Stephen Jameson站在一个十字路口上，一边是他熟悉的旧世界，而另一边是充满不确定性的新世界。直到一年之前，Stephen还只是个普通少年。但是在16岁生日过后，他开始在睡梦中听到奇怪的声音，甚至能够瞬移……他害怕闭上眼睛，因为他不知道自己会在何处醒来！Stephen意识到自己的问题已经远远超出了「少年烦恼症」的范畴，他不禁开始质疑自己的心智是否健全。

奥卓组织试图刺探Stephen大脑中的秘密，迫使他向其他未来青年求助。John仍然在生Stephen的气，断然拒绝了他的要求，Cara只好瞒着John偷偷帮助Stephen。与此同时，奥卓组织开始追踪一名新出现的未来青年——此人利用自己的超能力来犯罪。Stephen首先找到这名未来青年，但是一个奥卓特种战术小组的突然出现让他大吃一惊。Stephen感到非常迷茫，不知道自己该怎么办，于是回头向John、Cara和Russell求助。他们必须做出一个决定：是否冒着被抓住的危险来帮助Stephen？在得知奥卓组织的邪恶动机之后，John劝说Stephen潜入奥卓组织内部监视他们的一举一动，帮助其他可能出现的未来青年。与此同时，Stephen继续调查与父亲神秘失踪有关的真相。

Stephen很不情愿地答应和Astrid一起参加一个聚会，当他听说一个同学可能有危险，立刻抛下Astrid「逃」走了。为了帮助这个同学，Stephen不得不求助于John和Cara，但他们明确表示自己不会帮助人类。Stephen私底下央求Cara帮助他，令Cara不由自主地回忆起自己的悲惨往事。与此同时，John给Stephen一个任务：Stephen必须想办法入侵奥卓组织的主计算机系统，以便他们能抢先找到其他逃脱的未来青年。

奥卓组织苦苦寻找的重要人物Killian McCrane在躲藏多年后突然出现，Stephen请求John帮助他寻找Killian。John一开始很不情愿地答应了，但是他得知Killian并非像所有人想象的那样在追杀Jedikiah，立刻改变了主意。Stephen仍然想帮助Killian，于是Cara将John与Killian之间发生过的事情告诉了Stephen。John情不自禁地回忆起那段不堪回首的往事，导致他做出原本永远都不会再做的事情。与此同时，Stephen的母亲对Stephen最近神秘的行踪产生了怀疑，竟邀请Jedikiah到家中用餐。莫非Angela Jamison知道一些真相？

Stephen在一次训练过程中违反了奥卓组织的规定，Jedikiah的老板——一直神龙见首不见尾的奥卓组织领袖——要求与Stephen见一面。Stephen得知Jedikiah无力保护自己，这让他感觉很不安。他决定去找John帮忙，但John只关心与切身利益有关的事情，其他一概不在乎。另一方面，一些未来青年渴望像正常人一样出去参加聚会活动，但John和Cara都不同意这个充满风险的计划。与此同时，Stephen打算和Astrid一起参加返校活动，但Stephen再一次爽约，失望的Astrid决定查出Stephen最近究竟在干什么。

Stephen和Russell决定一起出去找点乐子，竟偶然遇见另外一位可能拥有超能力的年轻人。Stephen和Russell将此事汇报给John和Cara，但他们却不想插手——因为他们不想惊动奥卓组织。Russell得知自己的父亲已经过世，他很想回家去吊唁，但又不敢轻易抛头露面。John主动提出陪Russell一起回家，以确保他不会惹出任何麻烦。与此同时，Jedikiah的一个大秘密可能毁掉他的事业和前途。

Stephen决定用自己新发现的超能力来赢得一场篮球赛，Jedikiah立即采取极端手段来确保他不再干这种愚蠢的事情。John和Russell归来之后，John发现Cara和他的关系变得非常紧张，那种感觉很奇怪。Stephen想独自对付一个新的、危险的超能人，但他实在有点力不从心，只能求助于其他未来青年伙伴。与此同时，Stephen对父亲有了进一步了解，并下决心要查出他到底发生了什么事情。

Stephen下决心查清一条关键信息，从而找到失散已久的父亲。他和其他未来青年同伴想了一个周密的计划，其中最重要的一个步骤就是「进入」Jedikiah的意识和记忆。与此同时，Cara和Russell在地铁隧道基地遭遇一个不速之客。Stephen抓住一个冒险的机会刺探奥卓组织的内部秘密。

John身陷险境，而Stephen不敢冒险从奥卓组织总部救走他——除非他愿意暴露自己的真实身份。Stephen对父亲神秘失踪的真相感到不满，决定采取激进手段帮助其他未来青年彻底查清事实。与此同时，Cara和Russell与Jedikiah进行谈判，最终导致Jedikiah做出一件非常冒险的事情。

Stephen回来了，他认为自己已经掌握了与父亲的遭遇有关的重要线索，但其他未来青年却不愿相信他。John向全体未来青年传达了一个令人失望的消息，他们对自己的未来做出一个出人意料的决定。未来青年对奥卓组织的秘密研究实验室有了新认识，他们决定实施一个危险的计划来解救所有被囚禁在那里的超能人。与此同时，Stephen的母亲将自己的新约会对象介绍给Stephen和Luca。Stephen试图读取这个男人的思想，但却无法成功。奥卓组织的超级人工智能计算机Alice（Elizabeth Hurley配音）本集开始登场。她将阻止Stephen调取他无权查看的文件。

Jedikiah对Stephen和其他奥卓训练生进行测试，看谁最有价值成为一名真正的奥卓特工，但不是每个人都愿意「团队合作」。Cara遇到一个来自自己过去的神秘访客。Russell奉命执行一项危险的侦察任务，可能导致未来青年群体之间的矛盾加剧。与此同时，John协助一名新超能人。

