康熙十三年。平西王吴三桂在云南反叛，康熙帝决定迎战。但与此同时又想到姑姑建宁长公主和额驸的特殊关系，心中不免犯难起来，康熙持谕旨去慈宁宫请示孝庄，祖孙俩正难过地谈着，建宁长公主冲进来激动地哭求。孝庄与康熙所说的朝廷苦衷，建宁听不进去；她痛责孝庄与康熙，甚至认为吴三桂根本就是康熙故意激反的。可这时的康熙担心变生肘腋，他终于下了决心，请求建宁原谅他，康熙说完，毅然掉头而去。

三十年后，在康熙的细心教导下皇太子胤礽长大成人，并且深得康熙的喜爱。此时在地方上不时传出打着前明朱三太子旗号反清的案件，令朝廷颇伤脑筋。其他阿哥认为朱慈焕可能像建文帝一般做了和尚，建议往各大丛林寺庙中继续寻找，但是胤礽却认为最不需要留意的便是空门，因为做了和尚便不能娶妻生子，无法为明朝皇室传下骨血香烟。

原来，独臂老尼是多年来暗中教导紫瑛武功的师父，她正是被崇祯断一臂而未死的长平公主。长平公主因不屑朱慈焕的懦弱，故一直不肯露面。当她将一切真相都告诉紫瑛，紫瑛方知自己奇谲的身世。长平公主对未来做出计划：繈褓中的怡钧是朱明皇室唯一骨血，也是将来复国的唯一号召，由她带走藏匿，妥善养护；而紫瑛姊妹则由她引荐，投靠漕帮。当晚，紫瑛潜回故居祭奠亲人，未料胤礽、云儿、敬恩竟然出现。

云儿去看望紫瑛，原想帮助她脱离牢狱，却没料到弄巧成拙，跟紫瑛冲突起来四阿哥也为救紫瑛而受伤。康熙经过深思熟虑，终於决定不杀紫瑛，他派四阿哥将紫瑛放了。紫瑛重新见到了如玉，失去了亲人的姐妹一番真情的告白，二人之间的感情更加深厚。长平公主要紫瑛告诉如玉真相，要如玉也背负这一沈重的复仇使命，疼爱妹妹的紫瑛却不愿意这么做，而想自己一人承受所有重担。

朱三太子一案，康熙为了考验皇子，问他们该如何处理此事，人各抒已见，只有胤礽认为此事难以处理，必须想一个两全其美的法子才行。康熙正好想借此机会让胤礽心服，便和他打赌说自己能想到一个两全其美的法子，如果自己做到，胤礽以后就要乖乖听他的话，不可擅做主张。胤礽欣然同意，二人击掌为约。康熙经过方方面面深思熟虑终于想出了一个两头兼顾的法子解决了朱三太子一案。

紫瑛加入了漕帮，更成为潘清的关门弟子，但此举却引起以姚发为首的众多帮众的不服。云儿一不留神在德妃面前说出了自己“要嫁就要嫁像二哥哥那样的人”，结果却被太子妃舒伦听到。舒伦表面上在德妃等人面前表示了宽宏大量，背后却在胤礽和索额图那儿告了云儿一状。胤礽和四阿哥一干数人刚一出宫，便碰上了二百佃户为张善人鸣冤叫屈，却惨遭官兵镇压的事件。

康熙痛斥了明珠不听自己所劝，又生事端，这次暂且将他保下，下不为例。并道出了自己如此包庇明珠的原因。这其实也就是康熙的为君之谋，康熙叹息胤礽不明白他的苦心，德妃却说要给胤礽多一些成熟的时间。胤礽却在这个时候想起了如玉，云儿见此情形，心疼不已。只好和他一起去索额图家去看她，而如玉这个时候却因为思念姐姐而难过万分。紫瑛却加入漕帮。

胤礽和云儿一起去看如玉，如玉的灵性秀雅使胤礽越来越着迷，他心中明白自己已经开始爱上了她。经过更多时间的相处，胤礽对如玉的感觉越来越深，已经到了不可自拔的地步。云儿发现了这点，心中非常难过。胤礽为了追求如玉，求云儿向如玉表达自己的爱意，云儿虽然心中难过，却认为只要自己心爱的人幸福就好，同意帮助他去跟如玉表白。

