三更之夜，丁宝桢伫立在山东巡抚部若有所思。此时屋外正大雨滂沱，历城县令刘玉柏紧急命令部下挖出贿银，匆匆忙忙整理行装带领家眷逃跑。此刻丁宝桢一声令下，李培荣所带领的衙役展开了捉拿刘玉柏的行动，双方人马在大雨中展开打斗，最终刘玉柏部败下阵来，三十万贿银追查归案。山东巡抚衙门内，丁宝桢亲审刘玉柏。几番审问过后，刘玉柏袒露自己贪污的苦衷。丁宝桢虽心知此案背后也有隐情，但人赃俱获，丁宝桢仍命令将刘玉柏押入大牢，斩首示众。刘玉柏伏法之际透露，此贪污一案在京城有背后主谋。丁宝桢借刘玉柏一案告诫山东各位官员，若再有贪腐之吏，绝不姑息。

当约瑟夫与陈云飞在马车上时，故意让其看到水师官兵运送炮弹武器。在谈判中，丁宝桢毫不示弱，坚决不把金矿让给洋人，并告知约瑟夫自己做好了准备。约瑟夫拿出英国军舰压丁宝桢，丁宝桢表示，自己不惜与英军一战，但约瑟夫是否能够说服他们的亲王。约瑟夫愤愤离去，次日属下来报，丁宝桢的空城计奏效了，英军军舰离开威海卫。经历此事，丁宝桢下决心将水师改制，水师士兵纷纷不满。丁宝桢此时表露心声，洋人逼人太甚，大清国力孱弱，为保卫山东百姓，必须改制。听闻，士兵纷纷感动涕零，接受改制的建议。

丁宝桢和云飞、培荣在德州微服私访，偶然遇到一对来山东做苏绣的穷苦女子娟儿母女，经过一番探寻，发现像此等人家还有许多，心生同情，并下令在德州兴办织造坊，为百姓谋福利。随即德州知府赵新将织造坊全权交由吕光负责，不料吕光以丁大人开织造坊招织工为由，强掳民女数十人供安德海寻欢作乐。安德海看中娟儿的美貌，至娟儿家中强行提亲，并严刑拷打娟儿的未婚夫石头。为了家人不受牵连，娟儿假装从命，与安德海成亲，成亲当晚，娟儿与安德海一番冲突，最终为保清白，纵身一跃，跳船自尽。

丁宝桢调动水师与安德海在海上相遇，剑拔弩张之时，安德海的船升上三足乌旗。丁宝桢令水师坚决不能让路，双方展开火拼。由于寡不敌众，水师部队受伤惨重，关键时刻，李培荣亲自上船作战，双方一番交战，炸断了三足乌旗。丁宝桢眼看龙旗炸断，令水师让路放走安德海。安德海此时不依不饶，将龙旗炸断一事告诉京城太后。此时，丁宝桢家中大乱，众人怕因此事被牵连，纷纷卷起铺盖逃跑。在德州与安德海一战，损失惨重，未能救出被困的民女，丁宝桢愧疚万分，临走之时，对前来请愿的百姓发誓定要救出民女，遂回济南府继续计划围剿安德海一事。

大雨滂沱的夜晚，云飞已经赶到了泰安县令刘毓福处，亲手将丁宝桢的密信送到。信中罗列种种安德海的罪行，并召集刘毓福一同前往抓捕安德海，务必给予必要的支持。刘毓福深受其动。遂决定一同行动，谋划抓捕安德海。此时，丁宝桢与培荣冒雨连夜赶到了泰安，设下埋伏。刘毓福假装以丁宝桢之名贿赂安德海，并设宴邀请前往泰安城，设计套住安德海。此时冲昏了头脑的安德海得意忘形，毫无防备，果然中计。次日，安德海刚到泰安城，就被丁宝桢所埋伏下的军队抓获，令其就地伏法。不料此时安德海从袖中抽出一张圣母皇太后懿旨，众人见状，赶紧下跪请安。此时，丁宝桢面无惧色，依旧命令军队拿下安德海，双方剑拔弩张。安德海寡不敌众，被军队抓住押往济南大牢等候发落。

