洛克和杰克看着炸开的舱门下无底的黑洞面面相觑。杰克设法将所有人都劝回了营地，看来在舱门内藏身是个彻底失败的主意。但是洛克和凯特公开反对杰克的决定，两人执意要去探索那个洞口。与此同时莎伦在丛林中疯狂的找寻着沃尔特的小狗文森特。终于有人别人愿意信任并把珍爱的东西托付给她照看，她绝不能就此丢弃了这份嘱托。但是她在黑暗中突然见到了全身湿透的沃尔特！当萨伊德赶来的时候，那个面带惊恐的孩子已经消失无踪了。

索耶吃力地把失去知觉的迈克尔拉出水面，沃尔特被绑架了，金在海浪中失去了踪影，索耶的肩膀也因枪伤而流血不止，他们仅依靠木筏的残片漂流在大海的中间。时间返回到之前杰克抵达洞口之前。洛克在入口出发现了失去知觉的凯特，雷斯蒙德随即出现在他们面前。他命令凯特捆绑洛克，但是洛克成功得令他相信应该捆住凯特。随后，洛克得知雷蒙德斯已经在这个洞中居住了好几年，他的任务是每隔108分钟就向一台电脑输入一串数字序列。

时间再次回到凯特进入洞口的时候。她被雷斯蒙德锁进了食品室，最终逃出的时候毁掉了他的电脑。杰克向雷斯蒙德质问关于这一切的答案。雷斯蒙德解释说自己曾试图驾驶单人帆船环球航行，但是在附近海域触礁。一个名叫凯文的男子把他带到这里并交付了这个任务：每108分钟输入一串数字——用以拯救世界。杰克对此感到难以相信，雷斯蒙德告诉他可以从一部名叫《方位》的电影中寻找答案。

雷斯蒙德的洞里有着丰富的食物储备，赫尔利被授予了清点并分配食物的任务，女乘客罗丝是他的助手。在孤岛的另一个角落，索耶、金和迈克尔被拉出了深坑，他们的捕捉者原来也是航班上的乘客，机位部分最初有23个人生还，但是现在只剩下了五个人，这里一定发生了些可怕的事情。唯一令索耶等人欣慰的是，罗丝的丈夫伯纳德是五个幸存者之一。海滩上克莱尔捡到了曾系在木筏上的消息瓶，她把这个消息悄悄告诉了宋。

宋惊慌地四处寻找她的结婚戒指，虽然营地成员们都前来帮忙，仍没有发现戒指的踪迹。绝望之下她毁掉了自己亲手营造的花园。在海岛的另一侧，机尾的幸存者们准备着穿越丛林所需要的食物和饮用水。金协助安娜-露西亚，迈克尔被安排与利比一起采集水果，但是迈克尔一心找回儿子沃尔特，擅自深入了丛林。安娜要求幸存者们立即出发，以防迈克尔被抓后向“其他人”泄漏他们的行踪，但是金坚持要先找到迈克尔。

萨伊德为莎朗搭了一顶舒适的帐篷，两人愉快地一同搬进了新居，但是当天半夜在萨伊德外出取水的时候，莎朗突然看到浑身湿透的沃尔特走进了帐篷。莎朗的尖叫声几乎吵醒了山洞中的所有人，但是当萨伊德冲进帐篷的时候，沃尔特已经消失不见了。萨伊德安慰说这只是梦境，但是他的不信任令莎朗既生气又伤心。克莱尔受够了查理对她育儿技巧的指手画脚。

时间重回到发生坠机的48天前，815航班巨大的机尾掠过天空，坠落在孤岛附近的水域，艾柯、安娜-露西亚、伯纳德等人尽力从海中救起落水的乘客，这时幸存的人们共有23个。与杰克那群幸存者不同，机尾部分的23名幸存者从一开始就意识到岛上早有常住客，并遭到了“其他人”的袭击，一开始先是最强壮的成员被逐个杀死，然后孩子们被接连掠走。

安娜小心翼翼地走向被射中的目标，几乎精神错乱的萨伊德也正朝她冲来。在这个诡异的孤岛上，莎朗是唯一能令他感到生活还有希望的人，但是他却只能看着她死在自己的怀抱里。艾柯奋力打昏了渴求报仇的萨伊德，安娜则取走了萨伊德的手枪，并向其他人明确表示：队伍的行动必须由她说了算。安娜命令所有人暂缓前进并放弃失去知觉的索耶，迈克尔和金对此愤怒万分，艾柯成为第一个违抗她命令的人。

