1937年12月，在国民政府迁都的前夜，戴笠亲自部署了南京、上海两地的谍报网，由钱一民负责。1941年12月1日，珍珠港事件爆发前夜。中华航空公司“上海号”飞机，在广东境内失事。在这架飞机上有一个特殊的旅客，他将送达一份命令，即驻扎在广东境内的日本23军，在珍珠港得手之后，立即占领香港。中国政府对日正式宣战的当天，钱一民在上海被捕后叛变了，交出了京沪两地的军统人员名单。

钱一民的叛变和龙泉剑的被盗，让戴笠十分烦恼。他一方面派遣韩森赶赴上海，另一方面又不得不借助许伯韬的支持。他们是老朋友，但戴笠对许伯韬历来是借助，却毫不信任。案子很快送到了许伯韬这里，经他分析，盗剑的家伙除了身手不凡，而且还是个瘸子。这是中华民族的耻辱，简直就成了政府对日宣战的一种嘲弄。蒋介石要求戴笠不惜一切代价把它找回来，否则军统就没有存在的必要了。

阿义来茶楼和钱一民接头，说龙泉剑已经到手，晚上在码头八号仓库一手交钱一手交货。他们的密谈却被暗中的韩森听到。河野很快就来拜会了许伯韬，他承认了自己的真实身份，并向许伯韬谈起了一笔买卖，就是在将要举行的拍卖会上当“托”。许伯韬立即就明白了，敌人确实在制造一个政治阴谋。几天后，川岛芳子把韩森交给了河野的特务机关。但是，就在押送的途中，他们遭遇了萧汉光、余龙等人的伏击，韩森得以成功脱险。

拍卖会已经临近，许伯韬说服了阿义，希望能在拍卖会上揭露龙泉剑的真相，阿义口头答应，但就在那天，突然逃脱，溜之大吉。但他通过一个报童交给了秦坤一封信，后者把它交到了萧汉光手上。拍卖会上，集中了上海滩的名流和中外记者。那把“龙泉宝剑”现身了。经过激烈叫价，最终被一个蒙着面纱的神秘女子买走，引起四座皆惊。她果然就是日本间谍川岛芳子！

情况突然变化，阿义措手不及。他给余龙去了电话，却把营救的时间往后推了一小时，他还是想先试着自己能否把事情摆平。是夜，大雨倾盆。阿义随铁匠去了刘家祠堂，看见妻儿已经被绑在树上，身上捆着炸药。阿义沉着与蒙面人交涉着，突然从铁匠身后拔出了自己的双枪，但是枪却没有打响——原来铁匠经不住威胁，只好按照蒙面人的交代，提前偷偷把弹匣给下掉了。

一切在按计划进行。第二天，钱一民正打算去大明楼赴宴，临出门的时候，忽然接到了一个电话，一个陌生的声音告诉他，最好不要乘自己的汽车。钱一民大吃一惊。这样，萧汉光和韩森途中伏击的方案随之流产。他很惊讶地回到海狼号上，对秦坤说内部出了问题，肯定有人通风报信，才让他没有坐车。这时，码头上忽然来了成群的日军，他们在进行突击搜索。情急之下，萧汉光沉着应对，并以秦坤手里那张许伯韬和河野的合影，化险为夷。

许伯韬同辛艳秋谈了话，并了解到他今晚送给钱一民的戏票座位排号。随后，辛艳秋去了“76号”给钱一民送了票，但是他的情绪却很低沉，这让钱一民很纳闷。到了晚上，海狼号的几个成员全体出动去了剧场。计划由余龙装作送茶水的接近钱一民的座位进行刺杀。但是，余龙却发现，那个座位上的人根本就不是钱一民。原来，辛艳秋还是不想借自己的手除掉“恩人”，尽管此人眼下是和汉奸。他临时把戏票调换了。

在除掉钱一民的当晚，海狼号安全到把“吴先生”送过了江。几天后，江南传来了一个振奋人心的消息，一支和平军的部队被中共成功策反。那天晚上，萧汉光第一次向秦坤表达了自己的爱慕之心。他们已经认识了两年，似乎到了瓜熟蒂落的时候了。秦坤虽然高兴，但心中又带着一丝忧伤。她没有把自己这种忧伤告诉萧汉光。

秦坤监听到军官俱乐部的电话，明天下午将有园丁去那里检修花圃，机会终于来了。于是萧汉光和余龙途中劫持了两个园丁，换上他们的衣服，顺利进入了军官俱乐部。等海因里希出来游泳，余龙便从后面爬进306房间。但是没想到，刚才离开的海因里希因为烟斗没有带，又突然返回了，这让萧汉光大吃一惊。他立即吹口哨报警，余龙躲闪不及，只能钻到了床底下。

