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地区： 日本
时间：1996
语言： 普通话
导演： 暂无
更新时间： 本周停播4月27日恢复播出
酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……
在现场目击黑衣男子犯罪的新一遭袭击昏迷，并被强灌不知名的药。这是尚未研制成功的神秘毒药，导致新一身体神奇般的变小了，求助邻居阿笠博士，阿笠博士又将他委托给了－－担心新一是否回家而过来询问的小兰照顾。也因此，他帮助兰的父亲：毛利小五郎顺利的侦破了他半年来的第一件工作——"董事长千金绑架事件"。
阿笠博士发明了可以任意变换声音的蝴蝶领结变声器交给柯南。小五郎也接到了自己所崇拜的偶像歌星冲野洋子的委托，对近期发生在自己身边的骚扰事件进行调查。但是，却意外地发现洋子所住的房间里躺着一具死尸……
柯南、步美、元太、光彦一行人去参观东都美术管的世界宝物展。元太在美术馆前面，捡到一张画着暗号的地图，大家一致认为那是张藏宝图，经过柯南的推理及一波三折的寻找后，终于找到了金币的藏匿点。但是，此时意大利的强盗集团也出现了，称那些金币属于他们，柯南他们也因此陷入了危机……
小五郎去京都准备参加朋友的婚礼。在新干线列车内柯南窃听了黑衣男子的对话、听见与他们将放有设定炸弹的箱子交给了与他们交易的人，并将在那个人不知情的情况下会引爆炸！这会是一班驶向地狱的列车吗？
"一年一度的情人节又到了，小兰接到同学铃木园子的邀请参加情人节的宴会，没想到又遇到了杀人事件，在柯南的推理之下，找出了真正的凶手，而小兰所准备的巧克力并没有送出去，因为那是为新一所准备的。 "
"小川医生这两年来不断收到未署名的钱和玩具，实在是不知道来历，所以前往毛利侦探事务所求助。在柯南的推理之下，于千钧一发之际成功解救了小川医生的孩子。但是，小兰却开始怀疑起柯南的真实身份了…… "
"城中美术馆冒出中世纪盔甲会自己走路的传闻，引起了小兰浓厚的兴趣，打算一探究竟，没想到却意外地发现美术馆在一周后即将关闭，更加意外的是，未来的美术馆所有者竟然被杀了，又是一桩扑朔迷离的杀人事件…… "
毛利一行人前往埼玉县观赏天下第一夜祭活动，突然有一名自称世井的作家，请小兰替他拍照，而他正是四十几分钟前，一桩枪杀案的嫌疑犯。但是他却拥有完美的不在场证明的照片，这是怎么一回事呢？
一天，一个自称是新一女朋友的女孩量子前往毛利侦探事务所，此举引起了小兰极大的反感。其实量子是因为受委托看护的著名足球选手赤木英雄的弟弟：赤木守被绑架，但是又迫于绑匪的压力，不敢惊动警察，才出此下策的……
奇妙的委托函送到小五郎处。委托人声称为“月影岛的麻生圭二”的人物。但是当小五郎等到月影岛去查看时，得知麻生圭二其人是已于12年前死去的钢琴家。他们为了详细调查当时的关系人到公馆里问话，但那里却有数位岛上的资产家被杀。而且，还是在麻生圭二至死时所弹的“月光”的音乐声中……恐怖、悠扬的钢琴乐声在月影岛上响起，神秘的复仇行动就此展开！
奇妙的委托函送到小五郎处。委托人声称为“月影岛的麻生圭二”的人物。但是当小五郎等到月影岛去查看时，得知麻生圭二其人是已于12年前死去的钢琴家。他们为了详细调查当时的关系人到公馆里问话，但那里却有数位岛上的资产家被杀。而且，还是在麻生圭二至死时所弹的“月光”的音乐声中……恐怖、悠扬的钢琴乐声在月影岛上响起，神秘的复仇行动就此展开！
柯南和步美他们一起玩捉迷藏的游戏，步美躲在一辆车的后车厢中，没想到竟然睡着，元太一直都找不到步美，最后柯南终于用无线电和她联络上，但步美却在车的后备箱中发现了一个人头，刚好此时有件连续绑架少女杀人事件，柯南怀疑那辆车的两个男人，就是那个事件的歹徒……
报纸刊出有关十亿元的抢劫事件之后不久，毛利侦探事务所来了一位自称广田雅美的女学生，请求寻找她的父亲广田健三。当毛利找到这位父亲后，隔天却发现广田健三死了，这到底是怎么一回事？与此同时还有另外一位高大男人，也请求另一名戴墨镜的侦探，寻找广田健三，但是，他们所说的背景却都不一样，两者之间有什么联系吗？
柯南和步美他们一起在河边玩耍，结果目击到一件狙击事件：有人用来复枪射击湖面模型快艇带动的气球。当柯南到达对岸废弃楼房的楼顶时，却捡到了一个记录有一连串神秘数字的计算器……
少年侦探团为了要寻找一只猫，而无意中闯进一幢公馆中，结果却在浴室中发现一具尸体，他们立刻通知警方，可是，警方到达现场后，尸体却神秘失踪了……
毛利小五郎受古董收藏家丸传次郎之托，调查他太太丸稻子是否有外遇。结果遇到传次郎有客人来拜访，但是，两三个小时过去了，仍然不见传次郎的踪影……
少年侦探团到商场看假面超人秀。在回去的路上，元太为了拿回忘在商场里的假面超人签名，被关在了已经打烊的店里。谁知人潮已散去，外表看似寂静的百货公司实际上却一点也不安静。戴著面具的人偶挟持了警卫和工作人员，看似单纯的强盗事件，幕後竟还有共犯，遇上了强盗集团的少年侦探团正陷入极度的危险之中……
柯南和小兰一起去参加初中老师的婚礼，没想到婚礼还没有开始，老师就被人蓄意下毒而生命垂危。松元老师有一个习惯，就是非常喜欢喝柠檬茶，因为那是她小时候的初恋情人，最常拿给她喝的饮料。在柯南的推理下，最后终于让凶手现出原形，但是却也道出了一段令人心酸的往事……
步美某日经过传说中的鬼屋，而且还看到屋内有鬼火，于是了到鬼屋探险的念头，便和柯南、光彦还有元太一起出动。这个传说中的鬼屋，因为屋主被杀后，其它的家人就突然间不知去向，于是许多闹鬼的传说就此传开……
毛利小五郎担任某一侦探连续剧的顾问，由于剧情需要一行人前往米花神社拍外景。可是摄影助手安西却利用偷拍照片私下对工作人员进行要挟，令大家很反感，可是，深夜他竟然被人杀死在米花神社了。
毛利三人因阴错阳差搭上了旗本家族包下的豪华客轮离开度假的荒岛。船上除了毛利三人外，就是旗本一家人以及一位管家共十人。晚餐时，旗本家的豪藏老爷却在自己的房间中被人杀害了，大家怀疑是入赘的次孙女婿武因报家仇而杀人，并将其软禁；接着入赘的长孙婿：龙男也被人残忍地杀死在船甲板上，而被囚禁的武却不知所踪……
然而航行中却发生了连续杀人案件，凶手就在船上，但是船上的人竟全是同一家族，什么原因引发杀机，是世代恩仇或是庞大财产的诱惑？旗本一家人开始互相猜忌，攻击指责家人的种种隐私，但就在这时，长孙一郎也在洗手间内遭到凶手的袭击，遇刺受伤了……在这艘豪华游船上，暴露了世代恩怨与庞大家族财产交织出的人性最黑暗的一面！
小五郎以前逮捕的嫌疑犯从看守所里逃狱了。犯人会狙杀小五郎吗？小兰和柯南为此特意保护小五郎。这时他们遇上了一位失忆的女子。
小兰的同学被绑架了。犯人要求5亿元的赎金，而被绑架的直子的父亲却出不了这么多钱。这时直子被绑架时所乘的车子被发现沉在了海里。
跟新一从小就很熟的狗约翰在主人坂口不在时咬死了人。柯南开始推理约翰为何会咬死人……经过调查……柯南发现这原来是一个利用狗来做杀人工具的阴险杀人事件。
小五郎带着兰和柯南去参加大学同学会。他们约好去看烟花大会，在中途回到旅馆时，小五郎的同学已经头部中枪死亡了。死去的是同在旅馆参加同学会的由美。
乍看之下像是自杀，但小五郎和柯南发现可能是他杀而重新推理。小五郎誓称要找出凶手！欢乐的聚会中，暗藏杀机，情爱的纠葛造成终生的悔恨……
大木田社长在睡眠之中心脏病发死亡。因为头一天小五郎送过大木田名片，于是他带着小兰、柯南去了大木田家。
巽氏律师雇用毛利侦探来调查妻子的外遇，整个事件展开调查时，却传来巽氏律师妻子遭人杀害的消息。可疑的巽氏律师有充分不在场证明，整个案件貌似陷入胶著状态。但是柯南却发现，这件看似天衣无缝的完美杀人事件中，留下足以致命的破绽－－案件发生时巽氏正和小五郎等人会面，而巽氏妻子外遇的对象却在那前后到过巽氏家。
毛利小五郎被电视台邀请为嘉宾，参与制作现场直播的侦探节目。当节目播完后，却发现这家电视台的制作人——诹访道彦离奇死亡，而嫌疑最大的人就是节目的主播松尾贵史。但是录制节目的场地在9楼，死亡地点在4楼，松尾贵史在录制节目期间只离开了4分钟，他究竟是怎样做到的呢？柯南开始了他的侦察……
兰谎称与新一约会出门去了。柯南为此特意跟踪兰到了咖啡厅。正当他在猜想和兰约会的人是谁时，又一个杀人事件发生了……而与柯南“并肩作战”的竟是兰的母亲——妃英理。
博士送给少年侦探团一张藏宝图，侦探团开始寻宝。在山中探险时遇到了可疑的2人组。侦探团越过重重阻碍，终于在那2人之前找到了这个神秘的宝藏……
到园子家别墅玩的小兰和柯南在别墅前见到一个包着绷带的恐怖人物。在别墅里聚会的是园子的姐姐绫子大学里的小组同伴们。
此后一连串的杀人事件陆续发生，园子的姐姐绫子大学里的小组同伴们中的知佳子被杀了，小兰也遭到了袭击！所有对外联络管道也全遭破坏，柯南一行人如何脱离险境……风光明媚的度假别墅，暗藏危险的复仇计划！绷带男子究竟是什么人？
步美去牙医泽木叶子那里拔牙。晚上七点半时发生了杀人事件。第一发现者是给步美治牙的医生。虽然调查发现这位牙医有动机，但步美却成了她不在场的证明……
有位名叫冈谷纪子的女子来拜访小五郎的事务所。她委托小五郎寻找她在旅行时遇到的北川先生，并且带来了画像。看到画像的柯南产生了疑问，于是到冈谷家进行调查。
小五郎受托跟踪某个男子。次日从新闻中听到，所跟踪的男子被火烧死了。调查发现，委托跟踪的人和被害者是相识二十多年的老友，他们之间有一个关于5亿元保险金的赌。数十年朋友的情谊，终抵不过巨额金钱的诱惑……
四井集团会长为独生女丽花办生日派对，场地在郊外的豪华别墅，毛利以贵宾身份，带柯南、小兰一同出席。小五郎、小兰和柯南参加完派对要回去时，客人们的几辆汽车突然爆炸了。因此小五郎等人和会长千金一起留在别墅里。
此后，丽花不见了，然后又发现了二阶堂被溺死的尸体。小五郎和柯南发现了失踪了的丽花的溺死的尸体。这时，小兰又遭到了袭击。凶手是谁？究竟是用何种手法连续犯案的？生命转动轮回的序曲，善因恶果终将降临……
小五郎长去的一家饮食店老板的儿子参加了棒球比赛。小五郎、小兰、柯南去给他加油。这时，修好学园地区大赛的优胜锦旗不知被什么人割裂了，校长说要退出比赛，小五郎能否找出犯人？
园子获得可以和超人气组合REX一起唱卡拉OK 的机会。小兰和柯南也受邀一同前去，但卡拉OK唱完后，REX的主唱木村达也却被毒死了。
一位自称柯南母亲的妇人，到侦探事务所要带柯南回家，但她不是柯南的妈妈！是带假面的黑衣男子的同伙吗？柯南虽然知道是骗局，又碍於毛利和小兰而不敢揭穿，只好随着妇人离去。在无意中偷听到这对神秘男女的不法勾当和手上握有恢复柯南原形的解药……若隐若现的神秘解药，柯南展开冒险侦察行动!
因为恰好路过的小小五郎帮助了车子坏掉的崛田重工的社长崛田氏，他们被招待去崛田的别墅。然后，去查看突然的爆炸声的崛田死去了。
吃完饭要回家的小五郎因为车子被撞坏了，便打手机给司机泉武雄。没想到接电话的却是目暮警部。泉和小小五郎被叫到现场，看到一位已经死去的女性……
小兰一行人去滑雪。因为他们不小心丢了租的别墅的钥匙，便到外科教授大山将的别墅借宿。因为在房间看电视的大山教授一直没有回来，众人去看时，大山教授已经被残忍的杀害了……
柯南等被选中成为运动俱乐部的嘉宾客人。当晚他们接到目暮警部录在的答录机里的电话，因此前往运动俱乐部免费娱乐。其间柯南目睹了西条直也与成濑、木岛以及俱乐部主席佐伯丽子的争执。当晚，西条就被杀害了，凶手到底是谁？柯南在目击证人画下的西条的最后一跳中发现了破绽……
突然有个叫服部平次的关西人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。当大家到达委托人家时，主人达村外交官已经死了。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理。柯南因为重感冒倒下了。
服部平次用推理逼出凶手。虽然连凶手自己也承认了，但突然有声音说：“不对，凶手不是他！”——说这话的人竟然是新一！新一指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手。可是，在这之后，工藤新一又一次消失了……
少年侦探团到米花图书馆看书，正好遇到来搜查失踪的馆员玉田的目暮警部。在馆内没有搜到玉田，少年侦探团夜里偷偷潜入寻找玉田，结果却发现了玉田的尸体。充满诡谲的图书馆中到底隐藏什麼秘密？正当他们无意中发现图书馆馆长的阴谋，准备揭发其罪行时竟遭到追杀……这会是江户川柯南的最后一个案件吗？
小五郎被冲野洋子推荐参加高尔夫球比赛。为此小五郎特地一大早到高尔夫球场练习。练习中突然有爆炸声，有一个一直在旁边练球的公司职员被炸死了。
柯南、小兰与毛利小五郎一起去赏樱花，却因故借宿在一间寺庙里。寂静的寺庙中，传说有妖怪--雾天狗出没。果然，庙寺的住持，隔天被发现吊死于房中，由于死亡的方式非一般凶手所能做到，更使整个案情陷入迷雾。和尚的死法简直就像被雾天狗杀死一样，对自杀的观点保有怀疑态度的柯南，准备迎接这个天大诡计的挑战……古老的传说加上鬼怪悬疑的寺庙，其中到底有何不为人知的秘密……
柯南、小兰与毛利小五郎一起去赏樱花，却因故借宿在一间寺庙里。寂静的寺庙中，传说有妖怪--雾天狗出没。果然，庙寺的住持，隔天被发现吊死于房中，由于死亡的方式非一般凶手所能做到，更使整个案情陷入迷雾。和尚的死法简直就像被雾天狗杀死一样，对自杀的观点保有怀疑态度的柯南，准备迎接这个天大诡计的挑战……古老的传说加上鬼怪悬疑的寺庙，其中到底有何不为人知的秘密……
柯南与小兰、小五郎在悠闲散步时听到了惨叫声，赶去声音传来的公寓看时，却发现井本氏已经在阳台上死了……
满天堂公司制作了“毛利小五郎 推理之馆”的游戏并由小五郎监制，同时邀请参加在米花饭店召开的新作发表会。热闹的会场突然发生爆炸，并且有人当场遇害，柯南亲眼目睹爆炸过程，且无意间发现追查已久的黑衣组织成员也涉案其中。满目疮痍的会场，烟雾弥漫，柯南能拨开迷雾查出真相吗？
小五郎等人参加完温泉旅行乘电车回来时，旁边坐席上正好是住在同一饭店的医生团体游客中的两人。等待换乘电车的一端时间里，其他车厢里有个男人被杀了。
清洁公司的董事藤井被杀了。正好在现场附近的柯南等赶去查看。小五郎和目暮警部也一同在调查清洁公司。凶手杀人的手法到底是什么？
柯南入选福尔摩斯迷聚会，同小五郎、小兰一同前去。到了旅馆却发现参加者中还有服部平次。第二天，策划聚会的金谷连车坠入海中。紧接着参加者大木也被杀害了！
紧接着参加者大木也被杀害了！旅馆又出现了牺牲者！柯南等开始推理。看到正在推理的柯南，平次怀疑他是否真的就是新一。柯南的真实身份是否会穿帮？凶手究竟是谁？
米花町举行了“首次跑腿”大赛。少年侦探团作为记录者也参与其中，任务是追随步美家附近的阿宏。阿宏不知被什么人狙击，然后就失踪了。
画家花冈要出画集了。因为打算在卷末登载与小五郎的对谈，于是请小五郎来到他的设计事务所。花冈终于到来时，对面公寓住的蝶野小姐从公寓楼上坠楼身亡了。
7年前因载运黄金遇暴风雨而沉没的龙神号出现在了敷岛的海面上。小五郎等人因为被邀请演讲而到了敷岛，并接受村长委托寻找龙神号，却在演讲会场上遭到了狙击，当晚再次受到狙击而追击犯人的小五郎却被当成了杀死滨田的凶手……
小五郎杀害灯台职员滨田的嫌疑被柯南洗脱了。柯南到了一个岛上的人都不接近的水军洞窟，跟岛上的一个女孩子一同进入时，发现里面有具男人的尸体！
少年侦探团跟阿笠博士一起去电影“哥梅拉”的拍摄现场，由博士的朋友带着参观。这时，哥梅拉的演员被刀刺伤，电影制作人被哥梅拉杀死，柯南看透了案件的真相……
大叔被叫去前辈寺冈警部家中。他们在庭院中享受烧烤时，寺冈的手机响了，对方声称杀了集团的干部。寺冈要劝其自首，小五郎也一同前去。可是当小五郎到达时，却发现对方已死亡，据寺冈所说那人是死于意外……真的是这样吗？这起看似意外的死亡事件，背后实际隐藏着丑陋的内幕！
小五郎等人到饭店吃饭。柯南发现一个可疑的男人，那个男人说是儿子被绑架而身怀赎金。柯南等为了探听详细的情况尾随那个男人到了他家，后来又接到了奇怪的暗号……
小五郎等到外面的店吃完饭时，遇到了大学时代的同学。因为有事商量，他们一同到了大村的公寓。在屋里喝茶说话时，窗户玻璃突然碎了，楼下的马路上有个男人倒地身亡。
大叔的师傅突然出现在事务所。有剧团因为被恐吓而委托小五郎去查看，兰和柯南也一起去了。舞台表演中，女主角演员大出被杀害了……
小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆参加推理之旅。活动规定，如果能够找出推理之旅的主办人就可以免费住宿，并可获得一个包含某种病毒程序的磁盘。不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推了下去！
不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推下去！小五郎等人去参加伊豆推理之旅。当晚，带着假面的江原从饭店楼上坠楼！警察认为是意外死亡。这真的只是意外吗？而后有个暗夜公爵打扮的人出现在柯南面前。
警察认为是事故死亡。而后有个暗夜公爵打扮的人出现在柯南面前。然后，兰怀疑扮成暗夜公爵的人是前田，想起了新一以前说过的话。柯南推理出杀害江原的凶手就在这次参加推理之旅的客人之中！究竟是谁？？？
小五郎在散步的途中，听到惨叫而赶过去看，一个男人痛苦死亡。后来得知那个男人在纠缠死亡现场附近的一位女子……
园子邀柯南与小兰至家中别墅度假，富泽财阀的别墅也建在旁边，园子和富泽家的三公子订有婚约。当晚，发生停电，而向外看时，正好目击到富泽的父亲被杀害的现场，小兰亲眼目睹了凶手的面貌，但嫌犯竟是死者的儿子，且三人长得一模一样……
