《佛渡有缘》从大将石慕云（金超群饰）开始叙述。石慕云军功赫赫，自然在战场上杀人无数，自感罪孽深重，希望剃度出家，不料住持不愿意收他为弟子，石慕云只好自行剃度，改称石头和尚。 隋末朝廷黑暗，贪官污吏数不胜数。一日，一名黑衣女子刺杀坐轿而行的一个贪官，被其手下刺伤，石头和尚出手救了她，并表示如此怎杀得尽贪官。黑衣女子却道，她无父无母，无牵无挂，对这些贪官能杀一个是一个。石头和尚被感动。后精通医术的石头和尚又救了一个身怀绝症的女子。两名女子坚持要拜石头和尚为师，石头和尚无奈只得答应了，但他要求两人放弃俗家名字，改名为阿舍（杨丽菁饰）、阿得（徐静蕾饰），然后教阿舍武功，教阿得医术。 石慕云昔日好友——大将江成枫逐年老去，膝下有一子一女。儿子江小楼（杨仲恩饰）初掌兵权，得意非凡，犯下了一个致命的错误——滥杀无辜，屠杀赵村的所有村民，只有赵根（卢星宇饰）死里逃生，发誓要为全村人报仇。 江小楼自以为掌握了兵权，其实这一切都被将军石涛（王刚饰）控制着。石涛有一义子石惊天（邵峰饰），本性善良，因碍于母亲的命令而答应为石涛办三件事，其中一件就是三个月内保护石涛的安全。 赵根自不量力报仇，被抓了起来。阿舍、石惊天因同去救赵根而相结识，一见钟情，为日后埋下了剪不断、理还乱的情丝。石涛放了赵根，并交给他一队乌合之众，要求他去报仇，目的是要打击江成枫一家，并添加自己的军功。 石惊天向阿舍表白自己的心意，不料阿舍因为害怕受到伤害而居然拒绝。石惊天误以为阿舍对赵根有情而愁眉不展。石惊天曾救过一对苗疆兄妹冷炎（王冰饰）、冷雨（苗红饰），虽名为手下，实情同兄妹，尤其是冷雨早已对主人暗生情愫。 江小楼在苦竹精舍经石头和尚指点决定收敛，不滥杀无辜，同时也爱上了阿舍。但阿舍早已心系石惊天，怎会接受江小楼？江小楼认为一个黄毛丫头都不把他放在眼里，随随便便就拒绝了他，回家自暴自弃。小妹江小婵劝他不能轻言放弃，要让阿舍慢慢感觉他的好。江小婵找到赵根，表示愿意牺牲自己，请求他放过兄长。不料赵根得到了她却翻脸不认人，转将江小婵送给石涛。石涛对自己的新夫人十分满意。 江成枫上门要女，石涛拒绝，并谎称江小楼已经战死，江成枫被活活气死，夫人徇情。石头和尚气愤至极，与阿舍夜闯侯爷府。三个月期限未到，石惊天不得不阻止了阿舍进侯府，却阻挡不住武功高强的石头和尚。但碍于普渡众生的和尚身份，石头和尚打伤了石涛，却下不了手杀他。石涛大笑：阿舍可以杀他，却被石惊天阻挡接近不了他；石头和尚可以接近他，却下不了手杀他。 江小婵假称给石涛买药，到了阿得所开的药店内，终于得知自己双亲的惨死。她将一副祖传的药方交给阿得，阿得看出有一味药不对，不愿害人，但提醒江小婵可去别处补上最后一味。江小婵佩服阿得的医术，抓完药，回侯爷府煎药。生性多疑的石涛并不接受江小婵的药，江小婵自己先尝了一口，石涛才终于喝下了毒药。临死之前，江小婵穿上孝服，为父母发丧。狡猾多端的石涛怎么也想不到自己竟死在一个不懂武功的弱女子手上。 恶战终于开始，江小楼与赵根一一对决，约好决不牵联手下。在两败俱伤以前，江小楼与赵根的仇恨终于化解，赵根决定隐居，不问世事；江小楼决定投奔李世民，真正干一番大事业。

《血玉观音》紧接上集，阿舍与石惊天交往日深，并到了石惊天的家慕云山庄，见过了石惊天的母亲白玉（刘雪华饰）。时下血玉观音作祟，常常半夜外出抓了童男童女取其血练玄功。 白玉与阿舍十分投缘，希望儿子快点迎娶阿舍。白玉的弟子郭放（王皓饰）对阿舍一见钟情，要求与石惊天公平竞争，三个月内不能得到阿舍芳心，石惊天才能迎娶阿舍。 此时，血玉观音愈发横行，为的是报复负心的丈夫。事实上，血玉观音正是白玉。 阿舍对石惊天迟迟不肯迎娶自己感到十分不解，继而痛苦万分。白玉先是对儿子的“负心”行为十分痛恨，不知该以母亲的身份对待还是以血玉观音的身份来处理。