相传春秋战国时代，群雄并起，诸侯割据，同时也出现了无数的铸剑，剑乃兵器之首，旷古烁今的名剑虽深埋失散，但仍是武林人士所梦寐以求追寻的宝物。关外神鹰霍飞腾追寻已经四年的“干将”宝剑终于出土，顿时山崩地裂、风云变色！霍飞腾带着宝剑奔回，见到妻子白艳烛已为自己产下一名男婴。白艳烛原本是青萍山庄主人白三空的独生女，与霍飞腾相恋，因父亲白三空反对这段姻缘，二人一直居住在关外。

时光飞逝，物换星移，杀死霍飞腾的公孙梁在北方蓬莱正面临杀机，他训练的徒弟呼延大臧（霍飞腾之子）得到他真传的武学，蓬莱无名一流派曹丘达俊，为一统剑道流派发出战帖挑战曹丘达俊，曹丘深知天界派剑道绝学“燕返”的厉害，设计让公孙梁根本无法施展“燕返”招数，让公孙梁死在曹丘达俊的长剑下。为了感念师父公孙梁的恩情，也明白师父公孙梁对名剑追寻的心愿，大臧决定前往中原，找寻中原的其他七把神剑来完成师父的遗愿。

白三空的弟子趁机用计抓住了呼延大臧，关键时刻，王巅赶到，放了大臧，并且告诉他，要想达到目的，应该去找“紫衣侯”侯风比剑。宝玉因为外公的离去而意志消沉。胡不愁，珠儿心中着急，王巅却不慌不忙，信心十足地认为宝玉一定能走出这段阴霾。宝玉调整自己的心态，重新树立信心：要努力学武，为外公报仇。在赶往渤海之滨的路上，方宝玉遇上了众人正在为木郎神君献宝，突然间白水宫“老不死”王大娘出现，这让孙女珠儿十分紧张。

奔月和方宝玉开始努力寻找汗血宝马，两人的感情渐渐发芽。同时，乔装改扮的脱尘郡主在破庙前遇上木郎神君，两人交手之际，宝马却被方宝玉和奔月偷走。听了王巅“指点”赶往渤海之滨找紫衣侯比武的呼延大臧，不让珠儿跟着自己，珠儿不同意，僵持中，方宝玉和奔月路过救走了珠儿。珠儿埋怨方宝玉救她，言语中更是辱没紫衣侯。奔月大为不高兴，两人几乎打起来，方宝玉左右为难之际，脱尘郡主带人将两人团团围住，要他们将宝马交出。

船舱中，紫衣侯看了白三空的书信，并答应收留方宝玉，但没有答应教他武功，并且教训了他一通。方宝玉不满紫衣侯的态度，心中暗暗有气。落入大海中的大臧并没有死，而是误闯入了魔教的秘密会合点，白水圣母将大臧制服并到了行宫。见到呼延大臧背后的飞鹰刺青，圣母十分震惊，希望收留大臧，大臧拒绝。城中马厩中，脱尘郡主看着手下的大宛武士已经被杀的所剩无几十分难过。

酒楼，方宝玉，奔月和木郎神君，脱尘相遇，木郎神君正准备再次抓奔月，突然假扮伙计、掌柜的白水宫手下发难。关键时刻，紫衣侯出现，将众人救下。宝玉因不满紫衣侯的教训，生气离开。白云观，奔月终于追上方宝玉，表达希望和方宝玉浪迹天涯。两人饥肠辘辘找吃的，巧遇在白云观中的晴空大师和赤松道长。赤松看见奔月显得格外激动。春影追到白云观，劝阻两人回去。方宝玉两人不同意。春影找来吃的，不料被人下了毒。

珠儿劝大臧不要和武林中人作对，这样下去只会招来横祸。大臧心存感激，认为珠儿是唯一关心他的人，心中有异样感觉。方宝玉被鬼面人弄醒到荒林苦练化毒绵掌，鬼面人送了一本“君子剑”的剑谱给宝玉。方宝玉苦练君子剑却因为毒发而倒地昏迷。大臧和珠儿正巧经过，宝玉醒来忽见珠儿，欣喜万分，但却要和大臧拼命，被大臧轻易打倒。白云观上，晴空大师带了一名妇人（蓉蓉）来与赤松道长和紫衣侯会面。