柯南、小兰与少年侦探团成员一起至海边游玩，无意间遇到一对男女朋友，由于其男友的行径古怪，令人感到怀疑；观察力敏锐的柯南，看出一起谋杀计划正悄悄的进行，到底谁是凶手预定杀害的目标，少年侦探团亦被卷入谋杀案中……
小五郎一行人去观看了电影《死神阵内》。出演死神阵内的南条隼人接到了要来取他性命的预告函。小五郎接受其妻委托到事务所保护南条……
小五郎打麻将三缺一，打算叫喜欢麻将的肥田出来。可左等右等肥田都没出现，因此决定到肥田的金融公司去看个究竟。当他们到达肥田的住所时却发现肥田已经死亡……
铃木家收到了怪盗基德发出的要来偷取将在米花博物馆展出的黑珍珠的预告函，并且还发出时间、地点、通知函，行径非常嚣张。企业集团董事长感到非常慌张而拜托毛利小五郎侦查此案，宝物在警方重重戒备保护之下，怪盗要如何避开警方的封锁，下手盗取宝物？柯南解读了预告函向怪盗基德的现身地冲去。其后，基德又发出一封要在游艇宴会上偷取黑珍珠的预告函……一场名侦探VS怪盗的好戏即将展开……
铃木家收到了怪盗基德发出的要来偷取将在米花博物馆展出的黑珍珠的预告函，并且还发出时间、地点、通知函，行径非常嚣张。企业集团董事长感到非常慌张而拜托毛利小五郎侦查此案，宝物在警方重重戒备保护之下，怪盗要如何避开警方的封锁，下手盗取宝物？柯南解读了预告函向怪盗基德的现身地冲去。其后，基德又发出一封要在游艇宴会上偷取黑珍珠的预告函……一场名侦探VS怪盗的好戏即将展开……
小五郎接受了长门集团会长长门道三寻找初恋情人的委托，来到长门家。正好遇上会长老朋友服部平藏也在那里。在会长寿辰上，其子秀臣和日向幸订下婚约。
受小五郎之托，柯南、小兰和园子来到银行。抢匪冲进了银行，并向银行职员开了枪……
少年侦探团把一名丧失记忆的画家送进了医院。其后，少年侦探团在空地上玩耍时却发现了那名画家的尸体……
高山南和永野椎菜的演唱组合「TWO-MIX」开现场演唱会的那天，在演唱会场的武道馆玩的少年侦探团遇到了人气偶像高山难，那时就在柯南他们的面前，高山南被绑架了……
柯南假扮步美追踪到了犯人所在的仓库，发现歹徒所要求交赎的物品中有一张神秘的乐谱，乐谱中的歌词竟然牵扯到一件杀人灭口的阴谋，而少年侦探团的其他成员却被另一名犯人抓住，在这危机时刻，犯人掏出了手枪……
因为脚骨折而住进医院的小五郎夜夜目击了一个杀人现场。但是因为没有发生杀人事件，小五郎的目击被当作幻觉。终于有一个晚上，杀人事件发生了……
园子、小兰和柯南一同上山滑雪度假，恰巧在别墅中遇到以前帝丹小学的班主任老师一起在别墅里过夜。入夜后的山上风雨交加，交通困难，别墅中园子和老师却遭到凶手连续的攻击，而且，在玄关的外面发现了遗体。
正当柯南进行调查时，又发生了谋杀案，有下田先生在内的几个人被杀害了。凶手的杀人计划似乎继续进行着，手写的MI NA KO的字样，犯人仍然在别墅里。别墅中所有的人正陷入极端的危险之中，小兰阻止了犯人……
在光彦的窃听器上听到了一段听上去像是绑架事件的对话。于是少年侦探团马上根据窃听器开始寻找犯人的所在……
小五郎他们为了看丹顶鹤去了北海道。在看丹顶鹤认识了町田修造，住到了他家。他的家里人为了遗产分配而争吵，然后町田被杀害了……
柯南与毛利小五郎等人受名小说家虎昌先生委托调查其妻子的外遇事件，小五郎去了被称为吸血鬼山庄的虎昌家。小五郎在那里留宿，不料在书房发生了密室杀人事件，虎昌先生突然惨遭杀害。由于凶案现场外积雪已深，却未留下任何脚印，使得案情疑云重重。
通向书房的走廊是不可能通过的，因为有人走过的话柯南他们一定会知道。而且因为雪已经停了，也没有脚印。犯人是怎样到书房的呢？在大家都将凶嫌箭头指向搞外遇的妻子和情夫时，柯南却看出破绽，一桩多年前的恩怨，埋下了愤恨的杀机……
冈野利香的世界艺术大奖的获奖庆贺Party上小五郎也在被邀请之列。在那几天前，冈野利香曾收到恐吓信，结果在那里发生了杀人事件……
小五郎因为腿骨折住进了医院。隔壁病床来探望父亲的儿子关根行动很可疑。柯南推理出了关根是因为女儿被绑架遭到了胁迫。同房间的另一个人的真实面目又是什么呢？
潮文造雇用职业杀手——银狐来暗杀自己，以提高知名度，事后却发现自己已经身患癌症。于是千方百计托人寻找银狐希望能够取消暗杀计划，可是却一直无法联络上银狐。潮氏委托小五郎保护，并抓到银狐。然后第二天，柯南他们就陪同潮一起去登山。平井被杀害了。
潮氏拜托毛利小五郎出面并设计一次爬山活动，希望能抓到银狐。毛利一行人于是参加这次恐怖的爬山行动，结果竟然有人惨遭杀害，但死者却不是潮文造。小五郎也遭到袭击，三枝也被杀了。背包里留下了一捆钱！柯南开始推理这个不可思议的时间。银狐的真面目到底是谁呢……
柯南与毛利侦探一行人至山上滑雪，意外遇上电影女明星明子和洋子，而偕伴同行。途中竟碰上传说中的雪女，所有的人均惊讶万分。此时女明星明子竟留下遗书自杀身亡，令人百思不得其解。而整个案子正将以自杀结案时，柯南却看出破绽，一件故布疑阵的杀人事件之事实真相缓缓浮现……
小五郎和多年不见的老朋友一起出去喝酒，回家的途中遇上了在事务所楼下咖啡厅见过几次面的岛村佐知子。之后佐知子邀请小五郎一起去兜风。当他们来到佐知子的住所时，却发现她的室友竹中和美被杀了，佐知子因为和小五郎去兜风所以有了不在场证明……
魔术师九十九元康的妻子来到了小五郎的事务所。她觉得1个星期前被认为是自杀的丈夫是不可能自杀的，希望小五郎尽快调查现场………柯南在那里看到了有暗号的memo和被牌遮住的电话推理出了真正的犯人。兰在看到以前的影集时发现柯南和新一小时后一模一样。相信柯南就是新一所以把柯南带到了新一家门口！
魔术师九十九元康的妻子来到了小五郎的事务所。她觉得1个星期前被认为是自杀的丈夫是不可能自杀的，希望小五郎尽快调查现场………柯南在那里看到了有暗号的memo和被牌遮住的电话推理出了真正的犯人。兰在看到以前的影集时发现柯南和新一小时后一模一样。相信柯南就是新一所以把柯南带到了新一家门口！
相信柯南就是新一所以把柯南带到了新一家门口！正在这个时候有希子回来了。次日柯南和有希子一起去了有希子的同学薮内家，薮内家正在为了遗产而起纷争。这次解决案件的却是……
相信柯南就是新一所以把柯南带到了新一家门口！正在这个时候有希子回来了。次日柯南和有希子一起去了有希子的同学薮内家，薮内家正在为了遗产而起纷争。这次解决案件的却是……
收到市川产业的会长的委托而且参加了在会长家开的party的小五郎他们，为了确定公司的继承人调查了会长的女儿们。这个时候会长倒下死了……而且是因为一直以来的心脏病突发而死的……真的是这样吗？
小五郎他们接到了陶艺家的菊右卫门说“到我家来一次”的电话， 为了让小五郎看他的新作“风水丸”，土屋益子（菊右卫门的儿媳）去仓库拿的时候不小心打破了。第二天早上，从仓库里传出了陶器的破碎声，大家跑过去的时候发现土屋上吊死了。
土屋益子虽然被认为是因为打破了“风水丸”而自尽的，柯南在看到现场的血迹时觉得奇怪，于是开始推理出犯人。凶手究竟是用什么手法杀人的呢？
去新一家大扫除的兰和园子和柯南。在那里碰到了来找新一的中学时代的学姐内田麻美。因为召开推理研究会，所以连小五郎都被邀请了。那天晚上别墅发生火灾，而别墅中只留下了麻美学姐一个人。
小兰把麻美学姐从火灾的别墅里救了出来，这是自杀吗？柯南在火场中发现可疑的证据，推敲这应该是一件蓄意纵火案。随后麻美从医院里消失了，麻美学姐是新一的初恋吗？园子和小兰开始介意了……
古装片的演员土方邀请小五郎他们到自己的家中，想请教做侦探的心得。不料就在他们走到阳台上时土方的妻子从冲田的房间里倒地死亡了。
在走到阳台上的时候隔壁的冲田的房间里电话响了，然后一个人从冲田的房间里倒了出来。竟然是土方的妻子！已经被勒死了。由于土方的妻子被发现是在冲田的房间里被勒死，遂认为是冲田杀害的，但柯南察觉到土方在电梯中的奇怪行为，于是向楼上走去，竟然发现了跟土方的房间一模一样的房间……
小五郎收到了一封由【中村操】寄来的信，说是作为遗产得到的房子里发生了奇怪的事情。例如一起在同一时刻11点鸣叫的电子钟、还有固定在桌子上的镜子等等。还有那个有斑鸠跳出来的钟是不祥之物吗？那个斑鸠钟里出来了三个小鬼。
1点10分，斑鸠钟里出来了三个小魔鬼雕像。柯南在这个房子找到了更多各种各样的隐藏着谜团的装饰。到了上午11点时，这个别墅里所有的时钟同时一起响起，出现了一连串不寻常的现象，而且在房顶的里面的房间里发现一个“生物”……而柯南发现纹时郎先生就是当年窃盗集团的老大……
小五郎他们被邀请参加颁奖仪式。认识了摄像师柳濑和记者中井。那天晚上接到了中井的电话，说到有人要杀他的时候电话突然断了。柯南他们赶过去的时候发现中井的家发生了火灾，而且中井从窗户里掉了出来！
柯南和元太一行四人因为到建筑工地里打棒球意外的认识了情绪阴晴不定的绵贯先生，而他牵扯到一桩杀人埋尸案。死者的哥哥幸田先生为了找到妹妹的尸体无所不用其极。幸田来到了小五郎的事务所请求调查妹妹的失踪。他妹妹自从晚上去了棉贯家就再也没回来。小五郎认为由于毫无证据在法律上很难成立。
原来幸田把从宝石店里偷来的宝石分散埋在了绵贯家的院子里。所以谎称妹妹的尸体埋在那里，让警察挖掘院子找出宝石。但警察挖掘后并没有发现尸体。于是侦探团开始了重新调查。幸田的计划能成功吗？柯南能适时揭发杀人埋尸案的真相，并找出尸体的下落吗？
步美被车撞了后那辆车逃跑了，柯南们在追踪那辆车的时候感觉那辆车的样子很可疑。之后犯人去自首了，但是在附近发生了杀人事件。据警方调查，那辆车的司机是被害者的公司的以前的职员……
园子因有事无法去上法国料理课，于是拜托兰去学习。同时把小五郎和柯南也带去了。不料在学习料理时突然停电了。就在再度打开电源时却发现料理的老师背后被像针一样的东西刺了一下，发了心脏病，倒地不支……
料理老师被送到医院后不治死亡了，因成了杀人案件于是报了警。经调查，发现凶器是直径1毫米以下的细针，刺进被害人背部，穿过肺部，导致其呼吸困难而死亡。柯南最终了解了犯人在黑暗中如何能刺进被害人的背后，且凶器又藏在哪里的作案手法。
柯南上学的小学里有人体模特儿在跑步等等的恐怖的留言。步美也看到了奇怪的人影。少年侦探团在夜里潜入了学校了，查清了奇怪的人影的真实身份……
因小五郎迷路，柯南和兰在有白色海滩的镇上过夜，没想到在海里发现了淹死了的女性尸体。小五郎觉得验尸的医生很可疑，但医生当时正和小五郎在一起，拥有完美的不在场证明。
兰突然撮合父母去伊豆游玩，但是样子很奇怪。原来是安排了英理和小五郎的见面。一行人在当地认识了一群来潜水的大学生，其中一人在海里溺水了，而一起去营救那人的小兰在溺水的地方发现了海蛇。
被海蛇咬到的贵和子伤势很严重被送到了医院。看上去像是不小心被海蛇咬到导致溺水的意外事故，但是柯南推理这是一起故意杀人事件。另一方面，小五郎非常认真地和英理说“等一下我有话和你说”。
名推理小说家的女儿委托毛利小五郎帮忙她寻找自己以失踪了2个月的父母亲，由于突然失去音讯，也未接获任何勒索电话，更奇怪的是柯南他们在出版社里却看到连载中的小说的原稿依然能按时地传真过来，使得案件更加扑朔离奇。
原来原稿里藏着暗号，在柯南和服部平次对小说内容的暗号仔细推敲之后，竟发现作者在文字之中透露出自己被监禁的地点。柯南解开了谜团后又把麻醉针射向了小五郎……
服部平次邀请柯南与毛利和小兰至大阪参观，一行人在旅行途中遇上一件离奇坠楼死亡事件。在柯南与平次对案情细心的推敲下，竟发现此案与另外两件杀人案件有密切关连。在整个案情指向一位女关系人时，她却惨遭灭口，案情越趋险恶、复杂……
服部平次邀请柯南与毛利和小兰至大阪参观，一行人在旅行途中遇上一件离奇坠楼死亡事件。在柯南与平次对案情细心的推敲下，竟发现此案与另外两件杀人案件有密切关连。在整个案情指向一位女关系人时，她却惨遭灭口，案情越趋险恶、复杂……
小五郎、兰和少年侦探团参加了一群热爱假面超人的大学生们举办的化妆聚会。在聚会的地方小五郎他们的面前，突然出现了一个男子开了枪，随后那个男子也举枪自尽了……
小五郎被山崎社长邀请去拍摄宣传广告。在吃饭喝酒的时候听到玻璃破碎的声音，跑过去看的时候发现社长从窗户里掉出来摔到悬崖下死了，房间竟然是密室状态！死因真的是因被大量蜜蜂追赶而不慎掉入山谷的吗？
柯南他们去看冲野洋子的现场演唱会的时候小五郎把票子弄丢了。在饭店里认识的女子说愿意出让多余的票子，但是想借用毛利的车去接妹妹。回到家里的时候妹妹在密封的浴室里自杀了……
警察认为这是密室自杀。另一方面柯南确信凶手就是姐姐。总觉得有什么不对的柯南，在看到门上的血迹以后找到了姐姐就是凶手的证据……
少年侦探团听了毛利侦探事务所的电话留言后，因为小五郎不在，所以他们自己去了日売电视台的天气预报小姐那里。发现那位天气预报小姐被绑架了，柯南从寻呼机上的信息找到了线索，于是开始着手调查。
受邀请到岩之风房间参加优胜庆祝会的小五郎他们，受石本的委托调查恐吓信的事情。当众议院的高田站到聚光灯下时，子弹擦过了石本射中了高田。
保护石本的小五郎接到报告说发现了可疑男子的尸体。小五郎和目暮警官去询问石本。柯南也为了发现真正的凶手溜进了石本的公司。
小兰的班级转来了伊东玉之助。小兰、园子和少年侦探团去参观后台的时候却在排练的时候发生了杀人事件。
柯南和小惠晚上追踪离开旅馆的玉之助，进入剧场一看玉之助倒在那里，荻原却因为高处坠落摔死了。
小五郎他们去银行，柯南看到了抢劫运钞车的强盗，强盗逃走了。然后，在河边发现了逃走的车子。有疑问的柯南去了银行职员广田雅美的家。
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影………那个组织的真面目到底是？然后，博士和会员和柯南去广田教授家拿软盘，可是……
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影………那个组织的真面目到底是？然后，博士和会员和柯南去广田教授家拿软盘，可是……
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影………那个组织的真面目到底是？然后，博士和会员和柯南去广田教授家拿软盘，可是……
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影………那个组织的真面目到底是？然后，博士和会员和柯南去广田教授家拿软盘，可是……
少年侦探团们去国立体育场看足球比赛。转播足球赛的日卖电视台受到了不知道是什么人打来的恐吓电话，勒索钱财。体育场的所有观众都被当成了人质。
警察们拼命的想早一刻找到犯人，但是没有发现。少年侦探团也参加了调查可疑人物。柯南在看直播的录像时觉得有什么不对的地方，找到了犯人所在的地方。
园子为了和网上认识的魔术爱好者联盟的人见面，和小兰一起出去了。小五郎和柯南送走了小兰，但是在车上的收音机里听到魔术爱好者联盟的头领被杀害的新闻，柯南回到了小兰的身边。
旅馆里被杀害的浜野的尸体旁边没有足迹。然后在和一个叫影法师的人聊天时，他却说“那个魔术师的死都是因为你们”……
浜野的尸体边上没有留下足迹，但是柯南发现了红酒的塞子后识破了凶手的诡计。然后正当要揭穿另一个人的真面目的时候……
步美在经过妈妈常去的绿美容院门口时，绿和美香正在争吵。美香邀请步美他们到自己的家来说可以帮他们理发。第二天到了美香的公寓的时候……
博士和少年侦探团去露营的时候看到了一座城堡，被招待入内。这座城堡据说是老主人留下的，有很多谜。柯南对于房间的隔断发生了怀疑，消失在墙壁中间……
博士和少年侦探团去露营的时候看到了一座城堡，被招待入内。这座城堡据说是老主人留下的，有很多谜。柯南对于房间的隔断发生了怀疑，消失在墙壁中间……
少年侦探团去看大怪兽歌美拉的电影。因为那个电影院已经决定关闭了，所以没什么客人。看电影的时候发现画面上有影子，回头看的时候有个男子上吊死了，而尸体在摇晃。
因为看电影的人很少，所以没有可疑人物。上吊的张田被认为是自杀。但是柯南试用某个东西和博士一起说明了杀人的手法。
因为感冒一个人留在家里的步美家来了强盗。因为感冒无法出声的步美连电话也不能打，想用侦探徽章告诉柯南他们但是没有成功，被强盗发现了。
平次的妈妈的同学，森园家的儿子的结婚仪式上，平次和和叶出席。到了东京后碰到了柯南他们，偶然遇到的森园家的管家也邀请了柯南他们。
然后发生了杀人事件。森园家的管家被杀害了。是密室杀人。柯南和平次认为来寻找杀人凶器的人就是凶手。那天晚上，住在森园家的柯南和平次采取了某个行动。
柯南、小兰和园子去长野观测天象。碰到了东都大学的研究生。半夜在观测天象的时候，有一个研究生从观测地点摔了下来……
小五郎收到了以前认识的旗本夏江寄来的北斗星号的票子和信，邀请他们去北海道。在北斗星号的列车上发生了杀人事件，柯南总觉得在哪里看到过。
乘客中的叫明智文代的女乘客的真实面目是？柯南揭开了列车作案的手法。那么，某个人阻止了犯人的魔手，这俩上野出发的北斗星3号的结局究竟如何？
作为青色古堡的探险事件的参考人，博士和少年侦探团被叫到了警视厅。随后2亿元抢劫事件的受害人东都银行的增尾行长也来了。增尾给在家的妻子打电话时，电话的那头传来了惨叫声。
马上赶到增尾家时发现增尾的妻子已经被杀害了。是被什么人从背后刺中而死亡的增尾的妻子。柯南却从中发现了疑点。然后分析出了杀害的方法。另一方面喜欢佐藤警官的高木警官却想到了其他的事情。
少年侦探团在星期天的早晨，去米花乐园的时候坐了陆上电车。过了一会儿，电车急刹车，乘客的一个人因为急停的关系死亡了。
小五郎带着兰和柯南去日卖乐园。兰对小五郎说只要小五郎蹦极就可以去赌赛艇。但是那个蹦极出事了。
小五郎去以前做过家庭教师的学生的家里。小兰和柯南也一起去。在到了他家附近的时候，学生的妹妹开的车爆炸了，当场死亡。柯南和小五郎开始推力这个突发事件。
惠清楚地记得一个可疑男子的容貌。了解了那个男子和惠的丈夫的关系后，其实死亡的本该是惠。然后明白了事情的真相。
