1949年初，东江市解放前夕。中共地下党员黄显才突然叛变，保密局东江站的特务们在站长冷铁新的带领下倾巢而出，直扑中共地下党接头地点。情况万分危急，卧底保密局的中共地下党刘啸尘临危不惧，巧施计谋，冒着暴露身份的危险，击毙冷铁心，接头的地下党员老周顺利脱险。

张仲年趁热打铁，以黄显才为饵，密捕东江中共地下党员。积极的红色资本家华丰银行董事长岳中盛接到地下党最高负责人指示，转告刘英尽快铲除叛徒，以免对党组织造成更大的危害。而刘啸尘在严密监控之下，几乎寸步难行。被严密监控的刘啸尘先发制人，向张仲年提出辞职，张仲年假意安抚。

为考察刘啸尘是敌是友，张仲年安排刘啸尘审讯被捕的老王，然而，刘啸尘从容不迫，老王大义凛然，张仲年计划落空。虽然表面答应帮助张仲年清除东江地下党组织，岳中盛却在苦苦思索脱身之计。

张仲年约见岳中盛，要求他在将举行的华丰银行贵宾团的舞会上安排地下党接头，由黄显才指认，将中共地下党员一网打尽。岳中盛假意应允。岳中盛自紧急联系刘英出席酒会，务必铲除叛徒黄显才。刘英千方百计与刘啸尘接头，岳中盛告诉刘啸尘尽快拿到保密局破坏东江的计划——暗香浮动2号，而且必须是原始文件，不得拆开。

保密局东江站上下士气受挫，张仲年迫切需要重振军心。这一天，张仲年夜访岳中盛，警告他他的一举一动都在保密局的监视之下，必须毫无条件地与自己合作，否则，岳中盛的女儿的性命难保。对自己的生死已置之度外的岳中盛最担心的莫过于女儿岳小姗和侄女姜慧的安危。岳中盛在报纸上刊登广告与地下党联络，却意外被杨玉林截获。

岳中盛向黑社会的八爷求助，为冯宾购买前往英国的护照，八爷慨然应允。受张仲年之命，刘啸尘和程菲共同处理东江大学学潮一事，两人相互试探，刘啸尘如履薄冰。更令刘啸尘不安的是，岳中盛的侄女姜慧和女儿岳小姗不时出现，原来，单纯的姜慧已爱上了刘啸尘。刘英与刘啸尘秘密接头商讨窃取“暗香浮动2号”，被杨玉林盯梢，保密局倾巢而出，幸亏地下党杜四及时赶到，刘英脱险。

张仲年以岳小姗威胁岳中盛。岳中盛答应安排在舞会上出现过的杜四在满堂红妓院接头，其他就爱莫能助了。岳中盛决定将计就计，设局假接头，目的是调虎离山，引出特务，让刘啸尘趁机窃取暗香浮动2号。张仲年深知岳中盛绝不会轻易配合自己，便假称南京来电调阅东江破坏计划，并特意安排刘啸尘和程菲护送。

满堂红妓院，杨玉林带人秘密布控，却始终不见中共地下党的联络人，令杨玉林想不到的是，杜四早已乔装打扮成胖妇人在妓院出没。刘啸尘护送东江破坏计划，准备在与南京特派员交接的一刹那抢取文件。然而，经几次试探，刘啸尘都因担心有诈，不敢贸然采取行动。

几次较量，张仲年都未占上风，加上不明身份杀手的屡次行刺，令张仲年恼羞成怒。刘啸尘向程菲坦言所谓的护送东江破坏计划不过是张仲年是在考验自己。程菲不置一词，心中不得不佩服刘啸尘的机智。两人共进午餐，被姜慧看在眼里，心生嫉妒。

岳中盛意外得知姜慧和岳小姗失踪，直接找到张仲年指责他违背约定，张仲年矢口否认。集会的学生意外收到情报，特务将对他们实施抓捕。同学们紧急疏散，与亲自督阵的张仲年等不期而遇。学生们高呼打倒特务的口号，令张仲年十分尴尬。而姜慧和岳小姗突然出现，姜慧向刘啸尘大胆表达自己的感情，刘啸尘无言以对。

