浙江余杭县的一个夜晚，一场凶案发生在东渡村，新郎倒地后新娘柳玉妹匆忙逃走，在街上跑动的柳玉妹被杨林接应，他们在街上仓惶逃走时被镇上衙役发现，扮成算命先生的周新看到后上前替他们解围，还慌称是他们亲人，衙役认为他们行迹可疑，周新自称找不到客店住，在衙役的带领下他们住进一家客栈。余杭知县范自高夜里查狱，听到命案发生即刻前往现场调查。

柳玉妹在大堂上讲述当晚洞房情况：当夜宋三虎等人跟随陶某来到洞房中胡闹，柳玉妹也是被逼嫁入陶家，她在洞房反抗后推开陶某，陶某倒地不起，柳玉妹看到桌上的杯子后将砒霜放入杯子用酒冲开，她原本准备自己喝下，没想到陶某醒来后端起来喝下去，陶某中毒后柳玉妹受到惊吓后逃走。范自高认为柳玉妹的话是一派胡言，他要定案时周新问起真相如何，周新却没亮明身份。

范自高在周新的要求下带人来到命案现场查看，范自高将他的分析全部讲出，他一口认定是砒霜中毒，周新提出质疑，仔细观察额头后发现有明显的撞痕，那才是血迹的根源，范自高对周新的判断表示反对，周新对他的无知嗤之以鼻，范自高生气之下又想打周新的大板，但在中丞的劝说下范自高给高新一次决断的机会。经过勘察现场，范自高对周新的判断给予支持，他在公堂上改变了审判，杨林和柳玉妹被当庭释放后遣回家中。

赖小手被周新质问，他认定那个黑大汉就是胡大汉，周新让他说明当时的犯罪经过，胡二被杀的过程让赖小手描述的十分精彩，赖小手的话被周新认为是一派胡言，周新询问他当进身在何处，还推断案子是他亲自做的，县丞带人从赖小手家里搜出物证，范自高只好升堂重审。赖小手面对物证不敢狡辩，范自高将他关入大牢，胡大汉被当庭释放，周新让人拿二十两银子交给胡大汉回去调理身体。

范自高严刑逼供女主人及情夫，屈打成招，审案时当场释放张屠夫，周新发现其用刑痕迹。周新用计把全县的杀猪刀都上缴到县衙，毛屠夫杀人后躲在家里寝食难安，张屠夫被抓后他有些侥幸，但此时已经认罪，范自高命人将毛屠夫押入死牢，毛屠夫听老县丞说起周新的绝技，周新道出其中秘密，毛屠夫也是自投罗网。范自高对高新的判断十分佩服，他自认为余杭县从此平安无事。

周新拿着捡到的印章去店铺里打听时被人跟踪，随后周新见到杭州知府吴大人，周新向他说起五里亭的谋杀案，吴大人马上派人赶过去。小榔头坐在五里亭里等人前来接应，身后出现的英俊少年将他吓了一跳，小榔头在林中向他说起林中死尸，还说明了周新的身份，对方没想到他们与当官的有联系，英俊少年遂转身离去。周新带着吴大人要给他换一身新衣服，周新在店铺中打听到那枚印章的下落，获得新发现。

周新被盘问起来杭州城的目的，他自称权吉，店老板解释说是点心被人做了手脚，周新谎称他什么都不知道，但他鞋子上的血迹引起怀疑，周新只好说出他进了杀人的房间，推官问起桌上插的那把刀，刀下扎的纸被问起来，周新难以解释，他住的房间紧挨被害人，周新想要走时被当成嫌疑人，他被锁起来。吴大人看到周新被绑后赶忙命从将绳锁解开，余人杰十分震惊。

