大明中期，程朱理学兴盛，女性地位低下，学医之女更被看做异类。明英宗朱祁镇继位，孙太后受命辅政，以英宗年少荒唐为由迟迟不肯还政，英宗则听信东厂太监王振的谗言，与太后对立；孙太后在汪国公的煽动下起了废帝另立的心，居住在宫外的郕王朱祁钰被秘密召回京中。密诏郕王朱祁钰进京，欲另立新君，王振担心危及自身，遂瞒着英宗派曹吉祥务必击杀郕王于中途，郕王负伤逃走。汪国公手下徐侍郎的母亲办寿宴，杭允贤对官家小姐们的应酬毫无兴趣，反而在寻找徐府院中的神药铁皮石斛中偶然遇到重伤的祁钰，仗义相救。不料曹吉祥很快带人闯入，要搜查祁钰的下落。紧要关头，徐老夫人中风转移了众人的视线，允贤自告奋勇为她医治。孙太后的侄女汪美麟在父亲汪国公的示意下，假装晕倒，找机会把自己心心念念的祁钰救了出去。允贤救治徐老夫人一事被父亲杭纲得知，杭纲大怒，禁止允贤学医。

杭纲当众烧掉医书，不准允贤再给人治病。更糟的是，经杭老夫人的验证，允贤才知道自己开错了药方，徐老夫人生死未卜。幸好徐府后来延请的太医刘平安在抢救了徐老夫人后，遮掩了这个素未谋面小医生的过失。祁钰被汪氏父女救走后见到了生母吴贤妃，原来孙太后秘密召他进京是有意扶持他做皇帝。但祁钰对英宗向来敬重，从没有过谋逆的意思，当即劝诫母亲安分守己。吴太妃只得劝他无论如何见太后一面。允贤去永庆庵进香，偶遇被降职的忠臣于东阳的家仆向住持静慈师太讨要香灰。原来于夫人小产，于东阳不许男大夫为妻子近身诊治，夫人命悬一线。经过徐老夫人一事，允贤不敢贸然出诊，还在犹豫的时候，一位男子闯入要拉着允贤赶去救人。允贤惊魂未定，这时静慈师太出来作保，说此人名叫郑齐，是自己的内侄。允贤跟着郑齐来到于府，连施妙手，把人救了回来。允贤责备于东阳把礼教看得比人命更重要，这番言论引起了郑齐赞同和欣赏。返程路上，允贤和郑齐谭论为于东阳平反一事，发现郑齐非常厌恨太后，允贤刚替太后争辩两句，他就甩脸离开，将允贤抛在半路。

允贤不得不自己驾车，但不得其法让马受惊，危难之际，被路过的祁钰出手相救，安然回到永庆庵。祁钰的仗义出手和细心照料让允贤很感动。于夫人身子转好之后，夫妇俩登门致谢，此刻的于东阳因为允贤和郑齐的话已然解开了心结，仕途上也得以逐渐挽回局面。夫妻俩将允贤看病开方一事掩了过去，只说她慷慨解囊给了药钱，收了允贤做义女，杭纲也十分欢喜。允贤那日坠马摔碎了心爱的首饰，祁钰见她非常不舍，就命人做了一模一样的送去。允贤突然收到这份礼物，很是惊喜。在于府，官家女眷们知道允贤行医治病，很是鄙夷，允贤辩称学医不但能治病还能美容，她给大家配制的七白膏极受欢迎。祁钰进宫见了孙太后，表示自己无意争夺皇位，谏劝她辅佐皇帝勿作他想。太后听完勃然大怒，将祁钰软禁起来。

汪美麟得知祁钰被关担心不已，而曹吉祥在永庆庵没有接应到祁钰。徐侍郎上门与杭纲商议两家的亲事，允贤当面拒绝了徐侍郎，徐侍郎忿忿而去，杭纲亦是大怒。 王夫人慕允贤七白膏的美名前来讨要，谁知允贤非但说她不适合使用、而且还指出她体含诸多病症，王夫人讳疾忌医十分不快、忿忿离开。于夫人为允贤抗婚的事劝导了她，谁知徐夫人因为徐公子本不是她的亲子，并未因此而责怪允贤，相反热切地请她为自己看诊，并坚持要她写下了需要购买的药名。谁知徐夫人抓药服用后竟然一命呜呼，徐侍郎将允贤告上了顺天府。 程十三的侄子、刘平安的弟子程村霞从南京太医院归来，为了给他一个露脸的机会，程十三让他去庭上辅助庭审。 允贤被收监大牢，杭老夫人、于夫人前去狱中探望允贤。

在徐侍郎的安排下，允贤被换到了条件极差的牢房，周围尽是病人。允贤见不得狱友受苦，热心为她们诊治，却苦于狱卒刁难，没办法配药。送牢饭的罗大娘原是个医婆，她被允贤的侠义心肠所动，便教她救人，又传授了许多民间治病救人的奇特偏方，让允贤获益匪浅。她还提醒说，徐夫人可能服用过其他药理冲突的药草，这才身亡。案子开审时，允贤质疑徐夫人私自服用过其他药物，矛头直指太医院隶下的惠民药局。被软禁的祁钰得知允贤陷入官非却无力营救，十分着急，让吴太妃设法救助允贤，吴贤妃派人拿银子贿赂出庭作证的程村霞，遭到拒绝。原本程村霞要听从叔叔程十三的安排维护惠民药局的声誉，就更加以为允贤品性不端。程十三怕徐夫人之死一事连累到自己的名誉，让程村霞一定要把责任都推到允贤身上。

徐大人出钱让人作伪证，形势对允贤十分不利。紫苏赶去城隍庙想为主子烧头香祈福，半路上撞见醉醺醺的郑齐，他听说允贤入狱，非常紧张。 开庭再审时，徐家婢女不承认徐夫人没有说清楚病症，其他当事人又不肯出庭作证，幸好有王夫人出面力证允贤的清白，可依然难逃被判罪的命运。庭上，王振突然到来，帮允贤讨还公道，她终于被无罪释放。杭纲为女儿和东厂扯上关系而急躁，幸有于夫人开解。 另一边，刘平安指责程村霞出庭作证时不负责任的说辞，认为他失了医德。太后亦十分不满意皇帝纵容王振干涉判案的作为。 允贤始终放不下徐夫人的死，又惊闻罗大娘被徐侍郎迁怒踹死，不禁伤心至极。想到自己行医不但带来了牢狱之灾，还间接害死人，允贤萌生了放弃医学的念头。 祁钰巧妙施计，让汪美麟将有特殊意义的饰品带入宫中，皇后看到后连忙告诉英宗。