小兰和园子在坐公共汽车的时候，小兰的旁边坐着一个谜一样的老人。醒过来的小兰在确定了和老人碰见的事情不是梦以后，带着柯南一起开始寻找老人的去向。
柯南、小兰和园子去伊豆游玩，但当地却传出有变态男子连续杀害褐色头发女生的事件。就在夜里，园子突然遭到不明男子的袭击，随后在车子里睡着的园子也差点掉到了悬崖下。
一直出现在现场的是一个奇怪的青年男子和长头发的男子。然后犯人用刀指着园子。
小五郎他们被叫到当初小五郎住过的公寓的房东家里。房东说想让小五郎和他的孙子谈谈。去他孙子的房间时敲门没有回答。用备用钥匙打开门后发现孙子已经在密室中死了。
佐藤警官和高木警官在押送嫌疑人的时候被犯人逃走了。好容易追上犯人的时候佐藤警官铐错了手铐，被留在了美术馆的厕所里。高木警官和少年侦探团为了找出真的犯人开始了秘密调查。
就在高木警官和侦探团在搜查犯人的时候，佐藤警官和嫌疑犯所在的美术馆竟要用博士发明的炸药爆破拆除掉，此时距离爆破的时间不到几分钟了……
星期天小五郎他们坐环状线时，遇到了休息天上班的广告公司的职员们。随后发现广告公司里一名早走的职员死在了车厢内……
小兰在抽奖时抽中了伊豆的旅行。和柯南及小五郎一起去了伊豆。去参观五重塔的时候听到了恐怖的传说。第二天，前一天晚上一起吃晚饭的小田在五重塔上被杀害了。
ODA旅行社的社长小田被杀害了。他杀不太可能，但是自杀也有很多的疑点。柯南确信是他杀，最终他从犯人说错的一句话中找出了罪犯。
小五郎他们去一个用船来上菜的餐厅吃饭。隔壁的房间是大学的教授，比较吵。过了一会儿服务员发现房间里的一个大学教授已经被刀刺死了。凶手是在不引起他人注意的情况下犯了案，最终柯南解开了真相……
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，于是小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一一起去洛杉矶时在飞机上发生的杀人事件。那么这就是新一最初的一页……
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，于是小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一一起去洛杉矶时在飞机上发生的杀人事件。那么这就是新一最初的一页……
博士为了让侦探团去寻宝，带大家去了年轻的时候死去的伯父的别墅。为了找到博士藏起来的宝贝，少年侦探团们依靠房间里隐藏的暗号逐渐解开了谜题。
博士准备的玩具被某个人破坏了。柯南开始解开别墅中另外隐藏着的暗号。然后找到了意见隐藏的房间，进去看时……
柯南为了在同学会上表演木偶剧，去雾之丘的旅馆排练。在那里孩子们一个一个消失了。步美和元太也消失了，终于柯南也消失了，只剩下光彦一个人。
平次和和叶在去鸟取县的武田家的途中迷路了。在那里遇到了一样是去武田家的外国人罗伯特。小五郎也因为偶然接到了委托坐车去的时候正好碰到了他们，大家于是一起去了武田家。
到了武田家的时候，一个叫根岸的男子已经死亡，希望他们能找到凶手，当天晚上委托人武田信一也被吊死了。听到了关于蜘蛛神的传说后，小五郎和平次去勘查现场。另一方面找东西的和叶和小兰在去仓库的途中，小兰回房间的时候，和叶被气枪袭击，在仓库的房间里被绳子吊了起来。
柯南和平次看穿了利用传说中的蜘蛛神的说法犯罪的手法。然后，三年前自杀的美沙的真正的理由是……
小五郎从米花水族馆的林先生那里得到赠券，去看在水中和鱼一起表演的演出。在女主角大泽出场的时候，已经淹死的她出现在了水槽里。
小五郎被邀请和家人一起到医生的家里吃晚饭。柯南和小兰也去了。当天晚上医生洗澡的时候突然停电了。在推上阀门去浴室看的时候，医生已经死了。
柯南注意到了在停电的时候小兰抓住了医生的儿子新出智明的手，而且表情很不自然。柯南了解了事情的真相后和大家说“等到小五郎从浴室出来的时候就开始推理秀”。
柯南和小兰和园子在溜冰场认识了飞碟射击爱好者们。在等待晚上的焰火的时候，园子等在清扫中的厕所的门口，打开门进去的时候发现一个女子已经死在里面。
死者是社长千金伊丹千寻，鍳识人员发现在喷满血迹的墙上有怀疑是【S】的标记，柯南最终解开了谜题……
小兰在看到去小笠原参加免费海豚旅行的广告后，报名参加了。乘客中据说有当年蛟崎和小五郎一起追捕过的影子计划师叶才三。然后服部收到了叫古川大的人寄来的信，也参加了这个旅行团。后来船上发生了爆炸，那个被烧死的男人是……？并且企图解开谜题的平次也被人袭击了。
小兰在看到去小笠原参加免费海豚旅行的广告后，报名参加了。乘客中据说有当年蛟崎和小五郎一起追捕过的影子计划师叶才三。然后服部收到了叫古川大的人寄来的信，也参加了这个旅行团。后来船上发生了爆炸，那个被烧死的男人是……？并且企图解开谜题的平次也被人袭击了。
小兰在看到去小笠原参加免费海豚旅行的广告后，报名参加了。乘客中据说有当年蛟崎和小五郎一起追捕过的影子计划师叶才三。然后服部收到了叫古川大的人寄来的信，也参加了这个旅行团。后来船上发生了爆炸，那个被烧死的男人是……？并且企图解开谜题的平次也被人袭击了。
小兰在看到去小笠原参加免费海豚旅行的广告后，报名参加了。乘客中据说有当年蛟崎和小五郎一起追捕过的影子计划师叶才三。然后服部收到了叫古川大的人寄来的信，也参加了这个旅行团。后来船上发生了爆炸，那个被烧死的男人是……？并且企图解开谜题的平次也被人袭击了。
小五郎受静冈县横沟警官的委托去了静冈。案件是演员小宫山在乐屋被杀害，而承认杀人的得有三个人。
柯南和小哀在放学的途中看到了和琴酒的车一样的车……柯南在车上放了窃听器。车子的主人果然是琴酒。窃听器被琴酒发现后毁掉了。仅仅留下了在杯户城市酒店会有什么事发生的线索。于是柯南和小哀去了杯户城市酒店。
柯南和小哀去了杯户城市酒店。杯户城市酒店内举办的酒卷昭的怀念会上发生了杀人事件。柯南找到了犯人的线索。但混杂在人群中的哀却被什么人带走了！
阿笠博士邀请少年侦探团去咖啡厅喝茶，柯南注意到了后面进来的客人大原企画社长大原一雄和原大原企画的设计师相田彻的交谈。
娱乐集团的会长加那善则因为妻子收到了恐吓信而委托小五郎来调查。接受委托的小五郎他们隐藏了侦探的身份出席了宴会。主角杰拉尔·天马迟到了。之后，房子停电了，加那善则的妻子发出了惨叫声。
晚到的杰拉尔·天马被剑杀死，和天马有过争吵的加那善则很可疑。柯南揭穿了像谜一样的人物的真面目，同时也解开了杀害天马的凶手所用的犯罪手法。
少年侦探团在放学的途中发现勾在S形钩子上的结婚戒指。光彦说这是某个人的SOS的求救信号，开始搜索现场正在建的公寓。
少年侦探团在超市里玩从收银条上的物品名称猜晚饭的菜名的游戏。其中发现了可疑的收银条，柯南她们开始寻找买这些东西的人，想要阻止他。
小五郎他们去参加为了交通事故的孤儿们的慈善活动，被邀请到发起者的社长家里。社长的苏芳红子在收集面具。连被称作被诅咒的假面的面具也用来装饰。为了不让这些面具出来作怪，晚上0点就会把这件假面之屋锁掉。当天晚上苏芳红子在自己的卧室被杀害，卧室上了两道锁，处于密室状态。同时在苏芳红子的尸体周围被诅咒的假面散落了一地。这真的是诅咒吗？
小五郎他们去参加为了交通事故的孤儿们的慈善活动，被邀请到发起者的社长家里。社长的苏芳红子在收集面具。连被称作被诅咒的假面的面具也用来装饰。为了不让这些面具出来作怪，晚上0点就会把这件假面之屋锁掉。当天晚上苏芳红子在自己的卧室被杀害，卧室上了两道锁，处于密室状态。同时在苏芳红子的尸体周围被诅咒的假面散落了一地。这真的是诅咒吗？
小五郎和兰和柯南住进了建在山里的山庄。在那里住宿的客人中有“城市猎人”节目的演员砂冈和工作人员。小五郎和大家一起去烧烤，不久听到了枪声，砂冈被杀害了。凶手竟是从对面的悬崖开的枪。
砂冈被枪杀了，来福枪在山里被发现所以认为是外部的人干的。但是有疑点，明白山庄里的人物也可以杀人后，柯南发现了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。
小五郎接受电视节目制作公司社长古川悦子的委托去保护他的母亲。然后在古川家等待悦子回来的时候知道了家属和女佣之间发生了很多金钱上的纠纷。悦子回来后去母亲的房间叫母亲时从母亲的房间传来了枪声。悦子的母亲被击中头部死亡。
和阿笠博士去露营的少年侦探团们。柯南他们去拾柴，发现了一个山洞，进去一看碰到了正在搬运尸体的可疑男子，柯南被犯人的枪射中了。少年侦探团受到了前所未有的威胁。
把重伤的柯南背在背上的侦探团们根据洞里的暗号开始寻找出口。好容易找了出口后，犯人追了出来被正好赶来的目暮警官们带走了。柯南被迅速送到了医院。小兰确信了柯南就是新一，还输血给他，使柯南脱离了生命危险。
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼。当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南出院后也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。死因是——氰酸钾！
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。原来由新出医生扮演的黑衣骑士却换成了……目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时意外的人物出现了！
新一的出现圆满解决了案件。变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的瞭望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在瞭望餐厅一个人等着新一的回来。结果回来的却是柯南，新一约小兰来这个餐厅有什么特殊的意义吗？
小五郎的事务所里来了一个叫春菜的大学生，委托小五郎找他的寻呼机朋友。春菜保存了秋悟先生的寻呼机和音乐盒，那以后，春菜的寻呼机上出现了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，却发现秋悟已经死了。走廊上出现了奇怪的人影……
柯南明白了小兰看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴殴打的真相。春菜收到的音乐盒里究竟隐藏着什么谜题？然后时价2亿日元的邮票究竟藏在哪里？？
园子和小兰差点被车撞了，由此认识了那个司机吉野千惠。听说她最近老是头昏，头痛。小兰总觉得很在意吉野夫妇的事情，该不会是为了得到保险赔偿而故意杀人吧。小兰的怀疑到底对不对？
小兰和柯南到酒店去接醉酒的小五郎，在回来的路上听到公寓居民那里传来了玻璃破碎和吵架的声音。第二天早上经过那个公寓时，发现吵架的居民已经被杀害了。柯南他们顺利地推理出了事件的真相。
小五郎等人被邀请参加天部山缆车的揭幕仪式，然而当地居民中，反对缆车开通的呼声不绝。第二天开幕式，在进入漆黑的通道的缆车中，堂本观光的社长突然消失了。出了通道，缆车上的众人发现社长的尸体出现在神像的手中。
小五郎等人被邀请参加天部山缆车的揭幕仪式，然而当地居民中，反对缆车开通的呼声不绝。第二天开幕式，在进入漆黑的通道的缆车中，堂本观光的社长突然消失了。出了通道，缆车上的众人发现社长的尸体出现在神像的手中。
正当少年侦探团在西多摩郡龙神山游玩之时，突然从山上坠落一辆汽车。柯南推理出这个事件不是事故而是谋杀，光彦从写着暗号的纸片入手，与步美、元太3人一起来到了暗号所指示的地点。
小五郎等人代替铃木史郎（园子的父亲）出席茶会，公馆里的池塘可以有五种颜色变化，池子正中建有由渡廊连接的茶室。在这个有五彩传说的茶室中，青野木家的一家之长上吊身亡。
青野木亮藏是在形成密室的茶室中被杀的，横沟警官开始一个个询问时却发现没有人到过茶室。所有人都有不在场证明。但是柯南推出这是他杀，并发现了杀人的手法。
博士和少年侦探团的孩子们去采蘑菇。可是中途元太不见了，大家分头去找。灰原和光彦在半路上发现了一个猎人的尸体，并被杀害这个猎人的凶手所狙击。
逃命中的灰原和光彦为了把事情告知柯南等人用蘑菇做了暗号。明白了凶手的柯南会怎样？之后大家背后出现了大熊十兵卫。
小五郎等人在去海豚乐园的路上，遇到了几位正在进行大学同学聚会的女子。为了接另一位大学同学，他们一起前往海豚乐园饭店，发现她们等待已久的藤村直美被杀害了。
小五郎的车子出了故障，求助于偶尔路过的橘律师。因为车子一时之间修不好，便到了橘律师的别墅。橘律师因为贪污事件相当出名，而一个化名“T.K”的人打算要他的命。橘宪介被杀了，嫌疑人是名字缩写为T.K的熊田达也的男人。
一个化名为“T·K”的人打算要橘律师的命。橘宪介律师被杀害了，嫌疑人就是名字缩写为“T·K”的男人熊田达也。
都内连续发生三起女子遭金属棒的攻击，她们都经常光顾同一家百货公司，继而在这家百货公司的停车场里，发生了年轻女性被杀的事件。目暮警部等人全力缉捕犯人。
目暮警部等人全力缉捕犯人。在调查连续殴打女性事件时，发生了杀人事件，当佐藤警官提出自己作诱饵引出犯人的方案时，目暮警部坚决地驳回了，并且显得与平时不一样。园子去厕所时正好商场打烊，因为同样穿着厚底靴而成为了犯人的目标！
打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏，但侦探们一个一个消失，最后留下来的侦探是谁？召集侦探们的犯人的真实身份是……
打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏，但侦探们一个一个消失，最后留下来的侦探是谁？召集侦探们的犯人的真实身份是……
打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏，但侦探们一个一个消失，最后留下来的侦探是谁？召集侦探们的犯人的真实身份是……
打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏，但侦探们一个一个消失，最后留下来的侦探是谁？召集侦探们的犯人的真实身份是……
突然有名女子访问小五郎处，说要寻找中学同学柴田。小五郎很快就找到了柴田，他们一行人立刻去了柴田家。柯南却对这位委托人不够完美的说词充满了疑问。
那名女子寻找的中学同学柴田手里握着照片被杀，小五郎等开始向相关者讯问。柯南明白了柴田手握照片的含义。另外指出那位作为委托人的女子——池波说的很多个谎言。
平次收到一封信，上面写着“会被人鱼杀死”的信，于是跟小五郎、柯南等一同来到了美国岛。他们去寻找送信人门协纱织，但她已经不知去向。正好岛上举行儒艮之祭，祭奠开始后，纱织的朋友寿美的尸体被发现，是在瀑布上吊身亡的。
寿美小姐死亡时间不到一个小时，只要跟着长筒靴的鞋印，就会找到凶手藏身的地方，但脚印却直接通向大海。
平次和和叶找到了人鱼墓，却由于疏忽将两个人都处于了悬崖边缘的危险境地。另一方面，柯南让沉睡的小五郎说出了美国岛发生的杀人事件与人鱼传说的真相。
少年侦探团在学校受到一个学生的委托，那个学生家里是开酒店的，但是完全没有生意。突然有个男人住到他家里，并帮助他们把酒店的生意搞得红红火火。但是那个男人在休息的时间里竟然在地下挖向银行的地道。
柯南、小兰和园子在游戏中心遇上了帝丹高中的英语老师朱蒂。朱蒂老师是个游戏迷，在人气颇高的模拟游戏对战中，其中一个男人突然死亡了。
在游戏中死亡的尾藤没有外伤，经过调查发现他是被毒杀的，目暮警部等却从监视摄像机中发现不到可疑人物。。。柯南推理出凶手的身份，并且点破了犯罪手法。
园子在陶艺教室为京极做陶杯，小兰也一同前去。柯南因为在意小兰也偷偷地跟去了。因为陶艺家的女婿素夫突然不见了，大家一起去找，并且在柜子里发现了他的尸体。
柯南注意到发现素夫尸体时某人的一个细节动作，从而知道了凶手是谁，并且终于找出了指证犯人需要的决定性证据。凶手杀人的动机是……
客户回去后，爵士俱乐部里琴酒和伏特加正在密谈。那儿出现了伪装成服务生的贝尔摩德，贝尔摩德一副已经有坏主意的样子。柯南他们因为去滑雪旅行，乘上了该线路的巴士，灰原也在其中。在途中靠站时，新出医生和朱迪老师也上车了，此时，灰原强烈地感觉到组织的气息。同一站上车的两名男子，戴着护目镜、穿着滑雪服、手里拿着木盒。二人慢慢地取出手枪、劫持了巴士！
柯南他们乘坐的巴士被强盗犯二人组劫持了。柯南推测出后排座上的三人中有强盗犯的同伙。强盗犯B通过手机联络，要求释放主犯矢岛，巴士进了首都高速。偶然看见窗外气球的柯南，头脑中闪现出了谁才是强盗犯的同伴！
毛利和柯南受医科大学的讲师上田先生委托、调查威胁其同事吉村的犯人。上田给吉村打了电话后，马上就赶去了高级公寓，但是，在柯南一行人到达之前吉村就因事故死了。 警察在调查中，认为死者是从位于五楼的自己家中不慎坠下的，死者吉村误以为来送花的花店人员是来威胁他的人，于是想从阳台逃到隔壁大楼而不小心坠了楼。但柯南却从吉村的木拖鞋的位置上分析出这是起伪装了的杀人案。
柯南他们应阿笠博士的朋友、喜欢养狗的加纳邀请去他家玩，一到那儿就见到了爱犬阿瑟和在竞赛上得了奖的道尔。 以白天12点的钟声为信号、习惯吃点心的道尔在12点的时候却没有出现。柯南从后院的燃烧炉里发现了道尔颈圈的一部分，于是推理道尔的失踪是伪装的。
柯南他们与少年侦探团与阿笠博士遇到了加纳家的爱犬道尔失踪事件。柯南去他家调查燃烧炉。然后一边重现当时的现场一边开始解开谜团！
毛利、兰、柯南应邀去参加精通葡萄酒的日下的宴会，那里还邀请了众多葡萄酒爱好者。去酒窖里取珍藏已久的葡萄酒的日下始终没有回来。那儿到底发生了什么事？！
柯南、兰、毛利他们因为中了彩票得以享受可以在南纪白滨住上一晚的旅行，并在那里结识了写生旅行的医科大学学生们（新庄真紀、由良達彦、宮原加奈子、藤浩太、三井），五人之间似乎有着复杂的关系。 第二天毛利他们偶然遇见了藤。正巧慌张的三井给藤的手机打来了电话……到底出了什么事！？
