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布鲁斯经历了生死考验后，像是想通了一切。既然邪恶会一直存在，正义难以在光明底下对邪恶进行制裁，那么他便化身成为黑夜里的英雄，守护哥谭市。布鲁斯穿上自制的蒙面黑衣，开始在黑夜中穿梭在大街小巷，以自己的方式制裁犯罪份子。他来到后巷，把两名正在打劫市民的暴徒打倒在地时，暴徒却义正言辞地摸出一张违法执照，以示自己身份。无独有偶，一群暴徒闯入一对新人的婚礼现场进行打劫。企鹅的手下维克多•萨斯正在现场，他看见劫匪后，便出言质疑他们的行动，但看见劫匪们摸出违法执照后，萨斯立即一转态度，让劫匪们好好享受打劫的乐趣。企鹅即使失去了哥谭市长之位，但在哥谭的影响力依旧还在。他一手创立的违法执照制度，让很多暴徒都“拿了牌”犯罪，这虽然助长邪恶风气，但哥谭的暴力犯罪率却降到了前所未有的低度。黑白两道对企鹅的做法都非常服气，但依旧有人，想推翻他的恶行。
乔纳森克服对稻草人的恐惧后，便感觉世上再无东西可以让他害怕。他穿上稻草人的衣服回到阿卡姆精神病院，利用恐惧毒素，让院长陷入幻觉，让院长不断看见最害怕的小丑，从而丧失理智。乔纳森掌握了阿卡姆的控制权，他大肆释放毒素，让病院里的人都陷入疯狂，一夜之间，阿卡姆病院的病人都成为了乔纳森的军队。布鲁斯在夜里干了几票替天行道的事儿后，便有点得意忘形，终于碰了钉子。他在跟踪劫匪时不小心从屋顶摔下，被人当作是闯入者，被押到警察局。尽管布鲁斯很快便被阿尔弗雷德请来的律师保释走了，戈登也清楚布鲁斯的为人表示不会追究，但这件事，让阿尔弗雷德显得既担心又失望。他认为少爷爷太狂妄了，不能让他胡来。离开警察局时，两人偶遇福克斯。福克斯关切地问起布鲁斯身上的伤，阿尔弗雷德和布鲁斯连忙谎称自己是攀岩撞到的。福克斯看着布鲁斯离开的背影，露出意味深长的眼神。塞琳娜和塔比莎不约而同地收到了一封邀请函，在夜里来到了一座塔的门前。两人一起进入塔中，都被邀请者震惊到了。
布鲁斯穿上福克斯给他的特制服装，继续在深夜的哥谭行侠仗义。阿尔弗雷德见识了布鲁斯的胆识后，便也不像之前那么抗拒布鲁斯出动了，而是跟在他身边，为他保驾护航。这天深夜，布鲁斯来到码头，正暗中监视企鹅旗下的军火组织的一举一动。突然间，他看见一位小贼正在鬼鬼祟祟地潜入码头，看样子似乎想对这批军火图谋不轨。阿尔弗雷德知道情况后，认为贼偷贼，便让他们自行厮杀，想劝布鲁斯坐山观虎斗。但布鲁斯看着小贼的身影，似乎有点按捺不住，他没等阿尔弗雷德劝住便跳了下地，不料被军火队伍发现，立即展开了一场激烈的枪战。幸好布鲁斯身手了得，没有被人擒住，小贼也趁着混乱逃到了一边。小贼躲到远处后，不禁摘下面具大口喘气，原来这位小贼正是塞琳娜。企鹅科波特在哥谭市内四处安插眼线，黑白两道通吃，任何事都瞒不过他的法眼。在他彷如只手遮天的日子里，依旧有人在他眼皮底下作乱。被他冰封起来放在酒吧作摆设的谜语人爱德华，居然被人救走了。救走爱德华的人是他的小学同学兼顶级崇拜者默特尔。
