刘备脩决定要弹奏安魂曲并希望大家能为他戒备，但是因为弹奏安魂曲引来了董卓、吕布和众多的魔，经过多番的战斗大家都已经败下阵来，看到大家生命垂危关羽决定放弃治疗；第二天起来大家发现关羽突然变老了，刘备脩去找夏流阿公帮忙，阿公告诉他如果可以在80000点功力下弹奏安魂曲可能会有效，刘备脩决定要联合大家的功力一起再弹奏一次安魂曲，但是却又引来了董卓等人的攻击，大家又再一次的受伤了。

王允校长开心的回到东汉书院，董卓当然超不甘心，虽然他已经被纳入内阁当少府，但还是不放过这些曾经与他不断作对的人，他在校长室的椅子上装上了炸弹。为了度过难关，刘备修用了伏瑞斯将炸弹定住了，最后大家逃过一劫，董卓仍然不放弃，他将吕布和一个透明水箱绑在一起，水箱里头正是水母炸弹，解开鍊条的钥匙就在水中，关羽不愿放弃吕布，执意相救，众人也受关羽的义气感召，合力出手解救吕布。

刘备和孙尚香都对对方会呜拉巴哈困惑不已，正当俩人打算向对方问个清楚时，董卓从背后偷袭，将二人打晕。危急之时，董卓在铁时空的分身赶到，救下刘备和孙尚香。袁绍暗中命令，东汉书院放假一天，却只让孙尚香一人上课， 并再次对孙尚香表示好感。袁绍为了带孙尚香回去，同张飞打斗，打斗过程中，袁绍为了保住尚香送给他的不倒翁，挨了张飞一掌，受伤吐血，孙尚香十分担心。

刘备家乡的朋友邹靖突然来访，刘备修措手不及，差一点真实身分又要穿梆，幸好甘昭烈解围，但这位好朋友并不安好心，他跟真刘备一样，只是涿郡的一个小混混，为了钱，他竟然绑架了孙尚香，袁绍带领袁家军前来救援，还嘲弄刘备修只会交一些地位卑下的朋友，来令阿香受苦，五虎不愿让大哥受辱，向袁绍挑战，要证明大家有能力可以一起保护孙尚香的安全。　

刘备，曹操，孙权三人赌牌，曹操连输，不得不舔自己的腋下。孙尚香最终决定跟随孙权回江东，大乔也一同回去。袁绍决定发兵攻打皇宫，诛杀宦官。董卓也调兵遣将，蠢蠢欲动。十常侍之一的赵公公突然到访东汉书院，宣布削减东汉书院经费，众人与赵公公据理力争，赵公公突然发现张飞就是当年鞭挞自己的弟弟督邮的人，令人将张飞拿下，正在危急之时，吕布赶到，将赵公公杀死。

何进不幸被宦官所杀，董卓拜访袁绍，打探袁绍虚实。董卓消除后顾之忧后，夺取大权，竟然废除少帝，改立献帝为皇帝。袁绍得知自己被骗，勃然大怒。董卓下令全国高校停止上课，废除学生会。王允为了让大家复课，决定去长安找董卓，申请经费。关羽在河边练功时，偶遇左慈，左慈用各种诱惑考验关羽，关羽经受住考验，左慈决定传授关羽另外两招行天功。吕布发动政变，企图杀死董卓，不料董卓诡计多端，吕布反而被擒。

董卓上任后废除全校盟，禁止学生上课，王允为此奔走长安找寻小学同学董卓以商量求情，怎料，一人之下，万人之上的董卓却不顾过去情面对王允痛下毒手。曹操与五虎等人听到王允校长不翼而飞的消息后无不群情激愤，誓言要为王允校长报仇。另一方面，遭董卓背叛失去司隶校尉官职的袁绍，号召了东汉书院以外的其他 17 所高校讨伐董卓，董卓派出十万大军以及最高阶的魔应战。　

董卓趁众人不备逃走，欲趁机恢复功力。却碰到早已等候多时的貂蝉，貂蝉为阻止董卓将咒语念完，同董卓一同坠崖，赶到的关羽也一同跳下。董卓不翼而飞之后，势力瓦解，袁绍挟献帝自立为丞相，全校盟所有学校也恢复营运，大家都可以上学上课了，而正当五虎等人开心上学时，却得到噩耗，袁绍买下东汉书院的校地，曹操得在三十天内找到新校地，否则东汉书院将被废校。　