真纪被刺中胸部杀害。因为她的钱包不见了，被疑为是强盗杀人……乍看之下虽然想是强盗杀人，柯南却肯定凶手是这些大学生一行人中的某人。虽然怀疑藤的不在场证明是否可以确立，这时这一行人中复杂的人际关系一点一点浮现出来。这次的杀人事件中，隐藏着另外一个邪恶的计划。
柯南等人受平次邀请，参加卡迪斯、巴雷拉和诺沃德三位名运动员所开办的“K3”餐厅的开幕式。在那里有个报纸记者声称他们是“污秽的K”。之后，在以建筑物窗灯打出“K”的文字以做余兴庆祝时，突然响起了枪声。赶到屋子里时，那个新闻记者已经被射杀。
“K3”的三个主人看起来无论是动机还是不在场证明都缺乏是凶手的可能性。新一主张三人是无辜的，使平次十分惊讶。面对固执己见的新一的背影，平次自言自语：“除去所有不可能的情况后剩下来的，再怎么不可信也是真相……” 柯南从毛利与兰不经意的对话中破解了江户的死亡遗言……！
柯南在从大阪回来的新干线中遇上了佐藤警官、高木警官。两人正在押送毒品的秘密贩卖者小仓，高木警官带犯人去厕所时小仓用刀刺自己的腹部。
发现小仓腹部被刺，高木急忙叫佐藤警官来看，回到那里发现押送中的犯人小仓已经死了。看似自杀，但佐藤警官说是他杀。小五郎和柯南也在推理寻找犯人。破案关键就是三名嫌疑犯身边带着的报纸！
柯南和少年侦探团几天来一直觉得元太的举止怪怪的，便追问元太，元太说他因为目击了连续抢劫案的罪犯而正被追杀，这时从商场顶楼有铁材向元太落下来！
柯南他们接受了委托，决定去解开似乎与穿红色夹克衫的自杀者有关联的公文包之谜，在去葵屋旅馆的途中，遇见了山村刑警于是一起前往。小五郎等人到达旅馆后，却听说已经有个自称“毛利小五郎”的人先到了旅馆。
他们到假小五郎房间去看，发现那个自称“毛利小五郎”的男人已经在屋里上吊死了。房间里的提箱中有过去的报纸和长发！柯南根据旅馆员工的话推出犯罪过程。
金泽氏由于被迷样的狙击者所威胁，委托小五郎调查。小五郎等人到了建筑师金泽氏的别墅。大家在巴比Q时突然听到枪声，循声去看时金泽氏已经被杀。
阿笠博士带柯南和少年侦探团去伊豆的海水浴场游玩，无意中听到了当地的渔夫下条和吉泽与新加入的渔夫荒卷的争吵，双方还约定晚上8点餐厅里见。但荒卷却迟迟没有出现……
柯南等也到同一个餐厅吃饭，听说与这几个渔夫相约的人在海边溺死了。伊豆海边发生了杀人事件。当地渔父、与被害者有争执的三名嫌疑人因为有不在场证明，看起来不可能实施犯罪行为，但柯南的推理证明不在犯罪现场也可以实施。
旅馆主人紫郎和弟弟金次迎接了来到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他们遇到了兄弟俩的父亲龙藏，龙藏的蛮不讲理让柯南他们吃惊不小，但因牛奶投递员蓝子的出现，气氛缓和许多。但就在几小时后，龙藏在自己家被人杀害了。
柯南他们应洋子之邀去出席冲野洋子原本所属的偶像团体“地球少女”的另一位成员――草野薰和演员剑崎的订婚party。大家建议观看完薰和剑崎共同出演的电视剧后再祝福，害羞的薰就独自一人去洗澡了。但是去寻找一直没从浴室回来的薰的柯南和剑崎却发现了颈部流血、倒在了浴盆里的薰。
倒在浴室的薰被送到医院。因为找不到杀害她时所使用的凶器而被认为是外部人所为，柯南从写着祝福话语的彩色信纸上发现是内部人所为。而此次派对的真正意义是？
柯南和小兰被小五郎带到OKUSU牧场。小五郎因为要看马术，到了马场。马场的装蹄师杉山突然死亡！看来似乎是被马踩死的……
少年侦探团在公园看到了可疑的男人。他们知道那个男人是为了向绑架燕秋夫君的犯人交赎金的之后，来到了燕宅。柯南等人从秋夫君绘的画里寻找他被关的地方……
佐藤警官磨磨蹭蹭地去相亲……在相亲地点出现的竟是白鸟警部！由美让高木去找佐藤，但高木遇到了便利店强盗，并不知情。佐藤与白鸟警部约定，如果日落之前高木还没来就与白鸟结婚！
巧遇上新出老师的三人继续关注事态发展。在隔壁房间偷看的柯南一边看一边以新一的声音联系高木。而以日落前为约定的誓言之吻让大家更替高木担心。在柯南的帮助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之后，日落的时间……
柯南，小兰与小五郎秋季去松江旅行时结识了大版来的和歌团的5名成员。5人分别是文学家，牙医，和果子店主，图书管职员，投资家。这是一个连句爱好者的聚会。连句爱好者的各位因为抽签决定了每人所要吟咏的地方而分头行动。第二天，投资家被杀害的尸体在松江城发现，而剩下的成员全对投资家心怀恨意。
柯南，小兰与小五郎在松江结识的和歌连句会成员中的投资家的尸体被发现。犯人就在剩下的成员中。小五郎继续参加预定开始的连句会。句会进行后，柯南揭穿犯人的不在场证明，最后追击。
深夜大地震，帝丹神社的秦钱被落下的钟压下而死亡。次日早晨开始调查，好象事情并不那么简单。柯南他们开始在镇子内搜索。发现死者房间中头部留出的血沾染的竹杆。可能是地震之后回房时遭遇不测。高木刑事开始搜查，但还是找不到犯人的线索
柯南，阿笠博士与少年侦探团在看马戏的归途中，遇上被媒体认错人的外国老人詹姆斯。柯南巧妙的解围。作为报答，詹姆斯请柯南他们吃东西，然而他去停车场后就再也没有回来……
为了救被绑架的詹姆斯，少年侦探团努力推理他留下的“P&A”的意思。他们还得到了佐藤警官等的帮助，向犯人发起追击……
柯南，小兰与小五郎去花乱亭餐厅用餐。邻近餐厅的大厦正好在进行拆卸，所以感觉的到震动。然而，店主花冈与妻子礼子之间不对劲的气氛……柯南他们又看见花冈为炊事与和田在争论。当晚，喜欢钓鱼的花冈在制作钓鱼工具的时候死亡。这是事故还是杀人呢……
柯南，小兰与小五郎向着温泉的途中，在遭苛政君主杀害的战国武将冲滑秀友的墓前祭祀时。正巧结识了住在这里的一户人家。还听说了关于秀友铠甲的诅咒的传闻。接着那天夜里。也正是秀友500年祭日的那晚，还知道了当天也是这家人家中的父亲因工厂倒闭即而自杀，即这个铠甲原来的主人的祭日。
柯南，小兰与小五郎遇上悲剧而死的战国武将冲滑秀友传说诅咒的密室杀人事件。大门工业的社长大门源一郎与长子一树在各自的房间遇害。雪上还残留着武将的足迹。一树的遗体还穿着冲滑秀友的铠甲。小五郎在对一树与源一郎自杀推理的同时，柯南则在思考真正的凶手。
在有平次出场的剑道比赛的中，有大学生被杀。最初尸体被发现的现场却找不到尸体，反而在其他的地方发现了。平次在柯南等人到达比赛会场之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城游玩，结识了崇拜秀吉的同好会参加者。在大阪观光之后回到大阪城的柯南等又遇上了事件。
在有平次出场的剑道比赛的中，有大学生被杀。最初尸体被发现的现场却找不到尸体，反而在其他的地方发现了。平次在柯南等人到达比赛会场之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城游玩，结识了崇拜秀吉的同好会参加者。在大阪观光之后回到大阪城的柯南等又遇上了事件。
在有平次出场的剑道比赛的中，有大学生被杀。最初尸体被发现的现场却找不到尸体，反而在其他的地方发现了。平次在柯南等人到达比赛会场之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城游玩，结识了崇拜秀吉的同好会参加者。在大阪观光之后回到大阪城的柯南等又遇上了事件
在有平次出场的剑道比赛的中，有大学生被杀。最初尸体被发现的现场却找不到尸体，反而在其他的地方发现了。平次在柯南等人到达比赛会场之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城游玩，结识了崇拜秀吉的同好会参加者。在大阪观光之后回到大阪城的柯南等又遇上了事件。得知这次的事件与13年前发生的烧死尸体案件有关之后的平次和柯南开始推理。
小兰的母亲妃英理为一起杀人事件的被告作辩护。担当公诉人的女士是把英理视为对手的九条玲子。宇佐美坚持杀人事件发生时什么都不记得了。英理等人到宇佐美前妻经营的酒店去调查。小五郎说事件发生时宇佐美也在店里。
宇佐美过去曾杀害过被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美对事件记忆不清，这样为案件辩护的英理看来没有胜望。小五郎虽是想证明宇佐美的不在场证明，却作为检察官方面的证人出庭。对疑点怀有疑问的柯南让小五郎作为辩护方证人再次出庭……
兰与园子一起去深山中吹渡山庄。园子听说这个山庄以制作帮助恋爱成功的巧克力而出名。小兰与园子想要去那里作巧克力。这座山每年这个时间都会发现旁边放着巧克力的遇难尸体。传闻是雪女或者怪物所为。之后，他们去找在飞雪之中一直没有回来的二桓，而他已经被打死。
吹雪之中，失踪了的吹渡山庄的住宿客人二恒的被杀遗体在森林中被发现。脸上全是血，而且还戴这太阳眼镜。接着在遗体旁边发现他的恋人-亚子这天所做的巧克力。柯南一行人回到吹度山庄开始推测杀害二桓的犯人。听说每年情人节期间都会有遇难者身边放着巧克力。客人中有一个人目击到带着黑色线帽的可疑男子……
吹渡山庄的住宿客人二恒为何被杀？犯人又是谁？柯南看破了这个案件的手法，把小五郎弄睡后开始揭开谜底。解决二恒的遗体边的巧克力之迷的是前主人的爱犬。柯南知道两条狗经过山岳救助训练后，向着案件的轴心迈进。而后室内响起枪声，戴黑色线帽的男子出现……
一个名叫护田的男子来到毛利侦探事务所。说是要找亡妻的手表，但听到毛利小五郎的名字又打算逃掉。柯南与少年侦探团的孩子们代替毛利去找手表而来到护田的公寓。孩子们在公寓里找了几会也没能找到手。这期间，一个叫出月的中年女子借护田像电影院的音像房间来看录象带。柯南在找到手表的同时，在那个房间传来有东西破碎的声音。
手表虽然找到了，但在护田家看电影的出月被杀害了。柯南确信护田就是凶手，推理出他不在现场却能杀人的手法。柯南特别注意戴黑色线帽的男子。
小兰在英语老师朱蒂的教学中知道了『×』标记，但却不知其意。放学后，园子同朱蒂与柯南一起去咖啡店。突然大厦内停电，咖啡店边的电梯发现男性的尸体。是谁被杀了，而用血书写的『○×△』的资料带又有什么意味？是被害者留下的暗示吗？柯南向那个迷挑战！
在电梯边被杀的中条写下暗号『○×△』。还有一个文字是在杀害现场的电梯踏板边的『□』。柯南从英语老师朱蒂的话中发现文字是一部分缺省。像记号般的文字。目暮警官拿着嫌疑犯的名单寻找……
在公园与照顾猫的老奶奶大森静结识的柯南他们，次日按约定来帮忙。但是，静没有出现，好象从前天起就没回过公寓的样子。为此担心的柯南他们由于静打理家务的女仆人的阻扰而没能进静的家得到线索。就在一愁莫展之时，带着老婆婆丝巾的猫出现在柯南他们面前。
柯南他们从住在公寓的老人的话中对公寓内出没幽灵的事十分感兴趣，于是前往。那里是在4年前发生至今未解决的女性烧死案件的公园前的公寓。边上的大楼施工现场的施工住上吊自杀以来，工事也中断了。而在幽灵骚扰之后，只有4人居住的公寓内，3人看见过幽灵……
在出现幽灵的公寓，体验老人所说的怪现象的柯南他们被不喜欢幽灵的小兰马上带回了家。柯南利用科学解开2个迷团。但是，仍有两个无法说明。柯南从小五郎的手腕上停着的蛾子发现了犯人引起幽灵骚动的意图以及4年前女性烧死时间的关联。
柯南他们与正在公园找寻东西的高木刑事相遇。原来他在这里调解吵架后，不小心把遗失了警察手册。高木刑事调解的当事人之一是无名的歌手半崎，好象就住在公园附近。柯南他们分头找寻半崎，却不见他人影。正要放弃时半崎在公园里出现。
警察局的小五郎案件调查被盗。迷般的黑色组织也许就在附近。柯南怀疑杯户市酒店也许还有皮斯克的同伴，收集情报的美国女演员。与平次一起去可疑的外国女性、英语教师朱蒂家调查，这时从公寓上有名男性坠楼。
怀疑小兰的高中英语教师朱蒂是黑衣组织的成员而拜访公寓的服部平次与柯南，遇上朱蒂隔壁房间的主人高井坠楼摔死的案件。确信密室状态的卧室从窗户坠落的高井不是自杀而是他杀的两人，在卧室调查中的平次接到和叶从大版打来的电话而明白犯罪手段的平次加上高井留下的证据。两人向目暮警官建议在卧室重现案发。
柯南与少年侦探团与阿笠博士去看足球比赛。在归途中，遇见在看电视转播其他比赛的赤野，他毒骂比赛中转会而遭观众嘘声的选手。赤野是上了看球黑名单恶名昭著的狂热不良分子。然而那个赤野在支持者混杂的电车内被杀害了。
在柯南与少年侦探团的孩子们及阿笠博士看比赛归途的电车内，支持者赤野被杀。犯人确定在3个人之中。却没有决定性的线索。柯南从哀收看的比赛转播中得到提示，看穿了犯人的谎言。
元太、光彦、步美目击杀人事件。3人看见犯人所乘的轻型卡车，便潜入卡车跟踪至山林。听见挖掘洞穴及埋东西的声音。次日，柯南与小五郎造访卡车的所有方仓田运输，开始调查。
柯南、小兰与小五郎因车子没汽油了，得到木山家具社长马岛的款待。社长家的宅院每天会流三次水的组合石庭。这天木山家具为了纪念1号店，聚集了众多相关者开宴会。而从设计石庭的前社长的儿子、木山智则开始，出席者仿佛都记恨马岛…
在木山家具社长马鸟宅留宿的柯南他们，在他自傲的石庭中部发现横躺着的被绞杀的马岛社长。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足迹将尸体运到庭院中部？柯南还在与事件的迷作争斗的时候，小五郎说他已经明白了。
小兰抽奖得到用餐券，柯南一行来到横浜的中华街。在目的地中华料理店内正巧遇上小兰的电影偶像斯考特，电影的制作人、导演、原作者、助理导演等招待柯南他们一起用餐。突然制作人川端表情痛苦，当即死亡。
柯南他们在横浜中华街的中国料理店内结识的电影人川端在用餐时被毒杀。为了使警察不怀疑小五郎，也为了让身体突然不适的小兰及早进医院，要解开案件的迷的柯南开足马力向着案件的真相突进。
高烧倒下的小兰在神志不清中想起了与新一一起去纽约的事情。新一与小兰乘新一的母亲--有希子的爱车前往剧场的途中高速行驶，结果超速被警察逮着。而将有希子解救的是化装成纽约市拉地休警官的女演员莎洛比亚德。
新一的母亲有希子带着15岁的小兰与新一在莎洛比亚德的介绍下来到百老汇的幕后参观。小兰救下差点被从天花板落下的铠甲击中的女演员罗斯，罗斯似乎怕有人要她的命而胆怯万分。舞台剧开始后，以神话为题材的音乐剧达到高潮。舞台中央吊在空中扮演天使的男演员休斯胸部遭枪击身亡
"摆在新一的母亲-有希子及15岁的小兰与新一眼前的是百老汇音乐剧的主演在舞台被杀事件。嫌疑人应该是同舞台演出的4名女演员之一。新一在舞台装置中发现羽毛后向着事件的真相迈进。有希子听过新一的推理后，在舞台开始解迷秀，将犯人推向绝境。"
光彦暑假没有来做广播体操，柯南他们造访光彦家，得知光彦一早就出去一个人去野营。实在没有理由来解释光彦的单独行动。柯南他们一路上问过去，才知道光彦搭乘巴士与电车来到群马县的一个小站。而且似乎是进入了森林。柯南他们用追踪眼镜开路，却遇到了群马县的警察他们。
光彦姐姐朝美说，光彦声称广播体操之后要和大家一起去露营，一大早就出了门。而且是特地在背包里塞满了青团，又借用了朝美的防晒霜，带着钱包出发的。柯南留意到在光彦屋里找到的广播体操出勤卡上休息的都是星期天，由此判断光彦从很早开始就计划去某个地方远行。 追踪光彦而来到群马县山中的柯南他们，得知一名连续杀人犯逃入了同一森林中。沿着小河走的光彦与推理中的柯南用侦探徽章呼叫他时，光彦被杀人犯逮着。
电视台策划了小五郎与平次的东西推理对决企画，柯南等人因此来到冲绳。2人需要推理的是1年前，在名唤“鬼龟岛”的无人岛上发现背后留下奇妙文字并饿死荒岛的男尸事件，突然发觉制作人员中的一人——伊江潜水后还没有归来。
为了去外景拍摄点而与制作组一起来到无人岛的“鬼龟岛”的柯南，小兰，平次与和叶发现制作组中的一人——伊江被绞死，乘的船与船长也消失不见。他们与制作组一起被孤立在岛上。在村长金城家的别墅等待救援船的期间，听说了4、5年前发生的金城的小姐诱拐事件及家传之宝金屏风被盗的强盗事件等金城家发生的种种不幸。也得知制作组的所有人与金城家有关联。
柯南、小兰、平次与和叶与电视台制作组来到冲绳的无人岛“鬼龟岛”。制作组的伊江与船长遇害，一行人在村长的别墅等待天亮。柯南与平次在别墅内的厨房搜寻，发现写着“千代哥”与“乌娘”的椅子。抓住这个案件的全貌。两人设定一计，要将犯人引诱到森林。
参加网球比赛的柯南他们来到熊本县。市内观光的途中，园子捡到一部手机。手机的画面上是“想要遇见那个孩子”的短信。园子与小兰得到与园子同名女子的恋人的帮助，带着手机出现在咖啡店。
出席熊本网球大会的柯南他们，大会当日小兰被诱拐。柯南从小兰电话中所说的进行“杀人计划”所思考小兰被监禁的地方。柯南获悉园子所拾到的手机中接收到的两条短信的内容后，知道内容来自仓库。
小五郎、柯南和小兰接受工务店社长河井的款待，来到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人----河井的金融公司朋友山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他们一边欣赏着对岸的夜景与焰火，一边品尝美味佳肴；而河井与山崎则在船头钓鱼。热衷于钓鱼的山崎脱去衬衫，摆出跑步的姿势，赤脚握着钓鱼竿。看来很喜欢河井为他准备的碳制钓竿，兴高采烈的样子。
小兰来到担任辩护律师的母亲英理的事务所，想邀请正与小五郎分居的母亲一起去温泉旅行。不巧的是，英理轮到担任值班辩护律师，她的对手是被称作“检察官中的麦当娜”的九条铃子检察官。一心想促成英理和小五郎破镜重圆的小兰这次又是希望落空。事件内容是在不动产业事务所内发现了社长被他杀的尸体，警方根据室内遗留下来的指纹和遗留物品逮捕了行窃事务所的惯犯井上隆志。
