蛇一水夫妇在实验室中研究十二基因超能量，不料一只蚊子意外闯入，发生变异，变成怪兽，笛卡等人前来救助，与此同时，东山狼从自己表妹蛇冰冰手中得知十二基因的秘密准备前去抢基因，企图东山再起。不料变异蚊子力量超强，笛卡等人用尽各种办法无法抓获，情急之下，蛇一水博士为了保护城市消灭蚊子不得以引爆炸弹，与蚊子同归于尽，笛卡带着十二基因逃出实验大楼。

笛卡特警队接到护送远古十二基因的任务，东山狼得知便驾着隐形飞机前来偷袭特警队，不料闪电的干扰让特警队发现隐形飞机的存在，笛卡与银萱便想方设法攻击其机翼，东山狼便将计就计，故意让其击中机翼，让哈巴熊与替身先乘坐一架小飞行器引开笛卡与银萱的攻击。

东山狼想利用蛇冰冰为自己研制十二基因秘密，便编造谎言与假录像带欺骗蛇冰冰：千尘为夺得十二基因而害死其父母。蛇冰冰信以为真，决心复仇，帮助东山狼研究十二基因秘密。正在此时，笛卡特警队追踪东山狼到蛇冰冰的实验基地，一场激烈的战斗开始了。

蛇冰冰在东山狼的一个废弃实验室基地研制出了生化鼠。狡猾的东山狼编排一场好戏，让哈巴熊带着生化鼠去美食广场制造混乱引出特警队，自己与蛇冰冰悄悄潜入特警队内部寻找蛇一水夫妇的遗物。

东山狼与蛇冰冰潜入特警队偷盗基因图，好不容易找到保存蛇一水夫妇遗物的保险柜时笛卡返回特警队，东山狼全力阻止笛卡的攻击，为蛇冰冰破解密码提供时间。经过一翻较量，笛卡假装重伤，百晓趁机假装为其疗伤散发刺眼强光，东山狼信以为真。

东山狼根据基因图的显示找到了牛基因的所在地---云雾山谷，特警队根据留在哈巴熊身上的追踪器追踪到东山狼的位置，追踪器最终被东山狼发现，便利用追踪器将特警队引入自己事先设计好的陷阱......

东山狼等人利用降落伞逃生，掉到一片散发沼气的变异沼泽树林前，东山狼消灭特警队的狠心不死，企图利用沼气和竹子制造沼气炸弹，埋伏特警队。面对特警队的穷追不舍，东山狼只好把布置埋伏的重任交给蛇冰冰与哈巴熊，自己则跑到三岔口引开特警队拖延时间。

银萱身受重伤，为了取得基因，坚持与笛卡千尘一同追击东山狼到峡谷沼泽地，发现了奇异花上的基因，双方开始了一场基因抢取战：东山狼企图用树藤滑过去夺取基因，特警队用弹弓攻击，最终树藤断裂，东山狼计谋失败。

银萱身受重伤，严重影响生命，百晓告知峡谷中有一种“救心草”的草药可以帮助银萱恢复过来，于是笛卡让千尘守住银萱，自己孤身一人前往峡谷寻找救心草.邪恶的东山狼发现后，立即展开了双方的围捕工作。

笛卡为了救千尘、银萱想了三个办法：第一个是用烤鸡把哈巴熊引开，再去救千尘，银萱，可是没想到东山狼早有防备，结果失败；第二个是笛卡在空中营救，可是没想到东山狼，蛇冰冰扮成千尘，银萱的样子，结果再次失败。

东山狼等人为了寻找芯片来到了雪山，殊不知笛卡等人早已通过百晓得知东山狼等人的行踪，在雪山一低洼处做好埋伏，等待东山狼等人的进入，几人刚进入低洼处，一个巨型机器爪先堵住东山狼的回头路，在低洼处对东山狼等人进行各种追抓，东山狼迫不得已走进了冰岛湖。

笛卡等人紧追着东山狼不放，最终导致大鸟坠地，热气球陨落，哈巴熊逃跑，找到东山狼，笛卡等人顺着哈巴熊的脚印紧追不放，最终导致东山狼等人的恼怒，起了杀心，在雪山高处埋下炸弹，在笛卡等人靠近之时，引爆炸弹。

东山狼等人兵分两路，蛇冰冰去找基因，来到了一个山洞，发现了一只受伤的白虎与虎基因在一起，蛇冰冰便想方设法偷取虎基因，从中发现虎基因与白虎之间的关系，并利用生化技术制造出生化虎。

