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以时辰、季节、年份等节律为单位，讲述了红花、藏红花、红曲、天麻、霜桑叶、陈皮，在采摘、贮藏、炮制过程中与时间的精妙配合，展现时间赋予生命的不同涵义。
无论是神农尝百草，还是李时珍著医书，对中医药的发掘起源于人们延续生命的渴求。年华永驻，青春不老，是人类自古以来的理想。故而本草中的上品，总是滋补之药。耳熟能详的名字，伴随着千年神话代代相传，与其缔造者一起见证人间冷暖，岁月迁徙。 本集关注中药在疗效方面的所长，涵盖石斛、灵芝、凉茶、珍珠、膏方共五个故事，涉及美容驻颜、养生、治未病，同时从药工年华老去延生出去，将“上医治未病”的理念拓展到中药文化和技艺的传承之上。
本集通过讲述附子、何首乌、芡实和龙血树的故事，去探寻本草“化毒为药”、“生熟异治”、“药食同源”、“双向调节”的两面性，以及背后渗透的中国传统文化中辩证统一的哲学思想。
本集通过讲述野山参、甘草、白芍、地黄、化橘红、阿胶的故事，让人们领略孕育本草的自然之境，相逢品相至佳的道地药材，亦可体会至臻至善的匠人之境。
本草成千上万，常用中药就有600多种。每一味中药都有各自的性状和功效。中医通过“君臣佐使”的配伍，调和四气五味，让药与药的配合，发挥最大的功效。
收官篇《根脉》将聚焦华夏大地“山、水、田、漠”四种不同地理环境中孕育出的8种本草，描绘一幅本草地图，使之成为中医药文化的一张名片，不朽流传。
解密抗疟新型药青蒿素的科研之路，看大众眼中的“慢郎中”何以成为急救法宝，探究中药的复方制剂是否真能抵御绝症、予人新生？
无论是农村还是城市，古老的记忆正在与人们渐行渐远。千年本草，面临着前所未见的沉浮巨变。是重生的机遇？还是跨不过去的门槛？
世间的你来我往，生命的繁荣共进，皆因“有情”而有了聚散离合，有了冷暖温度。与本草的情发乎于生命，应乎于天地，顺乎于道义。
拍摄《本草中国》的这段时间，摄制组的年轻人感受到了很多、收获了很多，从千年智慧的中医本草、到博大精深的中华文化，而最重要的，他们在过程中，更找到了自己。