井上供认自己在行窃无人事务所时被社长发现，争斗间用玻璃烟灰缸砸了社长头部的犯罪事实。本该是起单纯的伤害致死事件，但九条却以强盗杀人罪的罪名起诉井上，对此柯南觉得疑惑不解。英理也认为九条不可能犯下这种低级错误，抱着疑惑，会见了被告。发觉凶杀现场目击证人证词圈套的柯南使最初反对英理的小五郎也懂得了犯人的圈套
小五郎再次在抽福签时中了一等奖，携柯南、小兰来到了山口县下关市。立即出发去观光的3人，在“海峡梦之塔”结识了自称原来是当地高中的同班同学的四名男女。4人为了第13次悼念高中时代自杀的荣子的恋人而来。柯南他们与4人在吃饭时一个叫针尾的男子出现，胁迫秋田谷让出公司。针尾也是他们高中的同班同学，就是他逼得荣子以前的恋人本堂自杀的。第二天，柯南他们路过针尾的被害现场。
山口县下关市的柯南一行遇到一个叫针尾的男子被杀。怀疑是前几天认识的4名男女所为。而且4人有杀人动机。但是，4人却都有不在场证明。警察下结论4人是清白的。而柯南开始思索4人是如何伪造不在场证明。
柯南他们去看得到J联盟冠军的东京spirits队的优胜游行，与化装过的佐藤刑事他们相遇。说是因为收到要破坏游行的预告传真，与3年前炸弹事件手段相似。而佐藤刑事不知为何责令高木去掉化装。正在摄影中的光彦的摄影机被人夺走之后，高木刑事的车爆炸。
就当他们庆幸找到了好地方的一刹那，一个可怕的阿姨把他们臭骂了一顿。那个阿姨原来是乔装了的佐藤警员。另外还有同样乔装了的白鸟警官。他们告诉孩子们，有人给警视厅发了一封可疑的传真，因而过来调查情况。柯南他们从光彦拍摄的录影带中找寻犯人的线索。但是却没发现任何可疑人物。柯南从录影带上什么也没拍到而感觉出案件的关键，少年侦探团按指示出发调查。
柯南、步美、元太和光彦坐巴士来到曙町。他们想要抓住最近1个月来在曙町发生的多起趁人不在家时入室行窃案件的犯人。对于手头没有任何线索却妄想抓住犯人的孩子们，柯南是服了他们了，但步美他们是来真的。当孩子们在没有行人的住宅街道上寻找线索时，旁边的公寓楼里传来了女人的尖叫声。
佐藤刑警在处理邮局强盗事件时想起了3年前的连续爆炸事件。她不能忘记用自己的生命换来炸弹停止引爆的松田刑警。而后，与三年前发生事件的同天11月7日，又收到了预告爆炸的传真，并且发送者似乎与三年前的连续爆炸事件的犯人是同一人。佐藤、高木和柯南与少年侦探团试图通过电传的文字推出爆炸所在的地点…
佐藤刑警在处理邮局强盗事件时想起了3年前的连续爆炸事件。她不能忘记用自己的生命换来炸弹停止引爆的松田刑警。而后，与三年前发生事件的同天11月7日，又收到了预告爆炸的传真，并且发送者似乎与三年前的连续爆炸事件的犯人是同一人。佐藤、高木和柯南与少年侦探团试图通过电传的文字推出爆炸所在的地点……
佐藤刑警在处理邮局强盗事件时想起了3年前的连续爆炸事件。她不能忘记用自己的生命换来炸弹停止引爆的松田刑警。而后，与三年前发生事件的同天11月7日，又收到了预告爆炸的传真，并且发送者似乎与三年前的连续爆炸事件的犯人是同一人。佐藤、高木和柯南与少年侦探团试图通过电传的文字推出爆炸所在的地点……
佐藤刑警在处理邮局强盗事件时想起了3年前的连续爆炸事件。她不能忘记用自己的生命换来炸弹停止引爆的松田刑警。而后，与三年前发生事件的同天11月7日，又收到了预告爆炸的传真，并且发送者似乎与三年前的连续爆炸事件的犯人是同一人。佐藤、高木和柯南与少年侦探团试图通过电传的文字推出爆炸所在的地点……
出演推理节目的小五郎带着柯南、小兰来到拍摄现场的洋馆，而在推理剧中出演的演员之一是英理的中学同学琉璃。开始拍片后，演员们在柯南等人面前突然发生争执。性格任性的主角风间擅自离开现场，拍摄只得暂停。琉璃和柯南等在洋馆里探险，突然，听到不知何时已经不见了的琉璃的惨叫。
小五郎和现在电视节目的大红人琉璃再次相遇了，琉璃曾是小五郎的青梅竹马。琉璃成为了杀害主角风见的嫌疑犯。柯南单独调查了杀人现场的别墅的一个房间，看穿了犯罪的手法，然后想让让小五郎睡着来解开迷题时发现麻醉枪已经用过一次了，所以不能再用。柯南正在着急的时候，小五郎把琉璃叫到另一个房间，发布了令人意外的推理。
毛利侦探事务所来了三个委托人。要求调查失踪的著名的系统工程师板仓，三人是不同游戏公司的职员，受板仓委托开发各自不同的软件。小五郎根据三人发来的邮件里的画像，找到了宾馆的房间，但是，和委托人一起去的时候发现板仓已经死亡了。小五郎的调查对象电玩系统工程师板仓死亡。
小五郎受委托调查游戏软件工程师板仓死亡。目暮警官断定是心脏病发作的杀人事件。小五郎怀疑三名委托人是嫌疑犯，但没有证据。柯南为了得到记录着黑色组织线索的被害者日记磁片，急于解决事件。
柯南得到与黑色组织有关的软件工程师板仓的日记磁片，去阿笠博士家用电脑打开日记。 日记中详细记录了黑色组织与板仓的接触经过。板仓屈服于组织的威胁，同意卖出开发中的系统软件。了解交货期限将至的柯南决定代替板仓参加交易。
扮做被杀的板仓与黑色组织交易软件的柯南打开mail，接到VODKA怀疑的电话。使用变声器的柯南和其约好4小时后在东京进行交易。想在对手知道板仓死亡的消息前接触。但是，在急速赶往东京的途中，车子爆胎。
柯南为了和黑色组织进行交涉搭了过路的顺风车匆忙赶向东京，但那辆车却是宝石强盗犯逃走乘坐的车辆。接近目的地时，柯南使用麻醉枪和新武器--足球射出腰带，将宝石强盗犯关在了车里。柯南拜托阿笠博士善后，独自一人走向了交易的现场。
步美有个朋友答应送给她豪华的七段装饰人偶，因此步美约柯南等人来到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水贵与古董鉴定师三重芳春也来到这户人家，希望主人能转让一幅价值数千万的壁画。女主人观野节子和继母弥生拒绝了2人的请求，但就在主人外出后，那幅壁画失窃了。
柯南等人为了去取女儿节人偶到访观野家，却遇上了贵重的画轴"雷神"被偷。所辖警署的警官百濑来做询问，听取了观野家主妇节子与她的婆婆弥生、以及事件前刚刚到访的津曲水贵和三重仿春4人的供词。这时柯南从女儿节人偶的排列方式上揭示了事件的真相。
柯南、小兰、小五郎等到小天狗山远足，目击了在山顶管理事务所工作的平井高也从山崖上掉下来。他们急忙到崖下去看时，平井已经死亡。同事务所工作的近藤英一郎说本来应该是自己去的，为此泣不成声，警方打算按照事故处理，柯南却发现这不是突发事故而是杀人事件。
小五郎带着柯南和小兰到东都国技馆观看无敌假面角斗士狼人的竞技表演。之后柯南他们在会场上遇到的大神敬晴知道狼人的实际身份。但是，在比赛开始前，发现了狼人的对战对手永濑豹太被刺杀后的尸体……
但是覆面角斗士狼人的对手永濑豹太在休息室被发现。从犯罪时拍摄下来的录像带里目暮警部判定以狼人、牛込严、佐熊浩之、野狼4名角斗士为嫌疑犯进行询问。另一方面，柯南看到录像带里拍到的犯人的后脑，注意到某件事……
在从伊豆回来的路上，因为小五郎的车子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山庄。而此时，山庄里的3人正在新制品药物社内研究的关键时刻。第三开发部部长平松正树的制品马上就要被采用了，然而平松被社长梅谷四郎用刀刺死了……柯南他们偶然在KURON健康器材公司的山庄遭遇发生的事件。
在新制品的创意会上，被采用的平松正树刺杀了社长梅谷四朗，而乘车逃走的中途坠下悬崖死亡。警方判断为事故，柯南却确信此为杀人事件。看到梅谷被平松刺杀时的录像带后的柯南从某种奇妙的违和感中解明了事件真相。
古装剧小说家月形龙太郎的弟子久坂雄一绞死的尸体在公园被发现。以前，接受过月形的取材采访的毛利小五郎怀疑跟久坂争夺弟子座位的猿桥胜。但是很快猿桥的不在场证明就得以证实。在柯南拼命思考的时候，月形的著作上“逆转接着逆转”的文字跳入眼帘。这时终于注意到不在场证明的柯南将有关者聚集起来……
柯南去看望同学片冈纯，结果被人误认为是纯而遭到绑架。很快，绑架犯吉泽正向纯的父亲片冈茂电话要求赎金3千万圆。并且指名交付赎金的得是片冈的将要再婚的对方江崎幸子。吉泽在公园得到放有幸子送去的赎金的蜂蜜便当，乘轻四轮车逃走。但是，在警察的追踪中，车子突然在隧道里消失了。
被误认为同学片冈纯而遭到绑架的柯南成功的从废弃建筑的地下室逃脱回来。很快绑架犯吉泽正发现被绞死在停在停车场的轻型四轮车中。看到车子的柯南确信这就是运走自己的绑架逃逸车。并且注意到了车子接到赎金从隧道中消失的手法……
柯南他们正在等平次和和叶但到了预定时间他们还没有到所以就很担心。小兰突然想起了服部说过要和一个叫楠川的侦探见面。不久柯南他们在楠川的公寓找到线索然后去了律师伊藤美沙里的家。然而她却声称平次他们的事自己完全不知情。但是服部和和叶却被关在他家的房顶里………
平次和合叶被恶毒的律师美里沙关了起来，并强迫服部来解开楠川侦探留下的一句暗号。 另一方面，柯南虽然在掌握了平次他们的行踪，但因为找不到只好找了家饭店吃午饭。 这是，突然平次打了一通电话过来，说帮他解一下这句暗号吧，但柯南看了以后就……
柯南、平次、小五郎接受委托调查委托人家附近看到的可疑人影。最近都内发生了连续发火事件，现场总会留下红色的马的人偶。次日，柯南等人造访委托他们的诸角宅邸，却被主妇诸角亮子赶了回来。
柯南等人在警视厅鉴证连续发火现场遗留的红马现场照片，发现其中1张红马上有“兔”字，由此推出“红马”是三国志中出现的赤兔马。另一方面，古董品店长玄田隆德到访诸角宅，由于他打算送给诸角亮子的塑像是骑乘着赤兔马的关羽，玄田的名字引起了搜查线上的注意。
玄田宅招供自己就是犯人。柯南、平次和弓长警部搜查发现在那有2个窃听器。而且从诸角亮子手上紧紧抓住的坐垫上找到了更有力的物证。然后向诸角明和曾我操夫、权藤系子报告了搜查的结果。那天晚上，玄田宅有3个人的身影悄悄地靠近……
柯南等人被小兰的学姐小岛由贵邀请去参加派对。这个派对是为了庆祝由贵的朋友泽口圭子的生日和留学而开的。参加者有由贵、圭子，还有富坚顺司和野中一树。但是在派对开始不久，喝下葡萄酒的圭子就死了……
柯南他们少年侦探团坐阿笠博士的车去野营。在那里认识了4个户外同好会的大学生。那天晚上他们中间的泰美不见了。柯南他们为了在野营者中间寻找泰美向放烟花的高台前进。在回来的路上，发现了倒在路边的泰美……在野营场相识的的户外运动同好会的泰美的遗体出现在街上。
警察玲治、拓人、晴华在调查的时候、柯南发现野营车的敞篷车顶黏着血迹，此外在现场附近找出了血的座席，虽然最后查明杀人诡计的是柯南……
受园子的邀请，到轻井泽游玩的柯南、兰、小五郎，因为在森林中迷了路，所以决定在山里的一轩家借宿。在那里，与白天遇见的网球教练明石宽人再次相遇。但是，在那天夜里，却发现了宽人的父亲岩夫上吊的尸首…
但是就在那天晚上，柯南和小兰却发现了明石宽的父亲吊死在家里。警察虽然推断是自杀，但柯南还是从附近的线索里将凶手的真面目揭露出来 。但是，在关键时刻柯南却因为感冒不能发声了…
如果能阻止想要暗杀藤枝干雄的那个人的话，就能得到1千万日元的报酬，接受了这件事情的委托的小五郎，在事件解决之前居然用掉了800万日元。但是他并没有解开事件的谜题，所以分居中的妻子妃代替他去了委托人那里。在那里，刚好遇见了柯南的母亲工藤有希子……
如果能阻止想要暗杀藤枝干雄的那个人的话，就能得到1千万日元的报酬，接受了这件事情的委托的小五郎，在事件解决之前居然用掉了800万日元。但是他并没有解开事件的谜题，所以分居中的妻子妃代替他去了委托人那里。在那里，刚好遇见了柯南的母亲工藤有希子……
有希子带着柯南一行去拜访了为电影假面超人试片的东都显影所。但是、听说试片是在半夜的有希子由于和航班冲突所以就留下了柯南他们回去了。在一工作人员穗岛的公寓里小睡一会儿的的柯南他们在那里发生了杀人事件……
有希子带着柯南一行去拜访了为电影假面超人试片的东都显影所。但是、听说试片是在半夜的有希子由于和航班冲突所以就留下了柯南他们回去了。在一工作人员穗岛的公寓里小睡一会儿的的柯南他们在那里发生了杀人事件……
柯南、小兰、小五郎在吃完法国料理后回家的路上，碰巧看到了在西须三田车站的吵架现场。年轻的男子上前楸住了中年男子，那个中年男子就从站台掉下下去当场死亡。根据目击者以及当事人的证词警方也认定是意外，但只有柯南注意到了隐藏在意外背后的案件的真相。
柯南和阿笠博士带着发着高烧的哀去了在东都百货里的医疗室。在那里的地下停车场里柯南认识了4辆保时捷的老板，他们同乘了一辆车来打高尔夫球。但是其中一个人喝得烂醉，于是其余的人就把他留下去了进了百货商店。不久，发现了那个烂醉如泥的男人被勒死的尸体……
为了送发烧的灰原去看病而赶去医院的柯南和阿笠博士，在东都百货商店的地下停车场里遇到了杀人事件。被害者是和另3位拥有保时捷车的朋友打完高尔夫回去途中。目暮警官对这3个人进行了询问，但不久三个人在案发时侯的不在场证明都成立了。但是看到3个人的保时捷车内的照片后的柯南……
柯南、哀、阿笠博士去拜访了哀父亲宫野博士的朋友的事务所。他们认为他可能多少知道一点黑暗组织的以及哀父亲的行踪。但是宫野博士的朋友出岛也已经30多年没和宫野博士碰头了。但是了解到了一点，就是最近宫野博士女儿、明美曾来过…
阿笠博士带着柯南和哀拜访了哀父亲的儿时的玩伴出岛。但是出岛不知道被谁用毒药毒死了。哀担心是不是暗黑组织做的但柯南予以否定。并推理出罪犯是在出岛的设计办事处工作的设计员。
由于受园子的邀请柯南和兰为了要出席大贺财团继承人大贺真哉的结婚酒宴乘新干线去了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的员工高桥纯一。但是第二天的结婚仪式前发生了新娘的化装间里的大贺家家宝红宝石戒指失踪事件。还有新娘香取茜草也不知道被谁绑架了…
由于受园子的邀请柯南和兰为了要出席大贺财团继承人大贺真哉的结婚酒宴乘新干线去了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的员工高桥纯一。但是第二天的结婚仪式前发生了新娘的化装间里的大贺家家宝红宝石戒指失踪事件。还有新娘香取茜草也不知道被谁绑架了…
英语教师朱蒂准备辞去学校的工作，回美国了。兰和园子为了帮朱蒂举办送别晚会，去了中学时候同学七川打工的便利店。但时候，在店里店长却把七川当成了小偷。兰他们想把七川的罪名洗拖时却……
虽然并没有在现场，小兰她们是否能证明七川的清白？听到小兰在电话里介绍的情况，好象有三个奇怪的客人借用过便利店的厕所。但是，货物不见的那天，按规定只有七川值班。如果值班的那天只有七川一个人在的话，那么犯人可能很容易就能推论出……
"毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机……
"毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机……
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机……
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机……
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机……
从学校回来的路上，步美与柯南他们分手后径自往家走。她和一个走的很急的穿雨披的男人撞在一起，二人都跌倒在路上。那个男的把女生撞到了就闪，真是个冒失鬼。男子仓皇离去，可步美的手上却出现了一个“5”似的记号……
步美偶然遭遇的不速之客在逃。根据在她手上留下的痕迹，锁定了该人所乘车辆的车种，后紧急拘捕了3名嫌疑者。由于犯人可能持有沾血的钥匙，柯南推测钥匙孔里会有血，所以请求测试荧光反应。
柯南他们不久就能到被称为地球遗产的人造木屋的集落·鬼泽乡去观光了。但是，这个村庄里最近流传着小孩幽灵的传言。这个夜里，柯南他们为了确认幽灵而出去散步的时候，步美和少女幽灵相遇了…
此次幽灵恐慌的第二天，我们下榻的民宅的主人—永仓先生被人袭击了。永仓先生虽然没有生命危险，但是犯人到底是谁呢？警察以重要参照人为理由带走了从在进行地球遗产登陆委员会那里派来的缺德调查官川治，但无法理解的柯南却……
咖啡店的女服务员梓小姐捡到一部手机，拜托毛利小五郎找到这部手机的失主。曾经有个恐怖的男人打过这部手机，但这部手机中记录的电话号码全都乱七八糟的，接的电话也净是没有来电显示。正在这时交通课女警由美来了……
毛利小五郎受咖啡店的女服务员梓的委托寻找手机的失主。而且手机中显示打电话来的男人可能会向电话公司询问，所以女警由美像电话公司调查详细情况。于是从米花站的家到Potts shop Apollo，然后从西餐馆科伦坡那里询问到…
柯南和少年侦探团受园子的邀请去参加了公车钓鱼大会在途中相识了去年的优胜者沙织以及前年的优胜者鳄浏。但是大会的第一天柯南他们一个人也没钓到鱼。第二天、在参加选手们去场地的时候、兰和园子发现了前来大会选材的自由作家船木的尸体。
船木是头部受到重击身亡的。这是一起巧妙的伪装成事故的杀人事件。没有不在场证明的只有鲇川和前年的优胜者鳟渊。杀死船木的到底是两人中的哪一个呢？
"大受欢迎的儿童演员绢川和辉来到毛利侦探事务所希望找到把自己抛弃的母亲。但是线索只有从各地寄来的明信片。看到明信片的柯南推理出她是热海旅馆有关人员。马上向热海出发的柯南他们在当地找到了要去的旅馆。但是在那里发生了杀人事件……
柯南他们受人气童星—和辉之托来到热海旅馆，却遭遇到自由作者鸭下被杀害的事件。3名没有不在场证明的女服务生成了嫌疑对象。但是，她们却没有鸭下手机中那个女人的雀斑。柯南从鸭下看的录象的时间揭穿了这一诡计。
园子的亲戚，铃木财阀的顾问次郎吉在报纸上发出了一张给基德的挑战书。让他来盗取大宝石“大海的奇迹”……基德接受了挑战，说他前一天会演一出好戏。惊慌失措的警察们戒备森严，就在这种情况下，基德登场了！！到底女神微笑的是侦探！？还是怪盗！？
