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五年前，华城边境港口。金三角大毒枭坤托与华城毒贩帕拉正在进行一宗毒品交易。华城警方与联合调查组在卧底警员骆翔的配合下准备进行收网行动，不料，坤托收到华城警局内部消息，在警方抵达前引爆炸药，联合调查组成员全军覆没，骆翔在追捕中不慎中枪，落入海底。与此同时，帕拉被击毙，坤托和一吨毒品下落不明。
为考验陈陌是否能成功成为骆翔，廖永嘉刻意安排陈陌接触南亚帮的分销商桑波。而桑波正是梁龙的死对头，骆翔作为梁龙的兄弟，陈陌的出现自然吸引了桑波不少的仇。就在陈陌与桑波不断周旋化险为夷之际，梁龙却带人打劫了桑波的地盘，抢走了部分毒品，陈陌依靠自己的身手死里逃生。同时，于升海为求证陈陌胸口的伤疤是否是当年的枪伤，前往医院调查病例。
由于梁龙对桑波地盘的打劫，让廖永嘉不得不提前安排陈陌接近梁龙。为了让陈陌的出现更具有说服力，廖永嘉和陈陌联手抢走了梁龙手下朵玛的货物，并留下纸条，要求梁龙主动前来相见。不料，梁龙吸毒过量，失去理智，错手杀死了朵玛。梁龙委派阿福抓捕陈陌，阿福却因为对梁龙的胆怯产生了远走高飞的私心，并没有让陈陌带回梁龙身边，而是决定就地处决。在廖永嘉和于升海的监视下，陈陌不敢表露自己的真实身份，迫不得已下反杀阿福，再次死里逃生。
陈陌身陷囹圄，被梁龙和桑波围困于澡堂。危机关头，廖永嘉请来苏青竹，五年前曾与骆翔假扮情侣卧底在帕拉身边的卧底女警。苏青竹利用录音剪辑的方式解除了梁龙对陈陌暂时的怀疑。然而，梁龙仍惦记桑波手里的毒品，以昔日的兄弟情义为由迫使陈陌交出五年前消失的货源。在苏青竹的茶楼，梁龙对陈陌的突然出现进行一番审查。此时的陈陌早已洞悉梁龙的准备，主动承认自己这五年来以出租车司机的身份混迹于华城，此时归来，只为狙击南亚帮，协助梁龙占领华城的市场。
危急关头，陈陌开枪吸引警察，将警察引至茶楼，苏青竹终于得救。梁龙苏醒，对陈陌焚烧毒品一事既往不咎，但再次提出一个要求，找到桑波的上线大灰，在大灰的运输线上下手，劫走毒品。与此同时，廖永嘉也给出了相同的任务，协助梁龙，以毒贩对付毒贩的方式，除掉大灰，斩断南亚帮的运输线。而大灰此时正因为桑波的败露准备转移毒品，他找上了农贸市场的负责人林展雄，试图通过林展雄的猪肉运走剩余的毒品。是夜，陈陌和苏青竹在屠宰场蹲点探查情报，贸然的行为导致二人被困于冷藏车内。
廖永嘉及时赶到，一场枪战中，苏青竹为救陈陌而受伤，陈陌于心不忍，悔恨自己不能像昔日的骆翔一样保护苏青竹。医院，陈陌得知苏青竹是为了骆翔而进入廖永嘉的计划，故而劝诫苏青竹退出行动，苏青竹没有答应，反而知道了陈陌在医院还有一个刚做完手术的女儿。与此同时，于升海受廖永嘉的命令在树林清理冷藏车以及大灰手下的尸体， 出于对陈陌身份的怀疑，于升海动用自己在警局的关系，查到多年前骆翔卧底时曾卷入一起车祸，并留下了指纹。
出于恐惧，于升海把陈陌的消息，告知给了车祸受害者的父亲、负责为大灰运毒的林展雄。同样怀疑陈陌身份的苏青竹，把阿喜当作突破口。她凭借真诚取得阿喜的好感，也得知了陈陌和骆翔一样，都不爱吃鱼——可没想到试图验证时，却被陈陌轻松应付过去。为了抢夺大灰的货，陈陌和梁龙也把注意力放到林展雄身上，二人假扮执法人员，找到了林展雄藏毒的养殖场，顺利锁定了毒品的位置。陈陌设计，准备在林展雄出货时行动。廖永嘉也察觉到于升海对陈陌的怀疑，他表明指纹是自己更换的，于升海颇感意外。与此同时，行动中的陈陌和梁龙遭到林展雄等人的埋伏，而本该藏着毒品的冷藏车也不翼而飞——此刻，冷藏车连带着满车毒品，在毫不知情的阿泰和张欣瑶手中。林展雄认为儿子林大顺死于陈陌导致的车祸，要对其施以毒手，反被梁龙麾下杀手控制。
为了找到下落不明的毒品，林展雄和手下的村民被梁龙带到一处与世隔绝的海岛上严加审讯，生命安全遭到严重威胁。苏青竹受陈陌委托，通知了廖永嘉，没想到后者因为担心前功尽弃，选择瞒报，由于升海出面，和陈陌里应外合展开营救。同时，在焚烧的残余衣服中发现了陈陌被烧毁一半的警徽，于升海再次怀疑上了陈陌。阿泰和张欣瑶偷走冷藏车，却很快露出马脚，梁龙通过监控，知道毒品被二人劫走，对林展雄等人起了杀心。陈陌以消失的毒品为筹码，跟梁龙展开周旋，更通过苏青竹留下的录音，让林展雄得悉真相——原来，害死林大顺的正是大灰。为了逃出生天，林展雄和陈陌展开合作，于升海也趁着夜色，利用炸药助众人逃离孤岛。
大灰枪杀林展雄，没能得到冷藏车中毒品的下落，于升海由于林展雄等人的死，心灰意冷，决心脱离暗夜计划。陈陌和梁龙没能找到足够的毒品，遭到大批毒贩讨债，毒贩们把陈陌当作主要目标，走投无路的陈陌只能躲进警局；梁龙则为了躲避风头，索性住进了戒毒所。廖永嘉找到苏青竹为陈陌假释，并要把陈陌送走暂停暗夜计划。眼看刚刚查到黑警的蛛丝马迹，暗夜计划却宣告停摆，陈陌很不甘心。
为了寻找藏有毒品的冷藏车，大灰绑架了张欣瑶和阿喜，却在于升海的提醒下，重新锁定了阿泰。廖永嘉也通过监控，定位了毒品就在阿泰手中。此时的阿泰控制住陈陌，想要杀他为父兄报仇。陈陌无奈，只能说出幕后真凶正是大灰，报仇心切的阿泰不顾陈陌提醒，开着冷藏车誓要除掉大灰，却很快陷入险境。多亏廖永嘉于升海赶到，陈陌也在危急时刻，不惜暴露身份救下阿泰，可热心帮他的出租司机老金却无辜惨死。苏青竹深入沁南茶园，摸清了毒枭颂猜的贩毒模式；梁龙则通过戒毒所，查到了五年前行动中黑警的身份——原来他假装隐退，是为了在暗处搜集情报。令陈陌感到震惊的是，五年前的黑警，都和廖永嘉有关。