胤礽被如玉不冷不热的拒绝。云儿小心翼翼地将如玉的意思告诉胤礽，胤礽误以为是如玉丢失了姐姐紫瑛心中悲痛，故有此举。云儿不忍见他难过，答应帮助他找到紫瑛，可势单力薄的她只有找八阿哥帮忙。没想到八阿哥不但没有找到紫瑛，还被妻子了解此事。却还因为帮云儿找紫瑛而与妻子郭络罗氏大吵一架，甚至还大打出手，在场的云儿看在眼里也明白了这场婚姻。

胤礽匆匆赶到。为了救下如玉，胤礽情急之下将自己的太子冠搁在了地上，胤礽终于将二人救走，气得索额图剁脚叹息。胤礽将如玉和紫瑛安置在了四阿哥的家中，四阿哥舍身帮忙的态度让众人都非常感动。舒伦绝望之下欲吞金自杀，所幸被侍女翠屏救下。舒伦暗示翠屏将自己自杀一事告之德妃知道。等翠屏赶到德妃处，德妃恰好正在怒斥胤礽，云儿却哭着为他辩护。

康熙召四阿哥进宫，表扬了他对胤礽的事俱实以报的表现，并要他瞒着胤礽偷偷将如玉带进宫来。四阿哥马上叫来胤礽商议，最后决定要送紫瑛和如玉两姐妹离开京城。紫瑛临走之时将四阿哥曾问自己索要过的怀表塞给了他，四阿哥内心觉得非常温暖。四阿哥用苦肉计割伤了自己，造成如玉、紫瑛被人劫走的假相，以应付康熙的旨令，并可以借此让康熙误认为此举是胤礽所为，以此制造父子间的猜疑。

胤礽思念如玉，云儿不忍见他难过，主动提出自己会帮助他找如玉，只要他能够振作起来。康熙召胤礽进宫，提及另外一事：此回亲征葛尔丹，终于获胜，但其中一役，主帅裕亲王福全与副手大阿哥意见参商、配合失败，以致令敌人逃脱，当时双方各执一辞，来不及追究责任。康熙本想缓缓处理亲兄与亲子之间的矛盾，命胤礽下去沟通，没想到四阿哥为了阻止胤礽成功，让胤礽在父皇心目中留下办事不力的印象。

大阿哥、四阿哥、八阿哥进宫，分别去向他们的额娘报喜，情形都不同。四阿哥的母亲德妃乌雅氏，十分贤德。当四阿哥因为只得封贝勒而怫然不悦时，德妃反而劝解他。四阿哥表面上顺从，心中却块垒难消。另一方面，如玉已经被紫瑛改名孙玉如，交由杭州织造就要送进宫来。如玉在途中白衣庵落宿的时候，正请求佛祖明示自己该如何是好，进退两难之时，一位高深的老尼出现点醒如玉。

康熙得知了如玉的真实身份之后，康熙惊讶之余反而不知道怎么办才好。建宁公主突然病重，云儿赶紧过去探望。康熙也在她之后去看了一直对他有所抱怨的建宁公主。建宁公主其实已经谅解了康熙的苦衷，当着康熙和云儿的面，她回忆了遇到云儿并把她送进宫中的过程。将近二十过去，建宁感到很后悔，也觉得长平公主很可怕，她要云儿替她保护她原本意图伤害的亲人。

胤礽不由得恼恨康熙，以为是康熙设计这方法令他断了对如玉的念想。他设法见到如玉，说他明白，她一定是被康熙强迫相从，他愿意放弃一切，这就带她走。如玉解释她之入宫与康熙无关，胤礽不信；但当胤礽得知康熙并未临幸如玉时，方有几分信了。如玉深为胤礽所感动，真想跟他走，但是念及康熙对她极为仁慈，她不能毁了他的皇太子，故忍住，并劝胤礽忘了她。如玉正式被康熙册封为密妃。

舒伦感谢云儿，并给了她信物，说将来一定让胤礽娶她为侧妃。云儿看着信物，百感交集，这原是她的梦想，梦想成真之际，她却不得不亲手打碎，因为她知道胤礽永远不会爱上她。胤礽振作起来了。他一厢情愿地希望，藉由他优秀的表现，博得父皇的赞赏，然后他再找机会请求父皇成全他与如玉。他知道此事甚难，但什么也挡不住他的决心。