因蓉蓉的去世，赤松失约，大臧前来白云观质问，已经对生存了无生趣的赤松答应后天山顶对决。大臧不愿珠儿跟着自己，珠儿感慨在世上已没有依靠，想永远跟在大臧身旁。大臧讲述了师父公孙梁在一次决战前为了毫无牵挂的赴约，毅然把爱人一刀刺死。珠儿震惊，以为大臧要杀自己，而实则大臧确实要珠儿离开，并亮出了刀。珠儿万念俱灰，觉得死在大臧剑下也无妨。大臧怎舍得手刃心爱的人，一把拥住珠儿，一切尽在不言中。

赤松在白云观禅房研究招数，突然发现自己运气时，气血不畅，以为是伤心过度并不在意。方宝玉前来送茶，和赤松闲聊起对武术的见解。赤松惊讶方宝玉对于武道的见地，认为方宝玉是可造之材。此时，奔月却闯进来拉走宝玉，方宝玉在白云观后院开导奔月，勇敢面对人生。奔月讲出，自己无法接受这一切巨变。紫衣侯担心赤松心绪不宁无法出战，要求天下剑术第一的金祖扬出战。金祖扬痛苦讲出“祖训三戒”，自己无能为力，紫衣侯颇为失望。

众人再也等不及，来到山上，未见赤松，只发现地上的血迹，四下寻找。金祖扬，方宝玉，奔月终于在树林找到赤松尸体。金祖扬摸着赤松的伤口体会着赤松在手上的情况下依旧全力冲上和大臧搏斗。奔月终于忍不住倒在赤松尸体上大哭。山顶上，赤松和蓉蓉被埋在了一起，众人凭吊。金祖扬坐在赤松墓前痛饮，此时，胡不愁带武当道士找来，发现赤松已经死了，大为震惊。大臧和珠儿在小屋前烤火，突然冷箭射来！

大臧在石室休息时，白艳烛暗中来探望，却情不自禁的忆起和霍飞腾的相识。原来当年，白艳烛甚为仰慕关外飞鹰，但因霍飞腾与父亲的约战爽约，便前来寻找。怎知两人发生误会，白艳烛以为霍飞腾对自己不规矩，于是拔剑对峙。经过解释才发现眼前人竟是关外飞鹰，羞愧不已，娓娓道出对关外飞鹰的仰慕，霍飞腾感动，月光下二人相拥。痊愈后，大臧和珠儿离开白水宫，发现木郎和脱尘被武当给抓了。于是乔装成武当弟子，准备借机营救。

紫衣侯一直未能等到宝玉，却收到了李子源送来了周方的面具，紫衣侯觉得周方可能出事，决定回中原打探宝玉等的下落，怎知宝玉等正巧出关，两队人失之交臂。关外草棚里，宝玉又为身世而烦躁。金祖扬探出一本作家百晓生的书，表示有一则故事写到青萍山庄的事宜。奔月取过阅读，宝玉异常激动的奔出草棚，不能理解自己是白艳烛和霍飞腾的孩子，还有种种疑惑均得不到答案。奔月关心的追着宝玉，两人意外发现了霍飞腾的坟地。

大臧和珠儿潜伏在白云观终于发现脱尘和木郎的下落，怎知把两人救出来之时，被武当弟子围攻。危急间，珠儿丢出烟消弹，让大臧等先走，自己却被父亲抓住。王颠希望自己的女儿能够帮助他收买呼延大臧，珠儿假意答应他，却被王颠逼着服下“断魂散”。劫了奔月的李子原在客栈歇脚，得知隔壁房间内住着大臧，脱尘和木郎，而且大臧和木郎均负重伤。李子原决定夜袭三人，没料想却中了三人设下的埋伏。

