回述台湾第一女医丘雅信一生，就要从公元1895 年甲午战争台湾被割让，日军登陆台湾开始说起，雅信阿姨澳底夫家五兄弟以笔墨向日军求和、全数被杀，新竹雅信祖父资助义勇军被捕，即将斩首，雅信父前往基隆求信教的雅信外公请马偕向日本总督求情，之干赶路遇日军盘查到许家不支倒地雅信母照顾初展情愫。雅信祖父问斩前总督电报实时到，雅信的父亲和祖父提面龟前往许府道谢。雅信祖父和外公谈定让雅信父母成亲。

雅信父母亲订情、林许二家结姻缘，秀英怀孕生雅信，因为女婴、在产婆建议下险被掐死而生，5 年后妹雅足诞生。父亲染肺结核被隔离，一日雅信思念父想见隔离中之父亲被驱离而哮喘发作，父着急，雅信父知病情向母秀英交代遗言后离家住院，不久过逝，大伯二伯前来谈分家产，并力劝秀英将女儿送人并改嫁，秀英至米店赊米，米店老板娘亦劝秀英为了小孩着想，还是将雅信送人扶养，秀英陷入苦思。

秀英忍痛决定送雅信前往高牧师家去当童养媳，但倔强的雅信因思母而二次逃离高家，长途跋涉单身由大稻埕回万华家，雅信母、高牧师在码头船上找到不敢回家的雅信，雅信求母亲不再赶她走，母亲不舍答应雅信不在送走她。雅信8 岁，媒人婆作媒雅信母改嫁五股地主丘元家，秀英带二姊妹改嫁入豪门，继父元家视雅信如己出常将雅信打扮花蝴蝶带上街收租。

雅信上街认识菊池巡佐而建立情谊，之后雅信常在街上见义勇为帮摊贩向菊池求情致使坊间对雅信有「小妈祖」之称。中秋夜雅信被母逼绑脚，夜半痛哭，继父元家不忍而为之解开，父女情谊更进，隔天一早，秀英责打雅信不肯绑脚，继父解围、并允照顾其终生，雅信进私塾认识童伴月里并与私塾中挑衅之男童在街上打架，派出所中菊池替雅信裹伤，并提及有妹似雅信，雅信与菊池的忘年之交从此奠定，时光飞逝、岁月如梭，雅信14 岁了，并前往『淡水女学堂』住校学洋文。

雅信学寮初夜想到必须半年才能回家一次难过哭泣，但隔天一早见银姑娘在教室替大家种牛痘，由于对那些医疗器材的好奇加上父亲也是医生而开心的向银姑娘表示将来想当医生。银姑娘马偕墓园中教英文，雅信与众女学生初认识火鸡，并取名「亚当」。 一日菊池欲调职，到学校与雅信辞行却开不了口，银姑娘见菊池有苦难言，打听下发现原来是雅信父亲重病，便让雅信归省，母透露父病情不乐观。 银姑娘于校园发现情书，怒责下月里认罪，月里母到校拟带走月里，众人不依锁门，双方陷入僵局 。

银姑娘承诺让月里复学，但月里需先随母亲回家修养一段时日，众人不舍，雅信初尝离情。 学期结束前，雅信因父病重而提前回家，但继父元家终究不治，雅信再度失去至亲，随后亲戚便上门提及分产事，秀英强悍拒绝。 雅信墓园许愿将来当医生，雅信18 岁毕业，银姑娘介绍日本女医学校，雅信喜，但秀英极力反对，母女大吵，邻居亲友皆反对雅信赴日，雅信求助银姑娘，银姑娘见秀英，指出秀英其实不舍，秀英承认，终于让步而答应雅信前往日本开始学医生涯 。

在雅信的妈妈、妹妹、银姑娘以及菊池先生的送行下，众人皆不舍雅信去日本留学，大家都到车站为雅信送行，雅信开始前往日本东京，展开一段学医的漫漫长路，也在这一段在日本求学的途中，悄悄掀起一段雅信和仲秋、及彭英三人之间的青春恋爱梦！ 雅信进日本学寮认识舍监河井及室友静香光子，室友光子不甚友善以生番女儿取笑雅信并在生活上多次刁难雅信，在当时台湾做为日本殖民地的当时，雅信承受了次等人民的羞辱与歧视，但是个性坚毅的雅信，终于适应了日本的生活并且考取了东京女子医科大学。直到收到菊池先生的妹妹－本子写来的信，他才想起了应该探望的人。对当时的雅信而言，本子就像ㄧ位在异乡的远亲一样！雅信完全忘了自己正值青春年华，仍每天努力的读书 。

