日月魔教纵横四海，势力日盛，欲一统江湖。五岳剑派组成正义联盟，与魔教抗衡。任我行闭关专注神功闭关修炼，东方不败为了日月神教教主之位谋划了这场让五岳剑派进攻日月神教，但是因为任我行闭关修炼，不想和五岳剑派正面交锋，东方不败不甘心，就准备利用任我行的妻子和女儿。当东方不败到任我行闭关的地方报告五岳剑派的情况,任我行决定不正面交锋，但是东方不败不甘心,就派人把任盈盈抓走。

东方不败抱着自己杀死的任夫人到任教主闭关的地方，任我行听到此消息非常的伤心，破门而出抱着的自己夫人，大吼。任我行在气愤的时候，亲自去找五岳剑派，任我行和几大门派都打起来了，任我行连伤几大门派的掌门，最后与左冷禅相斗，使用吸星大法准备吸取他的内力。

令狐冲和陆猴儿以及小师妹一起准备听从师傅的安排准备去采集物品，在陆猴儿的怂恿下，给令狐冲说准备去青楼看看别的女人，几人到了市集看着集市非常的热闹，大家都很欢喜，然后陆猴儿就说要去喝酒，然后二人准备闪人，然后就给找了借口与小师妹分开。

令狐冲坐在仙鹤上面听到了余沧海与徒弟们之间的谈话，就觉得他们连自己的武功都没有学好，还偷学研究别派的武功,就准备教训他们，然后就打落别院旁边的一个蜂窝，然后让他们被蜂窝蜇人，然后却被余沧海发现了，令狐冲就被仙鹤上打下来了然后余仁杰就说告诉余沧海这个就是令狐冲。

令狐冲在去衡阳的时候，看见了恒山派的小尼姑仪琳被田伯光抓走，准备去营救她，就大闹了田伯光的喜宴和他打斗起来，令狐冲因为武功不计但是硬啃着要和他打斗，最后田伯光实在没有办法，没有与他打斗了，在一旁观战的东方不败，当田伯光走后就上前问令狐冲，与他谈话间就知道他是一个非常不错的人。

林里兵刃相击，密如联珠，却是岳不群在逼问余沧海林震南夫妇的下落，待到令狐冲闻声赶来，二人形迹杳无。山神庙里，阴风凄惨，“塞北明驼”木高峰正在拷问林氏夫妇“辟邪剑谱”的下落，林震南宁死不开口，木高峰想下毒手，寻声而至的令狐冲巧施“空城计”吓跑木高峰。灯枯油尽的林震南让令狐冲传达遗言，要林平之到福州向阳巷老宅找祖传之物，随即气绝而亡，林夫人也触墙而死。

万花寨集市，恰逢“乞巧节”，岳灵珊，林平之及六师兄陆大有下船玩耍，被一伙人施“调虎离山”之计，林平之落单，差点又落虎口，有意无意间岳不群出现，让赶到的岳灵珊，陆大有送林平之上船，四个魔教装扮的人拦路打劫，被魔教薜堂主无意撞破阴谋，这一切岳不群在在瞧入眼里。嵩山派，青城派都前来抢林平之，令狐冲急中生智，让众人敲锣打鼓，在船上演出一场精彩的“空城计”。

左冷禅踌躇满志地看着弟子在封禅台下演练武技，不断地有弟子传来华山派众人的消息。此时秋日已到，令狐冲在思过崖面壁修行，岳灵珊的“玉女十九剑”已经略有成效，岳不群要林平之用家传辟邪剑法与岳灵珊拆招。宁中则以慈母之心，做了一件棉衣要岳灵珊送到思过崖，岳灵珊和令狐冲在篝火中度过美好的一夜。次日，林平之来了，二人双双下山，撒下一路欢声笑语，令狐冲若有所失。

