曹操刺杀董卓未遂逃离,董兵穷追不舍，曹操想逃回谯郡和曹家兵汇合，这样方能保命。谯郡斗拐场华佗和一帮年轻人正在进行斗拐比赛，董卓侄子董骠前来捣乱，华佗恶治董骠，让董骠有苦难言。医馆队和大栓队斗拐，华佗的童养媳惠娘来找华佗回家，路遇明心，一个要华佗回家，一个要华佗陪她玩，面对两个都爱自己的女人，华佗十分尴尬，一番争议惠娘只好妥协。

明心送信给华佗，要他和自己明早私奔。华佗找吴成要钱，被惠娘和华父发现，遭到华父严厉斥责。华父强行让华佗和惠娘成亲，并让吴成在外面看守，吴成心痛，明心在家准备明日与华佗私奔，并让胡半仙帮忙。华佗在新房喝多酒误把惠娘当明心，并有了肌肤之亲，吴成痛苦万分，回想起小时候惠娘的各种好。早晨明心和喜莲匆匆出门，董骠队伍进城迎亲。明心来华府见华佗已成亲，怒火中烧，气愤而走，华佗紧追。

华佗在县衙求胡半仙带信给明心，胡不肯，华佗只好隔墙跟喜莲对话，请她告诉明心自己住在破庙，吴成给华佗和慧娘送来了被褥用品，明心知道华佗住在破庙，心里不忍，她虽气华佗，但内心深处还是念着他。明心思念华佗又不好开口，让县令把吴成叫来为自己看病，借势好打探华佗消息。县令来到校场发现胡半仙征的兵都是老弱病残，很不满意，曹操帅曹家军验证操练，以振士气，县令觉得很没面子。

董兵攻城关键时刻，曹操亲自带兵杀出城，一场混战，打退董兵，得胜而归。谯郡全城群情振奋，欢庆胜利。但胜利中存着隐患，谯郡被围，粮草囤积有限，外面董兵援军正在匆匆赶来，最终鹿死谁手很难预料。胡半仙揣摩县令要想好退路，明心前来鼓励父亲坚决抗董，胡半仙向喜莲献花求爱，被喜莲戏弄，曹操华佗帐前促膝长谈，两人加深了情感，曹仁率人秘密挖地道，以备后路，华佗靠在曹操肩头睡着了。

董军叫阵，曹兵不出，夏侯勇再遭曹仁训斥，华佗发现受伤士兵伤口化脓，心急如焚，想挖去烂肉但没有麻醉药，华佗用麻醉药麻醉自己，要慧娘拿针扎他做实验，想尽快研制出麻醉药。华佗发现伤兵伤口溃烂，要搲肉，伤兵不肯，最后病死，华佗回家找华父要麻醉药，父亲认为麻醉药还在研制期，不能乱用，但后来被华佗的诚意和思想感动决定与其一同前往救治，华佗欲用麻醉药给给大栓开刀，被县令认为是瞎胡闹。

胡半仙明心的暗中帮助下，找到吴成。叫吴成晚上快去河边救华佗，吴成救起醉酒差点淹死的华佗。问华佗是怎么回事，华佗说出县令和夏侯勇串通欲叛敌的事，吴成劝华佗别管这事，但华佗不听，一定要赶快告诉曹操，这不仅关系到曹操，如城门洞开，董兵杀进来，也关系到全城百姓的安危。惠娘看见华佗的木屐沿河飘来，猜出华佗出事，将华佗丢到河里的两个衙役完事后向县令汇报华佗已死，胡半仙得知后告诉明心，明心大惊悲伤，痛不欲生，忙和喜莲到河边来找。

第三次大规模攻城又开始了 ，董军越来越强，差点攻破城门，多亏华佗及华父带领全城百姓誓死支援，才击退董兵。经过上次华佗的大难不死，明心对华佗的爱再次公开明朗起来，明心甚至亲自来破庙里来探望华佗，华佗和明心情真意切，相互倾诉，让惠娘和吴成很难堪，而吴成不合时宜的说出惠娘已怀有身孕，华佗给惠娘一搭脉，果真如此，华佗大惊失色。

