因为Ben离开小岛，剩下在小岛上的人不断穿梭地时间。同时，三年后的L.A，Ben开始劝服大西洋航号的六人回小岛。Jack好奇自己为何会在此地。John的来访对Jack影响很大，让他坚定不移的相信要不是自己回来，那么船上的每个人都会死。

当Ben和Jack尝试让大西洋号六人回小岛时，Sayid和Hurley正在逃避法律的制裁。小岛的另一边，幸存者正在时光穿梭，还在逃避“其他人”的袭击。

Desmond回到牛津去执行Faraday的所托，深圳企业之窗去寻找其母亲。小岛上，其他人穿梭时间来到50年前，Richard Alpert却没有改变年龄。小岛上装上了氢弹装置，房间遭到了辐射，并且有可能毁掉整座小岛。

在洛杉矶，Kate想查明到底是谁想带走Aaron。小岛上，Locke说服每个人，他们决定去幽兰站探个究竟。Austen找到Norton，想和他做个交易。她把她的血液样本给他，但是她想见见Norton先生的客户。Norton先生表示得到的答案一定会是否定的。

为了避免被杀，Ben答应Sun，给Sun证据，证明Jin还活着。小岛上，Jin碰到了幸存者Locke等人，他们抵达幽兰站，完成任务，试图把离开小岛的人找回来。Nadine被杀害。

Eloise跟幸存者说，小岛上有个有限的窗口，在一定时间内开放，他们可以回到小岛上。Jack听从了Jhon Locke的告示，想办法弄到自己父亲的东西，带给John Locke。

John腿骨折。见到了Walt之后，Walt说自己曾在梦里梦到过John，很多人围着他。又问起自己的爸爸在岛上是否很好。John表示自己来看Walt的目的就是想看看他过得好不好。

Charlotte死了，岛上的人们再一次深深陷入了沉痛之中。Dan也确信了不会再穿梭时间了。大家建议再次回到海滩上生活。树林里发生枪杀，剩下一个幸存的女人，却是个阴谋，所有人晕倒了。时间一晃就是三年之后。

James表示Jack、Herley和Kate回来了，自己得找个办法把他们带回来。Kwon企图弄清楚有没有飞机降落在岛上，没办法，只能让别的站帮忙留意。岛上无线电失灵，导致没有办法报告目前情况，只有大家聚在一起才有希望。潜艇就要进港，James命令大家都要装成是第二批队员。

Sayid被关，Horace好奇他在丛林里做什么。Juliet担心John他们回来，Sayid会向他们表明自己的身份，James安慰她事情不会出乱子的。Horace说囚犯什么都不说，表示担心，因为得搞清楚他为什么打破休战协议，来到他们的领地。Horace提出要拷问他，James表示异议。

Ben被杀害。囚犯逃跑，并且是被管理员放出去的。James需要找到Jack、Hurley和Kate并且呆在一起，因为小岛已经失去控制了。James向Roger要钥匙，却发现他没带。Roger意识到自己的儿子偷了钥匙，放走了囚犯。

John和Ben见面，想就Ben杀John这事聊聊。Ben表示那是唯一一个可以让John回到岛上的办法。要使那些离开的人重聚在一起，唯一的办法就是John必须死。但是自己阻止John自杀的原因是他的手里掌握着一些重要信息。

Roger来看望Ben，却发现儿子失踪了。Horace命人去把死尸的包裹带给张博士。Ben的失踪使Roger心情十分郁闷。

Jack来找James，James告诉他他的一个保安手下Phil发现了一盒有James和Kate的录像带，带着那个孩子去找敌人。于是绑架了Phil。Daniel找到张博士，希望他能够下命令，让岛上的男女老少撤离此地。因为担架上的人就是他们在这里钻着泄露出来电磁效应的后果。

Jack和Kate被抓。来的人为Jack被她击中的人要氢弹做什么。Stusrt对James进行逼供，想搞清楚Kate的下落，James却什么都不肯说。Juliet求情，James说无论说些什么，他们都不会相信，这样做只会伤及无辜。

James和Kate在水底，Kate表示必须赶紧离开这里。Jack要去引爆一个氢弹。众人表示要阻止他，然而James却说自己帮不了她，因为炸飞岛屿对Jack来说可能是好事。Jack这边正在全身投入到如何引爆氢弹的探索中。

Jack还在继续着引爆氢弹的计划，最终得以实施。James本想阻止，却无能为力。有的人死，有的人伤。一切暂时归于平静。