1945年日本正式投降，盟军总司令部和远东军事法庭日以继夜的大规模搜查和甄别日本战犯，东京大审判成为战后最为重要的事件之一。负责安全转运战犯资料的马昀飞，在运送途中却突遭袭击。万分危急之下，马昀飞凭着矫健的身手和过人的胆识，从战火中及时抢救出存有战犯资料的保险箱。但当董玉清打开保存完好的保险箱时，却并未发现那本关键的日记本。董玉清授命马昀飞暗中秘密调查日记本的下落。

马昀飞利用黑衣人转移警卫的目标，成功逃离档案馆，在街上与密室黑衣人相遇，并在偶然间偷听到原日军K师旧部准备劫狱营救石岩夫的行动计划。马昀飞向盟军司令部卡本德上校提出进入巢鸦监狱，亲自看守石岩夫的请求。卡本德却认为马昀飞此举是对盟军的极端藐视，两人发生激烈的争吵。

特使从盟军处获悉，甲级战犯被拒绝引渡，作为乙级战犯的石岩夫成为此次引渡行动的唯一战犯。消息传来，国民党内部高层气愤不已，钟杞达更感觉自己徒劳一场，而董玉清却显得异常冷静。日本羽田机场，马昀飞为买不到回国机票而焦躁不安，忽然，看到了卡本德，遂灵机一动，意欲搭个便机。不料，卡本德气量狭小，仍为之前两人的不悦而耿耿于怀，断然拒绝了他的请求。

石岩夫被马昀飞掉包到飞往大连的运输机上。河野满和小惠美却已经提前混上飞机，并杀害了驾驶员和机组成员。而此时，马昀飞被小惠美设计关在了行李舱中。飞行员被杀，卡本德只得亲自上阵驾驶飞机，机舱内只剩下石岩夫、河野满和小惠美三人，五分钟后，他们就要跳伞，石岩夫马上就会得救。关键时刻，马昀飞成功钻进机舱，铐住了想要逃跑的石岩夫，救援计划又一次破裂。

董玉清离散10年的女儿董丽娜突然由日本回国。在机场，满心喜悦的董玉清却认不出自己的女儿，董丽娜如此巨大的变化，不由使他感到丝丝不安。董家别墅前，奶妈赵妈热烈的盼望小姐的归来，但当亲眼见到董丽娜时，却大吃一惊。董玉清暗中试探董丽娜，她都对答如流，董玉清的种种疑惑渐渐打消。但是赵妈凭直觉认定眼前的董丽娜绝非董家小姐。

河野满一伙仍不死心，欲借天津记者招待会的时机，再次图谋营救石岩夫。特勤小组内部出现分歧，彭易泽对日军充满了仇恨，一心要杀死石岩夫，马昀飞不以为意，而副组长孟凡彬对他这种放任自流的态度感到厌恶，二人发生激烈的争执。天津会场外，河野满、小泽惠等人乔装混入会场，董丽娜因没有通行证而被拒绝入内。

接踵而至的突发事件，使得马昀飞临时决定改变押送石岩夫的路线——明日转押石岩夫，由原定乘坐的快车改为同时出发的慢车。孟凡彬对他这种无视组织纪律自作主张的做法表示坚决反对，两人又是一顿大吵。因屡次犯错而被特勤小组开除的何尖，为求得马昀飞的原谅重回小组，在屋外整整守候了一夜。

马昀飞立刻意识到饭有蹊跷，赶忙制止，幸好董丽娜眼疾手快，打翻了饭盒，才避免了悲剧的发生。然而，董丽娜的敏捷身手使马昀飞感到惴惴不安。彭易泽偷偷抱来一条小狗，喂它吃打翻在地的饭菜，小狗气绝身亡。此时，送餐员的尸体也在洗手间被发现，情况变得越来越复杂，究竟是谁要杀石岩夫？

8号车厢底突然发现定时炸弹，马昀飞命令大家立刻撤离车厢，但石岩夫仍被拷在车厢卫生间，鲁一平一时又发现无法打开手铐。彭易泽奉命排除炸弹，可是被他发现的这枚炸弹仅是一个诱饵。此时，轰然一声，车厢炸裂，却仍未见石岩夫和鲁一平的身影。石岩夫遇害，这件事震惊了整个南京。钟杞达为逃避责任，意欲将罪责全部推到马昀飞身上，遭到董玉清的严重责备。为使自己免受牵连，钟杞达向董玉清建议让何尖做替罪羊。

为完成安全押送石岩夫的任务，马昀飞决定切断特勤小组与外界的一切联系，突然间，特勤小组的所有成员，包括董丽娜，全部“失踪”。然而，这却引起了河野满的猜疑，他断定石岩夫仍然活着。沿途，老奸巨猾的石岩夫借方便时机，偷偷地留下记号。钟杞达听从白迪夫建议，决定暗中查访特勤小组的行踪。