马超收到一封标题为 ” 东汉书院有救了 ” 的转寄信件，根据线索众人来到卧龙岗，拜见天下第一军师诸葛亮，希望他能想出解救办法。但是却无功而返。关羽等人因为喝了诸葛亮家过期的山茶花茶，回到家后腹泻不止。　周瑜和诸葛亮第一次斗法，就自愧不如，甘拜下风。袁绍到处镇压不服从他的学校，马超父亲遇到困难，向马超求救，刘备，曹操等人纷纷出兵相助。

在刘备第三请孔明时，诸葛亮对刘备坦承自己的马杀鸡事件和 Mail 都是假的，对拯救东汉书院其实一点办法也没有。刘备将诸葛亮带回书院，希望可以利用诸葛亮的名声，骗过袁绍。深爱貂蝉的关羽，想起了过去与貂蝉的点点滴滴，陷入痛苦无法自拔，最后，关羽决定去柳城等待貂蝉。另一方面，孙尚香决心要回到东汉书院，但是却遭到家人的阻拦。

周瑜企图分化刘备和曹操之间的情谊，使用美人计把刘备骗到江东，刘备到江东之后，发现受骗，周瑜告诉刘备，只要留在江东就可以天天和阿香待在一起，逍遥自在，刘备抵住诱惑，坚持要回东汉书院。孙尚香及时出现，支持刘备回东汉书院。孙权担心让刘备回东汉是放虎归山，建议父亲要斩草除根。

刘备和孙尚香赶到河边，发现快艇被孙权调走。孙权带领仲王部队追到河边，逼迫刘备，要不与孙家结盟，要不就死在江东。刘备突然发现仲王部队有人要谋害孙权，急忙出手相助。孙权为报答刘备的救命恩情，答应满足刘备一个要求，孙权误把“轻舟”听成“荆州”，最后只好把荆州送给刘备。另一边，东汉书院传出了袁绍正式把东汉书院废校的消息，众人只好转移到荆州分校。

东汉书院虽然靠著诸葛亮的强运意外借到荆州大楼，但过去富可敌国的曹操此时几近破产，东汉书院不仅师资缺乏，连中午半个便当都买不到。东汉学院不断被江东学院的人刁难，对亏诸葛亮的歪打正着，才得以进入学校上课。为了能让小乔吃到午饭，曹操不惜放下面子，鞠躬向吕蒙恳求。孙坚为了阻止阿香跟刘备见面，派人24小时看住阿香。少帝交给刘备的四万光熹禁卫军也被江东斥侯发现，孙权更加觉得不能留刘备养虎为患。

孙权邀刘备等人赴宴，想借机毒死刘备，未想到却被诸葛亮误打误撞将毒茶倒掉。刘备等人回去的路上，遭到孙权的伏击，在千钧一发之际，大乔赶到，孙权急忙令部下停止攻击。孙尚香设计逃出软禁，回到刘备等人身边。孙权周瑜带人追来，要带走孙尚香，刘备等人设计将孙权等人引开，自己却被周瑜擒住，周瑜逼问孙尚香的下落。

得知妹妹逃跑的孙权火冒三丈，一人赶到那里阻止小乔，孙权凭借一招烬烺焰，威震群雄，重创曹操、张飞、小乔、阿香，最后连周瑜也被孙权打伤。小乔看到周瑜为自己挡了孙权的攻击，并且也为曹操求情，原谅了周瑜之前所犯下的错，周瑜和小乔重新和好。大乔被嫁祸刺杀孙权，在孙权极力阻挠下，孙坚给予大乔一天的上诉期。

一天期限已到，孙坚要处死大乔。最后时刻，孙权赶来，救下大乔，原来曹操已经将大乔从江东书院转学到东汉学院。袁绍在得知孙坚打算拥传国玺、自立为王，并大动作成立东吴书院后怒走江东，谁知两人和谈不成，连袁绍跟阿香的婚约也飞了，不甘受辱的袁绍决定用尽方法取得阿香。恋情温度刚回升的小乔与周瑜因为东汉书院被废校的主谋爆出，两人恋情再起变化，加上东汉书院荆州分校最近衰事频传，曹操还因此失明。