木郎在与火魔神的对阵中败下阵来，逃往密道，却在这里遇到了追杀而来的白水圣母。最后的决战中，脱尘和大臧因为各自理由没有出手，伤心绝望的木郎只身独斗，被白水圣母生擒。白水圣母在白水宫石屋的药池中为木郎疗伤，并说服他归顺白水宫，木郎誓死不从。脱尘乞求白水圣母放走木郎，白水圣母不答应，却反问脱尘是否见过神木令牌。脱尘和大臧分析白水圣母不杀木郎神君，其中必有蹊跷，而这很可能跟神木令牌有关。

封上洞口的金祖扬一直在后悔自己做出了如此冲动的决定。然而洞内练功的方宝玉很快走火入魔，痛苦万分，却意外来到了霍飞腾的墓室中，并在墓室中找到一具骷髅。方宝玉希望将骷髅安葬，搬动尸体时，意外发现了“神木令牌”，并将令牌上的“吐姆功”与“戒日密功”结合在一起苦练。白水圣母按耐不住对霍飞腾的思念，动身赶往关外墓地。金祖扬来到霍飞腾墓前倾诉，他偏激的个性发作正要毁坏墓碑时，白水圣母杀到，两人难免一场激战。

紫衣侯一行意外得知了奔月的去向，决定让金祖扬先去白云观探路，方宝玉到少林寺救出奔月，紫衣侯则按兵不动。晴天带着奔月回到了少林寺，巧遇纷纷下山出席武林大会的众僧，得知主持晴空大师已闭关多时。方宝玉披星戴月，日夜兼程，终于赶到了少林寺。宝玉要晴天交出奔月，两人难免一番恶斗，结果双方平分秋色。白三空找到了闭关修炼的晴空，讲出自己没死并已归顺朝廷的经过，晴空大师非常震惊，两人决定一较雌雄。

为找出杀害赤松的真凶，顽石请紫衣侯回忆赤松死前白云观里事情的经过。紫衣侯认为每个出现在白云观里的人都有可能下毒，也包括眼前的王巅。王巅慌忙推卸责任。顽石暗示紫衣侯为了武林盟主也有可能下毒。紫衣侯表明自己决不会贪恋武林盟主之位。顽石，王巅暗暗得意，他们的目的就是不希望紫衣侯参加武林盟主的角逐。白水圣母派王大娘陪同呼延大臧一同去救珠儿，一路上，大臧与王大娘经过此次交心之后，加深了对彼此的理解。

圣母为了自己的意愿再次以救珠儿和拿到赤霄宝剑来逼迫大臧听从自己的安排。大臧也暂时与她和解，但是圣母再度问及大臧身世时，大臧却不愿多谈。木郎为了重振青木堡，决定忍辱负重归顺白水宫。圣母对于木郎加盟白水宫感到开心，同时她嘱咐木郎和脱尘协助大臧代表五行魔教出头争夺武林盟主之位，并且救出珠儿。

金祖扬通过察看晴空大师的尸体发现了诸多疑点，一旁的王巅趁机嫁祸于白水宫。听信了王巅挑唆的晴天找上白水宫，要挑战白水圣母为晴空报仇。白水圣母对晴天的指责一头雾水。不过，大臧看见晴天手中的赤霄后，与晴天展开一场惊天动地拼杀，激战中处于下风的大臧用“燕返”绝招杀死了晴天。此时，王巅、紫衣侯、方宝玉、金祖扬等人纷纷赶到，看见晴天被杀的一幕。

白水圣母告诉大臧自己担心他恐怕敌不过方宝玉，大臧却十分坦然。他首次对白水圣母讲出自己的身世，并拿出霍飞腾留下的玉佩给白水圣母看。睹物思人的圣母难以把持激动情绪，而她也终于证实了呼延大臧就是自己和霍飞腾的亲生骨肉。王巅向白三空表示，为保宝玉这一仗万无一失，自己会给女儿珠儿下滇南蛮族“迷心蛊”，关键时刻助宝玉一臂之力。

