高南顺是胜利高中高二2班的一名学生，为了维持生计，他每天晚上骑着摩托车为别人送东西。明星讲师崔世灿在一家补习班当补习老师，这是他的最后一节课，他为学生每人发了一本“黄金笔记”。正在发“黄记笔记”的时候，高南顺来送蛋糕，因为班里有位学生过生日，崔世灿得知他是学生便要送他一本，但高南顺并未接受，然后离开了。第二天早晨，高南顺未吃早饭便匆匆去上学，在公车上遭受同班同学吴政浩的欺负，为他让座。

通过家长会过程中发生的骚动，校园里存在的排挤，暴力，被无视的教师还有学生家长的过度介入等各种隐藏的问题浮出水面。亲眼目击了打碎玻璃窗事件的民基母亲称之为校园暴力，并说此事件是因为班主任能力不足所因此。

高南顺给同学打电话，让他们赶紧回来上课。不一会儿，那些同学都回到了补习班。吴政浩看到高南顺不在，于是打算转身离开。高南顺上前堵住了他。下课后，吴政浩上前拉住了高南顺的衣服。于是高南顺便跟着他去了老师不在的地方准备打架。江珠上前阻止，可是却无济于事。吴政浩他们不停的对高南顺动手动脚，高南顺握紧了拳头，此时他突然听到了郑仁在的声音，于是赶紧从楼上跳了下去。同学们都请求郑仁在，请她不要抛弃大家。

高南顺给朴洪秀拿去了书，而且还跑腿去买面包。大家在议论着高南顺成了朴洪秀的手下。吴政浩他们堵住了基德并不停的收拾他，指责他跟朴洪秀站在同一战线。吴政浩让李京好好查查朴洪秀的底。郑仁在叫吴政浩他们交自我介绍书，可是他们连头不回的一直往前走。赵老师上前拦住了他们的去路。江珠指责怕宋河京，尽管她考上S大，可也改变不了他是这个高中生的事实。高南顺替朴洪秀背书包，江珠走上前指责起朴洪秀。

郑仁在以监护人的身份，从警局里把吴政浩他们四个带走，而且她还带他们去吃饭。郑仁在请求姜世灿，就当今天的事情没有发生过，不要通报给学校。朴洪秀质问高南顺，他都退了可现在又用了拳头，怎么办？校长告诉郑仁在和姜世灿，若这次期中考试成绩再是末等的话，剩下的学期全班都要辅导，辅导和监督由他们两个轮流负责。吴政浩知道高南顺和朴洪秀原来是高中同学。他还知道高南顺就是京畿道第一。他质问高南顺，为何一直怕朴洪秀。

严老师和2班的两个班主任在那里查看监控录像，可是没有发现什么。严老师建议教导主任立刻开成绩管理会议。校长要郑仁在和姜世灿重新准备考题。严老师发现姜世灿的车子昨晚一直停在那里，于是他便要姜世灿拿出黑匣子查看录像。画面上他们发现了一个身影。严老师把朴洪秀叫出来审问。高南顺跑去告诉严老师，说是自己偷的试卷。大家在讨论着南顺为什么要偷试卷？严老师提议让校长报警，郑仁在没有反对，姜世灿却让校长晚一天报警。

严老师告诫朴洪秀，别再招惹高南顺。朴洪秀将高南顺按在那里打了起来。严老师他们匆匆的赶了过去。吴政浩让卞基德去买东西，基德质疑了一下，便被打了脸。对于2班的学生所为，大家都非常生气。姜世灿也同意开除那个朴洪秀。赵老师却说，这个世界上，看不见的远比看得见的多。郑仁在质问高南顺他们两个，好像不是真的在打架吧？晚上高南顺把朴洪秀叫了出来，质问他明天还会去上学吗？朴洪秀说一定，因为去了学校才能被辞退。