蛇冰冰带着自己新研制出来的生化虎前去解救东山狼，笛卡等人自然不是生化虎的对手，经过一番较量，笛卡等人很快受伤，败下阵来，关键时刻，笛卡等人在雪崩时解救下来的公虎出现，解救笛卡等人，不料公虎、母虎是一对夫妻，在蛇冰冰的控制之下，两只白虎发生了一场激烈的战斗。

特警队拿到了虎基因，十分兴奋，终于可以自己去找兔基因了，于是安装上免基因，结果基因图却因为被蛇冰冰设了密码无法开启。特警队没有办法破解，于是想办法抓捕哈巴熊，‘威逼’哈巴熊说出密码。

笛卡等人根据坐标图的显示来到冰凌之地，发现这里到处都是冰柱，手中没有基因图根本无法找基因，于是笛卡等人便在冰凌之地凸处，等待东山狼等人寻找到基因之后直接从东山狼手中开抢。进过一番较量，笛卡等人齐心协力将东山狼身上的基因图与基因抢了回来，并通过在东山狼身上安装的针孔摄像机知道了基因图的使用方法。

笛卡等人和东山狼一伙人使用各自的方法进入雪山谷底的峡谷之中。笛卡等人先行到达，发现这里是上古时期的科研基地。于是，笛卡等人设置机关将后来的东山狼等人引到绝地八卦阵中。笛卡等人闯过麒麟道，东山狼从绝地中闯出，双方同时到达科研基地的核心深处。

笛卡和东山狼双方进入龙珠密室。密室之中有一颗龙珠，同时，密室一侧还有一个大门只有使用龙珠才能打开。可是一动龙珠就会启动机关！笛卡和东山狼双方迫不得已合作。最后关头，东山狼抢到龙珠率先冲进大门之内。

双方冲入山腹之中，发现龙基因就在巨大的龙骨之上，双方展开一场争夺，东山狼率先闯过岩浆之上唯一的土桥，利用各种方法阻挡笛卡等人过来，并且派出哈巴熊去抢夺龙基因。

笛卡等人和东山狼等人在岩浆之上为了抢夺基因发生大战，笛卡掉进岩浆之中。虎基因激发能量，和笛卡融合，笛卡大发神威击败东山狼，并且抢走东山狼手中的鼠、兔基因。最后，笛卡取得龙基因，火山爆发。

东山狼大败而归，此时，蛇母苏醒，东山狼在蛇母手中得到生物驯服剂。东山狼得知笛卡特警队行踪，在途中设置埋伏，捉到千尘，给千尘服下了生物驯服剂，控制住了千尘，企图利用千尘得到笛卡等人手中的基因与基因图。

在东山狼的吩咐下，被东山狼控制的千尘回到笛卡身边，利用各种方法想偷取笛卡基因和基因图，全部失败。最终东山狼发动总攻击，笛卡发现了东山狼的诡计，最终以失败告终。东山狼只好将千尘留在笛卡身边当作内应，撤退。

笛卡到达一处流沙口，根据基因图的显示，在附近寻找到了一个洞口，笛卡击败守护洞口的怪兽进入到了流沙口内部——地下古堡。东山狼等人则利用各种方法跳进流沙，进入到流沙内部，地下古堡之中。

笛卡等人进入古堡之中，遇见古堡里的无数机关，笛卡等人一一躲过。东山狼从另一端进入古堡，控制住了一条巨蛇。最终，双方相遇，东山狼利用蟒蛇制造了生化蛇，让其与笛卡等人争斗，笛卡利用古堡中的环境打败生化蛇，最终胜利，古堡坍塌。

笛卡和东山狼都来到沙漠绿洲上。东山狼利用生物驯服剂控制住了绿洲上的猴王。猴王带领猴群对笛卡等人进行攻击。最后，笛卡抢走猴王的王冠戴给另一只没有受控制的小猴头上，猴群反过来对东山狼等人追去。

笛卡等人根据基因图来到一棵巨树旁，基因就在树上的一个鸟巢之中。鸟巢拥有两只巨鸟守护。最终，蛇冰冰对巨鸟进行催眠，千尘得到了鸟蛋和马基因。但是巨鸟突然醒来将千尘叼走。

