魏晋时期,皇宫突发一起血案，宫女英慧在双亲被杀，英慧携带青囊经从皇宫出逃，皇上命王赞、司马魁共同追查。皇甫谧与师傅刚给太子看完病，赶着封赏马车回家，途中与追查官兵相遇，正寒暄之时，宫女乘机躲进马车里。司马魁嘱咐手下，一定要先找到英慧。善珍师傅带着金银绸缎等封赏回来了。众弟子急忙从房间起来迎接。宫女乘机从马车里出来逃跑。

官兵得知是皇上赐婚，便不敢搜查，只得离去。司马魁提议梁庆邦与梁柳前去祝贺婚礼。皇甫谧拜托好兄弟布准把英慧带走保护她，布准答应。善珍二徒弟元亨前来道喜。官兵们奉司马魁之命包围了神针堂，搜查捉拿山贼和英慧。一翻打斗之后，布准和英慧成功逃脱，皇甫谧和香苓被捕和神针堂一起接受盘问。梁柳一番侮辱，慧英气急攻心，没有了脉象，无力回天。神针堂从喜堂变成灵堂，官兵前来抓捕皇甫谧和香苓。李公公及时赶到，遣散走了官兵，因为皇子危在旦夕，就叫皇甫谧和香苓进宫为皇子治病。英慧被带到山贼家中静养。

官兵奉命带上山贼的底盘搜查宫女，却巧遇英慧，布准小弟急中生智，演了一出戏，把官兵糊弄过去了。皇甫谧和香苓打开了师傅的遗物宝盒，里面是英慧所著的医术红囊经，皇甫谧决定要好好研习这本医术。梁庆邦将仇人灵位放在自己家中，引来梁柳不满，与其爹争吵大打出手，失手害死了自己的爹。梁柳迁怒神针堂，前去神针堂算账，但没有占到便宜。善珍长辈们得知其死讯，前来霸占神针堂，皇甫谧独当一面气走长辈们。梁柳挑拨离间，唆使长辈们清理门户，除掉皇甫谧。长辈们来到神针堂兴师问罪，香苓急中生智，暂时挽救了神针堂。梁柳认贼作父，与司马魁共谋大事。皇甫谧被捕入狱，司马魁前去探望。

知县审理善珍死亡一案，司马魁，王赞旁听，皇甫谧和香苓据理力争，可是毫无用处，元亨做了假证，皇甫谧和香苓被判处死刑。布准和大伙商量劫狱。梁柳去监狱劝说香苓做他小妾，香苓不从，在狱中与皇甫谧互相深情告白。皇子病又发作，皇上命令皇甫谧先进宫治病，案件日后再查。皇甫谧进宫成功救治皇子，皇上大喜，司马魁进言，一心要处死皇甫谧，王赞却要保护皇甫谧。皇甫谧与香菱被宣进大殿，皇上亲审此案。

皇上倾心香苓，以了解案情为由，与之交谈。皇上深情表白，要纳香苓为妃，香苓婉言拒绝。丽妃悄悄去见皇甫谧，恳请其医治自己。丽妃带皇甫谧来到花园为自己治病，皇甫谧趁机逃走。神针堂的弟子们视元亨为仇人，梁柳让元亨进宫在皇上面前说出证词，指证皇甫谧。皇甫谧前去找香苓，被丽妃逮个正着，关进了牢里。皇上重审此案，皇甫谧用银针和清水证明自己的清白，元亨做假证，被判斩首，皇甫谧为其求情，此案到此结束。山贼抓了个读书人上山。皇上让王赞去请嵇康先生写书。布准为皇甫谧接风洗尘，皇甫谧在山寨遇到读书人，原来就是嵇康。大家把酒言欢，第二日嵇康留下字条离去。司马魁自告奋勇前去拜会嵇康，得到嵇康回复。

皇甫谧离开嵇康家之时被丽妃派人拐走为其治病，皇甫谧告诉她草春堂的药也许能治她的病。皇甫谧和英慧都去祭拜慧珍。布准在神针堂外抓住鬼鬼祟祟的慧珍，带进神针堂质问。慧英不愿说实话，假装晕了过去。梁柳的密探向其汇报英慧的踪迹。皇上想念香苓，无心早朝，于是便微服私访和王赞一起去神针堂接香苓和皇甫谧。梁柳密探装病进入神针堂寻找英慧，无功而返。丽妃到草春堂寻找治病的药，可此药已经失传，于是和梁柳一起去神针堂找皇甫谧对质。皇甫谧想方设法阻止皇上接香苓入宫，皇上无功而返。皇甫谧得知青囊经在宫中被偷，答应皇上帮助找回青囊经。英慧不打算把青囊经交给皇甫谧，并带走红囊经。

