隆庆六年春二月，隆庆皇帝因盛年患病而不理朝政。就在他懈怠政事之时，广西里波传来匪患破城掠褰的消息。主管兵部事务的内阁次辅张居正急于向皇上禀报战事。但因司礼太监孟冲阻拦而不能如愿。情急之中，张居正敲响了登闻鼓。并因此与内阁首辅高拱发生冲突。

高拱听说了李延贪墨军饷的事情，不免大惊。于是，在病重初次理朝的隆庆皇帝面前，一反常态推荐张居正的同年殷正茂接替李延。而在大内，因隆庆皇帝和奴儿花花的关系，引起陈皇后与李贵妃的极度不满。宫禁之内，亦处处陷阱。高拱为了拉拢殷正茂，故意给他多拨二十万两银子的军费。这笔钱本是潮白河的工程款。挪作它用之后，治河工程陷入停顿。拿不到工钱的民工几欲闹事。

而此时，已被免职的李延与手下师爷计议如何毁灭贪墨证据，可是，接任的殷正茂出奇不意地来到广州庆远。在李延为之举行的接风宴上，初步展示治军的本事。孟冲与高拱计议，请了一位叫王九思的妖道为隆庆皇帝炼制阴阳大补丸，当隆庆皇帝吞下这种丸药后，立刻精神焕发。皇上一时高兴，便给王九思大加赏赐。张居正为了索回二十万两银子，亲自跑到广西庆远剿匪前线。

此时邵大侠奉高拱之命也来到庆远，在古庙内设计杀死了李延。因为吃了王九思的药丸，隆庆皇帝又常与奴儿花花取乐。张居正对此事坚持正见，引起隆庆皇帝不满。工部因经费不足粥厂无法开张，张居正指点工部尚书预收来年富商购冰块账款。王九思以寻找童女为借口，欲强抢民女玉娘，混乱中当街打死玉娘父兄二人。张居正散衙回家，在路上恰逢此事。

张居正毅然下令逮捕王九思，救下方老汉的女儿玉娘。但此事激怒隆庆皇帝，指示高拱要将王九思释放，高拱耍滑头，要张居正处置。张感到处处受制，难以施展抱负，遂萌退意。就在他来到午门前准备上书辞官时，冯保出现在他面前，将他痛斥一番，并拿出当年张居正的奏本《陈六事疏》，打消张居正辞官的念头。张居正迫于无奈，从大牢里放出王九思。此事引起玉娘的极度不满。玉娘自己女扮男装前往王大真人府复仇，反被王九思抓住。

为了在内廷斗争中抢占先机，孟冲意欲诬陷李贵妃，深夜将奴儿花花骗出游艺廊，并将她推入御花园水井淹死。因奴儿花花之死，隆庆皇帝一怒之下，竟一命呜呼。他的死，使宫廷争斗更加白热化。高拱、冯保与张居正同时被任命为顾命大臣，辅助太子朱翊钧登基。三人临危受命之后，都分头指示自己手下抓捕王九思，谁知王九思早已逃走，三人手下都扑空。

妖道王九思溜出真人府，前往秘密居住地，欲对禁锢在这里的玉娘非礼，王篆适时赶来。抓住王九思救下玉娘。在高拱等大臣的劝说下，十一岁的太子朱翊钧登上帝位，是为万历皇帝。新皇上登基后，在两宫太后的主持下，将司礼监掌印太监孟冲撤换，而让冯保接任。中旨传到内阁，高拱雷霆大怒，当即召聚六科言官商议弹劾冯保。冯保亦想趁机扳倒高拱，听说张居政抓到王九思后，双方都逼着张居正把人交出来。

由张居正主持的谳审王九思的大案开始，王九思按冯保事先布置的口供，一口咬定自己是受高拱命令为皇上炼制丹药。张居正即时停审，并跑到天寿山视察隆庆皇帝的陵寝工程。在天寿山中，张居正见到阔别二十多年的朋友何心隐，两人秉烛夜谈如何拨乱反正，救亡图存。王纂依冯保之意，赶往天寿山与张居正会面。