园子的亲戚，铃木财阀的顾问次郎吉在报纸上发出了一张给基德的挑战书。让他来盗取大宝石“大海的奇迹”……基德接受了挑战，说他前一天会演一出好戏。惊慌失措的警察们戒备森严，就在这种情况下，基德登场了！！到底女神微笑的是侦探！？还是怪盗！？
小兰的旧相知佐知子被人杀害了。因为她是在和男朋友两个人在一起时被杀的，所以警察认为佐知子的男朋友是凶手。而且，房间里剩下的2份料理只有佐知子的吃过了。按常理，给恋人品尝料理时，不应该有不等对方就自己先吃的理由！
佐藤警官和高木警官去海滨公元约会。那天、高木警官决定要向她告白就把戒指放在了包里。但是公园内有数十位佐藤追求者的刑警对2人进行监视。不久两人碰巧碰到了柯南一行人他们就照看起了小孩子。然而原本应该有戒指的包中却变成了毒品……
高木警官和佐藤警官的美好的约会、因为拿错的高木警官的包里有毒品、突然变成了搜查毒品交易事件了。公园内高木警官他们和途中遇到的柯南推理出这个包的犯毒者是一个惯用右手的带帽子的男人。不久柯南他们就发现了这个犯毒者却…
少年侦探团偶然发现被谋杀的宠物店主的尸体。于是柯南推理一年内高木刑警的一年中因甲壳虫而产生的关系。要找到甲壳虫就必须到“群马昆虫馆”。这时昆虫馆宣称甲壳虫被盗了。
受兰委托、柯南决定和园子一起对帝丹高中里流传着的幽灵骚动进行调查。事情的起因是2年前、从美术室前的楼梯上摔死的叫做保坂男学生。在次之中、庭院里会突然出现保坂书桌。而且庭院并没有搬运书桌所留下的脚印…
柯南他们在引起幽灵骚乱的帝丹高中调查时，发现了2年前因为事故身亡的保坂的课桌出现在学校的中庭，而且没有发现搬运课桌罪犯的脚印。有嫌疑的人是保健室的世古，美术室的物部，还有图书馆的冢本。揭开谜团的柯南将三人召集到美术室，使园子睡着后，指出了幽灵骚动的罪犯！
在市营工地内发现了被称为“乌鸦婆婆”的江上立江的遗体。好象是为了捡掉了的500元的硬币的时候被从上面掉下来的花盆击中。而且被认为是乌鸦搞出来的事情。但是、观察了现场的柯南发现、这件事并不是乌鸦所为…
小五郎跟踪的名叫松一郎的对象突然在米花饭店坠楼身亡。被袭击的名叫南里熏的女性，在逃跑途中在走廊上摔了下来。同一时刻松一郎的孪生弟弟，竹彦也在自己的家里被人杀死。小五郎正是受竹彦委托，对松一郎的品行进行调查……
小五郎跟踪的一名叫松一郎的男子坠楼而死，他的双胞胎弟弟竹彦也同时被人杀害。从松一郎袭击未遂的南里薰那里了解到有个男子携带巨款去了上京。发现真相的柯南召集关系人开始解迷。
柯南和阿笠博士带哀与少年侦探团前往防波堤钓鱼，中途遇见三个钓鱼的人桐子、金谷和江尻。决定要和桐子比赛钓鱼的元太他们紧张得都钓不到鱼。桐子与金谷打算换个地方继续钓鱼，一个人面对水泥防护墩的江尻却突然倒下了。
阿笠博士带领柯南一行人去防波堤钓鱼遇到了毒杀未遂事件。从钓鱼的船上得知钓鱼的人中有1人是江究要毒害的对象。阿笠博士把钓鱼船开到了附近的医院，留在防波堤的只有柯南他们以及钓鱼客的桐子和金谷。听了两个人的事情以后，意想不到的事实判明……
柯南被园子带到了“糖果之家”。在那里柯南见到了制作糕点的铁人三人组前田刚，藤野泰男，森本友美，还吃到了他们刚刚做出来的东西。他们不愧被称为是铁人，三个人做的东西都很棒。可是，柯南还是感叹的时候，森本和他们的经理桥垣却争吵了起来。然而，中午之后，他们发现了被人用硬物强烈打击头部的店长桥垣的尸体。但是，犯人所使用的凶器并未被勘察现场的警察所发现……
柯南等人目击到米花中央医院的医师大和天诚中了一台数码相机。而且还听说中了奖卷和一年份的啤酒圈的传言，但是这种谣言是没有根据的。经过调查，是一名女性在传播这个谣言……
柯南一行人前去拜访了下周就要发售人气游戏软件【伽斗林２】的发售单位、夏伊宁公司。因想借厕所而进入大楼的元太、光彦和步美却不知怎么地把发售前的【伽斗林２】带出来了。可是那儿却出现了令人意想不到的人影……
小五郎与职业棒球的守垒王能势选手和体育天才本山约好了在冲绳会谈，于是带着柯南和小蓝乘机前往。小五郎等人到达冲绳不久本山就来了。一行人坐电视台的车前往宾馆。途中发现了倒地的能势选手…能势被刺腹部而死。血也好象被雨水冲走了，仅仅能看到倒在那里的状态。
尽管如此本山在医院中还是叫来了警察…本山是知道能势被杀的事了吗？而且叔叔也觉得很可疑。是本山杀死了能势吗？但是本山有不在场证明。如果是犯人，究竟是如何做到的？不久柯南发现时刻表暴露了本山不在场证明中的诡计…
柯南和少年侦探团在废屋附近发现了可疑的3人组。于是柯南一行人接着调查。原来他们正在拍摄要在杂志刊登的毒蜘蛛照片。那三个人人分别是蜘蛛爱好者浦崎，杂志记者安田，大学副教授糸川。浦崎打给预定要来的大学教授新野，却从电话那边传来被毒蜘蛛刺伤的新野的惨叫！
以天体观测为目的，前往天土简易旅馆的柯南一行人，在那里结识了3个住宿客人。他们都是接到一个在1年前已经失踪了的叫河野的人的请帖而前来的。3人分别是河野的未婚妻悦子、天文杂志的总编辑御上，还有编辑成员二河。不久，为了做天体观测，前往丘陵的柯南他们发现了白骨化的遗体…
起初案件尸体的腋下有6根的香烟，在新的牺牲者一侧有7根的香烟，每加害一名受害者会增加一根香烟……但是2起案件到底是不是同一案犯所为，为什么香烟的数量不同？
柯南、兰、哀和少年侦探团在博士的陪同下前往露营地交游。在那里偶遇堀越和美佐这对情侣。但是，堀越好像被任性的美佐任意摆布一样。在这段时间中，正在帐篷里面熟睡的兰却突然被戴了太阳眼镜的神秘的男人带走了……
柯南与少年侦探团前往仓敷吉备津展开周末旅行。在那里捡到了装有写着暗号的5个信封的盒子，也许会有宝藏的念头迅速在元太等人的头脑中膨胀起来。但是，却在暗号上所写的地点周围，发现被人杀害了的尸体……
前往仓敷吉备津展开周末旅行的柯南和少年侦探团，在当地结识的5名男女的家中，发现被人杀害了的5人中的其中一名女性的尸体。警方从她留下的死亡讯息中，对作为重要嫌疑人的其中1人展开了调查，但柯南并不认为他是凶手。于是4人顺着记忆的时间隧道回到了埋藏在他们心底那15年前的秘密……
前往有着“浴袍神灵”传说的村子的柯南、兰、小五郎一行人，在旅馆偶遇了爱情小说作家明智惠理。得知她是为了写新的连续剧剧本、要寻找3名女性作原型而前来此地的。但是，在作为创作原型的3名女性中却有2人被人杀害了……
盛传着“浴袍神灵”传说的村子里，作为剧本创作原型的2名女子在积雪的琴屋旅馆里相继被杀害了。但作为犯罪现场的露天温泉和祠堂却是密室状态。祠堂院子里不但没有受害者的脚印，且还有人暗中注视着去露天温泉时必定会经过的游艺场。而这时柯南他……
柯南回毛利侦探事务所时遇见了等候已久的平次与和叶。原来他们是特意再来邀请柯南他们去大阪游玩的。但平次与和叶对“是去甲子园、还是宝塚”发生了口角。于是二人决定用推理来一较高下、解决这个问题………
平次与和叶关于带柯南他们去哪儿参观发生了口角，最后决定用推理一件杀人案来分胜负。被杀害的是玩具制造厂的社长。现场留下了作为死亡讯息的积木。平次马上就解开了该死亡讯息，但见到仍在拼命推理的和叶，平次他……
柯南等人接收平次邀请到大阪来看甲子园高中棒球比赛，不过在那里捡到一个电话，一个男人在电话中告知他将要在第三回合、第六回合、第九回合结束的时候，企图引爆炸弹。在手机里有暗示放置炸弹位置的暗号。在现场5万多名观众的甲子园球场中，柯南能否搜索到炸弹和犯人？
柯南等人接收平次邀请到大阪来看甲子园高中棒球比赛，不过在那里捡到一个电话，一个男人在电话中告知他将要在第三回合、第六回合、第九回合结束的时候，企图引爆炸弹。在手机里有暗示放置炸弹位置的暗号。在现场5万多名观众的甲子园球场中，柯南能否搜索到炸弹和犯人？
柯南等人接收平次邀请到大阪来看甲子园高中棒球比赛，不过在那里捡到一个电话，一个男人在电话中告知他将要在第三回合、第六回合、第九回合结束的时候，企图引爆炸弹。在手机里有暗示放置炸弹位置的暗号。在现场5万多名观众的甲子园球场中，柯南能否搜索到炸弹和犯人？
柯南等人接收平次邀请到大阪来看甲子园高中棒球比赛，不过在那里捡到一个电话，一个男人在电话中告知他将要在第三回合、第六回合、第九回合结束的时候，企图引爆炸弹。在手机里有暗示放置炸弹位置的暗号。在现场5万多名观众的甲子园球场中，柯南能否搜索到炸弹和犯人？
受到出身音乐世家的设乐莲希小姐的邀请，小五郎带柯南与兰前往她的住所拜访。今晚是设乐家的当家人设乐调一朗的生日。因此作为孙女的莲希决定使用传说中的斯特拉迪瓦里小提琴进行演奏，然而之前弹奏过这把小提琴的两个人都死在了调一朗生日那天……
音乐世家设乐家族突发火灾，一家之主设乐调一朗的弟弟设乐弦三朗被烧死了。当人们认为那只不过是弦三朗睡前抽烟而引发火灾的报应时，柯南却由烟蒂看穿了这起巧妙的纵火案。但是，钥匙打开的却是一间呈现密室状态的房间。随后当调一朗的侄子响辅演奏的安魂曲响起时，调一朗的妻子设乐绚音坠楼身亡了……
柯南一行人在音乐世家设乐家遭遇了2起案件。分别是别墅起火烧死了弦三朗以及不久后设乐家的一家之主设乐调一朗的妻子－绚音也从阳台上坠落身亡。虽看起来只像是简单的事故、但柯南却看出其实那是2起巧妙的连续杀人案件……
为了录制小五郎的电视节目，柯南和小兰在节目制片人的陪同下访问了有梦幻烧酒之名的“高隈”酒的酿酒厂。酿酒厂中一直致力于引进机械化的董事辰村邀请小五郎做形象代言人。第二天，柯南他们去辰村家时，却发现房间里大片的血迹……
制造梦幻烧酒“高隈”酒的酿酒厂的董事辰村遭人杀害了。就在来鹿儿岛观光的柯南一行人在辰村家发现沾有血迹的装饰品的二天后，确定为他杀的尸体被人发现。嫌疑人有怨恨辰村的高隈酿酒厂的老板白石、在酒厂工作的藏子、及杂志社的记者仁美。不过引起柯南怀疑的人却是陪同他们观光的白石的妻子扶美子……
高级公寓的23楼发现了被人杀害的男性尸体。随后赶往现场的高木与佐藤警官、长警官开始了搜查。同时，高木听放学归来的柯南说早上曾见过有可疑的人影。不久后即证明那男子是受害人的同事。可那男子却寄食（吃闲饭）在千叶警官家里…
男性公司职员被刺死事件中，柯南一行人偶然在死亡推断时间看到了一名有嫌疑的男子。当获知这名男子是受害者的同事时，立刻，前往那名男子的住所，然而他怎么在千叶刑警的住所寄食。而且在死亡推断时间时，有他和千叶在一起看电视的证言。在居室中什么也没有发现的柯南对挂钟产生了怀疑…
柯南偶然遇到正在调查杀人事件的高木刑警。打听得知，被杀的是一个镇工厂的社长，同时也逮捕了一名顺理成章的犯人，可却有一个疑问始终无法解决。从刀刺入的角度来看，犯人理应比受害者矮，可是嫌疑犯却比受害者高20㎝。环顾现场的柯南注意到了受害者的老花眼镜……
毛利侦探事务所前有一名男子骑车发生事故、死了。然而，自行车上堆着的皮箱里却装有巨款。读了随皮箱附带的信后得知，这钱似乎是被诱拐的人质家属准备付给绑匪的赎金。而且，信上说人质患有肾病，每6小时需服药一次，否则可能性命不保……
柯南一行人去露营。在拾柴途中，步美等人在森林附近发现了刻有文字的正方型石头箱子。立刻，大家决定前往发现石头箱子的破旧房屋前的沼泽地。阿笠指出石头箱子的原形可能是石灯笼的灯罩的一部分。柯南于是仔细查看沼泽中的物品，发现了很多沉入的灯罩。随后，柯南在沼泽底发现了被石灯笼掩埋的叫玉井照尚的寻宝猎人的遗体。布美等人却准备试着解读藏宝的暗号……
在设有机关的屋内寻宝的柯南一行人，时刻警惕着认为已潜入屋内并盯上了宝物的怪盗基德。元太在1楼误入陷阱楼梯后，被夺宝猎人须藤云造救下。众人共同行动时又偶遇另一名夺宝猎人－推沙利奈。一行人为解开玄机而探寻宝物时却误入了3楼的陷阱。元太、光彦、步美与哀还掉进了地板下…
柯南一行人与须藤云造，推沙利奈，千住理惠推理出了，如果发现了草薙之剑就可以知道财宝的埋藏地点的结论，在地下出口又发现了八个瀑布。柯南认为瀑布支流的某处会有剑。之后，在水路的深处发现了插剑的台座。柯南跃上台座，思索全部的暗号，但谁也不能解开谜团。然后，柯南一行人和须藤等人分手后，哀却说出了意想不到的事情…
柯南与小五郎偶然遇见木下警官与日式点心店工作的相川悦子、法医辻村在争执不休。询问后得知，悦子2小时前目击了一名可疑的男子从高级公寓的105号房内走出。木下他们进入房间后发现了OL（白领丽人）－小泽文枝的尸体。悦子还在房内发现了该男子与文枝的合影、遂认为那名男子就是犯人。可从上吊的死者留有遗书这点来看、又推测为这是起自杀案件…
小五郎带柯南与兰来到委托人的住处。委托人狩谷伴子委托他们寻找遗失的手机。据说她是因为怕在家族中曝光其在手机里与情夫交往的证据。小五郎一行人开始了调查、义父大策、弟弟滋英、丈夫嗣贵、谁都有疑点。最后以伴子自己找到了手机而结束了调查。但是在回家途中，柯南在阿笠博士家却看见了“伴子死了”的消息。
随后，柯南在阿笠博士家看到新闻上正在播出委托人伴子的死讯，画面上出现了她的遗体…狩谷伴子被杀之后，柯南、目暮警部等人来到她的家对事件进行调查。他们从伴子手机已经处于解锁状态判断，这很有可能犯人有关。这个密码需要1万次左右才能被破解，从这点来看犯人是在自己的屋内进行尝试破解，目暮等人得知犯案时间在晚上7点半左右，当时不在犯罪现场的大策、滋英、嗣贵都有嫌疑。
最近，兰开始怀疑柯南的真实身份就是新一。拾起柯南遗落的手机的兰，想用发送手机邮件的方法来确认真相。兰按下了电源开关,却出现手机解锁的画面。正当她为解除4位密码冥思苦想时，却从外面传来了汽车鸣笛的声音。兰看到车牌数字为“46-49”（日语谐音为请关照的意思）时，不由得回想起半年前与新一的约会…
高木刑警，柯南等人与强盗在宝石店遭遇。被追的走投无路的强盗从大楼屋顶纵身跃下，掉在搬家公司卡车的车顶上。由此可断定该男子已死亡。高木请求搬家公司和雇主猫田能够保留现场原样协助调查。在对现场进行勘察的过程中，柯南从男子飞身跃下楼房屋顶等事情中，发现了很多不合常理的地方。不久，强盗的身份确认了，该男子正是在猫田的公司工作的职员，名叫后村。
柯南怀疑那个从大楼跳下自杀的身影，以及使后村丢掉性命的人是猫田。佐藤刑警等人考虑以后村跳楼自杀作为结案论断，准备收队返回警署，但光彦等人对猫田的问话，使他暴露了很多疑点。从质问中高木发现猫田知道只有刑警才知道的事情，甚至连那些只有孩子亲眼目睹的情景，他也知道，于是开始怀疑他就是强盗。而已经动摇的猫田却说出了“如果我是犯人，在跳楼后，又是如何消失的呢？”，这般虚伪的话……
少年侦探团受同班同学松中百合子的委托、追查百合子的曾祖父伊势川刚三留下的关于“给解开谜团者宝藏”的遗言之谜。之后在伊势川的秘书时计带领下，一行人前往了《天使之馆》进行调查。建筑工地内的东、西、南、北4方位分别有座尖塔、上面放置着天使之像。就在他们刚结束调查、而且柯南想说出谜团的答案时却……
少年侦探团与灰原前往“天使之馆”去寻找百合子的曾祖父留下的财宝。柯南在北面的天使塔上发现黑水晶时却不慎落入圈套掉进了地下。时计却乘乱带走了百合子。由于地下像溶洞似的迷宫、他们便只得边垂下绳子边前进。就当他们好容易走到出口时、等来的却是百合子与诱拐她的时计……
上午5点，广松广在住宅区内发现了一名头部流血倒在地上的男性，虽然拨了119，但因救护车来的慢、他便去了消防站。了解得知，被害人大久保岩男是被人用钝器击中后脑、微笑着写下V字后死的。米花东警署的副警长樱田泰造怀疑犯人就是已经失踪的第一目击者广松。柯南则混在旁观者中，关注着事态……
柯南与兰、平次、和叶一起去观看名为“星河童吾魔术秀” 表演。魔术表演中走到了看台的兰与和叶，在表演结束后去向星河道歉。他们在那里见到了魔术师范田力与姫宫展子。原来他们3人是10年前失踪的魔术师正影先生的弟子，之后姫宫还说出“要选出谁才是真正的接班人”这番话。于是，3人相约去正影先生家里商量此事，而柯南一行人也受邀一同前往…
柯南一行人在正影先生家2楼走廊上发现了姫宫的尸体。据悉，存放正影的资料册的仓库有被人潜入的痕迹 。平次推理是犯人计划偷了资料册后、利用停电从正影的房间窗户逃脱的，但因为被姫宫看见而杀人灭口。而目暮警部听取情况后认为犯人不会是范田、星河与满里。之后，柯南看见年轻时的范田、星河和姬宫的合照时察觉到了某事……
兰与和叶想起停电前后花瓶的影子发生过变化。在停电前，月光投射的影子在花瓶的正后方、而停电后却在花瓶旁。之后，目暮、柯南他们进入了范田打盹的房间搜查。由于柯南与平次认为犯人是不可能从房间里的小窗逃跑的、所以判断犯人不会是范田与满里。而且，千叶留意到庭院的树丛中有折断的树枝与脚印、因此目暮认为是外部人员作案……
柯南他们要参加伊东玉之助剧团的一场特别演出。玉乃助他们的演出剧目为“竹取物语”，由玉之助饰演帝、片冈莲花饰演辉夜姬。就在剧团演员们积极排练时，片冈联合企业的会长片冈半四郎出现了。原来，他是莲花的父亲、此次前来是来带离家出走的莲花回家的。不久，公演的日子到了，玉之助与柯南一行人去接莲花时却发现莲花被人诱拐了……
柯南与少年侦探团、玉之助开始寻找被绑架的莲花，与此同时，警方的搜查也在进行之中。大贯带着赎金开车前往犯人指定的地点交纳赎金，目暮与高木则坐便衣警车暗中跟踪保护。大贯刚按犯人的指示摆脱了便衣警车，犯人就抢走了赎金。柯南他们调查了关押孩子的仓库后、立即赶往大贯被人袭击的现场。随后，柯南留意到旁边商店街上的防盗监视器……
柯南、少年侦探团、哀和阿笠博士去森林里采集昆虫。阿笠博士要让他们寻宝并给了一个叫“丸虫帐篷”的暗号。柯南与元太他们决定一起解开暗号、但是失败了。而这时，柯南的手机里收到了和园子一起去海边玩的兰发来的邮件。据说是与兰住在同一家旅馆的一个男人被人杀害、而且兰她们也受到了袭击，因而兰求助来了……
柯南收到了捡到园子书包的人，用园子的手机发来的短信。柯南利用变声器，使用新一的声音与小兰联络，转告注意事项。此时，前往警署的小兰,向柯南说自己已经在归途了。小兰和园子请被杀的见山的朋友嘉纳，开车送她们回旅馆。之后，柯南解读出了阿笠的暗号。而且也发觉了见山房间窗户上残留下的“teiu”暗号的真正含义……