皇甫谧和梁柳在皇上面前争抢香苓，梁柳不知眼前的是皇上，出言不逊，最后皇上赐香苓贞节牌坊。英慧被打晕带进了草春堂，皇甫谧等人干着急，然后发现红囊经不见了，猜测是英慧拿走了，她可能是宫女。梁柳装好人接近英慧，皇上因为香苓三番五次拒绝自己而喝的烂醉。梁柳断定英慧是宫里出逃的宫女。皇甫谧等人推测英慧是带着青囊经从宫里出逃的宫女，并且是梁柳掳走了她。布准决定救回英慧。英慧不愿跟布准走，认为皇甫谧是坏人。英慧得知在草春堂坐诊的元亨是华佗传人的徒弟，经过一番相处，对梁柳一伙颇有好感。

红囊经被梁柳掉了包。梁柳从司马魁处得知红囊经的来龙去脉，原来英慧的父母是司马魁派人杀得，为得就是不让皇上得到红囊经，而归自己所有。皇甫谧和布准来到梁柳家兴师问罪，梁柳趁机挑拨英慧与他们的关系，最后皇甫谧拿回红囊经。善珍的长老们为神针堂赶到骄傲。皇甫谧用计阻止了贞节牌坊的建造。皇上交代王赞关注西域进贡的贡品，调查奸细，别让它有任何闪失。吴统领交代回华县知县严加排查，找出奸细商人。知县让皇甫谧和布准上街巡逻，找到身份不明的西域商人。西域二王子来到京城寻找华佗传人为其父看病，遇到骗子，被皇甫谧识破，后遇官兵不料被追捕，抓回县衙。

西域二王子和将军胡安被县令仗打，司马魁赶到，带走了他们。胡安将军与司马魁商讨谋反之事，西域二王子前来寻求能治好其父母病的封衡，若能医治，就把通天玉双手奉上。司马魁也想找到封衡，独吞通天玉，治好皇子，巩固自己地位。二王子和胡安被袭，通天玉被劫走。梁柳出门寻找封衡。皇上早朝，商讨国家大事，司马魁为皇上分忧。梁柳找到封衡道长，封衡却不待见梁柳，给他下毒，让他回去。皇甫谧进宫医治皇子。梁柳找了个江湖骗子来冒充封衡与司马魁见面。

司马魁请求让假封衡为皇子看病，不需要皇甫谧，嵇康之言惹得皇上不满，将其打入死牢，择日问斩。香苓和英慧撞见梁柳和司马魁在一起，司马魁就是害死英慧爹娘的真凶。嵇康与皇甫谧在狱中相见，相谈甚欢。王赞得知胡安在牢里，前去查看，叫手加派人手，以防遭司马魁杀害。又见皇甫谧和嵇康，于是王赞让皇甫谧治好胡安和西域二王子。司马魁送毒水给胡安他们喝，被皇甫谧识破。皇甫谧让香苓送来药材，治好胡安。王赞告知胡安司马魁的真面目。皇甫谧治好二王子。二王子认出皇甫谧。二王子和胡安即将被斩首，被王赞带着皇上圣旨给救下。香苓进宫面圣，提议让皇甫谧和假封衡共同治疗皇子，比较高低。皇甫谧和假封衡在皇上面前开始比较医术高低。

皇甫谧打败假封衡，治好了胡安，又想治好二王子。王赞告知皇上，司马魁结党营私，私吞通天玉，皇上心知肚明，但时机未到，不敢动司马魁。边关各部落有动向，意图造反，皇上派人紧盯。英慧在梁柳家找到医术。皇甫谧为治好二王子需要西域红草，于是布准潜入草春堂寻找此药。皇甫谧治好了二王子。次日，皇甫谧和假封衡再次展开对决，司马魁和梁柳诬陷皇甫谧治死病人，被皇甫谧用计揭穿，突然来了一伙人把二王子和胡安接走。司马魁和梁柳重新商量接下去的对策。梁柳逼迫英慧交出青囊经，英慧这才看清梁柳的真面目，被梁柳关押了起来。

