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花店老板纪嘉儿是《医妃难囚》的死忠粉，在看过第一季后对结局不甘心，于是再度创作，将纪纤云重新送回过去与夫君亓凌霄在一起，但因第一季纪纤云在网文中已被写死，所以纪嘉儿另辟蹊径，脑洞大开，将纪纤云穿到了另一幅容貌的兰若溪身上。 此时剧中纪纤云如愿回到古代，从高空坠落，惊喜地发现自己被太子亓凌霄接入了怀中，亓凌霄却嫌恶地把她扔在地上，她说自己是纪纤云，战王之子亓凌云却在一旁呼唤自己为“兰若溪”，并让自己放开太子殿下。纪纤云这才明白原来的自己已死，她不得已穿越到了另一人身上。 眼见亓凌霄要把兰若溪抓起来，亓凌云连忙上前求情，表示她是自己带回来专程为皇亲国戚诊病，自己举荐多次，今日是云医馆考试之日，望亓凌霄能再给她一次机会。亓凌霄很不情愿的收回成命，命她先通过了云医馆考核，再从长计议。亓凌云连声应下，拉着兰若溪退下。她此时才看到倾城也站在亓凌霄身边。
纳兰百川如数家珍地拿出纪纤云的行医之物向兰若溪展示，如纪纤云第一次给亓凌霄做手术时的手术刀、口罩、手套等。纳兰百川认为她一定不知道这些物品都有何用，而兰若溪竟能将这些物品的用法一一说出，纳兰百川这才对她有了一丝亲近。兰若溪与纳兰百川交谈得知自己“纪纤云”的身份竟已经成了传奇名医，不由飘飘然，并立志要勤学苦思，将精力倾注于医学，再次成为名医。 纳兰百川告诉她，她虽进云医馆，却只是得令医女，云医馆从低到高分为得令医女（医官）、主德医女（医官）、掌令医女（医官）、掌监医女（医官），纳兰说她还有很长的路要走，得令如字面意思就是无开方权，只能辅助其他太医诊治。兰若溪便立下誓言十五天内便能晋升到掌监。
兰若溪的艾条确有奇效，亓凌霄一心想为父皇治好疾病，故告诉纳兰百川升兰若溪为主德医女。本想借为太子诊病与太子多多亲近的主德医女芍药颇为不满，认为兰若溪抢了自己的风头，兰若溪又总是向纳兰问起太子病情与现状，芍药认为她也动机不纯，想接触太子，所以暗地用计欲将兰若溪赶出云医馆。兰若溪本就因医学观念超前引得众人议论纷纷，众人因兰若溪不尊重掌监医官火离，认为她态度傲慢，纳兰安慰兰若溪，但也认为她需要再虚心些。 一次问诊开药后，兰若溪有事走开，芍药偷偷在兰若溪药材中混入了其他药品，被兰若溪及时发现药品被做手脚，她正大感疑惑想要辩解，众人却纷纷数落兰若溪，加上之前老中医对她的不满，众人认为她对药材看管不利，决定关她禁闭。 在兰若溪关紧闭过程中听说明月得了肠痈，并得知纳兰竟要亲自为明月做手术，心急如焚的兰若溪施计偷跑出来欲救好友。
兰若溪来找纳兰百川，希望纳兰百川可以举荐自己。纳兰百川告诉兰若溪，多分享点纪纤云的信息，自己就举荐她。兰若溪滔滔不绝地讲了不少，甚至把自己当年的糗事也一并说出，纳兰百川坚决不信，说她说的都是偶像的假消息。但依然举荐了医术确实高超的兰若溪。 兰若溪和芍药等一众医女一同参加选拔考试，此次考试需一关一关通过，第一关诊病开方，每一个参加考试的医女都配有一个掌令医官监考，开错药方者——“不通”。第二关是抓药煎药，抓错药、火候不对者——“不通”。第三关是辨症补方，主考官写出一副缺了一味药的方子，让药童抓药给每个人分发，众人根据这方子猜出患者病情，并补足方子中所缺的药品。其实主考官纳兰百川开的是黎芦甘草汤，芍药再次给兰若溪的药里动手脚，引开药童给兰若溪的药中加入了藜芦的禁忌药——人参。兰若溪其实在上次被陷害事件后很谨慎，发现了药中的不对之处，所以默默加了五灵脂，一加一减两药中和，所以兰若溪与芍药均在通过者名单中，芍药却气急败坏说医官偏袒，众人不解，芍药让众人看看药方，指出人参一事。可亓凌霄反问芍药怎会
纳兰百川决定出宫寻找解蛊灵药，外出期间由兰若溪代替纳兰为皇上诊脉。 倾城本因纪纤云的死伤心，却也对亓凌霄的爱意重新有了希望。她想再试一次，再为自己的爱情争取一次。亓凌霄在宫中窗前又发现酷似纪纤云的女人身影，认为是纪纤云魂魄，不肯关窗，兰若溪内心焦急，认为此事有蹊跷，向亓凌霄谨言鬼魅之说不可信，亓凌霄更加生气。 一日兰若溪在向皇上问诊后，走到花园，发现亓凌霄正在练自己教的瑜伽，便走向前去，亓凌霄睁开眼又看到兰若溪的脸正欲发作，兰若溪说到除了瑜伽可以舒筋活络，还有其他强身健体之功如瑜伽等，只要亓凌霄愿意，她尽数可以传授，亓凌霄看着兰若溪说出“瑜伽”时的神情与自己心爱的纪纤云有说不出的相似，微微一怔有些出神，面前的人与纪纤云的脸叠在一起，他却又立马转怒，加上倾城的阻挠，亓凌霄愤怒甩开兰若溪的手。
