主任通知Meredith说她即刻被医院解雇。Meredith把事情告诉了众人，Cristina十分气愤，对Alex大打出手，Bailey上前拉开Cristina。主任希望Bailey为Meredith的新工作写推荐信，但Bailey表示Meredith应该留在医院。一对夫妇掉入街道塌陷的坑中，妻子的腿被汽车压住，丈夫需要亲自为妻子截肢。

Cristina在手术中勿将肾上腺素注射到Alex手上，导致Alex晕倒心脏骤停。Meredith将Zola从日托中心偷出，并带她做术后检查逃过追责，将Zola留在身边，Derek见状也帮Meredith解围。Derek事后告诉Cristina，主任打算帮她担下试验问题的责任。Cristina决定堕胎，并在Owen的陪同下完成手术。社工最终从Cristina身边带走了Zola。

Webber主任在会议中宣布，Owen将接替自己成为新的主任，这让在场人非常意外，特别是Bailey。Cristina向Owen表示祝贺，但是场面非常拘谨和尴尬。Meredith问Derek，如果Zola回不来，他们二人要怎么办。Derek告诉Meredith，专心于现在的手术才是当务之急。

漫展发生踩踏事故，一群穿着角色扮演服装被送来的伤员，搞得医生们很是头痛。Derek邀请公务繁忙的Owen一起去建乡间木屋。Owen告诉Derek，当他得知Derek辞掉主任职务时，他以为Derek疯了。Owen说作为主任上任的几周，他的精神非常紧张，以前他是用工作来放松，但现在完全不同了。

Jackson的母亲本集登场，她在演讲中展示的移植病例令众人目瞪口呆。Meredith和Jackson通过测试，最终获得进入移植手术室的资格。同时因养女Zola病重，Meredith和Derek原本紧张的夫妻关系得以缓和。

Mark同Arizona的亲密关系使Callie觉得自己仿佛成了多余的人，心生不满，她一气之下倒掉饭菜，并赶走了Mark。Cristina与Owen也和好如初，但二人每次亲热都不巧被Webber医生撞见，Webber也深感无奈。

为了强调团队协作的重要性，Owen决定行使他的「领导」权力，将这群医生们带进棒球场－－去参加一个医院与医院之间的棒球联赛。这也意味着他们必须面对最大的竞争对手，西雅图长老会医院。Lexie发现Mark和另一个女人在一起，心中醋意大发。尽管她一开始装作若无其事，但最终还是失去了理智。

Jackson知道Lexie心里依然放不下Mark，于是主动向Lexie提出分手，Lexie有些不知所措。Henry打算到医学院学习，希望也能取得医学学位成为一名医生，但遭到Teddy的极力反对。两人因为此问题而产生分歧。

Henry的病情加重咳血不止，Teddy十分担心。Cristina将主刀Henry的手术，但是她事先并不知道患者的姓名。手术最终以失败告终，当Cristina看到患者的脸时，瞬间崩溃。此刻Teddy正在进行另一场手术，她对这一切还一无所知。Meredith和Derek终于等来了Zola的消息。

一场严重的车祸导致一家人全都面临生命危险，这个家庭中的大女儿不得不做出这辈子最艰难的一个决定，与此同时，Teddy仍然不知道丈夫Henry的死讯，邀请Cristina到手术室里帮她的忙。Lexie很不情愿地与Mark的新女友Julia在一次眼部手术中合作。

一对连体双胞胎被送到医院进行手术。意识到手术的危险性，医生们决定分成两组，各负其责。Ben想把他和Bailey之间的关系提升到一个新的高度，惊慌失措的Bailey只好让Meredith充当他们之间的缓冲器。Richard让Alex在手术室中学到了重要的一课。与此同时，Teddy开始担心Henry的安危，便向Cristina询问Henry手术的结果。

Richard准备实施他职业生涯中第1万次手术，对象是一对永远在争吵的姐妹。吵归吵，但她们的感情还是不错的－否则其中一个也不会心甘情愿地将肝脏捐献给另一个。与此同时，Derek和Lexie接手一例曾被认为毫无治愈希望的神经母细胞瘤病例；Teddy和Cristina试图违背Owen的命令偷走属于Alex和McQueen医生的病人，Owen对她们逾越雷池的做法很是恼火。

在一个虚拟的世界里，西雅图恩典医院的面貌和我们过去七年熟悉的一切完全不同了：Meredith成了一个快乐幸福的人，和Alex订了婚；Meredith从未遇到过Derek，而Derek也从未与Addison分手；Callie在遇到Arizona之前和Owen成了一对情侣，最后嫁给了他；Bailey仍然保留了她当实习医生时的温顺性格。

