为美国国务院工作的会计师Jason遭人谋杀，杰斐逊学院团队介入调查。他们发现死者的遗骸隐藏在一家旅馆楼顶的空调机组内，要想取出来非常困难……除非把空调机组整体拉走！唯一能将它移下来的方法是……降落伞？无论如何，Hodgins和Daisy将在这起案件中联手奉献他们的智慧。

商业顾问Adam Pak遭谋杀，尸骸被山猫吃得所剩无几，这种案件只有杰斐逊学院团队才能处理。有证据显示一处专为夫妇开办的静修度假场所大有可疑，于是Brennan和Booth决定假扮夫妇到那里从事卧底调查，搜集更多证据。他们在静修度假地遇到了另一对已婚夫妇Bill Schumacher和Evelyn Schumacher，他们的感情看起来有点太完美了。

「Estrellas Locas」帮派成员Jamie Delcampo遭谋杀，他的遗骸出现在一辆被烧焦的汽车里，杰斐逊学院团队介入调查。与此同时，Pelant最近针对杰斐逊学院团队的攻击令Sweets萌生倦意，他宣布自己将暂时离队，「清理自己的思绪」。他来到某中心担任志愿者，发现一个孩子竟然是某个「Estrellas Locas」帮派成员的儿子。虽然他不想插手案件调查工作，但还是放不下Booth和Brennan这帮人，最终决定帮助他们。

Pelant回来了，杰斐逊学院团队对他恨之入骨，发誓这一次要彻底终结他的恐怖行径，将他打入十八层地狱。一具尸体即将被运到杰斐逊学院供研究之用，调查组想出一个对付Pelant的计划。在特别探员Hayes Flynn的帮助下，他们对这具尸体动了手脚，使之看起来完全吻合Pelant的作案手法。然后他们通过大肆宣传该案来抢Pelant的风头，诱使他主动现身。但Pelant总是能领先他们一步，他们的计划造成了灾难性的后果，一名与Booth十分亲密的人惨遭他的毒手。与此同时，Sweets回到团队中，他坚称Flynn探员隐瞒了秘密——他不是每个人想象中的那种好人，他们不能完全信任他。

某高中校长遭人谋杀，杰斐逊学院团队在调查中发现他患有末期癌症。他生前创办了一家网站，上传了一些非常鼓舞人心的视频，但是访客必须付钱才能观看这些视频。调查组发现其中一段视频非常可疑，前终极格斗锦标赛（UFC）重量级冠军Chuck Liddell（自己扮演自己）在视频中被Charlie打了脸。这条线索让调查组顺藤摸瓜找到了Charlie的遗愿清单，并最终让他们侦破了案件。与此同时，Brennan和Booth终于开始策划久违的婚礼。Sweets可能被一套虚拟分析系统取代……他面临下岗的危险！

当Brennan和Booth正在进行婚礼彩排的时候，有人报案称Nancy Handelman遭到谋杀，杰斐逊学院团队不得不赶去调查。杰斐逊学院团队很快发现这起案件比他们当初想象的要复杂，于是Cam和Angela决定尽全力阻止Brennan了解案件细节，以便让她专心筹备婚礼。可是倒霉的事情接二连三地发生，使得婚礼不得不临时推迟。与此同时，Max带着满满一袋子钱前来参加女儿的婚礼，引起了Brennan和Booth的怀疑。

Brennan和Booth前往阿根廷布宜诺斯艾利斯度蜜月，但他们不愿在度假时「放松」自己，而是主动帮助当地侦探Rachael Valenza调查一起奇怪的谋杀案。Rachael是Brennan的忠实书迷，可以想象他看到Brennan本人后有多么激动！这起案件与一名纳粹战犯有关——有人在一座古代万人冢中发现了他的遗骸，他看起来是被人谋杀的。与此同时在华盛顿，Hodgins和Angela负责代替Brennan和Booth照顾Christine，但这项任务比侦破悬案还要难！

一名事业失败、只能依靠镜子捐献来勉强维持生计的男性模特遭人谋杀，杰斐逊学院团队介入调查。他们很快发现此人伪造了捐献记录，长长的名单上任何一个人都有可能是谋杀嫌疑人。与此同时，Brennan与另一名作家Tess Brown（Nora Dunn）产生矛盾，令她忙于应付社交方面的事情（这是她最不喜欢的事情！）。Hodgins密切关注一只苍蝇幼虫，他的「母性本能」被激发出来。