香苓用计救出了英慧，英慧告知梁柳娘自己真实身份，梁柳娘把其中一本青囊经给予英慧。英慧成功逃脱，并且烧了梁柳的假药材。梁柳紧追不舍，香苓不幸被抓。梁柳欲对香苓不轨，县太爷来到，抓走了香苓。慧将其中一本青囊经交给皇甫谧。皇甫谧随后去牢里看望香苓，发誓会把她救出去。王赞和司马魁提议出征部落，由刘将军带军，皇上御驾亲征。可刘将军被司马魁所害，以致下腿瘫痪，为得是自己掌握兵权。皇甫谧前去为刘将军看病，说一定会治好。梁柳怂恿知县把香苓交还给自己。皇甫谧去知县那为香苓伸冤，不料被打倒一耙。梁柳找香苓兴师问罪。皇甫谧奉皇帝之命进宫治疗刘将军，布准前去救香苓，可是没找到人。皇甫谧为刘将军施以油火针灸。

皇甫谧治好了刘将军，御医元亨欲下毒手，被皇甫谧阻止，这时梁柳赶到，告知皇上香苓烧了朝廷专供药材，香苓有口难辩，李公公建议，先让香苓休息，日后再查明此事。皇上赐婚，让云婉嫁给皇甫谧，好霸占香苓。边关告急，皇上御驾亲征。临行前交代皇甫谧给皇子和丽妃治病，皇甫谧求皇上收回成命，不娶云婉。云婉请求皇甫谧让自己报答他对奶奶和弟弟的治病恩情。皇甫谧看到香苓安然无恙一定会把她救出去。

梁柳和元亨商讨怎么除掉皇甫谧，打垮神针堂之事。皇甫谧在草春堂偶遇元亨和梁柳，得知梁柳已是宫中御医馆的主管大人。丽妃叫香苓去为她把脉，香苓担心，丽妃醉翁之意不在酒，以看病为名，实则是让香苓陪自己解闷。梁柳用金钱和计谋收买了御医馆的御医。梁柳拜会丽妃，企图拉拢丽妃，收买人心。皇子病危，皇甫谧前去诊治，司马魁与梁柳在皇甫谧为皇子治病的时候各种刁难，想要诬陷皇甫谧， 幸亏王赞大人及时赶到解了围，皇甫谧立下生死状，治不好皇子，就拿自己陪葬。司马魁派人用毒针调换了皇甫谧为皇子治病的银针，想馅害皇甫谧，顺便除掉皇子。

皇甫谧用被掉包的银针给皇子治病，也扎了自己，皇子病入膏肓，司马魁趁机发难，皇甫谧后用兜里没被掉包的银针治好皇子。告诉众人自己的银针被掉包了，娘娘限王赞三日之内找到凶手。元亨看不惯梁柳的做法，与之争吵。皇甫谧病危，香苓前去求助丽妃，并找来大师兄进宫为皇甫谧治疗。王赞怀疑是梁柳下的毒，前去查探。布准担心，欲带皇甫谧离宫。王赞去草春堂抓药，巧遇御医元亨，王赞迫使元亨交出治疗皇甫谧中毒的药方。云婉告知皇甫谧，太监小卓子看到了是谁把银针掉包的。 王赞遭人暗杀，被官兵所救。司马魁指责梁柳公然投毒的行为愚蠢到家。王赞欲带小卓子告诉皇后真相。

丽妃问梁柳拿到春药，自己服下，欲与女扮男装的香苓发生男女之事。不料皇子病发，皇甫谧和香苓改去看望皇子，梁柳去看望丽妃误喝了药酒，情欲难挡，与丽妃发生了关系。第二日，梁柳和丽妃已知铸成大错，决定隐瞒此事。梁柳出走之时被云婉撞见。香苓女扮男装被梁柳识破，欲告知皇后。皇甫谧和香苓求丽妃放他们出宫。一个月后，丽妃得知自己居然怀了梁柳的孩子，找来梁柳，无计可施，只得寻求司马魁帮助。司马魁大发雷霆，皇上又即将班师回朝，司马魁叮嘱丽妃不能露出破绽。

