因遭人陷害被冠上毒杀仁宗皇帝的冤名后，成为逃亡者的内医院医官崔远为拯救患上不治之症的女儿，四处奔波寻找良药的故事。崔远虽然拥有卓越的医术，但对出人头地毫无关心。而他此生唯一幸福便是和女儿一起生活，因此为救治生病女儿不惜牺牲性命。

由于素正波的所行，东宫殿发生了火灾，进入殿内的远把李浩救了出来。李浩决定对这件事既往不咎，去找远对他说自己会帮他治疗他女儿的病，请求他守护在自己的身边。最终远还是拒绝了李浩的请求。为了把《金怪妇用方》还回去，再次进入了金书库的远，为了帮助正在被宫中士兵追赶的医女达仁一起被关在了金书库里面，只有两个人。第二天，闵道声被发现死在了金书库，远被嫁祸了杀人的罪名。

崔元被诬陷杀害和自己有着总角之交的闵道生，恐被处刑的崔元找到李峼跪求与他“请救我一命，殿下！我不能就这么死了，不能丢下小琅一个人。全都听殿下您的吩咐。”

闵道生被王后党威胁下毒害死世子李峼，王后党待李峼服下毒药后便杀死闵道生并嫁祸于崔元，奇怪的是李峼并未中毒身亡，究其原因竟是闵道生一直端给世子的汤了毒害，这一切都是闵道生为保全李峼而做的精心安排。

洪多仁为帮崔元洗脱冤名前往义禁府。多仁向义禁府都事李正奂请求仔细检查闵道生的尸体却被拒绝，于是她独自前往停尸房观察闵道生的尸体，不想却被士兵发现，世子李峼路过时看到被折磨的多仁上前询问缘由，多仁虽为说出玉佩之事，却也在世子面前表示“崔元大人不是会杀人的人。”并请求重审此案。

李峼得知闵道生和汤药一起送上姜汤有解除鸠毒的功效时说道：原来是因为这个。闵主簿无法毒死我所以没有必要继续活下去了。”得知一切的李峼倍感愤怒紧紧握住了拳头，并开始寻找背负杀人冤名的崔元。

多仁埋汰崔元后，中间飞来一把飞刀，崔元拉着多仁躲开，素白看到是泡面头大叔，泡面头大叔是说我怕因为崔元和驼子让我们有危险，扬州铁锤说你要杀我救命恩人，那你就直接杀我，怎么下不了手啊，你不能对崔元和多仁下手，具正恶狠狠的告诉泡面头大叔说不要让头领费神。

崔元跑到一个转角处，多仁说你这算啥，换了衣服来，不是说在药材商铺传消息，大家都知道大人的事了，崔元关心驼子的消息，因为还没好转，所以多仁不联系，世子也不让大家知道。崔元说我女儿状态也不好，我要去看驼子的状态，多仁说等等，大人被抓了也没好处，这里李正焕的手下很多。

尹元衡在文定那里，挑拨说怎么这末麻烦世子殿下，文定说我身体不要紧，世子说我去康宁殿，文定说大君你不能叫世子为兄。文定和世子要离开，大君说你们不能去，你去阻止我妈，然后给世子下跪。文定很得意。

崔元被抓回义禁府，被崔妹妹看到，上去问哥哥你怎么了，李正焕说你哥哥就是啥人者，崔妹妹说你去证明自己没啥人的，崔元说我知道证据，真正啥人的人另有其人，崔元看到林昆吾凑过来，犹豫后没说是谁。

崔元在岩石那里找到了闵道生留的盒子，陶文赶到的时候，发现盒子里的文书被取走了。崔元说这是明确的证据，能揭开自己的被冤枉的事。义禁府里，林昆吾和李正焕回去复命，李正焕说你是让崔元死 ，林昆吾否认，李正焕上司说了之后，李正焕询问原因，上司说就这情况，你赶紧给我去抓崔元。

