青烟罩日，书娟和女学生们在炮火中跑进教堂。咖啡厅里有一男一女。男人衣冠楚楚，女人优雅美丽。有爱情的地方，好像跟外面的战火隔绝。突然一颗炮弹落在附近。两人躲下桌子，仍不忘海誓山盟。这是孟繁明和赵玉墨。一名穿着神父袍的中国男人骂骂咧咧，他的车陷进坑里。正巧一位军官的军用卡车抛锚。男人上前求助军人推车，被那教官视为无物。男人还想纠缠，那教官不胜其烦，拿枪一顶，男人一下子挺直腰杆，先前的痞劲不见了。“你怎么不打日本人。”这是法比与戴涛戴教官的第一次相遇。

孟繁明家里，女儿书娟离家出走，在跟爸爸怄气。老母亲愤愤数落儿子，道出南京城顶有名的赵玉墨的真人真相。孟繁明震惊，不愿相信。藏玉楼里，赵玉墨收拾好东西，提着箱子要走。被一名军人拉住。硬扯着她跳舞，牛嚼牡丹一般地野蛮。赵玉墨挣脱跑出，军人追出来，外面是戴教官。他的教导总队专门处理逃兵。这两个军人对峙，身上都带着军人特有的坚定刚毅。原来，这军官知道横竖是死，所以带弟兄们来这里最后狂欢。言罢，叫上弟兄们离开藏玉楼，悲壮地奔赴战场。

法比守在下面，看着赵玉墨回来，嘻嘻笑笑插科打诨，就是不让她上楼。玉墨以为遇到神经了，只好绕道走。法比松了口气。孟繁明和书娟都没有等到赵玉墨。孟繁明为玉墨弄离开南京的船票。如今一票难求。对方老徐，也知道这赵玉墨。她可是南京城里最有名的妓女。他劝孟繁明别在这个女人上栽跟头，不值得。孟繁明沉默。法比的车没油了。书娟聪明地带着他去交通部弄汽油。所有人都在搬走，急急忙忙。但听到孟司长千金的名号，还是妥妥当当地把油给他们加好了。书娟办完事掉头就走，也不找他爸爸。

日军在距离南京城的一些村庄实施大屠杀，一个叫汛生的年轻小伙在村庄里面寻找亲人，亲人已经在屠杀中遇害，汛生藏到一块石堆后面躲避日军，日军士兵在一堆毛草外面发现草中有人，所有士兵举起刺刀向毛草扎刺，扎完毛草士兵们点火焚烧毛草，藏在不远处的汛生忍着心中悲痛偷看日军士兵惨无人道的行为。毛草烧光日军士兵发现一个年轻女子还活着，年轻女子是汛生的妹妹，汛生眼睁睁看着妹妹日本人轮流侵犯。法比与同伴们商量是否逃出南京城，所有人忧心忡忡意识到大难将至。汛生背着受伤的妹妹来到一片芦苇地，一伙日军忽然来到芦苇地清点中国百姓尸体数量。

法比跟洋人神父喝酒的时候在酒中放入少量麻醉药，洋人神父喝醉酒被法比抬出教堂，女学生们见洋人神父昏迷不醒，所有人焦急不安跟在法比身边，法比见学生们担心洋人神父，只得谎称洋人神父是因为喝了很多酒才醉倒，女学们相信了法比的话没有再一窝蜂跟过来，法比扶着洋人神父来到一辆车上，洋人神父苏醒过来猜到法比在酒中放入一些不知名的麻醉药，法比在酒中放入麻醉药其实是想送洋人神父离开南京，洋人神父不愿意离开南京城，法比只得先帮女学生们搬行李准备乘车出城。孟司长想带着家人逃离南京城，结果停在家门外面的汽车被人破坏，孟司长焦急不安回到家中带着母亲和女儿到街上想办法坐车，街上已经一片混乱人人顾着逃命，孟司长拉住一个黄包车夫愿意支付五倍价钱，黄包车夫顾着逃命没有功夫做生意。

法比带着几个女学生向码头赶去，女学生们气喘吁吁没有力气再奔跑，法比连拉带哄提醒女学生们不能停止奔跑，如果停在码头的轮船开走，女学生们将会跟南京一起沦陷。孟司长下船寻找玉墨，孟书娟赌气悄悄离开奶奶，孟司长回到船上的时候孟书娟已经失踪不见，孟奶奶急得失声痛哭，孟司长赶紧下船寻找女儿。法比带着几个女学生来到码头上，码头旁边是一望无尽的江水没有一艘船，一些逃难的百姓无精打采坐在码头旁边的集装箱下面，法比认为还有轮船会开到码头来。日军飞行员开着飞机来到南京上空，法比与女学生们看到日军飞机洒下宣传单，数以千计的传单落到地面，苏菲拾起一张传单念读内容。日军在传单上写了一些中日友好的话语，提醒中国百姓们无需慌张，只要日军攻入南京一定优待所有百姓。