皇上凯旋而归，前去看望皇子，得知有人刻意要置皇子和皇甫谧置于死地，皇上交代皇后要看好皇子。云婉因看见梁柳从丽妃房中走出，害怕有人杀人灭口，要害自己，请求皇甫谧保护。司马魁打定主意让丽妃和皇上行房，生下孩子，假冒皇上龙种。皇上见丽妃呕吐，叫来梁柳为其把脉，梁柳蒙混过关。皇上得知皇甫谧让香苓女扮男装还送出宫去，大发雷霆，让皇甫谧闭门思过。梁柳为丽妃调配汤药，喝了，让人发现不出怀孕。皇上设宴庆祝边关大捷，后得知丽妃怀孕，大喜，王赞借机将皇甫谧放出，皇上再次赐婚皇甫谧与云婉，让他们回到神针堂三日后成亲。皇上因皇甫谧为丽妃调理身子一事，奖赏于他，皇甫谧拒绝，皇上龙颜大怒。

瘟疫爆发，皇上命司马魁去救治百姓，处理此事。司马魁下令将得了瘟疫之人全部活埋，被皇甫谧撞见，救下了春生奶奶。皇甫谧恳请皇上让他去控制瘟疫，救治百姓，皇上不悦，赶走了皇甫谧。梁柳趁瘟疫抬高药价。梁柳和司马魁想到妙计，想置皇甫谧于死地。梁柳去请皇甫谧与自己一同去疫区治病，言辞诚恳，皇甫谧答应。梁柳与司马魁从中作梗，让皇上下令封了神针堂。皇上见奏折许多，从李公公口中得知猜想司马魁把病种之人隔离，制造了瘟疫得到控制的假象。皇上让王赞彻查此事。经过嵇康一番劝说，皇甫谧答应皇上做官，为救百姓。众人前来道贺。

皇甫谧和香苓一同前往疫区救治百姓，布准带领弟兄们和英慧也一同前往。梁柳进言，让皇甫谧立下军令状，若半月之内治不好瘟疫，就封锁疫区焚烧病原。皇甫谧来到疫区，得知朝廷的救济粮和药材并没有发到百姓手里，这里一片狼藉，民不聊生。元亨自告奋勇前去疫区救治百姓。梁柳威胁元亨让他监视皇甫谧元亨无奈答应。百姓不信任朝廷派来的皇甫谧，布准赶到，春生病发晕倒，皇甫谧将其治好，重获百姓信任。元亨来到疫区，因与皇甫谧开的救治药方不同而产生分歧，两人决定各按自己的方法救人。皇甫敏研发出新药方，救治了瘟疫病人。梁柳用皇甫谧开出的治疗瘟疫药方制假药水，趁机敛财。还给疫区送去了过期药材，布准去抢夺好的药材，好发给疫区百姓。

布准夺取药材后又被埋伏的官兵给抓住，梁柳刚好顺理成章的说好的药材被山贼毁了（实则自己藏了起来）把好药材据为己有，还把罪名怪在布准头上。皇上把布准打入死牢，择日问斩，命梁柳重新筹备药材。王赞告知皇甫谧此事，皇甫谧让香苓去找爹娘通知药农筹集药材，途中遇到元亨。云婉用计救出布准。香苓带回药材，经过一番救治，百姓病情有所好转。大家一起上山采药，香苓发现元亨是梁柳的眼线，被元亨推下悬崖，生死未卜。大家一起寻找香苓未果，百姓病情又加重了，皇甫谧连夜研读医术，想找到解决之法。司马魁和梁柳从中作梗，一定要害死皇甫谧。皇甫谧自己也感染了瘟疫，拿自己试针，加之香苓失踪，皇甫谧倒下了。英慧前去探望皇甫谧。

皇甫谧告诉英慧，自己是假装得了瘟疫，好让司马魁对他们放松警惕，梁柳几次送去瘟疫的药材都是发霉的，以次充好。皇甫谧让英慧放出风声，说自己瘟疫越来越严重，瘟疫也散播的更快了，为的就是让司马魁等人着急，赶紧把好药材送来。司马魁梁柳得到消息，着急万分，迅速把好药材送到疫区。皇甫谧让梁柳拿出祖传秘方治愈瘟疫。皇甫谧在香苓跌落悬崖的地方遇到元亨，觉得此事蹊跷。皇甫谧真的感染上瘟疫，怕司马魁屠城，他让布准和英慧去找王赞保护村民。司马魁建议皇上屠城，皇上派人去抓捕布准和英慧。司马魁欲放火烧死皇甫谧，皇甫谧命不该绝被香苓所救。原来香苓被封衡所救。封衡开始救治皇甫谧。