允贤整日在家中诵经反省，不再翻看医书。英宗知道后很不放心，决定设法为她派遣心情。 英宗跟踪汪府的人终于兄弟相见，原来他就是郑齐。二人共叙兄弟之情，祁钰将孙太后另立太子的阴谋告知英宗，英宗气愤难当，他嘱咐祁钰与自己内外配合，不让孙太后的阴谋得逞。 祁钰面见孙太后，力劝孙太后不要与英宗为敌，孙太后听后不高兴，但克制住了。 在郑齐的暗中安排下，允贤受静慈师太之邀来到寺院念经陪伴。寺院里收留了一些没钱看病的人，师太想让允贤帮着诊治，但允贤因为内疚想要放弃行医，难以为他们诊病。此时郑齐出现，激励并劝说允贤，想让她重拾医学理想。 在郑齐的鼓励之下，允贤继续行医，为寺院中的病人诊治，在别人的康复中真正化解了心结。她向郑齐道谢，但二人刚刚和气交谭几句，就又因为朝政议论起了冲突，不欢而散。

郑齐托人给允贤送来了针灸的银针、名贵药品，允贤也回赠亲手制作的桂花蜜，这才算和解了。 这时黄河突发水灾，多地被淹，大批饥民流离失所。流民涌来京城，静慈师太毅然带领永庆庵予以救济。允贤以男装打扮一起帮手，却意外发现不少人竟然已经得了霍乱。师太赶紧上报朝廷，地方医院和太医院参与救灾，程十三为了保护程村霞的安全，派万宁带惠民药局打头阵。 在治病救人的过程中，万宁当众质疑允贤的土方土法，但情势危急药品短缺无法逐一实行正统疗法，加上允贤的办法疗效显著，她受到了静慈师太和不少病人的拥护。 汪国公和王振借黄河水患之事，再次挑拨孙太后和英宗的关系。英宗以微服私访的方式来到民间，斩杀嚣张跋扈的将士、安抚流离失所的灾民、提拔爱民如子的于东阳，安排互补调粮赈灾，一时间大获官员和百姓的支持。

孙太后暗中做政治筹谋，谁知皇帝抓住范弘，获得口供，当庭指出太后指使地方官员毁堤。范弘咬舌自尽，此举虽然没有一举拆穿孙太后，但英宗的气势有所提升，还终于夺回了玉玺。 英宗带药品给允贤，却因为手下口快说破了已经成亲的事实，十分尴尬。万宁对允贤心怀偏见，故意说出她是个女子的秘密，引发病人的许多误解。允贤百口莫辩，这时神秘的瓦剌人也先却将自己的性命托付给她，愿意在药品紧张的情况下接受一名陌生女子以自己的判断进行施救。允贤就地取材，从日常生活中的东西提取所需，制成偏方，竟然治愈了他。万宁终于为她的医术、医德所折服，二人共同研究起了医术。 祁钰运粮而来，帮助英宗得到了更多官民的信任和爱戴。当他看到灰头土脸的允贤，得知她为了救人已经几天没有休息，便将自己洗澡用的香皂送给允贤使用，允贤深为感动，二人关系更进一步。允贤选择了祁钰的香包，而把郑齐的放了起来。

霍乱被控制住，英宗下旨重开城门，允贤的父亲看到她又在为人诊病，非常生气，将允贤从寺院拖回家，禁止她出门。允贤心系患者，但难以反抗父亲。夜半，祁钰却找上门来。原来，祁钰的母亲染上霍乱，换了几位医生都控制不了病情，祁钰想到了允贤，无论如何请她到自己家为母亲诊病。允贤前往诊治，最后通过其母的尿液发现了病情的根源所在，得以对症下药。 祁钰把允贤送回了家，没想到父亲早已发现她夜里失踪的事，一怒之下将她关到了阴冷的地窖中。祁钰设法把允贤解救了出来，但奶奶依然担心，因为女儿家的名节问题终究不是儿戏。祁钰听闻后终于鼓足勇气向允贤表达了爱慕之心，允贤内心欢喜，却无法决断。

孙太后和英宗在朝会上针锋相对，孙太后给祁钰安排官职，英宗则因为允贤的作为给她父亲升了官。杭纲受不了同僚背后议论自己，觉得允贤给家门丢脸，要把她嫁出去。 由于祁钰的暗中操作，官媒说道允贤名声太坏，没有人家愿意要，以此来阻止允贤被胡乱嫁掉。杭纲不明所以、更加恼怒。允贤被父亲关在绣楼上，有人来求看病，她就打开窗户远远地看，诊断开药，竟也药到病除。静慈师太猜到英宗喜欢允贤，英宗慌乱否认，并说自己和允贤不可能。得知自己褒奖杭纲的行为起到了反效果，他连忙特封允贤为乡君、公开表彰她的行医之举，终于解了允贤的难。 祁钰与允贤在绣楼相会，两人终于私定终生。吴贤妃一直想要撮合祁钰和汪美麟，见祁钰心不在焉，便派人跟踪，查知他与允贤私会勃然大怒。 英宗凭水灾事件夺得民心，众朝臣要求太后撤帘还政。太后虽不愿却只有照办，她与汪国公密谋，等候英宗执政出错时再卷土重来。

祁钰向英宗请旨赐婚，英宗不知他喜欢的人是允贤，欣然答应。 大年三十，英宗与太后起冲突，愤然骑马出宫，一个人走到允贤家门口。允贤见他孤单可怜，拿出饭菜与他共同过节，两人玩得很开心。允贤扭伤了脚，英宗抱着她一起看烟花。两人击掌约定，以后每年都一起看烟花。英宗回宫后，皇后无意中发现了杭家的红包，隐约意识到了丈夫的心事。元宵节当天，允贤与祁钰约好河边共赏花灯，谁知祁钰被汪国公拖住无法离开。独自赏灯的允贤发现一个婆婆受伤，于是为她正骨疗伤。这个举动却引来了周围醉汉的调戏，幸得英宗出手相救。两人结伴同行，猜中许多灯谜，英宗用奖金兑换了一枚金玉镯送给允贤，允贤却心系祁钰。

