1939年底，长沙会战后，全国抗日军民群情振奋。另一方面，汪精卫在上海加紧了伪民国政府的成立步伐，这使得军统在上海的锄奸行动更加频繁地展开。军统行动组长冯如泰布置方滔带队刺杀了汉奸卢光洁，但队员曾奎受伤。方将他送到共产党地下组织领导江虹潜伏的诊所医治，很快，伤重的卢光洁也被送来，向非艳扮成护士要继续追杀卢光洁，但是她发现这个卢光洁是假的。

从苏北新四军调来的“白刃战专家”耿玉忠来诊所向江虹报到。冯如泰、向非艳来接曾奎，听说曾奎已死，他怀疑地对江虹举起了枪。此时，小泉来到诊所拜访，冯如泰等人只好藏了起来。小泉试探江虹，江虹机智应答，化险为夷。方滔到慕容闻家，此时，小泉和卢光洁也来到幕府，要求码头安全由日本人负责，以确保秦文廉安全。方滔经慕容闻盘问，滴水不漏，慕容闻感到方滔不一般，要吴一帆进一步查证方滔背景。

方滔向江虹汇报，从吃水线看，确定船上装的是日本人军用物资，可能是军火，江虹要无瑕尽快安排方滔到码头工作，以便监视敌人。租界总探长祝炳卿拒绝了日本人要求保护秦文廉，石井要干掉他。一天，方滔和慕容无瑕像情侣一样去露天咖啡馆接头，两个穿风衣的人行为异常，慕容无瑕正欲摸枪，被方滔一把按住，随即两个穿风衣的人向坐在一旁的祝炳卿开枪，这次刺杀看上去是象征性的警告。

冯如泰已经猜到是共产党暗中破坏他的行动。慕容闻要方滔入帮，方滔推说在比利时领事馆工作不能有帮会身份。祝炳卿为冯如泰送的一副门神登门致谢，并嘱咐他井盖下放炸弹和路上放枪的不都是你的人，人走江湖，行事要小心。慕容闻听说秦文廉在路上遭到暗杀，为了报答当初秦文廉放他一马，不顾背上“汉奸”的罪名，让吴一帆送礼压惊，被秦文廉婉拒。

方滔陪慕容无瑕去舞厅应酬时，一个外国女人突然上来对方滔说德语，方滔警惕地装作听不懂，然后巧妙地跟踪那个女人，发现那个外国女人向日本特务石井汇报什么。原来这是日本专门为试探方滔雇来的德国人，因为在小泉的资料里，刘敬南会说一口流利的德语和法语。秦文廉去看望他在日本留学的同学郁国华，此时是公共租界特区法院的法官，遭郁国华冷言嘲讽。

秦文廉在演讲中大谈如何利用日本先进社会制度促进中国发展的理论，不料遭到学生们的抵制和校长尹湛恩驳斥了汪精卫投降卖国的谬论，赢得学生们雷鸣般掌声，秦文廉十分失落，躲进了洗手间，小韦入内将其击晕，准备运出窗外，负责保护秦文廉的石井进来与小韦打斗起来，秦文廉乘机逃脱，躲进一排椅子下，被向非艳拉着走出礼堂。祝炳卿及时赶来，见石井手里拿着刀，命令手下巡捕将他拿下，小韦则卸下伪装。

小泉要方滔去杀尹湛恩为的是进一步试探，同时，以便将慕容闻紧紧地控制在手里。慕容闻与吴一帆商量，杀尹湛恩的事一定要办得秘密，借此拉方滔下水，为确保万无一失，派杀手小刚跟随方滔。不知情的方滔见了小刚后才知去杀尹湛恩，中途下车将情况告诉慕容无瑕，让她转告江虹，慕容无瑕未找到江虹，只得报警。方滔被逼对着尹湛恩的办公桌连开八枪，杀手小刚赶到飞起斧头将尹湛恩砍杀。

冯如泰为了辨别方滔的话是否真实，也为了能有效控制慕容闻，特上门拜访，并亮明军统身份，慕容闻承认方滔是在不知情的情况下被带到杀人现场，为的是历练方滔。比利时投降后，比利时领事馆减雇所有华人雇员，方滔失业。根据党组织指示，他被安排到慕容闻码头工作。汪伪政府成立，秦文廉只当了个法务部次长，郁郁不乐，冯如泰指示向非艳抓住时机，加紧接触。

