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在上海公共租界一个豪华舞厅内，随着一阵电话铃声、强光和噪音，众目睽睽之下，上海巡捕房总探长马探长、上海黑帮老大季老大、上海银行家许志文三人离奇失踪。刑天扬为了寻找失踪的妻子薇薇安加入了调查，艾伦皮也同时展开调查。消失的三人突然赤身裸体出现在一个电话亭上。回来的三人举动异常。许婷的蓝宝石项链被盗，盗贼却惨遭杀害。刑天杨和艾伦皮查到嫌疑人海因斯。
艾伦皮积极追铺海因斯，刑天扬拜访回来许文志，许文志却对绑架的过程一无所知、行为异常。马探长带领雪梨和无地良阻碍艾伦皮，艾伦皮携海因斯死里逃生，被马探长通缉。海因斯终于对艾伦皮讲了关于他妻子的事：失踪、回来、蓝宝石都和这次案件极为相似，所以他才雇佣盗贼盗取许婷的蓝宝石想引出幕后的人。而蓝宝石还是被雪梨夺去了。
刑天扬在调查中发现一个重要线索——每次的失踪都有电话。许婷发现雪梨、无地良的不正常却被凯利消除了记忆。刑天扬对案件的步步深入，雪梨等不得不出手追杀，在刑天杨面前暴露了身份。外星人基地中，雪梨等人的真身亮相。他们是宇宙中的寄居一族，每入侵到一个种族就会把该星球慢慢破坏殆尽，然后寻找下一个寄居种族和星球。艾伦皮和海因斯由于看到了马探长和雪梨、无地良的密谋，险些被马探长所杀，在菲菲和刑天扬的救援下逃过一劫。
凯利慢慢喜欢上许婷，对人类的态度也发生了转变，与马探长等人越发矛盾。海因斯将要认出凯利的身份时被雪梨所杀，无地良也在争执中中枪，雪梨情急之下只能为他寻找一个新的载体。艾伦皮关心许婷的安危却无奈许婷对凯利的信任和依赖。刑天扬再设计策，以蓝宝石为诱饵，凯利利用这个圈套故意将无地良送进提篮桥监狱，发觉他们另有目的后，艾伦皮尾随进提篮桥监视无地良的行动。
季老大也混进了提篮桥监狱帮助无地良。艾伦皮更加棘手。刑天杨捉住了雪梨，薇薇安突然出现就走了雪梨还向刑天杨开了一枪。方晴挡在刑天杨面前，在医院救治时与当初薇薇安消失的场景一样也消失了。刑天杨再度崩溃。薇薇安把方晴也转化成了外星人，但方晴的自身意识还有所残留。由于对凯利的不满，薇薇安将凯利的指挥权转交马探长。艾伦皮几番争斗，有了自己的帮手。外星人母舰的登入地点——八卦山天眼已在寻找进程，凯利的行动却开始与大队不同……
为了弄到龙天成的黄金，无地良与季老大密谋通过值班室的电话把龙天成带走。刑天扬躲去乡下，打算放弃。这时薇薇安已领着方晴潜入清风寨寻找天眼。凯利暗中计划着带许婷离开上海去英国。艾伦皮九死一生的带着龙天成逃脱，龙天成却在半路敲晕艾伦皮逃走。经过商议，艾伦皮决定也去乡下躲躲，留下菲菲追查龙天成的下落，却不知已被雪梨暗中跟上……
在雪梨和无地良的追捕中，刑天杨和艾伦皮又开始逃亡。薇薇安带着方晴等人成功潜入八卦山天眼的所在地清风寨。龙天成被抓，中途被菲菲所救，但龙天成还是不相信菲菲。薇薇安设计清除了清风寨的土匪，清风寨被他们占领，洪帮主逃脱。艾伦皮和刑天杨在巡捕的搜查下东躲西藏。许婷要和凯利离开的计划被许文志发觉……
艾伦皮和刑天杨的藏身地被发现，危机时，刑天杨终于重振决心杀了无地良，得以逃脱。菲菲和龙天成被捕。凯利就走了菲菲并告诉她外星人的身份和他们的计划。凯利带着许婷准备离开却被许文志等人抓到了外星人总部，凯利为了保护许婷杀了许文志，带许婷逃脱，许婷却失去了对凯利的信任遭到打击。菲菲和刑天杨一等汇合，告诉他们凯利说的话。龙天成在几番拷打后企图逃跑未遂。
刑天杨和艾伦皮乔装成巡捕潜入牢房救出龙天成。许婷不再相信凯利偷偷溜走，却被雪梨趁机抓回了外星人总部。凯利懊恼不已，决定去救出许婷，却眼睁睁的看着许婷被杀转化成了雪梨。马探长捉到龙天成的妻儿引龙天成落网，龙天成出于父亲的本能，瞒着刑天杨等独自潜入巡捕房。
龙天成交出了黄金救出女儿就把女儿送到乡下，自己走了。凯利加入了刑天杨的队伍，对他们说明了外星人的一切计划，以及薇薇安已死、许婷已死的事实，刑天杨得到薇薇安的死讯极度痛苦，与凯利一起制定阻止他们阴谋拯救全人类的计划。由于凯利的背叛薇薇安早有防范，捉到了前来查探的刑天杨。方晴的自我意识回归，偷偷装作外星人潜伏在其中。
