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面对新的局势，蒋介石颁布了戡乱总动员令，他被派往万川县任保安团团长。大川阻止了在街上闹事的国军，官兵拿出了枪对准了大川，刘先生出面做出了判定，小薇出面后官军才离开。大川听她说全术要回来了，他要结婚了。王全术刚一上岸就听保安团副官刘木桥说了重庆阅江茶楼有共产党人员接头，他直接去了茶楼。 万川县的宋团长已来到阅江茶楼，王全术到茶楼后见到了他舅舅和刘先生在谈话，一群官兵随后也来到阅江茶楼，茶楼里的人被逐个搜查，屋里的人通过窗户将两把枪扔到大川的背篓里。菊花被王全术抓获，大川因背篓的枪被官兵发现而慌忙逃走，王全术带人追赶过去，追赶上之后两人打了起来。 共产党从重庆来的人被保安团带走，万川地下党知道重庆已经盯上这里，他们将情况汇报给上级组织。中共下川东地工委副书记彭咏梧被人跟踪，他发现被跟踪后很快甩开了特务，他来到了联络员江竹筠家中，他说出老韩被捕的消息，他们要赶赴川东进行工作，江竹筠准备把孩子让王如珍代养。玉凤在家里准备着婚事，她还不知道大川在外面的事情。 王全术听说郑大川回家后就带兵赶往，他妈让他将长命锁摘下来给玉凤挂上，郑大川在列祖列宗面前发誓要不能给祖宗丢脸，他妈让他赶紧从后山离开，大川妈被官军用枪杆打晕，王全术将玉凤带回了保安团，他知道他会自投罗网的。兄弟会听说菊香被抓后就派出飞天蜈蚣前去打探。小薇感觉她哥全术变了，玉凤在监狱中被官军糟蹋，她醒来后用头撞墙要寻死。
郑大川被关押后说他就是共产党，他被打成重伤后关入监牢。兄弟会的龙哥喜欢梅花，她无法报答他的救命之恩，他要等到她心甘情愿地嫁给他。飞天蜈蚣回去后说他杀了宋团长，没人看到是他杀人，他想趁乱救出菊香。金兰社的赵太唯在刘先生的引荐下见到了彭咏梧和江竹筠，他们这次来是想大干一番。 王全术将将郑大川拉到大街上公审并当场处决，县长对他的做法表示支持。王全术的父亲不想让他干保安团，他不同意他父亲的说法，对于国民党执政让王全术很有信心将一地方治理好。王全术是一心要处决郑大川，他说是重庆下了死命令，小薇想起了小时候和他在一起玩儿的情形。 兄弟会的人来到城中伺机救菊香，郑大川被绑在台子上等候处决，小薇和大川妈来刑场为他送行，他对小薇说宋团长不是他杀的，他被判处了死刑并立即执行。枪声响起之后郑大川妈替他挡了子弹，随后兄弟会的人劫了刑场，王全术听到武器库被抢后急忙赶回。梅花救回了郑大川，是她将枪扔到他背篓里的。郑大川醒来后看到了菊香，他知道自己在兄弟会，他见到了大当家龙得水和师爷。郑大川让菊香去郑家湾找谢运生的老伯，他会将他妈和玉凤送走。 郑大川当前只有一件事情就是为他妈和玉凤报仇，王玉术将副官大骂一顿，他知道他强暴了玉凤后更加恼怒，这次算是饶过了他，他命人将杜方清放了。毛县长劝王全术的行动要谨慎。
李三金对柿子恨之入骨，当他得知郑大川要铲除柿子的消息后，吐露了柿子的秘密，并表示愿意配合郑大川除掉柿子。柿子欲高价倒卖烟土，郑大川扮作巨商购买，狡猾的柿子没有现身。郑大川二次用计逼出柿子，除掉了这个血洗青莲乡的凶手。 胖头鲢投靠了王全术，突袭鹞子岩，抓住草把龙。郑大川为救草把龙，被黑岩帮炮头穿山甲击中，生命垂危。