影卫发现兰若溪行踪有诡异之处，每日密会亓凌云，将此事向倾城禀报。倾城猜测兰若溪与亓凌云关系非同寻常，觉得兰若溪是水性杨花之女，一方面勾引亓凌霄，一方面又和亓凌云私会。 亓凌霄自上次瑜伽事件后会躲着兰若溪。如果遇见兰若溪，亓凌霄看见了会突然调转方向走到别的路上去，任何人在亓凌霄面前夸新来的掌令医女兰若溪医术好，冥王脸都会沉下来。顾西风回到云医馆为皇上治病。在他与兰若溪交代制药时，兰若溪的言行举止令顾西风产生了似曾相识之感。兰若溪有了失败的经验，这次不再主动言明自己是纪纤云，但在相处中，却让他看到他和纪纤云之间发生的种种细节，比如兰若溪仿制出的现代医学设备。
纳兰百川见到唯一一个与纪纤云合作手术的男大夫顾西风，本就已醋劲大发，又见兰若溪和他相处甚欢，更是不爽。在街上灯会时，纳兰故意刁难西风，出了一道上联，本想难住顾西风，没想到顾西风反倒将了纳兰一军。纳兰百川心有不甘，便以切磋医术为名再次发起挑战，没想到一向心细的顾西风在这次比试中更胜一筹。 此时的顾西风想帮兰若溪一把，来到亓凌霄身边，以游历见闻为契机，讲他见了一个重生的故事，亓凌霄并非完全不信，甚至告诉顾西风现在就出现了一个与纤云神态酷似之人，但她越是像，就越不愿相信自己深爱的女人会变成另外一个陌生人。当夜亓凌霄拉顾西风大醉了一场。醉后，兰若溪默默照顾亓凌霄，并突然抓着她的手问她到底是谁，从哪里来，接近自己有何目的，兰若溪仓皇不知如何回答时，冥王却又睡倒，拉着她的手叫了纤云。 倾城得知亓凌霄与兰若溪关系似乎有进展，大为恼火，未免顾西风在当中有意撮合，便命木槿时刻关注顾西风的动向，如果顾西风和亓凌霄私下解除，一定要及时禀报。 在若溪的诊治下，皇上的病情逐渐好转，若溪变向皇上提出想每日为宫中嫔妃和
倾城得知兰若溪经常私下与亓凌云私会，便故意引亓凌霄去现捉二人密会。亓凌霄本是内心吃醋却又不愿承认，有些生气，倾城却借机认为医女不守宫规与皇亲私会。亓凌云为兰若溪辩解，兰若溪其实是为了冥王健康，做了一个新奇之物。今日做成，并带着众人去看。 众人发现是一块从来没见过的透明材质的物体，实质是兰若溪通过自己的现代知识制作了一块玻璃。兰若溪命人安装在亓凌霄寝宫的窗前这样既能挡风又能看着窗外，倾城只好作罢，冥王虽知道兰若溪是关心自己，却表面不为所动。兰若溪本来很高兴的为亓凌霄解决了问题，看亓凌霄依然冷若冰霜，有点心伤。 顾西风告诉兰若溪，现在只是要制造更多证据就能让亓凌霄相信，她就是纪纤云。而在宫中这段日子总有一名行为举止异常奇怪的人与兰若溪有意碰面，并对暗号，兰若溪一头雾水，其实此人正是南炎暗卫小六子。
兰若溪在宫中除了为皇上诊病，不再来看亓凌霄。闲了的时候就和明月出宫。亓凌霄看不到兰若溪竟有些不适应。明月想拉兰若溪一起去卖面膜，待到云医馆时，却正见到一个麻风病人正在大闹医馆。兰若溪出面安抚了病人，并亲自为她医治。 这日，亓凌霄和亓凌云恰巧来到云医馆，从亓凌云口中，亓凌霄得知了兰若溪救治麻风病人之事，因麻风病传染性强，亓凌霄因担心兰若溪被感染，但又不愿直接表达，变呵斥了兰若溪，说怕她传染给皇上。引得兰若溪也发了怒，二人争吵起来。亓凌霄一气之下要暂停她御前医官的职能工作，兰若溪正在气头上也不肯服软，当即同意。亓凌霄一时间哑口无言。兰若溪心想既然云医馆不留我，就自己去街上为百姓义诊。随即便在街上开了一家义诊铺，百姓闻风而来，消息很快就传开了。
来找兰若溪义诊的人络绎不绝，小六子想要与兰若溪接头未果，兰若溪因体力不支病倒，送回战王府休息时，小六子终于成功与她接上头。小六子问她为什么这么久不传消息，任务办得怎么样了，兰若溪听懵了，含混带过，一番套话，这才发现自己原来的身体竟是南炎派来东临的间谍。南炎和东临的摩擦逐渐升温，她的任务是要利用与战王之子亓凌云培养的关系偷到布兵图，并且尽快带回流落在东临国的二殿下热布风巽。兰若溪胡乱答应，小六子慌乱中塞给兰若溪一个口哨已做联系用途。这信息量让兰若溪一时有些招架不住，决定除了日常的必须行动，都不再走出自己的房间。因为她完全不知道该怎么面对她爱的人。 亓凌云听闻她身体不适，频繁前来询问情况关心兰若溪，那一番情真意切让兰若溪心中颇为难受，心想不管原来的兰若溪如何设计利用他，自己以后一定真心相待，绝不能做对不起他的事。