皇甫谧被封衡救醒，从春生那得知，司马魁和梁柳以为皇甫谧已死，把卖假药的事栽赃给了皇甫谧，霸占了治疗瘟疫的头功。草春堂得势，皇甫谧不在神针堂，神针堂每天被欺负。嵇康给梁柳送去寿衣，义正言辞地告诉梁柳应该披麻戴孝，辱骂了梁柳一番。布准去找王赞帮忙，无功而返，偶遇嵇康。梁柳以元亨一家作为人质，威胁元亨。布准去请求元亨帮忙面见皇上说出实情，一番劝说，元亨答应。嵇康在朝堂之上直指司马魁的罪行，元亨下人倒打一耙，反咬一口嵇康，皇上将嵇康打入死牢。皇甫谧在山洞里为百姓治病，生活。布准借酒消愁，英慧安慰，想办法救回神针堂。布准和英慧免费为百姓发放补品，梁柳也依样画葫芦，免费发放补品，势必打垮神针堂。

草春堂用卑鄙手段残害百姓，敛财，皇甫谧看不下去，为百姓治病。布准的仁心堂终于开张，为了让百姓吃到廉价的好药。布准和英慧误打误撞找到皇甫谧，得知香苓也还活着，开心至极。皇甫谧决定重振神针堂，对抗梁柳。香苓不想跟皇甫谧回神针堂。皇甫谧看见自己被贴告示卖假药成为通缉犯，后去拜见王赞大人，和王赞商讨救嵇康之事，皇甫谧心生一计，请求王赞的帮助，就可救出嵇康。皇甫谧扮鬼吓唬梁柳，尽快开展救出嵇康之事。皇甫谧和布准借王赞的令牌进入天牢，营救嵇康，可嵇康为了不波及皇甫谧他们执意不肯离开天牢，皇甫谧只得作罢。

皇上得知皇甫谧还活着，颇为惊讶。皇甫谧被宣进殿，在殿上，皇甫谧据理力争，与司马魁展开唇枪舌剑之战，最后，皇上决定先将瘟疫之过错之事暂时搁浅，反正疫病已除，以后再议。香苓怪皇甫谧擅自生事，气他不跟自己说心里话。司马魁大发雷霆，怕皇甫谧坏了自己好事，让梁柳进宫，制造丽妃小产的假象。皇甫谧猜测到梁柳接下去的行动。丽妃临产，司马魁向皇上提议让梁柳进宫照顾丽妃，王赞提议让梁柳净身，以尊祖训，皇上同意。梁柳买通主刀公公，假装净身，得已进入宫中。皇上决定陪丽妃待产，怀疑梁柳是假净身。丽妃诞下孩子，皇上深知不是自己孩子，借题发挥，判处梁柳劳役一个月。布准打探到嵇康半月后问斩，告知皇甫谧。

皇甫谧等人考虑救嵇康的办法，还是要为嵇康洗脱罪名，于是进京查找线索。司马魁叮嘱丽妃不要和梁柳有任何瓜葛，丽妃不悦。梁柳是个明白人，答应司马魁不再纠缠丽妃。皇甫谧去元亨家中查看，从管家口中推测到时京城第一代笔曹勋模仿元亨写的遗书。梁柳前去看望丽妃，并把下了毒的糕点交给丽妃，让他给皇子吃下。皇甫谧找到曹勋，不过被他逃走。皇子病发，王赞来找皇甫谧进宫救治，皇甫谧也无计可施，打算去求助封衡。皇甫谧找到封衡为皇子治病，封衡百般推脱，皇甫谧无奈只得把皇子带出宫中让封衡看病。皇甫谧等人商讨把皇子带出皇宫之事，即刻进宫实施计划。

封衡嘱咐了皇甫谧几句，离去。司马魁和梁柳派人包围了皇甫谧等人，正要硬闯，布准拦住了他们。在危急之时，皇上及时赶到，说要是皇子有什么不测就杀了皇甫谧，皇甫谧命悬一线。好在皇子病被治愈，皇上大喜，给皇甫谧加官进爵。皇甫谧等人想到了救嵇康的办法。皇甫谧进殿，用计谋揭穿了梁柳的丑恶嘴脸，让瘟疫一事真相大白，司马魁过河拆桥，梁柳被打入死牢，嵇康也被无罪释放。嵇康又惹怒皇上，被押了下去，关进死牢，皇甫谧想办法救嵇康，联合各大官员联名上书请求放了嵇康，皇上大怒，仍让皇甫谧劝说嵇康写《帝王纪事》。