吴成借酒对惠娘表达爱意，被惠娘坚决抵制，华佗带着投降信来到县衙跟县令对峙，县令不承认，曹操来了，绑了县令全家，胡半仙和喜莲回到县衙，发现县衙已被抄，并与曹兵厮打起来，没想到喜莲被打晕，胡半仙怒火中烧，打晕曹兵，把喜莲藏在麻袋扛到城门口，用县衙官印打开城门，不料城门刚打开，埋伏在城外的董兵蜂拥而入。

县令见明心身体减弱，想叫吴成来给明心看病，吴成诊断明心都是因为心闷忧郁而成疾。并帮县令也把了脉。晚上华佗还是主动和惠娘分床而睡，惠娘无奈，这边华佗精心照料身怀有孕的惠娘，而吴成常给明心看病也渐渐熟热起来，不料县令病倒，吴成却对此无力，只好请来师傅华父来看。华佗在给百姓看病时得知战后伤残抚恤金至今未发，很多穷人贫病交加，苦日难捱，华佗怒火中烧，自缚双手。

明心得知惠娘去世，内心很自责，是她拖住华佗不让其回家，拖延了时间才使惠娘耽误了治疗，不幸去世，觉得对此负有责任，愧疚不已。胡半仙在喜莲的逼问下，抖出了自己是为了喜莲而贪污抚恤金，喜莲恨铁不成钢，告诉明心和县令，胡半仙被县令逐出县衙。华佗吴成悲痛哀悼惠娘，明心带喜莲来吊唁惠娘，被华佗轰出，明心伤心昏死过去。

喜莲一天在厨房发现吴成给明心药里加了一种丸药，疑惑，这边华佗发现天来整天看有研制毒药类的书，要他换，他不肯，华佗挺纳闷。明心绣了鞋送给吴成，吴成暗喜。吴成回厨房想找回那天丢下的药丸，被喜莲发现，吴成慌忙搪塞走了，喜莲觉得这事不简单，便在厨房找到药丸并拿药丸找到了胡半仙请胡半仙鉴定，胡半仙认出了是九转丹，可胡半仙替自己留了一手并没给喜莲明说，只是说是普通的药。

华佗认为你这种不负责任的人要是当上太医绝对贻害无穷，华佗决定参加太医遴选。同时胡半仙被华佗训斥一遍，别想借他的手来整吴成，太医遴选面试会诊现场，华佗用很独特的方法巧治牛二的腰痛病，在一旁暗暗观察的甄大人发现华佗是个人才。心里暗暗惊叹。回到县衙后，县令竭力举荐吴成，甄大人不以为然，心中已有数。

明心为了彻底斩断她的华佗的情愫，告诉华佗她要嫁的人就是吴成，华佗落寞而走。太医终考现场华佗临时退考，为了明心把即将到手的太医名额让给了吴成。吴成终于当上太医要去京城，美好前程在召唤他，五成好不得意。临别前，华佗把九转丹还给吴成，嘱咐他今后要好自为之，诚实做人，认真做事。吴成便面虚心应承，暗地却笑华佗不识世事，迂腐呆傻。

买包子时不料被太医院医丞甄大人妹妹甄依柳看中，甄妹妹对吴成一见钟情，每天亲自门给吴成送包子，被吴成婉言拒绝。可甄妹妹三番几次找吴成，吴成怀疑她就是甄大人的亲妹妹，私下通过贾太医证实了这一身份，吴成心中已明白一二。可碍于明心的面，一直拒绝甄妹妹。明心开始对这个无论在长相和人品上都无法与自己相比的胖女人并不在意，可面对她不停的骚扰，明心慢慢有些不安和烦躁。

