在屠杀场里黄升被一群衙门的人殴打，艰难地拿到了治疗母亲的药钱。正在成均馆里和儒生们学习的道阳偷看全体新论，被老师发现后遭到指责。黄丁拿着肉来到招待各国公使馆的聚会里，看着说着流利的英语的石兰大吃一惊。途阳对石兰吐露出想当西医的想法。

黄丁筹到钱后急忙跑去医院，听到母亲已经过世的消息后悲痛不已。捕盗厅发现腹上被缝的尸体，认定是私宰的人所为。途阳的父亲警告途阳如果再发现西学书籍就脱离父子关系，说完把书扔进火堆里。途阳把手伸进去拿出书，告诉父亲自己不会放弃，说完离开了家。被捕盗厅的人追赶的黄丁和同伴偷焕下人的衣服，捕头追到黄丁住处。

途阳来找渡边表示想学西医，拜托金玉均自己留学的事情，金玉均想到途阳是保守派白泰贤的儿子，拒绝了他的请求，途阳告诉他自己已经断绝了父子关系，恳求他帮助自己。途阳来找石兰父拜托借两千两银子，听到来了一位美国医生，于是见到了Aalen。黄丁见途阳进房间要看患者情况，不禁感到紧张。

黄丁背着闵英益在美国公使的保护下和柳熙书一起急速奔跑，发现他们的学生拔出剑追了过来，被美国公使射出的枪中弹倒下，黄晸拨开人群奔跑。正在学朝鲜语的Aalen和锡兰得知朝鲜官僚受伤的消息后提着药包跑去。正在等Aalen的黄晸见其他韩医师们要来治疗大监，不禁慌张起来。

黄晸回忆Aalen缝合闵英益的时候，熟练地给白泰贤缝伤口，突然看到血停下来，感到异常的黄晸给白大监把脉。道阳得知父亲过世的消息后愤怒地打黄晸。道阳把黄晸关起来，表示要转交给官府。锡兰为了救黄晸来找道阳，但道阳拒绝见她。锡兰救出关起来的黄晸，催促他趁官府的人来之前赶快离开。

Aalen拒绝了黄晸的恳求，但看到熬夜看护闵英益的黄晸，终受感动决定接受他当医生助理。道阳指示郑捕头自己要杀的屠夫还活着，必须要找出来。道阳听到黄晸当上Aalen的医学助理的事情，他脱下丧服烧掉。闵英益和高宗来到Aalen的家，仔细观察照顾患者的Aalen。

百姓们向新成立的济众院扔石头，大喊着让洋鬼子离开。阻止暴徒的锡兰被包围起来，在道阳的帮助下摆脱危机。日本公使指示渡边要迫害象征朝鲜开化的济众院的发展。日本公使来找高宗表示因为洋鬼子才没有患者，推荐渡边当济众院的院长。锡兰劝道阳消除对黄晸的疑心，道阳告诉她不喜欢看她和黄晸在一起。

Aalen查看黄晸的手说已骨折，带着他走进屋里。正准备跟进去的道阳发现了角落里的枪，随手拿起来。道阳向着天空举起枪，表示要把所有人移交给衙门，用国法来严惩，这时黄晸从房间里走出来让他原谅大家。

被真黄晸挨打的黄晸提出可以为他代考，真黄晸表示如果合格就原谅他。女扮男装的锡兰见道阳走过来不禁紧张。没有准备午餐的黄晸认出向自己递来点心的锡兰，不禁担心起锡兰。锡兰告诉他想测试自己的实力。Aalen诊察高宗后出来，他拜托柳熙淑帮助锡兰成为助手。正在考解剖猪的考试的黄晸欲解开绷带。

黄晸来找吴管家表示什么脏活都可以做，恳求他让自己留下来。Aalen听到锡兰说想当助理的话后高兴不已。身穿男装的锡兰参加入学礼，表示由于老母亲病重不能来济众院。对锡兰的着装产生怀疑的白管家摘下了锡兰的帽子，闵英益看到女儿身的锡兰大吃一惊。闵英益不顾要处罚锡兰的白管家，下令让黄晸进入济众院。

Aalen带着黄晸和道阳巡诊，两个人准确地回答出Aalen提出的关于患者情况的问题。即将分娩的患者入院，Aalen愈发感到锡兰的重要性。锡兰听到柳熙书去接西方女医生的消息后急忙骑着自行车过去，街上的人神奇地看着骑着自行车的锡兰。去做翻译的锡兰帮助Horton分娩。Horton拜见高宗。