日本人攻入南京城，南京市民以为日本人会友好对待中国人，岂料日本人进到南京城就开始屠杀，许多百姓死在了日军的屠杀中，一些跑得快的市民向安全区跑去，赵玉墨在路上遇到了许多逃难的百姓，其中一个百姓见赵玉墨站在当场发呆不懂得跑，赶紧拉起赵玉墨边跑边提醒赵玉墨留在原地只有一死，赵玉墨经百姓提醒回过神来冲着其它百姓指引逃跑路线，许多百姓顾不上跟赵玉墨说话，人人面色恐慌快步向前跑。

夜幕降临，唐生智搭乘一辆军车匆匆出城，困在城中的士兵们认出了唐生智的专车，唐生智悄悄出行扔下全城的百姓不管，士兵们挤到军车外面拍打车窗，齐声要求唐生智下车与南京人民一起存亡。唐生智坐在军车里面一声不吭，士兵们用力拍打车窗想逼出唐生智。

赵玉墨与几个女伴一路奔逃来到一处河边，后方出现几个日军士兵，赵玉墨与几个女伴不顾天寒地冻跳入河水藏在河堤下面，两个日军士兵来到河堤上追到一对逃跑的夫妻，男方被日军士兵开枪打死，女方被日军士兵拖到房中。赵玉墨与几个女伴浸泡在冰冷的河水中不敢动弹，女人凄惨的哭声传了出来，赵玉墨与女伴们只得屏气凝神忍住心中恐慌不敢乱动，日军士兵强暴完女人向前继续寻找中国人，赵玉墨与几个女伴趁机从河水中爬到岸上继续逃命。孟书娟惊恐失措在城中逃难，法比赶了过来拉着孟书娟逃跑，一名日军士兵举起步枪喝令法停止奔跑，法比面色惊恐与孟书娟站在当场不敢乱动，日军士兵以为步枪没有子弹只得装填子弹，藏在不远年的戴涛趁机开枪打死日军士兵。

日军进入南京城烧杀抢掠无恶不作，赵玉墨带着几个女伴逃到教堂外面，洋人神父不愿意收留从事妓女行业的赵玉墨等人，赵玉墨跪在地上哀求洋人神父，洋人神父最终心软同意赵玉墨与其它几个妓女暂时到教堂里面避难。教堂里面的女学生们对赵玉墨等人产生好奇心，一些女学生不知道赵玉墨等人从事的职业，个别女学生知道赵玉墨等人是妓女，妓女行业低下被人轻视，女学生们视赵玉墨等人为瘟疫一样避之不及。赵玉墨与几个女伴在洋人神父安排的房间休息，红绫与赵玉墨一向不和，赵玉墨点燃一只蜡烛照亮房间，红绫趁机嘲讽赵玉墨想借蜡烛的光明驱散肮脏的身体，赵玉墨面对红绫的嘲讽一声不吭，红绫不可一世涛涛不绝嘲讽赵玉墨，赵玉墨忍无可忍冲着红绫大吼，红绫先是吃了一惊，接着怒气冲天与赵玉墨吵了起来，站在旁边的女伴们一见情况不妙赶紧上前劝架。

几个妓女在厨房与女学生们产生冲突，法比赶了过来厉声警告妓女们不能欺负女学生，几个妓女挨了法比一顿教训一脸委屈，其中一个妓女将在藏玉楼生活情况说了一遍，妓女们每天吃四餐有酒有点心过得非常幸福，自从来到教堂居住，妓女们饿得两眼昏花只想在厨房里面找到食物饱餐一顿。赵玉墨身为妓女头牌为人要稳重很多，为了继续留在教堂里面，赵玉墨带头离开厨房不再跟法比争吵，法比看着几个妓女离去，叮嘱阿顾煮几个土豆给妓女们吃。红绫在教堂大厅寻找物品，物品无故不见不知去了何处，红绫怀疑是女学生们偷走了物品，站在楼上的孟书娟面不改色谎称是自己拿走了红绫的物品，红绫想上楼教训孟书娟，孟书娟拿起石灰冲着楼下撒去，赵玉墨与红绫被石灰洒得灰头土脸，红绫想上楼找孟书娟算账，赵玉墨劝说红绫一起回地窖，红绫奄不下心头怒气不想回地窖，赵玉墨提醒红绫只是在教堂暂住，如果惹怒了法比，法比一定赶走所有妓女。

取水回来。乔治说又有日本人来过。法比知道那告示不够阻拦日本人。当机立断，扯下窗帘，让女学生们就着布料缝出一大面美国国旗。一晚上没睡好的学生们，绷着神经作女工。完成之后，竟是好大一面旗帜。法比高兴地升起大旗，跟大家保证可以睡个安稳觉了，就像在美国人的地盘上一样。此时对他们来说，美国就像天府乐园。日本兵带着3000中国战俘，押往江边一起处理。李全有和王蒲生在其中。士兵被五花大绑，窝在土坳里。李全有盯着外面一圈架好枪的日本士兵，知道情况不妙。其他人似乎还迷迷糊糊。李精神紧绷，在日本人扣动扳机前，带着王蒲生扑倒，滚向低洼处。

