宋莲生乃一江湖郎中，从南京来到长沙行医。此人虽浪荡不羁、看似贪图女色，却拥有一身高超医术。和一张三寸不烂之舌，且此人生性善良、机智过人，还好打抱不平，待人处事也极为坦诚。初到长沙就遇上了好些事，让他很快地融入到长沙城的同时又不知不觉地陷入到种种是非当中。刚走在大街上，被无双绣庄的二桃子泼得一脚药渣不说，还被绣庄庄主无双好生羞辱了一番。宋莲生不但不生气，反倒为无双的美貌和爽朗性格所倾倒。

诊断完毕，年少气盛的吴云竟以一炷香时间为限，断定范茹顺利产子。众人静心期待。无奈时间已过，状况毫无改变。为了实现诺言，吴云果真踏进自己抬来的棺材里，准备寻死。无双及其他绣女极力劝阻，吴云却无动于衷。就连随后赶到的父亲吴太医也无力劝住。倒是宋莲生一派言辞让吴云止住了轻生的念头，随后又在无双的言语相激下，代替吴云为范茹接生。谁知宋莲生仅用奇特的方法让范茹平安产下子。

除了九芝堂，长沙城内各大药房也同时重金聘请宋莲生坐堂。这样一来，宋莲生很是为难，只好谁都没答应。正在这时，范茹以复诊为由将宋莲生请去，实际上是希望他救一救受伤的东林党人何汉林。原来范家一直就与东林党私交甚密，岳宣乃文同身前挚友，范茹嫁给文同以来，岳宣常求助于范家。宋莲生情急之下，出手相助。范茹、岳宣为此感激不尽。随后一来是为了接近无双，二来为了维持生计，宋莲生就在绣庄门前开起了门诊。

洪三燕回到了绣庄，又安心的做回了绣女。只是她一有机会就会和其他绣女讲起那天晚上被英雄所救的故事。自己还沉溺在对那位英雄的回忆中，但是为了不让无双猜到自己就是偷钱的人，在当被问到此事真假的时候，连忙谎称这些全是自己编的。绣庄门口摆摊开门诊的宋莲生在交往中也慢慢的让绣庄内洪三燕、二桃子等女子也逐渐改变了对她的看法，甚至那些女孩还会为了他互相争风吃醋。唯独只有无双不吃这一套。

眼看宋莲生将被守候在门口的岳宣灭口，范茹将宋莲生叫住，将丧夫之痛在他面前哭诉，并为救命之恩将一对金钗赠给了他，此等情谊让宋莲生为之动容，还是将伤药一事答应了，岳宣这才离开。看到收下金钗的宋莲生，无双又顿生了些许醋意。宋莲生随后前往九芝堂找店小二山药抓伤药，并让他在夜间将药材送往客栈。谁知，山药的行踪被一直对宋莲生怀恨在心的方掌柜跟踪。

无双和绣女们还在为宋莲生的离去而痛心的时候，忽然听说范茹因勾结东林党而被知府抓获，同谋就是逃走了的宋莲生。痛骂宋莲生之余，绣女们开始设法营救范茹。眼看完美的计划，却被狡诈的知府识破，范茹仍将被押往牢房。就在一切看似无望的时候，已经离开长沙的宋莲生出现了，良心发现的他决定为这件事负责。知府也识趣的将范茹放掉，押送宋莲生前往大牢。无双和九芝堂老板万先生又对宋莲生有了更深的认识。

无双眼见被知府打得浑身是伤的宋莲生，心头不免有些心痛。为了能让宋莲生早日脱身，牢里的衙役找来崔师爷，让他找宋莲生看病，而后再求他替宋莲生说情。宋莲生医术高明，道出崔师爷心病，可还是无法让自己脱身。崔师爷坦言相待，断定宋莲生此次必死无疑，原因有二，一来所犯案乃死罪，二乃遇上一个死心眼的知府。宋莲生闻后，心已死。

宋莲生被押上大堂，不一会的功夫就被知府定了死罪。情急之下，宋莲生以纸条的方式将知府的病症说了出来，并担保此病他可替知府治愈。患病多年的知府无奈之下就先暂时留下了宋莲生的性命。与此同时，万先生忽然发现药堂的百年人参不见了，而该人参恰好又是宋莲生给知府开的药方里的重要药材。偏偏知府又是在九芝堂抓的药，药里的人参竟成了红薯片。难怪知府喝着宋莲生开的药方，怎么也不见疗效。

