第一医院作为全市水平最高，患流量最大的医院，专家号供不应求，因此一直充斥各种号贩子。雇打手抢地盘团伙作案的，走单帮骗专家同情心的，医院想了各种办法，但道高一尺魔高一丈，屡禁不止。院长凌远，普外科年轻主任李睿，韦天舒，妇产科老专家廖克难和副主任秦少白的号，都是号贩子削尖脑袋想要得到的抢手货。

为了让即将升高三的女儿上学校的重点班，普外科资格很老，但是临床水平十分平庸的主治医生江大夫求李睿开后门给女儿的班主任做手术。李睿认为自己用休息时间加班给当年老师这个人情没有任何过分，但早已对江主治不满的院长凌远以此为由，认为江主治不再具备一位外科医生的资格，发配到了资料室工作，并在会上同时宣布了对李睿的处罚。宣布这是对违背规矩“开罚”的开始。

杨建新对于住院日项目执行人的小小期待被韦天舒和凌远妹妹凌欢几句无意的八卦玩笑彻底打消，且自尊心受到了巨大打击，并对李睿产生了排斥情绪。程明不愿父亲住四人病房，依靠钱势霸占监护室不肯搬出，郁宁馨兴高采烈地看着对程明束手无策的杨建新笑话，杨建新暗示李睿自己在承担该由他解决的难题，李睿坦然表示，自己的问题不须别人代办。

李睿第一次见许楠的邻居朋友迟到，为表歉意自行罚酒，许楠心疼，给他挡酒，不胜酒力晕倒被李睿送回医院，普外科众人第一次见到了李睿美丽的女朋友。

将廖主任免职，使得凌远多年好友秦少白韦天舒对他大为不满，秦少白劈头盖脸痛斥凌远忘本，韦天舒表示自己从此不去合作医院出诊。而此时，凌远的生父许乐山趁机到了凌家去。许乐山的到来，使得凌远一家都十分尴尬，凌景鸿更是对凌远为了扑灭舆论，使用这种以毒攻毒的办法不以为然。

林念初十分想要个孩子，凌远却因为工作压力太大并不情愿，林念初很失落，两人正说着，儿科接到一心衰患儿，林念初赶回主持抢救。孩子的父母都因为工作繁忙而忽略了对孩子的照顾，孩子如此危急时刻父母却不再身边。林念初深受感触，对凌远说，生了孩子养不好也是犯罪，决定不要孩子了。凌远却犹豫了。

得到了部分同事接受，尤其是李睿一视同仁的要求和教育的郁宁馨越来越收敛了大小姐的脾气，复习理论练习技术，学习踏踏实实地做个医生。而她与众不同的灵性，继续让她解决一些其他医生犯难的问题。郁宁馨依旧看不上杨建新，而杨建新也已经受够了这个刁蛮学生。郁宁馨第一个独立值急诊班的晚上，杨建新接到母亲电话殷殷盼望他能回家，他却因工作忙也为了今年的职称让母亲再等等。放下电话杨建新心中不是滋味，偏李睿来提醒他多关照郁宁馨，被杨建新误会为对他工作的不满。压抑许久的杨建新爆发了，告诉李睿，今天是最后一天，明天写检查，不带郁宁馨了。

郁宁馨的父亲郁青主动找到李睿，表达了自己要接手这件事不让女儿受委屈，并问李睿，郁宁馨能否成为一个好大夫。李睿回答，如果她永远没机会尝试为自己的决定负责，那么何以学习责任，如果对责任没有概念，又何以做一个好大夫呢。

儿科危重患儿终于度过难关逐渐恢复，她的父母庆幸之余深感太专注工作对不住孩子，刚刚怀孕的林念初深有感触，决定放弃正高职称的申请，凌远知道这其中另一个原因是因为自己院长的位置让她更加在意别人眼光，为此内心愧疚。

半夜，省际高速上发生了特大连环车祸，全市总动员。第一医院作为重点收治医院，在日常原本已经满负荷的情况下，需要接收60位伤员，面临极限的挑战。

胡志军父亲误解孩子因早产而引起严重问题，对廖主任恶语相向大骂她是杀人凶手并在争执中推倒她，推婴儿去监护室的林念初情急之下将婴儿交给记者谢小禾，冲过去看廖主任，孩子生命体征恰在此时出现异常，廖主任责令她守在自己工作岗位。

廖主任追悼会上，凌远说，他最感谢廖老师的是，她以一生时间，让他们看到了什么是真正的医者，老师，而他更感谢廖老师的是，她让他们看到这份责任的幸福所在。然而追悼会后，李睿告诉他，自己明白廖老师的死，不是他的错，却也同时对他说，自己已经糊涂，凌远所说的医者，究竟是什么。