千尘落入一片怪石林，掉入其中。原来怪石林是一艘巨大的飞船。东山狼等人先行赶到，在怪石林外围布置陷阱阻挡笛卡等人。笛卡等人破除了东山狼布置下的各种陷阱，胜利逃出。

笛卡追击东山狼，和银萱一起陷入一个失重空间之中。千尘抢夺到基因和基因图，翻脸不认人，暴露出其已经被东山狼控制。东山狼要连带笛卡和银萱一起炸毁飞船，在关键时刻，千尘因为内心的响应偷偷帮助笛卡和银萱解除了控制，在飞船爆炸一瞬间，跳出了飞船。

东山狼拿到基因图得知下一个基因在无人科研基地，达到基地后却无法打开里基地里面的程序，于是，利用返回特警队总部控制白晓来取下一个基因。同时，笛卡和银萱苏醒过来，决定救出百晓，夺回基因！

东山狼控制百晓掌控了无人基地。笛卡和银萱及时到达，阻止东山狼取得羊基因。双方一场大战，基地爆炸，羊基因飞走。笛卡特警队解救出百晓。

笛卡昏迷，银萱穿上能够反弹一切攻击的流银衣前往东山狼基地，想救出千尘。在紧急时刻，被银萱破坏的电源被东山狼恢复，银萱身上的流银衣也被蛇冰冰破解，银萱逃跑过程中，误打误撞进入了蛇母密室之内。

笛卡苏醒，得知银萱前去寻找千尘至今未回，也根据千尘的坐标出击。东山狼利用千尘上演苦肉计击败笛卡。与此同时，蛇母调配出生物驯服剂解药给银萱服下。

银萱假装被控制与东山狼等人一齐寻找羊基因。银萱恐笛卡不是东山狼众人的对手提出意见兵分两路，一路蛇冰冰与哈巴熊前去寻找基因，一路自己与东山狼闯警察基地抓捕笛卡，东山狼欣然同意。

东山狼前往支援蛇冰冰等人，得知笛卡捷足先登，急忙追赶。笛卡巧计取得基因，正要前往寻找七彩之花以解救千尘。此时东山狼等人到来，笛卡利用基因设伏，东山狼果然上当与蛇冰冰一起落入陷进。

笛卡根据百晓的探测，前往寻找七彩之花来到来到七彩绿洲。在七彩绿洲洞中经过几处险境，终于找到七彩之花。不料，由于缺少阳光七彩之花只有六色。笛卡利用反射催生七彩之花。花开之际，笛卡也因眼睛受强光而失明，又在百晓的帮助下得以复原，取得七彩之花，会和银萱。

笛卡与蛇母被绑炸弹将被千尘处决，就在将死之时，银萱击晕千尘救下笛卡二人，就要逃走。哈巴熊贪吃无意发现银萱的间谍身份，就要告知东山狼，情急之时，蛇冰冰突然出现打晕哈巴熊，化解危机。

东山狼在基地探测到猴基因的位置——玩具厂，被银萱安置的摄像头全程监控下来，笛卡等人做好计划跟在东山狼身后。东山狼来到玩具工厂，发现全是特警队的人形玩偶，而笛卡等人也混在其中。

东山狼后遗症发作在基地修养，哈巴熊负责照顾。被困在密室内的蛇冰冰向母亲忏悔之前的罪行。东山狼醒来前往密室要求蛇冰冰的帮助，蛇冰冰不肯，东山狼以蛇母作为威胁。不忍母亲受难的蛇冰冰答应东山狼的要求融合其余基因。

东山狼全身瘫痪，在基地内治疗，让哈巴熊看管蛇冰冰，防止其逃跑。哈巴熊带着东山狼给予的全套装备看管蛇冰冰直到东山狼恢复过来。经过一番争斗，蛇冰冰不敌哈巴熊，于是，使用美食作为诱惑引哈巴熊吃下药粉。

还未痊愈的东山狼逼迫蛇冰冰带领哈巴熊去落凤坡寻找鸡基因。特警队通过百晓得知蛇冰冰和哈巴熊前往落凤坡，于是也跟随前往。落凤坡是前往基因处的必经之处而且坡度很陡，其间有各种风化的石柱。石柱容易藏人，可是由于长年的风化也极易断裂。

在落凤坡有一处叫鸡公山的怪石林，但与前面地形不同的是，此处的怪石嶙峋，一个个像巨人或动物，而鸡基因就落在一个像雄鸡一样怪石的鸡冠上。笛卡等人从乱石中逃脱出来，知晓蛇冰冰故意放过自己，却也不明所以，使用飞行器追随而去。

