斯考莉摔倒昏迷，她的大脑却极度活跃，并持续的释放一种讯号：找到他。斯考莉醒来，告诉穆德自己看到了一些画面：穆德会死去，唯一阻止这件事发生的方法就是找到他们的儿子威廉。与此同时，穆德发现两股势力都在寻找儿子威廉。他被一辆车追击被迫来到南卡罗莱纳州，见到了其中一股势力。他们告诉穆德，本以为已经死去的吸烟人其实还活着，并利用外星力量得到了可以破坏人体免疫功能的药水，妄图灭绝人类。只有少数人类身上有抗体可以对这种药水免疫，威廉正是已知的其中之一。斯考莉希望可以尽快找到儿子，在开车的时候，一直受到脑中幻觉的折磨的斯考莉出了车祸，送入医院。在医院，昏睡中的斯考莉受到袭击，千钧一发之际，穆德救下她。斯金纳姗姗来迟，穆德从他身上的烟味发现斯金纳见过吸烟人了。吸烟人告诉斯金纳一个秘密:威廉是吸烟人和斯考莉的孩子。

穆德的手机收到已故多年的朗利的视频信息，朗利一再向穆德确认自己已经死去。此时，穆德和斯考莉在家中遭到不明团伙的袭击，在斯金纳的帮助下二人侥幸逃脱，来到朗利的墓地一探究竟。在这里，他们找到一只二维码，根据朗利留下的线索找到了朗利的合伙人汉比博士。原来，袭击他们的团伙是佩瑠集团，他们将死去的人的思维上传到模拟系统，从而达到永生的目的。但是这种永生并不美好，佩瑠集团让这些思维成为数字的奴隶，利用他们的思想开发科技，朗利希望穆德摧毁这一切。穆德和斯考莉来到模拟系统的总部，经过一番激战，终于摧毁了装载模拟系统的主机。正当二人以为一切告一段落的时候，穆德的手机又收到了朗利的信息，情况变得更加危急：模拟系统仍存有备份，朗利的求救被佩瑠集团发现了。

穆德和斯考莉又接手了多宗离奇死亡事件，被害人在死前都声称看到了另一个自己。信奉自然科学斯考莉坚称这一切只不过是一种集体性癔症，并非科学无法解释的荒诞故事。在调查中，穆德发现一对孪生兄妹彼此之间的“心电游戏”似乎与这起离奇事件息息相关。妹妹朱蒂因为精神问题被留院观察，她与离群索居的哥哥恰奇之间有着强烈的心灵感应，每当两人共同拼写完成一个名字，名字的主人就会死于自己的二重身之手。随着调查的深入，穆德和斯考莉也看到了自己的二重身，危险离二人越来越近。然而，恰奇想除掉调查自己的穆德，朱蒂想杀死调查自己的斯考莉，二人争执不下，赌气之下竟在自己的纸上分别拼出对方的名字，双双死去。从死亡威胁中侥幸逃出的穆德和斯考莉开始思考，他们的未来究竟会走向哪里。

自称雷吉的神秘男子找到穆德和斯考莉，说如今的地球已经被外星人入侵，人类的记忆也遭到外星人及彼博士的篡改。雷吉向穆德和斯考莉证明他们的记忆并不真实存在：雷吉从小最爱的外星电影其实并不存在，斯考莉小时候最喜欢的布丁也并不是她所记得的名字。穆德和斯考莉认为所谓的记忆被篡改只是一种曼德拉效应，即人的某一段记忆不被大众知情或没有事实记录。雷吉说自己是穆德和斯考莉的搭档，也是X档案的创建者。他们做的最后一桩案件就是外星人将要离开地球，留下一本答案之书解答地球人所有的疑惑，之后穆德和斯考莉就被消除了记忆。但经过斯考莉的调查和前来追捕雷吉的FBI人员说法，雷吉患有精神疾病，他对于穆德和斯考莉的了解都是之前在国安局工作时窃听到的。一切让人质疑过往的调查竟然是一场乌龙。

斯考莉在半梦半醒间感觉一个黑影引导自己来到一艘废旧货船上，当天夜里，这艘货船上发生一起袭击事件，两名女孩互殴成重伤，声称自己看到了食尸鬼，在现场没有看到彼此的存在。穆德和斯考莉调查发现，两名女孩有一个共同的男朋友杰克逊。穆德和斯考莉来到杰克逊的住址探访，杰克逊及其父母被枪杀。斯考莉认为杰克逊就是自己的儿子，DNA比对证实了斯考莉的猜测。杰克逊有制造幻象的能力，之前女孩的互殴就是他制造的恶作剧，他利用幻象假死，并逃过了警察的围堵。穆德和斯考莉发现杰克逊的特殊能力与“十字路口”计划有关，这个计划由松本虚山博士领导，利用外星人和人类的DNA创造杂交生物体。此时已经和吸烟人同阵营的斯金纳接近穆德，想要借由他的调查顺藤摸瓜找出真相。