突然传来一阵爆炸声，黄晸和熙兰急忙跑过去，原来实验室被大火燃烧。李廓扶起晕倒在门前的济旭，济旭告诉他道阳还在实验室里。黄晸不顾拉着自己的Aalen跳进实验室内，背着晕倒过去的道阳走出来。正在治疗道阳的Aalen找涂在伤口上的软膏，黄晸告诉他药房里的软膏都已用完。

道阳和其他医生们一起要转移患上天花的患者，不料被巫婆挡住。道阳严厉表示用治盗棍来教训拿患者来赚钱的人。日本公使指示金顿盗取济众院用于治疗天花脓包粉，金顿受命袭击运送脓包粉的柳熙书一行人。Aalen听到道阳要做牛痘疫苗的提议后，高兴不已。黄晸告诉李阔要去父亲所屠夫村庄，李阔听后大吃一惊 。

黄晸父带领道阳和锡兰来到种痘场，黄晸心疼地看着瘸腿的父亲。锡兰要查看黄晸父的脚，道阳阻止锡兰，并称不来做医术服务。打完种痘针出来，黄晸一行人被手拿武器的巫婆们袭击，道阳拔刀迎上去，大声对黄晸说带着锡兰逃跑。

锡兰告诉黄晸，曾怀疑过偷拿着软膏出去，对自己疑虑表示歉意深思之后，黄晸决定告诉锡兰自己去屠夫村的原因。一开口却被锡兰打断，道阳替黄晸在Aalen面前缝合动脉，Aalen见道阳不对死去的患者道歉，生气地告诉当不了真正医生。正滑冰刀的锡兰掉进水里，闻讯赶来的黄晸见锡兰停止了呼吸，开始为做人工呼吸。

道阳看到黄晸为锡兰做人工呼吸，跑过来一把推开，自己去检查锡兰的状况。Horton和医女们留下来治疗锡兰，男人们走出去诊疗室外面等待。道阳愤怒地向黄晸挥拳，黄晸告诉他因为锡兰没有呼吸，才做了人工呼吸，道阳这时才松开了黄晸。柳熙书和Aalen对拯救锡兰的黄晸表示谢意，Horton表示虽然手术顺利，但担心锡兰流了太多血。

锡兰把听诊器送给黄晸，告诉当上修炼医生的时候会需要。锡兰回忆起黄晸送自己回家的时候，告诉黄晸当时走过的路。黄晸告诉锡兰当时的话改变了自己人生。成为济众院新院长的海伦表示要重新选出医生助手，Aalen推荐黄晸。但海伦责备黄晸没到做医生的时候。

道阳来找海伦，表示从这一刻起放弃士大夫身份。说完拿刀剪下纱帽。第二天道阳开始做粗活，对黄晸也以礼相待，让周围人大吃一惊。海伦表示要任命道阳做医生助理，让黄晸和所有医生大吃一惊。医生们嘲笑着说不剪下纱帽都可以当助理。海伦表示道阳有充分的能力当助手。

被火贼派追赶的锡兰和黄晸艰难摆脱危机，锡兰想起父亲，柳熙书忍不住叹气。为了证明柳熙书没有罪，道阳拜托海伦做陈述，但遭到了拒绝。道阳听到锡兰和黄晸围困山中的消息，下令梦冲和柳黄去搜山。锡兰和黄晸为了救皮肤病患者，把Aalen写备忘录提供给义禁府，但柳熙书仍没有摆脱污名。

得到道阳的求婚锡兰陷入苦恼。明白女儿心思的柳熙书撕掉求婚书。因自己身份无法对锡兰表白爱意，黄晸终鼓足勇气去找锡兰。得知道阳伪造了自己亲笔书信。闵英益把Aalen写的书信转交给黄晸，信中写到希望来美国留学一事。

黄晸上前要看被人欺负的父亲，这时李阔急忙挡在面前。第一次公开手术，黄晸成为正式医生之后去看Aalen。让黄晸放松心情，锡兰自豪地望着顺利完成手术的黄晸。Horton问锡兰手上戴着订婚戒指，道阳听后大吃一惊。

被揭穿屠夫身份的黄晸从济众院被赶了出来，陪同父亲失落地离开。随后赶到，锡兰流着泪抓住黄晸，虽然遭到柳熙书和母亲反对，但锡兰下定决心要当济众院女医生。渡边邀请黄晸来日本公社馆医院。霍乱猖獗，锡兰以治病借口来找黄晸向表白自己感情。

锡兰和黄晸听到患者呼吸困难的消息，急忙跑去手术室。锡兰进入手术室，患者未婚夫阻拦黄晸进入手术室，让他在门外指示里面的人。黄晸在门外告诉锡兰要赶快检查状况。大监女儿艰难地吐出气，锡兰担心地表示要尽快做肋膜穿刺。

