1927年，北伐军挥军北上，盘踞在山东地区的军阀张宗昌命部队阻拦北伐军，双方展开大战。由宋文清担任教导员和由赵化民担任营长的北伐军铁血营，与田德贵担任团长的奉系军阀独立旅二团展开激烈战斗，双方死伤惨重。宋文清在战斗中负伤，赵化民无力抵抗田德贵的进攻，只好撤退。张宗昌部队独立旅二团一营全军覆灭，只有军医官王怀远和卫生兵虫草生还，王怀远受伤后凭自己的医术自救。

夜间刘炳才带人突袭了北伐军驻扎地，王怀远急中生智，收集所有人的手榴弹炸开墙，众人才得以脱身。 田麦穗不幸腿骨折，掩护王怀远撤退后自己却被刘炳才活捉，被一棍打在腿上。而王怀远逃出后，要去救田麦穗，又被北伐军当做敌人抓起来，准备处死，赵化民为救王怀远，不惜违抗军令带兵杀入法场，救走王怀远后，自己回去领罪。田德贵发现要处死的人竟然是自己找了许久的女儿田麦穗。

王怀远、侯七、大片刀一行人佯装给干部送菜，进去北伐军311团的驻地勘察地形，顺便给他们送去了一锅放了蒙汗药的鸡汤，半夜趁特派员几人被迷晕，侯七跟大片刀身手矫捷的救出了赵化民。田德贵为了救治田麦穗被打伤的腿，带着田麦穗赶到了济南，但是可惜济南城的大夫都诊断田麦穗的腿已经无法治愈。日本医生佐藤俊二拥有济南最先进的医疗设备，诊断说只有截肢才能保全性命。

满天红知道王怀远被马小宝赶走后非常生气却对马小宝无可奈何，刘炳才趁着马小宝跟满天红争执放松警惕时，绑架了马小宝。田德贵见问不出王怀远的下落就将其用棒子打死。王怀远见济南也是是非之地，田麦穗的腿伤也无大碍，索性带着虫草回了章丘，但是回去才发现，因为战火，房屋已经成了废墟，家人也都不知所踪。

赵化民束手无策时田麦穗恰巧出外诊经过，赵化民让田麦穗帮忙治病，但是秋野却阻止。王百会跟王涌泉此时放学回来，看不惯日本人嘴脸的涌泉忍不住跟秋野扭打起来，王怀远正好赶来。王怀远开始治疗患者，秋野想看清王怀远如何用针，王怀远指示毛驴，毛驴一脚踢开秋野。王怀远对症下药，很快三位患者病情都有所缓解。此时，佐藤俊二出现，道歉之后带走了秋野。田麦穗大胆向王怀远表示她喜欢他，但被王怀远拒绝。

王怀远得知老旗主竟然有他家独传的金针，十分诧异。当得知缘由后，他十分气愤。总旗主不愿说出他手下兄弟的藏身之处，被严刑拷打。在田麦穗的悉心照料下，田德贵醒了过来，他让手下去把王怀远抓来，但被田麦穗制止了。伊藤觉得王怀远的作用不可忽视，部署针对王怀远的方案，他让秋野负责研究方案。

回家之后，王怀远与大片刀、侯七，商量之后得出结论，要救梁鼎山只有一个办法，就是劫狱。宋文清跟田德贵夜审梁鼎山，依然没有进展，宋文清告诉田德贵，他将会在近几日就带梁鼎山去重庆受审。这让田德贵非常紧张，因为自己就有可能永远找不到那批军饷黄金的所在。王怀远借去给梁鼎山复诊的机会，跟梁鼎山坦白营救计划，然后趁机观察了监狱附近的形势。

梁鼎山力邀王怀远加入虎旗军，被王怀远严词拒绝，一来是因为梁鼎山跟自己有杀父夺书之恨，二来自己也有家训不得为匪不得做官。二人不欢而散。佐藤俊二派秋野去王怀远家搜捕，想尽快找到《火器医鉴》，绑架了百会、涌泉做人质，王怀远去找梁鼎山借兵。王怀远、大片刀、侯七等人去找秋野救人，秋野逼王怀远交出古书，王怀远不从，就在秋野准备把百会涌泉下油锅的时候，大片刀、侯七突然出现救下他们。

