杰克苏醒时发现自己满身伤痕地躺在丛林里，他一时记不起自己为什么会在这儿，究竟发生了什么，直到他挣扎着来到一片原本美丽宁静的海滩——现在变成了充满尖叫和浓烟的空难现场。杰克立刻着手营救仍困在飞机残骸中的乘客。杰克拿着捡到的针线包走入了丛林，他遇见了年轻的女乘客凯特。

莎伦在行李中翻出了比基尼，在沙滩悠闲地晒着太阳，对其他人的努力不屑一顾。金在海边收集海胆，他听见迈克尔向宋询问是否见到沃尔特。当迈克尔走开后，金严厉责骂宋不该解开衣服上的第一颗扣子。沃尔特在丛林里找寻着小狗文森特，却在地上捡到了一副手铐。

杰克为手术后的警官搭建了帐篷，他在警官的口袋里找到一份通缉令，上面赫然贴着凯特的照片。赫尔利也见到通缉令，他和杰克思索着凯特曾经犯过什么罪。登山小队在回程途中宿营过夜，莎伦、布恩、索耶、萨伊德和凯特讨论决定为了暂时保存大家得救的希望，他们必须隐瞒法语信号的内容，并同意将手枪交给凯特保管。

整个营地都被一阵狗叫惊醒，沃尔特的小狗文森特正对着飞机残骸不停的咆哮，杰克和其他人都听见残骸中有古怪的声音，而那里除了死人别无他物。三只彪悍的野猪突然冲了出来，消失在丛林里，原来它们每晚都来啃食尸体。面对大量的死者，人们决定火葬是唯一的选择。另一个更迫切的危机逼近了幸存者们：食物已经吃光了。

童年的往事在睡梦中折磨着杰克，突然查理的惊呼唤醒了他，有人在海水中挣扎求救。杰克奋力游向了溺水者，却只来得及帮助了同样下水救人的布恩。杰克正在自责未能救起溺水者，突然见到一个穿制服的男人站在水中。凯特认为这只是他缺乏休息产生的幻觉。幸存者只剩下了46人，淡水也即将喝光。

宋看着金在海边赤手捕鱼，她回想起两人最初相识的美好时光，但是自从原本是酒店侍者的金为她的父亲工作之后，他渐渐变得冷酷而无情。金突然袭击了靠近海边的迈克尔，几乎将他淹死，直到索耶把金制伏并铐在飞机残骸上。由于语言障碍，他们决定把金一直铐着直到弄清原委。

查理变得越发烦躁不安，他终于忍耐不住向洛克索要毒品。洛克告诉查理摆脱毒品只能靠自己的意志力，他会让查理索要三次，第三次才会把毒品给他。萨伊德告诉凯特定位法语信号的计划，但是除了自制的天线，无线电发报机需要新的电池。凯特对索耶的搜掠飞机残骸行为心知肚明，成功地用激将法从他那里取得了电池。

凯特在海岸边遇到了裸泳的索耶，并见到他拿着一本名为《沉船》的小说。莎伦的哮喘病发作，布恩从那本小说推断自己的行李成为了索耶的战利品，但在翻找止喘喷剂的时候被索耶发现并遭到了殴打。杰克和索耶因此爆发了冲突，直到凯特制止了他们。索耶同意交出喷剂，代价是凯特的一个吻。萨伊德愤怒地调查自己遇袭的真相，洛克送给他一炳小刀防身。

萨伊德来到一片陌生的海滩，他并不知道，有一双眼睛在暗处注视着他。沙滩中露出了一根金属线，萨伊德顺着这根电线进入了丛林，却被布好的陷阱吊在半空并伤到了腿。当他醒来时发现被捆绑起来，一个熟悉的法语女声拷问着他：“亚历克斯在哪里？”在山洞里杰克仍然忙于治疗幸存者们的各种病痛，其他人试图互相鼓舞提起精神。

克莱尔从可怕的噩梦中惊醒，一直照看着她的查理耐心安慰着她，却发现她手上沾满了血迹。杰克诊断克莱尔因压力过大患上梦游症，在接下去的几个夜晚，她仍然频频被噩梦惊吓到尖叫，折磨她的并不只是预产期的临近，围绕着腹中孩子而发生的往事，才是克莱尔惊恐的根源。赫尔利计划统计一下幸存者的名单，他在海滩上遇到一个名叫伊桑-罗姆的陌生乘客。

杰克和洛克在路上发现了查理的背包，还有足迹和重物被拖拉的痕迹。杰克不顾劝告立即冲进了丛林。洛克整理装备去加入杰克，迈克尔自告奋勇也要同行，被拒绝后打算独自出发。杰克徒劳无功地搜索着丛林，他回想起父亲克里斯蒂安的医疗事故：一个孕妇死在了手术台上，杰克不愿见到同样的厄运降临在克莱尔身上。

凯特在采摘水果的时候遇见了索耶，两人一起来到一片从未踏足的丛林，发现了一道瀑布和湖泊。两人在湖底发现了还系在飞机座位上的两具尸体，索耶搜寻着财物，并拿走了凯特捞起的一只铝制密码箱。潮水渐渐淹上了人们扎营的海滩，幸存者们不得不收拾物品寻找新的营地。莎伦对布恩连续几日的早出晚归发生了怀疑，而布恩只是推说寻找克莱尔，并嘲笑莎伦是个废物。

海滩上，布恩心烦意乱地警告萨伊德远离莎伦，萨伊德自然毫不让步。洛克警告布恩不要树敌，特别是萨伊德这个未来潜在的好帮手。由于布恩和洛克忙于他们神秘的新工作，整个营地的人们已经有一个星期没有摄入蛋白质了。肥胖的赫尔利虽然语言不通，仍勉强跟着金去学捕鱼。