作为一个母亲，她该宽恕孩子的过错；可是作为血玉观音，她最不能容忍负心汉！后又对阿舍的师父石头和尚的身份产生了怀疑。 阿舍告诉白玉自己的师父俗名石慕云时，白玉惊呆了——石慕云正是她负心的丈夫，慕云山庄的主人。因此，她拒绝石惊天再与阿舍来往。石惊天惊呆，对母亲出尔反尔的态度不明所以。 郭放被白玉打了一掌，在石头和尚的苦竹精舍里假装好人，假称自己要对付血玉观音，为民除害，替天行道，不惜性命来换江湖的太平，以赢取阿舍的好感，但后来被石头和尚看穿。而阿舍，始终在思念着石惊天。郭放虽为白玉弟子，其实从未练过玄功。慕云山庄管家宋青云（范鸿轩饰。对，就是那个常在金超群旁演公孙策的）偷偷抄录一份玄功秘籍给郭放，要求他杀了石头和尚。 练成玄功的郭放更加胡作非为，无法无天。 白玉与石头和尚相见，实则两人皆余情未了。十多年的爱恨情仇交加，白玉见石头和尚便大打出手，意外发现了石头和尚怀中所藏的自己的木梳。石头和尚表示当年毅然决定出家时并不知道白玉已经怀孕，真心请求白玉原谅。宋青云最不愿意看到的事发生了：白玉与石头和尚冰释前嫌。郭放练成玄功，要杀石头和尚，白玉牺牲了自己，与郭放同归于尽。 石惊天坚持认为石头和尚害死了母亲，拒绝与他父子相认。他与阿舍的感情只好再度搁下。

《杀手有情》与前后没有太多联系。阿得在给一家富贵人家看完病回家途中，目睹了一个女杀手从一户人家走出来，而她身后尽是尸体。阿得害怕会遭灭口，对一个不相识的过路男子叫了一声“大哥”。 那人脸上有一条浅浅的疤痕，手拿佩剑，应该是一个武林高手。他似乎很不理解有个陌生女子开口叫他大哥，看到了女杀手才明白过来，便假装和阿得非常熟悉。女杀手蒙着面，用很怀疑的目光看了男子一眼，才离开。 那名男子自称“骆日”（温兆伦饰），向阿得介绍了许多江湖中的事情。他从小被师父收养，称作落日，后来觉得自己应该有自己的姓，所以改称骆日。阿得与相貌非凡的骆日一见倾心。 当晚，杀手组织主人召集四大杀手——追风（杨佩衡饰）、逐月（林芊谕饰）、骆日、向阳（高亮饰）。由于五个人都蒙着面，杀手之间从来互不相识。为了避免互相打杀，杀手主人要求四个人摘下面纱。逐月的直觉没有错，那日遇见的男子果然是骆日。 逐月明知作为一个杀手，是不该有感情的，但她还是不可自拔地爱上了骆日。她告诉阿得骆日是一个杀手，以为这样就可以让阿得死心。 阿得发现了骆日其实是一个杀手的事实，伤心不已，她要求骆日为了她不要再当一个杀手，不要再杀人。骆日答应了。在苦竹精舍后的农田种地为生。当了多年杀手的他却时时有警惕之心，环顾四周，让阿舍怀疑他是杀手组织派来的奸细。 阿舍对骆日三番四次试探，确认骆日对阿得是真心的，她要求骆日供出杀手组织主人，骆日却回答从未见过主人的面容，更不知道他的身份。 阿舍意外邂逅从前作为女飞贼时的师父于二娘（王璐瑶饰），她已经嫁给了大善人张万里。石头和尚言语间表达出怀疑于二娘就是杀手主人，令心高气傲的于二娘负气出走。而事实上骆日已经告诉阿舍，主人是个男子。 杀手主人挟持了阿得，由逐月看管，要求骆日重回组织。骆日无奈之下答应。阿舍决定查出真相还师父一个清白，于是跟踪骆日，不料追风假扮成一个叫花子，缠住阿舍。追风用阿舍施舍的银子买酒买肉，阿舍毫不客气地喝完了酒。追风不由得欣赏起这个充满豪情的女子。 杀手主人要求把阿舍引入树林灭口，追风诈败，放了阿舍一条生路。骆日瞧出端倪，和追风苦中作乐，把酒言欢，成了彼此生平第一个好友。追风在郊外向阿舍表达了自己的身份的无奈，流露真情，委婉地说出了自己的心意。阿舍明白，却无法领情。 在石头和尚的引诱之下，杀手主人不断将责任推到于二娘身上，而真正的杀手主人渐渐漏出了马脚。于二娘几次撞见杀手主人，瞧着背影有些眼熟，莫非是……而杀手主人竟几次放过了她。