为了提供自己的办案经验给“名侦探玛格列”的三位编剧，小五郎带着柯南一起到了日卖电视台。由于约定的时间还早，小五郎便和柯南在电视台内的咖啡厅打发时间。想不到此时却接到该剧集制作人凉子小姐的联络。小五郎与柯南两人接到联络后，急忙赶往会议室，却在现场见到死状痛苦的编剧八神。而八神的遗体旁边还留有一个小杯子，小五郎依照现场的情况，判断八神极有可能被人用氢酸类的药物所毒杀……
少年侦探团一行人出去C组的由香家里去看绿鹦哥。在那里遇到了她母亲的朋友坂口慎也，然而由香却无视坂口把朋友带进屋内。这个时候，由香感觉鹦哥有些变小了。随后，大家了解到坂口在宠物店买了一只鹦哥的事情。步美、元太、光彦决心弄清真相，去采访了米花大学研究所工作的坂口……
小五郎因为受国友家的执事--赤冢的委托，帮助他们解开恶灵的诅咒。他和柯南、兰一起去了公馆。随后，柯南他们面对的是公馆收到的谜般的卡片和在4号多次发生的奇怪事件。主人国友淳大再次请求他们在公馆内重复调查。晚饭后，呆在2层房间的柯南他们，发现了在3楼的阳台上吊着的安全公司经理关口先生的尸体……
13年前，发生过的国友淳大的沉船海难事件，和公馆全体工作人员的家属死亡事件渐渐的浮上水面。柯南认为有恐高症的波花不会接近关口被杀的3层的阳台，所以很难行凶。同样，茂子、绵引、赤冢也有奇怪的习惯和病症，都不太可能是杀害关口的犯人。但是，柯南推理有人可能只是装着有癖性和症状的……
得知死去的关口住在横滨后，横沟警部联络了在神奈川县警察局工作的弟弟重悟。于是了解了13年前的9月26日关口工作的保安公司的社长失踪的事情。而且，社长失踪3天后也就是29日发生了淳大的沉船事件。之后，柯南确认了大家各种怪癖症状的真假，召集在房子里工作的所有人回到房间……
柯南们去参观步美发现的可爱的新房子。从阁楼的天窗可以看到毛利侦探事务所的一部分。2天后，柯南们从步美那听说，那个房屋卖掉了。据说买主是70多岁的老夫妇。并且，柯南们认识那个房屋里的老太太之后，偷拍在事务所吃晚饭的柯南们的人物出现了。竟然是住在阁楼的家的老夫妇……
小五郎、柯南、兰在旅行途中认识了出云大社旅馆老板的女儿－江角荣子。荣子似乎有隐情，不想结婚。第二天，在八云瀑布下发现了男性的尸体。死者是荣子的结婚对象－鳄渊耕司。岛根县警察局的山根刑警推断是强盗杀人事件，因为鳄渊所持有的价值1千万日元的刀从凶杀现场失踪了。但是，在稻佐的海滩上发现了那把丢失的刀……
柯南推理出荣子和福间的不在场证明存在漏洞。随后，柯南与兰在旧大社车站从一位主妇那里得到，鳄渊被杀时她曾在车站看到荣子的证言。小五郎，山根刑警等人再次对荣子和福间进行问讯，2人的证词存在很大偏差，明显是在说谎。2人很明显是替罪羊，真凶是石飞和藤江2人……
柯南等少年侦探团成员无意中发现了阿笠博士40年前收到的女孩子写来的明信片。当时，小学6年级的阿笠博士与一位害怕狗的女孩子相遇，并成为好友。但是，她匆匆留下一张写有：“每10年的11月24日在留下美好回忆的地点相见吧”的明信片后，就突然搬家了。偶然间发现今天刚巧是40年后的11月24日。柯南等人决定以明信片为线索，让阿笠博士和初恋的女孩子再次相见……
柯南及少年侦探团等人，决定为帮助阿笠寻找初恋少女，而挑战40年前留下的明信片上所写的数字暗号。大家推理认为暗号所隐藏的少女等待博士的回忆地点应该是东京动物园。虽然在园内反复寻找，但都以认错人告终。离日落只有大约1小时了，大家对2人的再次重逢死心时。阿笠却回想起少女的头发是金色的……
某日清晨，柯南等人正在观察4只青虫时，看到有警车在附近停靠，为打探消息，随即赶往现场。根据高木刑警的叙述得知，独自生活的一位老人被杀了。利用午休时间，高木等人来到学校。据说昨晚，有个少年刚巧目击了犯罪经过，随即来寻找那名少年。高木虽然找到了那名目击者圭一，但是圭一却不承认看到过犯人……
小五郎和柯南在服装租赁店遇到了化装的木岛、石川及中村。3人都是为前往一位叫梅田的女性家里参加化装派对。随后，小五郎和柯南在归途中，偶遇前方驶来的警车上的目暮警长。原来是发生了梅田被勒死后宝石被盗的案件。作为第一发现者的那3个人，说到达公寓的时候，刚好看到有个男人跑出来的证言。之后，拿走梅田宝石的男人被找到了，白川被确保……
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理……
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理……
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理……
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理……
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理……
放学后，兰发现自己的鞋柜里有封情书。之后走出校门的兰与园子，还忽然遇见了柯南。后来，柯南与和警察在一起的远野百合子打了招呼。随即，1年前死了丈夫的百合子，吐露出了空宅子里有入侵者的事。然而，百合子家里的衣橱中的钱，被人取出一次后又归还了。询问了详情的柯南，推理出犯人是与百合子或她丈夫相识的熟人……
光彦的童年玩伴－一个叫雨宫祥子的4年级女孩突然失踪了。祥子昨天打来电话时一副欲言又止的样子说有事要拜托少年侦探团。由于祥子的外表与灰原十分相似、而灰原又推测祥子的新班主任平山老师是黑衣组织的同伴，因此她担心祥子会被误认是灰原而遭到绑架。于是，柯南一行人由光彦带路直奔祥子家，不料却在那儿见到了平山老师……
柯南及少年侦探团成员在上学途中对突然消失的4年级学生雨宫祥子进行寻迹查找。柯南从祥子在附近的便利店购买的东西推理出了其所在地点。在由美的带领下众人前往一座废弃的仓库，却只发现了2只幼猫。祥子给幼猫喂食了牛奶。但是，仓库内并没有祥子的身影。之后，柯南等人发现在仓库前的道路电线杆附近散落着一些车灯碎片，随后又发现了血迹……
身为小五郎迷的兰班上的转校生本堂瑛佑来到了侦探事务所后，事务所内来了一名叫三角笃的男子。原来他是来委托小五郎帮忙寻找其妻子安美的。据悉，昨夜他与妻子吵了架，今早起床后发现妻子不见了。由于安美的车上有三角工作用的书，所以他希望小五郎今天就能找到她。小五郎、柯南、三角他们为了找安美，决定先前往三角夫妻俩相识的地方寻找……
小五郎、柯南、兰在餐厅里偶遇来参加联谊会的千叶刑警与高木刑警。而且交通科的宫本由美与佐藤刑警也来了。 联谊会上，主办者江本将史的姐姐彩说很担心5岁的表弟浩太一人在家而要回家去。因为2星期前家里发生过怪事。于是，柯南、佐藤等人便一同前往了彩的住所。然而浩太却不在家里。浩太被人绑架了……
浩太被绑架了，犯人索要100万日元赎金。柯南推理认为是缺席了联谊会的六田卓子，引屋门成，佐塚良兼中的某人伪装后绑架了浩太。 线索是3月26日，浩太去那名男子家的时候观看了棒球比赛的转播。根据彩的描述，当时浩太认为那是一场无聊的比赛。佐藤考虑如果能够知道是哪场比赛，再与将史的接打电话的时间进行核对的话，是可以追查出犯人的……
小五郎与柯南为了得到小说家梅津修的亲笔签名而前往了他的公寓。然而，为钱而来的儿子隆与修发生了争执，于是修让小五郎在外面的咖啡店等候。隆走后，修的弟子荒木千佳便出门取材，秘书三上透则去了电视台。 不久，小五郎他们遇到了三上。三上说他给修打电话却一直打不通。于是，小五郎等人立即返回公寓。当他们用管理员给的备用钥匙打开呈密室状态的房间时，却发现修死了……
前来事务所的中谷赖子就隔壁邻居家的一条叫武藏的大型犬经常犬吠不止，来与小五郎商量解决办法。因为害怕被袭击而没有解决办法。知道武藏的兰和柯南，认为它不是那种不服从命令，而袭击人的狗，而加以庇护。 数日后，武藏的饲主堤英輔和美里归家时，从庭院传来赖子的喊叫声和武藏的犬吠声。赖子的继母绢江躺在庭院中，颈部流血不止而亡……
由班主任小林老师牵线，少年侦探团接到自由撰稿人杉森政人的取材委托。取材当天，小林弄错了见面地点、带着柯南他们去了杉森的公寓。柯南提议在杉森的房间内进行取材，小林便按下了杉森房间的门铃。然而却无人应答，元太擅自打开门进入了房间。不料却看见房内的杉森头部出血已经被杀害了……
柯南由飞溅在录音电话键上的血中途消失了来看，推理出犯人打死杉森后，为了在录音电话上制造出不在场证明而打来过电话。 目暮警官等人确认共有4个录音留言。莲田晴华打来的时间是上午11点25分、桧垣敏则是11点27分、稻叶淳史是11点28分、小林老师则是11点30分打来的。高木联络了除小林之外的其余3人，准备逐一进行询问………
柯南、兰与打扫工藤家书库的园子，留意到一张根据优作的著作而拍成了电视剧的“女高中生侦探YUKI的事件簿”的照片。照片上有与新一、兰同样是16岁的上户彩。听兰说，这是4年前首次担任主角的彩来拜访优作时拍的照片。 之后，一名年轻女子来到了工藤家。那人正是上户彩，原来她有事来拜托新一………
小五郎、柯南、兰受邀与"POARO"咖啡馆的梓见面。原来，一名与父亲一起来店里的叫长部满的5岁孩子发来的邮件使梓十分困扰。满似乎经常用父亲的手机给梓发来邮件，这天他都发来4封了。然而，第4封邮件的内容耐人寻味，非常担心的梓回复后却无音信。想着满应该没与父亲在一起、柯南他们越来越担心………
上班途中被人袭击的公司职员笹本安太郎联系了朋友神尾俊之。2人一同前往小五郎的事务所说明被人袭击、犯人是大学时代的推理研究会的成员日影呈一的事。 半个月前，日影寄来了写着要杀害神尾昔日的同伴的杀人预告小说。小说中写着被害的会是研究会的笹本、神尾与根津猛。没想到，前天便如小说上所写的那样：根津被杀了……
阿笠博士带柯南等人去《假面超人》的外景拍摄地参观。拍摄现场，导演深町等人对表演者力石提出的惊险的特技方案极力反对。 深町虽然以“若遥控操控着车，那就不用表演了”为由说服力石，但力石为了能表演却紧急发动了车。后来，车突然从停车场大楼的屋顶上坠落。压坏了的车内、坐着当场死亡了的力石……
铃木由美和新田秀子带领小五郎、柯南前往一所公寓，发现山本信男口含改造手枪，死在公寓某房间内。发现尸体的2人说2点45分时听见了类似枪声的声音。而且当时2人在一起。 后来2人暂时分开了，而3点多再次汇合时，他俩目睹好友中西三郎从山本的房内走出来，随后便发现了尸体。小五郎认为是中西故意伪装成自杀的样子……
建筑工地里坠落下钢筋、站在正下方的男子猛地一躲，头撞在地上昏了过去。正在附近的柯南与少年侦探团急忙叫来了救护车。 急忙赶来的高木刑警查看了该男子的手提包，发现里面装有打成环形的绳索、军用手套、及用打字机打出的遗书。该男子名叫真中大二郎、今年27岁。高木、柯南等人正打算向医院中的真中询问情况，不料发现他丧失了记忆……
去赶海的柯南、少年侦探团、灰原、阿笠博士，在那儿结识了闷闷不乐的大学生牛込嗣夫。后来，牛込的社团成员三濑隆、八岛光枝、久津梢子买东西回来了。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午饭便回去了。 之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，于是元太等人为他送去，没想到到了停车场后却看见牛込已经死在车内……
牛込是因喝了掺进氰化钾的绿茶后中毒死的。神奈川县的横沟警官发现装着氰化钾的瓶子翻倒在尸体下、而且牛込打开了绿茶的瓶盖后没人再碰过，因而他断定这是自杀案件。然而，柯南却对此很怀疑。 后来，柯南发觉元太的举止很古怪，于是调查三濑等人的车内垃圾，最后确信牛込绝不是自杀……
小五郎回到事务所时，看到柯南和兰正在照料英理的猫。兰说英理前来拜托：希望在她出门的这段时间里可以把这只名叫五郎的俄罗斯蓝猫寄养在事务所。兰把五郎（猫的名字）托给小五郎照料后便去上学了。在她走后，有一个自称为桐下的男人，来到了事务所。 桐下拜托小五郎帮忙解读自己女儿误发来的手机短信。因为短信的内容像是什么暗号，桐下无法破解其中的含义……
柯南、兰、园子与本堂瑛祐去园子的别墅，但眼前的吊桥塌了。兰等人决定在有人来接他们前先前往附近的别墅休息。 屋主槇野纯、天堂享、仓本耀治说他们的别墅有问题。这栋别墅最初是一对富翁兄弟建造的，哥哥说有妖怪从窗外潜入了别墅后便封印了窗户。据说次年，哥哥的妻子自杀、哥哥追着什么从3楼跳下……
伦子在密室中上吊死了。群马县的山村警官认为这是一起伪装成自杀的密室杀人案而展开了搜查，并向纯、享、耀治等人询问情况。 据了解，伦子进了一间从未开过窗的房间后，耀治就在楼上自己的房间内练习吉他、享在楼上自己的房间内听CD、而纯则留在那间不开窗的房间内整理书籍。后来，柯南留意到，只有书架上的百科辞典没有按卷数依次摆放……
小五郎要去参加米花街业余文艺会演，于是便与柯南、目暮警官、街道主管上岛长郎一同前往会场。途中，小五郎等人顺路去了有大会嘉宾、相声演员满乐亭市松帮忙的、目黑美弥开的饭馆。 大会结束后，只剩下了有人找的市松。小五郎、上岛等人去咖啡馆“meruhenn”继续玩……不久后，有人打目暮的手机说市松被刺死了……
小五郎，柯南，兰在东都迎宾馆出席完婚礼后，在走廊碰见新郎打扮的高木刑警和新娘打扮的由美。其实，两人是被强盗当作目标的新娘和新郎的替身。据说半年前，强盗潜入新娘的娘家，被新郎赶走的强盗在逃跑时留下了绝对不能忘记这份仇恨的恐吓。
从被留下的菜刀验出的指纹与连夺6条人命的连续盗窃杀人案罪犯的指纹相吻合，前天，充满恐吓意思的威胁信被人放入了新娘家的信箱里。之后，在堤无津川的仓库发现了被割喉焚烧的尸体，从燃烧残留下的指甲上验出了强盗的指纹……
小五郎受魔术师的冬城幻阳邀请，带柯南，小兰前往举行表演的米花会馆。冬城告诉毛利说团员中的某人打算加害自己。据说最近，在练习中曾2次发生，由于悬挂的器材脱落而险些送命的事情。 团员有身为助手的上原美佐和中川千明，影像人员石田一马，演出家庄司真吾，起重机人员的长谷川实5人。除石田外，其余4人都有所谓加害冬城的动机……
水中逃脱魔术失败的冬城在水槽内明显是筋疲力尽的样子。小五郎，柯南，目暮警长等人调看了一马摄录下的当时事件的影像确认了当时的情况。 冬城的死因是溺死，大致没有问题。问题是这是事故，还是谁事先策划的，但是小五郎已经指出是美佐和千明犯下的罪行。并作出了2人合谋没有拔出机关销子，致使冬城没有顺利逃脱的推理……
小五郎，柯南，兰，园子为了看伊东玉之助的剧团的戏剧表演，而前往了有名的剧院：金丸座，与玉之助、莲华，惠美等人再次相见。这次，剧团上演的是以《歌剧院的怪人》为蓝本改变的《金比罗剧院的怪人》的时代剧，玉之助饰演怪人，女演员轻部芦美饰演女主角歌手。
这之后，在彩排中大吊灯突然落下，由于芦美额头受了小伤，玉之助不得不在剧院，公开了被实际存在的怪人要求更换女主角的事情。原来团长宛已经收到了"换女主角，换莲华！"的威胁信……
柯南、少年侦探团、灰原与阿笠博士一同去了SF电影《星剑战记Ⅵ》的试映会。开场前，排着队的柯南等人结识了摄影师建井文吾。原来，建井是这部电影的忠实影迷，他和女友亚美就是在这部电影的试映会上相识的。可是今天却迟迟不见亚美。据建井说，昨晚，该电影的工作人员鸭川打来电话说要把试映会的票给他，于是，建井便出门赴约………
小说家万田年久在旅馆的504号房间赶写小说原稿。编辑岛木在离截止时间只有2小时的时候前来催稿。此后，岛木离开房间后，万田化装成服务生，带着猫咪诺贝尔离开了旅馆。 万田路过柯南等人打简易棒球的场地，进入了弟子原本高平的家。万田从代理作者原本那里得到原稿后，用花瓶猛击原本的头部，将其杀害了……
少年侦探团、灰原与柯南等人发现小说家万田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮调查了死亡推定时间内的不在场证明。万田说他从昨晚起一直把自己关在旅馆的房间内、案发时也没出过房间。 高木发现旅馆和原本家确实很近。可是，岛木说自己确实在旅馆的候梯厅等万田，这样万田从旅馆脱身就成了很勉强的证言……
小五郎和柯南看到警车驶过，便和目暮警官一同赶往杀人现场。原来是公寓的某屋内发现了小说家齐川村子的尸体。死因是头部被物品打击致死。发现尸体的是迷宫出版社的编辑远野舜一和公寓管理员村田启三。 远野说，几天前有个自称叫大蛇谷良的人给村子寄了一张写着“索命”的明信片。而“大蛇谷”，其实是村子的代表作中的天才罪犯………
柯南和小兰受到园子的邀请，前往森林赏红叶。实际上，这个森林是电视剧《冬天的红叶》的外景地。因男女主人公在树枝上系有红色手帕的树下再度相见的场景而闻名，园子也很期待和京极真的再度相见，打算也在小树枝上系上红手帕。 这之后，柯南等人在森林中偶遇自称是拍摄电视剧广告的穗织。而穗织却请求柯南等人帮下忙……
穗织的遗体在森林中被发现，群马县的山村刑警前来展开搜查。经鉴定的结果，穗织的死亡时间推断为下午5点。先是腹部被刺之后，胸部也被刺。山村是通过对电视剧制作人员通了电话后确认了其身份。 此后，柯南等人受穗织的委托，前往FANS住宿的红树旅馆。从今早记录的登记簿，及穗织的话中筛选出3名嫌疑犯住客…
上学前，柯南等少年侦探团成员顺便到同学千春的家歇脚。千春被一个非常严厉的男人教授垃圾的分类摆放方法，开始向他学习。 柯南等人到达公寓后，正好在脇的垃圾收集所，岩田严注视着不务正业的鹤间的垃圾分类摆放方式。元太认为烦人的岩田不会被周围人怨恨。然而，3天后，却发生了杀人事件……
转校生东尾玛利亚与因伤休学归校的坂本拓马在1年级B班结识。借此机会，班主任小林澄子以午休要与人见面为由, 拜托同学们午休时不要回教室。 不久，午休结束了，在图书馆度过午休时间的柯南等人回到教室后，发现黑板上面贴有一张纸。上面写着“小林老师暂时留在我这里 你们应该知道地点吧？ 怪人二百面相”……