同乡的关马西带她参加了台湾留学生的园游会之后，雅信的旅日生活才有了改变！神学院学生关马西前来邀雅信参加留日学生园游会，园游会上雅信认识早稻田大学念法律的彭英及念电机的林仲秋，两人均对雅信有好感，个性率直的仲秋立刻对雅信展开追求，然而ㄧ旁的彭英，却碍于与仲秋之间的兄弟情，ㄧ直把对雅信的喜爱埋藏在心底。ㄧ方面全心在准备议会请愿的诸多事项，另ㄧ方面却也不得不帮忙仲秋追求自己也心爱的雅信！

为了宣传「台湾议会请愿运动」，台湾的第一位飞行士许文达特地开着飞机从东京上空洒下上万张的宣传单。彭英主持「台湾议会请愿团」的演讲会，但雅信却因气喘发作无法参加，仲秋心急如焚前往学寮探访，并坚持留下彻夜照顾雅信。室友光子向舍监抗议男生留宿，雅信醒来后惊觉仲秋竟然还在房内，在那个保守的年代男女共处一室是很严重的事情，雅信愤而将仲秋赶出去。彭英指责仲秋应对雅信名节负责，仲秋前往学寮向雅信道歉并承诺会娶雅信为妻，却反被雅信数落一顿赶出去。

关马西送家书给雅信，雅信得知母亲秀英将前往日本。为了表达歉意，仲秋饿了一个月才买来的鳄鱼皮包，希望可以获得雅信的谅解，却不被雅信所接受，居中帮助仲秋的彭英，更是不解雅信明明是喜欢仲秋的却为何不愿意表态。雅信母亲来到日本，关马西刻意安排仲秋帮雅信母亲提行李以讨好未来的丈母娘，但秀英知道仲秋姓氏与雅信生父同姓「林」之后，开始对仲秋冷言冷语。众人聚餐，秀英不但对仲秋冷淡，更反而对彭英示好，雅信和仲秋两人心里都非常纳闷秀英的反应，但秀英却强硬地表达了两人同姓不能交往的世俗规定，为了不让母亲担心，雅信连夜赶稿，写下了以遗传学看同姓结婚的文章暗示仲秋，两人已不可能继续交往…

雅信交出「台湾青年」的稿，标题是「以遗传学看同姓结婚 」，同时也算是他写给仲秋提出分手的离别信。雅信从贫民窟找来的帮佣雪子，第一次到学寮与秀英碰面，两人语言不通比手画脚，很久没有吃饭的雪子，甚至趴在褟褟米上喝秀英打翻的牛奶。但秀英终究因无法适应日本的生活准备回台湾，离开之前，为了让雅信从此与仲秋断绝交往，更强制雅信搬离学寮专心读书。秀英回去之后，仲秋立刻找雅信一探究竟，以为两人可以恢复交往却被雅信拒绝，雅信说明了两人的关系在稿子交出之后，就再也互不相欠。

雅信忍痛离开，更搬离了学寮而没有告知任何朋友。仲秋苦苦哀求舍监河井，才得知雅信的住处。关马西拜托彭英陪同仲秋的姑姑到雅信的住处向他提亲，不料雅信却说出两人同姓的事实，仲秋姑姑也深感遗憾。仲秋无法接受这个理由夜奔雅信家，雅信说明了这段得不到祝福的感情，她是无法要的！仲秋失望之际饮酒消愁，面对彭英的安慰，也说出了自己其实知道彭英也喜欢雅信。静香堕胎却因失血过多病危，但因为是未婚怀孕而不敢到医院求救，河井请雅信到学寮来为静香看诊。回家途中雅信发现睡在公园的雪子，才知道原来雪子是孤儿进而收留她与自己同住。仲秋酒醉多日最后终于病倒，彭英看仲秋心情无法平息，遂拜托雅信来为仲秋看病，并且借机支开关马西让雅信能够和仲秋独处。