恩承收到内线信息后，带着官兵搜寻安德海，此刻的安德海临死之前依旧不依不饶，告诫丁宝桢自己背后有太后撑腰，自己是内务府总管，丁宝桢没有任何的圣旨，休想杀了自己。安德海跪求着丁宝桢放过自己，此刻恩承得到密报，遂带人前往，准备救下安德海。这时安德海早已被丁宝桢押往刑场。正当时辰已到，验明正身准备就地正法之时，京城驿使带着圣旨赶到，即是将安德海就地正法。同样在此时，恩承带着西太后懿旨赶到，千钧一发之际，丁宝桢果断将安德海就地正法，让恩承的营救计划彻底落空。就这样，安德海被就地伏法，暴尸三日。以此堵住悠悠众口，宫里西太后得知此事，也只能作罢，不再追究。

正当治黄之际，钟姨和齐嵩汝前来探望丁宝桢。问到谌夫人生病之事，钟姨为了不让丁宝桢分心，故意说姐姐很好。此刻谌夫人已病入膏肓，丁宝桢治黄过家门回家里探望，俩人四目相对，深情寒暄。随后便匆匆出发，离别时依依不舍，但为了国家和百姓，丁宝桢还是义无反顾的走了。谌夫人心里想到两人分别也许此生再难相见，便痛苦的哭出声来。治黄一线筑堤氛围紧张，河工们正在争分夺秒地夯实堤坝，大雨冲刷着，丁宝桢一个酿跄跌进河里，而此时丁府中，谌夫人久病终于也是熬不住了，撒手人寰。丁宝桢匆匆赶回家，妻子已离世，未能见上最后一面。丁府办丧事，体常也从京城回家，悔恨未能见上母亲的面。悲痛万分，几度哽咽。

丁宝桢一心为治理黄水，准前往菏泽贾庄。当丁宝桢赶到菏泽贾庄时发现乔松年也在，深知自己误解了对方，便协力与乔大人在贾庄筑坝治水。丁宝桢与乔松年正在商量治水银两，乔松年核算如若是全部治理好水患需四百五十万两纹银，但是他跟丁宝桢都知道朝廷肯定是不可能一次性拨款这么多，还需要再想办法。丁宝桢与陈云飞、齐嵩汝等幕僚私下核算了治水银两，并与乔松年商讨如何节省开支修筑水坝，丁宝桢保证如果朝廷不拨款，想办法在济南筹款，也要修筑堤坝。丁宝桢与文彬、邵宇宵商讨治黄银两事宜，当晚，丁宝桢上奏朝廷拨款一百五十万两。

齐嵩汝也拿出父亲遗物想帮助丁宝桢筹款。次日，钟夫人正在府门前整理准备典当的东西，并拿出了八千两银票给到丁宝桢，此时丁宝桢也拿出了两千两银票，凑齐了一万两，马车上的东西都可以不用典当了。衙门内，陈云飞正在当场宣读各个官员的捐赠情况，除了文彬大人拿出的一万两以及许通判，其他官员捐赠寥寥无几，丁宝桢听后非常不满意，一一数出官员们用度奢侈的例子，有娶小妾，盖房子，兴师动众抓蛐蛐的，而此刻却不顾百姓生活的艰辛。丁宝桢讲述为官之道上要对得起朝廷，下要对得起黎民百姓。正当此时，范义前来府衙捐赠，主动捐出五万两银子，救民于水火之中。

赈灾款未到，丁宝桢亲自赶往治黄前线，表示黄水不退自己誓不还家，召集四万民夫共同开工治水。乔松年有赶到前线，表示自己将鼎力相助丁宝桢，告知丁宝桢往年的治水情况，并推荐范庄主负责民堰修缮，丁宝桢听后决定让范义负责治水事宜，让乔松年负责筛选民夫、划拨粮草。云飞送到消息朝廷拨款五十万两已到，可是南部因也存在灾情，暂时还没有粮食。这时候嵩汝说粮食已经撑不了多日，丁宝桢让培荣安排工人轮番上工，节省体力。工人民怨沸腾，纷纷抱怨无法吃饱。丁宝桢自己决定加入河工行列，干第一班。有了丁大人的这番决心，工人纷纷深受感动，决定与丁大人一同治理水患。

