丁汝昌的义子龙翔宇毕业于海军学堂，先是在陆地炮台做见习军官，期间与海匪尤木友(因其秃头，又称“尤秃子”)有过激烈炮战，尤秃子凭借娴熟的驾船经验成功逃脱，令龙翔宇懊恼不已，誓要灭此匪。丁汝昌要调龙翔宇回海军任职，被他以海匪未灭为由拒绝，他制定了一个诱捕尤秃子的计划。

前来接应的海匪小龙率人与追赶而至的官差在海边激烈交火，海盗们在船上大炮的掩护下成功退去，海蛎子在岸上掩护不幸被官兵抓住，龙翔宇追到岸边没想到船都被海盗提前藏匿，眼睁睁看着尤秃子掳走自己的妹妹，龙翔宇策马冲进北洋水师大营寻船，被水师陆战队千总胡立世拦截，幸有丁汝昌解围，龙翔宇得船而去。尤秃子率海盗回巢途中与前来侦查的日本海军间谍前川次郎等人遭遇，双方短兵相接，日本间谍不敌纷纷被毙，前川次郎跳海逃走。

龙翔宇到县衙求助，遭到县太爷讥讽，大怒，持枪劫持了县太爷，捕头老黄率一众衙役就范。李文章在街头准备对一掮客行骗，称自己是李鸿章侄子，要做大买卖，掮客正被他说的心花怒放，突然冒出俩人将李文章劫走。李文章被绑在了尤秃子的船头。尤秃子大张旗鼓的带人来到县衙，龙翔宇假扮成县太爷与他周旋。海蛎子等人被放出来，见了秃子嚎啕大哭。

龙香兰从仆人口中得知哥哥被关进了大牢，来到义父丁汝昌处求情，丁汝昌道出了原委，让兄妹二人相见。尤秃子要求死在自己船上，丁汝昌允诺。香兰得知秃子要被处决，坚持跟去观看。海盗船上，尤秃子早有准备，行刑的陆战队猝不及防，被埋伏在船舱里的海匪赶下海，胡立世大惊，眼睁睁看着尤秃子消失。船尾，龙翔宇早早潜伏，跟随海盗船奔赴巢穴而去。

前川次郎得报，海军部的佐田率一批特务前来侦察。龙翔宇发现了远处佐田的船，大声的呼救，秃子凭着多年海上经验觉得来者不善，一再提醒龙翔宇，龙翔宇并不理他。二人刚刚登上佐田的船就被拿下，五花大绑丢进了船舱。特务们发现船偏离了航向，心起疑虑。瞬间，船触礁了。龙翔宇和尤秃子跳海逃生。佐田暴跳如雷，指挥手下追杀二人，被尤秃子和龙翔宇一一解决。

日军海军联合舰队司令长官伊东佑亨主持召开会议，总结了近年来日本海军所取得的成绩，先进的军舰陆续打造完工，技术上已经赶超北洋海军。

相反，北洋海军受军机处制约，不再从国外购置任何装备与弹药，主管军机的翁同龢只顾忙着皇帝的婚事和慈禧的大寿，丁汝昌多年上书都不被理睬。

龙翔宇为了让尤秃子的队伍尽快融入北洋水师，给每个人分发了海军章程，并许诺做得好的有重赏。北洋水师的操场上，水兵与陆战队各自为阵做着各种训练，二等升火头目龙翔宇独自一人站在操场中央，海匪们组成的夫役队却不见踪影。龙翔宇很是气愤，返回营房将赖在床上的夫役们赶出来。

龙翔宇率队回龙府，走着走着夫役们就全作鸟兽散，只剩身无分文的海蛎子和小龙，龙翔宇一脸无奈。在一个面摊前，他和郝尚德、郝思佳相遇。夜晚的龙府，夫役们围坐火堆听李文章吹着牛。一群官兵破门而入，口口声声捉拿海匪。

夫役队经此一役，更加对龙翔宇钦佩，龙翔宇借机对大家进行教导，给夫役队增添了不少信心。丁汝昌令刘步蟾连夜调整俄罗斯访客尼古拉的行进路线，并加强戒备。不想，最新的路线图很快又摆在了前川次郎的面前。胡立世赶回水师营向丁汝昌汇报，丁汝昌面不改色，告知尼古拉已经参观完毕离去，胡立世不解。原来，为防止出现意外，尼古拉并没有按预定路线走。