明心此刻满腹的委屈和愤懑一起撒在华佗身上，怒骂华佗多管闲事。不仅害了她治病，还会耽误了吴成的仕途功名。华佗无语。江大人的夫人领着江大人来大闹太医院，说是太医院让江湖草医华佗治坏了江大人，那天华佗为了显功力给江大人肾病扎针，虽当时见效，却治标不治本，加上没有后续跟进治疗，江大人的肾病越发严重，江夫人闹得太医院不得安宁，最后吴成出面，认真医治才使江大人病有好转，也为自己在太医院搬回来些本钱。

成酒馆戒酒消愁，想起了惠娘，对华佗也更加憎恨。回到家中从明心口中得知华佗已走，一想觉得华佗这么走了对自己不好，关键还没有学会华佗的针刺麻醉之法。于是忙在半路上截回华佗。华佗念着他们师兄弟之情，也为吴成将来能在太医院多一门技术，华佗借练针法知名，故意将针灸麻醉手法交给吴成。华佗来到太医院请贾太医替明心治眼疾，甄大人碍于他和曹操的关系又不敢拒绝。

华佗再次替曹操针灸，曹操告知自己体乏无力。甄妹妹在家中装病求哥哥叫吴成到甄府治病，甄大人不答应，可经不住甄妹妹的一再纠缠，只得命人叫来吴成，此刻吴成已存高攀之心，正中下怀，殷情的匆匆赶来为甄妹妹看病，甄妹妹很是享受，甄大人可没那么简单，等吴成看完病就将他赶走，不让他与甄妹妹有独处私聊的机会，甄妹妹又不高兴了，质问甄大人这是为何，甄大人说这叫欲擒故纵。

华佗见曹操杀人如麻，赶到丞相府要见曹操理论，却遭到守门将士阻拦，曹操早知华佗会来闹事，故让士兵将其挡在门外。华佗却在门外大骂曹操残忍，大声揭短，把曹操陈年嗅事都抖落出来，曹操无奈，只得让他进来。两人免不了又一番针锋相对，各说各理，话不投机，华佗愤然离开。深夜吴成带着礼品拜见甄大人，向其道歉赔礼，宣誓效忠。

吴成晚上闷闷回家，在门口华佗质问吴成，为何这时候才回来，是不是又去甄妹妹哪儿了？不知道明心在等你吗？今天是明心生日，说好回来吃面的，吴成叫华佗少管闲事，华佗揪住吴成要他今晚一定要给明心一个满意的交代。他俩的谈话不料被明心听到，明心伤心，明心质问吴成去哪，吴成借口有自己的事，跟贾太医在一起，可贾太医一直就在吴成家和华佗在一起。

县令喜莲万分着急，找到华佗商量对策。华佗来劝慰明心也毫无结果，这样下去明心会病倒的。一次喜莲在与一位京城回来朋友交谈中，说吴成已成亲了，在京城搞得动静不小，县令得知明心在京城的遭遇，一气之下吐血病倒了，明心焦急万分，也顾不得自己，忙叫华佗，自己也跟着照顾，县令要明心振作起来，自己的病无碍，我是看你这样急的，明心发誓好好生活，不想往事，明心开始吃饭，大家才放下心来。

玩的尽兴，可胡半仙却提前溜走了，他偷偷来到华佗住处盗取华佗的麻醉药配方，并派人送给吴成，而吴成并没有交给甄大人，而是按其配方做成药研究一下，搞清楚了效果再交给甄大人。不曾想甄家下人错把麻醉药当成保胎药给甄妹妹吃下，导致甄妹妹失血流产，而且还永远失去了生育能力。甄家一阵大乱，吴成后悔不已，心中更加恨华佗，甄太医怒斥吴成，逼得吴成不得不说出实情，是自己暗藏麻醉药无意中害了她。

最终甄大人还是受到曹操的任用，主持官药采办之职，甄大人派吴成及儿子小甄去采办供药。吴成领命出发之前求甄大人允许他纳明心为妾，说是自己亦无父母，因甄妹妹不能生育，不想再无后，甄大人勉强同意。华佗在家用猪试试验麻药，记录麻药的时间和药性，胡半仙来告诉他吴成将回来奉旨采办贡药。