王纂向张居正传达冯保之意，希望张居正回京城并合力搬倒高拱。而在京城，高拱已议定弹劾冯保的奏章，言官们敲响登闻鼓递进奏疏。高拱的心腹大臣魏廷山等害怕冯保与张居正结盟，一齐跪到张大学士府，要求会见称病不出的张居正。弹劾冯保的奏章送进大内之后，百官等待消息。第二天，新皇上突然取消早朝，而让太监在会极门宣布，撤去高拱首辅职务，即刻出京不得停留。张居正继任首辅职务。

就在高拱仓惶出京之际，冯保仍想借王九思一案将高拱致于死地。朝中一些大臣闻讯，纷纷找到张居正替高拱求情。张居正有心保护高拱，却又不能得罪冯保，正在苦想对策时，王篆又来禀报，玉娘一心想皈依佛门，已送往观音庵。张居正指使王篆给王九思下药，让其变成哑巴，开堂谳审之日，王九思无法指控高拱，一场危机化解，王九思被绑赴刑场斩首。广西方面，殷正茂剿匪胜利，张居正建议让殷正茂亲来北京献俘。

朝廷局面刚刚好转，但新任户部尚书王国光告诉张居正国库告罄。万般无奈，张居正只好用胡椒苏木折俸解决两京官员的月薪。在储济仓发放胡椒苏木时，乾清宫太监邱得用的外甥章大郎带头闹事，与户部观政金学曾发生冲突，储济仓大使王菘被章大郎失手打死。巡城御史王篆按张居正的吩咐，设计逮捕了章大郎。

但胡椒苏木的风波仍在扩大，许多官员有怨气，特别是老国丈李伟和老附马爷许从成两人，更是寻衅闹事，李伟还嚷着要将花园改成菜地以要挟皇上。邱得用对张居正更是怀恨在心，为了实施报复和营救章大郎，他一面讨好冯保，一面又与寥公公计议，秘密诱拐玉娘。玉娘被拐入“侍翠楼”妓院，锁在后院。

李太后决定前往昭宁寺燃烧香，武清伯李伟与附马都尉许从成得知消息。一起前往昭宁寺告刁状。引起李太后对张居正胡椒苏木折俸举措的不满。她决定取消皇亲国戚的胡椒苏木折俸，并不同张居正商议而直接发文到通政司。张居正听说玉娘获救，散衙后到积香庐探望玉娘，冯保派人送信告之李太后的决定，张居正立即找来王国光计议，并连夜赶到紫禁城请求李太后召见。

平息这场风波后，张居政在平台接受两宫太后的召见，他提出“万历新政”的第一步，在两宫官员中实施京察。南京工部主事胡自皋走通冯保大管家徐爵的路子，给冯保送上三万两银子的巨额贿金，想谋取淮南盐运使的肥缺，冯保答应帮忙。而此时，皇上刚颁布京察的诏旨，在两京官员中引起震动。

冯保夜里到张居正家拜访，请张居正帮助安排胡自皋两淮盐运使一职。张居正一口答应，然后找王国光做工作。王国光对“贪官受重用”的决定大惑不解，张居正对他讲述此一安排的苦衷及打算。胡椒苏木折俸导致一些小官员生活窘迫。礼部主事童立本在王显爵的威迫下，生活无着陷入绝境。

张居正为缓解小官员们生活窘境，请京城首富郝一标收购胡椒苏木。为解决户部财政窘迫的状况，金学曾冒险前往秋魁府挑战蟋蟀王毕愣子，赢得大笔银两。礼部司务官纪有功在王显爵的唆使下，跑到户部申请用银。张居正恰好来到户部找王国光商量财政问题。泰山提部杨用成前来户部交纳香税亦有五千两银子的亏空，而他拒不肯说出去向。他对杨用成严加训斥，欲查出亏空钱的去向。

同时，张居正已知晓金学曾参赌的消息。本欲治罪，但当金学曾说明真相后，张居正反而对他大加赞赏。张居正在户部议事未毕，忽然传来坏消息：户部主事童立本上吊而死。王显爵欲借童立本上吊事件发动对张居正的围攻，每日前往羊尾巴胡同吊丧的官员络绎不绝。由于吕调阳升任内阁辅臣，空出的礼部尚书一职引起王显爵与张四维两人的觊觎，都在暗地里使劲。

