故事发生在明月山脚下的兰若村。月牙儿和小伙伴们一起出去在外面玩耍，碰见了太守正在打猎一只会说话的失忆的兔子，月牙儿和小伙伴们收养了“变变兔”。 月牙儿通过自己的智慧和万小福一起帮邻居找到了丢失的鹅；从此得到了邻居们的赞赏和认可，邻居家里的孩子丢失的时候月牙儿通过一次次对“妈妈”们的考验，找到了孩子的母亲，让两位妈妈们都得到了欣慰。通过了这个事情，月牙儿也知道了自己的身世，原来是嫦娥托付给明月禅师抚养，希望月牙儿可以体验人生，为百姓排忧解难。

明月禅师和欧阳先生要出门， 把兰花委托了给月牙儿照顾， 每天月牙儿都精心照顾兰花，变变兔无意把兰花给吃了，月牙儿一直想用谎言来弥补这个事情，用错误掩盖错误，使得明月禅师对月牙儿产生了误会，在明月禅师的教诲下，让月牙儿理解了：知错就改，让错误掩盖错误，就是错上加错。

月牙儿在河边玩的时候碰见了正在砍柴鞋子弄坏的丁丁， 月牙儿怕丁丁脚下山磨破，把少爷万小福的鞋子借给了丁丁，但是没有告诉万小福，让大家误会了丁丁，使大家认为是丁丁是小偷。丁丁拿着鞋子一直在寻找月牙儿为了把鞋子还给她，大家也在此期间了解到误会了丁丁，一起帮忙，终于在河边找到了已经睡着的丁丁，知道他是一个非常诚实守信的孩子。月牙儿为了帮助万小福去的友谊，战胜心里障碍，通过智慧让每一个人得到了一双鞋子和让丁丁和小福成为了好朋友。

月牙儿在游玩的路上碰见了求子的太守夫人，还有滥赌成性 的人拿着家里的陪嫁去赌博，当做家传宝卖给了太守夫人，月牙儿想要回来，太守夫人要求赔偿十两银子，只能暂时用明月禅师的袈裟先当掉，月牙儿想出用奇石的办法帮助明月禅师赎回来了袈裟。并且把多余的钱也还给了太守夫人，不义之财不可贪。

月牙儿认识一个小飞的朋友他是一个小偷，知道他本性不坏 是因为从小失去了父母，没有朋友，她想尽办法帮他，让市场的商户送给小飞吃的，她用实际的行动感化了小飞，让小飞重新开始做人，在捡到了太守夫人的玉佩后，主动让月牙儿还给了太守夫人，决定去别的地方重新开始不再偷东西。

欧阳老师装病，测试孩子们是不是能够自觉学习，但是欧阳老师失望的发现，孩子们玩疯了，欧阳老师要对孩子们进行考试，谁的成绩好代表明月书院去原州比赛。万小傅受父亲的美食诱惑，又偶然得到欧阳老师的出题，所以取得了第一名，但是要去原州比赛他心里发虚，月牙儿怀疑万小傅成绩有水分，但是调查后发现没有问题。

太守去平定匪犯，太守夫人去找月牙儿陪陪自己，唤起了太守夫人的母爱和月牙儿对妈妈的想念，月牙儿晚上做梦总是梦到妈妈，成天魂不守舍，还受到欧阳先生的惩罚，让太守夫人假扮月牙儿的母亲，太守夫人经过一番努力，终于成功让月牙儿见到了“妈妈” 而太守夫人也因此改掉了暴躁的脾气，也有了自己的小宝宝。

万小傅和月牙儿等人在明月寺院子里玩耍，万小傅捉弄乌龟，受到惩罚，乌龟被放生，后来万小傅把父亲昂贵的鹦鹉偷偷拿去放生了，万大傅派人出去又给捉回来了，月牙儿想到一个主意，教鹦鹉说脏话，结果鹦鹉被送到太守家，太守夫人很生气把鹦鹉放生了。