比武时辰已到，仍看不到方宝玉身影，大家分外焦急。方宝玉被钟鼓声惊醒，赫然发现昨夜同床共枕的是珠儿而不是奔月，两人同样大惊失色。苦等一晚，得知真相的奔月痛不欲生，方宝玉和珠儿赶忙追出。失去理智的奔月拿着宝剑冲进广场要杀大臧。奔月在众人面前哭诉昨晚发生的事，众人皆大惊失色！白水圣母更对这一突变感到无比懊恼，仓促中无人能收拾几位年轻人的感情残局。泪流满面请求大臧原谅的珠儿突然拔出匕首刺中大臧小腹！

白三空和王巅因宝玉之事起争执，这一切被一直躲在外面的紫衣侯听到，紫衣侯追赶着神秘人白三空，金祖扬也随之帮忙。金祖扬由剑法中的奥妙怀疑此人就是白三空。此时，脱尘恰巧已赶到，恳请紫衣侯救大臧。珠儿的一掌使得大臧伤势更重，命在旦夕。圣母愤怒极了，下令把珠儿关在铁笼里。同时决定不等脱尘，自己去找紫衣侯。春影和夏蝉终于找到奔月，却遇上圣母。圣母打退两人把奔月抓走，还留话叫紫衣侯来见她。

火魔神带着手下想要威逼圣母交出救命神水。圣母不肯，带着伤和众人打了起来。眼看圣母就要落败，木郎神君和脱尘郡主忽然来救。紫衣侯决定用赤炼蛇，以毒攻毒为大臧驱毒。此举甚是危险但却别无他法。三天后若赤炼蛇不从大臧体内窜出来的话，大臧就回魂乏术了。宝玉本想带着珠儿去找王巅解毒，珠儿却宁死也不愿求父亲帮忙。两人偶遇金祖扬，金祖扬带两人来到酒池肉林找百晓生帮忙。

奔月来找圣母,对圣母说出心中的疑问：圣母不仅疼爱大臧，也关心宝玉。圣母沉思不答，表示事情没有这么简单。奔月对圣母的遭遇深表同情，两人的感情增进。宝玉向珠儿敞开心扉，希望照顾珠儿一生。珠儿拒绝并表示自己别有所爱。忽然间，珠儿竟然无法想起大臧的名字。隔天，宝玉来给珠儿喂药时，发现屋里空无一人。宝玉大惊失色，冲出竹林追寻却不得要领。珠儿离开竹林，情蛊再度发作，昏迷在庵堂前，被惠觉师太给救了。

为保护奔月，紫衣侯只能留在白水宫。他劝圣母暂避风头，遭到圣母痛斥。白水宫一战在所难免。王巅纠集所有武林门派的残余势力来势汹汹。双方展开惨烈厮杀，死伤惨重，激战当中春影夏蝉双双被刺死。白水宫在紫衣侯的助阵下，一度占居上风。关键时刻白三空在暗处使出了“七煞琴音”，霎时间天摇地动，白水宫寡不敌众，眼看就要败阵，圣母无奈启动暗道，大臧，木郎和史都为了保护大家，被隔在了石门之外。

清晨，王巅终于突破了毒雾的防线，冲入了沉香谷。紫衣侯，白水圣母等众人受到了攻击。紫衣侯和白水圣母为掩护脱尘和奔月，跟敌人展开激战。最终脱尘和奔月为了躲避武当道人的追踪，冲到沉香谷尽头，那一望无际的沙漠。与紫衣侯和圣母失散了。紫衣侯气愤白水圣母为了白水宫的荣誉和王巅硬拼，结果不但自己全军覆没，而且让春影，夏蝉也丢了性命，更让奔月和脱尘生死未卜。

木郎三言两语以谎言蒙混，以为宝玉相信了他的谎言，其实，他的言语中的漏洞已经让宝玉识破。宝玉不动声色地跟着木郎前往京城。京城外，木郎以为将宝玉灌醉，急忙到严嵩府禀报。两人的一番对话，被房顶上的宝玉听得真切。随之，宝玉跟踪木郎来到了郊外的平凉千户营，并调动强弩营，准备杀掉方宝玉灭口。入夜，方宝玉潜入军营，深入木郎住处，却被埋伏在外的强弩营围个正着。一时间万箭齐发，方宝玉虽然冲破围困却手臂中箭。