华山派“剑宗”传人成不忧，封不平等人来到嵩山会见左冷禅，商议剪除岳不群，扶持“剑宗”重掌华山派以及五岳并派的事宜。令狐冲进入后洞，见石壁有许多奇怪的招式，仔细揣摩，如痴如醉。这时，岳不群，宁中则来考察令狐冲武功进展，传授“紫霞神功”。在与宁中则的对剑中，令狐冲无意使出壁上所绘招式，破解了“无双无对，宁氏一剑”，引起岳，宁二人的怀疑，以为他走上了“剑宗”之路，吓得令狐冲胆颤心惊。

华山正气堂中，岳不群、宁中则与前来寻仇的成不忧，封不平等人对峙而立，双方剑拔驽张，局势一触即发，令狐冲匆匆赶到，拔剑与封不平战成一团，最后使出“独孤九剑”，牛刀初试，封不平手忙脚乱，颜面丢尽，却突施暗算，使令狐冲身负重伤，跟随而来的“桃谷六仙”抓起封不平，从空中摔下，筋骨寸断，惨叫气绝，然后携起令狐冲，跑得无影无踪。

岳灵珊不顾父亲之令，偷取“紫霞神功”交给令狐冲，而令狐冲不肯违背门规，誓死也不学上面的功夫，陆大有故意读给他听，不得已，令狐冲出其不意制住陆大有穴位，留下“紫霞神功”，一个人跌跌撞撞下山。恰巧遇到前来相会的仪琳、不戒和尚、田伯光，不戒和尚也以内力替他疗伤，令狐冲体内又多了一道相互冲撞的真气。

不群虽是奋力抵挡，终是寡不敌众，让蒙面人逼得手忙脚乱、狼狈不堪，偏偏陆柏、成不忧等十几骑也急奔而至，形势对华山派非常不利。令狐冲凝神运功，恢复了些许功力，奋力击退了成不忧和蒙面客一干人，自己也力竭元失晕倒在地，无力再杀敌。令狐冲的武功和刚才的行为引起了岳不群强烈的不满，令狐冲也闭口不提思过崖上发生的事。

令狐冲眼看误会越积越深，也不想再去申辩，要把玉石宝剑还给宁中则，宁女侠苦口婆心，良言相劝，令狐冲不忍伤害师娘一片慈母之情。王家也十分怀疑令狐冲的行径，王伯奋，王伯强兄弟奉父亲王元霸之令暗中监视令狐冲，看到令狐冲捧起一本册子，仔细揣摩，沉醉其中，模样可疑。

令狐冲醒来，却发现躺在绿竹巷的竹楼里，却不知绿竹婆就是乔装打扮的任盈盈。任盈盈再弹“清心普善咒”，替他疗伤。王家大院，岳灵珊和林平之对剑比武，竹林唱和，感情弥笃。王元霸决定为岳灵珊生日大办酒宴，令狐冲听说了，便到绿竹婆那里学得琴曲，想作为礼物弹给岳灵珊，不料却弄巧成拙，大为扫兴，岳灵珊落泪而走。

令狐冲、林平之、岳灵珊三人的关系十分尴尬，心里都不是滋味。嵩山派的屡次攻击，而魔教也在捕捉机会待发，岳不群权衡再三，决定远离洛阳，前往福建武夷山，一切尽在不言之中。令狐冲前来向绿竹婆道别，无意中透露口音，令狐冲欲目睹绿竹婆的音容笑貌，被拒绝，任盈盈弹奏一曲相送，泪水禁不住地汨汨流下。

正当老头子刺向令狐冲的时候，祖千秋撞开门，扑了进来，告诉老头子这是令狐冲，结果两人都跪在地上，但怎么也不肯说这是怎么回事。令狐冲把两人绑在椅子上，二人闭目等死，令狐冲却手持刀子，刺向自己的手腕，把血给老头子的女儿喝了，等两人挣开绳索，令狐冲失血过多，晕到在地。岳灵珊和林平之不知被谁掠去了，留下一张字条要岳不群到五霸冈去要人。