醒来的哈巴熊看到蛇冰冰把特警队打得抱头鼠窜，笛卡和千尘还趁机而逃，银萱则被蛇冰冰所摛，于是哈巴熊带着鸡基因押着银萱和蛇冰冰一起凯旋而归。银萱在牢中想通过灵力球吸取的方法把起搏器拆除，但东山狼把起搏器植到心脏中，强拆会立刻引爆，最终还是没有成功。

哈巴熊在狼牙平原，遭到特警队追击，东山狼赶来支援。双方先后发现狗基因在狼牙洞内，特警队进入狼牙洞内，并利用各种方法阻击东山狼，东山狼最后降服住嗜血蝙蝠，越过火墙，进入狼牙洞中。

特警队在洞内从熟睡的霸王熊身边偷偷拿走了基因，逃脱火海的东山狼一行发现基因在千尘手中，于是他用计吵醒了霸王熊利用它对付特警队，从千尘手中抢得了狗基因，霸王熊把目标转移到了东山狼，东山狼用鸡基因打败了霸王熊。突然基因在身体里发生了排斥，赶紧逃离。

东山狼和特警队在洞内展开了追逐战，眼看就要被特警队生擒，东山狼决定和蛇冰冰做个交易：把控制蛇母的遥控器交给蛇冰冰，条件是帮助他逃脱。蛇冰冰为了自己的母亲答应了东山狼的要求，用植物芳香剂引来蜘蛛，救了东山狼。

卑鄙的东山狼利用蛇母威胁蛇冰冰，得知需要找到最后一块猪基因，才能抑制身体的排斥并得到能量，于是和哈巴熊开始寻找猪基因，地图显示猪基因藏在煤山，特警队通过笛卡放置在东山狼身上的追踪器追寻过来，哈巴熊找到了基因并把它藏置于煤车，却不小心动了煤车的按钮，煤车开动了起来，还以为已经得到基因的东山狼，拿着炸弹向特警队扔去

特警队在炸弹中脱险，并和东山狼在藏有基因的火车上展开了追逐打斗的场面，笛卡和东山狼都被对方打伤，这时笛卡因为强行补充能量身体出现了副作用，眼看基因就要被东山狼抢到，忽然东山狼身体里的后遗症发作，落荒而逃。最后，特警队得到了最后一个猪基因，并用他医好笛卡的副作用。

东山狼再次利用蛇母让蛇冰冰帮他去偷猪基因。看到蛇冰冰归来，特警队很开心。以为他从东山狼那里逃离出来。蛇冰冰利用大家的信任偷走基因交给东山狼，东山狼言而无信并把蛇冰冰关起来。吸收十二基因的东山狼想要消灭特警队并统治世界。整个城市蔓延着红色警报。

得知东山狼的弱点在背部，特警队各用其招攻其弱点，结果对于东山狼来说如同摆设，此时百晓想出了两个计划B和C计划对付东山狼，结果B计划被识破，特警队转为C计划，一连串的炸弹把东山狼掩埋在了一片废墟中，特警队以为消灭了东山狼，很开心，可是…

一片荒芜的废墟中，东山狼和哈巴熊又复活了，复活后的东山狼进化成了完美狼。以为一切都已经结束的特警队都很在放松警惕，忽然东山狼出现，特警队竭尽全力与其抗衡都无计于是，蛇母也因此牺牲了。为了消灭东山狼，特警队决定按动总部的自毁装置。爆炸后东山狼并没有死，由于猪基因吞噬了炸弹的能量变得更强大了。

爆炸过后东山狼并没有死，由于猪基因吞噬了炸弹的能量变得更强大了。为了彻底消灭东山狼，银萱独自一人赶到世界屋脊寻找千年闪电石，东山狼前来阻挠，笛卡跟随其后，双方又展开了激烈的战斗，最后银萱用计转移了东山狼的目标，得到了闪点石。发现自己上当的东山狼气愤不已，目标转移到银萱身上，想要抢到闪点石。笛卡不顾自己的伤和千尘驾着飞行器追赶东山狼。

银萱把闪点石交到了蛇冰冰的手中，研制对抗东山狼的基因炸弹，实验室遭到东山狼的轰炸，银萱和蛇冰冰带着闪点石转移，笛卡以为银萱和蛇冰冰出事了，要和东山狼决议死战，然而不是东山狼的对手，笛卡被抓，受尽了折磨。终于蛇冰冰研究出来了炸弹，可是却出现了意外，最后时刻，蛇冰冰用自己的身体带着炸弹向东山狼发射出去…