张居正在皇上召见时，当着众多部院大臣的面，教小皇上如何抖空竹。金学曾奉张居正之命，前往礼部查账，却受到王显爵的百般阻拦。王显爵与魏廷山计议，决定为童立本举行盛大的公祭，串连在京官员联名上书皇上，试图废除京察。形势变得对张居正极为不利，但他仍决定亲自参加公祭。冯保于公祭前一日，召聚东厂番役秘密计议怎样惩治以王显爵为首的闹事官员。

公祭当天早上，张居正的大轿接近羊尾巴胡同时，才知公祭现场发生大火。烧死官员及围观群众数十人。当天夜里，冯保请得李太后旨意，将魏廷山打入诏狱，而王显爵畏罪自杀。张居正来到积香庐，玉娘正准备招待张居正吃饭，游七送来魏廷山被打入诏狱的消息，他知道事态严重，当即就抓了一匹马驰回城内寻找冯保。冯保一直想处死魏廷山，此时已收买北镇抚司堂官林从龙，准备对魏廷山施以酷刑。

张居正与冯保因魏廷山一事爆发了激烈的争论，最终张居正还是控制了局势，顺利推荐魏廷山出任山东巡抚。燕九节上，冯保领着一帮朱衣太监前往白云观烧香。李高闻讯寻到这里来，要冯保帮着在李太后面前说话，给武清伯多拨银子修坟。而太监孙隆亦赶来，告之龙衣织造受阻于工部尚书朱衡。冯保大怒，当夜找来心腹太监，密议惩治朱衡。

是夜风雪交加，太监诈传圣旨，将朱衡骗到午门，差点冻死。朱衡被家人救醒后，让人抬着到内阁来告状，他还未道出事情原委，皇上要调查他的旨意已到，朱衡再次昏死。张居正察觉出这一切都因龙衣制造而引发。于是紧急召见杭州知府莫文隆，询问龙衣织造的漏洞。当他到积香庐再次找莫文隆时，遇殷正茂来为朱衡鸣不平。

中官吴和陷害朱衡的内情被人刺得，冯保为其辩护，张居正对他晓以利害，冯保于是派徐爵前来讨主意。冯保为保全自己，让东厂手下夜闯吴和私宅，将其毒死。由于张居正的巧妙应对，龙衣织造银由八十万两降到十万两。工部尚书朱衡官升一级致仕，殷正茂接职，这一切，都按张居正的计划进行。

年节中，两宫子粒银欠收，李太后让张居正调查，张居正找来王国光，两人计议，决定派金学曾前往宛平县查勘。李伟、许从成等皇亲得知此事，都纷纷想办法与金学曾作对。金学曾与宛平县令沈度前往许氏庄园调查子粒田收成，受到许从成的百般凌辱。张居正得知消息后，决定将子粒田的弊政纠正过来，借以推行财税改革。于是，当李太后约他去大隆福寺烧香，他巧妙安排金学曾会见李太后，当面指出子粒田的问题。

李太后听了金学曾的话后深有感触，听张居正关于朝廷赋税的长篇宏论后，她决定采纳张居正的意见，给皇亲国戚的子粒田每亩加征三分税银。子粒田征税的诏旨下发，皇亲国戚炸了锅，他们恨死了张居正，但碍于李太后与小皇上，他们只得暂忍一时之气。张居正着手进行税制改革。全国十大税关之一的荆州税关收税倒数第一。张居正又把金学曾派往荆州当巡税御使，金学曾来此，便通过先他而来的沈度摸到了一些收税不易的原因。

荆州知府赵谦视金学曾为心腹之患，两人一见面就铆上劲儿，要斗个你死我活。清早，税关巡拦段升拦住菜农李狗儿索要欠税，双方引起争执。适逢张居正的父亲张文明路过，混乱之中，张文明被人打伤。知府赵谦欲借此事栽赃金学曾，他指使师爷到牢房见李狗儿和陈大毛，要他们的联名告荆州税关。金学曾连夜打开牢房，放出陈大毛与李狗儿。

经过与金学曾交谈，陈大毛与李狗儿两人认为金学曾是个好官，甘愿为金学曾服务。第二天，荆州知府赵谦升堂，接受李狗儿等的状纸。他本以为胜券在握，谁知平地起波澜。金学曾调查得知，赵谦数年前曾将一千亩本该入官的荒田作人情送给了张文明。经过艰难的抉择，金学曾还是将真相报告给张居正。