天色已晚游人散去，允贤却还在苦等祁钰，让英宗先离开。此时祁钰终于鼓起勇气拒绝了汪美麟，匆匆赶来与允贤相聚。祁钰送了一只紫金灵芝钗给允贤，两人携手赏灯。这一幕被调头回来的英宗看见，英宗此时得知弟弟祁钰的恋人原来是允贤，内心十分复杂。 汪美麟被拒绝，汪国公与太后对允贤起了杀意。他们设法支使开祁钰，太后则颁旨让谭纲调任离京，一家人走得极为匆忙。 允贤为船工治好了小舌头肿大的毛病，从而让他向祁钰递了信。祁钰策马追赶允贤的船，不顾一切地跳上船，表明真实身份，要求杭纲将允贤嫁给他。允贤惊讶于他是皇室之人，而自家却还有未解的冤情。祁钰得知了红花胭脂案的原委后，许诺要替谭家洗白冤情、找到真凶。一家人无不感激。 祁钰赶回皇宫去请皇帝颁旨留下杭纲一家，暂时别过。沉浸在喜悦中的允贤却听到杭纲说道朝廷党派间的危机，并不看好女儿这段姻缘。当她惊闻当年是自己害得亲人们家破人亡，十分悔恨。 深夜，徐侍郎派人追杀谭允贤一家，紫苏身亡，允贤为救奶奶受伤落水。消息传到宫里，皇后告知了兄弟二人，祁钰当场病倒，英宗也悲痛欲绝。

祁钰一病不起，英宗要彻查允贤之死，重伤落水的允贤随波漂流，幸好遇到江湖班子的搭救。 在王道士的照料下，允贤醒来，却依然虚弱不堪。想到自己家的往事，她的内心非常愧疚，于是隐瞒了背景和医术，暂时留在了戏班子里。 途中，允贤发现王道士脾气古怪、事事挑剔，她忍气吞声受了不少委屈。更令她无法接受的是王道士招摇撞骗、用奇怪的法子医病骗取钱财。对此王道士非但不认，还恨恨地戳痛了允贤，令她大哭一场。谁知陈碧娘却说这是王道士有意所为，为的是让她通过大哭来派遣心中郁结。 允贤开始理解王道士，原来他掌握许多医食同源的道理，精通药膳，她在不断挨骂中学习，竟然也掌握了不少知识。

祁钰的身子始终不见好，为了废除祁镇之后有继位之人，太后一面命人尽力救治祁钰，一面设法让祁镇再有所出。英宗意外发现太后在给自己下壮阳药，大怒。两人再起冲突，太后激愤下昏迷。太后的病让英宗十分担忧，他发现自己其实很担心这位抚养了自己的母亲。 王道士开坛做法，开价卖符，允贤实在看不下去，宣扬这是骗人的，可病人却说十分管用。允贤翻阅书籍，终于明白了装神弄鬼背后的医学道理。可王道士早就被她气得半死，坚决要赶人，允贤当众下跪道歉，还要拜王道士为师，意志极为坚决。 王道士一番考问之后，又提出了让她抓蛇的难题。没想到允贤真的抓到，让他心服口服。在王道士的教导下，允贤渐渐懂得了治病要先治心、要与病人建立信任关系等等，并在食疗、祝由等方面得到了长足的进步。

允贤得知家人已经回到了无锡，祁钰为自己一病不起，不禁心急如焚。王道士劝允贤放下过去的心结，珍惜眼前的幸福，允贤终于决定回京。 适逢边境战乱，英宗冲动地派兵讨伐。这一举动被汪国公利用，挑拨英宗与朝臣的关系。英宗心疼生病的弟弟祁钰，让他和母亲回宫住。 告别戏班的允贤终于回到京城，却发现祁钰已经搬回宫住，自己无法和他联系上。静慈师太不在京城，允贤一个人没有住处。此时正好宫里张榜寻找名医给太后治病，允贤为了替家人洗清冤屈，决定进宫给太后治病。 为了请达官贵人来帮自己作保进攻，允贤医好了国公小孩的病，并以开馆行医的志向打动了刘平安，在两人的保荐下，她以医婆的身份入宫。

面对众多的医生太后根本不愿意逐一接受诊治、慢慢地吃药治病。允贤利用性别优势，斗胆触手诊断了太后的病症，并用药膳的办法使得药品变得利于入口。当太后发火时，她又勇于劝诫、适当撒娇，使得太后转怒为喜。 允贤希望打探祁钰的下落，却发现虽然进了宫，却依然相见甚难。 太后的眼疾发作，允贤假称有办法把疾病从眼睛转移到脚上，劝得太后蒙眼数日，好好调理，还劝说了一些让她对政事放宽心的话。事后，太后发现眼疾固然去了，脚上也没有犯病，原来不过是允贤的策略。经历这番变故，她不但精神恢复，心态也放松了，对皇帝一番嘱咐后，竟然放权了。 太医院众人十分不屑允贤的治疗方法，刘平安却一力拥护。程十三对太后退居幕后的事十分恼火，故意设下毒计让允贤受惩罚。英宗得知允贤入宫，意外救下允贤。

允贤这才知道郑齐乃是当今皇上，在钱皇后的温柔劝告下英宗忍痛让祁钰和允贤相见。英宗告诉吴贤妃他想要为允贤和祁钰赐婚。吴贤妃得知允贤抛头露面行医的卑贱身份，竟然强硬地决绝了英宗的请求，她当场晕厥。吴太妃为了阻挠婚事不惜装病，太后对吴太妃反对此事的策略问题多有叮嘱。于是她一改骄横为柔弱，明面上不阻挠迎娶允贤实际上却提出了种种要求。祁钰希望允贤答应母亲改姓，允贤委屈答应，但向英宗表示自家本不姓杭，她说出了当年的冤案及自己要查出真凶的决心，英宗表示会竭力追查此事。吴太妃没想到允贤愿意改姓，她又提出婚后不得行医救人的要求，祁钰依然希望允贤听从，两人不欢而散，吴太妃称病晕倒。

