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史前时代，大陆东南沿海古人类进入台湾，逐渐繁衍成为台湾先住民的祖先。从1700余年前的三国开始，历朝历代留下中国人到台湾的文献记录。 明朝末期，以李旦、颜思齐、郑芝龙为代表的闽南海商势力，在台湾建立了最早的汉人基地，达到“聚艇数百，聚徒数万”的规模。 1624年后，西方海上强国荷兰、西班牙相继占据南北台湾。 1628年，在台湾开基立业的郑芝龙接受明朝招安返回福建，旋即与荷兰人海上争霸，1633年在金门料罗湾击败强大的荷兰舰队，掌控了台湾海峡的贸易主导权。 1652年，台湾爆发郭怀一领导的汉人反荷起义，被残酷镇压。但荷兰人在台湾的统治也由此走向末期。
明清鼎革之际，郑成功遭遇家国剧变，举起拥明抗清的大旗，以厦门、金门两岛为根据地，发展壮大为南明政权最强的武装力量。 1661年，郑成功挥师东征，强渡海峡，穿越鹿耳门水道，登陆台湾，向荷兰人宣布：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也……今余既来索，则地当归我。” 在接连取得海战和陆战的胜利，迫降普罗民遮城荷兰守军后，郑成功随即在台湾开府立县，形成明朝的行政体系。同时颁布屯垦令，鼓励军民开荒垦拓，并招徕福建沿海民众移垦台湾，掀起明末清初汉人“过台湾”的又一波热潮。 1662年1月，在对荷兰人负隅顽抗的热兰遮城围困9个月后，郑军发起一场猛烈的炮战，迫使荷兰人签订和约。郑成功以明朝“招讨大将军国姓”的身份，完成了“驱逐荷夷，克复先基”的伟业，开启了台湾的明郑时期。
1662年6月郑成功去世，其长子郑经继位，在陈永华的辅佐下，明郑时期的台湾曾有一段励精图治的岁月。儒学文化开始植入，耕地面积大幅拓展，汉移民人数增加到大约20万，从此形成台湾以汉人为主体的移民社会。 清廷和郑氏隔海对峙，兵戎相向，大陆东南沿海地区人民饱受“禁海迁界”之苦。而台湾明郑时期短暂的太平图景，也随着郑经借“三藩之乱”爆发之机，发兵反攻大陆而终结。 三十多年间，清郑双方曾有十余次和谈，但都因政治认同分歧而破局。康熙皇帝最终下定以战促降的决心。在京赋闲十三年的老将施琅，被再次任命为福建水师提督。 1683年6月，施琅率师出征，一战克澎湖，大获全胜。促使郑氏集团接受招抚，台湾不战而降。入台受降的施琅，摒弃与郑氏的个人恩怨，诣庙哭祭郑成功。台湾社会在“市不易肆，民不知兵”的情况下，实现了政权平稳过渡。 施琅写就一篇《恭陈台湾弃留疏》，力陈把台湾纳入版图的理由。1664年4月，康熙帝下旨将台湾正式纳入清朝版图，设立一府三县，隶属于福建省。台湾步入212年的清朝时期。
清朝是大陆民众迁徙台湾的主要时期。闽南的泉州人、漳州人，闽西粤东的客家人，或从厦门“正口”出海，或冒险偷渡，穿越洋流凶险的黑水沟，来到台湾，经历“六死三留一回头”的苦难历程，在岛内开辟出新家园。到清朝台湾末期，闽粤两省的移民及后裔约达250万，占当时台湾总人口95%以上。 一部部族谱，记载了先人过台湾的生生死死。 一座座祖厝，供奉着历代来台祖公、祖嬷的牌位。 一尊尊神明，无不来自原乡的庙宇。 一块块墓碑，镌刻着原乡的郡望。 一方方匾额，书写着“祖德东传”、“勿忘祖德。” 一个个移民故事，讲述祖先“渡大海、入荒陬，以拓殖斯土”的困苦艰辛。 过台湾，使他们改变了自身以及后代子孙的命运。数百万过台湾的先民，则共同改变了台湾的命运。而台湾也成为他们生息繁衍、世代相守的新故乡。
随着移民大潮的涌入，清朝台湾进入大垦拓时代。 清代台湾修筑了一千多条水圳，最大的是彰化的八堡圳，它于康熙年间由泉州人施世榜斥巨资历时十年建成。施世榜等大垦户率先引领了台湾的“水田化运动”，使彰南平原变成米粮仓。 台中盆地的垦拓也始于康熙年间，福建水师提督蓝廷珍、被称为“番驸马”的广东人张达京，是台中早期开发最重要的领军人物。 康熙四十八年的一份“陈赖章垦照”，标志着台北大垦拓的开始。漳浦人林成祖开凿了大安圳，成为板桥平原的开发始祖；南靖人郭锡镏父子两代以三十年时间，在台北筑成瑠公圳。 台湾东北部宜兰平原的大规模开发，始于嘉庆年间。年过六旬的漳浦人吴沙被称为“开兰第一人”而青史留名。 许多清政府官员也对台湾开发作出贡献。诸罗知县周钟瑄捐建了三十几条水陂。凤山知县曹谨建“曹公圳”，后人为表感恩，将其升格为神，建庙祭祀。