余人杰回去之后开始明察暗访，他在那家店里住下时发现一枚银钗从床上掉落，发现可疑之人后出门跟踪过去，余人杰救了要被杀人灭口的店小二，从店小二口中得到新的线索。姚千夜里回家时被周新问起来，他被吓了一跳，周新径直走向他的内室。周新向姚千问起朱老板已死的情况，姚千猜出他是差官，周新看出姚千十分紧张和害怕，趁机审问出许多内情，案情由此告破。

周新对白骨案十分感兴趣，吴大人向他说起其中缘由。老管家将挖出一副白骨的情况告诉冯老八，下人们也议论纷纷，冯老八遣散那些在后院井里干活的工人，冯家门口被人贴出告示并说明白骨之事，冯老八担心有人去官府告他。吴知府听到击鼓喊冤的女人后大加指责，还派人将她赶走，她知道吴知府和冯家是亲戚，围观的老百姓们也说起白骨之事，吴知府只得借查案之机关门。

思琪打听到储十方出事后附近的小吃店关门，以前叫嘉南小吃饭，经营的女人是从嘉南而来，思琪来到新开小吃店后拿走以前的账册，小榔头和思琪回去后向周新讲起打听到的情况，周新知道嘉南离杭州有二百里，思琪想去嘉南寻找那名妇人，她怀疑账册上的地址就是那个小妇人的住址，思琪准备换一身装束上路。小榔头一觉醒来见思琪不在房中，等他回头时看到扮成女人装的思琪，两人出门以姐弟相称，小榔头看她的身段像女人，思琪否认。

袁胖子和妇人被带至公堂审讯，妇人交待当时情况，她入城看望丈夫时被袁胖子引诱，袁胖子为了能得到她而杀害账房，然后捆上石条后扔入井底，后来把井卖给冯老八，袁胖子一直将她关在后院不让出门，案情大白天下，冯老八被无罪释放。段无极突然出现在余人杰的背后让他有些害怕，他向余人杰问起案件进展情况，段无极还将画像交给余人杰，他怀疑那副画像是很重要的证据。

高俊向刑部右侍郎富贵提出让余人杰助他办案，余人杰听他调遣，吴之问在一旁也没有说话。周新无事一身轻，来到河边钓鱼。祝大人带人来到高守仁房中勘察，他自认为心中有数，在证据尚未查实的情况下对嫌疑人动刑，吴之问提出质疑时被驳回，高俊感觉不妥，他猜想父亲和生意场上的结下积怨，高俊想在杭州的文库案中查看线索，余人杰遂前往查看。嫌疑人被屈打成招，他们都交待雇佣杀手作案，祝大人被戏弄。

高俊小姨瑞云被带至高府，周新询问那些东西的来由，瑞云跪在地上承认高守仁是她杀的，那些东西也是她拿的，高俊替她辩解，周新向她问起杀人原因，她十七岁那年被高守仁欺骗，她成了高守仁欠债的抵押物，当年高守仁生意场上不顺将她嫁给债主，瑞云被踢落肚子的孩子后终生不能再生育，她被夫家休了之后仇恨一直没有消失。

高俊来到母亲房中问起当年之事，高母承认自己是被抢来，她没说出真相是担心高俊受不了，她一直忍着，高母告诉高俊说他是姜恩的儿子，她一辈子心里认可的丈夫就是姜恩，高俊得知真相后才喝了很多酒，来到高守仁房间里后才发生那一幕。高俊再次道出当晚真相，高守仁追赶他的时候被门碰上手里的尖刀意外身亡，高俊并没杀他之意，高俊对他当晚所做之事记忆迷糊，余人杰推断杀人者可能是高夫人和瑞云。

余人杰向思琪说起他在办案中的难处，思琪不明白那根发簪为何会在他手上。周新妻子在来的路上听老百姓们对周新夸奖，她心里十分安慰，见到周新后十分高兴。吴之问派人给周新送去的上好绸缎被退出，他发愁之际被夫人提醒，吴之问准备在周新妻子身上下功夫，吴夫人牵着买的鹅给周夫人送去，周夫人和小榔头相信了她的谎言。思琪向周新说起余人杰仍在查段无量的案件，周新命人将案子转给按察司，思琪担心他会得罪段无极。