香苓和英慧得知皇甫谧被关进死牢，私闯皇宫，被抓了起来。丽妃火上浇油，让皇上更为恼怒。香苓进殿为皇甫谧求请，王赞也为之求情，皇上最终被劝说。嵇康被斩首，皇甫谧正要被斩首之时，李公公和香苓带着皇上圣旨，救下了皇甫谧。皇上让皇甫谧做官替他撰写《帝王纪事》，皇甫谧不肯，皇上大怒，后王赞替皇甫谧求请，皇上暂时放皇甫谧回神针堂，但让他想清楚。皇甫谧一行人在回神针堂路上遭黑衣人半路劫杀，失去踪迹。司马魁趁机参了皇甫谧一本，说他逃走。大家寻找皇甫谧，皇甫谧正要被司马魁手下抓走之时，被王赞所救，带去宫中。被皇上软禁了起来，逼他写《帝王纪事》。皇后劝说皇甫谧，丽妃身体不适，叫云婉来找皇甫谧前去看病。

丽妃以英慧的性命作为要挟，逼皇甫谧为皇上撰写《帝王纪事》，皇甫谧无奈答应。司马魁逼迫英慧交出青囊经，英慧不肯，被关押在王知县府中，与知县太太争吵，装晕过去。有众多百姓因吃不上饭，饿倒在了街头，朝廷发放的救济粮也被狗官私吞。王知县找到皇甫谧，为英慧治病。皇甫谧没想到居然是英慧。与布准想办法救出英慧。仁心堂发放粮食救助百姓。皇甫谧用计和布准一起救出英慧。皇甫谧等人查出了王知县和司马魁梁柳所干丧尽天良勾当，打算明日禀报皇上。布准劫粮发放给百姓，王知县所做坏事的账本被掉包，王知县不但没有被罚，还升了官。百姓找皇甫谧讨要说法。布准在百姓面前杀了王知县，皇上要严惩布准，皇甫谧觐见皇上为之求情。

皇甫谧因证据被掉包，拿不出证据，并没有说服皇上，布准因杀害朝廷命官，被通缉。梁柳在牢里吃不上一顿好饭，从狱卒那得知丽妃和小皇子的近况。英慧突然失踪，不知去向。梁柳开了一张药方可治丽妃孩儿的咳嗽，托狱卒送去给丽妃。皇甫谧要忙着写《帝王纪事》，在此之前与香菱深情告白。丽妃去狱中探望梁柳，梁柳对丽妃动之以情，求丽妃救救自己，丽妃心软，说回去好好想想。元亨官复原职，终于回到御医馆。皇上病重，元亨为其看病，元亨告知皇上世上有种长生不老药，和长生不老之人封衡。皇上命皇甫谧找到封衡，带回长生不老药。皇甫谧忠言逆耳，皇上听不进，责罚皇甫谧。丽妃进言，让梁柳代罪立功，寻找封衡。

梁柳得知封衡去了西域，于是决定前往，半路遇到山贼，遭到阻拦，一番交战，梁柳遗留腰牌，顺利离开。梁柳找到封衡，将其强行带走，被皇甫谧撞见。布准也来到西域，恰巧遇见正被地痞调戏的英慧，将其救下。英慧遇见皇甫谧，带他去见布准，三人在西域汇合。香苓得知皇甫谧只身一人前往西域，十分担心。皇甫谧和布准商量对策，随时准备动手救出封衡。皇甫谧一行人用计救出封衡，梁柳得知消息，速速追去。正在危难之时，布准的山贼兄弟们赶到，打跑了梁柳，保护了皇甫谧和封衡。司马魁在皇上面前说皇甫谧劫走封衡，居心叵测，还将陈年旧事翻出诬陷皇甫谧，皇上下令，把神针堂的人全抓起来。封衡教育皇甫谧从医之道，皇甫谧劝封衡回到西域。