牛二又去贿赂华佗，被华佗当众戏弄，牛二不死心，设宴款待华佗，吃顿饭总可以吧，华佗如约而至，却带来了一大帮穷苦难民一起吃饭，搞得牛二措手不及，白花了一大笔银两。吴成指使牛二利用华胜来陷害华佗，他们把好药都集中供给华胜，华佗验过药后觉得华胜的药品为上乘合格药材，将华胜定位贡药供应商。

胡半仙不敢将这些事告诉华佗，暗地里找吴成，华父见胡半仙鬼鬼祟祟出门，就和华佗说自己出去采药，暗暗跟了过去。胡半仙见到吴成骂他太歹毒，吴成说只要他保守秘密就会没事，将来赚钱也不会忘记他。这些都被华父发现。第二天贡药已收集齐，最后验完药就可装箱运走。胡半仙故意砸伤脚，不去验药，县令只好找来华佗验药。

吴成，小甄很快出狱，但这事总得有人出来顶罪，他们商量只有那县令开刀了。华佗不知道，还在外面到处收集证据，企图救县令和华胜，明心也赶到京城来救父亲，胡半仙拿着从牛二那里搞来的账本威胁吴成，叫他想办法救县令，吴成根本不当回事。甄大人到监狱里向县令摊牌，要县令把责任全揽下来，这样还可保明心无事，否则全家处死，这是丕公子的意思，县令知道这事已无望，为了明心决心赴死。明心在走投无路的情况下，只好去求吴成，吴成却提出要求以占有她为交换，明心悲愤交加，为了救父只得委曲求全。

这对华佗和明心用是一个巨大的打击，明心一反常态，用恶毒的话骂华佗，其实明心痛苦难以自拔，她是想把华佗骂走，不想连累他。甄妹妹夜里醒来发现吴成不在身边，这时吴成突然回来，说是出去方便了，甄妹妹最近总觉得心虚，噩梦难眠，要吴成不要离开她，吴成应付着。一段时间明心的情绪刚有缓解，华佗给明心搭脉时发现明心怀孕，五雷轰顶，华佗以泪浇愁，胡半仙劝慰华佗，这才知道这时吴成的孩子。明心要把孩子打掉，华佗不同意。

华佗和灵儿在仙山遇见一只老虎向自己走来，原来这只老虎已被猎虎打伤，并追捕至此，灵儿见到这一切，毫不犹豫的拦下了猎户，救下了那只受伤的老虎，并结识了猎户，得知猎户的母亲卧病在床，在华佗的帮助下华佗医好了猎户的母亲并教导猎户要多孝敬母亲。在谯郡明心和喜莲精心照顾着沸儿，胡半仙还是一如既往的爱着喜莲，并向喜莲求爱告白，却遭喜莲拒绝。还在仙山的华佗传书给明心，告诉自己的近况，随着时间的推移，灵儿在与华佗朝夕相处的过程中对华佗也产生了爱慕之情，并帮助华佗以宁静坦荡之心练习过藤桥。

曹操屯兵赤壁，于周瑜两军对峙与长江南北两岸，华佗和灵儿来到吴国，并揭榜治好了周瑜的病，他们住在周瑜府内，灵儿向天来说起自己的身世，从猎户老母亲口中得知，灵儿可能是个将军与大户小姐的私生女。只是失散后被山里隐居老爷爷收养了。曹营突发瘟疫，华佗听说曹营得瘟疫，华佗想回江北曹营，周瑜却不让，并想法困住华佗，江北曹营，曹操责令吴成短期内务必治愈瘟疫，无奈吴成无法在短期内治愈曹营瘟疫，但提议将尸体推向江中顺流而下，让其病毒感染东吴士兵也死于瘟疫，被曹操斥责。