方滔在码头看见秦岚，发现她竟是化名为李洁在军统培训班的同学，江虹要方滔将情况告诉冯如泰，让军统方面了解秦岚的底细。重庆发来电报，秦岚所在的香港行动组在暗杀汪精卫失败后，全部遇难，只有秦岚下落不明，重庆要求冯如泰小组甄别秦岚，方滔主动要求接近秦岚，相约秦岚在咖啡馆见面，并绑架了她，交由冯如泰审问，秦岚声称没有背叛组织，来上海只是劝秦文廉不要和日本人、汪精卫合作下去。

方滔将取出的法币带给冯如泰鉴定真伪。由于方滔帮会特殊身份，帮助石井顺利见到舒凤，石井十分感谢方滔。日本人将大量法币转移。经鉴定证实，这批法币是伪钞，重庆命令军统烧毁它。方滔教秦岚拍照，频繁进出秦文廉家，引起石井注意。军统策划烧伪钞时，在法租界同时放十场大火，让消防局没有办法到码头救火，江虹则计划在码头起火的第二天，向各家报社寄出文章，拆穿日本人制造假币的阴谋。

外出游玩的慕容无瑕发现秦岚比她更了解方滔的饮食习惯，引起她的不安。当晚慕容闻的仓库被烧，租界各处燃起大火，消防车顾此失彼，石井等人眼睁睁看着假币被烧毁。秦岚找方滔谈话后，发现慕容无瑕一直没睡，就告诉她喜欢方滔就应该全心全意地感受他，第二天一早秦岚不见了。小泉认为这场火是码头内部人干的，祝炳卿却说放火的人是从后门进入，并问小泉你们日本人在仓库囤放大量的伪钞干什么。

秦文廉正在给日汪密约拍照，小泉突然造访，查问秦文廉为何要借阅日汪密约，秦文廉解释在研究协议的法理解释，为新政府修宪做理论上准备。方滔见秦岚和石井在一起，追问下，秦岚说出原委，方滔相信她说的是真话，江虹要方滔与秦岚接触格外谨慎。小泉排查了近一个月黑市上煤油买卖，发现了冯如泰的古玩店。冯如泰在回古玩店途中遭到石井伏击，小泉连夜突审，用尽各种刑具，冯如泰一直挺过来了。

慕容闻怕方滔招供，连累自己，十分紧张，日本人把方滔折腾得浑身是血，连杀过不少人的老江湖慕容闻都不忍心看。最后时刻，石井用枪顶着方滔的头，让他留遗言。因为慕容闻在，方滔就说对不起自己的未婚妻——无暇，要来生再娶她。石井开枪，方滔做好了准备，慕容闻也提心吊胆。没想到枪里没有子弹，小泉并没有想杀方滔。

冯如泰以组长身份命令方滔明日去国泰电影院门口取胶卷，为确保安全，冯如泰派向非艳盯着方滔。第二天，秦文廉将胶卷交给方滔，要求立即放了秦岚。秦文廉走后，守候在一旁的石井等人立即追赶方滔。方滔发现古玩店门口有日本人，不顾向非艳停车的要求继续向前开，中途跳车离去。方滔被日本特务跟踪，无法将胶卷交给慕容无瑕，只得躲进慕容府。

秦夫人怪秦文廉太狠心，秦文廉说只要胶卷在手，岚儿生还可能性更大，如果交出胶卷，全家都得死。军统无法救方滔，只得寄希望他成功逃脱。方滔发现胶卷内容是假的，让慕容无瑕出门找江虹带回微型相机和胶卷，翻拍了申报。冯如泰电话打到慕容府，让慕容闻转告方滔将胶卷送出，吴一帆设计将胶卷藏在竹篮里，瞒过了日本特务，交给了前来打牌的向非艳。

秦岚神智恍惚日加严重，秦家请来法国医生，小泉竭力推荐日本最著名的心理专家来给秦岚诊断。秦夫人认为多看一个医生多一份希望，接受了小泉的建议。方滔长期住在慕容府令慕容闻不安，让吴一帆捎话给方滔，让他早点消失或和慕容无瑕一起去美国，再也不参与日本人和重庆方面的事，要尽快作出决定。为了确保安全，秦文廉决定让夫人将胶卷放在租界里一家银行保险箱子里，秦夫人将钥匙托给郁国华。

