新的一季从Dean开始，天启之后Dean便去找Lisa和Ben，和他们一起生活。期间Dean一直没放弃寻找救回Sammy的方法。这段时间Dean的痛苦是可想而知的，失去了唯一的弟弟，还要装作什么也没发生的过着普通的生活。在平静的生活过去了一年多后，超自然的生物自然不可能放过Dean，恶魔们追寻而来，要置Dean于死地。

Sam正在调查一起案件：一些孩子离奇失踪，而他们的父母惨遭杀害。

一群警察离奇死亡。Sam和Dean认为他们可能死于古埃及瘟疫，于是呼叫Castiel下凡帮忙。Castiel确认这些警察死于摩西权杖的魔法。Castiel称，天堂现在一片混乱，许多“上帝武器”都被盗了。三人在寻找盗窃摩西权杖的盗贼时，竟遇到了一个“宿敌”。

Bobby发现Crowley根本就不打算归还自己的灵魂，决定另想办法来解决此事。他很快查清了Crowley深藏的一个秘密，呼叫Dean和Sam前来帮忙。与此同时，Sam和Dean发现这一年来Bobby的所作所为超出了他们的想象。（Dean的扮演者Jensen Ackles亲自执导本集，这是他首次尝到当“导演”的滋味。）

Sam和Dean在一个小镇上调查一宗关于一些年轻的女孩神秘消失案件，经过调查他们发现这里有吸血鬼出没，在和两个嗜血者的搏斗后，Dean被咬伤马上要变成同类......Samuel (Mitch Pileggi扮演并本集客串)告诉Dean要想变回人类需要转变那个吸血鬼的血液，于是Dean和Sam潜入吸血鬼的老巢寻找那个吸血鬼。

小镇上开始“流行”自杀事件，之后又是一个牙医把自己的病人钻死在牙医台上。Dean和Sammy则分头行动，调查。Sammy发现案件中的尸体都失踪了。Dean去喝闷酒，却进入了一种怪异的状态，似乎周围的人都在对他说自己心中一直隐藏不说的事情似的。

Family Matters 家族内情Samuel抓住了吸血鬼始祖并进行拷问，Dean从吸血鬼得知Samuel在找炼狱，对Samuel的动机感到怀疑，但Sam并不觉得他们的外公在暗地里搞破坏。兄弟俩和Samuel以及其他Cambell家的成员一起猎魔，但在猎魔过程中却出了大岔子。Crowley出现，是Crowley将sam和Samuel救活，并取走Sam的灵魂。Samuel为Crowley卖命。

一名男子在上车途中遭狼人袭击，Crowley与Dean商量，只要他抓到一个始祖，就归还sam的灵魂。兄弟查到有一只名叫LUCKY的狗，是拨皮行者，只要咬一口就能将人感染。他们的始祖招募了许多拨皮行者，将他们潜伏在一户人家中，等待命令将他们转化，但这只叫Lucky的有点与众不同。

在一个小镇上突然出现了UFO劫持居民，在调查中Dean也被劫持。后来Dean被放回。经调查其实是仙灵作祟。最后Sam找到咒语把仙灵们送回了阿瓦隆。这集Dean很搞笑的。最后结尾Sam的表情好像暗示了他不想拿回自己的灵魂了（他认为灵魂等于煎熬，见Dean和Sam餐馆里的对话）。

Dean和Sam被Meg抓住，经过谈判Meg同意和Dean Sam合作抓住Crowley。Sam找到了Cass并威胁他帮助自己。当天使，恶魔，猎手的联合军潜入Crowley的大本营时却被Samuel出卖。本集有个重量级人物猝死。最后Winchester兄弟再次决裂。

Dean找死神来帮忙找回Sam的灵魂，死神告诉他，如果他愿意当一天死神的话，他就会帮助Sam。与此同时，Sam决定不想要回自己的灵魂，于是他请求Balthazar给他施一个保护咒，让它的灵魂远离他的身体。Balthazar告诉Sam，想要咒语奏效就必须要得到他父亲的血（——弑父）。

Like A Virgin 处女之血死神带回了Sam的灵魂，同时“墙”也起了作用，Sam只记得自己掉入了“牢笼”，对地狱和这一年没有灵魂的记忆全部忘掉了。

Sam接到神秘短信，上面只有一个坐标。Sam决定前去一看。在那里Sam逐渐回忆起自己曾经和Summy在这里猎杀过蜘蛛女。似乎Sam做过一些残忍的事情。同时Dean发现神秘的发短信的人他真正的目标就是Sam。最后Sam因为过度的回忆触发了他在“牢笼”里的记忆。

在不同的地方连续发生多起人偶杀人事件，Winchester兄弟前去调查。Ben给Dean打电话说Lisa变得不正常，Dean急忙赶去，但是......Winchester兄弟从鬼魂手中救下了一群不当恶作剧的人却使得一名无辜少女意外死去，Dean重新审视过去，赞同了Sam的想法。

一个暴风雨夜Balthazar突然出现，他声称自己被追杀，说着杀手追来。Balthazar给了Sam一把钥匙然后施法把Sam和Dean送走。Dean和Sam发现他们来到了一个平行世界，在这里他们是演员，一个叫Jensen一个叫Jared，还和“Ruby”结了婚，而Cass也变成了一个微博控Misha。正当他们为回家和应付导演头痛时，天堂武器管理员Vigil追杀至此。

Winchester兄弟和Bobby追踪其他猎手发来的消息到一个罐头厂，在这里发现了神秘的发疯杀人事件。他们和Rufus一起调查。调查时遇到了同样前来调查的Samul和Gewn。Dean独处时被"万物之母"Eve（夏娃）制造的怪物控制杀死了Gewn，并在他们中制造猜疑和混乱。本集中有老战士死亡。

Bobby因为Rufus的死亡而显得自暴自弃，Winchester兄弟去调查离奇死亡案件，已经死去的Ellen和Jo重新归来，神奇的是Ellen竟然和Bobby结婚了。Balthazar声称自己不喜欢“泰坦尼克号”这恶俗电影而去改变了使其下沉的惨剧。

众人从COLT枪的制造者SAMUEL COLT的日记以及资料里得知Phoenix（凤凰）的灰烬可以烧死万物之母。而D&S便从CASS的帮助中回到了Phoenix出现的那个年代。

DEAN等人得知了EVA的下落，找到EVA却发现EVA正在制造新形态的怪物。EVA抓到DEAD和SAM，她坦言之所以制造大量新怪物是为了对抗Crowley，EVA从每个“长子”眼中都能看到他的身影（EVA可以得到她所有孩子的视力思想等等）。

故事从CASS的自述开始，讲述他为了不让人类世界再遭到末日之战的波及，接受了Crowley的诱惑与其联手，一边对抗试图解放路西法和米迦勒重启末日之战的Raphael，一边寻找炼狱的事情。最后被Dean发现了破绽。决战拉开序幕。

Bobby发现Cass偷走了一份笔记，通过查看复印件他们发现H.P.Lovecraft（不知道的百度克苏鲁）曾经开启过异界之门，于是决定以此为线索追查。

第六季将是神秘而阴暗的一季，在第五季的最后一个镜头——路灯闪烁，Sam遥望着痛苦的Dean给所有SPN迷留下了希望和期待。从第五季天启结束后，天堂和地狱完全跌落在混乱之中。现在，恶魔、天使和怪物在混乱的地球上游荡。离开猎魔工作并且发誓再也不干这行的迪恩又被拖回了他的往日生活——除了从地狱逃出来的萨姆还有谁能把他再拉回去。两人重新在一起打击从地狱逃出来不断增加的邪恶力量，但很快他们...