绝望的方宝玉，留下口信一个人离开。心中同样无法割舍宝玉的奔月不顾一切的去追赶他，终于在沙暴来袭之前找到宝玉。面对大漠的滚滚黄沙，三人生死未卜。集市上，大臧摇摇晃晃走来。数名乞丐盯上大臧手上长光，忽起歹念围攻大臧。危急间，珠儿出手相救。昏迷多日的大臧一直喊着珠儿的名字，醒来惠觉师太证实了那天昏倒前见到的姑娘叫珠儿。厨房内，珠儿见到醒来的大臧，十分开心，但她似乎不知道眼前就是自己曾经深爱的男人。

白三空要王巅查清情况帮助方宝玉脱困，王巅表示自己爱莫能助。白三空再度出言威胁，却奈何不得。只好求见木郎神君网开一面，放过宝玉。木郎神君表示，只是要让方宝玉失去江湖信誉，不会真正杀他。乔装改扮的方宝玉，奔月和脱尘在茶寮被化装过的锦衣卫逮个正着。奔月和宝玉被关进官府地牢，宝玉难过没照顾好奔月让奔月受苦，奔月反而安慰宝玉。木郎向脱尘摊牌了身份，脱尘生气木郎杀了史都，气愤得把刀刺向木郎。

地牢中，宝玉对白三空的欺骗非常愤怒，也极度震惊外公的所作所为。然而白三空却一再劝宝玉归顺朝廷，光宗耀祖，否则就会死路一条。宝玉宁死不从，还表示终于明白为什么外公要拆散父母，白艳烛和霍飞腾。白三空冷笑说出宝玉不是霍飞腾的儿子！木郎神君再次给白三空施压，白三空发怒，若宝玉有三长两短，一定要木郎神君陪葬。脱尘见到宝玉和奔月，向他们道歉。

经过激战，紫衣侯终于将双煞砍死，李子原受重伤而逃。此地不宜久留，紫衣侯带着白艳烛匆忙赶路，山道上迎面站王巅。王巅拿出赤霄宝剑，要取下二人首级。紫衣侯已经受伤不轻，再加上赤霄宝剑的威力，被王巅突发出一掌打飞。王巅有逼近白艳烛，千钧一发之际，白艳烛用计打退王巅，但自己也用尽了全部气血。白艳烛气若游丝，以为自己命不久已，她终于向紫衣侯和盘托出一切真相。呼延大臧就是霍飞腾和自己的儿子。

仍活在人世的外公是朝廷的鹰犬，自己不得不加入锦衣卫，一直最敬仰的大侠紫衣侯竟然是杀父仇人。经过了痛苦的思考，他决定割舍掉现实中的情感为父亲报仇。然而面对紫衣侯的不反抗，宝玉手中剑却不能落下。一时间无法平静的方宝玉决定离开紫衣侯他们。紫衣侯猜测，宝玉最有可能去的地方就是川南，两人急忙出发。日夜兼程的奔月和方宝玉在河边休息时却意外发现了珠儿。几经询问，宝玉发现珠儿真的失去了记忆。

珠儿否认自己已经恢复记忆，是奔月拿刀逼她承认的，宝玉训斥奔月，奔月气愤离开。宝玉追踪，豁然发现外公白三空。白三空劝说宝玉归顺朝廷未果，带话木郎神君的旨意，要宝玉拿紫衣侯和白水圣母的人头来换奔月。珠儿因自己的不坦诚致使奔月被绑架感到自责内疚，惠觉开解珠儿要她勇敢承担，随遇而安。珠儿若有所悟。宝玉决定去解决奔月被绑架的事，于是向大家辞行。宝玉希望大臧未了珠儿能放弃寻剑，大臧却坚决不肯。