道阳在捕盗厅问黄晸过去在山中废屋里有没有做过解剖，黄晸对道阳说出一切，告诉即使屠夫也不能解剖朋友尸体。虽然想对道阳复仇，但迷上洋医学之后放弃了复仇。道阳告诉现在才能理解黄晸，也许能和成为好同事。锡兰恳求父母救黄晸。

被赦免的黄晸重回济众院。海伦把诊疗时间表递给黄晸，告诉黄晸现在仍有人用屠夫眼光看着，如果不想被瞧不起，就要培养实力。黄晸父来到柳熙书家中，发誓不会让黄晸、锡兰小姐身边的患者们纷纷议论。

黄晸和道阳代替感染痢疾的海伦院长成功完成手术，因父亲的死去深受打击的黄晸故意躲避锡兰。济众院里传开海伦疗养的期间由黄晸来管理的消息，济旭等人抱怨说不能让屠夫当院长。海伦去世五年后，黄晸和锡兰从济众院毕业成为正式医生，离开济众院的道阳仍下落不明。

锡兰被浪人威胁着说出正宫是谁，脖子中刀后流血不止。正宫拜托锡兰照顾世子，随后死去。正当浪人举刀砍向锡兰的时候，黄晸挺身而出。道阳在日本结束医学课程，日本医大的学生们让他从腿下爬过，道阳愤怒地踢倒日本人。道阳在汉城医院担任外科医生，得知济众院人手不够的消息后来到那里。

道阳和黄晸各自在手术台上做缝合手术，锡兰听到汉城医院新来了医生的消息后急忙跑去手术室。Avison告诉道阳自己从黄晸和锡兰那里听到他是非常出色的医生，问他愿不愿意到济众院里工作。道阳表示因为得到日本的国家奖学金会有困难，黄晸和锡兰听后大吃一惊。

黄晸看着道阳做手术，道阳做小腿的下肢静脉手术，道阳表示血栓不仅在小腿，也连接了大腿部静脉，黄晸说如果切除后再做手术需要再麻醉，这样患者可能会死，道阳告诉他如果现在停止手术患者可能会因肺动脉栓塞而陷入危险，要继续进行手术。奈绪子也不愿意再做麻醉。

黄晸在窗外看着正在做手术的道阳的锡兰，露出复杂的表情。结束手术后，道阳和锡兰走出来，黄晸走过去说辛苦，奈绪子盯着三个人径自离开。奈绪子问道阳锡兰是不是比他们的婚礼更重要，奈绪子告诉他那个手术并不是应急手术，自己因为亲眼看到，所以才更生气，奈绪子问道阳是不是真的爱自己，道阳露出不耐烦的表情。

黄晸表示想参观道阳执刀的肺手术，锡兰听到黄晸去了兵判大监的手术现场的事情，不由担心黄晸害杀父仇人。道阳劝他想一想锡兰。渡边见道阳要赶快做手术，担心道阳会害自己，明白奈绪子并不真心爱自己的道阳与她的警护员动起手来。

渡边告诉黄晸，自己现在正为了手术正在禁食，天亮后就可以开始做手术。黄晸告诉他自己并没有答应要给他做手术，让他叫来道阳。渡边表示自己作为患者选择了黄晸，并说出黄晸天生拥有的能力。黄晸告诉渡边因为他的大意母亲才会去世，渡边的手术是让自己合法复仇的机会。

日本公使告诉道阳不要再彷徨，和奈绪子结婚。狂犬病猖獗，Avison为了求疫苗计划去日本，他拜托黄晸当济众院的代理院长。道阳救了中郑捕头的枪的日本狗腿李根泽，得到日本帝国的功劳勋章。

柳熙书因涉嫌暗杀乙己五贼中的成员李根泽而被捕，锡兰从黄晸那里得知父亲被牵扯的事情后急忙烧毁证据。郑捕头替黄晸挨了日本军的刀，黄晸看着死去的郑捕头难过不已。柳熙书被严刑拷问后晕倒过去。日本公使任命道阳的对手佐藤当汉城医院外科科长。

黄晸听到日本军让高宗把王位让给顺宗的话，日本公使让渡边提前实施医疗先进化，渡边计划用朝鲜人做实验品。锡兰听到用卫生检查的名义奸污朝鲜女性的事情后愤慨，黄晸提议用妇科检查来和日本对抗。道阳打听到禁止药物被开成处方药的事情后强烈抗议。

黄晸望着穿着婚纱的锡兰，说像做梦一样。道阳带头在济众院的院子里准备婚礼，这时蒙冲跑进来说日本人的举动不寻常，好像要破坏婚礼。道阳跑去外面查看，这时吴管家慌张地跑过来说黄晸代替柳翻译官担任义兵队长。