姜世灿要求迟到的学生减学分。而郑仁在要求学生背诗，为此他们两个争论了起来。姜世灿从学生那里打听到，高南顺在加油站里做打扫呢。姜世灿在加油站里替高南顺解围，而且要求把他带走。吴政浩把教室里的电扇打开了，宋河京上前要求他关掉电扇。朴洪秀上前冲吴政浩发起脾气。姜世灿堵住了加油站，没办法，老板赶走了高南顺。姜世灿拿着那份自退书告诉高南顺，父亲的名字别糊弄。高南顺拿着自退书离开了。

姜世灿让朴洪秀和高南顺去打扫厕所，打扫完厕所又让他们去仓库把那些桌椅全搬到顶楼。而且他还关闭了电梯，杜绝他们用电梯上楼。宋河京和闵基的妈妈把校长和姜世灿单独约了出来。他们质问起前几天2班全体逃课的事情。而且闵基妈妈要求校长撤消郑仁在，直接由姜世灿来授课。因为校长有所拒绝，所以闵基妈妈威胁投诉到教育厅。校长要姜世灿解决郑仁花的问题。姜世灿拿出过去5年的学历评价给郑仁在，可郑仁在却说自己正在汇集讲课。

严老师质问姜世灿他们，朴洪秀和高南顺他们为什么没来上课？朴洪秀一直在那里大叫着，可是就是没有人听到。高南顺醒来，和他提起了从前的事情。严老师发现仓库里有人在抽烟，于是便去找人打开仓库门。严老师指责他们在抽烟，姜世灿却站出来谎称是自己在抽烟。吴政浩在台球厅里打台球，李志勋上前劝他，难道还像以前那样混日子吗？吴政浩不听他的劝，李志勋生气的离开了。吴政浩告诉大哥，说偷摩托车的家伙是他们班的。

郑仁在和姜世灿讨论转学的事情时，高南顺刚好听到了。所以他请求自己转走，而且请求他们对洪秀保密此事。严老师让高南顺回家告诉爸爸转学的事情，而且此事还得大概协议一周左右。高南顺和朴洪秀答题错了许多，所以姜世灿罚他们抄写，答错多少题抄写多少页。正在他们抄写的时候，姜世灿告诉他们有一个办法可以代替，那就是打篮球，每得一分就减少一张。姜世灿质问朴洪秀，如果高南顺转学了怎么办？

姜世灿对郑仁在说她就是自己一直想成为却没能做成的那种老师。他劝说郑仁在老师坚持下去。因为郑老师的事情，高南舜差点和吴正浩出手。班里的学生都吓坏了，好在高南舜只是开玩笑。郑仁在帮许多学生解决了问题，她越来越觉得原来自己是被需要的那种老师。

《学校2013》是继1999至2002年间已播出4季的电视剧《学校》系列后，时隔10年推出的最新篇，讲述发生在胜利高中2年2班里的校园生活，和原有的《学校》系列不同，通过学生们真正想诉说的话和以老师视角看到的真实学校故事，提出大家值得思考的社会问题。

一景把正浩和志勋拉出来让他们和好,正浩对志勋说，朋友能做到什么时候，要走的路不一样就趁早分开。志勋让他也考虑下自己的出路。夏静说她来负责，班费一共30万3千7，要南顺礼拜二就还回来不然她去对老师说明情况。同学们转而凑钱给郑老师开欢送会。

同学们讨论兴秀为什么被带走，有人说是兴秀偷的，一景、江珠和夏静都维护他，民基让大家先看下事情发展再说兴秀是保护观察期间，姜老师问是什么原因，郑老师也不知道。郑老师说姜老师变了，以前这种事情是不愿意管的。姜老师表示人活着嘛总是会有点变化的。

志勋问南顺正浩会受什么处罚，正浩不过是不小心而已，一景说夏静妈现在闹成这样不会轻易解决的。两人打算让恩惠去说明情况，南顺要他们不要发脾气把事情搞糟。志勋要恩惠对老师说明昨天的事情，恩惠却坚持自己没错，如果要怪就怪说志勋偷东西的景敏。一景要他们两个都道歉，恩惠不肯，郑老师看到后要他们都跟着来，叫四个人都写反省，写完后互相道歉才可以，恩惠再次拒绝。