临行之前，侯七带着王怀远听从梁鼎山的遗言，在城外柳树下挖出了《火器医鉴》，王怀远对梁鼎山更加感激。王怀远一行人赶往敖来峰，在路上遇到保安团的人正押解着谷子，王怀远指使毛驴故意闯祸，惹怒保安团的人，然后跟侯七等人制服他们，救下谷子，才得知敖来峰上的情况非常不乐观，缺粮少药。王怀远找跟谷子侯七打听了虎旗军主要人物的情况以及性情等情况，算是初步了解了，王怀远让侯七先行回山报告情况，他们再做打算。

山上丁五、冯一刀等人已经驻守山腰。王怀远那边一开枪，山上人就一冲而下，打垮了保安团并成功将五千斤粮食运上了山。王怀远成功将粮食运上山，但冯一刀还不承认。于是提出要跟王怀远比试枪法。比试方式也特别，让人顶着银元打。刁四搞鬼给王怀远放了一个“臭子”，结果王怀远跟冯一刀都各打掉两块银元。王怀远使出“甩针”成功打掉最后一块银元，赢了冯一刀。但冯一刀还不服。

很多服过药的弟兄都出现了中毒症状，冯一刀恨不得杀了王怀远。王怀远跟虫草对兄弟们做过紧急处理之后展开调查。在药渣里发现自己的配方里多出一味叫“半夏”的药剂。这味药跟王怀远开的药方刚好起反作用，所以兄弟们才会中毒。但冯一刀等人并不信服，还指责王怀远故意要害人。王怀远说服冯一刀给自己一个晚上时间就能抓到凶手。

按照虎旗军的规矩，凡是撤退时受伤不能动的都处死，免得落到官兵手里受罪。就在冯一刀等人准备杀死谷子等受伤的弟兄时，王怀远赶来拦下冯一刀，坚决不准杀人。王怀远说服了大家，主动背起受伤的弟兄下山，感动了所有人，赢得了大家的尊重。王怀远在山上留下很多稻草人吸引敌人注意力，稻草人里都藏有炸药，自己却带着队伍从悬崖边的小路下山。田德贵轻敌中了王怀远的圈套，受到重创。

根据顾委员介绍，宋文清得知金石大药房其实是共产党人的秘密联络站，并对王怀远投靠了虎旗军非常惊讶。金石大药房被特务查封，赵化民也被人追杀。赵化民在同志的掩护下找到田麦穗和银杏，告诉她们自己决定上山打探王怀远，让他们好好照顾自己，等待消息。

王怀远和虫草被绑，一起等待第二天的行刑。侯七和谷子则商议如何将两人救出火场。正当王怀远就要被烧死时，侯七突然投奔刁四，承认王怀远下毒。结果趁其不备，从其身上偷出佐藤俊二的信。而田德贵此时也带着部队已经杀了过来。冯一刀受伤，刁四趁乱要逃跑，被王怀远 “甩针”扎上了眼睛。田麦穗外出回家，意外发现银杏不见了。偷偷跑出来的银杏走在大街上，意外地遇到了刘炳才。刘炳才要抓银杏回去，却被恰好路过的宋文清看见。

王怀远得知大片刀偷看小芹菜洗澡的事情后非常气愤，坚决要处绝大片刀。在张疙瘩和小芹菜恳求下 饶了大片刀的死罪。经过王怀远的调解，张疙瘩原谅了大片刀。但担心女儿嫁给大片刀日子过不好。王怀远让大片刀保证会照顾好小芹菜，张疙瘩才答应这门婚事。

王怀远说自己就能治好夫人的病。他先运用医术只通过看就诊断出了崔老黑的病，令崔老黑惊讶不已，又继续对崔老黑连骗带吓，说自己其实更是个会法术的道士，能化解崔老黑的灾难，令崔老黑信以为真，让他给夫人看病。没想到崔老黑抓上山的压寨夫人竟然是满天红，王怀远很惊讶。原来崔老黑杀了红家班的所有人把她抓上山，满天红不从只好偷偷服药，加上闭气，大夫都找不准脉象，但是王怀远指出，就因为这样才会让毒性蔓延全身。

谷子等在外面很快就占领山头，虫草将虎旗军大旗插上城头向他们报信。与王怀远里应外合制服崔老黑，救下了满天红，也抢到了老鹰崮这个好地盘。满天红这才知道王怀远加入了虎旗军。王怀远让谷子侯七等人穿上崔老黑队伍的衣服，打上他们的旗号，很快就制服了周围山头的土匪。丁五一直照顾着满天红，然而满天红的心里却装着王怀远。王怀远得知后加紧训练虎旗军，但是一直被经费困扰。