丁汝昌在水师营操场巡视，龙翔宇请他检阅夫役队，尤秃子等人拿出看家本领为丁汝昌等人表演了一番，却被胡立世讥笑为杂耍，龙翔宇趁胡立世不注意突然拔出他腰间手枪，准确击中抛在半空中的石头，引得满场喝彩，最终，丁汝昌答应了龙翔宇的请求。

夫役队终于上了定远舰，面对当下最现代化的军舰，大家都表现得很惊讶。在一处训练的海域，水兵们整齐划一的练习着划舢板，龙翔宇带夫役队在岸上观看要领。尤秃子不以为然，认定了自己能赢，还不服气的亲自挑了人要下海比试。尤秃子缺乏经验，比赛前就有点慌乱，他拿起一根绳子，一头系在船头，一头系在腰间，奋力游上岸，最后把船拉到了岸边，很不光彩的赢了比赛。

尤秃子带着李文章拦住龙翔宇要求决斗，龙翔宇应战。三人夜晚来到营外一处海滩，李文章本来是做裁判和见证人，一看尤秃子呈败势，索性冲上来帮忙，3个人一场混战。丁汝昌在胡立世陪同下巡营至此，为严正军纪，赏了每人30鞭子，还差点被逐出北洋水师。

李鸿章发密电给丁汝昌，告知翁同龢奏请的调拨北洋舰队军费发放军机处饷银的奏折已获准，此举意味着将给北洋舰队带来严重的灾难。丁汝昌闻报默默不语。尤秃子赖在龙府，成为龙翔宇一块心病，他跟香兰商量好一起撵走尤秃子，最后香兰却反悔了，尤秃子满心欢喜。

前川次郎找到李文章，告诉他自己和妹妹裕美都是日本人，希望李文章能和裕美断绝交往，李文章听后犹如晴天霹雳，沉默良久，轻轻地摘下挂在窗口的晴天娃娃放在桌上，一个人在街头喝起了闷酒。裕美来找李文章，只看到放在桌上的晴天娃娃。

军港内，礼炮声隆隆，满旗飘扬，李鸿章在北洋水师全体将官簇拥下登上旗舰定远舰。丁汝昌曾严令各舰管带均不得向李中堂询问武器弹药之事，致远舰管带邓世昌生性耿直，不为权压，当众向李鸿章发问，而后愤然离场。此举惹恼了李鸿章，刘步蟾特意叮嘱胡立世格外小心。

专门负责给北洋水师送煤的胖子张想收买龙翔宇，尤秃子借机会扑倒在胖子张身上，偷走了运煤凭证。

胖子张想用钱收买龙翔宇，龙翔宇听着听着就火了，起身反驳胖子张。胖子张以为龙翔宇嫌钱少，掏出所有银票撒在龙翔宇面前，龙翔宇被彻底激怒了，抄起酒坛砸在了胖子张头上。

夜里，一个人跳上军舰，被李文章、尤秃子制服，那人却服毒自杀了，李文章从他手上摸到一个小竹筒。丁汝昌根据竹筒字条上记录的数字，推断出这记录的是北洋水师弹药的型号和数量储备情况。

李文章、尤秃子和松本带领几名日本间谍悄悄上岸，躲过巡营士兵，来到一片堆放武器弹药的空地，不巧胡立世经过，间谍打晕胡立世。松本将弹药种类数量一一记下。

水师营新进弹药的事情传到各舰管带耳中，纷纷要求调拨，丁汝昌犯难了因为这只是他的一个计谋。

出征前，松本向前川次郎留下遗言，前川次郎非常内疚，他决定让松本能有一个后代留下。李文章坚持要见到裕美才出发，前川次郎见他态度坚决只有答应。李文章再见到裕美，只见裕美满脸泪水，他感觉到有事，但裕美并没有说出真相，只是骗李文章自己将要回日本。前川次郎在屋外听着二人的谈话，坐立不安。李文章告别了裕美，裕美望着李文章背影默默地流泪。

半路，尤秃子在李文章示意下跳车逃跑，赶回水师营报信。尤秃子策马闯进水师营大门，将情况告知龙翔宇，龙翔宇立即去找丁汝昌，被胡立世刁难，既不放行也不通报。龙翔宇病急乱投医，满水师营找人，可谁也不相信他的话。尤秃子带来了练勇队，众人奔向陆战队的军火库，绑了守卫夺枪而去。