本以为稳操胜券的赵谦突然知道金学曾掌握了他贪墨的证据，于是态度一百八十度大拐弯，欲讨好金学曾，向他说出有人准备加害于他。在铁女寺内，赵谦被人下毒而死，凶手卫彪趁混乱中逃脱。此事传到京城，舆论大哗。皇上下令严查，但听说此事与许从成有关，又下令停止追查。六月，蛰居多年的邵大侠忽然应李伟之请来到京城。原来，李伟从蓟辽总督王从古手中接下一桩大买卖，给前线军士赶制二十万套棉衣。

李高领着邵大侠去香山寺玩耍，路上碰到玉娘。李高不认识她，便上前调戏，保护玉娘的护卫与之发生打斗。当李高得知真相后，对张居正更是恨之入骨。邵大侠到扬州，用计把胡自皋拉下水，批出盐引牟取巨利，再用其中一部份钱为李伟赶制棉衣。冬天大雪，长城上，因穿上劣质棉衣的士兵被冻死十九人。蓟辽总兵戚继光连夜赶来京城，找到张居正府上告状。

清晨，百官早朝，张居正领着戚继光走到御座跟前告状。朱翊钧手捧劣质棉衣跪在李太后面前，李太后震惊。而李伟害怕担罪，竟弄出假上吊的把戏。张居正命令开出捕单，到扬州逮捕邵大侠和胡自皋。年岁将尽，邵大侠在漕运衙门大牢中被处死，而胡自皋因有冯保说情免于一死。春节前，张居正晋见李太后，提出要给武清伯一个惩处，此事令李太后很为难，但出以公心，她还是同意给父亲一个教训。

听说李太后给父亲送来年礼，众皇亲都赶来庆贺，李佛当众打开层层包裹的礼盒，里头躺着的却是一把砌刀。李伟是泥瓦匠出身，太后的意思是要他不可忘本。春去秋来，万历五年八月，山东巡抚魏廷山来京述职，谈到山东势豪大户侵占土地，隐瞒田数，张居正觉得这是朝廷最大的弊政。因此决定在山东试点清丈土地。

翰林院编修吴中行、赵用贤两人带头上书，反对皇上让张居正夺情。皇上大怒，下令将两人抓进诏狱。张居正闻讯，赶到皇宫为两人说情，皇上不允，他又在街上会见已被抓捕的吴中行与赵用贤——这两人都是他的门生。但今日师生反目，张居正苦劝他们不见效果，一个人孤零零站在街头，流下辛酸泪水。

皇上下旨将吴中行、赵用贤两人押往午门外广场，拷掠示众三天。一时间观者如潮。第二天，雒遵与韩揖再次上疏，其指斥比第一道更为厉害。皇上震怒，决定将四人施行廷杖并逐出京城流徙边疆。京城官员展开大营救，一时间人心惶惶。张居正派游七打点军爷，以保护即将遭廷杖的四人。

廷杖如期进行，场面血腥。在午门城楼观看的万历皇帝心情畅快，他第一次感到了当皇帝的快感。夺情风波平息之后，处理完皇上大婚。张居正请假三月回家葬父。路过真定府，知府钱普为其准备了一乘三十二人抬大轿，并肃请道路，将乞丐尽数圈禁。张居正得知消息，让手下放出乞丐。在钱普举行的欢迎酒会上，意外地大谈反腐。

张居正准备严惩给他手下放贿银的真定县知县康立乾。没想到县里老百姓都为他求情。经调查，张居正感叹“好官也不得不行贿”的官场腐败。他回乡途中经过河南新郑县，特地绕道前往高家庄拜访高拱。这一对政敌与旧友重逢，各自感叹人生无常。高拱敏锐指出浙东大捷中的种种疑窦，让张居正感到高拱“人在乡野，心存魏阙”的古大臣之风。他遂密令兵科给事中光懋迅速调查此事。