终于，在张万里的苦心劝说之下，于二娘终于回家，并且向丈夫坦陈自己对曾经怀疑张万里才是杀手主人的想法惭愧不已，张万里听了表情意味深长。 这一次的任务，是要追风、骆日、向阳联手，杀了张万里、于二娘一家。此时石头和尚与阿舍也在，合力打败三大杀手，但阿舍还是放了他们，还追风一个人情，并告诉师父：追风与骆日一样，有向善之心。 受了重伤的向阳告诉追风、骆日，他发现张万里与师父有着一双一模一样的眼睛！追风、骆日明白过来，杀手主人这次任务的目的是要杀人灭口，一举杀死他们三个，于是决定反抗到底。但愚忠的向阳偷偷回到了主人身边继续卖命。 受到阿得善良的心的感染，逐月放了阿得。她自知难逃一死，服下了毒药。临死前，要阿得与骆日原谅自己。骆日、追风发誓一定要杀了张万里为逐月报仇。 石头和尚查出张万里即是当年大盗“漠北双鹰”中的金鹰。于二娘无法接受自己的丈夫是杀手主人的现实。追风、骆日在剑上淬上剧毒，要与张万里同归于尽，但无奈功力相差太远，毒剑连张万里的衣角都沾不到，骆日反被张万里用自己的剑划伤，中毒而亡。追风为了救自己深爱的阿舍，身中长枪而死。 于二娘痛苦地捡起骆日的剑，杀了张万里，然后自杀。

《佛法无边》是大结局。石头和尚在慕云山庄外颂经百日，为白玉超度。石惊天始终不与他说话，也不准他踏进慕云山庄半步。宋青云一心要为白玉报仇，处心积虑要杀石头和尚。侥幸逃生的向阳逃到漠北，找到“金鹰”张万里的师兄——“赤鹰”莫如风，也要找石头和尚报仇。 夹在师父与石惊天中间，阿舍倍感为难，而自从骆日死后，身患绝症的阿得病情日益严重，但为了不让大家担心强作镇定。 宋青云担心血浓于水，石惊天与石头和尚迟早要相认，希望早些下手除掉石头和尚，暗中与莫如风联手。 一日，冷炎、冷雨离开山庄采购日常用品，宋青云要向阳杀了他们，以剪除石惊天的双翼，冷炎、冷雨联手，向阳怎会是对手？眼看就要落败，莫如风出现，惊异的冷氏兄妹叫了一声“师父”。宋青云得知这些关系，改变计划，便以石惊天的生死为要挟，要求冷炎、冷雨配合。冷炎、冷雨只要求主人安全，不违抗师父，便答应下来。宋青云一边让自己的侄女巧儿混进苦竹精舍，监视石头和尚，一边又让莫如风易容成石头和尚，利用石头和尚颂经、忏悔的时间差在阿舍、阿得面前为非作歹，一剑穿心杀死向阳。巧儿感受到阿舍、阿得的关怀，对两位姐姐真心相待，要求宋青云不准伤害她们，宋青云假意答应。 石惊天慢慢冷静下来，终于放下架子，允许石头和尚进慕云山庄，但一声“爹”始终无法叫出口。 阿舍、阿得误会师父走火入魔，自己犯下的错还不知道。当巧儿被莫如风假扮的石头和尚强暴以后，阿得怕师父再干下什么错事，终于下手，给石头和尚下了化功散。石头和尚几十年内力灰飞烟灭。 莫如风的伎俩被拆穿，阿得才意识到自己干了一件多么愚蠢的事，她寻找解药解了石头和尚的化功散。毒药虽解，功力却无法再恢复了。阿得后悔莫及，石头和尚却看得很开。在极度压抑之下，阿得旧病复发，交代完后事，终于安然地走了。 冷炎、冷雨不再相信宋青云的诡计，不愿加害石头和尚，冷炎被害死，冷雨逃了出来，想为兄长报仇，终究还是死于宋青云的机关之下。 石惊天分析之下，得出宋青云才是杀害白玉的凶手的结论：因为只有宋青云才有可能将玄功秘籍抄给郭放。宋青云大失惊色，多年爱慕白玉的念头表露无遗，阴谋诡计也随之败露。石头和尚失去功力之后，阿舍、石惊天联手仍不是莫如风的对手。 关键时刻，莫如风想先杀了宋青云这个诡计多端的人为自己的师侄向阳报仇，不料还是晚了，宋青云早已诱他喝下有剧毒的酒，宋青云一吹箫，莫如风精神失常而亡。 宋青云自己也因为被石惊天指责为害死白玉真凶而精神错乱。石头和尚带着宋青云离开了。 阿舍与石惊天有情人终成眷属。 经过了一切，感受了亲情、友情、爱情、师徒之情，石头和尚终于真正跳出三界外，不在五行中，修得正果。