原来，军官俱乐部的日军事务长私下在和一个叫王三的小贩子做黑市大米生意。趁着新进一批大米，想偷运出几包。不料，其中的一包就是余龙。就这样，好不容易进去了，又被运出来了。好在余龙还记得王三家的位置，于是就和萧汉光一起去了，让王三再去敲开那个事务长的门。王三不敢不合作，还真的把门给敲开了。这样，余龙总算是混进了仓库。

游泳池里的水浑浊了，“汉娜”建议应该去黄浦江游泳，因为这让她想起美丽的莱茵河。海因里希自然兴致很高，两人就一起去了黄浦江。这一去，德国人就再也没有回来。河野从海因里希口袋里发现了那只烟斗，拧开一看，里面藏着图纸胶卷，但他不知道这是经过掉包的假图纸。这个晚上，海狼号上充满着欢声笑语。秦坤在弹奏着天鹅湖，萧汉光趁着这样好的气氛向姑娘求婚了。而余龙也打算抽空回扬州一趟，去看看久违的明珠姑娘。

河野亲自对王晓燕进行了审讯，她把什么都说了。当夜，川岛芳子和河野出来散步，这次她提到了那个特殊手术的目标，就是要求河野把中村枝子的脸换成王晓燕，河野大为惊讶。赶来的枝子却十分坚定，说为了帝国的“圣战”，哥哥已经捐躯，她怎么可能还在乎一张脸？第二天，“变脸”手术在高度戒备下秘密进行了。河野亲自主刀，川岛芳子现场监督。手术获得了成功，河野得到了土肥原的嘉奖，但内心却异常的痛苦。

戴笠无意中看见自己审理的案子中，有一个熟悉的名字陈汉秋，一问秘书胡小曼，才知道这个陈汉秋是自己以前一个部下的父亲。这个部下就是余龙的相好陈明珠。余龙现在也在海狼号上当水手。这个发现，让戴笠眼前一亮，于是生出了一条诡计，把陈汉秋箱子里查到的二两烟土，改成了五斤，这是可以判死罪的。毛线背心勾起了余龙对陈明珠的思念，他打算请假去扬州看看。许伯韬提醒他回去之后要严守纪律。

经过许伯韬再三追问，秦坤这才从自己口袋里也拿出了一枚祖母绿，款式和这一枚完全一样。这下许伯韬楞了，问是怎么回事？秦坤只好说出自己那一段不堪回首的往事，说当年掩护她脱险的那个人，就是送她戒指的人。这个人后来被德军处决了。翌日，秦坤来了电话，问起萧汉光在香港的情况，什么时候回来？她想去机场接他。但是萧汉光由于已经知道了秦坤和安凯的关系，电话里又不好多说什么，只说要秦坤不要接他。秦坤有些不悦了。

再说余龙回到扬州附近的古井镇去看相好陈明珠，意外的得知她家的房子已经变卖了。后来，瘦西湖画坊的刘先生告诉余龙，说就在上个月，陈明珠的父亲因为贩卖烟土在重庆被捕。此时，陈明珠在监狱里见到了父亲陈汉秋。父亲大喊冤枉，要女儿赶紧想办法救他，因为安了这种罪名，随时都有被处决的可能。到了萧汉光结婚的那一天，安凯买着鲜花前去祝贺。没想到的是，他竟然在这个新房里见到了自己的恋人秦坤。

河野撞了萧汉光，接着王晓燕就赶来了，她叫来救护车把萧汉光送进了自己所在的那家医院，以便进一步“照顾”。这天，在重庆的街道上，一个姑娘拦住了戴笠的车喊冤，这个姑娘就是陈明珠。此时，正是父亲陈汉秋绑赴执行枪决的时刻，戴笠带着陈明珠驱车赶到了刑场，枪下留人。几天后，戴笠就向陈明珠摊牌了，要她回归军统，尽快和余龙联系上，以摸清海狼号的情况。

许伯韬接到了“潘老板”的电报，告之最近有一批南洋陈嘉庚等爱国人士捐献给延安的广播电台器材要经过上海，务必将这批货安全护送到目的地。与此同时，戴笠也给韩森去了电报，要他务必阻止这批货，不能落到中共的手上。戴笠的电报中还明确指出，这次行动将有一个27号配合。王晓燕把这个情报发给了河野，后者也在开始着手部署。去重庆的路已经通了，韩森让萧汉光护送安凯和王晓燕出发，第一站先到南京。

