杰奎琳·周（贾克斯）（Jacqueline “Jax” Zhou）的父母于新波特兰市的殖民区遭到外星人攻击身亡，几个月之后，她来到了地球舰队训练学院。在那里，她收到唯一在世的亲人——她的叔叔多诺万·奥斯本（Donovan Osborne）教授的邀请入学。贾克斯被告知她父母的死亡还在调查中，于是她开始寻求奥斯本的助教赞德·杜瓦尔（Xander Duvall）的帮助。在经历了第一天不寻常的课程之后，贾克斯与一个名叫“阿特里亚9号”（Atria 9）的阿达尔的克隆人成为了朋友。“阿特里亚9号”还带她认识了她的同学格雷格·李（Greg Li）和托马斯·詹姆斯·罗斯（Thomas James Ross）。贾克斯还认识了扎特尔驻地球大使的儿子拉伦（Ralen），拉伦的父亲是他们星球中在战后第一个来到地球的外星人。

一个阿达尔的领导人在校园里公开宣称要奴役克隆人，阿特里亚对此很愤怒却没有成功阻止他的演讲，因为学院提倡言论自由，而且阿达尔是重要的战略盟友。然而，阿特里亚并未放弃，她又组织了一场示威，终于将搜索者克雷斯顿·哈贝尔（Creston Hubbell）和三个长得和她一样的克隆人轰下了台。在战舰带着外星人从新波特兰回来后，奥斯本教授让赞德对“捷列什科娃”进行了秘密调查，贾克斯怀疑父母的死与之有关。搜索者哈贝尔的克隆人在出逃后找到了阿特里亚，并希望她可以去支援阿达尔正在进行的反抗运动。阿特里亚让这个克隆人留下来取代自己，独自前往了阿达尔。

凯德·柯林斯（Cade Collins）少校讲述了一个关于德里克·贾沃斯基（Derek Jaworski）上尉的故事，德里克·贾沃斯基和他的船员为了制止扎特尔人的进攻，炸毁巡洋舰“海鹰”（Sea Hawk）并牺牲了自己。就在这时，凯德·柯林斯看到了拉伦，突然毫无征兆地勃然大怒。在分析了拉伦衣服上的血渍之后，格雷格发现凯德的愤怒是一种叫做“略迪恩”（Ryodyne）的药物引起的。然而，在得知测试结果之后，奥斯本却让贾克斯和格雷格不要慌张，一切都在他的掌握之中。与此同时，拉伦承认自从他来到学院，一直有人欺负他，贾克斯发誓一定要惩罚那些人。

贾克斯、皮拉尔、拉伦和他们的同学阿瓦尔和玛格达被认为是学院里表现最优的新兵，赞德被委任和他们一起去附近的星球执行一次训练任务。一行人到达之后便受到了变种人的攻击，这时诺里斯（Norris）出现了，她是一个科学家。诺里斯说这些变种人曾经都是她的同事，他们是因为被细菌感染才变成这样的，她还告诉他们帕拉莱克斯工厂里的每一个人都被感染了。赞德坚持认为他们需要先回到学院，然后再制定一次救援任务，但是却被告知他和学生们已经都被感染了。在做了一系列的血液测试后，他们发现拉伦并没有受到影响，玛格达体内已经产生了抗体。

在一次与皮拉尔共同执行的训练任务中，赞德进入了“捷列什科娃”爆炸后的废墟，为奥斯本取回飞行数据记录仪。由于担心任何与扎特尔相关的证据都会引起另一场战争，奥斯本命赞德要保守这个秘密，直到黑匣子被解码。因此当贾克斯问为什么他和皮拉尔进入“捷列什科娃”的残骸时，赞德尔只能说这个任务是机密。同时，托马斯对早已疏离的父亲比利·D（Billy D）的到来感到十分惊讶。比利·D和他的新女友蒂尔妮（Tierney）一起来到学院，并承认自己是为了从学院的文物馆中偷取一个价值连城的艺术品“金度水晶”（Jindoo Crystal），以此偿还赌债。托马斯尽管很不情愿，但最后还是同意了帮助他们。