杨四来请何尖回家看望年迈的姥姥，爱面子的何尖最终还是没能抵挡住杨四的激将法，决定回家探亲，走之前向马昀飞表示绝不沾酒。然而，何尖再一次食言，在乡亲们的热烈劝酒下，何尖终于被击垮，一杯酒下肚后，他已经感到天旋地转，石岩夫的真实身份被他和盘托出。当马昀飞看到酒醉不醒的何尖时，立刻意识到大事不妙。正在此时，老令公谴人来请马昀飞。又气又无奈的马昀飞只得硬着头皮赴约。

深夜，特勤小组准备秘密逃出杨家店，可吉普车却意外丢失。另一面，老令公已集合了全体村民，暗中布局地道战，要活捉石岩夫。地道战开始，何尖被命令留守石岩夫，但地道机关开启，石岩夫被村民拖进地道，何尖赶忙欲拉石岩夫，也被一同拽了进去。返回屋内的马昀飞等人，发现石岩夫和何尖掉入机关，立刻爬进地道准备营救，结果也被村民抓了起来。

石岩夫谎称拉肚子，实则为营救他的人留下记号。特勤小组到达三河镇，石岩夫又称要去厕所，马昀飞感觉其中有诈，在他上厕所时突然闯入，石岩夫的伎俩被彻底拆穿。河野满一行人发现石岩夫沿途留下的记号，兴奋不已。然而，马昀飞已经暗中对这些记号动了手脚。

死里逃生的马昀飞和特勤小组继续前进的路途险阻重重，摆在他们面前的只有两条路，山道和沼泽。为保险起见，大家只得徒步穿越山道。一路上，石岩夫仍不死心，企图利用脚印给救援部队留下记号。他的这点小聪明最终还是无法瞒过组长马昀飞。石岩夫耍赖不肯继续不行，马昀飞命令彭易泽背着他前进，彭易泽心中大为不满。董丽娜实在走不动了，马昀飞只好背她前进。两人回忆起儿时的无邪时光。

特勤组的子弹已经剩下最后六颗了，马昀飞不顾众人反对作出决定，让妮子带特勤组穿越沼泽区。途中，石岩夫试图逃跑，陷进沼泽，董丽娜也跟着跳了下去。把两个人奋力救上来的时候，河野满等人已经追上来了。特勤组和日本人在沼泽地展开了激烈的交战，董丽娜故意支开看守石岩夫的何尖，放石岩夫逃走。逃跑的路上，石岩夫被彭易泽撞到，彭易泽把枪口对准了石岩夫，被及时赶来的马昀飞等人拦住。

董丽娜看到一辆准备出发的邮车，特勤组抢了邮车走公路迂回。河野满等K师团旧部在路上碰到被甩下的邮差找到线索，押着邮差抢在特勤组之前赶到了他们的目的地汉口。特勤组一到汉口就被邮差带来的宪兵队堵住，带回了宪兵司令部，石岩夫被暂时关进了小南门看守所。马昀飞终于有机会给南京打电话，告诉董玉清自己怀疑南京方面有人泄露他们的行踪，要找出这个内奸。因为汉口有雾，暂时不能派飞机过去，南京方面通知特勤组原地待命。

石岩夫猝死的消息让染子（董丽娜）也失去了方向，她不得不违背出发前的约定，去找自己的情人河野满，告诉他这个消息，河野满的表现却很平静。马昀飞催促医生尽快化验石岩夫手里那半粒药丸的成分，结果却让他们很失望，只是普通的治疗心脏病类药品，石岩夫因心脏病发而突然身亡已经成了无法质疑的事实。然而在特勤小组要带走石岩夫尸体的时候，鲁一平察觉出尸体被掉包了。

出发前，孟凡斌问董丽娜怎么办？马昀飞说既然是秘密行动，就不带她了。董丽娜从父亲的电话里得知特勤小组已经走了，不顾父亲的劝阻追到船上。船舱里，董丽娜借口单独采访，向石岩夫证明了自己特高课的身份，要石岩夫交出中国政府里的奸细名单，石岩夫却说如果我能逃出去就会交出去，但是现在是不会交给你的。

彭易泽身上也有一个一样的牌子，他告诉大伙儿那是军校篮球队的队徽。对于他们的秘密行踪为什么暴露，孟凡斌分析问题可能出在南京的三位领导那里。马昀飞本打算给董玉清电话，想起孟凡斌的分析，电话打通后他没有出声又挂了。董玉清却查到了电话是从安徽安庆打来的。

石岩夫被救上船，彭易泽却中弹牺牲了。风哥发现打中的不是石岩夫，下命令用炮弹炸掉他们的驳船。马昀飞命令鲁一平和孟凡斌带着石岩夫坐小船先走。船在芜湖苇岗靠岸，石岩夫被带进一所弃置的教堂，认出了这里是当年他的K师团和董玉清的威虎师交战过的地方。当年董玉清和他的手下被围在教堂里，石岩夫准备活捉被围的中国人送去东北做细菌不对的试验品——“马路大”。