越南战争期间，斯金纳所在的小队负责运送一只神秘的箱子。在激烈的交火中，箱子被子弹射穿，黄色的气体泄漏出来，吸入这种气体的人会出现幻觉，看到庞然怪兽，斯金纳的战友约翰受此影响在火拼中伤及无辜。军队禁止执行任务的士兵在审判中提及箱子的存在，约翰因此前途尽毁。时间回到现今，斯金纳在收到约翰的来信后失踪，穆德和斯考莉调查斯金纳的异动。斯金纳找到约翰的儿子戴维，坦诚自己往日的过错，希望戴维可以带自己去见约翰。戴维对斯金纳一直怀恨在心，他将斯金纳引入陷阱。穆德追查至此发觉戴维的异常，救出了重伤的斯金纳。戴维居住的小镇马德里克附近有越战军人接收机构，近期，小镇居民都出现了牙齿脱落的症状。一场关于神秘气体的阴谋正在酝酿，斯金纳决定弥补年轻时的过错，与穆德斯考莉一道查个清楚。

人工智能在社会生活中开始扮演着越来越重要的角色。穆德和斯考莉来到一家日式全智能餐厅用餐，这家餐厅从点餐、菜品制作到付费评价均是人工智能服务，因为菜色不尽人意，穆德拒绝在最后的用餐评价中给予小费。结账时，穆德的信用卡被吞，两人回家之路遭遇人工智能的阻挠。回到家后，频繁的手机信息、不受控制的家电以及密集的无人机监控像一张不断收紧的网，人工智能似乎渐渐加强着对二人生活的控制。手机上，之前用餐的日料店不断推送着支付小费的提醒。穆德前来找斯考莉，面对人工智能的追踪，他们逃到一处工厂，却仍并被机器找到。就当二人以为机器将对自己发动攻击，机器却送上穆德的手机，上面是提醒支付小费的倒数计时机器在旁严阵以待，一触即发，最后一秒穆德按下支付小费，危急化解。

电视明星芭芭拉童星出道，出演几个肥皂剧后过气。极度自恋并想容颜永驻的芭芭拉与怪医鲁文尼斯结婚，他们相信人的内脏及血液可以供给营养，使人永葆青春。此外，他们还豢养了一批身心残障的流浪人士作为内脏储备，并将他们洗脑为自己的忠实拥趸。虔诚而正直的女孩朱丽叶一直在跟踪调查这个组织，她用自己错误的手段杀死贩卖人体器官的医生，阻止着她们的邪恶计划。朱丽叶的姐姐奥莉薇娅是芭芭拉的忠仆，怪医鲁文尼斯通过手术将奥莉薇娅与自己相连共生，为自己提供血液养料。穆德和斯考莉调查至芭芭拉处，受到了她拥趸的袭击，千钧一发之际，尾随而至的朱丽叶出手杀死了芭芭拉。救出姐姐的朱丽叶甘愿接受法律的制裁，用余生来洗刷沾满鲜血的双手。

在小镇伊斯特伍德，可怕的连环凶案正在上演。当地的许多孩子迷恋于一种造型恐怖诡异动画片，在他们观看动画片的过程中，如果父母一从他们的身边离开，他们便会被怪异的力量带走，最终惨死在森林中。美国联邦调查局探员穆德和斯考莉奉命调查此案。通过对现场的勘察与对周边居民的走访，二人发现，孩子们都是被野狼咬死。然而野狼如何能进入人类的家中袭击孩子，却颇令人费解。其中一名遇害孩子的父亲是当地的警长，在重重压力之下，他向穆德和斯考莉坦白：自己年轻的时候曾经道德不端，与人通奸，至今心中常怀悔恨。而在警长的家中，穆德和斯考莉发现，他的妻子、也就是遇害孩子的母亲，收藏有大量关于古代巫术的书籍。谜底被最终揭晓：警长的妻子为了对出轨的丈夫进行报复，希图自学巫术，召唤邪恶的生灵袭击丈夫，但她却难以控制超自然的力量，使得野狼一次次攻击错误的目标，导致孩子们受害。最终警长的妻子与野狼同归于尽，案情至此大白。

穆德与斯考莉一直坚信他们曾经生过一个孩子，并从未放弃对孩子的寻找。吸烟人暗示穆德，他们的儿子名叫威廉，且拥有着超自然的能力。穆德在父爱的驱使下，不顾一切地踏上了寻找威廉的道路。然而他的发现却远超出自己的预期：威廉喜怒不定，随时可以运用自身的超自然力量对他人造成伤害，甚至连警方都奈何他不得。而唯一能控制威廉的人，便是怀着不明动机告诉穆德关于威廉的信息的那位吸烟人，他与威廉、穆德、斯考莉至今似乎有着千丝万缕的联系，似敌似友，忽远忽近。在老者的操弄下，穆德甚至还被陷害为凶案的杀人凶手，只得亡命天涯，但他未曾放弃对威廉的寻找。最终，穆德与斯考莉找到了威廉的踪迹，但威廉却落水身亡。关于他们二人骨肉的真相，也随之石沉大海。