许伯韬又在咖啡馆秘密见到自己的接头人，对方告诉他，提货地点改在了扬州附近的古井镇，那里正是余龙的老家。正巧，余龙带着陈明珠已经到了南京，许伯韬电话里告诉他，让他直接赶到古井镇。这个变化，让陈明珠有些意外，她说自己先去看南京的一个姑妈，其实她要去的地方是军统的南京站，她就是27号。陈明珠把这个消息告诉了韩森，然后又和余龙一道回到了古井镇，与许伯韬、秦坤见了面。

陈明珠得知了余龙被俘的消息，立即赶回古井镇。可是她的一双皮鞋引起便衣的注意，双方开始了枪战，秦坤营救了陈明珠，但后者很快就不见了。陈明珠更加纳闷：现在国共不是已经合作了吗？韩森说，我们和中共的合作历来是有限度的，这是政治。正谈着，萧汉光在外面敲门了，韩森连忙让陈明珠从后门离开，慌乱之中，陈明珠遗忘了手绢。被萧汉光一眼就注意到了。当他得知余龙在古井被俘的消息，立即让韩森找一匹快马。

经过激战，他们顺利脱险，但那批货却没有了下落。许伯韬仔细回想着，忽然想起了一个值得注意的细节，那就是在他接近瘦西湖画坊时，刘先生不仅用京胡声报警，而且还在自拉自唱，唱的就是《战樊城》。许伯韬暂时没有动这批货，让河野继续在古井守株待兔。他们返回上海，余龙和陈明珠暂时住到了萧汉光那里。其实自从陈明珠跟着余龙回来，许伯韬就一刻没有放松警惕，只是暂时不动这个过河卒子。

余龙沮丧地回到了上海，许伯韬并没有对他解释什么，而是要看陈明珠下一步还有什么动作。秦坤接到了重庆的电报，安凯的密码破译工作遇到了阻力，希望她赶去支援。许伯韬安排萧汉光送行，当时萧汉光人在南京，于是便让秦坤去自己寓所帮着带回几件衣服。秦坤去了，见到这座曾经打算作新房的屋子，不禁忧伤。但是，很快她的忧伤就转为愤怒，因为她在萧汉光的床头，意外地发现了王晓燕的一只耳坠。其实，这就是王晓燕的离间诡计。

离开小杭州酒楼，萧汉光和王晓燕在回宿舍的路上，正好遇上了前来找他的秦坤和安凯。四人相见，彼此都有些不自然。秦坤说：我是来找你谈工作的。于是，萧汉光带他们去了宿舍，谈及了日军最近使用的那种片假名密码。因为萧汉光以前在东京工作过，日语很好。萧汉光想到了日本最早的一种语言，即“万叶假名”，让安凯茅塞顿开。经过连续的加班突击，秦坤和安凯终于破获了日军使用的那种“万叶密码”，两人激动地拥抱在一起。

就在大家纳闷之际，突然传来了防空警报声。日军改变了轰炸时间。原来，昨天晚上，王晓燕已经通过乔掌柜通知了日军的武汉基地，停止使用“万叶密码”，并改变了轰炸时间。重庆再次遭到了猛烈轰炸。安凯走到街头的废墟，沮丧不已。秦坤找来，告诉他“银狐”再次走到了他们的前面。就在安凯和秦坤面对新密码束手无策时，陆上校带来了一个好消息，“飞虎队”俘获了一名日军的飞行员，这就可能找到那本特殊的书了来自信息新报。

河野给王晓燕发来了密信，催办给老史接风。王晓燕通过黄将军了解到今晚史迪威将去黄山别墅面见蒋介石。王晓燕赶到小杭州酒楼和那个乔掌柜抓紧部署，决定就在去的路上下手。黄将军陪同史迪威出发，萧汉光也担任着警卫工作。车在前进途中突然遇见伏击，双方展开了激战。隐藏在暗处的王晓燕却因为一顶船型帽错戴在黄将军而误杀了他。萧汉光去追赶杀手，就在他接近王晓燕时，枪声响了，中弹的却是萧汉光。

许伯韬一行来到了重庆，他借韩森之手，把一批货送到了预定地点。但是自从那批货被炸毁之后，陈明珠就觉得很不自在，她担心自己已经被许伯韬识破了，心中仍有苦闷。几天后，延安新华广播电台送来了清晰的歌声，许伯韬很兴奋，戴笠却很沮丧。他找来了韩森，把他教训了一通。而韩森觉得自己被许伯韬玩弄了，私下找到戴的秘书胡小曼，让她去找陈明珠，布置了一项新的任务。

萧汉光的伤势痊愈了。许伯韬和余龙去接他，护士把一些暂时保管的东西交还给萧汉光，其中就有那只蛇纹打火机。萧汉光很困惑，说打火机不是他的，可护士坚持说这是那天晚上手术时，从他手里拿出来的。这个场面，恰好被窗外的王晓燕看见了，她惊吓出了一身冷汗。很快，小杭州酒楼的乔掌柜就接到了王晓燕的电话，让他去江边拿钱。乔掌柜十分高兴，可是等待他的却是一枪毙命，接着就是硫酸毁容。