两位奸人，设计陷害万小傅与万小傅相撞，说自己包里五百两银子，少了四百两，两人来到万府，对万老师进行诈骗，万老板无奈只能听欧阳先生的报官，月牙儿想出了分开两人询问的办法，两人回答不一致，所以漏出破绽，成功破案。

宝来，因为他的爸爸跟哥哥外出遇到狼，他的妈妈从小就把他困在家里，月牙儿决定要把宝来带出家里，让他了解外面的世界，一起相约去明月山看月亮，月牙儿想出一个办法把宝来妈支开，然后带着宝来去了明月山，后来遇上了狼，月牙儿把狼赶走，他们见到了月亮，宝来妈也认识到了自己的教育方式是不对的。

钦差大臣到 宇州巡查，到城外吃了月牙儿他们的包子，又喝了泉水，胃痛不止，所以怀疑包子有毒，欧阳先生被抓了，月兔后来吃了包子也喝了山泉水，与钦差一样肚子疼的晕了，找到原因的月牙儿去找太守，钦差大臣也好了，欧阳先生被无罪释放。

兰若寺外山上的巨石，被雨水冲击，年数已久，月牙儿看巨石不久就会被冲下山，所以月牙儿希望乡亲们一同处理掉巨石，可是乡亲们觉得巨石不可能会滑下山，后来月牙儿和小星想到用石墙阻隔巨石的想法，于是月牙儿想到让人们拿砖去山顶拜月的方法，砖凑够了，墙也盖好了，村子们救了，巨石滚落到了两家农甜的小路上，两家人为了不让路人踩自家的农田，发生了争执，后来发现巨石能够发出很悦耳的声音，于是万老板利用巨石开了一家客栈。

宇州城有发洪水的危险，通判掌管水利，不懂防洪，幸亏月牙儿想出用渔网，罗网加固碎石巩固堤坝，这才避免发生洪水灾害，包大人却想要坐享其成，与月牙儿分功劳他要9成月牙儿1成，但是被识破，月牙儿向太守大人要了100大板，所以包大人被打了90大板。

典当行的伙计被人骗了100两纹银，想不开要跳河，后被月牙儿救起，于是他想到一个办法引诱骗子上门，她将假的宝瓶当众摔掉，后骗子找上当铺，敲诈当铺归还宝瓶，但是假瓶还在，所以骗子被抓了。

两个劫匪绑架了太守夫人，叫一位小孩来送赎金，于是太守找到了月牙儿，月牙儿想到了一个办法，把辣椒面放进袋子里，把袋子扣了个洞，劫匪走到哪顺着辣椒面就找到了，不过劫匪跑了，找明月寺的月牙儿报复，第一天被月牙儿用官兵皮影吓跑了，第二天再来，真的官兵已经在那等候多时了。

本片以月牙儿和她的小伙伴们在明月寺山的生活为背景，以变变兔不断出难题考验月牙儿为主要线索设置故事情节，通过月牙儿和伙伴们如何克服困难，解决难题的过程，体现月牙儿和伙伴们如何在禅理的灌溉下领悟人生真谛，完成了个人成长。本片以斗智为主题。月牙儿不光聪明过人，还富有正义感，他用自己的机智和勇气帮助那些贫困的人、教训那些仗势欺人的人，给人留下了很深的印象。

课堂上卯先生看大家读书不认真，让大家进行背书比赛，并说服春生的父亲往山提供奖金。月牙儿非常需要这笔钱，就去找善于背诵经文的露风求教。露风告诉月牙儿，所谓“欲速则不达”。要想背书背得好，并没有什么捷径。

城外来了很多灾民，月牙儿看到他们很可怜，明月寺施粥赈灾，但依然救济不过来。月牙儿去参加万氏的四十岁大寿，请求万氏接济灾民，万氏不同意，刚好月牙儿碰到一个来请求救助的老奶奶，后来了解这个老奶奶是万氏小时候的救命恩人。