周瑜因为与小乔感情生变，於是寄情於工作，到了废寝忘食的地步，不眠不休的他拟出了众多策略，包括送军队给曹操，让他与袁绍大战，孙权中意这项计划，打算借刀杀人，不管是曹操胜，或是袁绍胜，都对江东大有利益 。然而在曹操接受军队之后，东汉书院荆州分校以及东吴书院都发生了怪事，所有学生都中了 『抖抖症』。

孙坚为了除掉大乔，将大乔诱入地雷区，大乔因此丧失听力。孙坚决定将东吴书院校长和传国玉玺一职交付给孙权，孙权宣布自立为帝，当天就任东吴书院总校长，退出全校盟。以东吴为正统。在就职庆祝典礼前一晚，孙权却遭人伏击，他因为大乔的出现而脱离险境，而要暗杀他的人竟然是他的影子侍卫——陈武，实际上是司马家族的刺客。

大乔得知孙权失聪之后，决定当他耳朵，替代陈武的工作。曹操为了恢复，带领300勇士出征。吕蒙看不惯小乔和曹操的亲昵举动，忍不住告诉小乔周瑜的秘密。周瑜又来看躲在垃圾堆里的狗狗小谨，却发现小谨不见了。原来小谨被程普抓到，程普为了羞辱周瑜，要周瑜钻他的胯下。周瑜竟然答应。东汉书院荆州分校终於有转学生了，张飞等人开心不已。诸葛亮也希望黄月英能来上学，於是前去找她，谁知黄月英却脱掉自己的衣服。

孙权来到海边，想到以前为了帮大乔找戒指跳入水中。原来孙权就是因为跳到水里收到细菌感染，才丧失听力的。诸葛亮教新来的同学唱校歌，却被大乔发现破绽。原来这批学生是周瑜派来的内奸，目的是投票让荆州分校并入东吴书院。孙坚带人将荆州书院团团包围，危急时刻，曹操带兵及时赶到，解救了大家。原来曹操打败了袁绍，这次回来是问大家愿不愿意回东汉书院。

小乔答应跟曹操回东汉，在河边，周瑜气喘吁吁的赶来。曹操知道小乔喜欢周瑜，为了不让小乔为难，遂决定让小乔留在江东。阿香气冲冲的闯进来，要见孙权，告诉他自己无论如何也要跟刘备回东汉书院。但是颇有心机的阿香还是希望能得到家人的理解，于是分别为哥哥和父亲精心准备了礼物。孙坚终于同意阿香跟刘备交往，但是要刘备接受东吴传统礼俗的考验，阿香非常开心，但是刘备心里却另有顾虑。

孙坚打算派孙权同刘备比试射箭，孙权想知道为什么父亲为什么同意刘备和阿香的交往，但是孙坚却什么也没说，但背后似乎藏着一个不可告人的计划。刘备的箭术出乎所有人的预料，大家对刘备都很放心，都相信刘备会赢，可是刘备却输了。正当刘备在小亭思考的时候，阿香过来了，还向刘备正式告白了，并送出了三魂七魄，刘备却犹豫了，刘备不忍阿香的痛苦，终于说出了自己不是正的刘备，并说出阿香再喜欢他，就会死。

孙策长年征战，总算凯旋归来，却在归途遭到伏击，不翼而飞，这个消息传开，让所有人惊愕不已。因为孙策的遇刺，孙坚不得不放弃奇袭曹家军的计划。在会议上，周瑜被任命为学生会会长，但是周瑜却因为孙策的缘故不肯接受任命。大乔无法接受孙策已死的事实，把自己关在房间里，抱着孙策的遗物痛哭。孙权来见大乔，竟然说出，孙策之死是他一手策划的。

江东正打算重整旗鼓，同曹操决战，小乔从周瑜口中得知这个消息后非常吃惊。孙坚装病希望阿香能够留在江东，但是却被阿香看破，不得已，孙坚只好告诉阿香，孙权已经失聪两年的事情。阿香最终决定留在江东帮助家人，并说就算是与刘备为敌也不后悔。曹操带着大军聚集许都，跟江东的战况一触即发，刘备跟众兄弟打算与曹操会合，途中遇到孙权，双方起了冲突，关羽的即刻救援，化解了流血打斗。