正当大坝修缮如火如荼之时，突发翻砂鼓水，李阿福将情况反馈给丁宝桢，并及时修补化险为夷，但是为了保证安全，要值班三日，观察堤坝情况，丁宝桢决定自己以身作则值第一班岗。丁宝桢怀疑翻沙鼓水是因为范庄主运送沙土偷工减料，范庄主主动拿出沙土让丁宝桢检验，指出原因不在沙土而在于压合不严。当晚，阿福和民工窃窃私语，怀疑洪水是人为所致，而且罪魁祸首可能就是范义。当晚，范义和管家说在土里做了手段之事，只要不溃堤，便无人知晓。

京城收到了结余赈灾款，恭亲王将丁宝桢的折子原封不动的奏禀圣上，太后震怒，下令丁宝桢彻查治黄贪腐。丁宝桢接到圣旨，召集众官员，准备从河道总督以及山东布政使司处先着手查办。范义与师爷在府中讨论丁宝桢查账之事，范义让师爷给邵宇宵带话，该用手段了。查了几日，账目上没有任何问题，乔松年与丁宝桢认为此事肯定不简单。布政使司的主簿被发现死于家中。根据现场的证据，李培荣判断吴主簿可能是被人暗杀，丁宝桢想到刘玉柏，发觉凶手极有可能与杀害刘玉柏的为同一人。众人立刻返回衙门，布政使司与各协办采购的账目被盗，但是布政使司的总账本还在，丁宝桢决定用总账开始查，所有的下级官员开始一一核对账目。

李培荣与陈云飞汇报，账本丢失当日值班的王权友被害，线索再一次断线，此时丁宝桢表示顾不上打草惊蛇了，决定直接查范义的账目。夜间，陈云飞带着师爷在府中查账，可是账目查不出任何的问题。丁宝桢明知宫中有人想定文彬的死罪，如果到了京城，这个罪名肯定就会做实了，坚持再等一等，一定要查出真凶，并上奏朝廷。齐嵩汝前来汇报范义相关采石场的调查情况，实际采买与公文存在十几车石料的差异，丁宝桢表示这就证明查案方向是正确的，同时齐嵩汝汇报在采石场碰到李阿福，李阿福似乎有事情要跟丁宝桢汇报。丁宝桢让齐嵩汝前往找李阿福。

夜晚，终于找到刘兴，但此时刘兴已经被范义灭口，证据也被拿走了。丁宝桢暗暗发誓范义草菅人命，一定要将他绳之以法。邵宇霄责怪范义不小心留下把柄，徐沙星表示此事应该赶紧处理文彬，让其坐实罪名，范义说一开始就不同意让文彬顶罪，邵宇霄呵斥范义何时轮到他说话。范义与邵宇霄二人不欢而散。丁宝桢与文大人见面，王御史突然闯入要求押走文大人，取保候审。丁宝桢告诫王御史已将案情上奏皇上，并参了王御史一本，随即以擅闯衙门为由，拿下了王御史。恩承指示下人丢车保帅并要其亲自去办，王御史被召回京，给了丁宝桢放开手脚彻查贪腐的机会。当晚，范家庄遭人放火洗劫，范义不知所踪。未保范义不死于贼人之手，丁宝桢亲自带领部下前往寻找范义，清兵与贼人展开激烈打斗。保全了范义并被带回城，范义供出山东官员贪腐，丁宝桢令立即展开抓捕。济南府同知徐沙星被缉拿归案，邵宇宵仓皇而逃，未能缉拿。 徐沙星当即招供，邵宇宵写信给丁宝桢约其见面。丁宝桢赴约，邵宇宵本想杀死丁宝桢，抽刀扎向丁大人的同时良心发现。邵宇宵供出刘玉柏是自己派人所杀。

大家都怀疑太后派遣的徐总办会影响机器局的建设，陈云飞担心太后派遣的总办不懂洋务还指手画脚，影响机器局的兴办。丁宝桢与大家说明了徐建寅是可用之才。正当大家谈论此人之时，徐建寅恰好赶到了山东巡抚衙门，和丁宝桢及幕僚谈起了创办机械局的计划。双方在建设机器局在是否雇佣洋匠上出现分歧，徐建寅强调一定要使用洋匠，丁宝桢坚决不同意，表示建设机器局就是要自强，绝不雇佣一个洋匠。次日，丁宝桢和徐总办打赌，让洋匠和本国工匠比试，如果本国工匠赢了，那机器局就不请一个洋匠。丁宝桢让陈云飞去接曾昭吉，曾昭吉临危受命与洋人比试枪支组装，并赢得比赛，徐建寅表示愿赌服输，遂不请洋人兴办机器局。府衙中，丁宝桢、徐建寅与张荫桓正在为机器局选址，在机器局选址的问题上，丁宝桢建议应该选择一个拥有河道和矿产的地方，这样便不用再受制于洋人。徐建寅同意丁宝桢的意见，并坚持一定要选有矿产的地方，但是很难两全其美，于是便决定再找两天，不行便只有取舍。日以继夜的奔波，丁宝桢终于寻到了一处宝地，是个两全其美创建机器局的地址。