凌欢心疼嫂子被全院上下议论“让老公拿来游街示众”，告诉父亲，凌景鸿去给林念初送爱心午餐的同时安慰她，凌欢也动员凌远赶紧哄哄嫂子。凌远虽然把妹妹赶走，但还是去找林念初，拉她去吃10多年前刚结婚时，她最爱吃的馄饨，去她最喜欢的玩具店给一对双胞胎买玩具。林念初在看见玩具时心情好转，但是凌远接到负责医院新项目资金审核的庄行长电话，说他的大舅子受伤，送入了第一医院。凌远立刻赶回，林念初心情失落。

李睿检查了患者，认为唯一挽救患者的希望是做移植，而患者儿子也愿意为父亲捐部分肝，李睿想与凌远仔细研究这个病例，却被他叫去办公室，通知他自己接手行长大舅子的病例，因为行长夫人还是不能信任李睿，坚决要求换人或者转院。

李睿以不断加大工作量来麻醉自己，使自己无暇去想许楠，郁宁馨想方设法地让他开心，记住他无意中提起的苏州面，四处寻找终于找到，拉他去吃面。吃面时又耍尽百宝地打球逗他，没想到输掉的彩头，一瓶白酒自己却没本事喝。李睿救了她一马，自己跟那拨人赌球，赢了，回去的路上，他也终于安然睡着，郁宁馨为让他睡好，让计程车司机一圈圈地绕城走，满心欢愉。

一个早产儿发生呼吸骤停，其他的主任副主任都不在科里，林念初责无旁贷带领年轻医生对婴儿急救，孩子暂时脱离危险，但是所存在的原发病症十分复杂，林念初叫韦天舒过来会诊，跟患儿家属解释情况，却因空白胸牌遭到质疑。韦天舒恰好赶到，讽刺患儿家属，但林念初坚持，给患儿治疗是他的责任。

李睿和郁宁馨去买苏州面，郁宁馨出手帮个女孩夺回被抢的包，得罪抢匪，李睿为保护郁宁馨，受了重伤。

凌远去老楼，为林念初操心各种生活细节，买食物装网线甚至把周围送餐的餐馆电话写好，林念初却告诉他，别为自己操心了，凌远被刺伤，拍下钥匙摔门离开。然后之后，两人却各自回忆起从前，各自伤心。

程明使用各种方法想求凌远答应为父亲再次手术，对他说，他是天才，应该创造奇迹，但凌远告诉他，自己只是个外科医生，需要尊重自己专业知识和经验做出的判断，不能为了家属创造奇迹的愿望，来让患者遭受一次并没有希望的创伤痛苦。程明指责凌远因为自己没有患者家属的经历而冷血，凌远没有回答，但是充满伤痛的前尘往事，涌上心头。

程明从香港专家那里得到确认，他父亲确实已经不能再进行二次手术；平安在楼道里碰到程明，认出他是曾经最喜欢的舞台剧“小飞象”的表演者，表达了天真的好意和崇拜，量个为了最亲的人担心伤心的孩子倚偎着在楼道里，而来查房的凌远，听护士说到小飞象，忍不住翻出来了小时候，父亲给自己买的那本童话书，童话书的最后，小飞象得到了成功，和母亲一起过上了幸福的生活。

凌景鸿需要冒险进行急诊搭桥手术避免心肌进一步损伤，夫人陈忆担心各种突发症状无法下定决心，凌远让她把父亲交给自己。手术中，果然出现了几次停跳，凌远内心十分紧张焦虑，但是只能作为全家的主心骨。手术结束，却胃痉挛发作，苏纯碰见，凌远请她帮自己拿止痛针。

凌远得知林念初带回婴儿，立刻带了各种婴儿用品前去，却又习惯性地关心、做主，也习惯性地数落她，林念初试图解释自己可以处理一切，却又因为口不择言地说自己比一般单身妈妈还是条件好，激怒刺痛凌远。

凌远为平安妈妈完美地完成了血管吻合，自己却也已经精疲力竭，李睿提前完成了平安的手术，将凌远替换下去。凌远在手术室外再次被许乐山截住，给他送夜宵，凌远告诉他，自己不想见他，不是因为恨而是因为怕，怕面对他，就像面对自己血液中的自私凉薄。

许楠因看见宾客名单上刘茂然的名字而想办法劝李睿不大办婚礼，而李睿四处发放喜糖，发到妇产科时，依旧让刘茂然暗生戾气。

手术前凌远让冯渺决定，冯渺选择了手术，期待一个能让自己跟儿子继续在一起的奇迹。李睿虽然气愤凌远独断专行，不认同手术的决定，却在跑出去准备喝酒吃夜宵时候，还是放下酒瓶回到手术室，跟凌远一起手术。