安凯的飞机迫降之后，又受到了日军的追击。为了掩护安凯，陆上校命令销毁命令，并以身殉职。安凯逃出了包围圈，等到天亮他从丛林中走出时，却又再次落到了日军的手里。在重庆的王晓燕也通过一个叫小李的司机打听到安凯去了前线，她不明白为什么要挑这么一个白面书生去前线，而且还佩带着中尉军衔。这时，那位独臂的刘参谋也紧急约见了王晓燕，谈到几天前有一架送命令的专机在缅甸八莫地区被击落，这正好吻合了王晓燕的情报。

原来，这个地区的日军长官就是许伯韬在河野的生日宴会上认识的那位佐藤旅团长。此人是一个棋痴，来清水就是来找人“手谈”的。许伯韬断定，佐藤将会去俘虏营挑选一个手谈的人，那么，营救安凯的机会也就来了。他们顺利劫持佐藤护送安凯离开了清水镇，但是，就在过关卡的时候，余龙的车突然熄火了。而这时，清水的日军已经发现了长官被劫持，立即电话通知所有关卡。一场闯关的激战就此打响，但他们还是闯过了。

安凯牺牲了，萧汉光能带回给秦坤的就是那枚祖母绿戒指，同时说已经找到了那本日军作为密码本的英文小说《大地》。萧汉光还想起了一件往事，就是那次王晓燕托他去曾家岩还书，“代收”的就是那个独臂刘参谋。他怀疑这本书也许就是《大地》。大家一起就这个王晓燕作了分析，也澄清了一些误解。秦坤按照安凯的指引，终于在密码上有所突破。

由于成功破译了日军“无限不重复式”密码，使防空部队成绩斐然，“飞虎队”也大显神威。土肥原十分气愤，质问河野是否是“银狐”出了问题。而河野则认为问题出在“变脸王”那一边。话音刚落，刚刚赶到上海的川岛芳子就说：变脸王没有问题，我可以担保。土肥原这次请川岛芳子来上海，计划派遣一个特别行动小组潜入重庆，和“银狐”会合，然后进入到缅甸北部，以阻击蒋介石一行，挫败开罗会议。

敌我双方都相继赶到了北缅A地区的桥头镇。双方都在第二天化装混在镇里的人群中。许伯韬一行的任务是探明镇内的情况，在安全的情况下，通知隐蔽的蒋介石车队通过，而河野部署的则是在车队通过时将其炸毁。一场潜在的危机一触即发。就在秦坤向远方的韩森发出出发的暗号时，萧汉光意外发现了地上的一枚簪子，正是那晚在江边王晓燕企图行刺他的那只，连忙对天鸣枪示警。于是，双方展开了激烈的战斗，终于保证了车队的顺利通过。

萧汉光的被俘和生死不明，让许伯韬忧心忡忡。就在这时，陈明珠策马赶来了，她带来了关于戴笠的消息，令许伯韬愤怒而震惊，原来，这里面还隐藏着一个不可告人的阴谋。秦坤破译了土肥原给河野的密电，让他们在遇到危急时，向天空发射三发红色信号弹，这样就能得到“变脸王”的支援。许伯韬思索着，他也在想着一个大胆的计划。萧汉光落到了王晓燕的手里，被捆绑在一个废弃的矿井里，这是日特的据点。

最后的决战开始了。萧汉光去追击逃亡的王晓燕，却意外再次落到她的手里，她得意地说：这回再不会有人来救你了吧？话音刚落枪声就响了，但这次倒下的不是萧汉光，而是她本人。原来，紧跟其后的秦坤及时赶到，先出了一枪。秦坤扶着萧汉光，两人在这样的场合相见，不禁心潮起伏。同时，在废弃矿井里的战斗也异常激烈，最后，河野被大家击毙，而陈明珠则给许伯韬挡了子弹，献出了年轻的生命。

铁匠还说自己一共造了三把假剑。此时，“变脸王”也和川岛芳子通了电话，说他们之间最后的一笔交易必须进行了。池田在川岛芳子的酒里下了非法药品，趁其昏睡之际从保险柜里拿走了保留小手指的药品。就在他在码头交给许伯韬时，背后射来了罪恶的子弹。当晚，韩森带着货真价实的龙泉剑，正出门去进行最后交易时，萧汉光截住了他，说船长有他身上的一件东西，要当面交给他。韩森一听，知道自己的末日到了。龙泉剑终于回归。