无瑕从姨妈家回来见方滔不在，不顾一切地要出去找方滔，慕容闻急忙派人跟着。刺杀行动安排在一家会所门口。冯如泰给方滔找好了狙击点，并在狙击位置附近安排了一个组的日本特务，准备在枪战开始时抓住方滔。方滔做好作战准备后，隔墙听到日本特务聊天的声音。他马上把炸弹放在门口，跳到另一个房间的窗台上。方滔在瞄准镜中发现埋伏的军统特工尽数牺牲，小韦倒在车中，冯如泰从会所里冲了出来，身中几枪被当街击倒。

舒凤舞剑直刺小泉，反被石井刺杀。慕容闻追问无瑕为什么开枪打方滔，无瑕说是一场误会。慕容闻劝无瑕把方滔交给日本人，无瑕骂慕容闻是汉奸，慕容闻气急甚至想一不做二不休，杀了方滔了事，无瑕以死威胁。无瑕守侯在方滔的病床前，寸步不离。慕容闻不敢得罪日本人，又不能不顾女儿的幸福，只能央求小泉放方滔和无瑕一起去美国，远离这个是非之地，被小泉拒绝。

小泉要求冯如泰继续加紧对秦文廉的工作，冯如泰不惜找人伪造蒋委员长手谕，打算用假手谕换取《日汪密谈》的备份胶卷。冯如泰安排唐冠樵以军统的身份继续与秦文廉接触，告诉他手谕已经在路上，秦文廉表示看见了手谕再从长计议。小泉要求祝炳卿出面引渡江虹，祝炳卿不受威胁，表示这个案子已经移交给租界法院郁国华的手里。

无瑕和耿玉忠前往医院营救江虹，但是打草惊蛇，被巡捕团团围住。耿玉忠扣留了一班人质，逼迫巡捕房让路。江虹眼见形势严峻，这样拖下去，三个人都脱不了身，她表示在巡捕手里是安全的，祝炳卿会帮助她。无瑕和耿玉忠混在人质中跑了出去，小泉早在医院门口设置了狙击点。当他的枪口对准无瑕等人时，方滔拿着狙击枪出现在他的瞄准镜内，小泉吓得一身冷汗。方滔重新出现在无瑕面前，无瑕觉得恍如隔世，与他紧紧相拥。

无瑕将郁国华被恐吓的消息告诉方滔，并坦言她心里最重要的就是他。秦文廉因为江虹的事情来提醒郁国华要小心提防日本人，并且提醒他好好保管那把钥匙。记者对法务人员受到威胁的事对郁国华进行采访。郁国华公开表示没有证据证明江虹是共产党的反日人士，她很有可能被当庭释放。郁国华提醒祝炳卿保护好她的安全，因为日本人很有可能在她出庭那一刻有所行动。

连续发生的枪杀事情，令祝炳卿对小泉严加监控。小泉去德华银行声称自己捡到了一把钥匙，想要探询失主的身份，银行要为失主保密，不予告之。秦文廉担心小泉会去银行打开保险箱，打电话去银行询问，银行回答光有钥匙没有用，一定要本人才能打开保险箱。秦文廉去探望郁国华夫人，得知钥匙已经落在小泉手中，吓得魂飞魄散。

慕容无瑕发现了方滔抽屉里的照片，无瑕对耿玉忠说出了对方滔和向非艳去踩点的事情感到可疑，他们商量决定，从向非艳入手，查清方滔的底细。耿玉忠跟踪向非艳，制服了她，就在非艳准备咬破氰化钾袋自杀时，冯如泰“死后复生”，救走了向非艳，并谎称军统内部的叛徒就是方滔，要顺藤摸瓜，将共产党奸细一举铲除，要非艳向他时刻汇报方滔的行动。

日本人对秦岚全身搜身，令秦文廉受到莫大的侮辱，秦太太向汪夫人告状，汪夫人同意向日本军部反映。小泉被警告，决定向秦文廉实施报复。一帆将慕容闻收秦文廉的金条又送了回来，因这次的出逃失败了特意来退回酬金。秦文廉求慕容闻帮忙再安排一次潜逃。但吴一帆说今天死的兄弟尸骨未寒，况且日本人也限制了他在内河的所有船只，实在是无能为力，秦文廉陷入绝望中。