为了锻炼新招来的新兵水师，丁宝桢亲自和范礼点明了训练水师的要点。就在此时，上海传来消息称去上海督办的徐总办突然失踪，不见踪迹。恩承在慈禧太后面前谎称徐总办的失踪很可能是丁宝桢为了除掉徐总办，而故意使出的招数，慈禧太后吩咐让恩承派人寻找徐总办。正当丁宝桢一筹莫展的时候，金小妹表示威廉此时在上海，也许可以帮上忙。云飞在上海找到威廉，威廉用一百两银子打发了王五爷，救徐总办回山东。东省机器局终于正式成立了，丁宝桢用“造化权舆”四个字感恩各位付出的辛劳，告诉大家今天机器局的进步是东省乃至大清朝的希望。当晚丁宝桢与夫人月下寒暄，第二天张荫桓前来汇报机器局的第一批炮弹已经产出了。在炮台的设置上，张荫桓也和丁宝桢说出了自己的建议。丁宝桢让其自己勘察后再与之商议。此刻，大家前往一起检验炮弹，在炮弹试枪之后，曾昭吉表示机器局的炮弹比洋人的还是要差一些。夜晚，徐建寅上奏太后，指出丁宝桢个人存在目光短浅，思想保守、不思进取、凭喜好用人等情况。

丁宝桢高兴地跟曾昭吉分享消息，陕西巡抚不仅要购置机器局的药弹还要购置枪械的消息，曾昭吉表示时间上来得及，自己可以试一试。英国商人卡特找到丁宝桢商谈支持建立机器局的事情，在资金问题上还可以提供补助，但是制造出来的枪炮要平分。丁宝桢表示决不能让洋人参与机器局的建设，正当此时，威廉前来帮助丁宝桢解围，洋人卡特自此离去。通伸冈炮台修筑正式动工，李阿福带着一批工人前来，原来李阿福等人是特地赶来的，为了给丁宝桢报恩。好事接连，曾昭吉设计的枪支也出炉了，经过李培荣试验以后，发现改良后的枪支更为精准，丁宝桢决定投产。当晚，一家人高高兴兴的庆祝机器局最近的成果。不料就在这个时候，传来了水师炸膛死人的消息，丁宝桢听闻大惊紧急率部下前往现场。正当大家勘察现场的时候，一帮洋人记者突然前来拍照。就这样炸膛事件传到了国外，也传进了京城里。让洋人看了大清国的笑话，慈禧太后听闻大怒。陈云飞怀疑是范礼搞的鬼，丁宝桢不同意没有证据草草定罪，并让属下寻找证据。洋人不怀好意借此机会前往山东观摩机器局，想看丁宝桢的笑话。

待张文怀走后，丁宝桢遂前往张荫桓处勘察炮台，在工地上李阿福兴高采烈的前来，拜见恩公丁宝桢，说是河堤附近的百姓要李阿福前来感谢丁宝桢，让他们不在受水患之灾。张大人回到京城将比武一事如实禀报太后。一展国威，太后甚是开心，随即同意了继续开办山东机器局。因为此番比武，慈禧甚是开心，在李莲英的建议下，太后将召丁宝桢进京。钟夫人带着金小妹一群人来到通伸冈看望丁宝桢，并给丁宝桢带来了一些防寒衣物。当晚，丁宝桢接到丁体常的信件，得知岱生夭折的消息，震惊万分，痛心疾首。随即丁宝桢病倒了，几天后，京城来圣旨立召丁宝桢进京。