阿香陷入亲情与爱情、友情中挣扎，甚至与刘备发生了争执。关羽为了不让刘备在爱情与友情中矛盾挣扎，于是投诚于孙权，条件是希望孙家与曹家军停战，刘备得知关羽心意后深深感动，打算前去许都，与曹操会谈，希望避免战争发生，谁知刘备这一去，却是负伤而回，张飞见刘备与阿香愁眉不展，想出‘玫瑰花床’ part 2行动，不料却再次绑错人，美丽的意外，让五虎将再度重聚。

赵云约小乔吃饭，虽然知道赵云只是把小乔当妹妹，但是周瑜却非常不快。刘备等人来到益州高校见刘璋校长，却正好撞见刘璋校长被人绑架。有强迫症又焦虑、碎念的孙坚叔叔向孙家借了一个能让武力指数增加八千点的 “悠游奶瓶”，他才刚拿到手却遭人偷窃。阿香偷听叔公与孙坚的对话，发现孙权非自己亲哥哥，震惊不已，当她还来不及求证真实性，又遇到与孙坚长得一模一样的叶思仁。　

阿公带叶思仁来见孙坚等人，大家发现二人长的一模一样，非常吃惊。原来，铁时空遇到危机，叶思仁希望孙坚能够随他一起回铁时空，在争辩中，孙坚说出孙权是他的养子，而阿香也得知自己和大哥才是铁时空的人。阿香急着把所有事情跟刘备分享，刘备的反应却让阿香感到怪异，两人互动越来越冷淡。阿香发现刘备跟昭烈非常亲密，内心感到不安和惆怅。大家都对刘备当上益州高校代理校长困惑不解，江东的人也对刘备产生戒心。

刘备接手益州高校，并打算以此作为安定天下的根据地，此举引来阿香与众兄弟的不解，加上刘备不打算归还荆州大楼，更是让大家一头雾水，不过兄弟们仍挺刘备，但这一切大大激怒孙权，他找上独守荆州大楼的关羽决斗，关羽被吕蒙暗算而死。而之后，张飞被范疆张达用酒瓶子砸死，丢进湖中。在悲剧发生之后，刘备伤心不已，他企图振作，并深信要拥有自己的根据地，这些看在阿香眼底，似乎知道了这个刘备是真刘备而不是修。　

阿香为了关羽与张飞之死来找孙权算帐，意外发现那个她无法感应内心的刘备是真的刘备，她震惊并着急找着脩，然而这时江东境内却有不明的传染病流行，不仅如此，整个银时空都笼罩在虫洞的气息之中，原来是孙坚（叶思偍）打开了虫洞。赵云 、马超、黄忠得知真刘备不是以前他们追随的刘备脩而大怒，三人为此打算与真刘备理论，却意外看到了曹操、刘备和诸葛亮。并发现关羽和张飞都是诈死。

孙坚（叶思偍）竟然利用叶赫那啦家族的魔化体质学会了【黯黑真经】，甚至想把阿香也魔化。而更令人震惊的消息爆出，原来当年与孙坚一起流放到银时空的大臣，并未死亡，他告诉孙权真正的孙坚已被叶思偍杀害。孙权得知自己身世后，开始肆无忌惮的反抗孙坚，使孙权也发现了孙坚会【黯黑真经】的秘密。脩奉盟主之命带着东城卫回来与孙坚对战以维持银时空的时空秩序，曹操也前来助战。

孙坚还有最后一魔，当大家准备与这个魔战斗时，发现她竟是孙尚香。脩弹奏够爱终于唤醒阿香，叶思偍被魔尊附身，把大家困在火炎焱燚，夏天和脩联手破解了火炎焱燚，大家一起弹奏弑魂之诗，战胜叶思偍。脩和阿香回到铁时空生活，五虎将各自做自己想做的事，银时空以孙权和曹操为首的势力走向对峙，最终诸葛亮帮助刘备，与孙权、曹操三分天下，周瑜小乔定下婚约。而关羽也在柳城等到了貂蝉，有情人终成眷属。