一名饮食科学家遇害身亡，其遗体被凶手送进一台绞肉机，混进了一批炖肉罐头。一所学校的学生在食堂里吃到了这种罐头，所有人都感觉非常恶心……杰斐逊学院团队在调查中发现，这名科学家最新的饮食发明成果能为他带来巨大的经济利益。或许在这个价值数百万美元的食品工业中，充满嫉妒心的竞争对手杀害了他？调查组决定沿着这条思路收集证据。与此同时，Angela计划为从未参加过单身女郎聚会的Brennan举办一次婚后单身女郎聚会。她们玩得很疯……疯到无法收场的地步！

正在打拼事业的乡村音乐歌手Colin Haynes遇害，其遗骸被埋在一处浅坟中，杰斐逊学院团队对该案展开调查。当他们试图进一步了解受害人的音乐事业时，却发现他所属的唱片公司在和他签署的协议中存在欺诈行为。与此同时，实习助手Wendall Bray在一场冰球赛中弄伤了胳膊，Brennan仔细检查了他的伤势，却发现了一些令人惊讶的事情。Wendall被迫做出一个艰难的选择，这对所有人都造成了影响——作为一个团队，他们还没有以这种方式经历过这种事情。Brennan在本集中干了一些「破坏规矩」的事情，但是当她向Cam承认错误时，Cam却没有对她做出任何惩罚——她认为在「那种情况」下，Brennan的行为是无可厚非的。此外，Booth和Brennan将再次展现他们疯狂的舞蹈技能！

有人发现绑架受害人Lauren Frank的遗骸埋在一座公园里，杰斐逊学院团队对此展开调查。他们发现Lauren与继母的关系很不好，种种迹象表明凶手极有可能是与这个女孩关系非常密切的人。与此同时，Hodgins发现了一个令人震惊的家庭秘密。Booth和Brennan面临许多夫妻都要经历的一个难题：既然已经结婚，是否该合并两人的财产？ 根据此前我们得知的消息，Hodgins的这个「家庭秘密」是……他有一个此前从不知道的兄弟！当杰斐逊学院团队在调查一起绑架案（后来演变成谋杀案）的时候，他失散已久的这个兄弟突然现身……但他似乎患有某种精神疾病。

一名中情局情报线人遭谋杀，Booth和中情局特工Danny Beck（Freddie Prinze Jr.）必须共同追踪一名阿富汗恐怖分子。与此同时，Brennan打算更多地走出实验室和Booth一起执行外勤任务，但他们意识到这会给他们的家庭增加许多复杂因素。例如他们两人都遇害了，孩子该怎么办？Brennan发现自己的人寿保险赔付金比Booth要高。她一点都不在意，但是Booth在意。

一个锈迹斑斑的大铁缸里出现一名旧货回收人的尸体，杰斐逊学院团队开始追查真凶。他们发现受害人有一段非常可疑的历史，一些来自他早期生活中的关键目击证人反而成了可能的嫌疑人。与此同时，英俊而迷人的Rodolfo Fuentes（Ignacio Serricchio）从古巴叛逃到美国，决心要做一个美国人。他在生他养他的祖国是一位享有声誉的法医人类学家，但美国不承认他的学历。他需要先完成「实习」，才能在美国拿到新的学位。Brennan同意让他以实习生的身份参与一起案件的调查。Brennan和Booth讨论Christine的教育问题时遇到一个难题：Christine是否应该在宗教环境中接受教育？

一名儿童电视节目演员遭人谋杀，他所扮演的招牌角色「胡萝卜比尔」深入人心，因此杰斐逊学院团队决心尽快破案，给公众一个交代。在深入节目组内部展开调查的过程中，他们发现这名演员竟然存在严重的乱交行为，一些令人意想不到的嫌疑人开始浮出水面。与此同时，Booth和Brennan计划为Christine举办一周岁生日聚会，Clark（Eugene Byrd）向杰斐逊学院团队征求对他刚刚完成的幻想小说的意见。