太后对于丁宝桢的不识抬举极为愤怒，打算让丁宝桢回家颐养天年，恩承这个时候不怀好意的向太后献策，来对付丁宝桢。从朝廷回来，丁宝桢深感朝廷的鹬蚌相争、尔虞我诈。自己也不愿趟这浑水，与其同流合污，打算即回济南多为百姓做点实事。当晚丁宝桢与学生齐嵩汝推心置腹，告诉齐嵩汝若有一天登上高位，切不可以权谋私，要心系黎民百姓。次日一早，丁宝桢接到圣旨，调任四川总督。丁宝桢仍心系山东机器局，想找恭亲王商议，但被恭亲王拒之门外。在京城别了齐嵩汝，直接去四川赴任。走时恩承提来一匹好马，丁宝桢骑上马便头也不回的离开了京城。

一路接济灾民，丁宝桢所剩粮食也无几，权衡之下，丁宝桢只能叫上众灾民一起杀马吃肉。终于到了四川边界，可是灾民们被官兵阻挡，官兵不让灾民进成都城，不仅如此官兵还朝百姓亮兵器。丁宝桢怒不可遏，以四川总督的身份出头为百姓说话，却被官兵当做流寇抓了起来，一灾民想强行进入，被官兵当场杀害。当晚，不知好歹的醉酒官兵要杀丁宝桢，关键时刻，李培荣一众赶到，从官兵手里救下丁宝桢。丁宝桢遂下令彻查严惩这些草菅人命的官兵，打开关卡放行灾民，放粮赈灾。得救灾民纷纷感激涕零，感恩丁大人的一心为民。

李培荣和盐商张老板攀谈得知，现在运盐商道是官匪勾结，共同欺压百姓。而被斩杀的周虎便是链接山匪头子周二疯子与官府的中间桥梁，为查清楚状况，李培荣和张老板一探土匪寨，正巧撞见了被抓来的丁体常。李培荣自愿留下来，借机救出丁体常，没想到没有救成反到一同被抓。次日，丁宝桢知道粮食被劫，儿子被土匪抓走，丁宝桢为心中大义， 丁宝桢定制了剿匪方案，急召绿营官兵于当夜剿匪，用绿营官兵和府中官兵同时三面围堵山寨。丁体常与丁宝桢心意相同，知父亲必定是来剿匪的，为了百姓粮食，他愿意舍生取义。

丁宝桢和金小妹假装是李培荣的三舅和三舅的女儿，跟着张老板委派的刘掌柜一起运商走盐。途中，丁宝桢打听到了很多卖盐的内幕和见不得人的勾当。运盐的这一路上，丁宝桢亲眼所见盐商贿赂官员，以求放行，而且据说幕后指使正是恒训。回到府里，丁宝桢分析盐务腐败的最大问题在于运盐，如果官运商销就能解决贩盐的问题。随即上奏朝廷，请求整改盐务。但这样一来，会断了很多人的财路，遂引起四川各官员的不满。京城中，慈禧收到丁宝桢的奏折，遂让李莲英将折子发到军机处，让军机处看着办。军机处中，恭亲王与恩承商议盐务问题，恩承说丁宝桢动作过大不妥，恭亲王拿成都将军恒训一直没治理明白出来说事，恩承见状只能说依议。

恒训察觉到不对，紧急召人寻找宋东魁，下令一旦发现，格杀勿论。连夜，恒将军的人找到了宋东魁，杀人灭口。宋大人临死之时，跟李培荣说他家水缸底下藏有恒训等一众官员的受贿礼单，上面有他们的签字画押。李培荣用计策骗过恒训的人马，将礼单成功带回府里。丁宝桢查对账本发现有五十万银两对不上，只写了恩承转，很是蹊跷，遂让陈云飞进京打探恩承近来与哪些人来往甚密。齐嵩汝通过陈云飞知晓了此事，将其告诉了恩承，恩承让齐嵩汝告诉丁宝桢与自己关系密切的是内务府大太监李莲英。这时候，恭亲王召见了陈云飞，告诉云飞，大学之道，在于知止。意为此事甚大，让丁宝桢不要再查下去了。