冉东望向郑大川传达上级指示，宣布了给予郑大川留党察看的决定。郑大川不同意上级提出的分散隐蔽，保存有生力量迎接大军入川的意见，与冉东望产生矛盾，他决定向上级直接反映自己的想法。 青竹彪因草把龙不认自己是兄弟而倍感痛苦，他对投靠王全术后过的这种仰人鼻息的日子早已厌恶。为此，他请飞天蜈蚣从中说合，表示一定要救草把龙出狱。
王全术举枪对准郑大川，紧急关头，王小薇冲上前阻止王全术开枪，然而，枪响了，子弹击中了王小薇。王小薇弥留之际，恳求哥哥放过郑大川。极其痛苦的王全术答应了妹妹。王小薇含笑离世，这一天正好是她二十岁的生日。郑大川为王小薇扎了一只风筝，将它放飞于天地之间，风筝上写着：小薇，生日快乐！王全术悲痛地来到家门口，却发现大门紧闭，王择山不许王全术再踏进家门一步，父子两人彻底决裂。 十二关支队面临抉择，是分散隐蔽还是继续坚持斗争，内部争论激烈。郑大川决定：枪不能埋，支队不解散，旗帜不能倒！表示愿意为此承担一切后果。 郑大川找到刘梦航提出了不同意见，刘梦航决定亲赴重庆向川东临委汇报，请示下一步工作的重点。冉东望受到批评，组织上命他离开万川县。就在冉东望登上轮船的一刻，王全术突然出现，在王全术的身后站着军统行动组上尉谍报员杏花，她的真实姓名叫李芸。
菊香找到胖头鲢，恳求胖头鲢帮忙让她和草把龙见上一面。胖头鲢假装答应，将菊香骗至房中欲行不轨，菊香趁机刺伤胖头鲢。胖头鲢在行刑室拷打菊香，王全术走了进来，命胖头鲢放开菊香，他亲自带菊香来到牢房，让草把龙与菊香相见。草把龙主动来见王全术，请求放走菊香，并答应王全术解散十二关支队。 青竹彪向草把龙赔罪，草把龙原谅了他。青竹彪欲救草把龙出狱，亲自上了十二关，告之解救草把龙的办法。
王全术押着草把龙来到鹞子岩，企图让草把龙劝说十二关支队解散。郑大川愿意用自己换回草把龙。草把龙告诉郑大川，自己身上已绑上了炸药，他将刺梅花托付给郑大川，然后跳崖身亡。草把龙的离去使十二关支队沉浸在悲痛之中，刺梅花和飞天蜈蚣讲述自己如何被草把龙所救的往事，郑大川十分感动，决定刺杀王全术。 经过侦察，郑大川得知胖头鲢在平坝乡催粮，他决定利用胖头鲢调出王全术。
此时，中华人民共和国已经宣告成立，我解放大军开始进军大西南。刘梦航传达了上级指示，策反守卫金水关的廖进修率部起义。王择山主动牵线，廖进修同意谈判。谈判桌前坐着双方，一方是刘梦航和郑大川，另一方则是廖进修和王全术。廖进修提出了整顿的一揽子方案，遭到刘梦航断然拒绝，谈判破裂。
为了避免我军遭受重大损失，郑大川决定为大军进入万川县扫除最后的障碍，炸毁王全术设在半山的军火库。为此，他组织了敢死队，开进半山，双方展开激战。罗疤儿和胖头鲢见大势已去，两人捆住王全术，向郑大川投降。不料，王全术被刘小辫救出，他开枪击毙了罗疤儿和胖头鲢。 郑大川和飞天蜈蚣从后山悬崖登上半山，就在郑大川要炸毁军火库的时刻，王全术出现，两人展开搏斗。王全术最终与军火库同归于尽，而郑大川则站了起来，用微笑迎接最后的胜利。 （川东游击队大结局）