随着新一天的到来，金与宋共享着重逢后的甜蜜时光。在舱口里，索耶仍陷入伤口感染导致的昏迷，杰克清理伤口的时候突然听到他呼唤着凯特的名字并不断呓语着“我爱她”。震惊的杰克正试图理清思绪，凯特匆忙赶来照顾索耶。杰克主持了莎朗的葬礼，萨伊德的悼词令所有人潸然泪下。与此同时舱口中发生了超过凯特承受能力的事，当洛克和杰克回到舱口时，他们发现无人照顾的索耶和几乎倒计时归零的电脑。

艾柯听说圣母玛丽亚的塑像后，反应异常激烈，他打破了其中一尊让克莱尔看里面装的是什么。克莱尔不愿再与瘾君子查理讲话，但他谎称自己不知道塑像里藏有海洛因。他们的谈话被艾柯打断，他要求他们带他去塑像被发现的地方，飞机坠毁的地方，原来走私毒品的正是他。(闪回)埃柯还是小男孩，在尼日利亚的家乡，为了救弟弟耶米(Yemi)，被征召入伍，长大后成为毒贩，而耶米成为一位牧师。

一对父女慕名来找杰克，杰克不顾父亲克里斯蒂安的反对，同意为上了年纪的病人动手术。接触中他与病人的女儿加布丽拉熟悉起来，克里斯蒂安警告他与之保持距离。病人最终死在手术台上，杰克自责不已，更对加布丽拉产生双重歉疚，他向妻子萨拉说出真相，却被告知她已经有了外遇。迈克尔带着军械库搞来的枪出去寻找沃尔特，杰克和洛克一起去救他，索耶围随而来，要向开枪打自己的人寻仇，凯特要求同行被杰克赶了回去。

小时候的查理在圣诞节的早上收到了一架全新钢琴，还来不及高兴的他很快发现礼物是有代价的，母亲希望兄弟二人在乐坛上能够出人头地。查理在岛上陷入令人绝望的孤独中，十分想念克莱尔和她的宝宝，但她似乎并不在意他，和洛克相处得十分融洽。赫利开始采取行动想吸引丽比的注意。同时，索耶和凯特开始意识到杰克与阿娜-露茜亚的接触越来越频繁，这让他们两人的感觉都很不舒服。

洛克和杰克联合起来，负责将散落在岛上四处的武器安全地收藏在军械库中。洛克告诉杰克，药品最好也集中保管，因为索耶又不问自取了。面对杰克的诘问，索耶辩称谁找到是谁的，结果杰克在他的帐篷里找到了药品。索耶告诉凯特杰克和阿娜打算组建一支军队，要与“其他人”相抗衡。与此同时，赫利试图接近香侬死后一直垂头丧气的萨伊德，拿来从毒品飞机上找到的电台让他修，希望他能振作起来。

第一次海湾战争，一群美国士兵俘获了掩体中正在硝毁文件的伊拉克士兵，唯一会讲英语的萨伊德成为美军盘问的目标，追问谁是他们的头儿，忠心耿耿的他为了保护长官塔里克(Tariq)撒了谎，以为骗过美军的他却在另一间房间里看见了被绑在椅子上的塔里克。美军通过萨伊德的翻译审问塔里克，他们在寻找一个失踪的直升机飞行员，塔里克是知情人，但他拒绝合作。

克莱尔的孩子发起高烧，她焦灼不安。杰克检查过后认为没事。法国女人丹妮尔出现在营地，告诉克莱尔她的宝宝可能“被感染”了，凭借丹妮尔引发的记忆“片断”和丽比放松锻炼的引导，克莱尔想起自己怀孕时和被绑架期间曾被注射过某种药物。她确信唯一能救儿子阿朗的方法就是找到疫苗，于是向丹妮尔和凯特求助，请她们帮助自己找到她被绑架期的地方。

金担心宋的安全，毁了她在林中的园子。宋感到恶心呕吐，做了早孕测试后证实她怀孕了。但她并没有显得欢欣鼓舞，反而十分矛盾。(闪回)金为了摆脱岳父的压力，急切地盼望宋能早日受孕，此时她却计划逃往美国，偷偷跟着Jae Lee学英语。盼子心切的金带着宋去看妇科专家，医生告诉他们宋患有子宫内膜异位症，不可能怀孕，金大失所望，宋却如释重负。Jae Lee鼓励宋和自己留在韩国，并向她示爱。