布鲁斯把拍卖得来的古刀，带去给博物馆馆长温斯洛普博士进行鉴定，并拜托他帮忙研究一下，这把属于一世纪美索不达米亚国王巴拉西的古刀，到底有什么含义，蕴含什么力量。温斯洛普博士拿到古刀后，一时之间也无法判断，布鲁斯只好先把古刀放在博物馆，让博士慢慢研究一下。这时，博士那酷爱考古的孙子艾利克斯放学回来，他颇有兴致地和爷爷一起研究古刀，并礼貌地向布鲁斯打了招呼。布鲁斯和阿尔弗雷德前脚刚走，一名不速之客便闯入了博物馆。来者正是雷霄•奥古，在逼迫温斯洛普博士交出古刀未果之后，便以迅雷不及掩耳之势拧断了博士的脖子。博士在奥古闯入时，便察觉这把古刀来历不凡，让艾利克斯赶紧把古刀带走躲起来。艾利克斯躲在暗处，逃过了一劫，但爷爷就在自己面前被人杀死，这给他那幼小的心灵造成了很大的伤害。艾利克斯逃走时拉动了警报，温斯洛普博士的尸体很快便被警方发现了。戈登和同事们正在现场调查，正巧碰上前来等鉴定结果的布鲁斯。
布奇自从中枪后，便一直陷入昏迷。哥谭的医院跟城市一样黑暗，一些无亲无故又感觉治不好的病人，便会被安排“转院”，实质上是找个奇怪的地方，把这人埋掉。不幸的布奇在昏迷时成为这其中的一员，被失职的医护人员当作乐子一样，送到了郊区的一处死水潭那里作丢弃处理。然而，布奇却因祸得福，水潭被印第安山残余的物质污染了，布奇获得了重生，失去的手臂也回来了。而唯一不足的是，布奇失去了记忆。企鹅人掌控着哥谭大局，索菲娅顶着法尔科内的姓氏，也动摇不了他的地位。但这位年轻的黑帮大小姐并不打算放弃，她亲自找上门，以自己的家族姓氏作为条件，希望让科波特和自己合作。她提醒科波特，他现在的权力并不稳固，因为他不像法尔科内这样历史悠长的黑帮家族，很多罪犯表面上顺从，实质内心还是不服。企鹅人接受了索菲娅的邀请，去和她共进晚餐，让黑帮组织都知道科波特现在有了法尔科内家族的人撑腰。然而，这只是索菲娅计划的开始。她不仅要科波特和她合作，还要科波特发自内心地信任自己。
布奇回到哥谭后，在机缘巧合之下遇到落魄的谜语人爱德。布奇不记得自己的名字了，他在一首曲子中，听见了“格兰迪”这个名字，便自称为格兰迪。爱德起初不想理他，但布奇感觉到爱德认识自己，于是一直缠着他。此时，布奇在回哥谭的路上得罪了一群暴徒，这群暴徒找到布奇寻仇时，差点把他烧死了。在性命攸关之际，爱德把水取来，救了布奇一命。此时心性善良的布奇直当爱德就是救命恩人，是朋友。爱德也不傻，他看见如今的布奇十分能打，正好可以利用他去赚钱。他把布奇带到地下拳击俱乐部里，让布奇替他卖命。爱德在拳击俱乐部中竟然意外地遇到了莱斯利医生。莱斯利医生之前鬼迷心窍地干下差点毁灭哥谭的事后，便销声匿迹。大伙儿都以为她已经离开了哥谭，但她却悄悄地回来了。爱德见状，想利用这一点，好好勒索莱斯利，让她帮自己治好变蠢的脑子。哥谭出现了一名专杀警察的猪头人。从受害警察的身份不难看出，这些都是收了企鹅的钱，帮企鹅卖命的黑警。戈登虽然讨厌黑警，但有原则的他认为黑警应该绳之于法，而不是任由他们被残杀。
猪头人依旧在哥谭市活跃着，一天早上，他便给哥谭警局送了一批“厚礼”，四十四箱的猪头。每一个箱子都指定给一位警局的警察，唯独戈登没有，挑衅的意味十分明确。布鲁斯杀死奥古后，性情产生了变化。原来彬彬有礼的少爷脾气变得十分暴躁，动不动便借题发挥引起骂战，甚至对阿尔弗雷德也恶言相向。布鲁斯知道问题所在，但他一想起自己杀了人，就觉得要控制不住自己，很想发泄一番。此时戈登警局又有三名警察失踪了，戈登和哈维带队沿着各种蛛丝马迹，一路追踪到奈何岛。追查失踪警察下落时，企鹅科波特带着手下猎头人来到哥谭警局，表示要参上一脚，以示哥谭市良好的“警民合作”。现在的受害者都是黑警，都是科波特的“雇员”，科波特紧张也无可厚非。尽管戈登想反对，但在哈维和其他警员的坚持下，戈登还是妥协了。两伙人一起来到奈何岛，一个唱黑脸一个唱白脸，从居民口中问出了另一条线索——胡佛岛。然而，两队人马赶到现场时，还是晚了一步，两名警察丧生，一名警察幸存。幸存者叫费索利，他十分感激戈登，称赞他是个好警察。