冯如泰打算收买梅甫平的厨师朱中南，让朱中南在梅甫平熟睡时下手。向非艳计划色诱朱中南，然后由冯如泰闯进来将其拿下，逼其就范。朱中南果然中计，前去行刺梅甫平，却被人逮个正着，显然对方早有防备。向非艳怀疑是冯如泰走漏了风声，但巧言善变的他再次骗取了向非艳对他的信任。小泉为上次扣留保险箱钥匙和粗鲁搜身秦岚的事情假惺惺地向秦文廉道歉，实则是想在秦文廉身边安插一个厨子，好控制秦文廉，秦文廉当然不从。

耿玉忠见方滔不愿合作，打晕了他。耿玉忠和无瑕前往仓库拯救江虹。冯如泰早就设下了埋伏，等耿玉忠往圈套里钻。正当冯如泰举起了枪瞄准耿玉忠时，祝炳卿及时赶到。耿玉忠抓住机会杀出了重围，冯如泰立即带着江虹从事先准备好的后路转移，却在门口遭到了方滔狙击埋伏，身边的一个个特务都被方滔击毙，在祝炳卿的协助下，方滔成功营救了江虹，冯如泰只好惶恐而逃。

松冈浴池炸弹炸响，大量日本人被送往医院救治，他们乔装成日本医生，趁乱混进了医院，江虹为秦文廉打了一针，秦文廉终于苏醒了过来。方滔提醒秦岚，不要再让日本人对秦文廉用药，秦岚感激万分。第二天清晨，秦夫人应约前往银行，正当小泉得意地为她开门，秦文廉出现在他的面前，小泉的阴谋完全瓦解。英国政府与日本签约，封锁滇缅公路。至此，日军完成了对中国的海陆封锁。抗战进入了最艰难的阶段。

小泉发现了准备接应秦文廉的可疑轿车，派手下人去搜查并控制江虹安排的司机。方滔听到爆炸声准时响起，举枪瞄准了后门，准备接应秦文廉。特务命令司机按原计划开车到门口接应，这样引诱方滔开枪来暴露他的位置。司机为了掩护方滔而壮烈牺牲。小泉现场搜查了秦文廉一家，却没有找到《日汪协议》的备份胶卷，营救秦文廉的行动宣告失败。

小泉责令慕容闻交代酒会上炸弹的事，矛头直逼无瑕。小泉向工部局申请了逮捕令，上门抓拿无瑕。慕容闻为救女儿，准备全家逃离上海，哪怕和日本人血战一场也再所不辞，一帆劝慕容闻将无瑕交给共产党。慕容闻决定不再阻拦无瑕，请求祝炳卿协助他送无瑕去投奔共产党，父女俩泪别，慕容闻将无瑕从小到大的照片送给她，无瑕感动不已。

树林里早就埋伏了日本特务，耿玉忠为掩护无瑕和一帆逃离，自己留下来吸引火力，却始终寡不敌众，壮烈牺牲。一帆也为了保护无瑕，被日本人残忍地杀害。方滔乔装成巡捕被祝炳卿带进秦文廉家里，岂料秦文廉因酒会行动的失败，不打算和方滔继续合作。小泉抓不到慕容无瑕，恼羞成怒，要抓慕容闻问罪，小泉将一帆的尸首丢在他面前，慕容闻眼见最亲的兄弟横尸当场，以为无暇也惨遭毒手，一把抓住小泉要和他拼命。

方滔引开汪伪特务，江虹前去和重庆特使接头。冯如泰发现方滔去的地方不对，被破译电文中安排的地址是蓝馨剧场，于是只身赶往剧场。江虹偷偷将特赦手谕藏了起来，冯如泰杀害了江虹，却没有搜出手谕，正抢夺江虹手里紧紧捏住的戏票时，方滔赶到，并向冯如泰射击。慌乱之中，冯如泰只夺下来半张戏票。小泉将整个戏院搜查了几遍，一无所获，只得将视线转向秦文廉，守株待兔。

冯如泰逼迫老田交出手谕，老田斥责冯如泰是叛徒，冯如泰没有否认。向非艳无法接受这个事实，对他开了枪。冯如泰的死，令小泉更加丧心病狂。方滔不得不加快挖掘地道的速度，以尽快能把秦文廉一家解救出去。但是秦文廉犹豫了，他既担心出逃的成功率，同时为逃亡去何处而忧愁。秦岚为了坚定父亲的决心，终于将自己是香港站的中尉特工的身份说了出来，并且坦陈了这么多年来被日本人迫害、被军统甄别的惨痛事实。