薛风在转移监舍途中被一把螺丝刀刺中，昏迷不醒。与此同时，鲶鱼头在越狱时被电网击毙。两件事闹得南石监狱风暴骤起。 萧琳在羁押期间被查出患有身孕。廖芳华放萧琳出狱，监视居住。萧琳挑衅的告诉廖芳华，自己肚子里的孩子，是市长林志航的。 林志航和里廖芳华是发小，从小青梅竹马，但此时此刻的林志航，因为被萧琳陷害，无法面对现实，住进了精神病院。

警察调查中发现看守所电工吕耿背景很深，可能是内应。 萧琳找黄平安，让黄平安帮忙把王泉打捞出来，同时提出一套杀人诛心的战略，让黄平安帮忙对付廖芳华的儿子浩浩，搞垮廖芳华的精神。 廖芳华从蛛丝马迹中感到事情有变，一场惊心动魄的围捕全面展开。萧琳手下黄平安看逃走无望，最终放弃王泉自己逃跑。

黄平安来到精神病院看弟弟黄建安，两人传纸条被林志航看到。 廖芳华去看被薛风陷害住进精神病院的林志航，拆穿了他装疯的事实。林志航告诉廖芳华，黄平安的弟弟黄建安也在精神病院装疯的事实，而且黄平安来看过他的弟弟，这里面肯定有阴谋。

廖芳华在组织专家对薛风犯罪心理进行研讨时，有专家表示，在薛风身上找到了一种不明毒素，他犯罪心理的形成极有可能和这种毒素有关，廖芳华认为存在有人用药物背后操纵薛风的可能，于是决定追查薛风致病原因。

廖芳华审问黄平安弟弟黄建安，黄健安终于供述了王泉手里有萧琳和薛风共谋犯罪的录音证据的事实。 经过对吕耿的追查，雷海东发现他有一个同性恋情人张潮声，在山西犯了案，潜逃南石。了解此事的薛风敏锐地感觉到要出事，暗示萧琳赶紧让吕耿远走高飞。廖芳华下令抓张潮声引吕耿上钩。吕耿为了救张潮声果然去找萧琳求助，但中途发觉不对劲儿，嗅觉灵敏的吕耿脱身逃走。

浩浩被坏人勾引，打伤了同学。廖芳华得知儿子是因为父母离异，才性情大变，内心复杂。同时离婚的前夫赵国群频频前来，表示追悔莫及，期望复婚。

廖芳华得知张云提供给薛风服用的是一种精神安定药，这种药物因为有极大副作用早已在国际上禁止使用。而薛风的药物是一个叫崔鸿忠的香港人提供。廖芳华调查崔鸿忠，发现他和本市一个叫赵河的人生意往来频繁，于是派雷海东去调查赵河，发现赵河在小区登记名叫康晓明，房间号正是麦刚报案的那个房间号。

雷海东破门而入，发现屋里有一男一女两具死尸，屋里两个保险柜被人用锯条锯开。男尸被证明就是康晓明。女尸情况不明。 雷海东调查看望康晓明的女人孩子，查到康晓明本名叫孙云霄，是甘肃一个县城起诉科的科长，因受贿和分销违禁药品被通缉，至今下落不明。 案件调查中，麦刚和麦福海突然消失不见了。众多线索指向，他们俩有杀害孙云霄的可能。

寥芳华批准搜查麦刚房间，结果在麦刚家发现和案发现场同一型号的钢锯条。追查中得到麦刚消息，麦刚因为撞车住进了医院，麦福海一直在照顾他。经过廖芳华的询问，案件和麦刚无关。案件一时走入死胡同。 廖芳华通过女死者身上纹身的线索，确定了女死者是一外地人，名叫苏安丽，并锁定苏安丽丈夫有杀人嫌疑。他们长途奔袭将苏安丽丈夫抓捕后，他交待了自己早就发现妻子出轨。

苏安丽张副精心设计跟踪办法，一直追踪到苏安丽出轨的男人居所。但进门后却发现苏安丽被人打晕在房中地上。他叫醒后的苏安丽后，苏安丽却误以为打伤自己的就是丈夫，怒斥丈夫性无能，丈夫愤怒中挥刀刺死了苏安丽，仓皇逃走，但对屋中其他房间还有一具男尸，并不知情。

廖芳华详细分析了案件现场，人工锯开保险柜，很显然不是一次完成的，而且作案过程中罪犯还做饭吃，并且不止一次出入作案现场。她断定案犯一定藏在小区之内。非常方便在这间房内出入。 在派人对案发小区进行排查时，发现同小区同一栋楼上的邻居，重点中学的校长崔安德有作案嫌疑。