本片以月牙儿和她的小伙伴们在明月寺山的生活为背景，以变变兔不断出难题考验月牙阿毛辛苦赚来的钱不小心掉到城墙下面，被镇上的人捡去，只有少部分人归还，阿毛很伤心从此生病卧床无法回家救治老母。县衙严厉的重罚，让捡到钱的人更不敢归还。月牙想到一个功德箱的办法，让大家帮助阿毛，很快就募集到很钱，阿毛只收下自己丢失的钱剩余的用来救济其他人，并且以后还要回到这个有爱心的镇上。

月牙和万小富去荒野采药，捡到一条虎崽，回来的时候抄近路导致迷路，半夜未回，后来在山洞里躲避，他们用钻木取火的办法生火，没想到引起了火灾，最后在悬崖上月牙把干草收集起来引火，逃过了一劫。

欧阳先生为了制止大家浪费粮食，与大家打赌，如果十天之内大家能做到不浪费，欧阳先生就接受亲吻小毛驴屁股的惩罚。大家齐心协力不仅谁都没有浪费，还帮助农民伯伯收玉米，最后欧阳先生兑现了他的承诺。

月牙儿经常做恶作剧，温柔文静的娇美美被选上了喊茶女孩儿，当选那天月牙还把她的轿子弄坏了，后来娇美美没有怪罪她反而帮她训练怎样做一个温柔的女孩子。娇美美把脚崴了，月牙替她做了一回喊茶女孩儿，从此月牙像变了一个人，后来欧阳先生告诉她真实的她最可爱，于是，又回到了原来的月牙儿。

月牙有一头小毛驴，在游玩过程中，发现了隔壁人家践踏草地的山羊，小毛驴踢坏了山羊，隔壁人家要求拿小毛驴赔偿，小毛驴踢坏了隔壁家的屋子，毛驴还给了月牙儿，万大富得到一匹汗血宝马，想送给太守，大富要跟月牙儿的毛驴比试，宝马输了，月牙儿发现了宝马身体不好，找出了原因，是因为大富对宝马照顾的太好，导致马身体受不了。最后太守也没有接收宝马，并斥责大富的行贿行为。

月牙儿和小伙伴们把愿望写在荷包里挂到树上，就会收到心想要的礼物，大家说这是来自土地公公的礼物，但是好奇心强的月牙儿晚上发现了原来送礼物的人正是先生，他召集小伙伴也给先生准备礼物，准备礼物的过程中帮先生解决了很多难题，虽然最后先生摔倒了伤到了腿，但是先生的内心被孩子们温暖了。

先生和月牙儿出去游玩，发现浮桥破损，但是村里只有万大富家里才有大木头能修复桥梁，万小富想从家里拿出木头修桥梁，但被父亲拦下，还挨了一顿打，月牙儿想办法修桥，月牙儿让太守夫人过桥，太守夫人跌落河中，决定要修桥，万大富免费送出大木头，奉献出大木头的万大富吝啬成病，卧床不起，月牙儿安排万大富进寺里治病。治疗过程中万大富弄坏寺里的柱子，月牙儿不怪万大富，万大富在寻找丢失的金坠子的时候不慎跌落河里，修好的大桥救了万大富，万大富良心发现，善有善报，又捐出两颗大木头修理了寺里的柱子。

先生书房里有一个孔子画像，胡子留的跟先生很像，但是一个不小心，先生的胡子着火了，先生带着围巾掩饰着胡子被烧，不言不语经历一场厨房着火。灭火后不言不语晚上睡觉出现了尿床的现象。月牙儿发现每个人都有秘密，好奇心趋势她去找真相，万小富打破了先生的杯子，怕被发现，自己把杯子粘起来。这是万小富的秘密，而变变兔晚上偷偷喝酒发现了厨房的异动，在大家都聚在一起找出异动时候发现是万小富梦游，大家都说出了自己的秘密。而每个人都学会了尊重别人的小秘密。