紫瑛至京，拼命找机会想见如玉不果，请四阿哥帮忙。紫瑛心感四阿哥。康熙得到汇报河灾的情形，深为忧心。紫瑛终于见到了如玉，姊妹俩大起冲突。紫瑛责备如玉自私虚荣。当如玉看见紫瑛臂上所刺的“明”字时，对长平公主之逼迫紫瑛非常反感，她反劝紫瑛，不要再想明朝，应该想想自己的明天。姊妹俩不欢而散。

惠妃向德妃打探，德妃诚心相待，但康熙暗中冷眼旁观，他看见了诸阿哥对此事的反应，对惠妃、大阿哥母子的不安份特别反感。四阿哥正与心腹觉空和隆科多商议着，如何取得父皇的信任。他们认为：第一是要让康熙感觉四阿哥竭诚拥戴皇太子胤礽，第二就是要拉近康熙与四阿哥父子间的距离。胤礽稽查库银认真。胤礽这时从云格格那里听说了库银的传说。敬恩也打听到了户部的消息。

紫瑛在极度的快乐与罪恶感中挣扎，虽然她曾经立誓抛却感情、抛却自己，但青春的涌动和相爱的渴求，又岂是几句违反人性的誓言所能压抑？紫瑛是个外冷内热的烈性女子，一旦爱了，便如烈火般炽热而纯粹。紫瑛把自己的任务、苦恼，都掏心挖肺地告诉了四阿哥。四阿哥震惊之余，向她保证，他一定有解决之道。四阿哥查出了舒伦用首饰质押的事情，紫瑛却被爱情冲昏了头，一心为着四阿哥。

透过隆科多逼迫凌普，将贪污之事栽到胤礽头上。康熙命明珠、隆科多审问凌普，凌普在刑求情急之下唤皇太子，被曲解为招供。令众人大为惊讶。明珠甚至暗示康熙，胤礽要钱的目的恐有不臣之心。康熙想不通胤礽为何这么做，不免有三分怀疑。康熙与胤礽大起争执，责胤礽感情用事。父子二人再次争吵，互相不能理解对方。胤礽痛苦不已，沮丧灰心，去向如玉解释，他不怕天下人误解他，只怕如玉误解他。

云儿气得去牢中找碴，问他为何要诬陷胤礽。凌普得知自己为胤礽惹了这么大的麻烦，羞愧自尽。凌普一死，真相无法大白了，胤礽终究摆脱不了嫌疑的阴影。但四阿哥为胤礽力辩，康熙心中也愿意相信胤礽是清白的，但他还是骂了胤礽一顿。胤礽心灰意冷。大家都以为隆科多这么做，是为了八阿哥。八阿哥在云儿面前百口莫辩。

胤礽面见康熙为如玉求情，说明自己已不在喜欢如玉。康熙派胤礽南巡河工。并想借此事考验他。明珠与慕天颜密谋此事。夜晚，紫瑛与四阿哥相会。两颗心再次的走在了一起。胤礽请求微服出巡。康熙原本犹豫着不肯答应，但忆及当年纵虎出圈要小胤礽追射之事，他咬咬牙，点了头。康熙自称为恶梦所扰，神明指示他，要如玉亲自去杭州某寺上香方能化解，他要如玉随胤礽一行前去南方。

胤礽明察暗访，发现河道总督衙门豪奢无比，又打听到骇人听闻的传言：河工上的预算，奏请拨给专款的工程不计，光是平常性的岁修经费就高达每年四百五十万两，其中实际花在工料费用上的钱，还不到三分之一。慕天颜虽曾接到明珠一党的通知，晓得皇太子将来巡河工，但他万万没想到堂堂皇太子竟然如此轻车简从、迅雷不及掩耳地就到了。紫瑛让慕天颜的师爷作证，慕天颜彻底倒台。

康熙为了找出那个神秘人，决心引蛇出洞，宣布西行巡狩。并与此同时升隆科多为九门提督。明珠被吓出重病，对明珠一党的贪婪，康熙十分恼火，想断然严惩，又想起自三藩乱起的君臣恩义，下不了手。康熙亲临视疾，君臣间剖心相待，当明珠知道康熙原谅了他，感动得伏地不起，就此病逝。四阿哥与隆科多私下密谋着今后的形势。紫瑛在长平的逼迫之下欲行刺康熙，无奈向四阿哥诀别。