几个妓女到教堂的藏书馆取暖，孟书娟带着几个同学来到藏书馆里面赶几个妓女走，几个妓女不愿意离去，玉萧故意激怒几个女学生，在女学生们的注视下坐到一张椅子上，椅子上扎着一颗钉子，玉萧坐在椅子上只觉臀部一阵疼痛赶紧站了起来，椅子上无原无故出现钉子，玉萧猜到是女学们所为，由于臀部非常疼痛，玉萧忍无可忍拿起扎着铁钉的木板来到女学生们面前，喝问是哪个女学生将带着铁钉的木板放到椅子上，女学生们被玉萧吓得不敢吭声，孟书娟面不改色声称是自己把铁钉放在了椅子上，玉萧见状就想教训孟书娟，法比赶了过来喝令妓女们不能跟女学生们吵架。

法比开车搭载洋人神父一起到安全区，孟书娟藏在卡车后面跟着两个大人来到安全区，洋人神父亲下车之后见到孟书娟吃了一惊，法比哭笑不得数落孟书娟跟着大人出来险些被日本人发现。洋人神父顾不上训斥孟书娟，在同伴的带领下洋人神父获取到药物和食品匆匆返回教堂，孟书娟依然藏在汽车后面不敢动弹，如果日本人发现卡车上有一个小姑娘，孟书娟的下场将会非常惨。孟书娟回到教堂沉默不语，几个同伴坐在过道上休息，一见孟书娟回来，其中一个叫苏菲的同伴一脸好奇盘问孟书娟外出的所见所闻，孟书娟想起一路上看到死伤的百姓被日军残杀，心中升起悲痛流下了眼泪，一直以来孟书娟以为战争不可怕，直到亲身经历，她才意识到战争的残酷远远比她想象的还要可怕千万倍。

夜深人静，法比在教堂里面看到赵玉墨在跳舞，赵玉墨旁若无人缓缓起舞，看起来像是在发泄内心的烦恼。乔治已经熟睡过去，红绫来到乔治身边叫醒了乔治，乔治从床上坐起来看着红绫，红绫说服乔治弄到一些食物送给姐妹们享用。法比一边喝酒一边自言自语，教堂外面忽然响起一阵铃铛声，敲响铃铛的人是老沈，老沈全身上下沾着污泥焦急不安呼喊法比，法比提醒老沈降低喊话声音，免得日军闻声赶来找麻烦，老沈趁着运尸的机会悄悄拉走了李全有与浦生，法比打开大门得知老沈拉了两个受伤的中国士兵，心中升起不安提醒老沈将两个中国士兵的到安全区去，如果日本人发现教堂私藏中国士兵，法比等人以及女学生和妓女们将要受到牵连。

戴涛与李全有以及浦生想在教堂避难，法比不同意三人在教堂避难，赵玉墨非常同情年纪最小的蒲生，好说歹说终于说服法比收留三个外来者。戴涛想到柴房避难，法比提醒戴涛应该藏到地窖里面，地窖比柴房更隐蔽，日本人如果一旦进入教堂不一定找得到藏在地窖中的三个中国士兵。戴涛同意藏在地窖里面，法比要求戴涛留下手枪，戴涛不愿意交出手枪，法比提醒戴涛已经进入美国人管治的教堂中，因此必须服从教堂的相关规则，赵玉墨觉得法比的要求不过份，说服了戴涛交出手枪，法比得到手枪依然没有罢休，继续要戴涛把身上的手雷也交出来，戴涛不同意法比的要求，手雷是他准备自杀的工具。一旦日本人闯入教堂发现三个中国士兵，戴涛就拉响手雷自杀。

乔治在厨房烧热水，几个妓女来到厨房向乔治讨热水，乔治提醒众人不要浪费水源，之前因为住进了三个中国士兵，其中还有两个是伤员，乔治已经使用了很多热水照顾伤员。妓女们见乔治不愿意提供热水，脸上升起失望离开厨房，红绫留了下来与乔治闲聊，在闲聊过程中红绫亲吻了乔治，乔治还是第一次跟女人接吻，一时之间有些不知所措，红绫察觉到乔治神色异常，脸上升起一丝惊讶盘问乔治是否是初次与女人接吻，乔治没有否认红绫的猜测，红绫哭笑不得嘲笑乔治已是二十几岁的爷们还从没跟女人接吻。

孟书娟从楼上走下来跟父亲孟繁明见面，几个学生站在楼上看到孟繁明手臂上缠着日军国旗，孟书娟听到几个同学低声议论父亲孟繁明佩戴的日军国旗，脸上升起不悦不愿意跟孟繁明说话，孟繁明听到学生们说话声音，赶紧摘下手臂上的日军国旗拎起手中的食物给孟书娟看，孟书娟不愿意理睬父亲孟繁明，孟繁明来到楼上面带笑容跟孟书娟谈话，孟书娟板起脸孔不想理睬父亲孟繁明，孟繁明一脸关怀抚摸孟书娟的脑袋，孟书娟质问孟繁明为何能从日军手中平安来到教堂中，孟繁明一时之间不知如何解释。