允贤告知吴太妃假病一事，祁钰与其产生争执后离开，这时汪美麟却来温柔劝慰。允贤坚定要继续研习医术、治病救人。英宗劝她留在宫里，特意封了司药女官的位置。允贤思来想去，想拜刘平安为师学习更深的医术，谁知刘平安认为女人不可能终身从事这门学问竟然拒绝了。允贤不甘心，决定通过投考太医院的办法来实现自己的愿望。此事在太医院一石激起千层浪，刘平安被允贤的执着所感动，力排众议让她参加考试。投考太医院绝非易事，允贤十分疲惫，幸有英宗替她找来万宁予以指导。期间祁钰前来探望，她却避而不见。考试如期举行，程村霞叔侄设置了种种难题来为难允贤。允贤的表现让众人心服口服，可最终却被有侮辱性质的考题挡住。

允贤受尽委屈，忍不住痛苦流泪，冷眼旁观的刘平安当场表示自己收她为徒。 英宗为允贤的成绩感到高兴，为允贤接下来的工作和生活细心安排了许多事项。钱皇后亦十分关爱，允贤向她表明了自己对英宗的态度，两人再无芥蒂，还结为姐妹。从此允贤全力助皇后怀孕。 允贤跟着刘平安认真学习医术，还修缮御药房，在宫中行医，但此举遭到了程村霞等人的不满，他们有意设局来害她。 渤泥国的使臣因水土不服而生病，太后让允贤和程村霞一同给他们治病，比试医术高低。程村霞拒绝了叔叔程十三的帮助，决定凭真本事和允贤比试。程十三依然认定胜券在握，因为允贤接诊的渤泥国王妃只接受扎针不接受吃药，比国王难治得多。谁知允贤另辟蹊径，用酸奶治好了她的病。

允贤的医术和名声在宫中提高，权丽妃请她给自己看病，被告知自己用来美白的化妆品实际有毒，幸好她可以开药解毒。权丽妃对允贤非常感激。 宫里娘娘们都爱找允贤诊病、爱吃药膳而不吃药，这引发了太医院人的强烈反感。刘平安严厉责备了有此想法的程村霞，直言他的心胸太过狭隘。 吴太妃装病一事被祁钰拆穿，终于松口，孙太后便依言考虑让祁钰纳允贤为侧妃，汪美麟极力反对反而被指责，汪国公要她认清此事没法仰仗太后，但他另有计划。 允贤给钱皇后做了药膳调理她的身体，钱皇后吃后身体好了很多，允贤想明白了钱皇后的病症所在，调配了中药让钱皇后进行药浴。 汪国公为了陷害允贤，故意让她给太监们看病，并借机宣扬此事，破坏允贤的声誉。英宗担心允贤安危而去看望她。

祁钰无意撞见英宗和允贤谭笑风生，生气离去，他调查出英宗对允贤非同一般的关怀。汪国公利用允贤行医的事故意在朝廷上激怒英宗，挑拨他和太后之间的矛盾，太后重新掌握了权力。因为吴贤妃的阻挠和挑拨，祁钰和允贤之间爆发了争执，祁钰一时冲动说出了对她和英宗之间关系的怀疑。此时太后突然下旨以允贤破坏礼教为由要处死她。钱皇后竭力阻拦而受伤，刘平安诊断出她的身孕。允贤因帮助皇后怀孕而立功，暂时躲过一劫。英宗为孩子的事大为惊喜，同样以安和郡主的安危为威胁劝太后不要再对允贤动手。祁钰对允贤的遭遇心疼不已，为自己的出言不逊深深道歉，他想和允贤远离宫廷，去郕州。王振向英宗挑拨离间，激化他和太后的关系。英宗进一步得知事情是汪国公的阴谋，下令刺杀汪国公，却被钱皇后极力劝阻，英宗意识到作为父亲的责任，刺杀行为临时中止。

夜里英宗和允贤聊天，深深感慨自己的无力，情切中表达了对允贤的感情，却被断然拒绝。冷静下来的英宗许诺自己会把允贤当做小妹妹一样来保护，并会努力促成她和祁钰。允贤辞别师傅、御药房，心中却是非常得不舍。英宗安排她见家人，在父亲和奶奶的劝说下，她直面了自己对英宗的担心。她和祁钰坦诚相告，两人决定留下来一起帮助英宗。英宗在朝政上处理逐渐变得成熟起来，汪国公和孙太后又策划让宫中的妃子假怀孕，等到生产时再用皇子换太子。允贤将药膳方子整理成书，让英宗印刷后分给百姓，以此来提高作为帝王的声誉。不料此书被程十三看到，程十三看到后组织人连夜抄袭复制。瓦剌使团提出要和明朝互市，英宗认为是个借机壮大实力的好机会，派祁钰去山西处理此事。

祁钰暂时离京，与允贤依依惜别。允贤在宴席上得知程十三抄袭并出版了自己的书籍，并高价出卖。允贤大怒，要找英宗说理，程十三假意恳求允贤原谅，却向孙太后揭发允贤就是当年谭家的后代。孙太后制造了妃子服用允贤所开中药流产的假象，想要治允贤死罪，不料由于妃子特殊的脉象，被允贤发现了问题。妃子无可辩驳，英宗直言要追查背后主谋。孙太后让程十三赶紧跑路，却被王振抓回。程村霞无意间透露给允贤：程十三以前手上有胎记。允贤终于想起来，程十三就是当年陷害谭家、下红花精的仇人。曹吉祥当面假装杀死了程十三，实则被买通救了程十三。但孙太后却受到刺激而中风卧床。谭家的冤屈终于得到洗清。英宗又重新获得了权力，允贤出版的药膳集广受百姓的欢迎，百姓们也因此更加爱戴英宗。

孙太后的失势让汪国公感到不安，让汪美麟装可怜挑拨祁钰和允贤的关系。恰逢瓦剌使团在也先的带领下来到京城，主管国库的汪国公故意称国库亏空，使得英宗难以应对。在朝堂之上，也先故意挑拨英宗和太后的矛盾。程十三因为买通了曹吉祥，并没有真的死去，他借机投靠了也先，给他出谋划策。瓦剌使团的人在城中到处寻衅滋事，英宗不得已下令抓捕。也先借机返回，随后很快起兵攻打。众臣认为英宗依旧荒唐无行导致了这番局面，要重新拥戴太后垂帘，太后东山再起，英宗十分颓唐，闭门不见众人，皇后只好叫来允贤。