凌远看着因第二次手术的创伤而将更快地走到生命尽头，他无比愧疚痛苦，当面对这个他心中最好的妈妈，凌远哭了，告诉她，自己想为她和平安创造一个奇迹，想为平安留下妈妈，但却过于感情用事无视客观，反而让平安更早地失去了妈妈；他这一辈子赢了太多东西，却总输掉自己最在意的。平安妈妈告诉他，他没有输，这些年她最大的梦想就是平安能治好病还能有人继续照顾他，竟然这愿望实现了。还能有什么比这更好。这一切是他和这里所有其他的好人给的。他已经创造了奇迹。

凌远林念初跟韦天舒秦少白一起聚会吃饭，韦天舒提起温宁一个代孕女孩子怀了4胞胎。讨论当中，韦天舒已经接到医院电话，四胞胎孕妇状况危重让他回去看。席间秦少白接到老公同事电话抱怨在第一医院产检抽血太多扎很多针，秦少白很郁闷地唠叨这人太烦，凌远因此得知早该发放各科的负压采血管，并没有如期发放。

凌远对金副院长挑明负压采血管的问题，并告诉他，自己虽然碍于情分不会处分他，但是以后再也不能让他碰医院任何器材问题。金副院长爆发说出被他当作踏板的所有不满，最后抛出重磅炮弹，刘茂然不止涉及非法行医，而且多年前曾有过更惊人的违法恶行，身为医生，强奸自己的病人。

李睿坚持必须依照卫生部规定，将刘茂然非法行医的事实上报卫生部，刘茂然孤注一掷，将当年照片发给了李睿威胁。不堪的前尘往事在照片里，一一上心头。许楠崩溃了，李睿怒极之后，却坚持要将他告上法庭，告诉许楠，自己会永远在她的身边支持她。凌远努力劝李睿再考虑，李睿拒绝了。

母亲被自己气得血压升高，李睿心中苦楚，对父亲痛陈许楠的无辜，自己对她的坚持正是父母从小要求自己所必须具备的，男人的担当。父亲一直没有答话，李睿离开，在巨大的精神压力下，他精神恍惚，仿佛处处见人在议论自己和许楠，在大厅晕倒，醒来后发现错过了跟许楠说好接她的时间，想起各种对他们的议论，恐惧焦虑涌上心头，狂奔而出，许楠却已经离开单位。当他在家里找到她，情绪几近崩溃，悲愤地控诉周围环境的险恶，要带许楠走，然而许楠，却要坚强面对。恰在此时，李睿接到父亲电话，告诉他们，家里永远对他们敞开门。

凌远在工作压力下胃病反复发作，他主动去找李睿，让他陪自己去另一家门诊流量极大的医院——中心医院去看病。在中心医院，凌远和李睿头一次作为病人和病人家属去体会医院的一切，排号排不上，号贩子的高价号，拥挤混乱的门诊楼道，等候几个小时看病几分钟的现实，等检查等不到的尴尬局面，医患双方的巨大怨气。在这里，李睿告诉凌远，确实，他2年中将第一医院从类似中心医院的状态改变成如今有了科学合理的流程，这是了不起的。这是他这些努力的意义所在。凌远对李睿说，自己和他都很固执，也都犯过很多错，但是这些并不能以结果去否认初衷。而两人立场角度不同，最本质的东西却从来是一致的。

普外科的同事们在办公室张灯结彩地准备给李睿过一个重新回归后的生日。郁宁馨去给李睿买他最喜欢的面，路上，碰到一位抱着孩子去医院打不到车的母亲，好心帮忙，孩子在路上出现严重休克症状，并出现呼吸心跳骤停，郁宁馨立刻停车在路边为孩子做cpr，口对口人工呼吸，中途孩子母亲却也晕倒，路过的陈函语帮忙救助母亲。孩子恢复了呼吸心跳，被送入第一医院急救，陈函语陪母亲原地等候另一辆救护车。

李睿做出决定，挪用移植中心款项购买血制品，防护用具，出血热病毒爆发状态下所需的消毒液等，自己为此签字负责，并要求将三个手术室，抢救室，挪出来给儿科的重症患者使用。

不断确诊的出血热病例，很快使得第一医院面临接诊极限，李睿每天面临各种以前没自己做过的抉择，忍不住地会走到凌远办公室门口——虽然知道他并不在。

在瘟疫暂且得到控制的时候，陈局长带来坏消息，又有十五新病例确诊，而其中四个是国际航班机组人员，长时间的狭小密闭空间，集中送餐送水的服务，使得病毒的传播蔓延有了可怕的可能。凌远跟陈局长商议应对紧急措施之后，发现自己正在其中某个航班上。而自己，已经出现了初期症状。

隔离区内，诸位医生竭尽全力地为了挽救患者生命抗击瘟疫做出最大努力。后续的工作人员进驻，包括了陈涵语和郁宁馨。岑今欣慰地说，我认识的涵语，回来了。