平一指苦于不能疗治令狐冲的伤，竟然拔剑自杀，令狐冲好不伤感。忽然，五霸冈一片混乱，华山派趁乱悄悄地走了，待令狐冲回来，五霸冈一片狼藉，心中一片凄凉，以酒浇愁，体力不支，竟晕过去。待到醒来，听见有人在演奏“清心普善曲”，令狐冲呆呆地坐在凉棚前凝神静听。追杀任盈盈的三人仗剑而来，令狐冲强打精神，凭借“独孤九剑”赶跑了杀手。

令狐冲认出那人是任盈盈，却听到任盈盈传话给祖千秋，老头子二人，要他们通知江湖各路英雄，追杀令狐冲，二人一头雾水，狼狈而走。令狐冲再也忍不住了，现身想见，二人冷言相对，相持伫立。任盈盈十分气愤，令狐冲转身而走，任盈盈追上去，令狐冲闭目等死，任盈盈却投入到令狐冲怀抱，透出心中苦衷，原来她是想把令狐冲留在自己身边，二人紧紧地拥抱在一起。

平一指到客栈找到令狐冲，并为他诊脉。平一指对令狐冲的脉象感到大惊，并推断出之前令狐冲受了许多伤，还被注入许多内力，分析六道异种真气。岳不群疑心平一指，开始揣测请平一指的人与令狐冲是何关系。

司马大迎接令狐冲上五霸岗，岳掌门不悦，宁中则劝阻，令狐冲则希望得到真相。令狐冲走后，宁中则建议为保华山太平，随令狐冲一同前去。五霸岗中，令狐冲与五霸岗的兄弟相见。双方十分客气，岳掌门则担心令狐冲被引入旁门左道。

岳灵珊在外面听着父母说话，岳不群说这次不能带令狐冲去嵩山，怕他长途跋涉身体受不了。还说要不是当日在思过崖如果令狐冲不是落入剑宗魔道，早已将紫霞神功传授于他，令狐冲就可以自行疗伤。宁中则想让岳不群把紫霞秘笈留给令狐冲自行练习，岳不群没有同意。

岳灵珊深深自责如果不是她陆猴儿便不会，如果不她紫霞秘笈也不会丢。林平之安慰着岳灵珊。令狐冲听着岳灵珊对林平之的哭诉心中也不好受便起身走到师傅师娘处，听到岳不群仍然怀疑紫霞秘笈是自己所拿。

华山派大弟子令狐冲生性豁达不羁，初入华山武功平凡，后遇高人授以“独孤九剑”，更意外取得五岳各派剑法精髓，因而引致师父岳不群的猜疑，借口逐出师门。其实岳不群表面正直，内里奸诈，为独得旷世秘笈“葵花宝典”，竟设计谋令武林各派相互暗算

一想到为师弟报仇令狐冲一激动内伤发作，绿竹翁赶紧为其疗伤，婆婆也紧张不已，立刻为他弹琴平息令狐冲混乱的内力。回到王家后宁中则还在对岳不群发着脾气，责怪岳不群当时没有替令狐冲说话。

丑女人为了变美真的是不顾一切，平一指叫她喝了麻沸散便可以了，什么都不知道了，丑女人连犹豫都没有直接喝了，平一指的医术也是举世无双。平一指为丑女人做完手术直接用内力震醒丑女人。岳不群和宁中则找到这里刚一说话便被平一指发现。岳不群赶紧自我介绍。

德诺和令狐冲在客栈行走时，白天在酒楼的胖子一下打倒德诺抓走了令狐冲，岳不群和蓝凤凰紧追而来。岳不群先来一步等蓝凤凰来时见岳不群没进去救令狐冲数落两句岳不群就要进去救人，刚走几步便机关吊了起来。

尽管宁中则不想令狐冲去，但令狐冲很想知道到底是谁指使的这些人。宁中则见令狐冲非要去又担心他的安全，全和岳不群说怕这些人对华山不利要岳不群也一同去看看。岳不群便叫德诺，岳灵珊和林平之先行赶往福州，自己和宁中则也去了五霸岗。