警方调查同一楼的住户，住户们却都众口一词的赞扬崔安德是好人，明显的有包庇的感觉。廖芳华以案件中丢失的电脑为突破口，将崔安德抓捕。 原来小区车位紧张，大家尊重崔校长，于是默许一个固定车位是属于崔校长的。孙云霄占用，还恶语相向。崔安德的儿子气愤不过，悄悄破坏了孙云霄的汽车，被孙云霄抓住，要挟报警，逼崔安德儿子写下保证书并锁进保险柜。

崔安德知道儿子和孙云霄的事后，为了儿子前途没有污点，欲拿回保证书，孙云霄不给并威胁崔安德为自己安排学生名额牟利。崔安德愤怒之下，失手杀死了孙云霄。他自己则连续几天，锯开两个保险柜，找回了自己儿子的保证书。

廖芳华为了浩浩，决定和赵国群复婚，深感意外的赵国群惊喜异常，向廖芳华保证一定痛改前非，好好过日子。 廖芳华调查萧琳得知，萧琳可能把一件重要的东西交给了美容院的老板凯丽保管，雷海东安排警力监视美容院。

与此同时，麦刚和林媚两个年轻人，也从另外一个渠道得知了此消息，他俩知道凯丽有个始终不离身的提包，打算私下接近凯丽，弄到凯丽手里的东西，过一把干私家侦探的瘾。 林媚和麦刚经过精心设计，首先在舞厅里接近凯丽的马仔老罗，谁知早被老江湖的老罗识破，

老罗把麦刚和林媚拉倒荒郊野外，打到麦刚，差点强暴了林媚。 麦刚的行动暴漏了警方已经盯上凯丽的事实。萧琳知道凯丽对自己的重要性，但无奈中只好忍痛安排黄平安杀死了凯丽，再次掐断了线索。 萧琳将凯丽之死归于廖芳华，为了报复，她让黄平安加快对付廖芳华的儿子浩浩。

警方得到消息，吕耿藏身一个叫岳安民的人家中，又一轮追踪开始了。雷海东在岳安民家发现了一个地窖，在地窖发现了一个叫黑蛋的尸体。岳安民只好交代出，黑蛋是被同住在地窖的吕耿杀害的，因为他怀疑黑蛋会出卖他，吕耿已成惊弓之鸟。

根据岳安民提供的吕耿电话，发现几次通话记录都在华阳小区，雷海东赶去华阳小区，经过热心居民的指认，确定吕耿确实在华阳小区住过，但是人已经离开。 吕耿再次失踪。公安收到匿名电话，对方告知吕耿和周立的交易时间和宾馆房间。

廖芳华带手下赶到宾馆，却人去室空。前台告知登记时只是一个人，但是一个女人刚刚去了这个房间找他。廖芳华通过细节分析，可以确定入住的人就是吕耿，廖芳华怀疑来找吕耿的就是萧琳。 雷海东带队在酒店后堂发现了吕耿，一场追捕将吕耿逼到死角，吕耿欲引爆身上捆绑的炸弹，被警方当场击毙。

吕耿的死让萧琳大为伤感，她认为一定是薛风的秘书张云给警方通风报信，下令黄平安除掉张云。 结果张云先下手为强，雇来一个外地杀手，化妆成女人，在萧琳儿子满月宴上，趁萧琳上厕所之际，杀死萧琳。谁知萧琳负伤后大难不死，一但恢复健康，肯定会报复自己，为保护自己，张云亲自出马，半夜悄悄潜入医院，给病床上的打吊针的萧琳注射了药物，导致萧琳成了植物人。

廖芳华与赵国群复婚以后，百般殷勤。廖芳华得知赵国群是找关系才当上了副院长，警告赵国群要经受住诱惑，赵国群不认账，认为自己是凭本事当上副院长的。 燕燕和姐姐雁雁是双胞胎，两人合作写电视剧，因为各种问题经常吵架，产生严重不和。 章林去和燕燕约会发现燕燕神情有异，这时燕燕突然收到姐姐雁雁的电话，表示自己不想活了。燕燕赶回工作室，发现雁雁将自己关在房中，就在小助理找不找钥匙开门的时候，枪声响了。

廖芳华和章林在调查现场时，发现燕燕存在很大嫌疑。在法与情之间，章林十分痛苦，廖芳华也把案件交给了章林自己。章林根据一条红围巾在燕燕这儿引起的反应，感觉很不对劲，透过蛛丝马迹的观察，章林终于发现自己面前的燕燕，实际上是姐姐雁雁，而死者才是自己的恋人妹妹燕燕。 当上副院长的赵国群春风得意，抵挡不住漂亮的女研究生投怀送抱，在酒醉之际，和其发生了关系。这一切，都是张云精心设计的陷阱。

