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隆庆六年春二月,隆庆皇帝因盛年患病而不理朝政。就在他懈怠政事之时,广西里波传来匪患破城掠褰的消息。主管兵部事务的内阁次辅张居正急于向皇上禀报战事。但因司礼太监孟冲阻拦而不能如愿。情急之中,张居正敲响了登闻鼓。并因此与内阁首辅高拱发生冲突。
高拱听说了李延贪墨军饷的事情,不免大惊。于是,在病重初次理朝的隆庆皇帝面前,一反常态推荐张居正的同年殷正茂接替李延。而在大内,因隆庆皇帝和奴儿花花的关系,引起陈皇后与李贵妃的极度不满。宫禁之内,亦处处陷阱。高拱为了拉拢殷正茂,故意给他多拨二十万两银子的军费。这笔钱本是潮白河的工程款。挪作它用之后,治河工程陷入停顿。拿不到工钱的民工几欲闹事。
而此时,已被免职的李延与手下师爷计议如何毁灭贪墨证据,可是,接任的殷正茂出奇不意地来到广州庆远。在李延为之举行的接风宴上,初步展示治军的本事。孟冲与高拱计议,请了一位叫王九思的妖道为隆庆皇帝炼制阴阳大补丸,当隆庆皇帝吞下这种丸药后,立刻精神焕发。皇上一时高兴,便给王九思大加赏赐。张居正为了索回二十万两银子,亲自跑到广西庆远剿匪前线。
此时邵大侠奉高拱之命也来到庆远,在古庙内设计杀死了李延。因为吃了王九思的药丸,隆庆皇帝又常与奴儿花花取乐。张居正对此事坚持正见,引起隆庆皇帝不满。工部因经费不足粥厂无法开张,张居正指点工部尚书预收来年富商购冰块账款。王九思以寻找童女为借口,欲强抢民女玉娘,混乱中当街打死玉娘父兄二人。张居正散衙回家,在路上恰逢此事。
张居正毅然下令逮捕王九思,救下方老汉的女儿玉娘。但此事激怒隆庆皇帝,指示高拱要将王九思释放,高拱耍滑头,要张居正处置。张感到处处受制,难以施展抱负,遂萌退意。就在他来到午门前准备上书辞官时,冯保出现在他面前,将他痛斥一番,并拿出当年张居正的奏本《陈六事疏》,打消张居正辞官的念头。张居正迫于无奈,从大牢里放出王九思。此事引起玉娘的极度不满。玉娘自己女扮男装前往王大真人府复仇,反被王九思抓住。
为了在内廷斗争中抢占先机,孟冲意欲诬陷李贵妃,深夜将奴儿花花骗出游艺廊,并将她推入御花园水井淹死。因奴儿花花之死,隆庆皇帝一怒之下,竟一命呜呼。他的死,使宫廷争斗更加白热化。高拱、冯保与张居正同时被任命为顾命大臣,辅助太子朱翊钧登基。三人临危受命之后,都分头指示自己手下抓捕王九思,谁知王九思早已逃走,三人手下都扑空。
妖道王九思溜出真人府,前往秘密居住地,欲对禁锢在这里的玉娘非礼,王篆适时赶来。抓住王九思救下玉娘。在高拱等大臣的劝说下,十一岁的太子朱翊钧登上帝位,是为万历皇帝。新皇上登基后,在两宫太后的主持下,将司礼监掌印太监孟冲撤换,而让冯保接任。中旨传到内阁,高拱雷霆大怒,当即召聚六科言官商议弹劾冯保。冯保亦想趁机扳倒高拱,听说张居政抓到王九思后,双方都逼着张居正把人交出来。
由张居正主持的谳审王九思的大案开始,王九思按冯保事先布置的口供,一口咬定自己是受高拱命令为皇上炼制丹药。张居正即时停审,并跑到天寿山视察隆庆皇帝的陵寝工程。在天寿山中,张居正见到阔别二十多年的朋友何心隐,两人秉烛夜谈如何拨乱反正,救亡图存。王纂依冯保之意,赶往天寿山与张居正会面。
王纂向张居正传达冯保之意,希望张居正回京城并合力搬倒高拱。而在京城,高拱已议定弹劾冯保的奏章,言官们敲响登闻鼓递进奏疏。高拱的心腹大臣魏廷山等害怕冯保与张居正结盟,一齐跪到张大学士府,要求会见称病不出的张居正。弹劾冯保的奏章送进大内之后,百官等待消息。第二天,新皇上突然取消早朝,而让太监在会极门宣布,撤去高拱首辅职务,即刻出京不得停留。张居正继任首辅职务。
就在高拱仓惶出京之际,冯保仍想借王九思一案将高拱致于死地。朝中一些大臣闻讯,纷纷找到张居正替高拱求情。张居正有心保护高拱,却又不能得罪冯保,正在苦想对策时,王篆又来禀报,玉娘一心想皈依佛门,已送往观音庵。张居正指使王篆给王九思下药,让其变成哑巴,开堂谳审之日,王九思无法指控高拱,一场危机化解,王九思被绑赴刑场斩首。广西方面,殷正茂剿匪胜利,张居正建议让殷正茂亲来北京献俘。