隋朝大业年间，炀帝昏庸无道。大司空杨素趁机把持朝纲。元宵花灯之夜，五位绝色舞伎进入大将军李玥府内表演歌舞，为首一名叫红拂的舞伎杀死李玥。原来，他们是杨素派来刺杀李玥的暗人。 五人焚烧了李俯。洞房花烛夜，浑然不知情的红拂，怀着对独孤城的情意精心装扮自己。然而，出现的却是杨素，红拂绝望了。

李靖从小嗜读兵书，心怀大志。李靖投奔李玥，不想李俯已遭灭门之祸。在焚毁的废墟上，他邂逅了红拂。李靖的善良本性打动了红拂。杨素举办了招贤大会，天真的李靖想趁此机会一展所长，却惹来杀身之祸，幸得红拂相救。杨素故意令红拂杀李靖。

红拂奉命来杀李靖，李靖却对红拂的到来欢欣不已。红拂劝李靖离开长安。李靖半途被抱琴、绿羽，尺素拦截，红拂不得已现身护卫李靖，正式走上背离地下宫的不归路。杨素闻讯大怒，命独孤城和抱琴杀李靖，并且捉红拂回地宫。

独孤城要红拂离开李靖。司空俯的门客梁朋怂恿杨玄杀死深得杨素重用的独孤城。红拂向李靖讲述自己和独孤城的复杂关系，此时抱琴和独孤城正听着他们的对话。

杨玄感听取梁朋谗言，打算弑父夺位。红拂李靖即将被独孤城杀死之际，杨玄感救下了他们俩，目的是为了让红拂在炀帝面前指控杨素。混乱之中，红拂和李靖逃离了杨素的势力范围。红拂偶遇李世民。

在李靖的开导下，红拂彻底摆脱暗人阴影。忠臣胡斯政苦谏炀帝，言杨素日后恐会危及朝廷，未果。最终，胡斯政一命呜呼。杨玄感向炀帝告密，诬指父亲有意叛变。炀帝身边的福公公向杨素密告这个消息。福公公宣读圣旨，竟是赐死杨玄感。为了救儿子，杨素将毒酒倒在福公公的口中。

杨素探望杨玄感，本望儿子能悔悟，可儿子并无悔意。杨素请求炀帝放了儿子。炀帝趁机逼杨素遣散暗人，并交出部分兵权。远在千里之外的红拂发现自己身上的毒性发作，明白时日无多，主动让李靖带着自己过平凡人的生活。杨玄感的执迷不悟令杨素无可奈何，只得带着儿子前往西山尼姑庵，向杨玄感的亲娘-慈云师太寻求解救之法。

慈云苦劝儿子回头。杨玄感读了一夜佛经，发誓做一个无情无欲的人，替天行道杀死杨素。慈云圆寂身亡。李靖准备与红拂成亲。红拂激动，晕倒在婚堂。灵石镇上来了个侠义为怀的虬髯客，经过他的医治，红拂脱离了危险。李靖和红拂请虬髯作为两人的证婚人。

作为两人的证婚人虬髯对红拂产生了特别的情愫。山大王程咬金为了躲避大将军宇文化及父子的追捕，闯入灵石镇客栈，搅乱了正在举行的婚礼。宇文成都被虬髯杀死。未免累及无辜村民，三人离开灵石镇。关在地牢中的杨玄感宁愿做一个毫无良知的战奴也不愿在做杨素的儿子。杨素痛下决心请阴世师将杨玄感练成战奴。

杨素将宇文成都被杀的事推到李渊头上，挑拨君臣关系，并趁机拉拢宇文化及。李靖已看出虬髯客对红拂的特别情感。李靖等人路经关帝庙，三人结拜。独孤城与抱琴追来，见李靖和红拂彼此舍命相护，抱琴将李靖打下悬崖，红拂也奋不顾身地跳下悬崖。

虬髯客同独孤城搏命，不料，两人双双坠崖。红拂醒来见到独孤城，为他运功疗伤。抱琴将毒粉洒在红拂的眼中，并将她打入河中。李靖被平阳公主所救。平阳对李靖产生爱慕之意。而此时的红拂双目失明，行同废人。渔民不愿收留红拂，将她送往仁义为怀的天策俯医治。红拂离开天策俯时遇到李世民，李世民请大夫为其细心调治。杨素决定杀死炀帝。