萧长生在台上表演时突然感觉胸口难受，台下观众认为他倒下只是表演的一部分，没想到他躺在地上一动不动，等人发现萧长生已死后台下十分惊慌，周新听到响动后马上去勘察情况。周新对萧长生的尸体仔细验看，他向吴之问询问当时台上的情况，萧长生当时表演的叫僵尸跌，那也是他的绝活儿。周新想知道萧长生在舞台上是否有异样的情况发生，周夫人来到后台说起她的怀疑，她看出萧长生眼神里的痛苦和愤怒，周新对于萧长生的死疑虑不少。

小宝被周新和吴之问的一惊一乍吓到，周新向他问起萧长生的饮酒习惯，萧长生在演僵尸跌之前都要大喝三口酒，周新多少明白，他判断宝剑记开始前酒中被人下毒，只是不明白毒是如何放入酒壶之中。余人杰将发现的芦杆交给周新，周新来到发现它的地方寻问小宝，还看到小宝头上被嗑了一个包

阿杏服毒自杀，她死前求周新能把她和萧长生安葬在一起，周新答应合葬两人。吴之问向众人说起十年前的真情，那只是一个可怕的误会，小宝在父母坟前发誓会好好活下去，班主带小宝离开。思琪没想到人会爱的那么深，余人杰望着小宝远去的马车也感慨万千。

小榔头夜里上茅房时看到奇怪的身影，听到小女孩儿的哭声后悄悄过去，没走到跟前就被一头巨大的猛兽吓跑，思琪经过老婆婆的房间时啥也没听到，她见到小榔头后听他说起鬼怪之说，小榔头劝她不要过去。思琪在老和尚房门前没听到任何响动，小榔头听到对面有人撒尿，起身看时被思琪吓了一跳。

思琪向周新汇报说老妇人和孙女被人追杀，老妇人被人发现在山中无人处，她的小孙女坠崖。周新推断所有这一切都是圆清寺的方丈背后指使，莫文渊按周新的要求派出衙役赶往圆清寺，他们在途中被蒙面歹徒袭击，思琪带人及时赶到制服歹徒，歹徒是那些和尚，其中一人还是圆清寺老方丈的徒弟。

纪纲再次谋划陷害周新，皇帝召回周新，周新向众人讲述案情，皇帝命他把黑胡子带到京城询问，还命周新加以勘察几大名寺。纪纲推荐段无极协助周新办理，周新只能遵命。周新赶往京城，思琪想与其随行被拒绝。周新途中收到杭州案情后赶往，小榔头等人押着黑胡子赶往京城。黑胡子途中中箭身亡，纪纲从中作梗，皇帝遂派纪纲动用锦衣卫在各大寺院搜查。

余人杰担心思琪被糟蹋，去找段无极，段无极答应将人还给他，没想到遇上被捆绑的袁校尉，段无极判断她已经回到家中。余人杰找到思琪，说起事情的原委，表明自己担心她冒险，并猜想她心里还放不下周新。皇上得知西湖情况后十分恼火，周新的岳父梁大人等向皇上推荐人选，皇帝同意周新去做监督御史，处理西湖之事。周新刚回杭州就被百姓围住，还被洪铁头用言语羞辱。

洪天佑在吴之问面前提起诉讼之事，吴之问让他不要多管，周新想知道真实情况，洪天佑信不过他，没有说出实情。周新生气离开茶楼，洪天佑感觉身体不适，画眉提议回家。小榔头陪周新在西湖周围转悠，他们猜想可疑人是段无极的手下。余人杰向周新解释了思琪被抓的事，周新才发觉误会了思琪。小榔头在街上得到洪天佑死讯，向周新汇报，洪夫人将画眉告上官府。