情人节来临，Lexie答应照看Zola，让Meredith和Derek有机会出去约会，重拾浪漫的感觉。Callie将保姆的责任扔给Mark，自己一心一意为Arizona准备情人节的惊喜。Ben发誓要向Bailey证明他比她想象中更了解她、更懂她的心。与此同时，急诊室里也充满了浪漫的味道—一个10岁的女孩因为误食情人节巧克力而产生过敏反应；一个男人在追赶伤心女友的时候被一辆车撞倒。

本周的《实习医生格蕾》和《私人诊所》为交叉集。为了拯救Erica的生命，Amelia决定孤注一掷，到西雅图恩典医院寻求帮助。或许Derek有办法治疗这种奇特的神经胶质肉瘤症？Cristina和Owen在接受婚姻咨询服务时再次大吵一架；Alex意识到自己必须提高人事关系处理技巧才能成为一个好医生；一个手被卡在绞肉机里的患者被送到急救室，Meredith终于有机会展现自己的能力。

Adele的病情持续恶化，Richard考虑彻底改变他们现在的生活状况；当地一家咖啡店发生爆炸，导致急诊室的医生们疲于应付不断被送到医院的伤者；Callie决定帮助Meredith准备即将到来的「大考」；Lexie来到儿科，与Arizona、Alex继续治疗实习医生Morgan的早产儿并共同商量下一步方案；Jackson对一个病人不满，Mark建议他想办法缓解压力。

Derek鼓励Meredith和他在神经病学上再次合作，但Meredith有些犹豫；Jackson的母亲Catherine Avery带着一个泌尿学专家回到西雅图慈恩医院，并对Richard Webber医生表示出耐人寻味的「兴趣」；Cristina对Owen的疑心越来越重；Morgan可能爱上了Alex，但Alex竭力否认这个事实。

一头狮子逃脱牢笼跑到西雅图的大街上，严重威胁到一对情侣的生命；Lexie偶然听到Mark在谈论与Julia同居的问题；Teddy开始接受Henry已死的现实；Callie拷问Arizona过去究竟有几个情人；Alex主动要求离开Morgan的早产病例，因为她对他越来越依赖。与此同时，Cristina与Owen的紧张关系已经到了「沸点」，Meredith决定全力支持Cristina。

Cristina强迫Owen交代他与别的女人发生私情的「详情」；Mark成为当值主任，他很慎重地对待自己的新职权，甚至与Richard就一名患者的肝脏移植问题争吵起来；Callie相信Meredith已做好接受医学委员会考验的准备，但其他住院医师仍然对这场大考感到紧张。与此同时，Callie、Arizona和Bailey为Teddy准备了一个特别的「女士之夜」，希望她能尽快摆脱丧夫之痛。

举国震惊的Holly Weeler失踪案受害人逃离了绑架她的人，但12年来监禁和强奸的遭遇令其失去了对外界的感知力，心理和生理上都受到严重伤害。初为人母的Meredith成了她12年来见到的第一个女性。与此同时，这起案件引发了媒体的关注，Owen不得不向Richard寻求处理媒体危机的方法。住院医师们开始为实习期满后的去向而四处奔走，接受不同医院的面试。Cristina成了所有人当中最抢手的一个。

主人公们的「大考」即将来临。当了八年的住院医师之后，他们能否在旧金山顺利通过面试拿到主任医师的执照？一切都是未知之数。Catherine和Richard在酒店偶遇之后，立刻擦出激情的火花。Owen和Teddy为一个遭遇车祸的年轻病人吵得不可开交，Bailey不得不在事态升级前出面干预。Mark邀请Lexie帮助他解决一个病例。与此同时，Alex对离开医院产生负罪感，Tommy的健康状况开始恶化。

刚刚经历的面试让这群住院医师倍感煎熬，他们情不自禁地回想起自己在面试过程中所做的每一个回答。Arizona最亲密的童年玩伴来到西雅图恩典医院寻求医疗救助。一名病人失去了颅骨的三分之一，这种特殊状况令大家感到棘手。Julia提出和Mark组建一个家庭。与此同时，Catherine告诉Richard，他手下的一名住院医师没有通过面试。

住院医师们纷纷开始考虑自己的未来，他们必须尽快做出决定；Mark向Derek承认，他不知道该选择Lexie还是Julia－－他爱Lexie，但Julia能满足他所有的梦想；Ben为Bailey策划了一些十分特别的东西，但Bailey把所有的精力都放在工作上，根本无暇分心；Arizona鼓励自己的童年好友Nick勇敢地接受手术。

在季终集里，主人公们面临生死攸关的威胁，他们必须为生存而奋斗－－为他们自己，也为彼此。与此同时，Bailey和Ben对他们的关系做出一个决定；Teddy收到一个诱人的邀请；Richard为所有住院医师准备一个特别晚餐。