胤礽阻挡无效，紫瑛还是行刺了康熙，只是这次紫瑛刺死的是假康熙，一团大乱后，真康熙出现了。最后康熙放走紫瑛，但他要在场的胤礽说出是谁给他的消息，胤礽为了保护四阿哥，抵死不说，无奈的康熙将他拉到母后陵寝前，可他还是不说。康熙在盛怒伤心之下，宣布废立太子，并将胤礽收押。胤礽面对着如此惩罚，脸上却毫无表情，这令康熙更为恼火。在关押中的胤礽整日饮酒，毫无斗志。

康熙的后悔之意，被皇子群臣看出，四阿哥与隆科多也在揣测着康熙的心思。加以试探。胤礽得知康熙病重，甚为担忧。这时的八阿哥也似乎看出了些端倪，康熙为了保持威信，只好宣布祭天，正式废立太子。胤礽借酒浇愁，舒伦和德妃劝解让他说出消息来源，可胤礽仍然不肯。康熙为了建立复立胤礽的理由，先藉各种场合对诸臣说，胤礽行为怪异，可能是被鬼物魇魅所致。对胤礽酌情幽禁。

如玉终于决定与康熙胤礽站在同一战线。四阿哥与隆科多认为康熙并非真的要废当胤礽，并试探康熙的意图，康熙任八阿哥为内务府总管，然后他明示群臣，大阿哥绝对不在他的考虑之内。八阿哥向云格格吐露心思，云儿不知如何是好。

八福晋与八阿哥争吵，盛怒之下离府，云儿安慰八阿哥，四阿哥告发了大阿哥。康熙、德妃、四阿哥一起讨论大阿哥的事情，四阿哥与隆科多密谋参大阿哥一本。并陷害大阿哥下蛊一事，结果大阿哥被革爵，幽禁府中，从此出局。惠妃首告大阿哥不孝，其实是为了救他的命，康熙将大阿哥交其母监管。 紫瑛发现四阿哥与隆科多密谋皇位，四阿哥只好口口声声说，这样做是为了紫瑛。

康熙借皇太后托梦一事来说服众臣，释放了皇太子胤礽，康熙与胤礽深夜进行一番推心置腹的谈话，康熙无奈，只好食言，历数八阿哥缺点，甚至骂到“生母为辛者库贱妇”，要大臣们再想想。大臣们知道再拥戴八阿哥也是白搭，于是恭请圣意独断。八阿哥遭到如此羞辱打击，几乎崩溃，福晋甚至落井下石离家出走。云儿对他反而由怜生爱。

夜晚紫瑛与四阿哥相见，二人真情流露并相誓永不相负。隆科多与四阿哥商议今后在宫中的行动计划，二人一拍即合。康熙命索额图不可在仰仗皇太子在朝中行事，索额图转向与四阿哥串通。云儿在认真考虑后答应了八阿哥的婚事，希望能够让爱自己的人得到幸福。八阿哥自娶云儿，心满意足，不再觊觎皇位。

康熙下令收押索额图，掀起一阵轩然大波。胤礽不愿谴责索额图，等于被公开打一耳光。索额图被监禁宗人府。康熙与他倾心相谈，发现四阿哥确有问题。康熙借着下棋的机会，旁敲侧击，四阿哥惊得冷汗直流，经过心中挣扎，决心去向康熙假装坦承一切，但都归咎于紫瑛对他的诱惑。四阿哥利用他与紫瑛的联络信物，命隆科多剿灭紫瑛一党。长平公主责备紫瑛，紫瑛突然挥剑削下她那只刺着“明”字的手臂。

康熙对四阿哥有指责、教训、期许，并命他将来无论如何不许迫害胤礽。胤礽看透了，原应是亲情至深的父子兄弟之间，就是因为权力，故展现出猜忌、反目、甚至谋害等等人间至恶。他不愿再陷入这丑恶的轮回中。康熙只得二废太子，下令将胤礽圈禁于郑家庄，胤礽情愿与世无争。多年后，康熙病重，传位于谁呢？他在同为德妃所生的四阿哥与十四阿哥之间犹豫，终因十四阿哥远在西陲，而选择了四阿哥。