天来和灵儿逃亡中，摔下悬崖，天来和灵儿从水中爬起来，在山里找了个破庙暂时安身，天来生火为其取暖，并亲自上山采药。华佗明心一家人吃饭其乐融融，华佗下决心要把明心的眼睛治好，吴成回瞧郡给惠娘祭拜时无意在街上听到沸儿喊明心为娘，顿起疑心，吴成追问，明心不理，喜莲赶来，吴成问喜莲，却被喜莲一番训斥，无奈吴成宴请胡半仙，想从他口中套出今日明心的孩子之来历，却被胡半仙戏弄一番，吴成死盯沸儿不放一定要搞个水落石出，明心，喜莲紧张，一天华佗带着明心和沸儿上街看花灯，灵儿在花灯节上表演，与华佗相逢。

吴成一顿花言巧语后，天来被吴成带去京城并诓骗天来留在京城，就可以借机杀掉曹操，为其家人报仇。但其真正用意就是想把天来献给曹操邀功，华佗和明心在家布置家中准备拜堂成亲，突然听胡半仙说吴成带走了天来，带着灵儿立即奔赴京城寻找找天来，吴成谯郡认子之事被甄妹妹和甄大人知道，遭到甄家兄妹一顿斥责，并告知吴成，除非自己死了，否则就别想把沸儿那个野种带进甄家，吴成突想一计，不送天来去曹操邀功，而是将天来送给甄大人，从而利用天来刺杀曹操来连累甄大人，华佗和灵儿从瞧郡一路来到京城。

华佗在家为研制麻醉药，亲自尝试，不料药性过量发作，华佗临终前写下遗书，华佗试药而亡，明心曹操等人悲伤至极，曹丕命令吴成给曹操治病只能治标，不能治本，并承诺吴成待自己称王时不会亏待吴成，吴成在家与甄家父子商量对策，甄大人劝其包住曹丕这自己则打算去曹冲那里搞好关系，灵堂之上吴成借给华佗祭拜，实质想带走沸儿，众人对吴成一番训斥，甄妹妹大闹灵堂，对明心一顿谩骂指责，被赶来祭拜华佗的曹操给震住。曹冲病危，曹操只好让吴成为其治疗。

灵儿坦露自己爱天来，明心理解，华佗死而复生，原来是自己试麻醉药过量，假死了七天，大家喜出望外，明心华佗相拥而泣，曹操得知华佗死而复生，亲自请华佗替曹冲看病并要求他亲自负责曹冲的配药，华佗安排胡半仙，灵儿喜莲辅助做药医治，此时曹丕要吴成寻机下手下毒害死曹冲，吴成害怕，吴成去找华佗看望曹冲病情，却被拒之门外。

吴成要带走沸儿，被华佗拦下，沸儿却要跟吴成走，华佗命令门口把门士兵赶走吴成，沸儿生气，明心气沸儿，曹冲病危，华佗发现有中毒症状，曹操令封存药渣。吴成在家中想尽各种办法来折磨甄妹妹，以解自己当年被甄大人欺压之恨，胡半仙和明心商量曹冲中毒华佗难咎其责，甄家姑侄发誓要报仇。灵儿回想起他和天来的感情经历。

生不同床死同穴，感动众人，明心大悲，行刑前两人喝过交杯毒酒双双倒地而亡。灵儿面见曹操，并于曹操相认，曹操大喜，不料此时天来突然杀进来举剑刺杀曹操，眼看曹操就要中剑，灵儿突然用自己的身体挡住剑峰，救了曹操，自己却被天来的剑刺中，天来与曹操大悲，最后灵儿在曹操怀中死去。灵儿死前要求曹操放过天来，曹操答应。

曹操到前线，天来手握宝剑立在曹操身边监视着他，众将官很不服气，夏侯勇挡下天来不让进帐，反遭曹操训斥。吴成为了沸儿来到瞧郡，要把明心和沸儿接回去，被明心坚决拒绝，沸儿想跟去，明心严厉斥责，沸儿吓哭了，明心心软。曹军中，曹将对曹操保护天来颇有微词，大家议论纷纷。华佗四处看病，民不聊生，战乱祸起，可不是医生看得了的，华佗对曹操说拯救民众是你们这些政客的责任，不要到处挑起战火。