明郑时期，台湾第一座孔庙在台南落成。由明及清，这座台南孔庙始终享有 “全台首学”的至尊地位，它是儒学为代表的中华文化在台湾岛发扬光大的象征。 清朝赴台官员，如周昌、蒋毓英、陈瑸等人，意识到施行教育“为海天第一要务”，因而大力倡学，弘扬教化。府学、县学、书院、义学、社学，各类学校纷纷建起，福建的书院规制也移入台湾，大批闽籍学人渡台担任教职，培育台湾子弟。 士绅垦户重道崇文，捐资兴学。泉籍子弟施士洁捐建海东书院，永定贡生胡焯猷捐建明志书院，台湾首富林维源创办大观义学。 清政府对台湾考生实行“另编字号”以保障录取名额的优惠政策。许多闽粤学子为求取功名而“科举移民”到台湾。泉州移民张世箱家族十年间出了六位举人。 两百多年的儒学教化和科举制度，培育出一批批台湾菁英，台湾也从一个粗放的移垦社会逐渐转型为文治社会。 台南农家子弟汪春源承蒙道、府、县三级官员悉心栽培，成为台湾最后一位进士。两百余年间台湾33位进士的名字，至今铭刻在北京孔庙的进士题名碑上。
台湾收归版图后，清政府采用“班兵制”戍卫台湾。 台湾南北因为驻扎了班兵的“汛塘”，安全得以保障，所以促进了台湾的开发。总兵甘国宝留下了“兵安其伍，民安其业”的记载。总兵苏明良的奏折，大多反映台湾的物价收成、社会民生，甚至把一位少数民族妇女拾金不昧的小事奏报雍正皇帝。 随着移民人数扩增，生存竞争加剧，台湾社会频繁发生各类械斗和民变，为平息大小动乱，班兵将士付出巨大牺牲。战死于台湾的总兵，前有康熙年间的欧阳凯，后有同治年间的林向荣。乾隆皇帝的爱将老臣黄仕简，则因平定林爽文事件不力，险被乾隆问斩。 台湾班兵还承担着抵御外敌入侵的重任，第一次鸦片战争期间的抗英保台之战，是班兵两百年间打得最漂亮的胜仗。 在福建、广东陆续发现了几处戍台班兵墓群。漳州东山县的一位老人，为清代戍台亡故将士默默守墓五十余年。
“郊商”，是指从事海峡两岸贸易的商人和商业团体。 台湾有句民谚叫“一府二鹿三艋舺”，说的是闽台对渡的历史进程中，从台南府城，到中部鹿港，再到台北艋舺，一批港口城市依序崛起的进程。这个进程与郊商的活动息息相关。 台南有“台郡三郊”，鹿港有“鹿港八郊”，艋舺有“顶郊”、“下郊”。郊商的船队“南通百粤，北抵直沽”，将台湾的糖、米输往大陆，也把大陆的丰富的手工业用品、生活物质运到台湾，两岸形成“区域分工”的互补关系。 郊商不仅从事商贸活动，还参与各种公益，捐资助学、造桥修路、建造庙宇、赈济灾民，维持社会稳定，促进了当地的繁荣。同时，也使中华文化和原乡习俗以衣食住行等物质形态复制到台湾。
第二次鸦片战争后，从1860年开始，台湾的淡水、安平、基隆和高雄先后开港。 台湾的蔗糖、樟脑和茶叶，作为清末的“台湾三宝”大量出口，而茶叶成为最大宗的出口商品。茶叶贸易的繁荣，促使台北大稻埕应势崛起，成为北部最繁荣的港市。 1874年5月，经历明治维新而国力日渐强盛的日本，以琉球漂民在台湾牡丹社被杀为由，入侵台湾。 船政大臣沈葆桢被清廷任命为钦差大臣，赴台处理“牡丹社事件”危局。 在与日军的对峙交涉过程中，沈葆桢在台湾推进一系列全新的治台举措。 台南的亿载金城，是沈葆桢修建的，它是台湾的第一座西式炮台。 台南的延平郡王祠，是沈葆桢顺应台湾民心而奉旨建造。 台湾东海岸的苏花公路，可以追溯到沈葆桢的“开山抚番”。沈葆桢调集清兵，开出南、北、中三条道路，台湾前山和后山得以贯通。 南部设恒春县，北部设台北府，都是沈葆桢当时做出的规划。 在沈葆桢等人的建议下，清廷废止渡台禁令，台湾由此全面开放，进入近代化建设时期。
1884年中法战争爆发，淮军名将刘铭传临危受命，奉旨入台。率台湾军民挫败法军，保住了台北。 中法战争之后，清政府于1885年决定在台湾建省，刘铭传成了首任福建台湾巡抚。 为解决台湾建省的困难，福建省以5年协济220万两银元给予支持。 刘铭传怀抱“以一岛基国之富强”的理想，全力在台湾推动自强新政。沪尾炮台、军装机械局等国防工程迅速启动，台北亮起了电灯，全岛通了电报，台湾出现了许多全国第一：第一条海底电缆、第一个完成清丈田亩、第一个邮政总局、第一份对外招商合同，第一条运营铁路。刘铭传主政六年间，台湾被建设成“中国最现代化的省份之一。” 刘铭传的自强新政得到台湾士绅的支持，板桥林家、雾峰林家出钱出力，在协助刘铭传推进台湾近代化建设的过程中，他们自身也发展为台湾最大的家族。 刘铭传最终因劳成疾，百病缠身。在离开台湾前夕，他将自己的全部巡抚养廉银，捐给了他一手创办的西学堂和“番学堂”，两袖清风而去。