放学后，柯南等少年侦探团队员来到图书室选择写观后感的书。步美选择的书的最后一页破损了，柯南和步美便找最后借此书的1年A班的内藤司询问情况。但是，司没有任何理由，而没有来学校。柯南和步美为了问清书的事情，只好前往司的家。此时，在理科教室内从米花博物馆借来的再来石被盗了，元太和光彦紧追一名奇怪男子……
本堂瑛佑来到毛利侦探事务所。忽然，柯南注意到自己看过的漫画杂志上有关著名音乐家－板垣ROCK的报道。兰也想起了ROCK的歌迷园子所说的话。当时园子认为，ROCK出道不足1年便中途隐退、一定是有原因的。 不久，柱谷及其儿子阿巧来到了事务所。而且，阿巧竟然说他亲眼目睹了ROCK从桥上坠落………
一听说是在堤无津川发现著名音乐家板垣ROCK的尸体的，柯南等人与目击者阿巧急忙赶往现场。可是，阿巧已经记不清是在杯户新桥、杯户中央桥、还是杯户大桥，因此众人难以展开搜查。 后来，阿巧说他记得那名男子的手臂上刻着印度时代的乐队的记号。于是，柯南等人立即前往ROCK的歌迷刺青的商店………
早晨，小五郎、柯南、小兰、本堂瑛祐来到楼下的波洛咖啡馆。本堂说在一个个人主页的站长日记中，发现了一件类似福尔摩斯的小说《红发联盟》中的事件。日记上写着这是一件会有很高报酬的工作。 工作只是一件与垃圾回收有些关联的事情，但是每次可以得到5万日元的回报。柯南等人认为这项工作存在很多疑点，决定前往放置垃圾的场所一探究竟……
在垃圾场附近发生了枪杀事件。受害者是住在附近的船本兼世。由于有贵重金属丢失，警方认为抢劫的目的很明确。但是，被害人的儿子透司说是由于母亲说出了交通事故的真相，所以被杀人灭口了。透司是水无怜奈那起交通事故的目击者。 但是，柯南用别的事情替换掉了不能让目暮等人了解的事故真相。此后，柯南等人离开事件现场，前往受害人兼世的家……
柯南及少年侦探团等人在前往米花中央公园的途中，偶遇高木刑警等人。原来是昨晚，在附近某住户家发生入室行窃案件。据说有300万左右的日元被偷，犯人目前还在逃窜中。之后，柯南等人在游览时看到米花警署人员在公园池塘围捕大颚龟的情况。不久，柯南等人在游览的人群中找到了饲养者木俣泉。泉虽承认扔掉龟的事情，但此后声称自己是龟的饲养者的二本松二郎却现身了……
画家及川武赖的别墅收到了怪盗KID的犯罪预告函。被当作目标的是及川的最新作品《青岚》，预先告知的犯罪时间是20点。中森警长在指挥现场的警戒任务，小五郎，柯南等人也受到委托前往别墅。在距离犯罪预告的时间还有30分钟的时候，及川因为想前往工作室确认下画的情况, 希望可以关闭10分钟左右的监视摄像机。可是，在及川结束对画作的确认时，别墅突然停电了……
新作品《青岚》从画家及川武赖的别墅被偷走，同时及川的岳父神原晴仁被人用小刀刺死。目暮警长判断是罪犯是怪盗KID的可能性很高。柯南注意到怪盗KID 已经变装成目暮警长，佐藤刑警，高木刑警，千叶刑警中的一人，于是前往新闻报道团队中打听情况。此后，柯南在工作室前向防暴队员们详细询问起了停电时候的样子……
柯南和小兰乘坐小五郎驾驶的租借车辆前往温泉。在路上接到了目暮警长打来的电话。目暮向接电话的小兰说明了车辆已经被安装炸弹的情况。根据目暮的提示，如果行车超过10公里，就会自动启动爆破装置的倒计时。但是，行车已经超过10公里了。于是按照目暮的指示继续开车。可如果车速低于20公里以下的话爆炸装置就会爆炸……
柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感觉……10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号的挑战……
柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一与小兰，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除 OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪……
小兰和柯南带着花束，来到妃英理的法律事务所。拜访前夜，小兰在整理书架的过程中，发现了一本旧相册，从而得知这一天是英理和小五郎头一次约会的纪念日。但是，即使受到了小兰的祝福，英理态度依旧冷淡。相反，英理在接到一个电话后，反倒被谁约了出去。此后，小兰和柯南从花瓶里面发现了英理和一个男人合拍的照片及结婚戒指。小兰猜测英理可能移情别恋了，便追了出去……
傍晚，立松新三郎和小此木清隆在米花公园被车撞倒，恰巧路过的小五郎和柯南将2人送上救护车。柯南看着立松的脸觉得很面熟。原来，半个月前，立松作为日本第一运气不佳之人被电视台报道过。小五郎认为立松他们是运气不好而遇到的交通事故，但是一名年轻的目击者车却说汽车是故意撞向2人的……
看完足球赛后，柯南，阿笠博士等人决定去吃乳酪蛋糕，开车驶向大楼的地下停车场。在这里柯南等人与来买蛋糕的德国人鲁特格尔成为朋友。由于支持的队伍败北，郁闷的元太独自在停车场踢着球。此时，传来了咣当的响声，受到惊吓的元太摔倒昏了过去。然而，等元太清醒过来时却发现，鲁特格尔头部出血倒在他身旁……
鲁特格尔在地下停车场遭人用铁管袭击，被送往医院。元太深信是自己踢的球击中了鲁特格尔而使他受伤，陷入茫然之中。案发时间出现在停车场的除了元太之外还有儿岛干史，玄田辰造，稻垣大将3人。高木刑警逐一对3名嫌疑人进行询问，确认在犯案时间时，三人正在做何事。打算帮助元太洗刷罪名的光彦和布美，开始展开各种推理寻找罪犯……
星期一晚上7点半。小五郎向兰、柯南转告说西餐厅人比较多，大约8点才可以进入。离预约的时间还有30分钟，小五郎等人决定临时解散，8点前再集合。柯南打算在2楼的书店消磨时间，来到了商店街和高级公寓组成的综合性建筑物的正门口前。随后，柯南登上楼梯的时候，从2楼传来了女性的悲呜。柯南跑向现场……
柯南，小兰，服部平次，远山和叶乘坐小五郎驾驶的租赁车来到观赏樱花的著名景点。在这里，一位叫傅久的年轻修行僧在发现小五郎后很吃惊。原来傅久希望小五郎可以替他揭开一个谜团。据傅久讲，前几天，前来拜访和尚的一名女性从房间消失了。小五郎等人拜访寺院，柯南和平次决定弄清真相……
柯南，小兰，服部平次，远山和叶乘坐小五郎驾驶的租赁车来到观赏樱花的著名景点。在这里，一位叫傅久的年轻修行僧在发现小五郎后很吃惊。原来傅久希望小五郎可以替他揭开一个谜团。据傅久讲，前几天，前来拜访和尚的一名女性从房间消失了。小五郎等人拜访寺院，柯南和平次决定弄清真相……
柯南，小兰，服部平次，远山和叶乘坐小五郎驾驶的租赁车来到观赏樱花的著名景点。在这里，一位叫傅久的年轻修行僧在发现小五郎后很吃惊。原来傅久希望小五郎可以替他揭开一个谜团。据傅久讲，前几天，前来拜访和尚的一名女性从房间消失了。小五郎等人拜访寺院，柯南和平次决定弄清真相……
柯南，小兰，服部平次，远山和叶乘坐小五郎驾驶的租赁车来到观赏樱花的著名景点。在这里，一位叫傅久的年轻修行僧在发现小五郎后很吃惊。原来傅久希望小五郎可以替他揭开一个谜团。据傅久讲，前几天，前来拜访和尚的一名女性从房间消失了。小五郎等人拜访寺院，柯南和平次决定弄清真相……
在高级公寓的某房间内发生强盗杀人案件，大惊失色的小五郎和柯南闻讯赶来。受害者是小五郎常去的“向日葵”酒吧的经营者井上弘子。是在同居中的情人，高冈明由于工作前往福岛的时候发生的案件，第一发现者是高冈的工作伙伴，木塚修。死亡推断时间为从白天11点至下午1点，但是对面的烟铺老板却说，在这段时间并没有人进入高级公寓……
柯南及少年侦探团、小哀一同搭乘阿笠的车前往露营场，行驶途中在森林发生爆胎。柯南等人前往附近的农户，向住在那里的田中伊和江提出希望能够留宿一晚的请求。此后，因车辆缺乏燃料的安达赖人，香原风雅，大庭茜等相继出现，同样提出希望能够在田中家临时借宿。据说赖人和风雅是主方，茜是二人的上宾。入夜十分，从外面传来悲鸣，柯南等人冲出门外……
光彦说自己在半夜看到田中在磨一把红柄的菜刀，田中则否认自己有菜刀的事情。之后，阿笠发现自己包里面的铁槌不见了。柯南就铁槌的事情向警察确认，得到了铁槌已经在附近的森林中被找到的消息。此后，在与警察的交谈中，衣厨上的梧桐箱子引起了柯南的注意。而箱子里面却放着一把红柄菜刀……
柯南、少年侦探团、灰原在路上偶遇步美的朋友秋本靖代。据靖代讲，自己是去给一位巡逻警员送点心的。但是靖代并不清楚那名巡逻警员的名字，两人只是在路上遇到时相互问候过。是个留着胡子的穿制服的巡逻警员。之后，柯南等人和靖代一起前往米花车站前的派出所，接待他们的新井巡逻警员，却说并没有这样的警员存在。难道那个巡逻警员是个冒牌货……
柯南从兰和园子的对话中得知，本堂瑛祐正在四处寻找水无怜奈。与此同时，平次找上了柯南。平次告诉柯南，他找到了认识小时候的本堂的人。那人正是通天阁附近的煎菜饼店的店长。据店长透露，本堂的父亲带着年幼的儿子、时常来光顾的。而且，让平次更惊讶的是，本堂的父亲还常和身着黑衣的外国人来店里………
西郡的房间被人闯入了，照片也丢了。嫌疑犯可能是原女友早织，喜好制作模型的朋友多湖和古庄。3人均持有房间的钥匙。西郡向3人分别拨打电话，打听他们在干什么事情。早织说自己出来买东西，多湖在自己房间里制作着战车模型。古庄说自己由于感冒，卧床在家。西郡并没有从3人中发现可疑证词的人……
柯南和哀在寻找从树上救下的小猫的主人。之后遇到了自称猫主人的恰恰茶店的石上 保。为表达对找到小猫的谢意，邀请两人到店内坐坐。此时，从对面的大楼内跑出的脸色苍白的今冈文枝呼喊石上过去。石上、柯南等人赶到金丸事务所的办公室后，发现保险柜前一名男性头破血流倒在那里……
走在警视厅的佐藤刑警被众多同事纷纷注视着。此后，高木刑警被白鸟警长质问佐藤刑警所带戒指的事情。此时，佐藤的手机响起。高木完全没有搞清楚是怎么回事，而将视线望向佐藤，第一次注意到她左手无名指上戴着戒指。高木认为只有订婚的人，才在左手无名指上佩戴戒指，备受打击。同事们则误认为是高木赠送的婚约戒指，而高木坚决否认是自己赠送的。
走在警视厅的佐藤刑警被众多同事纷纷注视着。此后，高木刑警被白鸟警长质问佐藤刑警所带戒指的事情。此时，佐藤的手机响起。高木完全没有搞清楚是怎么回事，而将视线望向佐藤，第一次注意到她左手无名指上戴着戒指。高木认为只有订婚的人，才在左手无名指上佩戴戒指，备受打击。同事们则误认为是高木赠送的婚约戒指，而高木坚决否认是自己赠送的。
柯南、少年侦探团、灰原和阿笠博士去日卖电视台参观假面超人的拍摄。然而，由于拍摄的时间延迟了，于是柯南等人只好改为参观电视台。在电视台里，他们恰巧遇见了“三途之III”的主唱撒旦鬼塚。鬼塚离开后，光彦才想起姐姐拜托自己问鬼塚要签名的……柯南等人想法设法寻找鬼塚的休息室，终于，光彦顺利得到了签名。此时，AD三岛突然面色惨白的跑进休息室、把鬼塚一行人带到了会客室。
柯南、少年侦探团、灰原和阿笠博士去日卖电视台参观假面超人的拍摄。然而，由于拍摄的时间延迟了，于是柯南等人只好改为参观电视台。此时，AD三岛突然面色惨白的跑进休息室、把鬼塚一行人带到了会客室。原来，鬼塚所属的艺人事务所社长---漆原典儿在会客室里被害了………
东京拘留所的接见室内，妃英理律师与嫌疑人竹内浩明会面。竹内因在酒铺喝了酒后，用车撞上了受害者，之后逃逸。担任此案公诉的九条检察官认为应对竹内处以 10日拘留。妃律师问讯了不被释放的原因，但竹内什么也没回答。一方面，小五郎，柯南，兰为了协助妃律师，前往警察署对事故车辆进行调查。
观察了车内布局的柯南对驾驶座位狭小的空间存在很大疑问。如果是男性的竹内坐在上面的话，太过于狭小了。据办事员讲，九条检察官也注意到了座位的狭小问题。此后，小五郎等人从目击事故的出租汽车司机那里问清了事故的经过。根据司机回忆，现场查证的时候，九条检察官认为存在犯人是女性的可能性……
成为柯南的工藤新一给在大阪的服部平次打手机聊天，由于柯南这个月解决的案件比平次多一件而稍微炫耀了下。于是，平次打断了新一打算继续探讨案件的念头，却回想起3年前滑雪场的事件……3年前，平次与和叶所在的改方学园初中部来到山形县的滑雪场。和叶从同学那里听到这座山上有雪女的民间传说。
故事里，雪女对男人提出用银色衣服和重要的东西进行交换，结果男人的心脏被夺走的银衣传说。据说4年前发生了与民间故事很相似的事件。此后，在滑雪场又发生了和民间故事相似的事件，平次与谜样的初中生侦探的推理交战开始了……
柯南将取得了本堂瑛祐小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么……
柯南等人在看到了本堂姐姐的照片，庵野也只能确认自己只见过怜奈年轻的时候。庵野用旧影像资料进行了确认。那个录像是报导工厂发生爆炸事故的现场节目。由于要输血，护士在寻找AB型的人，当听到需AB型的话时，怜奈作出了要去献血的举动。因此，本堂作出了怜奈不是自己姐姐的结论。此时，柯南打算让本堂告诉大家，他和自己姐姐之间有关血型的事情……
小五郎接到作为父亲的奥平角藏希望复查于1年前身亡的儿子锻吾的事件的委托。角藏认为家中某人就是犯人。当天，角藏和妻子咏子，女佣人菊代，管家濑川从晚上7点到12点在起居室观看录像带。其间，锻吾在自家泳池溺毙。根据推断，死亡时间为晚9点至10点之间。闻听此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的结论，然而……
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本……
柯南向灰原讲述了本堂瑛祐的姐姐和水无怜奈并不是同一个人。柯南回家后兰告诉他，自从放寒假就联系不到本堂了，并且说在寒假之前好像听到本堂说过在杯子户中央医院发现了什么线索，柯南以为是水无怜奈所在的医院被本堂找到了。但其实本堂所讲的线索是指他音信皆无的父亲，他好像是找到了他父亲公司的同事……
杯户中央医院的护士雅江告诉柯南，本堂瑛祐在别家医院里动过手术一事。据说本堂曾患白血病，在搬来大阪前动了手术。随后，FBI成员James前来报告，潜伏在医院的黑衣组织成员就在右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道和急性腰痛的西矢忠吾这3人之中。James等人寻思着如何找出那人……
深夜，打算寻找组织同伙的楠田潜入了护士值班室。朱蒂等人虽打算进行抓捕，但是楠田趁乱逃走。随后，楠田驾车逃跑途中，发觉被赤井跟踪，遂自杀。朱蒂对组织调查怜奈病房的事情，没有成功稍感安心，但GIN，Vodka等人已经察觉Kir（怜奈）就在杯户中央医院一事。GIN为了营救出Kir，而在制订着下一步计划……
医院附近相继发生突发集体食物中毒，奇怪气味引发的人员骚动，火灾等3件大事。之后，在医院的问讯处接到了给James的包裹。邮件委托人是已经自杀的组织同伙楠田，包裹内是一盆称作楼斗草的花。此后，卷入之前3起事件的伤者、病人蜂拥而至，接待大厅FBI无法进行例行搜查，不久便陷入混乱。其间，赤井发现花盆中被放置了炸弹……
在装有杯户中央医院的患者们的慰问品中，发现大约有60枚炸弹也混了进来。搜查官们在收缴炸弹的时候发现电视上居然出现了穿着住院服的水无怜奈。搜查官们奔向怜奈的病房，但看到的却是躺在床上的怜奈。原来电视上的影像是利用以前的资料进行剪辑处理合成的。组织根据炸弹的中放入的发信器，锁定了怜奈的病房。察觉到这点的James决定采取最后的手段……
FBI制定了使用3辆车子进行掩护，转移Kir（怜奈）的计划。GIN准确判断出Kir（怜奈）乘坐的是3号车。组织决定跟踪3号车。驾驶车辆的 CAMEL打算甩掉跟踪，却突然遭到装炸弹的盒子的袭击，3号车随之撞上护栏停了下来。随后，怜奈从副驾驶位置上跳了下来。之后，基安蒂打算解决掉 CAMEL的时候，突然3号车发生了爆炸…！？
柯南与元太、步美、光彦、阿笠博士，灰原等人一同前往新米花旅馆吃自助餐。途中，柯南向灰原讲述了之前的事情。到达后，看到高木刑警的巡逻车也开了过来。据说是旅馆发生了杀人事件。被害人是租住在旅馆39楼的以培养外国演员为主的经济公司的社长。秘书说看到社长的上半身被手枪数次击中的话，被柯南听到了……
嫌疑犯是托比·凯恩斯，哈鲁·巴库那，FBI的CAMEL探员三人中的一人。随后，千叶刑警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，GIN为了消除疑虑，向Kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
须内被杀案的搜查停滞不前、没有进展。等待破案期间，嫌疑人哈鲁和伊莉娜回到了各自的工作岗位，托比对这两人如此看重工作而倍感惊讶。随后，柯南留意到犯人拿走了记事本，于是告知目暮警官有关辨别犯人的方法。他说只要准备与嫌疑人人数相同的椅子，然后嘴里说出某种咒语，便可以知道犯人是谁。于是，目暮警官把4人召集到房内，让他们站在椅子前，并开始念起柯南教他的咒语………
赤井和kir在来叶山路碰面了。此后，kir用手枪射穿了赤井的肺部。通过摄像机查看情况的GIN，向kir下达了继续行刺的命令。手捂腹部的kir用手枪向赤井的额头开了一枪。之后，由于巡逻车的出现，kir将赤井的遗体横放在了车上，并安置了定时炸弹后，乘车离去。随后，巡逻车在开到赤井的车附近的瞬间，炸弹爆炸了……
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
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责任编辑：曹小 AS001
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