迈克尔在丛林里焦急地找着儿子沃尔特，他发现沃尔特居然在跟洛克学习飞刀。迈克尔不愿让儿子就此在孤岛在生活，他决定制造木筏渡海离开。查理搜索着克莱尔的物品，希望能从中找到一些线索，他发现克莱尔的日记本不见了。凯特建议他去索耶那里找，果然发现了日记本的下落。

查理被纷乱的脚步声吵醒了，他又惊又喜地看见洛克抱着昏迷的克莱尔出现在营地。杰克立刻为她做了检查，但是醒来后的克莱尔却茫然地说：“你们是谁？”查理告诉克莱尔她曾被伊桑绑架，但是她对此也毫无记忆。查理和金同路走向海滩，伊桑突然出现打昏了金，他命令查理把克莱尔带回此地，否则他将每天杀死一个幸存者。

仍然独居在海滩的索耶发现他的战利品遭到了破坏，居住的帐篷也被掀去了油布，但是罪犯是一头巨大的野猪。索耶愤怒地追入丛林，却被野猪甩得无影无踪。这时掠过丛林的微风带来了一阵幽灵般的低语。凯特等人都把手枪放回铝箱，但是索耶拒绝交回武器，凯特自告奋勇去说服他。伊桑死后，查理似乎完全变了一个人，他甚至拒绝与克莱尔的接近。

金四处寻找妻子宋，却发现宋身穿比基尼在游泳，夫妻二人为此发生了争吵。在附近制作木筏的迈克尔前来劝架，却被宋打了一个耳光。气恼的迈克尔再不愿理睬稍后来道歉的宋，他只想尽快完成木筏离开这个该死的孤岛。当晚凯特和宋在篝火边谈心，岸边升起的火光惊动了所有人：迈克尔的木筏被彻底烧毁了。迈克尔在人群中没有见到金的身影，他愤怒地认定金就是纵火的凶手。

经历过木筏被毁之后，金与迈克尔的关系变得越来越好，语言不通也能进行交流。杰克经常来到海边察看工作的进展，迈克尔告诉他，比起靠木筏离开小岛，他们应该继续尝试向外界发送求救信号。大家想起萨伊德提到法国女人那里有电池。赫尔利在萨伊德带回的地图上看到了一串无比熟悉的数字。

洛克始终无法打开那扇神秘的舱门，布恩已经对这种毫无结果的工作感到厌倦，他对洛克的信心开始动摇，并怀疑洛克是否有些神经错乱。夜晚的沙滩上，洛克用篝火的余烬烫自己的脚底，但是没有任何感觉，昔日车祸造成的麻痹又来纠缠他了。索耶询问宋哪种草药能治疗头疼，暗处的凯特把这件事告诉了杰克。

虽然杰克的紧急手术使布恩恢复了呼吸，但是严重的失血最终会要了他的命。克莱尔从半昏迷的布恩口中问清血型，其他人立刻出发去寻找相符的供血者。凯特从索耶那里取得了用于手术消毒的酒精，丛林中的呼救声把她引到了克莱尔的身边：克莱尔发生了宫缩，孩子有可能要早产了。路过的金立刻奔向山洞去寻找杰克。

布恩的葬礼后，疲惫不堪的洛克出现在人们的面前，杰克愤怒地指责他是骗子和凶手，但是由于长时间的劳累和缺血，杰克突然昏倒在地。为了让他得到充分的休息，凯特偷偷把安眠药放入了杰克的饮料里。萨伊德极力安慰沉浸在悲伤中的莎伦，莎伦认定洛克就是杀害哥哥的凶手，要求萨伊德为布恩报仇。

新的木筏就快要完工了，乐观的气氛慢慢在幸存者中传开，阿兹博士警告迈克尔热带的季风季节随时都会来临，木筏应该尽快出发，否则就算成功出航，单薄的木筏绝对难以抵御海上的风浪。凯特要求与迈克尔同行，但是木筏早已定下了乘客名单：迈克尔、沃尔特、金和索耶。迈克尔在一天工作后突然发病倒地，杰克在他的水瓶发现了一些可疑的残留物。

早起的沃尔特突然看到有什么东西朝着海滩移动，他立刻拉响了营地的警报。萨伊德认出了这是法国女人丹妮尔-卢梭，她惊慌失措地说着：“‘其他人’来了。”丹妮尔对整个营地讲述了发生在十六年前的故事：科考队在小岛附近的海域触礁，那时她已经即将临盆，小岛的深处突然冒出了一股浓密不散的黑烟，在亚历克斯出生的那天，‘其他人’出现并抢走了孩子。

随着木筏的离开，还留在岛上的幸存者们必须度过眼前的危难，受丹妮尔的故事的影响，克莱尔始终相信“其他人”的目的是要夺走她的孩子。人们从内心深处仍无法理解为何会发生这些神秘而又恐怖的事情，丹妮尔对此简单地回答说：“因为你们身处在这个岛上。”她把杰克等人带到了炸药的放置地，随即消失在丛林中。

而在孤岛之外海面上，迈克尔用小型雷达发现了船只的踪迹，索耶发射了仅有的一发信号弹，但是赶来的却不是期待中的救星。在逃过怪兽的袭击后，众人不顾赫尔利的阻止，用炸药轰开了那扇刻着“4,8,15,16,23,42”的舱门。当他们用火把照亮了门后的地洞，见到了超越他们信念和信仰的东西。