经过枪击，王怀远发现了金牌的秘密，又返回银楼，让金匠一看才知道原来金牌外面是金子，里面还包着一铁片，王怀远拿到铁片，看到出这首藏头诗中所说其实就是藏宝地点，就在梁旗主的墓地。王怀远带领侯七、大片刀在梁旗主的坟墓前挖出黄金。于是王怀远再回济南，一为购置枪支弹药，二要救出银杏跟赵化民。满天红也跟王怀远一道走，因为满天红认识济南的军火大亨钱子槐。

王怀远苦恼之后还是决定拿出钱来先救赵化民，然后跟满天红一起去找钱子槐商量通融。起初钱子槐坚决不同意让步，并坦言这批军火如果王怀远不要，他可以卖给保安团的田德贵。王怀远得知他妻子难产，所有西医都束手无策，也赶去医院救人。王怀远运用了中医疗法为钱子槐的妻子回正了胎位，保其母子平安，钱子槐非常感激，答应王怀远可以把全部军火带走他将不够的钱垫上。

田德贵原意也只是利用崔老黑拿下老鹰崮生擒王怀远，就干掉崔老黑的。不料王怀远在上山的路上布置了陷阱，田大棒子等人犹豫着不敢向前。崔老黑前面带路，随着另一支队伍上山从密道进入。谁知王怀远早就命人在崔老黑原来的密道里都涂满曼陀罗的液体，崔老黑进入之后被迷晕，出现幻觉，王怀远顺利逮捕崔老黑。田德贵知道被王怀远算计，仓皇下山，损失惨重。

王怀远用了苦肉计，在张疙瘩面前假装杀了大片刀，张疙瘩略有后悔，最后终于被王怀远说服。王怀远自此认识到虎旗军人心要稳，让兄弟们能到年纪顺利成家也非常重要，决定给到了年纪的兄弟们找到合适的对象。满天红对王怀远的感情也更进一步，就在准备大片刀婚礼的过程中，赵化民顺利的把王怀远的两个儿子王百会、王涌泉带回老鹰崮，王怀远非常高兴。田德贵为了绞杀王怀远，向日军投诚，田麦穗与之彻底闹翻。

虎旗军成功将粮食运到前线，只是战事紧急，五十九军病员困乏，调派不开，王怀远主动请缨，带领虎旗军替五十九军驻守刘官庄，打击日军。谁知这次的合作对象正是宋文清，宋文清不满王怀远，要保存自己的兵力，王怀远则不惜兵力与佐藤俊二的队伍正面对抗。佐藤俊二派人去劝降王怀远，王怀远派侯七跟虫草换上来使的衣服顺着电话线摸到了佐藤俊二的大本营所在。战斗中，王怀远与宋文清多次意见不合，王怀远甚至干脆抓起了宋文清。

虎旗军返回的途中，让冯一刀带路，谁知冯一刀误喝医用酒精中毒，将队伍带到了日军的后方包围圈。侯七等人俘虏来两个日军押送一个受伤的中国军官，王怀远等人救下中校，得知日军正在攻打台儿庄，但是驻守台儿庄的部队就快撑不住了，王怀远决定也参与台儿庄的战斗。侯七抓到一个日军的通讯兵，从其身上搜出了日军的地图，决定捣毁日军的战地油库然后突围。

王怀远跟佐藤俊二谈判，佐藤俊二要求王怀远的虎旗军归附佐藤俊二，王怀远假意答应，但是提出三个苛刻条件，不接受皇协军番号等，让日军补充虎旗军战斗中的损失，在王怀远集结完人手之后再投诚。佐藤俊二坚决不答应，但是不想就这么放走王怀远，于是他从虎旗军伤员里挑出三个骨折的，让王怀远在一炷香之内给他们接骨，王怀远不畏惧的顺利完成，让佐藤俊二佩服不已。

田麦穗告诉王怀远，赵化民想跟他联手一起拿下金水城，王怀远答应配合，但是虎旗军合并到游击队的事儿，王怀远还没完全答应。丁五和王怀远商量，他和满天红在金水城里做内应，随时打探日本人的动向。同时王怀远给了丁五一封密信，交代他如果自己遇到不测再打开。侯七跟刁四抱怨说王怀远不把他的小姨子银杏许配给自己，刁四趁机拉拢侯七当自己在虎旗军的内奸，为了能跟银杏成亲侯七最终答应。