布准不辞而别，皇甫谧和英慧回到神针堂，西域向皇宫进贡佳丽。官兵半路截住皇甫谧，欲将其抓捕，皇甫谧英慧逃跑，无意中遇见香苓，香苓和西域公主保护了皇甫谧免遭官兵抓捕。皇甫谧为西域公主治病，得知其中一本青囊经在西域公主哥哥那。皇甫谧等人进京，看见布准被司马魁抓走。皇甫谧进宫面圣，求皇上放西域公主回去，皇上不悦，把皇甫谧关进密室，面壁思过。香苓让云婉去抓药，可救三人性命。西域佳丽，上殿面圣，皇上一眼就认出了香苓，香苓乞求皇上救救西域公主，实则要救皇甫谧，说皇甫谧身上有仙丹，最后皇上让李公公梁柳等人一同前去牢中询问皇甫谧。皇甫谧后知后觉恍然大悟，领会了香菱的意图，进殿告知皇上自己有仙丹之事。

皇甫谧告诉皇上自己的仙丹需自己和布准捂够十四天方可，让皇上放了布准和神针堂一干人等，皇上姑且信他，就等十四天后见分晓。丽妃见皇上还惦记着香苓，心生妒忌，又想到香苓还女扮男装为自己看病，火不打一处来，决定要收拾香苓。皇上叫李公公去请香苓见自己，香苓不肯，皇上让香苓三日后必须从了自己。香苓给西域公主留下一封信，离去。英慧建议皇甫谧去见西域公主，请求她的帮助。皇甫谧要进宫为公主看病，皇上不许。元亨和李公公都建议皇上让皇甫谧进宫为公主治病，皇上许。皇甫谧把公主救醒，公主让皇甫谧带一封信去西域交给她的父王。皇甫谧送信被司马魁截住，皇甫谧逃脱。

布准让英慧帮他代笔写封信。三天期限已到，众人给香苓换衣服，皇上要见她。布准把新的信送去西域。香苓觐见皇上，与皇上敞开心扉地交谈。皇上与香菱打赌，皇甫谧会不会为了香苓而入朝做官，赌注就是香菱的自由。皇上和王赞商量怎么对付司马魁他们，怎么保住皇子。三日之后宴请全臣，皇上要陪他们过过招。梁柳想去看望自己儿子，被丽妃所拒绝。梁柳把毒粉抹在皇子的衣服上，想把自己孩子的竞争对手全部除掉。皇上宴请全臣，在宴会上皇子穿错衣服，避开一劫。司马魁与皇上明争暗斗，玩各种把戏，被皇上一一化解。

西域王看到信件，决定派自己二儿子带兵出征，找回公主，再寻封衡。皇上忍耐，等待时间，一定要将司马魁，梁柳等人一并铲除。香苓和皇甫谧相拥告别。司马魁告诉皇上，边境危机四伏，西域派兵攻打过来。香苓被李公公接走。皇甫谧进宫面圣，用尽一切办法求皇上放了香苓，皇上和皇甫谧敞开心扉。香苓自寻短见，西域部落来犯，让皇上交还公主。皇上让司马魁出城迎敌，二王子被打跑，司马魁趁胜追击，不料中了埋伏，身负重伤。皇上让皇甫谧去给司马魁治疗，梁柳把之前的密信交给皇上，想参皇甫谧一本。

梁柳建议让皇甫谧去敌营谈判，皇上正有此意，下令皇甫谧直接去敌营谈判，不用回来了。皇甫谧来到敌营，憋了一肚子火，二王子旧疾复发，晕了过去，皇甫谧施针救了二王子。皇上被香苓的执着所打动，决定还香苓自由。二王子进宫与公主相聚，两国搁置战事，和平共处。皇甫谧以为香苓死了，对生活失去了希望，一醉解千愁。皇甫谧和英慧告知二王子封衡道长的住处，助二王子找到封衡，为娘治病。司马魁伤势严重，呕吐不止，皇上有意削弱司马魁的兵权，司马魁觉得这一切的一切都是皇甫谧害的，日后一定要皇甫谧好看，就算死也要拉他垫背。布准抢走了给皇上进贡的马，又遇西域二王子一行人。