富有的艺术品收藏家Todd（John Sloan）突然在自己的葬礼上现身，杰斐逊学院团队开始调查在葬礼上被火花的遗体究竟属于谁。让人大跌眼镜的是，骨灰盒里的骨灰竟然来自三个不同的人，案情变得更加扑朔迷离。与此同时，Finn（Luke Kleintank）与Hodgins的辣椒酱「生意冒险」获得了成功，Finn很享受「有钱」的生活，但是Michelle（Tiffany Hines）带来的坏消息让他伤心不已。

一名患有狼疮的艺术学院学生辍学后遭人谋杀，其尸体被凶手塞进树林里的原木中。杰斐逊学院团队通过调查发现受害人一直使用印度大麻来缓解自己身上的病痛，这条线索引他们找到她工作的药房并发现了可能和她的死因相关的惊人情况。与此同时，实习助手Wendell Bray（Michael Grant Terry）接受癌症治疗后首次回归。在调查该案的过程中，他逐渐敞开心扉说起了更多关于他的疾病的话题。但是他暴露了一些令人震惊的情况，可能导致他被解雇。另一方面，Booth开始为FBI能力测验做准备。

一名受害女性的遗体被人在沼泽地里发现，杰斐逊学院团队赶到现场进行调查。他们发现凶手在抛弃这具尸体前曾将她低温冷冻处理，于是跟踪这条线索找到一家专门承接冷冻业务的仓库，受害人的个人生活细节逐渐浮出水面。与此同时，Cam将第一次与Arastoo的父母见面，这让她感觉坐卧不安。Booth获得重大升职，可能迫使全家人举家搬迁并彻底改变生活方式。

一个富豪家庭的千金小姐Stephanie McNamara被人谋杀，其遗骸出现在一座国家公园内。杰斐逊学院团队首先深入研究了她死亡前后的周遭情况，结果不断出现的证据令他们得出一个惊人的结论：她可能是被他们的死敌「幽灵杀手」（Ghost Killer）杀害的！而且这名受害人与「幽灵杀手」的上一名受害人之间存在诡异的关联。与此同时，联邦调查局副局长对杰斐逊学院团队的高调案件产生特殊兴趣，Booth的职业生涯可能因此发生改变。

杰斐逊学院团队对某社区大学游泳队主教练Brian Thomas之死展开调查。当他的尸体从一处偏僻的井中被打捞出来后，调查组很快确定了一批嫌疑人。在讯问的过程中，嫌疑人对Brennan和Sweets声称Brian可能有外遇，于是调查组对Brian不为人知的私生活细节进行了深挖。他们发现他竟然是个秘密的变装皇后！与此同时，Booth因为准备向国会特别审查委员会的报告而不能参与此案，Sweets将调查进展情况及时通报给他。杰斐逊学院调查组来了一名新实习生（Laura Spencer），这个漂亮的女孩立刻引起了Sweets的浓厚兴趣。

季终集由男主角David Boreanaz亲自执导。一个博客作家声称自己知道政府掩盖真相的阴谋，并要求向Booth提供相关情报——因为这个阴谋可能与之前杰斐逊学院团队调查过的一起案件（幽灵杀手案）有关联。可是在Booth与这个告密者见面之前，他竟然离奇遇害。当Booth和杰斐逊学院团队深入调查与告密者之死有关的阴谋时，Booth逐渐变得意气用事，他在联邦调查局中的前途蒙上了一层阴影。剧组透露，本集结束前将发生一件大事，它将改变一切——包括Booth、Brennan、Booth和Brennan的关系、Booth的工作、Brennan的工作……这一切都将受到严重影响。我们已经通过预告片知道Booth中枪后生命垂危，但剧组所说的「大事」可能并不是说Booth的健康状况。无论如何，这个「超级悬疑情节」将为第10季做出铺垫。此外，剧组还证实「某种力量」已经在联邦调查局内部和杰斐逊学院中潜藏了很久，他们藏得很深——可一旦他们露出原形，必将造成巨大的伤害。Brennan的新实习助手Jessica Watten（Laura Spencer）继续在本集中出现，她和Brennan、Sweets的关系得到进一步探索。