任盈盈扮作风尘女子，千里赶来寻找军官打扮的令狐冲，“冀北三雄”不明令狐冲来历，不敢动手，动身前往廿八铺等候恒山派。任、令二人都是满怀心事，忧心忡忡。向问天突然来访，逼迫令狐冲帮助任我行除掉东方不败，任盈盈害怕二人冲突，拔剑直逼向问天，令狐冲跳下窗户，拍马直奔廿八铺。

东方不败为了救令狐冲，甘愿被困灵鹫寺，刚刚获得自由一下山就到处找令狐冲，却被岳不群告知令狐冲已经死了的消息，一瞬间控制不住情绪撕心裂肺地吼了一声，再次陷入疯狂，甚至丧失理智大开杀戒，于是小人得逞，东方教主右肩先中了余沧海一剑，接着左肩又中了令狐冲一剑。

林平之向师娘提亲，师娘答应了，但还是需要岳不群出关才行。岳不群出关后，师娘发觉了岳不群的一些变化，声音，行为举止都很娘。岳不群解释说你是太久没见我了。师娘叫林平之亲自跟岳不群提亲，岳不群表示同意。当晚师娘要求和岳不群同房，岳不群推脱说与左冷禅比武要紧，要深夜练功，让师娘先睡，自己逃出卧房。

令狐冲向前辈讲述了自己所知道的有关林平之与辟邪剑谱的事情。而后从两位大师口中得知了葵花宝典的故事，竟与华山门派纷争有关。经过大师提点，令狐冲决定八月中秋，前去与左冷禅一决高下。令狐冲遭魔教暗算，幸好任盈盈及时出手相助，化解了危机。令狐冲与任盈盈等人重回黑木崖，想找东方不败一决高下，不曾想却遭暗算，被困黑木崖。

为保众人性命，令狐冲与任盈盈跳入水中，没想到却意外到了一山洞中获救。杨莲亭挑拨东方不败与令狐冲的关系，最终遭惨死，东方不败误认为是令狐冲所为。东方不败找令狐冲理论，两人激烈决斗，最终令狐冲落败，此时任我行出现，一掌将东方不败打落悬崖，令狐冲跳崖解救，东方不败听到令狐冲亲口说出曾经爱过自己的时候，心无遗憾，含泪坠崖。

岳不群偷练辟邪剑法的事被夫人发现，在夫人的一再劝说下，岳不群放弃联系，并将写满辟邪剑谱的袈裟扔到窗外，不曾想到被偷听的林平之得到。虽然林平之对修炼辟邪剑法心存疑虑，但最终还是决定练成剑法，替父母报仇，最终林平之独自在山洞中修炼，练成辟邪剑法。任我行请来平一指，希望他能研制出三尸脑神丹的解药，来解救女儿与教众的性命。不知情的灵珊与林平之成亲后，发现林平之判若两人，开始想念令狐冲。

灵珊在思过崖发现了华山的秘密，叫来爹娘查看，众人发现洞中石壁上各个门派的绝密剑法，非常吃惊。令狐冲带领恒山弟子来到嵩山，遇到岳不群，曾经的师徒二人畅谈叙旧，令狐冲表达了重返华山的意愿。在五岳剑派的集会上，泰山派起了内讧，众派极力反对五岳合一，左冷禅更是遭到蓝凤凰的不断嘲讽。让令狐冲没想到的是，岳不群应允自己回归华山派，是为了让华山与恒山两派在五岳合并之后，同为一派。

五岳剑派齐聚嵩山，争夺新五岳剑派掌门之位。众位掌门约定比剑定掌门，岳灵珊分别战胜了泰山、衡山、恒山派，却不敌嵩山掌门左冷禅。在众人的劝说下，岳不群与左冷禅对决比剑，就在两人不分高下的时候，岳不群使出暗器，重伤左冷禅，从而成为了新五岳派掌门人。