英慧骑着布准抢来的汗血宝马去西域，寻找最后一本青囊经，不需要布准陪她去，但希望布准到时候去接她。梁柳在皇上面前说尽布准和皇甫谧坏人，想让皇上把矛头再次对准皇甫谧等人。皇上只要把宝马追回来就行，不想追究和见到皇甫谧。士兵来抓皇甫谧，皇甫谧被带走。皇上派人围剿布准的山寨。丽妃去见司马魁，几人商量怎么置皇甫谧于死地。布准回首往事，不甚唏嘘，厌恶官场的腐败。布准归还汗血宝马。皇甫谧在牢里把神针堂托付给元亨，并从云婉那得知香苓并没有死，去了西域。梁柳拿妻儿威胁元亨让他带皇甫谧逃出监狱，准备暗杀他。皇甫谧逃出监狱，遭人暗算，元亨为救皇甫谧被杀害。

皇甫谧前往西域，和布准道别。皇甫谧来到西域，士兵不让皇甫谧过去，以为他是来给大王吃不老仙丹的。皇甫谧寻思怎么样才能见到大王和公主。司马魁坦言自己不会再帮梁柳，不再和皇甫谧斗了，梁柳去见丽妃，对丽妃动手动脚，刚好被皇上撞见，丽妃察觉皇上已知道小皇子的真相。皇甫谧找到香苓，两人决定归隐田园。丽妃自知罪孽深重，请求皇上放过自己的孩子，皇上说自己自有圣断。丽妃上吊自杀未果，皇上前去看望。最终丽妃被打入冷宫。梁柳在娘面前认识到自己错了，向娘亲赔罪，梁柳娘把《青囊经》药典部分给梁柳，叫梁柳献给皇上，希望用它换取梁柳的性命。

皇甫谧与布准英慧道别，和香苓去过田园生活。王赞知道进献给皇上的非长生不老之药，担忧皇甫谧，此时皇甫谧来见王赞，王赞和皇甫谧决定进宫和皇上说明实情。皇甫谧在大殿之上据理力争，成功为自己洗清了罪责，可皇上命皇甫谧重写《帝王纪事》，一个月之后交上来。皇甫谧忧心忡忡，香苓担心。皇甫谧请求皇上让自己住进宫中，专心撰写《帝王纪事》，皇帝让云婉去伺候他。香苓茶饭不思，担心皇甫谧，神针堂来了病人，皇甫谧出宫去就诊。皇甫谧喝醉了回到神针堂，跟香苓说自己反悔了，不想和她成亲了，似乎有什么隐情。司马魁叫皇甫谧为他治病，皇甫谧戏弄了司马魁。皇甫谧回宫途中，遭遇黑衣人，被打伤。云婉回到神针堂告诉香苓此事。

皇甫谧被香苓爹娘和封衡所救，香苓着急，去寻找皇甫谧，没有找到。皇上见皇甫谧三天还不回宫，心生疑惑。梁柳此时进宫，向皇上说皇甫谧跑了，皇上生气，下旨，追捕皇甫谧，若有反抗，杀无赦。皇甫谧和封衡交谈，原来皇甫谧在宫中并没有写《帝王纪事》，而是在把医术补写完成，造福一方。梁柳带兵找到皇甫谧住所，没有找到。香苓等人担忧，也去寻找皇甫谧，在封衡那找到了皇甫谧，皇甫谧以身试险，势必要完成医术编写。梁柳等人跟踪神针堂大师兄，找到了皇甫谧，幸亏香苓及时赶到，一干人等进殿见皇上。皇甫谧说服皇上，重新赢得皇上信任，让皇甫谧回神针堂重新编写《帝王纪事》。

梁柳悔不当初，痛哭流涕，请求皇甫谧求求皇上饶过他。皇上念及丽妃为司马魁求情，给司马魁留全尸，赐毒酒一杯。梁柳母亲过世，梁柳趁乱逃脱。皇甫谧决定去抓捕梁柳。梁柳去见丽妃，丽妃以死相威胁，要赶梁柳走。梁柳进宫，想要劫走小皇子，被香苓等众人包围，说出了自己才是小皇子的父亲。香苓和官兵与梁柳进行了一番激烈的厮杀，救下了小皇子，杀死了梁柳。皇甫谧把完成的医书交给香苓，皇甫谧自知凶多吉少，《帝王纪事》交不上要被杀，交上了，皇上不满意还是要被杀。皇甫谧进宫寻找皇帝阴阳图，出宫和香苓汇合，临走前托云婉把《帝王纪事》和编写好的医书交给皇上。皇甫谧和香苓远走高飞。