允贤赶来，全力鼓励英宗，终于唤回了他的勇气。英宗赐婚于祁钰和允贤，谁知太后和吴太妃又来阻止，王振劝英宗御驾亲征以求夺回权力，英宗不允。王振暗中派人放火烧毁了明军的粮草，使得明军在战场上大败。情急之下，谭纲主动请缨上了前线。汪国公抓住机会诬陷谭纲通敌卖国，允贤也受到牵连被打入天牢。祁钰万分着急。王振一心一意劝英宗御驾亲征，私心却是想以大元帅的身份在家乡人面前逞威风。英宗派他去解救允贤，他要求允贤帮自己劝说皇帝亲征为条件作为交换，结果被断然拒绝。王振大怒，对英宗谎称解救失败。太后想要处置允贤，危急之下，祁钰只得去找负责此事的汪国公求情，可对方的条件却是迎娶汪美麟。吴太妃许诺将来让允贤当祁钰的平妃，无可选择的祁钰终于答应了汪国公的要求，允贤得以出狱。

汪美麟要嫁祁钰，得意不已，允贤得知了祁钰的婚事，看到郕王府上张灯结彩一派喜庆的样子伤心不已。她在当年和祁钰约会的河边触景生情，一时恍惚失足落水。幸好英宗及时赶到，下水救上了她。允贤醒来精神恍惚，英宗看到后十分心疼。新婚之夜，祁钰得知允贤落水后十分担心，他心里只有允贤，和汪美麟分房睡觉，这让美麟倍感耻辱，怀恨在心。祁钰觉察到汪国公陷害谭纲的阴谋，他为了找到证据，在外和汪美麟扮演恩爱夫妻，晚上却还是不与亲近。汪美麟找到允贤，一反平时温柔的样子，扬言自己不会就此善罢甘休，还威胁到了她的家人。很快允贤家里的猫死了、皇后又受到了惊吓，允贤真切感到了汪美麟的手段。

允贤为保护身边的人，决心自裁。祁钰和英宗分析情况，认为汪国公和太后并非表现得那样统一，他私下必有后着。王振的手下潜入汪国公家中，拿到了他私通瓦剌陷害谭纲的证据，英宗在朝廷上出示证据想要治他的罪，不料汪国公早有准备，反倒让英宗陷入尴尬，此时前线又传来战败的消息，英宗冲动之下决定御驾亲征，逼迫太后交出了兵权。英宗把朝廷和家人托付给了祁钰，率大军离开。允贤在汪美麟的再三逼迫下为了保护家人想要自杀，幸被及时赶来的皇后救下。皇后对外宣称允贤意外身亡，暗中安排允贤假死，然后出宫追上出征队伍，充当军医。祁钰得知允贤亡故，再次吐血犯病。刚出城的明军队伍遇上了大雨，不少士兵都受寒感冒了，而所带的药材又不够，幸好允贤就地取材，用姜糖水治疗感冒，鼓舞了士兵的士气。英宗认出了允贤，惊讶不已。英宗接到手下将军的报告，由于准备仓促，随军的太医和药材都不够，英宗便指派王振去前面的镇上采购一些，王振和曹吉祥趁机从中牟利，却不知已经中了程十三的计谋。

战场上，英宗带领士兵英勇杀敌，让瓦剌部队很快就撤退了，明军顺利夺回被攻占的大同城。允贤和将领们对如此顺利拿下重镇感到不解，提醒英宗小心瓦剌人的阴谋，但沉浸在胜利中的英宗并不为然。军队的粮草被瓦剌人点燃，还留下了侮辱英宗的横幅。英宗大受刺激，率兵追赶无果，还遭到了瓦剌人的偷袭，狼狈不堪。王振为了能光宗耀祖，建议英宗带部队去他的家乡蔚州，不料在去蔚州的途中运送补给粮草的车辆被瓦剌军队劫走，疲惫不堪的队伍实在难以支撑。士兵伤亡惨重，却发现金疮药不过是些黄泥，王振的罪行败露，被英宗的手下打死。这时也先亲自率领瓦剌人再来，眼看战争取胜无望，英宗要自刎谢罪，却被允贤阻拦并骂醒，最终他成了俘虏。被俘后的英宗绝食求死，也先却希望利用他当人质来牵制明朝。英宗被俘的消息传到京城，朝廷一片哗然，太后晕厥。

允贤受伤躲在被俘士兵中，因为看到士兵们缺医少药，没有吃的，她勇敢地主动找到看守的瓦剌士兵，通过帮他们看病来换取一点食物。程十三见英宗，发泄了深刻的恨意，并强行给英宗喂食。英宗经过一番刻骨的反思，决定勇敢求生、体体面面地活下来的，等待重生的机会。也先提出要用五十万两银子交换英宗，祁钰和大臣们商议，汪国公推说国库空虚，钱皇后愿意拿出自己的首饰变卖，感动了祁钰，他决定花钱赎回英宗。也先想要侮辱英宗，但英宗表现得不屈不饶，维持了明朝皇帝的尊严。也先收到钱款后并不放人，反而再索要100万两白银，祁钰欲卖封地筹款，孙太后却明白这是个无底洞，要祁钰登基做皇帝。朱祁钰不允，吴太妃、汪美麟以各种理由轮番展开劝说。祁钰拗不过众人的要求，登基称帝。很快他把母亲接到宫中，封为太后，第一次享受到了当皇帝的权柄威风，但他依然要求保持英宗在时候的一切格局，期望兄长回来。

汪美麟当上皇后十分得意，手下的宫女更是跑去钱皇后的住所驱赶她，却在争执中导致了钱皇后的早产。幸好刘平安的及时抢救，顺利产下一个皇子。祁钰当即宣布新生儿为太子。钱皇后为了孩子的安全，主动提出搬离宫廷。也先得知明朝又另立新帝，决定封锁秘密，尽快集结兵力攻打北京。而允贤随着被俘士兵流放到草原干苦力，允贤帮助牧民接生，赢得了草原百姓的爱戴。在也先的宴会上，可汗和也先爆发了冲突，也先的弟弟伯颜帖木儿被可汗羞辱，气急败坏的他找到英宗出气，却打不过英宗，还被英宗的气魄所折服，下令善待被俘的士兵。被俘明军对皇帝颇有怨言，允贤真心为他辩解，终于凝聚了众人的心。程十三在瓦剌给贵族看病，受到了贵族的爱戴，但他从不理睬普通的百姓，和允贤成了鲜明的对比。也先逼迫英宗发诏书宣告天下，遭到英宗的拒绝，也先一气之下将英宗囚禁在帐篷中。允贤听说后十分着急，却无法可想。也先的妹妹脱不花突然得了狂犬病，瓦剌的医生们都束手无策，程十三也没有办法。