法比数落完赵玉墨来到屋外干活，几个女学生站在屋中观看法比干活，法比在干活过程中灰谐有趣，几个女学生站在屋中哄堂大笑，法比冲着女学生们露出笑容骑着三轮车准备出门寻找水源，乔治送法比来到教堂门口，法比一本正经向乔治交待身后事，如果他出门寻找水源没有回教堂，乔治就升职成为神父照顾几个女学生，乔治心知法比不是在开玩笑，脸上升起严肃的神色返回教堂继续处理其它事情。几个女学生依然站在门口哄笑，乔治喝令女学生们回到教堂中，免得日军士兵听到女学生们的笑声来教堂抓人。孟繁明坐在家中休息听到屋外传来声音，一伙日军士兵站在楼下准备枪杀一批中国百姓，孟繁明站在窗户旁边面色惊恐盯着楼下的日军士兵，日军士兵分批枪杀中国百姓，血腥的场景令人不敢直视，在一连窜的枪声中孟繁明吓得离开窗户不敢再观看日军枪杀中国百姓。

避难的日子着实苦闷，几个妓女陪着乔治一起玩耍，乔治手舞足蹈跳舞给妓女们看，法比走了过来训斥众人花天酒地浪费食物，戴涛非常理解妓女们的心思，提醒法比不应该责骂众人，众人在教堂藏得太久心中非常憋屈，所以才想好好放松精神尽情玩乐。入夜，戴涛坐在窗台旁边休息，赵玉墨来到窗台边跟戴涛谈起过节吃汤圆的事情，戴涛一脸感概盘问赵玉墨以后离开教堂会去何处，赵玉墨一脸茫然觉得自己应该依然留在南京。除了留在南京之外，赵玉墨不知道自己有什么地方可去。戴涛的想法跟赵玉墨不一样，如果战争结束，戴涛希望回到老家河北保定。

赵玉墨跟着法比到安全区取药，一伙日军士兵忽然来安全区抓女人玩乐，一个洋女人焦急不安阻拦日军士兵进入安全区，日军士兵不把洋女人的话放在眼里，杀气腾腾进入安全区寻找女人。法比在混乱中逃离安全区，赵玉墨下落不明不知去了何处，法比焦急不安呼喊赵玉墨的名字，赵玉墨藏在安全区的手术室里面正在躲避一个日军士兵。日军士兵来到手术室里面想寻找女人，洋人医生厉声要求日军士兵离开手术室，日军士兵一脸警疑看着洋人医生，洋人医生故作镇定厉声要求日军士兵赶紧走，日军士兵扫视手术室一圈依然不肯离去，洋人医生拿起锋利的手术刀吓唬日军士兵，日军士兵在手术室逗留片刻终于转身离去。

一伙日军强行闯入教堂，小愚与玛丽藏在厕所里面尖声惊叫，日军士兵听到厕所里有女人尖叫的声音，喜出望外奔进厕所里面找到了玛丽，玛丽被日军士兵堵在窗台旁边，其中一个叫福井的日军士兵被同伴调戏，同伴们怂恿福井强暴玛丽，福井战战兢兢不敢强暴玛丽。法比闻声冲进厕所想劝阻几个日军士兵强暴玛丽，一个日军士兵抡起枪托打伤了法比，法比立足不稳瘫坐在地上，几个日军士兵继续怂恿福井强暴玛丽，玛丽在日军士兵的推搡中身子往后倾倒从窗台上掉落出去坠楼死亡，日军士兵略带失望继续谈话风声，一行人来到一处天窗下面想爬到天窗中寻找中国士兵，几个女学生藏在天窗上吓得不敢吭声，日军士兵找不到梯子只得举枪对准天窗一通扫射，幸好几个女学生距离天窗较远，日军士兵射出的子弹全部射到桌子木头上。法比闻声赶了过来阻拦日军士兵继续向天窗开枪，为首的一个日军队长要求法比找一副梯子过来，法比谎称教堂里面没有梯子，日军队长命令手下人举起机枪准备扫射天窗。

孟书娟没有跟随父亲孟繁明离开教堂，一些女学生私下议论孟书娟的父亲是汉奸，孟书娟心情失落离开教堂来到院子里面，赵玉墨见几个女学生排挤孟书娟，脸上升起不悦责备几个女学生想逼死孟书娟。孟书娟离开教堂漫无目的游走，戴涛在教堂外面的废弃楼房布置战壕以便能跟日本人战斗，孟书娟拿着相机来到街上拍照，拐角处的街区传来日本人说话的声音，孟书娟悄悄来到拐角处探头向外看去，几个日军士兵正在处理一批中国百姓的尸体，孟书娟拿起相机悄悄拍下日军士兵处理中国百姓遗体的情景。几个日军士兵处理完中国百姓的尸体渐渐走远，孟书娟从拐角处走出来正想喘一口气，一个日军士兵忽然从旁边窜出来发现了孟书娟，孟书娟吓了一跳转身就跑，由于心中慌张失足跌倒在地上。日军士兵从后面追上来就想向孟书娟扑上去，藏在暗处的戴涛开枪打死了日军士兵。