炀帝被宇文化及所杀。红拂心急李靖去向，运功疗伤，险些走火入魔。李世民再次救了她，为满足儿子欲望，也为给杨家留下血脉，杨素命阴世师选貌美的家伎侍奉玄感。李世民担心红拂是潜入附上的刺客，将红拂关押起来。红拂向李世民坦白自己曾经是杨素俯上地暗人，并教李世民一个迫使李渊造反称帝地方法。

李靖告诉平阳自己已有妻室。平阳恢复女儿装，希望打动李靖。虬髯客回到瓦岗寨。大寨主瞿让欲将位置传给虬髯客。虬髯客见到妻子花夫人，心存愧疚。平阳公主身着娇艳女装出现，父兄均感惊讶。平阳言自己已经有了意中人。李世民见双眼复明的红拂，心动。平阳命人冒充李靖，骗红拂离开。阴世师告诉杨素战奴是没有生育能力的。平阳施计留住李靖。一个小细节，让李靖和红拂知道彼此都活着。

李靖与红拂终于重逢，并决定投奔虬髯客。大寨主瞿让想让虬髯客接手瓦岗寨大寨主之位。而李密也妄图成为大寨主，因而对瞿让与虬髯客起了杀心。李密先将瞿让杀死，将虬髯客之妻囚禁。红拂和李靖被李密骗上了瓦岗寨。宇文化及要李密将红拂擒到后献给杨素。于是，李密挟持了李靖，对红拂言虬髯客和李靖都在自己手中，让她乖乖听命。

李密让红拂去杀李世民。平阳私自领兵去瓦岗寨，不料被抓。牢中平阳和李靖相遇。红拂走入唐营，不明其意的李世民将她囚禁。红拂将自己的来意告诉李世民，希望他配合行事，未果。刘文静主张杀死红拂，世民却不忍下手。得知红拂下手失败，李密大怒，欲杀李靖。李密已平阳做人质，胁迫世民去接人。世民希望与红拂一起救平阳。

虬髯客救走李靖和程咬金。虬髯客将大寨主惨死的真相告诉瓦岗军兄弟。李密极力讨好平阳，希望能娶她为妻。杨素派独孤城抓回红拂。虬髯客救走妻子，李密逃走。虬髯客和李世民相见彼此互为欣赏。暗中窥视的宇文化及见到虬髯客，想冲上前报杀子之仇，被杨素拦住。独孤城突然晕倒。

独孤城无法上战场协助杨素。交换人质日期将至，始终不见平阳。暗处的杨素和宇文化及准备一举歼灭瓦岗寨和李世民的队伍。眼见就要巢灭宇文化及军队时，突然战奴出现。杨素父子即将丧命时,独孤城驾车赶到。返回营帐的李世民发现李密。

为教战奴学会自我保护，尺素特意训练玄感，但未见效果。尺素见玄感为了她无视自己的性命，使她心甘情愿地同玄感相守在一起。阴世师发现独孤城重伤不愈的原因是体内的牛毛针，独孤城似乎已感觉是抱琴所为，但为责怪她。虬髯客追杀王世充和窦建德，为瞿让报仇。最后窦建德毙死，而王世充逃走。

虬髯客、红拂和李靖被称为"风尘三侠"，瓦岗军日益壮大。李靖的赤子之心令红拂动容和担忧，而虬髯客也担心李靖的妇人之心会让他面临危险。程咬金独思平阳之际，突然，一个蒙面人闪过，咬金不敌黑衣人。虬髯客认出咬金的伤是李密的火阴爪，原来李密同李建成定下夺取瓦岗寨，以陷害李世民。

平阳认为李唐不该用李密这种小人。李建成为陷害李世民，让世民攻打瓦岗。平阳私自欲调兵支援李世民。李密为讨好平阳，拨出一队士兵跟平阳去瓦岗寨。李建成手下尉迟恭想陷害世民，却不忍下手。李靖帮世民抵抗尉迟恭。刘文军被瓦岗军所抓，而平阳躲过此劫。李密偷袭瓦岗寨，再此挟持花夫人。李密点破虬蚺客对红拂有私情，花夫人半信半疑。

李靖和李世民返回瓦岗寨，途中却被王世充的大将秦琼所俘。独孤城将体内的牛毛针逼出，离开地宫去找红拂。独孤城决定用生命仅剩的7天时间，带给红拂新的人生。花夫人看出虬蚺客与红拂绝非兄妹之情。红拂告诉虬蚺客两人只有兄妹之情。王世充要杀李靖和李世民，被手下谋臣魏征劝阻。李靖和李世民建立了生死交情。红拂不告而别，却在三山下和独孤城相遇。被其虏走。李密强暴了平阳。