也先要取被俘士兵们心头血来做药引救脱不花，允贤不忍同胞被杀，主动请求去医治脱不花的狂犬病。允贤用自己独特的方法把脱不花抢救了过来，自己却因为劳累过度而晕了过去，也先这才发现允贤原来就是救过他的活观音。也先帖木儿和脱不花一起对允贤表达了谢意，并愿意答应她的要求。允贤提出释放父亲，才知道父亲早已无恙。她便进而要求看望英宗。允贤和英宗相见，他们互相鼓励、交换消息，立下了同生共死的誓言。允贤警告也先不要攻打明朝，也先被她独特的气质所打动。也先要攻打北京的消息传到朝廷，对于是否要迁都南京祁钰和大臣们展开了讨论，汪美麟后劝说孙太后迁都，遭到训斥。孙太后和祁钰决定积极迎战。允贤在给脱不花治病的过程中两人成了好朋友，脱不花看到英宗驯马救人的英姿，不禁为之倾倒。在脱不花的帮助下英宗得到机会和允贤去看望被俘的士兵，他的下跪道歉打动了将士们的心。可允贤的女子身份却引发了强烈的争议，将士们认为是她给大军带来了晦气。英宗决然为允贤说话，却也明白没法左右别人的心。

程十三和允贤相遇，双方都很惊讶，当面表达了对彼此的彻骨恨意。程十三警告也先说允贤对脱不花的治疗有问题，也先将信将疑，把允贤带离脱不花的身边，允贤毫不畏惧。也先被允贤的气魄所折服，允贤搬到明军士兵的帐篷中，在曾经受过允贤救治的士兵周强的劝说下，大伙此时都不再记恨允贤，当面向她道歉。也先因为出兵讨伐的事情和可汗发生了争执，又看到允贤在帮牧民看病，就让允贤也帮他诊脉。允贤准确地猜出了他的心理，这让也先和惊讶，也先愈发的开始注意起允贤来。可汗设宴故意羞辱英宗，在从程十三处得知允贤对英宗的重要性后、特意把允贤骗来作为要挟。

允贤在宴席上被逼要自杀，危急时刻，也先赶来救下了允贤，并宣布允贤是他的女人。英宗误以为也先也要对允贤不敬，要和也先拼命。也先把允贤带回自己身边，对她百般照顾，同时下令限制可汗的行动，直到可汗同意交出兵权。他想要强占允贤，允贤早有准备，用药物涂抹了全身，让也先不得近身。但当看到允贤和英宗的亲密举止，他一气之下告诉英宗明朝已经立祁钰为新帝，英宗一时受不了刺激从马背上摔昏了过去。允贤竭力抢救英宗，但无论是针灸还是灌药都无济于事，瓦剌的蒙医提出可以用草原上特有的方法尝试一下，允贤将信将疑，但危急之下只得同意。最终英宗被抢救了回来。也先决定要攻打北京，他带上英宗作为人质，允贤担心英宗的身体也跟着出发。一路上明军和瓦剌军队厮杀惨烈，英宗一度受到刺激，面对战乱无动于衷。

允贤相助英宗重新树立了信心，祁钰和守城的将士们下定决心要殊死一战。决战前一夜，祁钰，允贤，英宗都回想起了过去的往事，各自都感慨不已，又互相担心对方的境遇，汪美麟趁机安抚祁钰，两人发生了夫妻之实。第二天天亮，也先带领部队攻打京城，但守城士兵士气高涨，又有厉害火器做武器，也先一时难以占优势。也先把英宗当做人质推到城门下，程十三也被也先派到战场上挑拨英宗和祁钰之间的矛盾。祁钰当众表示了自己无二的忠心，令所有人十分感动。英宗为了避免守城将士军心动摇，杀死了程十三。明军越战越勇，也先不得已用英宗的生命做威胁。危机时刻，一道闪电击中了正举着刀的也先。祁钰在战场上看到了允贤，却无法相聚。允贤和英宗想要趁乱逃跑，还是被也先的手下所拦截。也先的弟弟恳求允贤够救治也先，保证只要允贤救活也先就会劝他撤兵，允贤答应了下来。

在允贤的全力救治下，也先终于清醒了过来，决定撤兵回瓦剌，但依旧不肯放人，最终带着英宗回到草原，英宗为了大明百姓同意。祁钰因为在战场上看到了允贤，情绪激动，他查明是汪美麟在背后捣鬼，要杀了她，但于东阳出于国家安危的考虑，劝阻了祁钰的决定，而他废后的念头，也遭到了太后的强烈反对，太后当众烧了祁钰废后的圣旨。也先再三向允贤示好，但允贤还是拒绝了，表示自己想要向瓦剌的蒙医学习医术。允贤跟蒙医学习很多独特的医术，进一步提升了自己的诊疗技术。英宗被也先安排到被俘的明朝士兵中，和他们一起在河边淘金沙，但他心中并未放弃带大家返回明朝的想法。英宗在和被俘士兵劳动的过程中逐渐成熟，赢得了士兵们的爱戴，英宗还鼓励大家做好回北京的准备。脱不花给英宗带来御寒用的东西，并向英宗表白了自己对他的爱意。

为了让英宗开心，脱不花还想办法让允贤和英宗见面。两人隔水相望，说了许多各自的情况，允贤对英宗此刻的心志感到深深的敬佩。也先射下白雁向允贤求婚，允贤假装不懂。瓦剌中关于允贤的谣言四起，可汗在背后挑拨部族首领和也先之间的矛盾。祁钰想要救英宗，却遭到了汪国公反对，他一面说国力不足，一面又刺激祁钰身为帝王的荣耀，劝他继续享受下去。也先要娶允贤的消息引起了部族首脑的不满，允贤还险些遭遇刺客，也先命令手下严家防护。他对允贤的示爱再次遭到拒绝，便恼羞成怒把允贤送到了淘金河那边，英宗看到允贤心疼不已。