洪三燕给岳宣送饭，一见才知他就是当日救她英雄，心中再次泛起涟漪。为了帮助岳宣筹集经费，无双来到闻世堂找吴云，希望能够借到，可又是如月的出现，让本就羞于开口的无双现行告退了。无奈之下，只好去找宋莲生。在宋莲生的追问下，无双向他诉说了自己与岳宣的一段相识的往事：原来岳宣曾是无双的救命恩人，二人如果不是因为战乱早已结成夫妻。宋莲生听后很是冷淡，但还是答应了无双替其凑钱。

一日，正逢当地地痞齐大头前来收租，硬闯柴房，险些发现岳宣，情急之下，无双只好将其打昏，岳宣随后将齐大头抬往翠华楼门口。事发突然，岳宣竟忘了赴洪三燕的约。一直在等待岳宣的洪三燕伤心欲绝，因先后遭到两个男人的拒绝，洪三燕决心以死了结，服药自尽。回到柴房的无双看到岳宣写给自己的诗句，甚为感动。翌日，又被砍柴人发现，送往吴老太医所开的闻世堂急救。孰料吴老太医无德拒诊，吴云又无能，洪三燕危在旦夕。

宋莲生有理有据的分析，再加上上次事件后他与知府的私交，齐大头被整得够呛。二人也因此结下了恩怨。此事过后，岳宣得以继续安心住在绣庄，与无双的关系也日渐亲密。宋莲生难受之余却也无能为力。只有将重心放在行医治病上。九芝堂里，宋莲生主医，万先生主药，闲聊时大谈从医之道，二人渐渐成为知心朋友。在他俩的通力合作下，九芝堂已经成为长沙城最值得百姓信赖的药号。

吴太医将如月引见给齐大头，希望二人携手将宋莲生挖来，重振闻世堂名号。无双此时已经渐渐的对岳宣产生怀疑，但在岳宣的花言巧语中无双又恢复了对他的信任，并答应他尽快凑钱助他成大业。可岳宣已经等不及了，他又以大业为名欺骗洪三燕为打开他门锁，趁夜间盗窃九芝堂。幸好无双及时发现，将他阻止了。如今她更对岳宣完成大业一事心存疑心，无奈岳宣的救命之恩又必将回报，无双决心将绣庄典卖。

齐大头带着房契来到绣庄收房，被伤痛欲绝的绣女们赶了出来。但是绣庄迟早是要关门的。这个消息被山药传到了九芝堂，万先生这才知道原来宋莲生误会了无双，立刻让山药南下将宋莲生追回来。为了凑钱解除绣庄遇到的危机，洪三燕请求岳宣将那支自己送给他的金钗还给自己，可岳宣又以救国为名拒绝归还。洪三燕为了夺回金钗，只好在饭菜里下毒，不想却被岳宣识破，险些遇害，幸好无双及时赶到。

刚到长沙，宋莲生遇上好些运药的车子。当得知这些车上的药材能够防止疫情，他马上让车夫将这些药材运往九芝堂。看到成车的药材运来，万先生先是有些不解，但当得知此药乃宋莲生让他们送过来的，便全部买下了。九芝堂其他股东看到万先生大量进药十分不解，倒是万先生很相信宋莲生，坚决支持。绣庄里的绣女们苦成一片，言谈中也透露出大伙对宋莲生的想念，此时宋莲生竟就真的出现在了门口。

范茹带着孩子在九芝堂住下，这让无双心里很不是滋味。几日前与宋莲生打赌的齐大头遇到疫情惶恐之下乱吃药，不幸把方掌柜当初给他的百年人参也给煮了，结果浑身发热起泡，难受至极。无奈之下只好来到九芝堂求宋莲生替他治病，并答应宋莲生遵守承诺把绣庄还给无双。宋莲生这才给齐大头放血去热救了他一命。一日，无双无意撞见宋莲生在范茹哺乳时毫不避讳，心里很不是滋味，范茹也因此误以为宋莲生对自己有意。