终于答应去照顾仲秋的雅信，在仲秋病情稳定之后，便留下鳄鱼皮包独自离开。仲秋清醒之后见不到雅信便前往雅信家试图挽回感情，无奈雅信只允诺两人做为兄妹的关系来互相关心。仲秋失望离去。静香因堕胎处理不当过世了，往生之前，特别请舍监河井转达，期许雅信能够为妇女使力做个好医生，雅信也因此全心专注学业转攻妇产科。关马西约雅信外出散心，趁机利用和尚的智慧之语，说明一蹶不振的仲秋正需要雅信她的鼓励，否则就像是看到别人掉到水里了，却还不愿意救他。 雅信终于毕业在学校实习，彭英特地邀请她参加几位好友的毕业餐会，彭英、关马西、仲秋等人各自谈论着毕业之后的安排，许久不见面的仲秋及雅信终于有了言谈，雅信希望和仲秋能以朋友相待，仲秋却不领情，因为在不见面的这段期间，仲秋无数次的相约与告白雅信都不曾回应，而今还有什么朋友可言？仲秋在回台湾之前还是去见了雅信最后一面，再次提到两人可以离开这里一辈子相依过自己的生活而不需别人的祝福，雅信最后耐不住仲秋激动的情绪而打了仲秋，仲秋只好黯然离去 。

伤心的雅信看见仲秋与她之间的信物纸鹤，忍不住追去找仲秋，彭英告知他仲秋已经离去要返回台湾，雅信一路想追到仲秋，却因为气喘发作而昏倒在途中，仲秋却不知情地离去。雅信在日本的实习结束也即将返台，雪子恳求雅信留在日本开业，但雅信表达了她的故乡台湾更加需要她，遂决定带雪子一起回台湾。彭英帮雪子申请了护士检定考试后便道别前往中国云游，雪子在很短的时间之内通过护士检定考试拿到执照，但此时雅信却接到菊池妹婿阿部的来信，说明他的妻子本子已过世，返台前雅信前往祭拜本子，并且收下遗物传家剑以及珍珠项链，准备带回给菊池。关马西受彭英之托，邀雅信一同回国并代为照顾雅信，河井及光子一同前来道别，光子并宣布即将下嫁为外交官夫人。

雅信从日本学成归国下船受到记者的包围，并登上了隔天报纸头版，除了”台湾第一位女医生”的这个名号之外，雅信所穿着洋装也引起当时的讨论并带动流行。雅信的母亲秀英取出一批彭英所寄的信件并向雅信推荐彭英。雅信前往当时最大的台北医院求职，初报到时受到男同事的取笑，就连身为女性的护士长也对这个第一位女医生不甚友善与信任。主任要求所有新任的眼科医师都必须先带上眼罩以体会患者的感受，雅信也因此被同事捉弄。雅信实习过关，成为正式的眼科医生，仲秋陪同已订亲的连素云来医院看诊，却巧遇雅信。

雅信气喘发作受到男同事的取笑，秀英带雅信见詹渭水医生治疗气喘，却遇到刚回国的彭英正在帮詹渭水准备演讲事谊。 仲秋婚礼在即，关马西与彭英邀雅信签祝福卡要送给仲秋，雅信勉强签下但仍心有不舍。 雅信以怜悯之心决定先替贫童看病，却受到指责，主任教育他医病不分贫富，须视病情轻重缓急来决定，也雅信有所领悟，然而主任也称赞雅信为第一位敢向体制挑战并身为女性的医生，实属难得。彭英邀雅信前往台中参加仲秋婚礼被拒，并顺势向雅信表白心意。

秀英担心女儿雅信整天只顾着忙于工作，特别拜托同为医生的詹渭水帮雅信找对象，詹渭水安排不知情的彭英与雅信相亲，雅信在台北医院为病童治疗，却引来医疗纷争，护士长因抓错药而担心不已，沈医生教他丢弃药单已湮灭证据，却被雅信发现，护士长为了保住工作向雅信求情，雅信遂自提辞呈。院长将雅信及沈医生调派至台中山区「屯仔脚医院」行医以作为惩罚。秀英反对雅信到台中去，雅信说服母亲此行可以发挥妇产科的专长并且累积经验。