见妹妹受到如此的侮辱，李世民发誓定要夺得权利。红拂的离开使虬蚺客清醒了。他率兵营救李靖，杀死王世充。花夫人为救虬蚺客，死去。牢观之役损失惨重，唯一的收获是使得李靖虬蚺客李世民三人成为并肩战友。世民邀李靖协助自己打天下，而李靖要先去找红拂。魏征和秦琼投奔世民门下。花夫人的死令虬蚺客万念俱灰，将瓦岗军中事务交给李靖处理，致使军中事务一团乱。程咬金催促虬蚺客出面给三十六路烟尘一个交代。

独孤城给红拂吃了一中药物，使其记忆回到天真无邪的童年。红拂失忆，跟随独孤城返回家乡。独孤城向红拂讲述自己的过往。天真的红拂认为独孤城是自己的爱人。李靖思念红拂，夜不能寐。三十六路烟尘与个路好汉齐集瓦岗寨。在众人的拥护下，虬蚺客硬着头皮接受了盟主之职。虬蚺客将瓦岗军的大权交给李靖，打算带着花夫人的遗体，返回故乡安葬。

三十六路烟尘打算拥戴虬蚺客称帝，未果。李靖对义军绝望。虬蚺客也看出李靖无法在瓦岗施展抱负，让他投奔李世民。李靖点头。红拂越来越依赖独孤城。而时日不多的独孤城开始担心红拂的未来该怎么办。虬蚺客执意退隐江湖，临走前将一张藏宝图交给李靖，并让李靖转告李世民。他会杀了杨素，助世民平定天下。李密施计重新夺权。李靖和程咬金性命危机，李靖和程咬金逃出瓦岗后，与平阳不期而遇。

世民劝李靖暂放下私情，助自己平定江山。平阳无法摆脱李密带给她的耻辱，痛苦不堪。自从杨素兵败，司空俯家仆纷纷携财离去。暗人们将牛毛针打入阴世师体内，胁迫他交出解药。程咬金和李靖找到虬蚺客留下的宝藏。世民提出将平阳许配给李靖。李建成派兵围攻少林士，世民带领众人奋起抵抗。李建成送信给杨素，让他派兵围攻世民。杨素断然拒绝，并将儿子玄感托付给尺素。程咬金向平阳告白，并言要向世民提亲。李靖想出破敌妙计。

李靖引李密和建成入密林，让他们相互攻打。李靖运筹帷幄。程咬金一人独自去追赶李密。不料，程咬金却被李密制住。虬蚺客救下咬金。虬蚺客将李密击毙后，飘然离去。程咬金告诉平阳李密并非自己所杀，不配和公主在一起，黯然离开。独孤城向红拂求婚，红拂欣然应允。虬蚺客来到司空府，杀死了杨素与其儿子。独孤城七日之命走到尽头，他最后教红拂一套剑法。在红拂怀中吐血而亡。他留了封信，让红拂去找李靖。

世民将李密杀死，李渊命世民为帅，平定四方。李靖跟随世民坐下，抱负终于得以施展。李靖打算走遍天涯，寻找红拂。太子建成和元吉派刺客暗杀世民，未果。已成为将军的程咬金忽见红拂，然而红拂已不认得他。建成和元吉誓要处掉世民。程咬金将红拂带到秦王俯。红拂以为世民就是李靖。红拂将李靖推开，扬言自己不认识他。

世民认为红拂不属于任何一个人，应该让她有重新选择的机会。红拂告诉李靖，即使他确实是独孤城所言的李靖，但现在对他也没有感觉了。红拂和世民在游玩中，想起了失明前的一些片段，她投入了世民的怀抱。李靖再也无法忍受，冲上前和世民扭打起来。

程咬金发誓会努力成为一个大将军，风风光光的娶平阳。李靖带红拂来到第一次见面的李钥俯，向她讲述他们相爱的经过。红拂终于想起了一切，红拂告诉李世民自己依然爱的是李靖。病重的李渊决定将皇位传给世民。建成决定除掉李世民，夺取皇位。平阳为保护哥哥，被刺客暗器所杀。建成和元吉以红拂为要挟，让世民放手江山。

为夺皇位，建成和元吉等人欲直抵禁宫，欲斩杀世民，夺取皇位。可没想到世民等秦王俯的战士早已设下埋伏。建成和元吉兵败身死，史称玄武门之变。世民登基，改元贞观史称"唐太宗"。李靖将一封信递给世民代交红拂，言自己会在城外五里坡等她，如果红拂不来，便知道她的选择。红拂一直寻找着李靖，最近两人相见了。