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当莉兹和汤姆回到华盛顿重新安顿好生活后，汤姆被传唤到纽约接受已故父亲的遗嘱，哈尔西恩的首席执行官霍华德哈格里夫。在得知自己真实的身份，克里斯托弗·哈格雷夫，在1988年从父母家中消失后被认定为已经死亡。汤姆同意前往纽约，但是当出租车司机将他带到一处公共电话亭时，他却接到一通电话，让他前往华盛顿公园会面，在那里他遇到一位衣衫褴褛自称是自己父亲的男子。霍华德透露，他的妻子，哈尔西恩的新任首席执行官斯科蒂·哈格雷夫试图杀害他，他要求汤姆接受公司的工作邀请，担任卧底工作揭露妻子的恶行。
汤姆和内兹冒充新招募的间谍抵达莫斯科后，被绑架并运到现场，他们的组织者格鲁申卡赋予了他们新的身份。同时，斯科蒂指派凯特尽可能了解霍华德去世前哈尔西恩正在执行的秘密任务。汤姆在寻找基地的行动中心时，内兹正在镇上的银行接受采访，用来掩盖自己真实的身份。在经理试图强迫她时，内兹表现出近乎超人的力量，让她怀疑他们的水里掺了一种强力药物。但在看到她袭击的视频后，格鲁申卡告诉内兹，她马上将被派往美国。
当美国记者凯文·詹森因在吉尔吉斯斯坦从事间谍活动被捕时，他的母亲向密友斯科蒂寻求帮助。尽管白宫幕僚罗伯特·威尔蒙特警告不要试图营救，但斯科蒂还是派内兹和所罗门冒充欧盟特使前往吉尔吉斯斯坦。当汤姆因走私武器进入吉尔吉斯斯坦逮捕而被迫逃跑时，他被派去向一个高级修理工寻求帮助。当他提供的武器无法完成任务时，汤姆质疑监狱长的忠诚从而破坏监狱的防守力量。汤姆和所罗门冒充州警察潜入监狱寻找凯文。然而，当他们被发现，他们通过走廊和内兹接应，坐车逃离到安全屋。
当一场大型卡车事故暴露出曼哈顿中部一座秘密监狱时，中情局要求斯科蒂帮助找到5名越狱者。汤姆和所罗门在接到有人报警的911电话后，急忙赶到公寓，他们在那里找到了三名恐怖分子。但当警察赶到现场进行调查，汤姆已经掩盖了一场致命战斗的迹象，并使他们相信，求助电话是假的。霍华德告诉汤姆，剩下的两个囚犯中有一名叫布莱恩·梅休的电脑黑客，策划了这场逃跑的事故。与此同时，在一名私家侦探的帮助下，斯科蒂得到了儿子养父母弗兰克和伊娃·菲尔普斯的线索。
在一名移民局特工谋杀了数十名在德国寻求庇护的叙利亚难民之后，对他使用的沙林毒气来源的搜索揭露了一段从运输敏感货物的商业航班上偷盗的历史。随着线索指向即将发生的对北航301航班的袭击，汤姆和所罗门以空乘身份卧底阻止袭击。虽然乘客名单没有确认任何嫌疑犯，但当飞机从雷达上消失时，他们意识到了所面临的问题。当“灰色事务”小组努力寻找飞机时，对名单的另一项审查显示，航空公司维修人员富兰克林•达奇可能在离开西雅图前往北京之前，已经禁用了转发器。同时，很难证实斯科蒂是卧底特工的说法，汤姆开始对霍华德失去信心。
当软件执行官嘉宝朗和他的家人被绑架时，卡泰保险公司的杰姆斯伯顿雇佣“灰色事务”解救他们。在被告知不要通知警察后，汤姆被带去会见迭戈•罗查，一位退休的巴西情报官员，他因绑架和勒索行动而广为人知。虽然汤姆被授权为兰格夫妇支付数百万美元的赎金，但罗查实际上是希望他的养子卡洛斯•坎塔拉出狱。尽管被告知坎塔拉在缅因州的一所联邦监狱里，但斯科蒂得知他从未被逮捕，而是在对罗查进行指认后被处于证人保护行动之下。斯科蒂将霍华德关进一家私人精神病院后，汤姆请内兹在霍华德被杀害前将他解救出来。
当汤姆要求莉兹让联邦调查局帮助霍华德从关押他的精神病院获释时，斯科蒂驳回了所罗门的警告，坚持要就怀特霍尔行动质问汤姆。尽管汤姆坚持表示并不知情，但斯科蒂命令所罗门拘留他，以便进行更具攻击性的审讯。但是随着所罗门将审讯升级，使得汤姆占上风，并逃走了。与此同时，当莉兹让库珀下令释放霍华德时，斯科蒂却无法让医院管理人员阻止。斯科蒂追上他后，汤姆解除了她的武装，从楼里跑了出来。尽管斯科蒂命令调动哈尔西恩所有的资源用来找到他，内兹还是悄悄地让他逃走了。
当霍华德面临争夺哈尔西恩控制权的摊牌时，他发现斯科蒂在游说她所需要的选票。当哈格里夫夫妇正在向董事会讨论他们各自的案件时，汤姆和内兹潜入了“灰白质”指挥中心，控制了安全密码，让他们能够接触到量子计算大师理查德•怀特霍尔。然而，尽管董事会支持斯科蒂，霍华德透露，他的意图不是赢得选票，而是为汤姆争取找到怀特霍尔的时间。所罗门和斯科蒂先行找到怀特霍尔，他们切断了大楼的电源，强迫理查德•怀特霍尔帮助他们逃跑。尽管怀特霍尔将重获自由，但汤姆和内兹不能阻止斯科蒂和所罗门离开。