Stephen感觉和他一起训练的年轻女人Hillary（Alexa Vega）很难相处，而且她可能有不为人知的目的。Stephen的母亲打算带全家人一起去野营，她的新男友Peter（Robert Gant）也会前往。Stephen觉得Peter就像一个谜，他根本无法读取他的思想。Stephen请Cara和John在他离开的这段时间内帮忙照顾Astrid，确保她不出意外。 从剧照不难看出，John的确保护了Astrid……但他自己不仅出了意外，而且情况还很严重。与此同时，Stephen对母亲的新男友Peter的疑心越来越重。Stephen怀疑Peter也是一个超能人，但他不能当面说破，只能暗中调查证据。

Jedikiah没有信守诺言，Stephen对他非常失望。现在Stephen只能独自面对神秘的「创始人」（Simon Merrells）。为了保护Astrid，Stephen被迫做了一笔危险的交易——他必须控制住一个强大的自由超能人。John和Cara发生矛盾，迫使Cara对John采取严厉的、出乎所有人意料的惩罚。与此同时，Stephen得知母亲隐瞒了一个令人震惊的秘密。

在获悉一些惊人的消息后，Stephen试图在自己的两个世界中恢复秩序，这意味着他只能和Jedikiah做一笔交易。一名新的超能人现身，Cara和Russell想拉他加入未来青年，但同时还要小心躲避奥卓组织设下的重重陷阱。与此同时，Jedikiah很快就要完成一项绝密技术——到那时，他的命运可能会彻底发生改变。

Julian（James Mackay）再次出现，并且比以前更加愤怒。当他被奥卓组织抓住后，他被迫与对方达成一项协议，而这可能导致他自己和Stephen同时丢掉性命。John得知Julian已经发现了未来青年秘密藏身点的位置，于是再次做出违背Cara命令的事情。与此同时，死里逃生的Astrid受到恶梦的折磨，于是跑去向新结交的朋友John寻求慰藉。

Stephen仍然努力平衡自己与奥卓搭档Hillary（Alexa Vega）的关系，而Hillary仍然怀疑Stephen的忠诚度。奥卓组织和未来青年同时得知一个新超能人正在用超能力为人类做善事，他们都想拉她加入自己的阵营。与此同时，Morgan（Carly Pope）为了帮助未来青年不惜冒巨大的风险，并且背叛了Jedikiah的信任，但是Jedikiah发现了一个与Morgan有关的更让人惊讶的秘密。

Stephen偶然发现了一条未来青年竭力寻找的线索。John和Russell得知Jedikiah正在实施一个危险的计划，但没人能预测这个计划的最终结果。与此同时，Cara得知外面出现了一个新超能人，但真正让她感到惊讶的却是来自她过去的某个人。

Stephen受够了Jedikiah关于他父亲的谎言，于是对自己究竟该和谁结盟做出了选择。出于对奥卓组织及Hillary的信任，Stephen打算将一个新超能人交给奥卓组织以观察情况是否真的有所改变，这让Cara很不高兴。与此同时，Jedikiah强迫Stephen保护兄弟，但Stephen的兄弟却神秘失踪了

Stephen竭尽全力当好一个「双重间谍」，他感觉自己有机会在未来青年和奥卓组织之间搭建起相互信任的桥梁，从而结束双方旷日持久的矛盾。Cara仍然不相信奥卓组织，于是派遣Russell与创始人（Simon Merrells）见面。正在东躲西藏的Jedikiah全力阻止奥卓组织发现他的秘密。与此同时，Stephen试图在Hillary（Alexa Vega）的帮助下再次与父亲（Jeffrey Pierce）取得联系。

Roger（Jeffrey Pierce）的回归指日可待，但大家都担心「创始人」（Simon Merrells）发现此事后会有严重的后果。Stephen对于「创始人」用来训练他的机器已经有了清醒的认识，于是请求John和Cara无论如何要帮助他毁掉这台机器。与此同时，Russell和其他未来青年对于寻找「避难所」（The Refuge）已经彻底失去了信心，他们决定自行离开。 Leven Rambin从本集开始扮演拥有超强力量且喜欢惹事的Natalie，她似乎对刚刚重生的Roger不满。她当着所有未来青年的面表示：“We wait for him all these years, and then he just bails on us. What kind of savior is that?”

未来青年终于对他们注射的血清有了透彻的了解，Jedikiah试图尽快配制出一种解药，而Stephen和Cara竭力为他赢取更多时间。Russell和其他变节的未来青年越来越没有耐心，他们做出一个草率的决定：将Roger送交奥卓组织以换取自身的安全。与此同时，John短时间内很难接受自己的「新角色」，他现在唯一能信赖的人就是Astrid。当John决定向Astrid寻求建议时，他们之间会发生什么?

在季终集里，Russell意识到自己与「创始人」（The Founder）的联盟是个错误。为了弥补自己造成的伤害，Russell奋力从奥卓组织的埋伏圈中救出了Cara。Stephen坚信只有自己才能阻止「机器」（The Machine）的运行并确保人类免遭灭绝的厄运，但他担心自己此刻无论做什么都太迟了。Russell提出一个能够帮助Stephen的方案，但Stephen需要所有人的帮助——包括John和Astrid。当大家团结一心时，或许他们还有生存下去的希望。与此同时，Jedikiah向John提供了一个有趣的机会，他们可能因此再次合作。制片人在解释本集时表示：有人会死，有人失去超能力，有人（可能）失去记忆，有人困在进退两难的状态，整个世界可能毁灭，Stephen会光膀子。此外，从未有过亲密关系的某两个角色将产生亲密关系。会有一些大场面的动作戏。