无双和范茹为了宋莲生而争风吃醋，范茹也因此带着没有完全好的孩子离开了九芝堂。范茹眼看着无双与宋莲生眉来眼去，终于忍不住找来无双，告诉她自己爱慕宋莲生的事实，并哀求无双不要和自己争。看着孤儿寡女的范茹，无双只好答应了。吴云在宋莲生的影响下，与家父和表姐之间矛盾日益激化，也带着下人和全城的人一起开始清理长沙的每条街道。在众人的努力下，长沙城慢慢的从这次食疫中解脱出来了。

此时九芝堂已名噪一时，获得圣上所赐堂号可谓众望所归。闻世堂的吴老太医甚是着急，倒是其侄女如月想出一坏着。通过齐大头卖符治病在社会引起负面影响，并与宋莲生劝人刺绣联系起来，从而达到令九芝堂名声受损的效果。名号归属，宋莲生并不关心，倒是感情之事让他伤透了脑筋。虽然与无双悻悻相惜，可无奈先前无双与范茹的约定，宋莲生只有亲自回绝范茹的爱意。这样一来范茹心已伤透，难过之余竟责怪无双的出尔反尔。

药房争夺御赐封号的评议会如期举行，太医在知府的陪同下倾听众医家之言，最后评定哪家药房获得御扁和封号。吴太医大言不惭地表示闻世堂在此次疫灾中的作用，还攻击九芝堂囤积居奇，可在万先生有理有据的分析下，渐渐败下阵来。受恩于如月姑娘并立下字据要帮助闻世堂的宋莲生出现后，明褒暗贬的偏向闻世堂，才使得御扁眼看就要颁给了闻世堂。

如月姑娘要求宋莲生在五天年之内偿还20两黄金的药钱，不然齐大头就将按照江湖规矩取宋莲生的命来抵账。为了能够还债，宋莲生每日多很多病人，此举动立刻被万先生所察觉。加上第二天齐大头送来的专门用来催债的水火签，万先生明白了，在他的一再追问下，宋莲生方才承认欠债的事实。翌日。万先生立刻找回原来踢出去的九芝堂股东，重新让他们集资入股，然后用这些钱替宋莲生还债。谁知正要签约时，却碰上了前来催债的王五。

绣女们的百般阻挠，也无法改变范茹自己的孩子埋在绣庄院子里的决心。围观的人群挡住了绣庄的大门，宋莲生怎么都挤不进来。情急之下，无双只好用锄头将自己打昏在地，现场这才冷静了下来。范茹见此情景，只好抱着死婴离开了绣庄。宋莲生被齐大头从人群中拖了出来，正要按江湖的方式来解决，正巧知府派人将宋莲生以戏弄朝廷命官为由拘捕入狱。岳宣伤已痊愈，马上就要离开了。他希望洪三燕能够随他一起走天涯。

被放逐后，宋莲生只身踏上了返回南京的路。无双也无心留在长沙城，她将绣庄交给洪三燕打理。然后带上二桃子朝老家南京前行。吴云坦荡的面对自己与范茹的情感。吴太医知道后，想起当初范府临时取消婚约一事，气愤不已，立刻派人到范府要人，如月更是亲身前往。但是吴云执意不愿离开范茹，并与如月大吵起来。如月受气离去，吴云为自己总算能够说出自己心里话而激动不已。

洪三燕知道自己怀上了岳宣的孩子，执意将其打掉。万先生不愿替三燕抓打胎药，好说歹说下，终于答应暂时留住孩子。为了能让吴云回来，吴太医不惜装病，当吴云回来看到父亲没病时，吴太医更是假装故意把自己头给磕出血。孝顺的吴云见此情景，只有留在闻世堂暂时不出门。范府的范茹原本就是认为吴云缺乏男子气概，此次一别，多日不见归来，更是让她增添了几分失望，渐渐的死了心。

洪三燕向田友三坦白了自己怀有身孕的事实，但是田友三似乎并不是那么在意，还是一如既往地对她好。与宋莲生他们同行的大福子一路上尽招惹是非，还不懂礼节，宋莲生简直烦透他了。和宋莲生同住一屋的大福子又有打呼的习惯，又把宋莲生给害惨了。为了能够睡个安稳觉，宋莲生让大福子站着睡觉，可呼噜不但没治好，还把大福子给冻着了。翌日，宋莲生带着他到一家药铺抓药，竟碰上了一家黑店。