石岩夫跑出去之后就被黑衣蒙面人抓到，特勤组适时赶来。蒙面人原来是马昀飞父亲马振东的副官任宝安。任宝安带领马昀飞找到马振东的墓碑，马昀飞和特勤组才知道当年虎威师被俘虏的人是去做了马路大。任宝安讲述了虎威师300马路大在东北的悲惨经历，揭发了石岩夫的罪行，牺牲了。

马昀飞马上就要揭穿董丽娜身份的时候，无意中看到了董丽娜胸前的纹身，一个“飞”字，有关小时候董丽娜对马昀飞的承诺，马昀飞惊呆了。董丽娜向马昀飞解释了她被误解的地方，马昀飞被感动，向董丽娜认了错。南京商量派飞机接特勤小组回来，董玉清出于安全的考虑，一定要自己亲自安排，而钟杞达和白迪夫考虑到对董玉清的怀疑，决定另谋他侧，向宋庆龄汇报了情况，请她和盟军商议，借用他们的飞机接人。董玉清知道后无比震怒。

飞机失去了控制，和总部也失去了联系。石岩夫几乎从飞机上掉了下去，鲁一平临时坐上了驾驶座操纵失控的飞机，马昀飞急中生智，用人尿灌飞行员，迫使他吐出喝下去的毒咖啡，从昏迷中醒过来，指点鲁一平和马昀飞紧急迫降，结果飞机有惊无险落进了一条大河里。

石岩夫的女儿美惠子亲自来中国调查所谓父亲罪行的事情，在发指的证据面前，她流下了伤心的眼泪，并且决定在中国出家为尼，替父亲赎罪。董丽娜在报纸上看到有关美惠子的新闻，又担心石岩夫知道后逃跑不愿意交出他要的名单，没有告诉他。鲁一平看到新闻后，故意扔给石岩夫看，让他受刺激，并且故意扔给他一条绳子。

河野满和铃木杏说服石岩夫马上跟他们离开这里，石岩夫却执意要见自己的女儿，不顾旧部下的恳求，命令他们先去山下等自己。特勤小组也追到山上，发现了石岩夫。石岩夫以自己的性命相要挟，逃出了包围，冲进庙里，阻止了正在接受剃度的美惠子。石岩夫把女儿拉出来，不让她在中国出家，美惠子执意要进入空门，替父亲赎罪。石岩夫说服不了女儿，只好亲手杀死了她，自己也被赶来的特勤小组带走了。

鲁一平给何尖下了安眠药，趁他睡着的时候搜查石岩夫的包袱，结果仍然一无所获。深陷危险的石岩夫主动说自己病愈，可以出发了。钟杞达和白迪夫早就开始怀疑董玉清了，白迪夫亲自去档案室查找董玉清的资料，在一张日本军校的毕业照里，发现董玉清和石岩夫两个人都在上面。日本人又找出了毕上清，让他亲自和石岩夫在南京方面的老朋友交涉，要挟他搭救石岩夫。

河野满和铃木杏等人在辛店追上了特勤组的火车。鲁一平拿毒花生给石岩夫吃，被石岩夫识破，在马昀飞的质问下，承认了自己是想杀死石岩夫。还没有来得及解释，河野满和岗村就已经追到了他们的车厢，双方开始了激烈的交战，鲁一平替马昀飞挡子弹，自己牺牲了。

马昀飞在酒楼找到和老乡喝酒的何尖暗自道别，刚和来接他离开的同志接头准备离开的时候，听到酒楼飞方向传来的枪声，毅然转身回去。酒楼里，何尖诈死，和前来抢他火字牌的毕上清打在一起，正当他要杀死毕上清的时候，染子（董丽娜）在背后朝他开了枪。马昀飞赶来的时候，何尖已经奄奄一息了。孟凡斌带领的追捕小队也赶来了，告诉马昀飞他被捕了，马昀飞挣脱孟凡斌，说答应了何尖帮他抢回火字牌。

董丽娜给董玉清打电话说石岩夫让传话给董玉清，他手上有当年苇岗谈判的录音。董玉清又回忆起当年被石岩夫欺诈成功，投降日本人的事情。等知道被骗的时候为时已晚，他亲手打死了马昀飞的父亲马振东。董玉清见到被捕的秦风，秦风为了保全董玉清，交代自己是受了白迪夫的指使，被白迪夫击毙。

马昀飞和孟凡斌带石岩夫回南京之前，钟杞达给孟凡斌来电话说马昀飞共党身份已经证实，命令他立即逮捕马昀飞。火车上，马昀飞向孟凡斌提出要求想把石岩夫送回南京，有始有终的完成这次任务。石岩夫终于被顺利押回了南京，在人潮涌动的火车站，押解石岩夫的特勤小组只剩下孟凡斌一个人了，他向钟杞达报告马昀飞在路上阵亡，这个世界上没有马昀飞这个人了。