脱尘私放奔月，木郎突然出现，三两下把奔月给打昏。脱尘不悦，质问木郎，木郎只承诺不杀他们，其他的事脱尘不应该再过问。在樵夫的指引下，迷路的紫衣侯和白艳烛来到一处茅屋，以为可以见到金祖扬，怎知却中计跌入了茅屋里的陷阱，掉入了地板机关下的黑洞。樵夫跟踪扮成叫花子的方宝玉，并表明了自己是金祖扬的仆人老乔。

白艳烛为紫衣侯说情，希望宝玉不要再把父仇放在心上。宝玉表示已经原谅了紫衣侯却不能当做若无其事。白艳烛问起奔月，宝玉支吾，因为两人起了争执，奔月稍候会来酒池肉林会合。紫衣侯有些怀疑，觉得以宝玉的个性，是不会因为争执而抛下奔月的。于是前来找宝玉问实情，却愕然发现奔月的断剑。紫衣侯气匆匆的找宝玉兴师问罪，宝玉语塞。紫衣侯大怒，与宝玉打斗起来。情急时刻，白艳烛和金祖扬赶到。

一路寻找剑阁未有进展的大臧和珠儿得知夜晚川南小镇外有两票江湖客火拼，便决定一探究竟。珠儿发现李子原正在其中，正当大臧要趁乱将李子原拿住时，一黑影飞出将李子原劫走。大臧急忙和珠儿追去。黑影正是方宝玉，他抓走李子原是为找到王巅，进而找到木郎，救出奔月。宝玉讲出自己的遭遇，更说出自己的外公并没有死。这让气氛有了一些缓解，大臧决定先帮宝玉找到奔月，于是三人押着李子原上路。

木郎一度怀疑是白三空故意放了刺客，便试探白三空的伤势。其实白三空让宝玉离开后担心不好交代，便动手打伤了自己。脱尘听说大臧来找木郎，匆匆赶来询问，两人再度争执起来。脱尘最终表示，她已经不再相信木郎的话了。雏山镇附近，各路江湖豪客聚集。王巅再度以武林盟主身份稳定了人心，和众人定下规矩：绝对不允许任何人，任何帮派为了罗亚古城的财宝起冲突。另一边，木郎带领锦衣卫众人也要从珙县出发。

金祖扬等终于找到云雾峰，发现了剑阁，三人极其兴奋。尤其是金祖扬，他觉得自己已经不负祖训，于是决定留下来保护剑阁。而此时的紫衣侯更是担心奔月的安全，恳请金祖扬助他一臂之力救出奔月。金祖扬不答应，。两人为此起争执，不欢而散。一旁的白艳烛安慰着紫衣侯，并表示自己将与他并肩作战，紫衣侯不禁感动。木郎和白三空派众人去搜寻罗亚古城。白三空以此举会让宝玉等找到他们，想乘机劝木郎放了奔月，无谓再生枝节。

紫衣侯带着受伤的白艳烛躲进一所破屋，白三空跟踪而至。白三空质问女儿为什么忍心隐姓埋名，宁可做江湖上的大魔头，却不愿意回家。白艳烛说出自己依旧不能原谅白三空，并痛斥白三空为光宗耀祖甘愿当朝廷的鹰犬，只能落得众叛亲离。木郎找来王巅，希望他能够从珠儿口中套出罗亚古城的地点，遭到王巅的严词拒绝。白三空从气急败坏的木郎手中救下王巅。王巅表示希望能再见到珠儿，白三空偷偷带他闯入四合院。

金祖扬杀掉了无数锦衣卫，但也因为力竭而受伤。木郎神君练成神功，冒险出手，将金祖扬杀了。白三空在城墙上看见了一切。四合院前，木郎将金祖扬的酒袋丢进四合院，并说出已经将金祖扬杀了。木郎下达最后通牒：3天之内，说出罗亚古城的下落，否则放火要烧死众人。此时，锦衣卫前来报告：白三空城墙上等待都讨大人！城墙上，白三空施展绝技“七煞琴音”挑战木郎，没想到却被木郎的混元神功破解。