李文章向龙翔宇请假出去看裕美，龙翔宇得知裕美是日本人，坚决不同意李文章同她交往，拒绝批假，李文章力争反被龙翔宇关了起来。操场上，所有的水兵见到练勇队都竖起大拇指叫好，练勇们心里也很是自豪。尤秃子因为裕美的事情说错话惹恼了李文章，被李文章拿着棍子追得满操场跑，刚刚得到赞扬的龙翔宇顿觉颜面无光。

练勇队随定远舰出海，海蛎子等人再一次惹恼洋教习马克，龙翔宇向马克道歉，并恳请他帮忙训练练勇队。

马克和尤秃子现场比武，尤秃子凭借多年的经验和对海路的了解，用自己的土方法测好了目标，赢得比武。龙翔宇再次向马克提出请求，依旧被马克拒绝。龙翔宇和马克在海里打得筋疲力尽，坚决不让。他再次恳请马克帮忙训练练勇，马克也被他的韧劲儿打动，最终二人以平局结束比赛。

马克开始对练勇队进行了一系列地狱般的训练，练勇队叫苦不迭，纷纷谴责龙翔宇。李文章半夜不睡觉独自吟诗，尤秃子与他争吵，吵醒了其他练勇。这时营区内锣声大作，练勇们迅速集合，当龙翔宇赶到的时候，练勇队已经整装待发，龙翔宇心中很是激动，他看到了希望。

丁汝昌召集军事会议，会上，邓世昌首先发难，大批清流派，其他管带也有响应。丁汝昌要求诸将收起怨言，全力备战。 翁同龢接到丁汝昌上书，要来视察北洋水师，杨六郎与郝尚德接头将此消息告知，郝尚德决定寻机刺杀丁汝昌。

郝尚德化装成送菜的陆战队员接近丁汝昌，龙翔宇无意间发现来人竟单手托盘，警觉起来。就在郝尚德射箭的一瞬间，龙翔宇掀翻了桌子，二人纠缠在一起。打斗中，毒箭刺入郝尚德身体。 济远舰出航前锅炉出现故障，龙翔宇拉着尤秃子和李文章修好了锅炉，却不幸煤气中毒。醒来时已经随济远舰航行在海上。

龙翔宇三人在济远舰上仍旧被派去烧锅炉，尤秃子和李文章埋怨不已。龙翔宇反倒因为能参与作战行动高兴不已。

刘步蟾奉丁汝昌之命来看望龙翔宇，语重心长地开导了他一番，龙翔宇似乎有所悟。刘步蟾让龙翔宇带上李文章、尤秃子回家休养几天，实则是躲躲风头。日本海军部要求前川次郎务必调查清楚清廷政府在丰岛海战后的对日态度，前川次郎来到街上与电报局男子接头。

李文章来到龙府，见龙翔宇和尤秃子正在琢磨那本《石头记》，他看出了门道，将书上的两张图全撕下来倒拼在一起，拼成了一幅完整的藏宝图。龙翔宇兴高采烈地要去把宝藏挖出，换成银两给北洋水师买弹药。几人经历千辛万苦终于找到藏宝的地点，可里面只有一尊妈祖像。

丰岛海战幸存下来的广乙舰管带林国祥自沉军舰后从陆路回到了北洋水师，林国祥将方伯谦怯战弃舰于不顾，独自逃回的事实禀明了丁汝昌，刘步蟾劝丁汝昌顾全大局，保留士气，丁汝昌决定隐瞒真相，同时为自己不能奖惩分明感到深深自责。

龙翔宇等人开始了真正的水兵生活，马克继续带领龙翔宇等人学习舰上知识和工作流程，每天都很充实。丁汝昌召开军事会议，朝鲜战事吃紧，日本联合舰队倾巢出动运送陆军，清军驻朝鲜陆军要求北洋水师协助作战。丁汝昌判断北洋水师很快便会参战，要求全军立即做好临战检验，并通知地方衙门驱逐日本间谍。