警局接到报案，黎河边发现一具男尸，明显是被榔头敲击致死。联系黄平安惯用的就是榔头，廖芳华等人认为可能是黄平安再度出头作案。 通过死者身上的镯子，警方找到了死者的情人谢宝钗，继而确定了死者是一个叫做宋晓星的中学生。警方查到和宋晓星在网上玩游戏时，有一个骂仗的人叫方兴林，曾扬言要杀了他。警放找到了方兴林的家，果然找到了四把同样的榔头。方兴林却失踪了。 但与此同时，黎河桥下又发现一具女尸，同样是被榔头击打致死。

在女研究生的色诱和劝导下，赵国群以科研项目审核批准为名，收受了他人的贿赂，贪污科研经费。女研究生抓住赵国群的弱点，在几次赵国群企图退缩时，撒娇寻死迷活，终于一步步把赵国群彻底拖下了水。 警方算定游戏迷方兴林舍不得自己的辛辛苦苦打出来卓越成绩的账号，终于等到了方兴林突然上网，雷海东扑过去抓住了方兴林。方兴林交待了自己雇凶杀人的事实，却表示并不认识黄平安。

根据方兴林交待的嫌疑人特征，警方锁定了一个叫姚森鹏的人。廖芳华料定姚森鹏会报复方兴林，于是安排人在方兴林家蹲守，果然抓住了姚森鹏。 姚森鹏交待了自己替方兴林杀宋晓星的经过，同时交代出他还杀了两个人。这两个人是网上一个叫普贤９ｓ的人雇他的。 廖芳华派人通过银行转账账号很容易就找到了普贤９ｓ的真实身份，发现是个叫强天翔的高中生。 整个案子和黄平安没有任何关系。

萧琳成为植物人，黑帮江湖面临着重新洗牌，萧琳和薛风的罪证成为破案的关键。廖芳华找到因违规做侦探被拘留的麦刚，派他打入王泉身边。狡猾的王泉有一个说梦话的毛病，他为了防止自己睡觉泄密，每晚上都把袜子塞到嘴里睡觉。活泼的麦刚把王泉伺候的像佛爷，很快就取得了王泉的信任。他根据警方提供的王泉很迷信的特点，靠放风接触到一个算命大师，精心编制的测算八字，算出王泉的祸福，终于引得王泉上钩，决定听麦刚的逃出监狱。

在廖芳华故意制造机会下，王泉逃出监狱。在王泉最放松的时候睡着，麦刚开始询问他所知道的秘密。王泉在梦话中，交代出原来录音证据分别藏在三个地方。王泉同时交待了吕耿和吴瑶琴的事情。 王泉醒来后，麦刚已经离开，为了进一步搞清楚这三个藏证据的秘密地点，有人劝廖芳华再派麦刚接触王泉，被廖芳华拒绝了。她知道王泉极为警觉，老谋深算，麦刚再去，可能有生命之忧。并下令案件未破，把这个烈士遗孤保护起来。

廖芳华感到郭超贵一定潜伏躲避，一定有其原因。命令雷海东一定要找到郭超贵。雷海东在监视萧琳家保姆时发现，郭超贵在暗中跟踪萧琳家保姆的男人。感到郭超贵一定有所企图，决定放过他，看看他究竟在干什么。 黄平安也找到王泉，要王泉交出萧琳的录音证据，说是此事是萧老板交代的。王泉是老江湖了，知道自己手中这份证据的分量，表示除了萧老板自己，他谁也不给。黄平安虽然蛮横，但在王泉面前还是不敢轻易造次。

赵国群被双规，浩浩因为盗窃住进了工读学校，焦头烂额的廖芳华精神几近崩溃。 黄建安告诉黄平安，他把优盘藏在了火葬场一个骨灰盒里。黄平安来到火葬场，成功拿到了第一个优盘。 萧琳的保姆决定将藏在一个滑雪场储物柜里的优盘转移，却被黄平安成功拦截。黄平安拿到了第二个优盘后，刚想离开却遇到王泉。黄平安不敌王泉，将到手的两个优盘都交给了王泉。 这一切都在警方的监视之中。

廖芳华认为到了抓捕王泉的时候，于是命令收网，但抓到王泉后却发现王泉身上没有优盘。 廖芳华组织警力对王泉一天的行踪进行调查，认为在跟踪王泉的途中王泉根本没有毁掉证据的机会。于是他们仔细分析整个事件的过程，寻找蛛丝马迹，终于在交通监视录像上发现王泉利用一次错车的机会，将手中的优盘掉包。廖芳华果断出手，将一直在背地里活动的张云一举抓获，最终拿到了证据，将盘踞在南石的犯罪集团送上了审判台。