法比开车出门被一伙日军拦下，日军头目严厉盘查法比的身份，法比认出帮助日军头目办事的中年男子是约翰，约翰当初曾是教堂的员工，法比希望约翰能搭救他，约翰担心激怒日本人不愿意搭救法比，法比情绪激动冲着约翰大声吼叫，日军长官听不懂法比说的话，约翰谎称法比在传教。日军长官只觉法比死到临头还想传教非常可笑，最后把法比软禁在牢房里面。法比心知自己大难临头，只得哀求约翰到教堂向洋人神父报信，约翰离开日军驻地来教堂拍打大门，乔治打开小窗看到了约翰，约翰提醒乔治赶紧找洋人神父营救法比。日军开始新一轮屠杀行动，法比与一帮百姓被绑住手脚等侯日军开枪，一批百姓被推到日军士兵面前，日军士兵举枪击毙百姓，法比蹲在地上已经不敢再注视日军枪杀百姓，心中的恐惧已经无法用语言形容。

夜里戴涛在前面为孟书娟带路，两人好不容易来到教堂外面，戴涛看到孟司长在教堂外，他让孟书娟自己去找爸爸，他在暗地里保护她。孟司长不知道孟书娟偷着跑出来，他看到女儿从自己背后出来吓了他一跳，孟司长把肉松和奶酪给她，并敲门让法比赶紧把孟书娟带进屋里，他告诉女儿自己拿到了通行证明天一早就接她走，但只能带走她一个她最要好的同学。戴涛发现有人跟踪孟司长，他把那名汉奸撂倒在地，之后拿刀抵着汉奸的脖子。汉奸表示是黑岩久治派他来跟踪孟司长的，汉奸趁戴涛不注意便跑了出去，戴涛赶紧拿枪杀了他，但戴涛没能及时把那名汉奸的尸体藏起来。

戴涛偷偷地回到教堂结果被玉墨与法比发现，戴涛告诉他们自己杀了一个跟踪孟司长的汉奸，日军一定不会放过他的，日军已经开始怀疑教堂周围有中国军人存在，他现在出去很危险得在教堂躲一阵子，法比同意并让他去钟楼上呆着。日军怕南京大屠杀被外界知道，他们着急地毁灭着中国公民的尸体，黑岩久治让手下把殓尸队也一并解决了，这样一来就没人知道他们杀了多少人了。日军让殓尸队在大雨里集合，老沈看出来他们是想杀人灭口，平时与老沈在一起收尸的一个男人很害怕。日军知道殓尸队里有人窝藏中国战俘，只要他们能举报出谁窝藏了战俘，那个举报者就能活下来。

圣诞节到来，赵玉墨来到教堂外面的楼房陪戴涛聊天，红绫则跟乔治在一起，乔治一声不吭心情失落，红绫提议带着乔治一起私奔。教堂的圣诞节过得非常冷清，洋人神父教女学生们唱圣诞颂歌，女学生们忘掉所有烦恼心情良好齐声唱颂歌。日军士兵在圣诞节晚上忽然来到教堂外面，法比发现有日本人在教堂外面，心中升起焦急赶紧引导女学生们向地窖跑去，女学生们本来玩得非常开心唱唱跳跳，得知日本人来教堂，女学生们吓得惊声尖叫赶紧往地窖跑去。红绫非常担心乔治不肯去地窖，一个女学生从地窖中走上来拉红绫回地窖，红绫焦急不安担心乔治的安危，女学生继续拉红绫回地窖，红绫心知留在地面只有一死，无奈之下只得跟女学生回到地窖里面。

日军士兵在教堂外面抓到了戴涛，黑岩见果然有中国士兵在教堂附近出没，只得提醒北川抓到的中国士兵并非是教堂中的，黑岩之所以强调北川不是在教堂里面抓到中国士兵，主要目的就是想让北川赶紧离开教堂，北川抓到了一个中国士兵带着手下人离去，教堂恢复到了平静中，法比回到房间里面向女学生们汇报教堂门口发生的事情，不久之前日军士兵抓走了戴涛，戴涛之前曾在教堂住过一段时间，后来为了不连累其它人戴涛离开教堂藏在一幢楼房里面保护教堂中的人。赵玉墨心知戴涛落入日军手中凶多吉少，日军凶残无情杀人不眨眼，戴涛很有可能被日本人残酷杀害，一想到戴涛性命难保，赵玉墨悲痛欲绝失声痛哭。戴涛躺在地上休息，法比跟戴涛聊天，戴涛已经被日本人发现，法比数落戴涛当初离开教堂没有躲到另处去，而是藏在教堂外面被日本人发现。戴涛意识到自己可能性命不保，心中升起悲痛叮嘱法比以后好好保护教堂中的女人们。