允贤和英宗一起为逃跑做着必要的准备，瓦剌的天气渐渐变冷，也先又下令减少他们的供给，他们的生活变得艰难起来。祁钰下令东厂竭尽全力去营救允贤，而汪美麟突然怀孕，让祁钰措手不及。于东阳和钱皇后得知消息，更加担心允贤和英宗未来的命运。草原上大雪封门，英宗他们断了粮食，几个手下出去寻觅食物，却意外发现看守的士兵都撤走了，英宗当机立断，决定趁机逃跑。英宗带领大家冒雪前行，走累了在一个山洞中休息，遭遇到了狼群的围堵，英宗指挥大家奋力反抗，最终击退了狼群。也先发现英宗他们逃跑了，反而为他们的安危担忧起来。英宗为了照顾受伤走不动的士兵，和允贤一起留下，确保一部分士兵能够顺利逃脱。

英宗和允贤想方设法把追兵引到远离士兵们逃跑的方向，等到追兵追上他们才发现上当，但也无可奈何，只好押送两人回去。汪美麟在宫中突然流产，她十分悲伤，觉得这是上天对自己的报应。也先对于英宗的逃跑非常生气，当觉察到英宗和允贤之间的亲密关系时，更要将英宗车裂分尸，危机时刻脱不花突然宣布自己怀里英宗的孩子，也先也并不相信，却最终被允贤的说辞打动。允贤为了英宗的安危，同意嫁给也先，但要他放了剩下的明军将士，也先欣喜不已。英宗明白允贤的用心良苦，努力让自己坚强起来。也先请来巫婆为允贤赐福，但可汗收买了巫婆，让巫婆利用江湖手段制造允贤是妖女的假象，挑起众人的情绪，幸好允贤聪明地揭穿了巫婆的把戏。部落长老因为不满也先娶一个汉族女子为妻，安排手下假扮牧民，给允贤送来下了毒药的牛奶，还好有侍从及时发现才躲过一劫。也先坚持保护自己的女人，他计划在得到赎金后送回朱祁镇，到时候允贤就会安心了。脱不花和英宗因为允贤产生争执，英宗打了脱不花。

脱不花向也先诉苦却又不让打罚，最后使得英宗被关到了偏僻的山洞中。也先发现允贤要逃跑，气愤不已，去庙中请教喇嘛大师，大师告诉他，允贤就像是渴望自由的大雁，把她强行关在笼子中最后只会让她毁灭。也先大为触动，婚礼上，允贤在脱不花的帮助下灌醉了众人，并和英宗一起成功出逃。原来脱不花一开始就是为了帮助英宗，假装和英宗吵架的。脱不花悲伤地送别了英宗允贤，回到帐篷却发现也先并没醉，而是故意放走他们的。允贤，英宗两人骑马跑到边境，发现原本在这里接应他们的周强身负重伤，弥留之际周强告诉他们，是汪国公派人来追杀的。允贤和英宗在暴风雪中艰难前行，允贤又意外受伤，不得不在野外的树洞中躲避风雪。眼看生死未卜，英宗终于倾诉了自己心中的爱意，他安顿好了允贤，独自出去寻求救援。

一群路过的朝鲜商队发现了快要冻僵的允贤，允贤在他们的帮助下找到了冻僵的英宗，利用自己在瓦剌学到的医术救醒了英宗。英宗和允贤跟随商队来到一个镇上，发现汪国公正在四处搜捕两人，两人扮成上京城求医的夫妇成功躲过追捕。孙太后得知有人在边境追杀英宗，非常愤怒，斥责祁钰太过狠毒，祁钰辩解自己并不知情，都是汪国公的阴谋。允贤和英宗到了离北京不远的保定城。允贤因为受寒劳累得了肺炎，却一味地省钱给英宗配药调理身子。他们意外遇上了摆摊卖草药的刘平安，刘平安把两人接到自己的住处，不料却被汪国公的手下发现，幸好静慈师太得到消息及时带人赶来才解了围。允贤这才得知静慈师太的身份是前朝皇后。允贤劝说英宗要相信祁钰当初的誓言，英宗决定光明正大地进宫。

英宗回京和祁钰在城门口相遇，彼此都感受到目光中的敌意，正在尴尬紧张之时，钱皇后因为太过激动晕了过去。英宗带着钱皇后回到住所，经过刘平安的一番救治，钱皇后暂时脱离了危险，英宗发现钱皇后因为常年为他祈福和流泪，眼睛失明，腿脚也不好使了，十分触动。仆人跑来报告英宗，皇太子被吴太后人抢走了，吴太后扬言让英宗在皇太子和皇位之间选择其一。静慈师太让祁钰让位于英宗，而汪国公竭力阻挠，吴太后又派小太监来暗中威胁，英宗只得宣布自己身体不适，退位成为太上皇，让祁钰继续打理朝政。英宗向祁钰索要太子，祁钰这才知道母亲的阴谋，他指责吴太后的卑鄙手段，但吴太后却说这都是为了他好。英宗明白允贤就要入宫，两人回忆起在瓦剌的经历，允贤难以抑制自己的情感，两人依偎却被祁钰看到。

曹吉祥摆弄是非，祁钰下令允贤立即入宫，并限制了英宗的权力。孙太后知道吴太后的阴谋气愤不已，羞辱了她一番，还和祁钰发生了争吵，祁钰和吴太后不得已暂时屈服，但却对孙太后起了恨意。允贤追问祁钰英宗让位的事情，担心英宗和钱皇后的安危，并说自己不喜欢呆在宫中，生怕汪美麟陷害自己，祁钰非常不高兴，两人爆发了吵架，祁钰一气之下到汪美麟处过夜。允贤对于宫中的生活很不喜欢，看到曾经一手建立起来的御药房冷冷清清，萌生了想要重开御药房、培训宫女的念头，祁钰为了哄允贤开心答应了下来。宫女们得知要重开御药房都很高兴，允贤从报名的人中考试选拔出了一批宫女，手把手地教授他们医术。

允贤从父亲那里得知英宗被囚禁在宫外的住所中，非常担心他们的安危。祁钰要给允贤举办册封大典，允贤想要邀请英宗、钱皇后入宫，祁钰却谎称他们生病不能过来，允贤非常失望，两人爆发争吵。允贤突然吐血昏倒。祁钰见状很后悔自己的举动，恳求允贤的原谅，并说自己准备废除汪美麟。恰好汪美麟经过，听到了这些话，发誓要报复允贤。吴太后在汪美麟的挑拨下派人去查验允贤是否为处女，允贤在争斗中受伤。汪美麟假装担心允贤，把情况告诉了祁钰，祁钰及时赶来救下允贤。汪美麟趁机将允贤在瓦剌和英宗、也先的事都传播出去，又假意催促祁钰为了允贤的安危尽早册封，祁钰被汪美麟所骗，下旨封允贤为贵妃。祁钰缩减了给英宗的物资供给，英宗的生活日益艰难，祁钰还把囚禁英宗的责任推卸到孙太后身上。允贤始终对祁钰不加颜色，令他十分生气。相反汪美麟处处体贴，让祁钰倍感温柔可人。