当上九芝堂坐堂医生的田友三心思根本就不在病者身上，只顾望着对面的无双绣庄。当日，齐大头受闻世堂的如月所托，跑到绣庄闹事，将洪三燕未婚先孕的事情当街呼喊。气盛的田友三夺门而出闯进绣庄想要保护正被齐大头欺负的洪三燕，可文弱书生还是抗不过地痞齐老大，被打得鼻青脸肿的。洪三燕为此事对田友三感激不尽。终于在万先生的撮合下，二人走到了一起。

大福子的到来，使得宋莲生等人居住的客栈每夜都不得安宁，早上起来满院子都是刺客的尸首。吓坏了的无双因为宋莲生多管闲事和他大吵了起来，谁知道大福子早就猜出宋莲生与无双二人吵架是假装的，为的是要让自己说出身份。可大福子还就是不说。当夜，又有黑色刺客出现，宋莲生目睹大批官兵将那些黑影人一一除掉，然后对大福子毕恭毕敬。这样一来，更让宋莲生糊涂了。

岳宣的出现，让洪三燕很吃惊，更让田友三心里难受。三人摆下饭局场面极其尴尬。如月仅仅暴露出一人掌控闻世堂的野心。她以珠宝收买佣人阿满，然后让他配慢性毒药，准备害死吴太医。可身为吴太医身边多年的仆人，不忍心毒害主人，便悄悄的将有毒的药材给换了。留在皇上身边的宋莲生无法忍受宫里的规矩，再加上要尽快赶回长沙替无双父母报仇，宋莲生三人决心离开皇上，奔赴长沙。

他乡遇故知的快乐，让宋莲生等人暂时忘却了所有的烦恼。可当分别时，吴云还是不愿意所他们一起回到长沙，只是希望宋莲生能够替他探望一下自己的父亲。岳宣的出现让洪三燕的家庭出现破裂，田友三的不信任，让洪三燕悲痛欲绝。也正是因为田友三的疑神疑鬼，心思完全不在看病上，从而也直接导致九芝堂被查封。事已至此，急需钱的岳宣和贪财如命的齐大头一起来到闻世堂管如月要钱。

无双一时犹豫，害得岳宣被小红给放跑了。可被通缉的岳宣哪也去不成，只好去找洪三燕。途中竟被山药发现，偷偷的在后面跟着。宋莲生答应吴云去看吴太医，却被如月拒之门外，随后与无双一同前往田友三家探望洪三燕。此时三燕早已原谅田友三，夫妻二人关系融洽。正逢田友三准备出门，岳宣偷偷见到洪三燕，向其索要钱财，不想再被岳宣缠住的洪三燕答应了他的要求。在田友三出门之际，将家中所有钱财予以相送，只求岳宣莫再来找自己。

九芝堂重新开张的日子如期而至，整条坡子街上热热闹闹的。可知府的出现让现场所有人都担心今天九芝堂到底能不能开张。就在宋莲生撕毁封条，知府叫人捉拿的时候，宋莲生凭借皇上当日赠与的圣旨使得九芝堂得以在当天如愿开张了。不久，吴云带着范茹回到了闻世堂，并将如月请了出去。面对齐大头带着当初控告九芝堂的民众前来要钱，如月差点被送往翠华楼。幸亏阿满拿出当初如月用来收买自己的珠宝保住了如月。

无双告诉田友三自己希望打掉绣庄，只是担心姑娘们一时间无处可去。田友三随即答应将把岳麓书院的学子介绍到绣庄，让他们与绣女们结成涟漪。但二桃子却似乎对这些学子不感兴趣，因为她早就心有所属，对方是九芝堂的伙计山药。不久，无双开始发现田友三与小红关系日渐密切。她开始转变对田友三的认识，慢慢的意识到也许三燕的死对于她来说是一种解脱。此时的翠花楼无人关顾，齐大头索性来到九芝堂闹事。

宋莲生与无双都碍于面子，谁也不愿意先开口向对方道歉，二人甚至都有许久没有见过面了。二桃子和山药只好想尽办法让他们见面说个清楚。于是二桃子就装病把宋莲生骗到绣庄来，希望两人能够好好谈。可宋莲生误以为是无双要见自己，所以才让二桃子装病的。这样一来反倒增加了彼此的矛盾。两人冷静下来以后，无双告诉宋莲生自己已经决定嫁给田友三当是还三燕的债。