在拒绝了杰特（Jet）提供的有机生物升级并在课上使她的竞争对手萨丽卡·拉森（Sarika Larson）当众出糗之后，皮拉尔晕倒在了教室里。医生检查后并未发现她的硬件有何异常，但是萨丽卡还是有一些异常的举动。尽管如此，萨丽卡还是坚持说自己无大碍，甚至还为赞德举办了一个生日派对。在派对进行到一半时，贾克斯在她们的宿舍里看见皮拉尔将她所有的有机生物植入物拿出，查看它们是否正常。贾克斯怀疑皮拉尔的界面源代码出现了问题，她发现有一个软件漏洞为她的数据流提供了通道。贾克斯和拉伦让皮拉尔断开连接后，去寻找最可疑的嫌疑人杰特，杰特承认他只是装作有高级的有机生物技能，其实他的植入物是假的。

背景设置在2199年，角是别称“潘多拉”的贾克斯，丧失双亲后的她在地球的太空训练学院开始了新生活，与桑德、拉伦、皮埃尔等人有着如亲人般的友谊。足智多谋的贾克斯与朋友们一同学习如何应对外星人的威胁。一天，一位来自传奇太空战斗巡洋舰“海鹰”号的老兵向贾克斯和格雷格透露了一个令人震惊的消息，并且这条重要线索将引领着贾克斯找到杀死她父母的真凶。当有一天女主的真实身份被揭露时，她不得不得面对自己可能是“人类救世主”又或是“毁灭人类的存在”。“潘多拉“将用自己的经历证明，有时最大的风险会带来最大的回报，且团队的力量远大于个人的力量，向观众传达了一种积极向上的人生态度。

假期到来了，当朋友们选择去度假的时候，贾克斯选择留在学校学习和休息。奥斯本发现帕拉莱克斯正在研发新武器，命桑德前去调查。同时，奥斯本希望贾克斯和哈兰·弗莱德的女儿科迪莉亚（Cordelia）的旧情会对这次任务有所帮助，于是让桑德带上贾克斯一起去“狂喜7号”，科迪莉亚正在那儿庆生。

贾克斯、桑德和拉伦在看见了扎特尔准备对地球开战的军队后，用传送门逃到了另一个星球上，这里有一个废弃的地球殖民地。桑德让拉伦说出所有关于这场即将到来的入侵的信息，然而拉伦却说他完全不知情，并且透露出这应该是扎特尔的反对派所为。为了与地球通信，桑德在殖民地中搜寻可以用来构造临时通信设备的物件。

贾克斯和她的朋友们正在一起庆祝他们的顺利返回，桑德突然到来，并以摧毁“捷列什科娃”的罪名逮捕了拉伦。尽管奥斯本教授坚持说军事法庭是公平的，但是拉伦的父亲萨拉赞（Salazen）大使还是和儿子的妻子玛塔（Matta）一起来到了法庭上，为拉伦辩护。贾克斯坚持认为拉伦是无辜的，但是桑德却因为拉伦隐瞒自己婚姻之事而担心贾克斯对他过于信任。

在地球舰队训练学院庆祝110周年之际，学生和教职员工正准备参加停战日舞会，以纪念地球与扎特尔之间的和平协议。贾克斯发现了桑德和拉伦两个人对自己的情感。同时，拉伦的妻子玛塔要求从他们的包办婚姻中获取更多的利益。当桑德表示自己想邀请贾克斯去舞会时，奥斯本阻止了他，桑德对此很不满，甚至用辞职来表示抗议。

贾克斯从潘多拉宝盒里看到了灾难性的未来，她发现奥斯本和舒拉尔教授对自己被收养之事都是知情的。在转监过程中被杀害却又再次出现的哈兰·弗莱德告诉他惊诧的女儿们，他激活了他创造的许多克隆人，这些克隆人能保证他的永生。企图再次对贾克斯实行控制的弗莱德招募了残酷的赏金猎人里昂·伯克（Leone Bokk），命其将她带回。

奥德萨·弗莱德向父亲保证她会收拾她诡计多端的姐妹们。同时，萨丽卡操纵了贾克斯的核心记忆，试图让她相信自己在潘多拉被释放出来之前已经回到了学院。奥斯本和拉伦则意识到他们面对的贾克斯其实是潘多拉。尽管受到了最终判决的威胁，但是拉伦还是拒绝逃离，并拉上妻子玛塔一起前去拯救自己的朋友们。与此同时，佩夫尼教授来到阿达尔支援反抗军，阿特里亚则出人意料地表示效忠搜索者哈贝尔。