教堂里面的食物无原地故少了一些，乔治来到地窖盘查妓女们和女学生，女学生产和妓女们否认偷了食物。红绫坦诚曾经让乔治开小灶吃了几次独食，但是并没有偷东西，为了让乔治以后可以清算食物数量，红绫提议乔治以后经常清点食物数量，只有这样才能知道少了多少食物。孟书娟见乔治一直在寻找丢失的土豆，只得带着乔治来到一个房间里面找到了许多土豆，土豆是法比私藏的大约有一二百斤。乔治看着几袋土豆又惊又喜，孟书娟站在旁边一声不吭，乔治盘问孟书娟为何知道乔治藏了土豆，孟书娟依掉一声不吭不想说话。乔治查看完了土豆忽然想起被日本人抓走的法比，法比依然随时有可能被日本人枪毙，乔治渐渐陷入到愁苦中。

玉墨问起红绫与乔治的关系，当初红绫曾告诉玉墨不要相信世上任何一个男人，现在她却与乔治陷入热恋中，红绫表示这个仗把大家拉近了。李全有走进一栋废弃的楼里，他看到地上坛子里有鸡蛋就赶紧放进自己包里。教堂里没水，阿顾穿上神父的神袍来到小河岔打水，结果被日军发现，日军把一堆衣服扔给阿顾去洗，为了活命阿顾不敢违抗日军的命令。

玉墨告诉法比现在教堂没有食物，再这样下去大家会被饿死，法比表示他会尽力去找。看到法比回来，英格玛神父自然很高兴，法比告诉他以前自己怕死，自从经历两次这样的事情后，他连死都不怕了，南京现在就是活地狱。阿顾出去打水意外地发现一些鸡蛋，他赶紧交给法比。法比要把鸡蛋一次都煮了给大家分着吃，乔治劝他一次吃一个，这样可以吃到下周，法比让乔治活在当下，没准下周大家都死了。法比来到地窖里支上锅煮鸡蛋汤，长时间没有进食的大家看到鸡蛋，眼睛都亮了。大家争着抢着喝鸡蛋汤，玉墨坐在一旁看着他们。

玉墨独自一人来到教堂的院子里挖坑准备埋葬王小妹，她一边挖一边崩溃地大哭，法比来到院子帮她一起挖。埋葬好王小妹后，大家聚在一起手捧圣灯，念着圣经为她祈福。法比在一旁说着悼词，王小妹是个善良的好女孩，她的灵魂与身体都是干净的，等她到了天堂后不要让她再吃难以下咽的土豆，让她品尝美味的糖果，让她穿上新衣与家人团聚，大家都被法比的悼词感动地流泪。浦生看着王小妹被埋葬的地方，他打算离开教堂像李全有与戴涛那样出去跟日军拼命，豆蔻劝他别走，现在出去无非是送死。豆蔻抱住坚持要离开的浦生，浦生哭着说自己无能，豆蔻表示无论如何她都会一直陪在浦生身边。

夜幕降临，浦生与豆蔻从草丛中的地洞钻出教堂，不久之前浦生曾经看到李全有与戴涛从草丛中逃离教堂，豆蔻非常相信浦生，两人顺着地洞钻出教堂来到一处围墙下面，两个日本士兵正在围墙下面打着手电巡逻，浦生与豆蔻刚刚离开围墙，两个日军士兵打着手电从围墙下面经过，两个一边走一边谈论教堂中的情景，有日本士兵声称在教堂中发现有小女孩，两个巡逻的日本士兵非常想进教堂强暴小女孩。乔治起夜发现法比没有睡觉，法比点了一堆蜡烛在维修一台收音机，妓女和学生们天天藏在地窖里面度日如年，法比决定修好收音机放到地窖给妓女们和学生们解闷。乔治离去不久，法比开始测试收音机的运行性能，让他失望的是，收音机闪烁出一片火花失去了动静。

店主夫人同意换两袋大米给法比，等法比抱起大米要走时，店主夫人拿着刺刀向他冲过来刺到他的腰上。法比没想到他们竟然会突袭，法比抡起大米砸向店主与店主夫人，把他们砸晕后，法比本想这么逃走，怕被日军发现，他把杂货店里的灯都关掉，之后法比把他们绑了起来在嘴里塞住布。路过两名日军看到了教堂的福特车，他们打算开走，杂货店里的店主与店主夫人突然叫起来，法比拿出刀抵在二人的脖子上让他们不要再叫。日军没能开走法比的车，他们踹了一脚车便离开了。

红绫得知教堂进入日军士兵，吓得赶紧从一个出口溜出地窖。两个日军士兵进入地窖惊喜交加发现了妓女们和学生们，虽然地窖里面的女人数量是两个日军士兵的几倍，但两个日军士兵依然面不改色举枪对准妓女和学生，赵姑娘忽然冲着两个日军士兵大吼，赵玉墨受到刺激冲上前与日军士兵拼命，所有女人回过神一涌而上摁倒两个日军士兵，两个日军士兵虽然是男性孔武有力，但面对十来个女人依然手足无措束手就擒。 红绫神色慌张来到地面找到法比，法比得知地窖里面进了日军士兵，心中升起焦急来到地窖里面帮助女人们绑好日军士兵，女人们虽然成功制服两个日军士兵，但所有人一副惊魂不定的模样处于惊恐状态中。