岳中盛拜会八爷，出巨资购买两张船票，准备送姜慧和岳小姗前往香港。张仲年打电话逼迫岳中盛在七日之内交出东江站所有地下党党员的名单。岳中盛的压力陡增。无奈之下，岳中盛约冯宾见面，出巨资让他在三日之内杀了张仲年。冯宾应允，不过不是为了钱，而是为了感情。同时，岳中盛加紧催促刘啸尘拿到暗香浮动计划2号。

对于张仲年的再次步步紧逼，岳中盛坐卧不宁。迫不得已，岳中盛让八爷出手刺杀张仲年。姜慧和岳小姗以为同学治病需要钱为由骗得岳中盛信任，得到钱款后和马小军等四处联络购买枪支。刘啸尘频繁主动接触程菲，程菲掌握着保险柜的密码。然而，不时出现的姜慧和岳小姗令刘啸尘不堪其扰。

从杜四口中，刘啸尘意外得知程菲竟然是张仲年的情人，他让杜四转告上级，放宽拿到暗香浮动计划2号的时限。程菲的内心被冯宾的出现搅乱了，她整日若有所思，令张仲年心生怀疑。

刘啸尘当面揭穿程菲是张仲年情人，痛苦的程菲不得不承认。她将自己在初恋情人死后与老师张仲年的情感纠葛告诉了刘啸尘。刘啸尘成功地拉近了两人的关系。岳中盛安排人送姜慧和岳小姗去香港，然而，岳小姗两人却在最后瞬间跳船跑回了东江。

姜慧和岳小姗等突袭保密局，形势危急，幸亏刘啸尘调开杨玉林等，姜慧等化险为夷。但刘啸尘的举动被程菲察觉。张仲年怀疑刘啸尘，而程菲主动承认是自己同情学生才放走了他们。张仲年感觉程菲变了。

刘啸尘一直寻找机会窃取东江破坏计划，却一直无从下手。岳中盛命令手下通知刘啸尘尽快争取程菲，在最短的时间内拿到暗香浮动计划2号。冯宾说服程菲窃取张仲年的印章，而后，假借张仲年之名调出暗香浮动2号。档案一旦丢失，张仲年必然受到上级问罪。游移不定的程菲最终答应了冯宾。

张仲年揭穿八爷与岳中盛相互勾结，八爷在威慑之下答应与张仲年合作。为考验刘啸尘，张仲年命他狙击姜慧和岳小姗。刘啸尘心中痛苦挣扎，为了革命事业，决绝地开枪射击，姜慧和岳小姗中弹倒地。侥幸的是，在杜四等地下党的全力抢救下，姜慧和岳小姗被被紧急送往医院，生死未卜。

张仲年命令释放关押的爱国学生，并让杨玉林紧急查找姜慧和岳小姗的下落。程菲宽慰刘啸尘，刘啸尘借酒浇愁，痛骂监视自己的杨玉林的手下，缓解狙击姜慧和岳小姗的负罪感。几乎同时，刚被张仲年释放的学生被八爷的手下全部屠杀。

张仲年过河拆桥，率手下将八爷及手下全部灭口。刘啸尘巧妙地以程菲做掩护，与岳中盛和刘英接头。得知岳小姗的死讯，岳中盛十分悲痛。而姜慧仍活着，这让岳中盛松了口气。他告诉刘英姜慧才真正是自己的女儿，请求组织上尽快安排姜慧离开东江市。

张仲年告诉程菲自己近日前往杭州。因为担心岳中盛过河拆桥，冯宾告诉岳中盛自己不但知道姜慧未死，而且知道中共地下党在保密局的卧底就是刘啸尘。岳中盛震惊不已，假意安抚冯宾。在党组织的安排下，姜慧被紧急转移。

冯宾联络杨玉林，告诉他姜慧并没有死，并开价5万出售重要情报—足以扳倒刘啸尘的证据。岳中盛告诉姜慧暗杀她的正是刘啸尘，不料，姜慧不改对刘啸尘的痴情。

张仲年揭穿岳中盛雇佣冯宾窃取叛徒档案暗香浮动2号，目的是掩盖自己叛变的历史。岳中盛坚决否认，与张仲年周旋。两人斗智斗勇。张仲年下令全城搜捕姜慧和冯宾。

深受打击的程菲怀疑刘啸尘接近自己别有用心，只是没有确凿证据。军警挨家挨户搜捕姜慧，情况危急，刘英等掩护姜慧转移，为了保护姜慧，杜四壮烈牺牲。

姜慧已渐渐爱上了刘啸尘，对姜慧的爱慕，刘啸尘也有所察觉，然而，如此险恶的境地，刘啸尘对儿女之情只能置之度外。两人虽同居一室，刘啸尘仍压抑着情感。为了刘啸尘的安全，老秦决定立即将姜慧趁夜送出东江，姜慧提出最后见刘啸尘一面，被老秦拒绝后偷偷溜出了刘啸尘的住所。