放榜日的时候，文章功底甚差的马千里居然中了举人，学子们非常惊讶，纷纷怀疑有行贿舞弊之嫌，遂奔向四川总督找到丁大人告状。丁宝桢听完此事，答应考生一定会查清此事，决不允许有徇私舞弊一事，回头便安排各下官开卷查验。马千里的试卷一打开，错字连篇，文章也相当囫囵。丁宝桢怀疑有人在其中动了试卷，但一同进入贡院的只有老宋，所以老宋成为嫌疑人被紧急召见。老宋解释到自己根本不识字，更不可能做这种手脚。丁宝桢问到各个考官关于马千里试卷问题，发现是主考官誊抄以及涂抹试卷所导致，此时恩承带着懿旨到四川，将舞弊之事的罪责扣在了丁宝桢头上。丁宝桢因监考不力被降为四品，留任四川总督。

四川连日大雨，都江堰被冲毁，丁宝桢决定亲自去看看。齐嵩汝与自己书房看书，此时，下人来报，由于都江堰决口，大量的难民涌向成都，成都知府齐嵩汝立刻命令属下，拦截百姓，一番审讯之后，齐嵩汝将难民按上山匪的名头，将逃难进城的百姓拉去游街示众。金小妹为此事与齐嵩汝争论，同时还发现，齐嵩汝擅自受贿帮忙捐官的账目，与其争执不下。此刻，四川机器局也出现了问题，竟然产出次品枪支。曾昭吉一问才得知，齐嵩汝将捐官的人都安排在了四川机器局。曾昭吉前往机器局视察，却发现工作人员都在打麻将。一气之下，曾昭吉赶到齐府找齐嵩汝理论，两人一番争论，闹得不欢而散。

工部陈大人正与张德之商议，要将齐嵩汝一同拉下水，恩承为了将齐嵩汝拴牢在四川，才出此计策。第二天，张德之与齐嵩汝私下见面，将一盒子金条推给齐嵩汝，齐嵩汝一番的推脱之后，暗示张德之要恩承帮忙需要准备好银钱。晚上回府，齐嵩汝便写了信，让下人将信急速送进京给到恩承。在恩承的一番操作下，很快调令就下来，收了贿银的齐嵩汝给张德之写了结状。次日，一位民妇姚氏前来知府告官双流县知府张大人草菅人命，将自己的弟弟拿去顶命，刚想拿出证据，齐嵩汝直接将妇女姚氏收监，私下齐嵩汝前往牢里见姚氏，从姚氏处了解了整件事情真实情况。齐嵩汝急忙找到了张德之，但这时候已经给京城写了结状，反悔必定是失察包庇之罪。齐嵩汝懊悔不已，当晚回家，齐嵩汝悔不当初，喝得酩酊大醉，不省人事，被小妹和母亲抬走。齐母心生疑虑，翻出抽屉里齐嵩汝和恩承的信件，这才恍然大悟，儿子都做了些什么，吓得赶紧向已经去世的老爷请罪。第二天，有一个信差到齐嵩汝家中，送来一个大箱子，齐母打开一看，是一堆白花花贿银。看到这些银子，齐母甚是害怕，让小妹赶紧送回双流县衙

恩承此时在京紧急召集各官员，说丁宝桢此行必会参奏太后捐官包庇一事，事关重大，让各位自求多福，以此想拉拢各位官员一同对付来京的丁宝桢。丁宝桢深知此去京城异常凶险，临行前钟夫人叮嘱老爷定要平安归来，丁宝桢也答应此行归来，就回家踏踏实实过日子。阎敬铭早已在京准备为丁宝桢接风洗尘，丁宝桢告诉阎大人此来是要办两件事，一是自己握有铁证，定要查办恩承等一众官员贪敛民财；二是重建四川机器局一事。阎敬铭感慨的劝说丁宝桢这两件事都不好办，要做好准备，很可能会无功而返。正当这个时候，恩承大人属下来访，邀请丁宝桢前往一见，丁宝桢遂前往赴宴。恩承借机相劝丁宝桢就此为止，不要再查贪腐之事，但丁宝桢坚持己见，双方不欢而散。恩承此刻已经决定了要拿出最后的手段对付丁宝桢。丁宝桢来到恭王府想取得恭亲王的帮助和支持，恭亲王却请丁宝桢看了一出戏，用保命残生的典故来劝告丁宝桢。丁宝桢知晓其用意，无奈告退。在街上丁宝桢巧遇儿子，也偶遇了多年前的贵州同乡，在京城开饭馆的富贵，甚是高兴。交谈后才得知现今平头百姓只能勉强谋生。