因下大雨，吴成找到破庙发现沸儿已经生病，明心无计可施，焦急万分，吴成借此带着明心和沸儿去京城。传消息关羽已死，曹营上下震动，华佗，天来更是悲愤难抑，天来想起小时候关羽对自己的好，不禁泪如雨下，他像华佗道出了自己心里的苦闷，对曹操自己不知是杀还是留，他介乎于英雄和魔鬼之间，有时看他对百姓很好，有时又杀人不眨眼，自己不知该怎么办？关羽的军队撤走，曹操进入关羽的军营。

关羽听说天来之死，一个人单刀赴会，独闯曹营为天来扶棺送行，曹操知道关羽必来，早就为其准备好了白衣，曹、华关三人为天来送行，也因天来他们最后一次相聚在一起。祭奠后华佗曹操关羽三人分道扬镳，华佗代表百姓向他们这些英雄下跪，告诫他们血洗的江山终究会被血洗。明心跟吴成到京城，还是不住吴成府，只住在外面客栈。吴成命令甄妹妹去求明心来吴府住，沸儿也求明心，明心只好答应。

沸儿无意中说出了昨晚之事，吴成痛打甄妹妹，并使用酷刑，用火烙她，明心前来阻止，甄妹妹的惨叫和眼前的情景把沸儿吓晕过去，明心带着沸儿连夜逃走，被吴成抓回，掳走沸儿，把明心甩出大门外，沸儿吵着要娘，吴成不耐烦，命人将他关了起来，甄妹妹和娟儿想法救出沸儿，将沸儿送出大门交给明心，让她们娘儿俩赶快逃走。

牛二总觉得自己肚子里有地蝎子，家里，床上、地上、桌上到处都是，忙找华佗为自己看病，华佗教育他以后要多多行善积德，少做坏事，至于医资吗嘛就不要了，你把从孩子手上骗去的大宅子物归原主就行了，牛二只得乖乖让出房子。华佗，明心和沸儿喜气洋洋的搬进了自己的家，华佗帮牛二治好了病，牛二良心发现，来华佗家忏悔，向华佗坦白自己用蛐蛐“黑头将军”强行向明心、沸儿索赔华家医馆的事，全是由吴成一手策划和教唆的。

华佗痛苦地要求明心允许他解剖沸儿的身体，明心经过艰难的抉择，最终还是深明大义同意了。 吴成从京城赶来，大闹沸儿灵堂，歇斯底里找华佗和明心算账，关键时刻，牛二带领乡亲们挺身而出，制止了吴成的无理取闹。吴成见百姓人多势众，不便久留，要把沸儿的遗体带回去，华佗不答应，吴成最后只得咬牙切齿的离开。华佗将沸儿灵位列入华家祠堂，作为华家子孙以供凭吊。

远在京城的曹操头痛病发，宫中太医亦无良策，曹操派人速来樵郡请华佗前去治病，华佗为了明心推脱，说等明心过几天手术痊愈了再去京城。曹操听说华佗不来，大为恼火，但他深知华佗脾气，也无可奈何，此刻吴成乘机挑拨，鼓动曹操再次派人将华佗绑缚进京，华佗只好带着明心一同前往。华佗被迫来到京城为曹操看病，他将明心安顿在旅店里，自己来到丞相府，看到曹操头痛欲裂，难以自持，针刺麻醉已不起作用，华佗建议用麻沸散麻醉后为曹操做开颅手术，各位大臣和现场太医们惊得瞠目结舌，认为这简直是瞎胡闹。

关键时刻，吴成串到大牢有意将自己一生所做的恶事统统道出，他要让华佗带着痛苦和遗憾死去，他要发泄畸形变态的压抑心理，一解心头之恨。曹操的头风病更厉害了，疼痛难忍之下更是气急败坏的叫嚷要杀了华佗，曹丕真好就势替父宣召：“杀了华佗！”曹操从病痛中缓缓醒来，忽然看见那天被试药砍手的侍卫立于一边，死而复生，知道自己错怪了华佗，忙命人把华佗放出来。