周新表示洪天佑的死越受关注，越对破案有利。吴之问说洪天佑被害，完全是因为要进京告状，但是喝了茶和药就遇害让人想不通。周新带领大家回顾案情，并解释了茶和药之间为什么会有毒性。大家注意到泡茶师傅，最后断定此案与段无极有关。周新等人来到茶楼调查，茶楼却关门了。无奈之下，周新派思琪强行进入调查，却又发现两具新的死尸，周新判断他们会坐船前往京城，派思琪路上骑马追踪。

镇上又有一名年轻女子遇害，死法十分残忍，周新与余人杰讨论案情，两起案件有很多相似之处，余人杰怀疑凶手是同一个人。周新把现场发现的绿丝带给余人杰看，余人杰怀疑这与江湖帮派有关。周新来到街上，看到铁匠打铁和卖艺的，就想象案发现场，自己也不禁毛骨悚然。回到家中，小榔头收拾书箱欲回京，被周新大骂。陷入困境的周新出现幻觉，与段无极激辩。第二天，清河坊再次发生命案。

周新来到一处房屋的高处查看情况，有些地方的墙面出现裂痕。杭州商人们按风谷抬着财人爷走在大街上，周新看到墙要倒时让众人闪开，思琪带人发现黑衣人后上前打斗，黑衣人中计被抓擒，周新揭下黑衣人的面具后发现不是段无极。黑衣人受审时拒不交待，周新原本想凌迟处罚他，但改变了想法，他身后的飞鹰标志证明了锦衣卫的身份，周新知道连环杀人案的凶手是左撇子，而黑衣人并不是。

喝酒时祝宝贵向周新询问案情，周新让吴之问将详细案情叙述一番，余人杰说起事情经过。小榔头在雪雁面前对周新大加夸奖，她提出送糕点过去，雪雁端着玉露酥给几位大人呈上，吃过玉露酥的祝宝贵突然毒发倒地，吴之问和周新大惊失色，周新命人封锁整个按察司，他判断祝宝贵像是中毒。周新将玉露酥放入水是融解后用银钗难证有毒，余人杰看到送菜的人是一名小女孩，而雪雁已经逃走。

纪纲向皇上汇报说周新在杭州冯了大祸，祝宝贵的死让皇上惊讶，纪纲怀疑周新和祝宝贵的死有关，皇上同意让纪纲赶往杭州处理。思琪进京后找到周夫人帮忙见梁御史，她们来到梁府时梁御史已经进宫，追至宫门口才见到梁御史，思琪向梁御史说明情况，梁御史假装生病被抬到太医院后才见到皇上。宫门紧闭，上朝的官员被堵在外面，思琪让周夫人去杭州先缠住纪纲，两人扮成老百姓出城时没被怀疑。

刑部尚书提审周新，周新提出传办案之人讯问，余人杰被带至公堂，周新看到他满身是伤，余人杰畏惧没说实话，周新要和他当堂对证，吴之问在堂上不敢说话，周新被上了枷锁后押入大牢。周夫人见到纪钢后要见周新一面，还跪在地上求他，纪纲让人将她扶走。小榔头和雪雁在街上看到抓他的告示，回家时他听到屋里有声音，进门后见到思琪和周夫人。段无极在大牢中对周新用刑，周新并不屈服，他在刑具面前晕了过去，周新一直坚持自己的信念。

纪纲担心那些搜刮的珍宝被发现，他派段无极前去处理。皇上召见纪纲，刑部尚书也陪同前往，梁御史问起周新，皇上也询问起周新查案之事，纪纲将责任推在刑部尚书身上，梁御史认为此案疑虑重重，刑部尚书的花天酒地被皇上指责，皇上也不相信周新会知法犯法。纪纲向皇上汇报说段无极负责看押周新，梁御史知道后十分恼火，皇上得知关押在甲字号牢房的犯人死去，但死人的是小榔头，纪纲一出门就见到周新，真相即将大白于天下。