允贤由于过度忧愁而高烧不退，祁钰非常心疼，要安排她见家人。孙太后发现了祁钰想要嫁祸于自己，威胁要逼他退位，汪美麟趁机给孙太后下毒，制造了她中风生病的假象。英宗得到机会进宫看望允贤，却被祁钰误认为两人有私情，兄弟俩为了允贤拳脚相加，祁钰一怒之下下令英宗彻底囚禁在住所，仅维持最低的物质供给，又抱走允贤，强行和她发生了关系。允贤万念俱焚，加上祁钰始终不肯放过英宗，更是不肯原谅祁钰，一心扑在培训宫女，重修御药房的事情上。祁钰索性多安排事情给她干，一面禁锢南宫、加倍限制了外界和英宗的沟通。允贤全心全力地培训医女，来抵御心中的悲伤。她和祁钰始终不得和解，却得到了宫中得病治愈之人的深深感激。

允贤为了能够帮助英宗改善他们的生活，表面原谅了祁钰，对他百依百顺，然后托当年在瓦剌一起逃亡的士兵们把吃穿用品设法送进英宗的住所。孙太后病重垂危，手下的宫女来找允贤求救，允贤不计前嫌尽力为太后治病，也得知了汪美麟和祁钰的所作所为。程村霞发现太后的身体逐渐在转好，进而发现是允贤在给她看病，允贤说服程村霞尽力医治孙太后，两人为了保护太后的安全，把她暂时转移到永庆庵。朝廷上，大臣们都主张让皇太子尽早学习，并拿允贤在在宫中培训宫女行医的事情来为难祁钰。允贤冒死来到朝堂之上与各位大臣辩论，形势危急之下，英宗托于东阳宣旨，称允贤培训女医是受自己的托付，主动将责任揽到自己的身上，并说自己是自愿在南宫中闭关。

京城突然爆发瘟疫，百姓死伤无数，程村霞带领太医们抗击瘟疫，但因为汪国公和曹吉祥的私心而遭遇阻挠，瘟疫蔓延得很快。祁钰生怕染上瘟疫，带着家眷逃到宫中的湖心小岛。祁钰派人接允贤，汪美麟暗中买通了下人故意把船弄沉，要淹死允贤，幸好允贤及时察觉，逃出了宫。允贤在宫外和程村霞一起治疗民众的瘟疫，发现这种奇怪的瘟疫和她听瓦剌蒙医提到的一种黑死病很像，便根据蒙医教授给她的方法给病人们治疗。危急时刻，英宗也趁乱跑了出来，帮助允贤一起抗击瘟疫。允贤的方法起到效果，原本混乱的局面得到了控制，英宗和允贤得到了百姓和众臣的爱戴。祁钰得知允贤和英宗在抗击瘟疫的过程中关系亲密，又要囚禁英宗，允贤奋力阻拦，突感身体不适，程村霞检查后发现允贤已经怀孕。

祁钰为了孩子的事惊喜非常，问及允贤这次差点遇难的事，他许诺彻查，包括皇后本人。汪美麟嫉妒得发狂，汪国公劝她冷静，假以时日再下杀手。他们将允贤落水案栽给了小太监，说是太后指使。允贤不信，却无可奈何。瘟疫刚刚平定，瓦剌就派使团要来会盟，用心难测。祁钰称病不愿去，英宗主动提出自己去出征会盟。祁钰心里惭愧，觉得自己真的比不上兄长。允贤胎像稳定，想去御药房却被吴太妃阻拦并掌掴，不许她出万安宫一步。祁钰又希望她听从，允贤失望极了。汪美麟为了害允贤，琢磨不会引起别人怀疑的下毒办法，最后发现金刚石粉是个好东西，连程村霞也诊不出来。没想到掺有金刚石粉的甜品却被祁钰误服。英宗和也先会盟，策马奔驰、英雄相惜，最终签订了停战合约。祁钰深深受到震动，对允贤坦言自己欠皇兄太多了，自己会全力弥补。允贤十分感触，婉言表示希望他不要试图让自己的孩子取代见深的太子之位。

祁钰答应允贤自己不会改立太子，并承认了自己往日的错误。英宗归来，祁钰坦诚迎接，还要亲自把好消息告诉钱皇后，没想到突然吐出了大口鲜血。程村霞为祁钰开药治病，却始终不见好，万宁觉得很有蹊跷，像是急腹症的样子，程村霞有了不祥的预感。他向皇后询问，汪美麟绝望地猜到祁钰应该是误服了自己的毒药，悲痛之际。允贤照顾祁钰，却还被吴太妃责备。她追问程村霞，终于得知了真相。汪美麟跪求允贤施以援手，悔恨自己的错误。祁钰听到后大怒，他废掉了汪美麟的皇后之位，改立允贤为后。允贤率领医女寻找化解金刚石粉的办法，终于发现了香油的办法，缓解了祁钰的病情，刘平安赶来后认可了这种治疗方法。祁钰正式将国事托付给了英宗，并真切地向他忏悔了自己错，兄弟和解。允贤原谅了祁钰，继续陪伴在他身边。

吴太后数次找到祁钰大闹。祁钰不堪母亲刺激，在除夕夜突然病发，意外病逝。吴太后认定是允贤医术不精，害死了儿子，要允贤为祁钰殉葬。为救允贤，英宗不得不趁夜入宫，并在拥护他的大臣帮助下，登基为皇，下旨从此废除殉葬制度。允贤逃脱了殉葬的命运，却意外地失去了腹中的孩子。她得知英宗登基后，悄悄离开宫中，随戏班一起远走天涯。英宗在政事上励精图治，在宫中推行女医制度，十年之后他传位太子，自己四处私访，终于再度找到了允贤。因为允贤和英宗的作为，不少民间女子开始行医，大众渐渐接受了女子行医的事实，女子的寿命大为提高。