岳不群夺得五岳剑派盟主之后，林平之开始了自己的复仇计划，他相继杀了余沧海的徒弟，最后杀了余沧海，为自己的父母报仇。但没有料到的是，林平之的眼睛中了木高峰的毒，令狐冲与任盈盈决定暗中保护林平之夫妇。岳灵珊从林平之口中得知，练习辟邪剑法要自宫的事情，才知道林平之与父亲都已自宫，练成辟邪剑法，非常伤心。正在此时，劳德诺出现，说出了岳不群众多不可告人的秘密。

岳灵珊被林平之刺伤，令狐冲与任盈盈想尽一切办法施救，最终让灵珊脱离危险。令狐冲对灵珊的关心，让任盈盈感到很不舒服，心生误会，留下一封书信后离开，重回黑木崖。令狐冲带着灵珊来到黑木崖，求见盈盈与任教主。但盈盈扮成教众的模样，令狐冲并未见到盈盈本人。盈盈得知自己吃过三尸脑神丹，决定在临死前，再与令狐冲见上一面，便独自一人离开黑木崖，寻找令狐冲。

灵珊与令狐冲回到嵩山，约见林平之，希望用真情打动他。不料失明的林平之察觉到令狐冲的存在，大开杀戒，他一掌打死了灵珊。岳不群来找令狐冲，满口胡言，称令狐冲杀了灵珊。令狐冲的师娘听到女儿已被林平之所杀，悲痛自尽。盈盈给岳不群吃了三尸脑神丹，岳不群离开时无意中得到了日月神教的令牌。令狐冲决定再上恒山，将掌门之位移交给仪玉，而后与盈盈远走高飞。

田伯光本想通过自己的努力，让仪琳能天天开心，却不想把事情搞砸，两人都很伤心。令狐冲扮成哑婆婆来到恒山，听了仪琳的一番心里话，感到仪琳对自己的那份真感情。令狐冲与盈盈相继遇到东方不败假扮的“哑婆婆”，逼迫令狐冲离开任盈盈。岳不群用令牌收买人心，在恒山下毒，导致众人遭毒害。令狐冲得知此事，决定前往华山救人。来到华山，令狐冲发现林平之与左冷禅将众门派全部杀害，便出手杀了左冷禅，废了林平之的武功。

令狐冲与任盈盈被任我行困在华山，任我行企图杀死二人，却不料令狐冲用内容冲开穴道，而后与岳不群师徒反目为敌，展开决斗，最终岳不群被仪琳一剑刺死。任我行封自己为圣教主，并答应将盈盈许配给令狐冲。任我行身体欠佳，难以坚持处理繁重的教务。任我行打算攻陷灵鹫寺，目的就是彻底铲除其他门派，让日月神教一统江湖。三尸脑神丹的解药一时间未能炼出，三尸脑神丹毒性发作，盈盈的状况十分不稳定。

东方不败来到思过崖，找到风清扬老前辈，得到了风老前辈的指点，风清扬用自己深厚的功力为东方不败疗伤。灵鹫寺方证大师来到恒山，支援恒山派抗击魔教，令狐冲得知是风老前辈给灵鹫寺送信。盈盈体内的尸毒越来越重，任我行决定向恒山下战书。盈盈让向左使到恒山给令狐冲报信，希望他到黑木崖见上一面。令狐冲赶到黑木崖，要强行带走盈盈，遭到任我行阻挠，两人大打出手，最终坠落黑木崖。

东方不败一掌打死任我行，这让任盈盈悲痛欲绝。令狐冲与盈盈回到恒山，将任我行的死讯告知众人，并让出了恒山派掌门之位，与盈盈同回黑木崖。东方不败黑木崖再会令狐冲，两人深情吻别。令狐冲与盈盈拜堂成亲，就在大婚当晚，盈盈体内尸毒再次发作。东方不败委托平一指，将自己的心脏换给盈盈，并将自己葬在冰湖里，盈盈因此获救。就当盈盈与令狐冲在冰湖畔合奏《笑傲江湖》时，脑海中却闪现出东方不败与令狐冲告别时的情景。