李文章和尤秃子演戏引起日本间谍注意。前川次郎想了解北洋水师近况，李文章说他可以策反尤秃子的人马劫持定远舰，前提是必须重金收买。

尤秃子将事情进展情况告知龙翔宇，龙香兰配合尤秃子演戏骗过间谍。前川次郎送来了满满一箱金条，李文章为不出破绽，骗前川次郎说先把金条埋藏起来，事成再取。

朝鲜形势对清军越来越不利，不断发回加急电报求援。朝鲜战报传来，平壤失守。李鸿章调动镇守旅顺和威海卫的精锐赴朝鲜增援，电令丁汝昌率北洋水师全军护送，九月十六日夜间准时起航。北洋水师军港内炮声隆隆，丁汝昌率众祭拜龙王庙，做了慷慨激昂的战前动员。北洋水师上下一片忙碌，做好了出征的准备。

公元1894年9月的一个夜晚，亚洲两支庞大的舰队正向着历史的一个关键转折点前进着。17日午10时20分，北洋舰队因为使用劣质煤冒出的浓烟使得联合舰队提前一小时发现了他们。午11时30分，北洋舰队发现日本联合舰队。丁汝昌下令定远舰提速冲入敌阵，扰乱敌舰阵列型，为其余舰只创造战机。“前进！定远！”响彻全舰。

联合舰队集中全力攻击冲进阵列型的定远舰。定远连续中弹，火光冲天。致远舰管带邓世昌下令保护旗舰，指挥战舰冲进定远舰与日舰群之间，不幸被吉野舰发射的鱼雷击沉，邓世昌壮烈殉国。济远舰慌乱中撞了受伤严重的扬威舰，竟弃扬威于不顾。丁汝昌下令向各舰打旗语：定远舰绝不撤离。

日军各舰弹药所剩无几，相继退出战场。丁汝昌率北洋舰队官兵在龙王庙前祭奠死难将官。北洋水师经此一役，损失战舰5艘，其余舰船大多受损，官兵水手伤亡千余人，但保留了再次出战的能力。丁汝昌上书请罪。

龙翔宇带人在水师营码头等待装运炮弹，没想到天津机械局竟把炮弹发错了地方。日本海军派出两艘军舰前往大连湾，为即将展开的登陆作战侦察地形。前川次郎向伊东佑亨建议在花园口登陆。前川次郎作为海军派出的向导，跟随陆军第十一旅团一起行动。

旅顺失守，日军屠城。前川次郎目睹了陆军士兵的烧杀抢掠，他想阻止但却无能为力。在一个小院里，日军杀死了一家人，孟继德装死躲过一劫，他的家没了。朝野上下均将矛头指向北洋水师，军机处下令将丁汝昌革职。尤秃子听到消息煽动定远舰官兵造反，连洋教习马克等人也参与其中。李鸿章亲自向慈禧太后求情力保丁汝昌，最后慈禧出面平息了此事。

日本大本营开始发动威海卫战役，前川次郎再次献计由风大浪急的荣成山头登陆，守军山东河防军不敌，溃不成军。丁汝昌看穿日军企图，派出水兵和陆战队去协助陆军防卫。胡立世也在派遣之列，龙翔宇则带领一队水兵前去支援南邦炮台。

孟继德发现了一只受伤的小兔子，他跃出战壕刚救起小兔子便被日军炮火击中。日军集中了所有炮火轰击，守军伤亡惨重，眼看阵列地将要失守，李文章以死威胁要香兰和郝思佳撤退。日军占领了阵地，胡立世也死在乱军中

威海卫陆地防卫全部被日军攻克，日军利用炮台上大口径克虏伯大炮昼夜轰击北洋水师舰船，日本海军将出海口布雷封锁，夜间派出鱼雷艇偷袭，北洋水师腹背受敌，孤军奋战在刘公岛上，与外界失去联系。威海卫陆军统领戴宗骞自惭失土有责，吞金自尽。

更多的日军赶来增援，剩余的敢死队将炸药放进炮塔，尤秃子为掩护大家手举炸药桶冲向日军。敢死队伤亡殆尽，龙翔宇和尤秃子做了告别，二人引爆炸药，整个炮台火光一片，龙翔宇被巨大的爆炸冲击波炸飞，跌落悬崖。炮台、悬崖下一片狼藉，到处飘浮散落着大炮的残骸和日军尸体，水兵和陆战队员划着舢板反复搜寻着，龙翔宇手中紧握残破的龙旗跃出水面，大呼：旗还在。