两名日军士兵依然被法比囚禁在教堂里面，其中一个戴眼镜的日军士兵被法比拖到教堂地面审讯，眼镜士兵面对法比神色慌张，法比坐在眼镜士兵身上厉声提出一些问题，眼镜士兵没有回答法比的提问，法比将眼镜士兵安置在一处角落中来到教堂门口招呼一伙日军士兵。 为首的日军长官发现两名手下无故失踪，法比谎称没有见过两名日军士兵，日军长官不相信法比的话，脸上升起杀气掏出手枪指着法比，法比面对黑洞洞的枪口面不改色，日军长官继续盘问法比是否见过两名日军士，法比面对日军长官依然撒谎声称没有见过两名日军士兵。

夜幕降临，法比等人依然在寻找眼镜士兵，眼镜士兵很有可能已经逃离教堂，法比意识到不久之后将有一批日军士兵来教堂杀光所有人。洋人神父依然没有意识到事态严重性，法比浑然不知开始转移女学生和妓女们，所有女人爬到卡车上面准备离去，红绫记起乔治没有上车，心中升起不安想回教堂找乔治，乔治已经决定跟法比留下来应付日军士兵，法比在教堂楼外意外发现出现在楼上的眼镜士兵，眼镜士兵已经挣脱绳索绑住了洋人神父，法比大步流星冲进教堂追踪眼镜士兵，眼镜士兵扔下洋人神父逃离教堂，法比拿着一把匕首在教堂外面寻找眼镜士兵。

日本天皇要来南京参加占领南京的庆祝会，田中将军要求圣马德伦教堂的女学生去宴会上唱赞歌。黑岩久治带着手下和孟司长来到教堂，他把唱歌的事情告诉法比，法比立刻拒绝了他。听到日军要带孟书娟等人去给天皇唱歌，孟司长赶紧拿出通行证问黑岩久治这是否还算履行承诺，他比较激动被日军将令砍断了手臂，书娟见到了这一场面，鼻血直流，她吵着要和父亲走。

英格玛神父写信给费驰，他把日军要带女学生去唱圣歌的事情写在里面，神父知道日军邀请女学生肯定不会是好事，他想让费驰把女学生们带到安全区去。书娟和神父讨论起上帝的事情，神父要书娟不要对上帝失望。法比带领众人挖地道离开南京城，他鼓舞大家会有活着的希望的。黑岩久治带着手下与孟司长再次来到教堂，以寻找关根与门胁之名要求搜查教堂，而且他特意让法比留在原地。

门胁在地窖里每天吃了睡，睡醒了又拉又撒，法比解开他的绳子，让他帮忙一起挖地道，并让玉箫拿着刀抵在他身后，以免他逃跑。黑岩久治的手下福井来到教堂送信，孟书娟恰好在教堂，福井撬开教堂的窗子把信给她，孟书娟正好拿起相机给他拍了照，福井被同伴们笑话不是真正的男人。

法比等人挖了好几天好不容易看到类似墙的东西，就在大家以为挖通这堵墙对面是下水道时，阿顾告诉他们那是教堂的地基，大家绝望地在地窖里哭起来。隔天塬田带着孟司长来到教堂，日军们俨然已经把教堂院子当做埋葬尸体的地方。塬田允许孟司长进入教堂与他女儿见面十分钟，孟司长进去后便被法比带到地窖下他们挖的地道里，法比请他帮忙鉴定这地道是否还能挖得通，孟司长告诉法比继续挖下去，对面依旧是墙。孟司长拿口红在地图上标出方向，让法比往这个方向继续挖。

英格玛神父来到地窖向妓女们忏悔，玉墨问他为何突然这样做，神父告诉她们当初日军邀请女学生去晚宴时，他曾想过让妓女们代替女学生们去参加，可法比斥责了他。法比指责神父并没有把妓女们当人看待，妓女们与女学生们一样都是人，可神父既然有让妓女代替的想法就是认为妓女们肮脏而丑陋，女学生们纯洁而美丽，法比表示教堂里的每一个女人都不能落到日军的手里。

日军们在教堂门前来回推着坐在轮椅上的神父玩，英格玛神父被推得晕头转向，他们却以此为乐。法比出来制止他们，他们一次次地踹开法比，不许他护着神父。玉墨帮法比照看神父，她与神父聊起天来，神父告诉她法比被抛弃过两次，一次是亲身父母，一次是神父的朋友，他的朋友把法比托付给他，神父就独自把法比拉扯大。玉墨表示她被卖到藏玉楼前也曾来到过教堂，没过多久她就被继父卖掉了。为了处理尸体，黑岩久治让手下往下水道里倒骨灰。

