本想询问秦主任有关师父丁学坤的事情，却被林雅婕打断。丁远志为交供暖费的回到了老宅，回忆起了自己和韩西林儿时的点点滴滴。丁远志与韩西林的心结源自小时候，丁远志对西医感兴趣，而作为中医大师的父亲却偏爱徒弟韩西林，丁远志认为是韩西林夺走了属于自己的父爱。韩西林在查房之余，碰到了出门诊的潘小艾，看着挤满人的门诊室韩西林也帮忙看起了病患的检查报告，这时护士突然来到门诊室告知有个小男孩（小暖）急需神内会诊。韩西林觉得小男孩的头颅CT很不寻常，建议把孩子转到九院医治。
丁远志、林雅婕、戴繁荣三人碰到了李翘，林雅婕问起了胡三的情况，李翘只好交代胡三失踪的事情，戴繁荣趁机开始嘲笑神经内科最近总是丢病人。林雅婕严肃地告诉丁远志，必须在当日一点之前找到胡三。韩西林与丁远志四处寻找。此刻的胡三正在老北京铜锅涮肉店里，和两个软件开发人员聊得正欢，希望开发一款医院的抢号软件，看到韩西林打来的电话也不接。胡三站在窗前，想起来他之前走路玩手机差点掉到井盖里，还是丁学坤及时出现救了他。那天，丁学坤追着一辆商务车，和司徒院长在争论着什么……韩西林与丁远志找了半天，依旧没有找到人。此时，韩西林突然灵机一动。两人乔装打扮一番，在九院门口找到一个票贩子，逼问其胡三的去处。两人匆匆赶到老北京铜锅涮肉店，及时制止了正准备喝白酒的胡三。胡三被二人送回医院，经过检查，胡三的黑便可能是因为偷吃血肠造成的。