更令姜慧震惊的是，岳中盛是自己的父亲。姜慧意外现身，张仲年心中暗喜，天赐良机，张仲年倒想看看这一回岳中盛和刘啸尘如何破局。老秦通知刘啸尘姜慧可能去了家中，形势危急，姜慧被抓必将威胁刘啸尘的安全。

令杨玉林等和岳中盛惊讶的是，姜慧不知去向。保密局，姜慧扬言复仇，故意开枪打伤刘啸尘，在特务们乱枪之下壮烈牺牲。岳中盛无论如何也没料到，女儿姜慧竟然为了爱情牺牲生命，他几乎彻底崩溃。然而，为掩人耳目，进一步迷惑张仲年，岳中盛故意找到刘啸尘，诬陷刘啸尘害了姜慧的性命。

刘啸尘冒着生命危险为姜慧上坟，倾诉对姜慧的感情，刘啸尘这个钢铁般的汉子也潸然泪下。而岳中盛一把火将自己家化为灰烬，销声匿迹了。刘啸尘赢得了张仲年的信任。解放军攻占东江的日子迫近，张仲年命令加快了实施东江破坏计划—天雷计划，并强力加强档案保密工作。

为掩人耳目，进一步迷惑张仲年，岳中盛故意找到刘啸尘，诬陷刘啸尘害了姜慧的性命。一番真真假假的表演，岳中盛使得张仲年如坠云端，疑虑重重。为了保护自己，姜慧毅然决然的自我牺牲，这令刘啸尘痛苦不已。

刘啸尘冒着生命危险为姜慧上坟，倾诉对姜慧的感情，刘啸尘这个钢铁般的汉子也潸然泪下。而岳中盛一把火将自己家化为灰烬，销声匿迹了。刘啸尘赢得了张仲年的信任。解放军攻占东江的日子迫近，张仲年命令加快了实施东江破坏计划—天雷计划，并强力加强档案保密工作。

阿纪因为犯错，被张仲年停职审查。岳中盛与冯宾见面，两人决心为了共同的敌人背水一战。同时，岳中盛让老秦转告刘啸尘趁冯宾利用程菲调出张仲年之际窃取暗香浮动计划2号。

刘啸尘趁阿纪醉酒之际获得保险柜密码和钥匙。张仲年赴约，和冯宾谈判之时遭中共地下党伏击，冯宾被击毙。与此同时，刘啸尘已潜入保密局密室顺利取得暗香浮动档案，而后，刘啸尘巧施计谋，挑拨杨玉林和余云禄的关系之后离去。

刘啸尘的计谋成功地使余云禄和杨玉林反目，所有疑点集中在余云禄、阿纪，甚至杨玉林身上。一时间，保密局内疑云密布。张仲年下令实施“天雷计划”，在第二日凌晨三点将东江所有重要设施炸毁，将一座废城留给共产党。

张仲年自知大势已去，而中共地下党依旧潜伏在保密局令他深感耻辱！究竟谁才是保密局内的共党卧底？他百思不得其解。宁可错杀一千，不可放过一个，张仲年一怒之下，枪毙了失职的阿纪。

岳中盛通知西山游击队迅速下山阻止张仲年的天雷计划。难道余云禄是中共在保密局的卧底？张仲年感到自己无法相信任何人，除了老三。张仲年几近疯狂，他威逼余云禄承认自己是共党卧底，余云禄反抗，开枪误中程菲，程菲身亡，张仲年心中痛苦。

不过，张仲年得意得太早了，危机时刻，老三突然亮出中共卧底的身份，击毙了张仲年。最后，老三向刘啸尘揭开关于岳中盛身份的谜底，一切真相大白。刘啸尘与老三握手告别，在组织的安排下老三将随溃败的国民党军队逃往台湾，继续战斗在敌人的心脏。