葬礼中，何心隐带着数百名学生闯入。何心隐借送一对虫八虫夏为由，对张居正推行的改革进行讥刺。当夜，张居正召来改任湖北学政的金学曾面谈，拟欲整顿全国私立书院。回到省城武昌后，金学曾说服巡抚陈瑞，将来洪山书院讲学的何心隐秘密逮捕。此事引起轩然大波。面对各种舆论，金学曾在抚台、按台与学台三长官会揖议事中，抚台与按台并不支持他，金学曾一时陷入孤立。

何心隐的信徒数百人围攻学政衙门，金学曾临危不惧，巧妙解围。这时，正在黄河边上的张居正收到金学曾的快报，他立刻回信给抚台陈瑞，力谏“讲学”的危害。陈瑞心领神会，设计将何心隐“瘐死”在狱中。小皇上大婚之后，由于脱离了张居正的管束，玩心渐炽。这一日听信太监孙海的建议，在大内搞起了集市。

大内集市开张，皇上领着两宫太后一起玩赏。皇上花巨额银子买下倪云林的画作送给陈太后，又在冯保的安排下，吃下一万两银子做出的三菜一汤。张居正回京前一夜，在京南驿会见光懋。了解到浙东大捷的真相后，又找来吏部尚书王国光，决定撤消所有因此捷而给出的封赏。内阁次辅吕调阳因此气死。

大臣之死，皇上并不伤心。他在孙海的引诱下，深夜来到御花园曲流馆调戏宫女。曲流馆内，皇上朱翊钧逼宫女迎儿喝酒唱荤曲，迎儿不会，朱翊钧下旨削去她的头发。冯保侦知，带着李太后赶来。见到这幅情景，李太后决心废除万历皇帝，经张居正解劝，方才打消念头，但此事让朱翊钧记恨在心。残冬腊月，已担任工部左侍郎的金学曾突接乡书，告之母亲辞世。他立即上书请求回家守制。

朱翊钧总是想方设法从国库调银子自用，张居正屡屡制止，以致引起不快。沈度调查出确凿证据，许从成隐瞒巨额田亩，张居正禀报皇上请求严惩，朱翊钧刻意袒护。张居正一气之下，晕倒在平台。张居正患病的消息不胫而走，许从成等反对派兴奋异常，朱翊钧一改过去对张居正的尊敬，下令封锁张府，不许任何人进去探视。

在张鲸的唆使下，太医故意给张居正开反药，让张居正的病走越来越厉害。李太后关心张居正的病情，让朱翊钧请京城名医延治，朱翊阳奉阴违。春荒时节，许多流民涌来北京乞讨。二柱子等人在乞讨中与军士发生冲突造成死伤。二柱子等人跑到张府门前长跪呼冤。张居正决心晋见皇上。朱翊钧听说张居正来见，大惊失色。他答应张居正一定要惩治贪官。张居正在他面前再次吐血昏晕死。三天后，张居正永远离开了人间。

张居正死后，张鲸向次辅张四维秘授皇上旨意，让张四维组织人弹劾张居正的两个重要助手王国光和戚继光。当两人被劾削职为民，而张四维升任首辅之后，冯保感到了危机。他意识到太监张鲸在这里头起了很坏的作用，便与李太后商议要将张鲸逐出大内。在母后面前朱翊钧在胸中积蓄了多年的对张居正的怨恨一下子喷发了出来，他历数张居正的种种不是，令李太后非常震惊。

朱翊钧紧急找来张鲸磋商，张鲸劝皇上痛下决心，将冯保逐出京城。朱翊钧秘密会见许从成、李高等皇亲，商定驱逐冯保的大计。皇太子出生，两宫太后忙着庆典。冯保请来江南戏班子入大内演出。同一天夜里，李高带着朱翊钧密旨调京管兵士入城，将冯保的死党一一捉拿。当大内演剧结束，冯保回到家中，张鲸带着兵士包围了他的家。

冯保知道大势已去，遂招拢家丁，弹奏了一曲凄婉的《四时乐》，然后碎琴随官兵而去。张鲸主持冯保的抄家。当朱翊钧看到巨额的抄没清单，认为张居正必定比冯保的财产更多，便决定派大臣前往荆州抄家，结果事与愿违。但朱翊钧一意孤行，将张居正柄政期间惩处过的官员尽行复职升官，而张居正提拔的“循吏”尽行贬谪，并剥夺了朝廷给予张居正的所有封赠。