彭英以采访为由，陪同雅信和雪子搭火车前往台中，在台中车站却被仲秋夫妇遇见。沈医师提早到达「屯仔脚医院」，并告知雅信这里不是好地方，百姓生活水平、医疗常识低落，三天也没半个患者，就当作是渡假算了。雅信不信邪并且盘算着如何振兴医疗所的生意。彭英协助雪子整理雅信的宿舍，同时也拜访住在台中的仲秋，喝酒言谈中彭英得知仲秋婚姻的不幸福。医疗所办义诊后生意兴隆，雅信与沈医师忙碌了起来，当地医生看了眼红，找了流氓前来闹事，却被满身是血、勇气十足的雅信吓倒，沈医生从此也对雅信另眼看待。过了半年，仲秋终于鼓起勇气来找雅信，俩人也为过去种种释怀，临别前仲秋走纸鹤祝福雅信，却被彭英看见。

彭英决定向心仪已久的雅信求婚，但被雅信婉拒，希望彭英能给他一点时间考虑。另一方面彭英看到仲秋去找雅信，看到两人开心聊天散步，仲秋送给雅信最后一支纸鹤，彭英终于明白雅信保存那些纸鹤的特殊意义。彭英求婚被婉拒后，彭英告知仲秋已向雅信求婚，并希望仲秋不要再去找雅信而伤害三人。雅信发现沈医师有肝病希望他暂时休息但被沈医师拒绝，沈医师最后因为过度劳累而病逝，沈医师临终前向雅信道谢，因为雅信让他重新拾回作为一个医生的使命感，并且发现原来自己也可以是一个好医生。 彭英决定前往八仙山采访有关林场的议题，采访期间却遇地震，雅信、雪子惊魂未定，隔天一早又从广播报导中得知八仙山灾情严重，雅信心急地出去找彭英，此时彭英也因为担心雅信而下山探视，两人在吊桥上的相遇，看到对方都安然无恙两人都不禁欣慰拥抱，也因此认定了彼此相依的未来 。

陈主任因沈医师生前写信的请求将雅信调回台北担任[北医]的妇产科医生。雅信与彭英结婚，两人前往中国渡蜜月，在北京彭英与友人畅谈政治，雅信不感兴趣，到了鼓浪屿看到了「断臂的十字架」，彭英担心自己将来会一事无成而感到遗憾。雅信怀孕，两人搬往台中并设立清信医院，彭英全心协助院务毫无怨言。菊池前来祝贺但提醒雅信，彭英实为当局的黑名单之一。「文化协会」的友人包括詹渭水、李喜等人到清信医院来拜访，并邀请彭英也出面关怀局势，雅信欲阻止，但彭英仍上酒家谈论政事。酒家女文子初见彭英十分心仪，就在这个晚上雅信孤单产下大女儿彭亭。

清信医院成立以后雅信更进一步开办产婆学校，希望可以培育更多的助产士帮助更多的产妇和新生儿，彭英全力配合建校计划及院务工作，很快老二彭立也诞生了，一家和乐相处，彭英对政事只剩下偶尔偷看一下报纸关心而已。酒女文子前往清信医院求诊并称认识彭英，雅信想知两人如何相识，彭英却闪烁其词。 詹渭水伙同李喜及文协成员来访，谈及「鸦片事件」并约于酒家相聚，雅信当面代为拒绝，彭英难堪与雅信吵架之后前往酒家。众人提及彭英当年为杂志写稿之文笔及才华，彭英感慨现在能做的已不多，遂将医院器材款捐给文化协会，器材商取款未着，雅信生气与彭英大吵。彭立一个人走失在街上被文子看到并带他到附近玩耍，雪子随后寻到带走彭立 。

彭英频上酒家，酒醉夜宿都是由文子照顾，文子再度求诊雅信告知已怀孕，文子向彭英示好被拒，便向雅信说孩子是彭英的，回到家又看到小孩无人照顾，雅信冲入酒家找彭英回来大吵，彭英怒言雅信不应侮辱他，并且赶着为「鸦片事件」北上发电报，此事为詹渭水所说的「台湾急诊」。雅信为远地前来的农妇急诊想起彭英的「台湾急诊」而有所悟。菊池再度来访并提及彭英行为已为当局关切。