虫草跟半路逃出的大片刀乔装潜入到金水城，求助满天知道了他们关押的位置，几人商量对策准备一起搭救王怀远。丁五打开密信之后，找到赵化民和游击队，赵化民已经在金水城外围埋伏好了。等着到时丁五他们一打响就冲进城内。虫草跟大片刀带着虎旗军的几个人摸到监狱后面，开始紧张的凿墙。大片刀一拳轰开已经松动的墙壁，闯进监狱，却看到侯七也在，正要收拾侯七，才发现原来侯七在酒肉里下了毒，他也是来救王怀远的。

虎旗军正式加入到游击队，与原卧龙山游击队组成卧龙山游击支队。但是一直都存在着矛盾，虎旗军的懒散，易怒，无组织无纪律等，都让游击队的人看不惯。侯七等人也自视武艺高强看不上游击队。国共合作期间，宋文清也暗度陈仓，偷袭出来寻找食物的谷子跟大片刀等人，还抢了虎旗军的战利品。王怀远非常气愤，不顾田麦穗和赵化民的反对，执意进攻了宋文清的队伍，宋文清跑掉了大片刀杀了一位国民党副团长。

常大牙不甘忍辱偷生，挺身而出，英勇牺牲。刁四残忍的杀害了不肯供出游击队的乡亲们。侯七不但没有请来国民党部队的援兵，还碰了一鼻子灰，回去的路上碰见了赵化民，告知了虎旗军的危险处境。虎旗军被围困在断虎峡，没粮没水，赵化民带着游击队在断崖顶上下绳索，救出王怀远跟虎旗军，王怀远非常感激。同时，认清了国民党跟共产党的不同，安心归附共产党抗日。

王怀远为拿下豹头寨广散英雄帖，丁五、满天红从中牵线，借助当地积极抗日分子苗铁胆的青帮势力，联合起来一起攻打金水城。廖廷荣不满都是土匪的做法，与王怀远对着干，半路绑了苗铁胆，使苗铁胆跟王怀远闹翻。王怀远不服，要收拾廖廷荣，被田麦穗阻止。侯七偷了苗铁胆身上的青帮信物，以青帮身份混上豹头寨说服占领豹头寨的伪军贾贵发。王涌泉也赶到金水跟宋文清汇合，也想拉拢当地的青帮势力。

因为队伍里药品稀少，王怀远借用《火器医鉴》上的针灸术，治好了侯七在内大部分的伤员。俘虏来的日军里也有同样病症的伤员，王怀远也将其治好。王怀远派人故意放了一个用《火器医鉴》上方子医好的日本俘虏。满天红跟丁五在金水城找到他们早年在皇协军安插的卧底薛参谋，佐藤出条件用《火器医鉴》作为交换王涌泉，王怀远只好答应三天之后交换人质。

日军投降后不久，金水城就出现了严重的鼠疫。连大部分救护人员也都感染，包括银杏，侯七心急。然而军队却奇缺药品，尤其是磺胺。特务营护送一批药品经过，王怀远带人去找特务营索要磺胺，特务营负责任赵大刚坚决不给，王怀远无奈只好动用武力和阴谋，迷晕赵大刚的特务营，将其制服，然后把药运回去，救治了伤员。田德贵跟刁四得知八路军正受鼠疫困扰后，认为这是消灭王怀远的好机会，刁四带人进攻金水城。

战斗中，田麦穗手臂受伤，激战中，伤情加重，最后感染，王怀远心痛无比，亲自操刀为田麦穗截肢。王怀远的队伍被田德贵打散，虫草和王百会保护着不肯离开阵地的王怀远逃走。王怀远被赵大刚算计，二人偷袭反偷袭，打成平手，最后二人合力攻打七十四师。王怀远的队伍改名叫猛虎支队。王怀远派人埋伏在宋文清的行军途中，侯七将辣椒末炸弹投进了装甲车，宋文清被俘。

涌泉来救宋文清被虫草俘获，王怀远要严惩王涌泉，银杏劝说涌泉回头，但涌泉执迷不悔，最终银杏还是不忍心，将涌泉放走了。由于截获了重要情报，蒙阴孟良崮战役，八路军获胜。田德贵不甘心，继续战斗，占领金水城，激战中涌泉朝王怀远开炮。听说王怀远战死，田德贵派涌泉去探听虚实，王涌泉看到躺在棺材里的父亲悲痛万分，磕了三个响头后转身离去。