崔元确定张宏达和莫峰之间有问题，多仁说张宏达就像我亲生父亲，大人你别出手，崔元转身离开，多仁又拽住张宏达的腿，她两难。庭院里，陶文被素白和具正打倒，但崔元找到具正和小白的时候发现对方人数太多。多仁回到院子里，看到素白要跑出去很艰难。

金志庸在小屋里不相信有密旨，让林昆吾搜。结果在崔朗的药袋子搜到了。崔元说金大人你觉得好奇就去问中殿麻麻。说时迟那时快，千峰带着手下去收拾林昆吾和金志庸，金志庸要跑路，崔元出去暴揍丫一顿后，拿回了密旨和处方。然后崔元带着金志庸来到亭子里，看到他用烫伤掩盖的刀伤，说反正只要一个证据。金志庸说谁知道世子为啥要见你，你女儿和你如果都听我的，我让你去明国。

李正焕晚上去找世子，世子很生气，问自白书。随后崔元去找世子和李正焕，世子问自白书，但不能说什么，李正焕说那明天就放人了，崔元说明天中殿麻麻会啥多仁养父，需要世子的协助。崔元给陶文一封世子的信，用来换陶文保护的自白书。

东宫里，世子问手下，手下说多仁和张宏达可能避开了危险，没他们的实体，但拿出了有毒的飞镖，但自白书还是没再东宫，只是世子和手下以为可能文定得到了，文定知道崔元得到了自白书，尹元衡说会得到的，文定说崔元有了自白书，世子早晚更不听话，让尹元衡去看着东宫的一举一动。

首医女送崔元走了，不送他去义禁府了，首医女担心多仁，崔元说还好。大君去找崔元，问怎么来这里了。大君和崔元的接近让中殿看到，大君说让我去黑石谷的事你没做错，你是为了王兄来找父王的么，文定是我唯一的妈妈。然后文定过去打了崔元一巴掌，知道了崔元帮加了大君，大君为崔元开脱说不是，文定说你怎么都不知道我的心，我作的事是为了你的活路。文定说你知道我是谁么，崔元说我知道。

中宗和文定还在讨论深谷之士的问题，文定说世子的事，然后中宗有深意的看着文定。李正焕在外面和崔元来见中宗。中宗命令李正焕带崔元来，中宗说的话很温和并且没有认定崔元有问题，让文定惊讶。中宗问文定你还以为他是大逆罪人么，中宗拿出了文定没找到的最后一张密旨，中宗说你现在最好安静的待着。文定紧张了。中宗说今天说一下调查的结果，崔元谢恩。中宗宣布崔元是无罪的。世子李正焕崔元都百感交集，文定知道自己也许有事了。

黑石谷里，崔元撬开地板，具正的腿是拿出来了。具正担心素白，崔元说我让她去通知别人避开危险了。素白先去找了奶奶，说奶奶不想死就要跑，奶奶说算了，你们走吧，素白说别这么说，奶奶说我活得够老了啊，素白说不行啊，奶奶说素白你这么不听话，你想想麻麻最后的愿望就是保护这里的家人，随后素白离开。

崔元和李正焕到了金志庸的住所，李正焕说小尹派已经去了。崔元说明天神武门有事，世子知道了。李正焕带着崔元去和世子 陶文回合，陶文恰好知道金志庸的秘密商议场所，李正焕说咱去那个地方找人，崔元让他冷静，自己有方法。

崔元把李正焕和素白带到家里，崔家小妈问崔元你也受伤了？崔元在家给李正焕和素白治病，崔元的解药有了效果，李正焕还能和崔妹妹说没关系，和崔妹妹说你哥也受伤了，崔妹妹才发现哥哥受伤。铁锤和具正跟着崔元回家，铁锤让素白睁开眼睛，具正说素白也许不行了，铁锤说你说什么，你说过守护我家素白的。崔元进去让铁锤松开揪着具正的衣服领子的手。崔元为素白把脉，铁锤紧张说都不会有事的。崔元给素白针灸。