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1944年冬，抗日战争进入尾声，日军在世界各地的战场上频频失利，日军高层决定发动一场代号为“焦土计划”的生化细菌战，妄图挽回败局。联派胡铁荣在转移病毒专家瓦西里时，由于愣头青谢欢搅合失败，病毒专家被日军杀死。从前线战场回来，做敌后工作第一次任务就失败，胡铁荣非常懊恼，而更让胡铁荣不解的是，抗联领导要求胡铁荣发展谢欢成为雪鹰一员。
早先被日军抓获的洛雪在日军实验中成为携带病毒抗体的活体，日军欲将洛雪由新京秘密押送到731部队以提取病毒的抗体样本，然而洛雪在运送途中伺机逃走，被日军穷追不舍的洛雪巧遇赶来营救她的谢欢，两人成功逃脱日军追捕，却在树林中迷路，马儿驮着两人来到了女尊男卑的杀手组织奇门。由于正在用人之际，门主姹箩没有杀掉两人，而是派人调查两人底细。
被困于奇门的谢欢、洛雪二人，在忠义正直的奇门风堂主风竹开导下，两人决定留在奇门培训杀鬼子。在奇门培训洛雪过程中，江湖经验老道的风竹也发现洛雪身中剧毒，随与谢欢秘密商定伺机进入奇门密室拿到寒江雪救洛雪，如此好心风竹也让谢欢误认他为是共产党。与此同时，抗联决定正式成立雪鹰支队，全力营救活体。
胡铁荣在与方歌接头中得知日本人抓壮丁是为了替100所扛绘制仪器，从而抓紧时间绘制东三省地图，于是让黑噶与伍子两人装扮成壮丁混入日军绘制队伍。小岛爱得知松川博士并未回国，而是在新京城被绑架，出动全城军士搜索。搜索过程中，抗联新京地下组织聚点兴发贸易行被捣毁，正在贸易行接头的胡铁荣在与鬼子激烈巷战后逃回家中。一直崇拜抗联恨不得持枪拿刀跟着抗联杀鬼子的妻子王秀枝，对胡铁荣又是一顿数落。
奇门门主姹箩将严格训练后的洛雪、月影、谢欢等人组成奇门地杀。谢欢成了洛雪的影子。每个影子都中了每月发作一次剧痛无比的毒药留影，姹箩则用解药控制众人。风竹怕谢欢受苦，对其格外照顾，让谢欢很感动。
洛雪谢欢成功射杀汉奸江浩，由于手枪的消声器是坏的，陷入困境。谢欢联想到风竹一席话后认为这是姹箩“兔死狗烹”的计谋，让洛雪离开，自己孤身回奇门复命。枪声响后，转移了日军注意力，月影成功拿到地涌金莲。在日军围堵中，洛雪被驱车前来郁宁远接走。郁宁远用计摆脱日伪军排查顺利出城。
在洛雪的帮助下，郁宁远一行人不费一兵一卒占领了奇门，为了稳住奇门中人。郁宁远将姹箩阴谋从师姐蓝禾夺权的始末告知众人。原来郁宁远的生母正是奇门的蓝禾，郁宁远奇门此行也正是为了替已经不在人世的母亲还一个公道。
风竹派人打探外面情况得知，山下车马店换了新主，看过手下的画像后，他一眼认出是胡铁荣，便下山与之相聚，原来两人是旧识，并对彼此为人一清二楚。胡铁荣坦诚表示在车马店是因为活体到了奇门，风竹答应帮助胡铁荣保护活体洛雪，同时也告知胡铁荣他所知道关于郁宁远的一切，警告胡铁荣：郁宁远动机不纯需要提防。
方晓晓在街头发抗日传单被伪警抓住，孙超呵斥了手下将方晓晓亲自送回家中。临走之前，孙超建议方歌将保险柜放在日本银行保管，遭拒。这边，胡铁荣通过方晓晓帮忙，从松川口中得知日本人做实验的马由新安马场提供，而风竹告知胡铁荣新安马场背后的大老板是方歌。胡铁荣找到方歌，得知方歌卖马也是为了从日本人那里套取信息。
逃出来的松川良心没有完全泯灭，被绑架期间他好吃好喝，在逃出来后并没有指认黑噶、伍子就是绑架他的人，而是继续自己在日军的工作。然而得知松川逃脱后，胡铁荣焦虑万分，托方歌派人去救黑噶与伍子，方歌也托胡铁荣打探女儿的消息。成功逃脱后，在方歌手下护送下，黑噶与伍子见到胡铁荣，将他们在山上所见所闻全部告诉了胡铁荣。正在重新绘制地图的小岛爱，为了防止地图情报被黑噶泄露派人追捕。
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