(闪回)幸福满足的洛克还是个验房师，正准备向女友海伦求婚之即，从报纸上看到了偷走他一个肾的库柏的讣告。很快他得知父亲诈骗了70万美元，并诈死以逃过追踪。库柏要洛克去银行帮他取钱。洛克为了赢得父亲的爱，决定再帮他一次。他遇到了追踪父亲的人，海伦也受到威胁。结果他不但没有得到父爱，连海伦也失去了。杰克要亨利再画一张地图，洛克提醒他，安娜他们已经走出很远，亨利趁机再离间他们两人。

丽比与赫利的关系越来越近，她鼓励他多运动以塑造体形，赫利承认他“有病”——那就是对食物的贪婪，并给她看了自己的私藏品，在丽比的开导下，赫利终于扔掉所有的食物，卸掉了思想上的包袱。就在此时，营地的人们发现了从天而降的食物，开始你争我夺，赫利似乎看到一张熟悉的面孔，情绪激动地跟着他跑进丛林，拾到一只鞋子。那个人是他曾经的精神病院病友，赫利怀疑自己的神智是否正常，与索耶打了一架后他决定离开营地独自居住。

伯纳德想召集人们在海滩上做一个巨大的SOS标记，寻求救援。罗斯表示反对，认为这会给别人带来错误的希望。(闪回)伯纳德向罗斯求婚，她告诉他自己活不了多久，他仍然坚持。为了治好她的病，蜜月期间伯纳德带着妻子去澳洲看巫医，罗斯根本不信这一套，却对他撒谎说巫医的信仰疗法对她有效，为的是保留他的希望。杰克打算用亨利换回沃尔特，后者告诉他这不可能。杰克让凯特陪他一起去找其他人谈判。

杰克听从凯特的劝告，放弃了与“其他人”的当面谈判，先把神智不清的迈克尔带回舱中进行医治。(闪回)安娜遭到警察上司同时也是她母亲的盘问，一名男子被枪击身亡，在此之前他承认向安娜开枪。安娜不愿接受母亲的帮助，辞去了警察一职。在酒吧她认识一个男人——杰克的父亲，受雇为他的保镖，跟他一同前往悉尼。舱里，安娜-露茜亚称绝食的亨利是“杀人犯”，突然被激怒的他发动袭击，陷些置她于死地，多亏洛克赶到，救下安娜。

迈克尔伪造出枪伤，造成亨利为了逃跑枪击安娜、莉比和他三人的假相，杰克等人回到舱中为他处理伤口，救治昏迷不醒的莉比，迈克尔主动提出由他来照料唯一知道真相的丽比，让杰克和洛克去追踪亨利。艾柯受到死去的安娜和兄弟耶米的指示，要他协助约翰也就是洛克前往丛林深处。杰克和凯特留守，照看伤者。迈克尔心急如焚，坐立不安。得知莉比受伤后，赫利赶到舱中，徒劳地想挽救她的性命。

舱中的惨剧发生之后，迈克尔再也不愿拖延，表示要立刻采取行动，救回沃尔特。杰克决定先安葬安娜和莉比，再商议与“其他人”的最后一战。此前迈克尔在寻找沃尔特的时候，遭遇了“其他人”并被他们俘获，然后被带到他们的营地——另一处海滩，采取了血样。他见到了儿子，“其他人”提出条件，只要他设法救出被杰克等人抓住的亨利，再带来他们指定的四个人，就放了他们父子，迈克尔与对方达成交易，并要求一艘船离开。

杰克、萨伊德和索耶游向海中的船，意外地在舱中发现戴斯蒙德，将其带回岛上。戴斯蒙德绝望地告诉杰克，他们永远无法离开小岛。萨伊德很肯定地向杰克表示，迈克尔已经背叛，正准备带他们进入一个陷阱，他决定利用戴斯蒙德的小船，由水路进发，对“其他人”的营地出其不意地进行侦查，并约定以黑色烟雾为信号与他们会合，他要杰克保守秘密，先不要告诉凯特和索耶。对迈克尔心存防备的杰克在给他的枪里没有装子弹。

(闪回)戴斯蒙德从凯文尔那里得知，有一把钥匙可以摆脱他们周而复始不停输入字符的困境。他跟踪凯尔文来到一处海滩，发现了自己的小船，原来凯尔文想乘船离开，争斗中凯尔文被误伤，戴斯蒙德拿走了他的钥匙，赶回舱中的戴斯蒙德险些来不及输入字符，整个舱开始剧烈摇晃，几乎崩溃。戴斯蒙德从文件记录中发现航班的坠毁正是自己那次延误输入造成的，他改变主意，要重新输入字符，洛克坚决反对，并摔坏了电脑。