布奇成为了格兰迪后，便一直被爱德利用，成为了拳击场的王者，还和爱德搭伙演拳击喜剧。剧场上，爱德扮演企鹅人科波特，以滑稽的方式遭到格兰迪的“殴打”，以此来博取观众的掌声和金钱。渐渐地，爱德的所作所为被人一传十，十传百，传者传着便从奈何岛传到了哥谭的犯罪之王科波特耳边。科波特知道后十分生气，此时芭芭拉、塔比莎和塞琳娜三人正和别的罪犯产生了纠纷，在科波特面前进行“辩论”。科波特听到爱德取笑自己的消息后，心思完全转移到这上面，他直接杀死了被芭芭拉抢劫的罪犯，随后让芭芭拉把欠这人的债还给自己，命令她替自己绑架爱德。芭芭拉看见此情此状，加上企鹅现在的势力不容小觑，三位姑娘便一口答应下来，出发前往奈何岛。三人来到奈何岛的黑市拳击场内，原本一心只求完成任务，好回去交差，没想到这里处处充满了惊喜。看见布奇浑身雪白地成为了格斗选手，而且赛场上方的一个私人观看位置，还站着她们的“老朋友”——莱斯利医生。
猪头人的案件一直未被告破，戈登升为警监后，正全力部署，势必把猪头人缉拿归案。猪头人似乎并不把哥谭的黑白两道都放在眼内，自己干自己的事，还越来越张扬。他以美食引了几位流浪汉上钩，先是在他们耳边宣扬哥谭的贫富悬殊，然后把流浪汉们都干掉，以此让他们成为“穷人”仇富的祭品。这天，哥谭市内的一处集市上，出现了诡异的一幕。两具内脏被掏空的尸体，被安置在一个场景摆设内，群众纷纷围观时，摆设内的猪正在啃食这两具尸体。戈登收到消息后立即出动，根据调查，戈登和同事哈珀发现尸体上残留的化学物，跟一所废弃纸厂的化学品异一样。两人立即来到废弃纸厂，果然不出所料，这里满满都是腐烂的气息，还有几具内脏被掏空的尸体。戈登看见旁边的烧烤炉，便猜出了内脏的去向。这是，纸厂传来一阵异响，戈登和哈珀立即闻声赶去，没想到落入了猪头人的圈套，哈珀被抓走了。企鹅在索菲娅的孤儿院中与一位孤儿男孩马丁成为了好朋友。
猪头人被逮捕后被送进了阿卡姆监狱，但还是学不乖，刚进去没多久，便和其他犯人发生了冲突，还杀了人。猪头人在和人斗殴时，脸被打歪了，医生检测发现，他的脸动过多次整容手术，现在的样貌并不是他原来的样貌。戈登收到消息后，十分惊讶，但这也是一个能确认猪头人身份的线索。他求助福克斯，希望能根据X光照片临摹出他原来的样貌，另一方面，戈登决定前往阿卡姆监狱会一会这个对自己穷追不舍的“粉丝”。来到监狱后，戈登看穿了他的心思，知道他想成为一个在哥谭名垂青史的罪犯，于是故意用言语气他，说他很快便会被哥谭市遗忘。猪头人本想假装镇定，但戈登越往下说，他便越不淡定，不小心暴露了自己的南方口音。戈登带着这个线索离开，准备彻查猪头人的真实身份和过去。科波特知道索菲娅摆了自己一道后，便与她关系决裂，还让自己的手下，变态罪犯“牙医”教训她一下。然而，索菲娅虽然害怕，但毕竟流着法尔科内的血液，面对恐惧不仅保持不卑不亢，还能利用唇舌之巧反利用“牙医”放走自己。可是逃跑时，索菲娅还是遇上几位不速之客。