一名日军士兵来到安全区送信给费驰，费驰接过信件方知洋人神父患病受伤情况不妙，日军士兵离去不久，费驰来到教堂接走了洋人神父，洋人神父搭乘汽车离去，离去之时洋人神父从车窗探出脑袋跟法比依依不舍道别。法比回到教堂跟妓女们商量帮助女学生们参加日军宴席，妓女们只觉不公平不愿意代替女学生们参加宴席，几个妓女情绪激动推掇法比，赵玉墨坐在一边沉默不语什么话也不想说，所有女学生站在一边看着几个妓女欺负法比，法比一声不吭任由妓女们踢打。妓女们跟女学生们也渴望活下来，如果代替女学生参加日军的宴席多半有去无回，法比为了保护女学生们想让妓女们代替女学生们参加日军宴席，红绫产生悲观想法来到钟楼上站在高处想跳楼自杀，乔治赶到钟楼上强行将红绫拖回安全地带，红绫不愿意帮助女学生们参加日军宴席，乔治左右为难不知如何安慰红绫。

孟书娟坐在壁炉旁边取暖，赵玉墨如同母亲一样替孟书娟拔弄零乱的头发，孟书娟还从来没有谈过恋爱非常想知道爱情的滋味，赵玉墨脸上带着一丝感概向孟书娟谈起当初恋爱的经历。在赵玉墨看来，真正的爱情就是彼此相爱到死。黑岩带着一伙手下人来教堂准备接女学生，法比来到地窖里面放走了日军俘虏，日军俘虏被法比赶出教堂。黑岩带着手下人来到教堂外面想进去，教堂里面忽然产生爆炸，黑岩见教堂忽然爆炸，渐渐意识到里面的人已经全部死亡，日军俘虏站在教堂外面一脸惊讶看着火花冲天的教堂，心中终于明白法比为何忽然放走他，法比不愿意伤害日军俘虏，所以才放走了日军俘虏。

中国国民党正式召开军事法庭审讯日军战犯，对于日军犯下的罪行，几个国民党高官义正词严商量如何审判所有日军战犯，虽然几人谈论日军战犯一丝不苟，但坐在旁边的孟书娟总觉得几个夸夸其谈的国民党长官无法体会当年南京人民的悲痛遭遇。当年孟书娟曾经亲身跟法比等人藏在教堂里面，日本人如何凶残孟书娟已是深有体会。不久之后，中国法庭召开会议审判几句日军主要战犯，站在法庭外面的中国百姓情绪激动高呼惩罚日军战犯，坐在法庭内的国军长官面色严肃审判日军战犯，赵玉墨佩戴头纱坐在法庭里面听国军长官控诉日军战犯田中当年入侵中国犯下的罪行，田中因为年纪太大听力不好只能佩戴耳塞提升听力。南京临时会长陈会长出庭做证指认日军当年犯下的罪行，陈会长拿着一批文件来到法庭上控诉日军当年的所作所为，日军当年派出几只部队在南京各处进行大屠杀，许多中国军民惨死日军手中。

黑岩在法庭上接受审讯，由于黑岩死不认罪，赵玉墨情绪激动从观众席上走出来要求重判黑岩，黑岩见赵玉墨戴着头纱，脸上升起一丝惊讶看着赵玉墨，赵玉墨亲身经历当年的南京大屠杀险些死在教堂里面，对于日本人的所作所为赵玉墨深有体会，黑岩虽然已经来到法院上接受审判，但就是不肯承认当年杀害了很多中国人，赵玉墨忍无可忍从观众席上走出来要求法官立即枪决黑岩。一名国军长官从坐位上走出来拉住赵玉墨，赵玉墨情绪激动提醒长官们应该立即处决黑岩，国军长官一番安慰终于把赵玉墨劝回观众席，赵玉墨回到观众席不久，又有一个中国百姓要求法官们立即枪决黑岩。黑岩继续为自己犯下的过错辨护，当年他杀害中国人其实是为了保护美国财产，洋人神父当年险些被日军炸死，幸好法比搭救及时洋人神父才逃过一劫，面对黑岩抵死不认账的行为，洋人神父勃然大怒在法庭上指责黑岩。

赵玉墨来到黑岩身边情绪激动指责黑岩当年对中国人的所作所为，孟书娟得到了赵玉墨归还的所有相片，当年孟书娟依靠一台相机拍下许多日本士兵屠杀中国百姓的情景，赵玉墨在当年逃跑的时候保护了所有相片。当年法比埋下炸药炸毁整幢教堂，妓女和学生们顺着挖好的地道逃出南京城，法比一动不动被赵玉墨拖出地道，所有人从地道中爬出来百感交集如获新生。孟书娟拿起所有相片分放给在场的国军长官，同时还将相片分放给坐在听众席上的中国百姓，相片全是日军屠杀中国百姓的场景，黑岩面对铁一样的证据依然认为自己无罪。日本律师气急败坏指责孟书娟身为陪审团一员主动拿出证据指认被告，国官长官宣判黑岩犯下十恶不逊的罪行理应伏法，黑岩面对宣判拒不认罪。庭审结束黑岩被法院工作人员押走，旁听的中国百姓情绪激动跟在后面高声要求法院惩治黑岩，黑岩的双手沾满了中国人的鲜血，所有中国人狠不得食其肉剜其骨。